snp molekulinio kariotipavimo rezultatai -Ūll. genetinių … · 2018-09-13 · •4 monosomija...
TRANSCRIPT
SNP molekulinio kariotipavimo rezultatai - ŪLL.
Genetinių tyrimų algoritmas HOTC
SNP-A analizė• Naudoti mikrolustai, turintys 300 000 SNP žymenų
• Ištirti 20 suaugusiųjų ŪLL pacientų.
V P, 63 m.
V P, 63 m.
Nustatytos genominės aberacijos:
• dup(1q)
• del(1)(p23) (16.7 Mb) – RPS7, TPO
• del(5q)
• dup(10)(p12p15) (13 Mb) – CUBN, MLLT10
• del(10)(q21.2) (4.2 Mb) – ZNF365
• del(10)(p14) (2.8 Mb) – CELF2
Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:
RPS7 – koduoja ribosominį baltymą, reikalingas rRNR brendimui.
TPO – skydliaukės hormonų T(3) ir T(4) reguliatorius.
CUBN – dalyvauja vit.B12, geležies, lipoproteinų metabolizme.
MLLT10 - myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia. Transkripcijos veiksnys, būna fusion
• dup(13q)
• 20 trisomija
• 21 trisomija
• del(22)(q13qter) (8.1 Mb)
• 17p LOH
leukemia. Transkripcijos veiksnys, būna fusion su MLL.
ZNF365 – dalyvauja šlapimo rūgšties metabolizme.
CELF2 – su RNR sąveikaujantis baltymas, siejamas su neuroblastoma.
Laboratoriniai duomenys
• mėginys – kaulų čiulpai
• blastai – kč nevertinti
• blastai kraujyje – 75%
V J, 22 m.
Nustatytos genominės aberacijos:
• dup(4q) (227 Kb) – GRID2
• del(9)(p22) (1.1 Mb) – 24 genai, IFNA1,
CDKN2A
• 21 trisomija
• 13q LOH
Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:
GRID2 – jonotropinis glutamato receptorius, dalyvauja neurotransmiterių pernašoje. Funkcijos sutrikdymas siejamas su neuronų apoptoze.
IFNA1 – interferonas-alfa, produkuojamas makrofagų, būdingas antivirusinis aktyvumas
CDKN2A – nuo ciklinų priklausantis kinazės 2A inhibitorius, vėžio supresorius, dalyvauja reguliuojant G1 ir G2 ląstelės stadijas,
V J, 22 m.
reguliuojant G1 ir G2 ląstelės stadijas, stabilizuoja p53 baltymą, jungiasi ir reguliuoja (slopina) BCL6 geno transkripcijos aktyvumą
Laboratoriniai duomenys
• mėginys – kaulų čiulpai
• blastai – 86%
• kariotipu nustatyta 21 trisomija
S R, 55 m.
Nustatytos genominės aberacijos:
• del(9)(p13) (2.8Mb) – PAX5, FANCG
Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:
PAX5 – dalyvauja B-ląstelių diferencijacijoje
FANCG – DNR reparacijos baltymas, dalyvauja post-replikacinėje reparacijoje, yra ląstelės ciklo “check-point” reguliatorius, siejamas su Fankoni anemija
S R, 55 m.
Laboratoriniai duomenys
• mėginys – kaulų čiulpai
• blastai – 87%
• BCR-ABL(+)
S Ž, 25 m.
S Ž, 25 m.
Nustatytos genominės aberacijos:
• dup(2q) (16 Mb)
• dup(11p) – chromosomos trumpasis petys
• dup(16p) (6 Mb)
Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:
analizuojami
Laboratoriniai duomenys
• mėginys – kraujas
• blastai – 52%
• KMUK
R S, 22 m.
R S, 22 m.
Nustatytos genominės aberacijos:
• aberacijų nenustatyta
Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:
Laboratoriniai duomenys
• mėginys – kaulų čiulpai
• blastai – 77%
R G, 22 m.
R G, 22 m.
Nustatytos genominės aberacijos:
• dup(3)(q27) (2.9 Mb) – BCL6, LPP
• dup(6)(q13q22) (80Mb)
• del(9)(p22) (4.6 Mb) – MLLT3
• del(13)(q33) (6.9 Mb) – LIG4, ING1, F7
• dup(14)(q32) (18.3 Mb)
Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:
BCL6 – transkripcijos faktorius, susijęs su B-cell CLL/lymphoma 6 patogeneze
LPP – dalyvauja ląstelių adhezijoje arba kaip transkripcijos ko-aktyvatoius, dažnas onkogeninių translokacijų dalyvis
MLLT3 - myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia, būna fusion su MLL
LIG4 – DNR ligazė, dalyvauja V(D)J LIG4 – DNR ligazė, dalyvauja V(D)J rekombinacijoje ir DNR dvigubų trūkių reparacijoje
ING4 – vėžio supresoriaus genas, sąveikauja su p53, stabdo ląstelių augimą ir aktyvuoja apoptozę.
F7 – koaguliacijos faktorius VII, funkcijos sutrikdymas siejamas su koagulopatija
Laboratoriniai duomenys
• mėginys – kaulų čiulpai (2010-07-27)
• blastai – 23%
• pirminis refrakterumas
• MRD pagal IG/TCR 100% (2011-05-10)
• diagnozuotas įgimtas VII faktoriaus deficitas
P M, 56 m.
P M, 56 m.
Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:
RPS14 – ribosominis baltymas S14
IRGM – siejamas su imuniniu atsaku į infekcijas, yra indukuojamas interferono, dalyvauja makrofagų adhezijoje
Nustatytos genominės aberacijos:
• del(5)(q32) (400 Kb) – RPS14, IRGM
Laboratoriniai duomenys
• mėginys – kaulų čiulpai
• blastai – 21,5%
• molekuliniai tyrimai - neigiami
N K, 55 m.
N K, 55 m.
Nustatytos genominės aberacijos:
• 2p LOH
• 5q LOH
• 6pLOH
• 15p LOH
Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:
analizuojami
Laboratoriniai duomenys
• mėginys – kaulų čiulpai
• blastai – 96%
• molekuliniai tyrimai - neigiami
A K, 59 m.
A K, 59 m.
Nustatytos genominės aberacijos:
• 4q LOH
Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:
analizuojami
Laboratoriniai duomenys
• mėginys – kaulų čiulpai
• blastai – 89%
• molekuliniai tyrimai - neigiami
K K, 18 m.
K K, 18 m.
Nustatytos genominės aberacijos:
• norma
Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:
Laboratoriniai duomenys
• mėginys – kaulų čiulpai
• blastai – 84%
• molekuliniai tyrimai, FISH – neigiami
• kariotipas – norma
J Š, 79 m.
J Š, 79 m.
Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:
> 56 chromosomos bei 4 ir 10 trisomijos siejamos su gera prognoze
Nustatytos genominės aberacijos:
• 1 trisomija
• 4 trisomija
• 5 trisomija
• 10 trisomija
• 11 trisomija
• 14 trisomija
• 15 trisomija• 15 trisomija
• 16 trisomija
• 22 trisomija
• dup(17p)
Laboratoriniai duomenys
• mėginys – kaulų čiulpai
• blastai – 32%
• molekuliniai tyrimai – neigiami
J B, 79 m.
J B, 79 m.
Nustatytos genominės aberacijos:
• 3 monosomija
• 4 monosomija
• 7 monosomija
• 8 trisomija
• 9 monosomija
• 13 monosomija
• 17 monosomija
Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:
FANCM – siejamas su Fankoni anemija, dalyvauja viengranžių DNR trūkių reparacijoje.
• 17 monosomija
• 18 monosomija
• 20 monosomija
• dup(14q) (12 Mb) - FANCM
Laboratoriniai duomenys
• mėginys – kaulų čiulpai
• blastai – 92%
• molekuliniai tyrimai – neigiami
• ligos progresija specifinio gydymo fone, konstatuojamas refrakteriškumas
I E, 26 m.
I E, 26 m.
Nustatytos genominės aberacijos:
• del(6)(q21) (6.4 Mb)
• del(17p)
• dup(21q)+ LOH – AML1(RUNX)
• 7q LOH (16.7 Mb)
Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:
AML1 – amplifikacija blogas prognostinis žymuo
Laboratoriniai duomenys
• mėginys – kaulų čiulpai
• blastai – 85%
• FISH – galima AML1 amplifikacija
I G, 19 m.
I G, 19 m.
Nustatytos genominės aberacijos:
• 9p LOH (24 Mb) – JAK2
• del(10)(q23) (430 Kb) – PTEN
• del(1)(p32p33) (500 Kb) – SIL/TAL1
Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:
PTEN – vėžio supresoriaus genas, fosfatazė, taip pat dalyvauja neuronų veikloje, sinapsių susidaryme, reguliuoja insulino ir gliukozės metabolizmą.
JAK2 - ?
SIL/TAL1 - ?
Laboratoriniai duomenys
• mėginys – kaulų čiulpai
• blastai – 84%
• RPL
• FISH – del(1)(p32p32)
G R, 19 m.
G R, 19 m.
Nustatytos genominės aberacijos:
• 4 trisomija
• 6 trisomija
• 9 trisomija
• 17 trisomija
• 18 trisomija
• X trisomija
• dup(14q) (4 Mb+2 Mb)
Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:
Hiperdiploidinis kompleksinis kariotipas
• dup(14q) (4 Mb+2 Mb)
Laboratoriniai duomenys
• mėginys – kaulų čiulpai
• blastai – 77,5%
• FISH – galimi chromosomų skaičiaus pakitimai: trys 9, 4 chromosomos, keturios 21, 14 chromosomos
• Citogenetika (SORPO) - išanalizuota 25 ląstelės. 11-oje ląstelių nustatytas hiperdiploidinis kompleksinis kariotipas. Atskirose ląstelėse rasti skirtingi papildomų chromosomų deriniai. Taip pat rasta papildoma markerinė chromosoma, kurios susidarymo mechanizmas neindentifikuotas. Likusiose ląstelėse nustatytas moteriškos lyties kariotipas be pakitimų
E D, 53 m.
E D, 53 m.
Nustatytos genominės aberacijos:
• dup(3q)(9 Mb, BRCA2, KL )+del(3q)(2.6 Mb)+dup(3q)(9,7 Mb, RB1)
• dup(19p)
Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:
BRCA2 – dalyvauja dvigrandžių DNR trūkių reparacijoje ir homologinėje rekombinacijoje.
KL – reguliuoja kalcio ir fosforo homeostazę.
RB1 – vėžio supresoriaus genas, retinoblastoma
ELANE – mutacijos šiame gene siejamos su cyclic neutropenia ir severe congenital neutropenia neutropenia
STK11 – kinazė, vėžio supresoriaus genas
TCF3 – transkripcijos reguliatorius, dalyvauja ankstyvoje B-ląstelių diferencijacijoje.
KLF1 – dalyvauja eritropoezėje
LYL1 – transkripcijos faktorius, dalyvauja hematopoezėje, dažnai įvyksta translokacijos tarp šio geno ir T ląstelių receptoriaus beta lokuso
Laboratoriniai duomenys
• mėginys – kaulų čiulpai
• blastai – 79,5%
• FISH - neigiamas
E B, 22 m.
E B, 22 m.
Nustatytos genominės aberacijos:
• del(1)(q34) (2 Mb) – PBX1
• dup(9)(q21) (1.2 Mb) – RMI1
• dup(10q)
• 22q LOH
Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:
PBX1 – transkripcijos aktyvatorius, siejamas su pre-B ląstelių leukemija, dalyvauja steroidogenezėje.
RMI1 – dalyvauja DNR reparacijoje
Laboratoriniai duomenys
• mėginys – kaulų čiulpai
• blastai – 92%
• molekuliniai tyrimai - neigiami
D M, 63 m.
D M, 63 m.
Nustatytos genominės aberacijos:
• 8p LOH (4 Mb)
• dup(15)(q11) (3 Mb) – BCL8
Genai, patenkatys į nustatytas aberacijas:
BCL8 – transkripcijos faktorius, susijęs su B-cell CLL/lymphoma 8 patogeneze
Laboratoriniai duomenys
• mėginys – kaulų čiulpai
• blastai – 60%
• molekuliniai tyrimai – BCR-ABL1(+)
PCR FISH G-banding SNP-A
AMLt(15;17), t(8;21), t(6;9),
inv(16), t(9;11), t(9;22) inv(3), MLL, RARA break - +
ALLt(9;22), t(1;19), t(4;11),
t(12;21), IG/TCRMLL, AML ic21(amp), E2A t(1;19),
BCR-ABL1 + +(pagal reikala)
MDS - MLL
+(jei SNP-A nepavyksta arba atskiru paskyrimu) +
Genetinių tyrimų algoritmas HOTC
MPN - MLL
+(jei SNP-A nepavyksta arba atskiru paskirimu) +
LML t(9;22) t(9;22) - -
LLL - del(17p), del(11q) - -
MM - del(17p), t(4;11) - -