uas

UAS Analisis Survival 2014

Nama : Kadar Ramadhan

NPM : 1306429364

28 Desember 2014

(Dikumpulkan via email sebelum hari Sabtu tanggal 3 Januari 2015, dengan subyek email: UAS Analisis Survival 2014)

Suatu studi dilakukan untuk melihat pengaruh terapi terhadap tingkat kematian atau kekambuhan penyakit kanker payudara pada wanita dengan kanker payudara stadium awal. Semua wanita dalam penelitian diterapi dengan tamoxifen. Tiga kelompok terapi yang diberikan dengan cara randomisasi adalah (1) hanya tamoxifen, (2) kemoterapi diikuti dengan tamoxifen, dan (3) kemoterapi dan tamoxifen diberikan dalam waktu yang bersamaan. Kemoterapi pada umumnya selesai dalam 6 bulan pertama, sedangkan pemberian tamoxifen tetap dilanjutkan selama 5 tahun. Event dalam data adalah kematian (karena apapun) atau kekambuhan kanker payudara. Wanita yang tersensor artinya wanita tersebut masih hidup dan tanpa kekambuhan kanker payudara.

1. Dengan menggunakan regresi Cox, bandingkan 3 metode terapi di-adjust dengan ada tidaknya metastasis. Tuliskan persamaan regresi Cox dan interpretasi hasil perbandingan tersebut.

. xi: stcox ib(1).Terapi ib(0).nodus, nohr

failure _d: Event == 1 analysis time _t: Waktu

Iteration 0: log likelihood = -4015.8399Iteration 1: log likelihood = -3965.0648Iteration 2: log likelihood = -3964.9074Iteration 3: log likelihood = -3964.9074Refining estimates:Iteration 0: log likelihood = -3964.9074

Cox regression -- no ties

No. of subjects = 1370 Number of obs = 1370No. of failures = 590Time at risk = 3576482.182 LR chi2(3) = 101.87Log likelihood = -3964.9074 Prob > chi2 = 0.0000

---------------------------------------------------------------------------- _t | Coef. Std. Err. z P>|z| [95% Conf. Interval]-------------+-------------------------------------------------------------- Terapi | 2 | -.3824141 .1043227 -3.67 0.000 -.5868828 -.1779454 3 | -.2245151 .1020031 -2.20 0.028 -.4244376 -.0245927 | 1.nodus | .7835145 .0831886 9.42 0.000 .6204678 .9465611----------------------------------------------------------------------------.

h (t, terapi) = H0 (t0). exp(β1*terapi2+ β2*terapi3+ β3*nodus)

h (t, terapi) = H0 (t0). exp(-0.38*terapi2 – 0.22*terapi3 + 0.78*nodus)

xi: stcox ib(1).Terapi ib(0).nodus





------------------------------------------------------------------------------ _t | Haz. Ratio Std. Err. z P>|z| [95% Conf. Interval]-------------+---------------------------------------------------------------- Terapi | 2 | .6822125 .0711702 -3.67 0.000 .5560579 .8369881 3 | .7989035 .0814907 -2.20 0.028 .6541376 .9757073 | 1.nodus | 2.189153 .1821125 9.42 0.000 1.859798 2.576833------------------------------------------------------------------------------

.

Interpretasi:

Tingkat kematian/kekambuhan pasien kanker payudara yang melakukan terapi kemoterapi diikuti dengan tamoxifen 0.68 lebih cepat (1.47 lebih lambat) dibandingkan dengan pasien kanker payudara yang hanya diberikan Tamoxifen saja pada status metastase yang sama setelah diadjust dengan status metastasis pada kepercayaan 95%CI 1.19 - 1.79

Tingkat kematian/kekambuhan pasien kanker payudara yang melakukan terapi kemoterapi dan tamoxifen diberikan dalam waktu yang bersamaan 0.80 lebih cepat (1.25 lebih lambat) dibandingkan dengan pasien kanker payudara yang hanya diberikan Tamoxifen saja pada status metastase yang sama setelah diadjust dengan status metastasis pada kepercayaan 95%CI 1.02 - 1.52

2. Apakah model tersebut memenuhi asumsi proportionalitas hazard untuk semua kovariat dalam model.

Dari grafik diatas, terlihat bahwa kurva antar 3 kelompok terapi parallel, namun saling berpotongan, artinya hazard ratio dipengaruhi oleh waktu dan beda hazard ratio di tiap satuan waktu tidak sama, hal ini menunjukkan bahwa hazard tidak proporsional atau asumsi PH tidak terpenuhi. Untuk lebih obyektifnya penilaian asumsi PH, maka bisa dilakukan dengan uji statistik untuk menilai asumsi PH.

Uji asumsi menggunakan uji statistik

. sts test Terapi


Log-rank test for equality of survivor functions

| Events EventsTerapi | observed expected---------------------------+-------------------------Hanya Tamoxipen | 171 137.86kemoterapi, lalu tamoxipen | 199 233.06kombinasi | 220 219.08---------------------------+-------------------------Total | 590 590.00

chi2(2) = 12.95 Pr>chi2 = 0.0015

.Nilai p < 0.05, jadi dapat dsimpulkan bahwa hazardnya tidak proporsional.

Dari grafik diatas, terlihat bahwa kurvanya saling berpotongan, artinya hazard ratio dipengaruhi oleh waktu dan beda hazard ratio di tiap satuan waktu tidak sama, hal ini menunjukkan bahwa hazard tidak proporsional atau asumsi PH tidak terpenuhi. Untuk lebih obyektifnya penilaian asumsi PH, maka bisa dilakukan dengan uji statistik untuk menilai asumsi PH.

. stphtest

Test of proportional-hazards assumption

Time: Time ---------------------------------------------------------------- | chi2 df Prob>chi2 ------------+--------------------------------------------------- global test | 11.62 5 0.0404 ----------------------------------------------------------------

3. Bandingkan kelompok terapi dengan stratified Cox regression dengan stratifikasi berdasarkan ada tidaknya metastasis. Tuliskan persamaan regresi Cox dan interpretasi hasil perbandingan tersebut.

Asumsi tidak ada interaksi antara terapi dan metastasis

. stcox ib(1).Terapi, strata(nodus) nohr



Stratified Cox regr. -- no ties


------------------------------------------------------------------------------ _t | Coef. Std. Err. z P>|z| [95% Conf. Interval]-------------+---------------------------------------------------------------- Terapi | 2 | -.3832023 .1043666 -3.67 0.000 -.587757 -.1786476 3 | -.2220077 .1020656 -2.18 0.030 -.4220526 -.0219627------------------------------------------------------------------------------ Stratified by nodus

h(t, terapi) = H0g (t0). exp(-0.38*terapi2 – 0.22*terapi3)

stcox ib(1).Terapi, strata(nodus)





------------------------------------------------------------------------------ _t | Haz. Ratio Std. Err. z P>|z| [95% Conf. Interval]-------------+---------------------------------------------------------------- Terapi | 2 | .681675 .0711441 -3.67 0.000 .555572 .8364006 3 | .8009092 .0817453 -2.18 0.030 .6556996 .9782767------------------------------------------------------------------------------ Stratified by nodus

Interpretasi :

- Tingkat kematian/ kekambuhan pasien kanker payudara yang diberikan terapi berupa kemoterapi disusul dengan pemberian Tamoxifen 0,68 kali lebih cepat atau 1,47 kali lebih lambat dibandingkan dengan pemberian terapi dengan tamoxifen saja (terapi_1) setelah distratifikasi berdasarkan variabel metastase (nodus).

- Tingkat kematian/ kekambuhan pasien kanker payudara yang diberikan terapi berupa kombinasi kemoterapi dan pemberian Tamoxifen 0,80 kali lebih cepat atau 1,52 kali lebih

lambat dibandingkan dengan pemberian terapi dengan tamoxifen saja (terapi_1) setelah distratifikasi berdasarkan variabel metastase (nodus).

Ada interaksi terapi dengan metastasis (nodus)

. stcox ib(1).Terapi##nodus, strata(nodus) nohr





------------------------------------------------------------------------------ _t | Coef. Std. Err. z P>|z| [95% Conf. Interval]-------------+---------------------------------------------------------------- Terapi | 2 | -.2051239 .1621489 -1.27 0.206 -.5229298 .1126821 3 | .0237006 .1575376 0.15 0.880 -.2850674 .3324685 | 1.nodus | 0 (omitted) |Terapi#nodus | 2 1 | -.3085388 .212209 -1.45 0.146 -.7244608 .1073832 3 1 | -.4320421 .2073688 -2.08 0.037 -.8384775 -.0256067------------------------------------------------------------------------------ Stratified by nodus

h (t, terapi) = H0g (t0). exp(-0.21*terapi2 + 0.02*terapi3 - 0.31terapi2*nodus - 0.43terapi3*nodus)

. stcox ib(1).Terapi##nodus, strata(nodus)





------------------------------------------------------------------------------ _t | Haz. Ratio Std. Err. z P>|z| [95% Conf. Interval]-------------+---------------------------------------------------------------- Terapi | 2 | .8145464 .1320778 -1.27 0.206 .5927812 1.119276 3 | 1.023984 .1613159 0.15 0.880 .7519636 1.394406 | 1.nodus | 1 (omitted) |Terapi#nodus | 2 1 | .7345194 .1558716 -1.45 0.146 .4845858 1.113361 3 1 | .6491821 .1346201 -2.08 0.037 .4323683 .9747184------------------------------------------------------------------------------ Stratified by nodus

.

Interpretasi:- Tingkat kematian/ kekambuhan pasien kanker payudara yang diberikan terapi berupa

kemoterapi disusul dengan pemberian Tamoxifen 0,81 kali lebih cepat atau 1,23 kali lebih lambat dibandingkan dengan pemberian terapi dengan tamoxifen saja (terapi_1) pada yang tidak metastasis dengan 95%CI 0.59 ; 1.11

- Tingkat kematian/ kekambuhan pasien kanker payudara yang diberikan terapi berupa kombinasi kemoterapi dan pemberian Tamoxifen 1.02 kali lebih cepat dibandingkan dengan pemberian terapi dengan tamoxifen saja (terapi_1) pada yang tidak metastasis dengan 95%CI 0.75 – 1.39

-

. lincom _Iterapi1_1+ _Iterapi_no_1, hr

( 1) _Iterapi1_1 + _Iterapi_no_1 = 0

------------------------------------------------------------------------------ _t | Haz. Ratio Std. Err. z P>|z| [95% Conf. Interval]-------------+---------------------------------------------------------------- (1) | .5983002 .0819046 -3.75 0.000 .4575024 .7824288------------------------------------------------------------------------------

.

. lincom _Iterapi1_2+ _Iterapi_no_2, hr

( 1) _Iterapi1_2 + _Iterapi_no_2 = 0

------------------------------------------------------------------------------ _t | Haz. Ratio Std. Err. z P>|z| [95% Conf. Interval]-------------+---------------------------------------------------------------- (1) | .6647518 .0896398 -3.03 0.002 .510361 .8658478------------------------------------------------------------------------------

.

Interpretasi : - Tingkat kematian/ kekambuhan pasien kanker payudara yang diberikan terapi berupa

kemoterapi disusul dengan pemberian Tamoxifen 0,60 kali lebih cepat atau 1,67 kali lebih lambat dibandingkan dengan pemberian terapi dengan tamoxifen saja (terapi_1) pada yang ada metastasis dengan 95%CI 0.46 ; 0.78.

- Tingkat kematian/ kekambuhan pasien kanker payudara yang diberikan terapi berupa kombinasi kemoterapi dan pemberian Tamoxifen 0,66 kali lebih cepat atau 1,52 kali lebih lambat dibandingkan dengan pemberian terapi dengan tamoxifen saja (terapi_1) pada yang ada metastasis dengan 95%CI 0.59 ; 1.11.

4. Dengan menggunakan TVC model, bandingkan kelompok terapi tersebut. (Petunjuk: variabel dalam TVC tergantung dari hasil jawaban nomor 2.) Tuliskan persamaan regresi Cox dan interpretasi hasil perbandingan tersebut.

. stcox ib(1).Terapi ib(0).nodus, tvc( Terapi nodus) texp( _t) nohr





------------------------------------------------------------------------------ _t | Coef. Std. Err. z P>|z| [95% Conf. Interval]-------------+----------------------------------------------------------------main | Terapi | 2 | -.5304989 .1291113 -4.11 0.000 -.7835524 -.2774454 3 | -.5319825 .192013 -2.77 0.006 -.9083211 -.155644 | 1.nodus | 1.038052 .1616392 6.42 0.000 .7212454 1.35486-------------+----------------------------------------------------------------tvc | Terapi | .0000956 .0000503 1.90 0.058 -3.05e-06 .0001942 nodus | -.0001538 .0000825 -1.86 0.062 -.0003154 7.86e-06------------------------------------------------------------------------------Note: variables in tvc equation interacted with _t

.

5. Dari ketiga model di atas, mana model yang lebih menjelaskan pengaruh terapi.

6. Dengan menggunakan TVC model (nodus sebagai TVC variabel), bandingkan kelompok terapi kemo dan non-kemo. Tuliskan persamaan regresi Cox dan interpretasi hasil perbandingan tersebut.

. stcox ib(0).terapi ib(0).nodus, tvc(nodus) texp( _t) nohr





------------------------------------------------------------------------------ _t | Coef. Std. Err. z P>|z| [95% Conf. Interval]-------------+----------------------------------------------------------------main | 1.terapi | -.3004769 .0907949 -3.31 0.001 -.4784316 -.1225222 1.nodus | 1.037964 .1615204 6.43 0.000 .7213898 1.354538-------------+----------------------------------------------------------------tvc | nodus | -.0001518 .0000823 -1.84 0.065 -.0003132 9.58e-06------------------------------------------------------------------------------Note: variables in tvc equation interacted with _t

.

h (t, terapi) = H0 (t0). exp(-0.30*terapi+ 1.04*nodus - 0.0002*nodus*t)

uas

Documents