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TitleThe Genome of Anopheles darlingi, the main neotropical malaria vector

Permalinkhttps://escholarship.org/uc/item/1468m8zj

JournalNucleic Acids Research, 41(15)

ISSN0305-1048 1362-4962

AuthorsMarinotti, O.Cerqueira, G. Cde Almeida, L. G. Pet al.

Publication Date2013-06-12

DOI10.1093/nar/gkt484

Supplemental Materialhttps://escholarship.org/uc/item/1468m8zj#supplemental

LicenseCC BY 4.0 Peer reviewed

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The Genome of Anopheles darlingi, the mainneotropical malaria vectorOsvaldo Marinotti1,*, Gustavo C. Cerqueira2, Luiz Gonzaga Paula de Almeida3,

Maria Ines Tiraboschi Ferro4, Elgion Lucio da Silva Loreto5, Arnaldo Zaha6,

Santuza M. R. Teixeira7, Adam R. Wespiser8, Alexandre Almeida e Silva9,

Aline Daiane Schlindwein10, Ana Carolina Landim Pacheco11,12, Artur Luiz da Costa da

Silva13, Brenton R. Graveley14, Brian P. Walenz15, Bruna de Araujo Lima16,

Carlos Alexandre Gomes Ribeiro17, Carlos Gustavo Nunes-Silva18, Carlos Roberto de

Carvalho19, Celia Maria de Almeida Soares20, Claudia Beatriz Afonso de Menezes21,

Cleverson Matiolli22, Daniel Caffrey8, Demetrius Antonio M. Araujo23,

Diana Magalhaes de Oliveira11, Douglas Golenbock8, Edmundo Carlos Grisard10,

Fabiana Fantinatti-Garboggini21, Fabola Marques de Carvalho3, Fernando

Gomes Barcellos24, Francisco Prosdocimi25, Gemma May13, Gilson Martins de

Azevedo Junior26, Giselle Moura Guimaraes26, Gustavo Henrique Goldman27,28,

Itacio Q. M. Padilha21, Jacqueline da Silva Batista29, Jesus Aparecido Ferro4,

Jose M. C. Ribeiro30, Juliana Lopes Rangel Fietto31, Karina Maia Dabbas4,

Louise Cerdeira3, Lucymara Fassarella Agnez-Lima32, Marcelo Brocchi15,

Marcos Oliveira de Carvalho33, Marcus de Melo Teixeira34, Maria de Mascena Diniz

Maia35, Maria Helena S. Goldman36, Maria Paula Cruz Schneider37, Maria Sueli

Soares Felipe34,38, Mariangela Hungria39, Marisa Fabiana Nicolas3, Maristela Pereira19,

Martn Alejandro Montes35, Maurcio E. Cantao3,40, Michel Vincentz41, Miriam

Silva Rafael42, Neal Silverman8, Patrcia Hermes Stoco10, Rangel Celso Souza3,

Renato Vicentini43, Ricardo Tostes Gazzinelli44, Rogerio de Oliveira Neves17,

Rosane Silva45, Spartaco Astolfi-Filho17, Talles Eduardo Ferreira Maciel31,

Turan P. Urmenyi45, Wanderli Pedro Tadei42, Erney Plessmann Camargo46 and

Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos3,*

1Department of Molecular Biology and Biochemistry, University of California Irvine, Irvine, CA 92697, USA,2Institute of Technology, Broad Institute of Harvard and Massachusetts, Cambridge, MA 02141, USA,3Laboratorio de Bioinformatica do Laboratorio Nacional de Computacao Cientfica, Petropolis, RJ 25651-075,Brasil, 4Departamento de Tecnologia, Faculdade de Ciencias Agrarias e Veterinarias de Jaboticabal, UNESP -Universidade Estadual Paulista, SP 14884-900, Brasil, 5Departamento de Biologia, Universidade Federal deSanta Maria, Santa Maria, RS 97105-900, Brasil, 6Departamento de Biologia Molecular e Biotecnologia, Centrode Biotecnologia, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, RS 91501-970, Brasil,7Departamento de Bioqumica e Imunologia, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, MG31270901, Brasil, 8Department of Medicine, University of Massachusetts Medical School, Worcester, MA01655, USA, 9Laboratorio de Entomologia Medica IPEPATRO/FIOCRUZ, Porto Velho, RO 76812-245, Brasil,10Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, Universidade Federal de Santa Catarina,Florianopolis, SC 88040-900, Brasil, 11Centro de Ciencias da Saude, Universidade Estadual do Ceara,Fortaleza, CE 62042-280, Brasil, 12Departamento de Ciencias Biologicas, Campus Senador Helvdio Nunes de

*To whom correspondence should be addressed. Tel: +55 24 2233 6065; Fax: +55 24 2233 6124; Email: atrv@lncc.brCorrespondence may also be address to Osvaldo Marinotti. Tel: +1 949 824 3210; Fax: +1 949 824 2814; Email: omarinot@uci.edu

Nucleic Acids Research, 2013, 114doi:10.1093/nar/gkt484

The Author(s) 2013. Published by Oxford University Press.This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (http://creativecommons.org/licenses/by/3.0/), whichpermits unrestricted reuse, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.

Nucleic Acids Research Advance Access published June 12, 2013 at U

niversity of California, Irvine on July 8, 2014

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Barros, Universidade Federal do Piau, Picos, PI 60740-000, Brasil, 13Departamento de Genetica, Instituto deCiencias Biologicas, Universidade Federal do Para, Belem, PA 66075-900, Brasil, 14Department of Genetics andDevelopmental Biology, University of Connecticut Health Center, Farmington, CT 06030, USA, 15Informatics,The J. Craig Venter Institute, Medical Center Drive, Rockville, MD 20850, USA, 16Departamento de Genetica,Evolucao e Bioagentes, Instituto de Biologia, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, SP 13083-862,Brasil, 17Departamento de Genetica e Melhoramento, Universidade Federal de Vicosa, MG 36570-000, Brasil,18Centro de Apoio Multidisciplinar, Universidade Federal do Amazonas, Manaus, AM 69077-000, Brasil,19Departamento Biologia Geral, Universidade Federal de Vicosa, Vicosa, MG 36571-000, Brasil, 20Laboratoriode Biologia Molecular, Instituto de Ciencias Biologicas, Universidade Federal de Goias, Goiania, GO 74001-970, Brasil, 21Divisao de Recursos Microbianos, Centro Pluridisciplinar de Pesquisas Qumicas, Biologicas eAgrcolas, Universidade Estadual de Campinas, Paulinia, SP 13140-000, Brasil, 22Centro de Biologia Moleculare Engenharia Genetica, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, SP 13083-875, Brasil, 23Departamentode Biotecnologia, Universidade Federal da Paraba, Joao Pessoa, PB 58051-900, Brasil, 24Departamento deBiologia Geral, Universidade Estadual de Londrina, Londrina, PR 86055-990, Brasil, 25Instituto de BioqumicaMedica, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, RJ 21941-902, Brasil, 26Programa de Pos-graduacao em Genetica, Conservacao e Biologia Evolutiva, Instituto Nacional de Pesquisas da Amazonia,Manaus, AM 69067-375, Brasil, 27Laboratorio Nacional de Ciencia e Tecnologia do Bioetanol CTBE,Campinas, Sao Paulo, SP 13083-970, Brasil, 28Departamento de Ciencias Farmaceuticas, Faculdade deCiencias Farmaceuticas de Ribeirao Preto, Universidade de Sao Paulo, Ribeirao Preto, SP 14040-903, Brasil,29Coordenacao de Biodiversidade, Laboratorio Tematico de Biologia Molecular, Instituto Nacional de Pesquisasda Amazonia, Manaus, AM 69060-001, Brasil, 30Laboratory of Malaria and Vector Research, NIAID, NIH,Bethesda, MD 20817, USA, 31Departamento de Bioqumica e Biologia Molecular, Universidade Federal deVicosa, Vicosa, MG 36570-000, Brasil, 32Departamento de Biologia Celular e Genetica, Universidade Federal doRio Grande do Norte, Natal, RN 59072-970, Brasil, 33Programa de Pos-Graduacao de Genetica e BiologiaMolecular, Instituto de Biociencias, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, RS 90150-197,Brasil, 34Instituto de Ciencias Biologicas, Departamento de Biologia Celular, Universidade de Braslia, Braslia,DF 70910-900, Brasil, 35Departamento de Biologia, Universidade Federal Rural de Pernambuco, Recife, PE50740-520, Brasil, 36Departamento de Biologia, Faculdade de Filosofia, Ciencias e Letras de Ribeirao Preto,Universidade de Sao Paulo, Ribeirao Preto, SP 14040-901, Brasil, 37Instituto de Ciencias Biologicas,Universidade Federal do Para, Belem, PA 66075-970, Brasil, 38Programa de Pos-Graduacao em CienciasGenomicas e Biotecnologia, Universidade Catolica de Braslia, Braslia, DF 70790-160, Brasil, 39EmpresaBrasileira de Pesquisa Agropecuaria Soja, Londrina, PR 86001-970, Brasil, 40Empresa Brasileira de PesquisaAgropecuaria, CNPSA, Concordia, SC 89700-000, Brasil, 41Departamento de Biologia Vegetal, UniversidadeEstadual de Campinas, Campinas, SP 13083-970, Brasil, 42Laboratorio de Vetores da Malaria e Dengue,Instituto Nacional de Pesquisa da Amazonia, Manaus, AM 69067-375, Brasil, 43Laboratorio de Bioinformatica eBiologia de Sistemas, Universidade Estadual de Campinas, Campinas, SP 13083-875, Brasil, 44Departamentode Bioqumica e Imunologia, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, MG 31270-901, Brasil,45Instituto de Biofsica Carlos Chagas Filho, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, RJ 21941-902, Brasil and 46Departamento de Parasitologia, Instituto de Ciencias Biomedicas, Universidade de Sao Paulo,Sao Paulo, SP 05508-000, Brasil

Received January 30, 2013; Revised May 8, 2013; Accepted May 10, 2013

ABSTRACT

Anopheles darlingi is the principal neotropicalmalaria vector, responsible for more than a millioncases of malaria per year on the American contin-ent. Anopheles darlingi diverged from the Africanand Asian malaria vectors 100 million years ago(mya) and successfully adapted to the New Worldenvironment. Here we present an annotated refer-ence A. darlingi genome, sequenced from a wildpopulation of males and females collected in theBrazilian Amazon. A total of 10 481 predicted

protein-coding genes were annotated, 72% ofwhich have their closest counterpart in Anophelesgambiae and 21% have highest similarity with othermosquito species. In spite of a long period of diver-gent evolution, conserved gene synteny wasobserved between A. da