svm を用いた生体分子への 金属結合部位予測手法の提案
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SVM を用いた生体分子への 金属結合部位予測手法の提案. 中澤昌美 ✝ 高田雅美 ✝ 横田恭宣 * 野口保 * 関嶋政和 * 城和貴 ✝ ✝奈良女子大学大学院人間文化研究科 * 産業技術総合研究所生命情報工学研究センター. 目次. 金属タンパク質 立体構造解析手法 Protein Data Bank (PDB) Support Vector Machine (SVM) 金属結合予測手法 実験 まとめ. 金属タンパク質. 金属タンパク質 = タンパク質 + 金属イオン 金属イオンの働き. フォールディング 補酵素. 1A0B. - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
PDB
LinSVM
SVM
*
LIBSVM
4
3
7, 25, 29, 37, 40, 53, 57, 65, 68, 81, 85 (11)
0.95
117
4
1A1F
7, 25, 29, 37, 40, 53, 57, 65, 68, 81, 85
7, 25, 29, 37, 40, 53, 57, 65, 68, 81, 85
7, 25, 29, 37, 40, 53, 57, 65, 68, 81, 85
7, 25, 29, 37, 40, 53, 57, 65, 68, 81, 85
0.95
0.90
0.85
0.80
*
4/4
0.90
4/4
0.85
3/3
0.80
3/3
Nara Women’s University
20
LinSVM
SVM
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LIBSVM
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1A1F
7, 25, 29, 37, 40, 53, 57, 65, 68, 81, 85
7, 25, 29, 37, 40, 53, 57, 65, 68, 81, 85
7, 25, 29, 37, 40, 53, 57, 65, 68, 81, 85
7, 25, 29, 37, 40, 53, 57, 65, 68, 81, 85
0.95
0.90
0.85
0.80
*
4/4
0.90
4/4
0.85
3/3
0.80
3/3
Nara Women’s University
20