två år med direkt-pcr - equalis.se · två år med direkt-pcr provflöden i direkt-pcr labbet...

Två år med direkt-PCR Maria Rotzén Östlund

Områdeschef, Klinisk mikrobiologi, virus, Solna, Karolinska

universitetssjukhuset

När får vi svaret?

Två år med direkt-PCR


När får vi svaret?

Bild: Gotland.se samt sr.se

Tidigare snabba metoder

Somliga okänsliga (t ex vissa immunkromatografiska

tester)

Somliga passade inte för stora flöden

(immunofluorescens)


Tidigare känsliga metoder

Oflexibla med batchkörningar (som ”vanlig” PCR)


Omvärldsanalys

Ny teknik, nya

möjligheter.

Snabba

molekylärbiologiska

metoder.


Upphandling, några krav:

Kontinuerlig analys och utsvarning

Nukleinsyraextraktion & nukleinsyrapåvisning i samma instrument

Enkelt handhavande

Rikttid: 1-2 timmar från primärrör till svar


Upphandling, instrument och agens

Fyra olika analyser/analyspaket

• Clostridium difficile (feces)

• Norovirus (feces och kräkning)

• Influensa & RS-virus (luftvägsprover)

• Herpes simplex 1 & 2 (csv)


Upphandling, volymer

Fyra olika analyser/analyspaket

• Clostridium difficile (feces), ca 12 000 prov/år

• Norovirus (feces och kräkning), ca 6 500 prov/år

• Influensa & RS-virus (luftvägsprover), ca 8 000 prov/år

• Herpes simplex 1 & 2 (csv), ca 3 000 prov/år


Vilka blev det?


Focus Simplexa (Triolab)

Influensa A och B, RSV


Norovirus

GeneXpert (Cepheid- Diagentec)


Abacus (Triolab)

C difficile-toxin


Focus Simplexa (Triolab)

Herpes simplex 1 och 2, likvor


Gemensamt för alla instrument

Kontinuerlig analys och utsvarning

Nukleinsyraextraktion & nukleinsyrapåvisning i samma

instrument

Rikttid: 1-2 timmar från primärrör till svar

Enkelt handhavande



Provflöden i Direkt-PCR labbet

Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet

C. difficile 12 000

2+2 4 prov/körning och instrument

Norovirus 6500

1+1 16 moduler/instrument

Influensa & RSV 8000

8 prov/körning och instrument

HSV 1 & 2 3 000

2+2

Säsongen 2014-2015

Start oktober 2014


Mikrobiologen

Solna Huddinge


Team direkt-PCR första säsongen

Molekylärbiologer

BMA/labingenjörer

Koordinatorer

Chefer

Läkare

Kundansvariga

Inköp

IT

Två år med direkt-PCR Bild: dn.se

http://www.google.se/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&frm=1&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0CAcQjRw&url=http://www.dn.se/sport/dackstrategierna-avgor-formel-1/&ei=_IRjVdGTK4G5sQHj3IGQDA&bvm=bv.93990622,d.bGg&psig=AFQjCNGgOys3WUiqOFpBg0gt7ho1VY6unA&ust=1432671792143189

Team direkt-PCR första säsongen

Molekylärbiologer

BMA/labingenjörer

Koordinatorer

Chefer

Läkare

Kundansvariga

Inköp

IT


Alla från

Klinisk

mikrobiologi

http://www.google.se/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&frm=1&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0CAcQjRw&url=http://www.dn.se/sport/dackstrategierna-avgor-formel-1/&ei=_IRjVdGTK4G5sQHj3IGQDA&bvm=bv.93990622,d.bGg&psig=AFQjCNGgOys3WUiqOFpBg0gt7ho1VY6unA&ust=1432671792143189

Erfarenheter

Tekniskt

Svarstider

Arbetsmiljö

Kundperspektiv


Erfarenheter - teknik (2014-15)

Tekniskt fungerat tämligen väl, förutom:

En kontamination

En del instrumentproblem


Erfarenheter -kund

I början:

”Är svaret redan klart?”

I mitten:

”Åh, så bra med svar hela julhelgen” ”Kan vi akutmärka och få

ännu snabbare svar?”

I slutet:

”Varför har ni så oacceptabelt långa svarstider på kvällar och

helger, patienterna kan ju inte vänta på akuten så länge?”


Erfarenheter – arbetsmiljö (samverkan)

Molekylären har förstärkts med två personer per site. Provflödet fungerar bra. Svaren är

fortfarande inte tillräckligt snabba så vi har inte fått färre samtal till

kundtjänst. Det har blivit mindre stress under

högsäsong vilket är positivt och det upplevs som

lugnare på alla placeringar.


Svarstiderna?


Influensa A och, RSV


0:00:00

4:48:00

9:36:00

14:24:00

19:12:00

24:00:00

28:48:00

maj

jun

jul

aug

sep

okt

nov

dec

jan

feb

mar

apr

maj

jun

jul

aug

sep

okt

nov

dec

jan

feb

mar

apr

2013 2014 2015

Tid

(h

:min

)

Medeltid

Mediantid

Norovirus


0:00:00

4:48:00

9:36:00

14:24:00

19:12:00

24:00:00

28:48:00

maj

jun

jul

aug

sep

okt

nov

dec

jan

feb

mar

apr

maj

jun

jul

aug

sep

okt

nov

dec

jan

feb

mar

apr

2013 2014 2015

Tid

(h

:min

)

Medeltid

Mediantid

C difficile-toxin


0:00:00

4:48:00

9:36:00

14:24:00

19:12:00

24:00:00

28:48:00

maj

jun

jul

aug

sep

okt

nov

dec

jan

feb

mar

apr

maj

jun

jul

aug

sep

okt

nov

dec

jan

feb

mar

apr

2013 2014 2015

Tid

(h

:min

)

Medeltid

Mediantid

Sammanfattning säsong 2014-15

Genom att införa Direkt-PCR (”allt-i-ett”) på mikrobiologen har

tiden från primärrör ankommer till laboratoriet till svar minskat

från ca 24 timmar till ca tre timmar.

Framtiden:

För att ytterligare minska svarstiderna behöver vi öka

tillgängligheten, både vad gäller arbetstider och lokalisation.

Fler agens kan vara aktuella.


Tillgänglighet


Öppet

Stängt

Tillgänglighet


Öppet

Stängt

Kvällar

och nätter

Dagtid

Karolinska universitetslaboratoriet


6 sjukhus

Ca 70 närlab

Service till:

Alla akutsjukhus utom St

Göran

Ungefär hälften av

primärvården

24/7

Mikrobiologi alltid!

Eller

till kl 22? till kl 24?

från kl 6? från kl 7?

Lördag? Söndag?

Mikrobiologi överallt!

Eller

på mikro?

på gemensamma

24/7-lab?

på akuten?


Vår vision:

Mikrobiologi på 24/7-laboratorier

Direkt-PCR, tex:

• C. difficile

• Norovirus

• Influensa

• RSV

Blododlingsskåp HIV/hepatit

Malaria

Biobank


http://www.google.co.uk/imgres?imgurl=http://www.laboratoryalliance.com/images/bottles1.jpg&imgrefurl=http://www.laboratoryalliance.com/speccollcont.cfm&usg=__445l1eeKqlD-Obm8qQOIDQfuGwc=&h=216&w=128&sz=6&hl=en&start=38&zoom=1&tbnid=s30j8NXPk0zXDM:&tbnh=107&tbnw=63&ei=jvXNT5mTNouK4gSB7_TLDA&prev=/search?q=blood+culture&start=21&hl=en&sa=N&tbm=isch&prmd=ivnsb&itbs=1

Syfte med införande, säsong två:

Behov av ännu snabbare diagnostik av

influensa-, RS- och norovirus

-Minska behovet av vård på enkelrum

-Vid mycket kort svarstid kan man erhålla ett bättre akut

omhändertagande av patienten


Slutmål: Dygnet runt på de fyra största

akutsjukhusen


Vision


SÖS

(kemi) DS

(kemi/trans)

KHu (kemi/trans)

KSo (kemi/trans)

Svar inom 4 h

Steg 1 (delmål)

Införande på SÖS säsongen 2016

Steg 1) Steg 2)


Svar inom 4-10 h

SÖS (kemi)

KSo (mikro)

dag

KHu (mikro)

dag

SÖS

(kemi) DS

(kemi/trans)

KHu (kemi/trans)

KSo (kemi/trans)

Svar inom 4 h

Start februari 2016


0

100

200

300

400

500

600

700

27 29 31 33 35 37 39 41 43 45 47 49 51 53 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 22 24 26

Vecka

Antal prover - luftvägsvirus

2011/2012

2012/2013

2013/2014

2014/2015

2015/2016

Team direkt-PCR andra säsongen

Molekylärbiologer

BMA/labingenjörer

Koordinatorer

Chefer

Läkare

Kundansvariga

Inköp

IT

Transportansvariga

Lokalansvariga


Team direkt-PCR andra säsongen

Molekylärbiologer

BMA/labingenjörer

Koordinatorer

Chefer

Läkare

Kundansvariga

Inköp

IT

Transportansvariga

Lokalansvariga


Klinisk kemi,

provmottagning

och klinisk

mikrobiologi

Massiv utbildningsinsats

• Medicinsk

• ADBakt (mikrobiologens LIS) Smittskyddsanmälan!

• Metodologisk

• Superanvändare på kemi

• Teoretisk och praktisk utbildning på aktuella instrument, med all

personal på kemi SÖS (ca 30 stycken)


Ett ”nytt” lab

Säkerhetsbänk

Uppkoppling mot mikrobiologens LIS

Instrument


Detaljer - Organisation

EN person kontaktväg in till Klinisk mikrobiologi ->

namngiven molekylärbiolog

Medicinskt ansvarig – >

namngiven läkare på klinisk mikrobiologi


Detaljer - märkning

SÖS använder rak märkning


Detaljer - Dokument

Nya lathundar:

För analyserna

För utsortering


Detaljer - Behörigheter

Behörighet

• Tekniskt ansvarig molekylärbiolog, Klinisk mikrobiologi

Behörighet • Områdesansvarig BMA, Klinisk kemi

Behörighet

• Personal Klinisk kemi


Detaljer – Sortering av prov jourtid


Danderyd Huddinge Solna

Utförare: Kemi, DS Mikro, H Kemi, H Mikro, S Kemi, S

Mån-fre Hela dygnet Fram till 19 Kvällar och

nätter

Fram till 19 Kvällar och

nätter

Lör-sön,

helg Hela dygnet Till tidig em Kvällar och

nätter

Till tidig em Kvällar och

nätter

Detljer - Transporter från DS → Solna →

Huddinge →SÖS


Danderyd Solna Huddinge Till SÖS

Mån-fre: 19:00 19:45 20:15

21:30 22:00 22:45 23:15

01:00 01:30 02:15 02:45

Lör-sön, helg: 16:00 16:30 17:15 17:45

18:30 19:00 19:45 20:15

21:30 22:00 22:45 23:15

01:00 01:30 02:15 02:45

Detaljer – kompletterande analyser och

biobank

SÖS skickar (”tillbaka”) analyserade prov till mikrobiologen för

utvidgad diagnostik samt biobankning


Start


SÖS v 7 2016

• Med stöd av mikrobiologens personal dygnet runt

• Endast SÖS prov analyseras

• Upplärning av kemis personal skedde parallellt med drift

Karolinska och Danderyd släpptes på v 8 2016

• Stöd av mikro dagtid och kvällstid

Hur går det??


En hel del upptäckter vid inkörning de första veckorna

Justering när mikro måste sluta köra prov för dagen

Justering av arbetstider

Första helgens ”återtransport” av prov till mikro – logistik



0:00

12:00

24:00

36:00

48:00

60:00

72:00

84:00 Influensa A RNA TAT till prel svar

Medel, ankomst LNP till prelsvar

Median, ankomst LNP till prelsvar

Ankomst LNP till prelsvar 90%


0:00

12:00

24:00

36:00

48:00

60:00

72:00

84:00

96:00

108:00

jan 2

013

feb 2

013

mar

2013

apr

2013

maj 2

013

jun 2

013

jul 2013

aug 2

013

sep 2

013

okt 2013

nov 2

013

dec 2

013

jan 2

014

feb 2

014

mar

2014

apr

2014

maj 2

014

jun 2

014

jul 2014

aug 2

014

sep 2

014

okt 2014

nov 2

014

dec 2

014

jan 2

015

feb 2

015

mar

2015

apr

2015

maj 2

015

jun 2

015

jul 2015

aug 2

015

sep 2

015

okt 2015

nov 2

015

dec 2

015

jan 2

016

feb 2

016

mar

2016

Tid (h:min)

Norovirus RNA, TAT, efter införande på SÖS

En första sammanfattning av direkt-PCR

på SÖS, klinisk kemi

Genom att införa Direkt-PCR (”allt-i-ett”) på kvällar och nätter på

klinisk kemi på SÖS har svarstiden minskat än mer jämfört med

tidigare säsong. Ses fr a på de prov där svarstiden tidigare var

lång, t ex i samband med helger.

Framtiden:

För att ytterligare minska svarstiderna behöver vi öka

tillgängligheten, vad gäller lokalisation.

Fler agens kan vara aktuella.


två år med direkt-pcr - equalis.se · två år med direkt-pcr provflöden i direkt-pcr labbet...

Documents