snp による大規模 ld マッピング
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SNP による大規模 LD マッピング. 川口 喬久 川上 弘人 山田 亮 関根 章博 中村 祐輔 山本 一彦 角田 達彦 理化学研究所 遺伝子多型研究センター. ミレニアムプロジェクト. 2000 年春から開始 遺伝子領域を中心に 100,926SNP を配置 ケースコントロール解析でスクリーニング 連鎖不平衡解析による LD マッピング PADI4 (1p r.r=2.00), SLC22A4 (5q r.r=1.98), FCRL3 (1p r.r=2.15) を同定 (* FCRL3 は 19 日 SS(16:30 ~ ) ). - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
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SNP による大規模 LD マッピング
川口 喬久 川上 弘人 山田 亮 関根 章博 中村 祐輔 山本 一彦 角田 達彦
理化学研究所 遺伝子多型研究センター
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2000 年春から開始 遺伝子領域を中心に 100,926SNP を配置 ケースコントロール解析でスクリーニング 連鎖不平衡解析による LD マッピング PADI4 (1p r.r=2.00), SLC22A4 (5q r.r=1.98),
FCRL3 (1p r.r=2.15) を同定( *FCRL3 は 19 日 SS(16:30 ~ ) )
SNP および LD ブロックによる、全遺伝子のカバーの度合いを報告
ミレニアムプロジェクト
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LD マッピングの原理
snp snp snp snp snp snp
組み換えが一様であれば、マーカーが検出できる範囲もまた一様
真の疾患ローカス
snp snp snp snp snp snp
すべての隣接する塩基間で連鎖が平衡に達していれば、 SNPはマーカーにはなりえない
組み換えが多く発生した箇所
SNPがマーカーとして機能しうる範囲
snp snp snp snp snp snp
実際には、組み換えが多かった部位は局在している
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LD マッピングの手順
SNP
遺伝子
A C G TG G G T
A C C G T T C C T G G C CG G G T C G C G A C T A GA G C T C G C G A C G C GA C G G C G G G T G T A C
A C G T T C C A A C AG G T C G C G T C G AA C T C G C G T A C C
ハプロタイプ&htSNP
ブロック
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遺伝子中心配置
SNP
ブロック
遺伝子
A C G TG G T CA C T C
A C G TG G T CA C T CA G G C
A C G C T G G G C Aハプロタイプ
A C G C G G T GA C T C
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遺伝子、 SNP の推移
Gene
dbSNP
20052000 2001 2002 2003 2004
2.5m
5.0m
10m
7.5m
10k
20k
40k
30k
50k
プロジェクトスタート
>1000 万 SNPs
27,283Genes
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遺伝子のカバー率
SNP もしくは block によって、一部でも検証された遺伝子の数
12,890 ( 60.9% ) 遺伝子あたりの SNP 数および密
度5.0±6.4 個 / 遺伝子0.2±0.3 個 /kb
常染色体総遺伝子数:21,153
SNPでカバー
Blockでカバー
カバーされず
4,509
8,381
8,263 12,89
0
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LD マッピングの結果 ブロックを構成する SNP 数 5.6±6.5 個 ブロック数およびブロック平均長 7,875 個、 28.1±69.6 kb ブロックあたりのハプロタイプ( >5%) 数
2.6±1.0 個 ブロックあたりの htSNP 数 1.6±0.9 個
A C G TG G T CA C T C
A C G TG G T CA C T CA G G C
A C G C T G G G C A
A C G C G G T GA C T C
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全染色体への分布
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まとめ
100,926 個の SNP を使って常染色体のスクリーニングおよび LD マッピングをおこなった
約 60 %の遺伝子は SNP もしくはブロックによって解析された
これまでの解析で PADI4, SLC22A4, FCRL3を報告した
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謝辞 臨床施設
東京大学病院アレルギー・リウマチ内科日本医科大学附属病院リウマチ科行岡病院・ ( 独 ) 相模原病院・松原メイフラワー病院・
( 独 ) 大阪南病院・鳥取大学整形外科・県立山梨中央病院 遺伝子多型研究センター
関節リウマチ研究チーム 鈴木 亜香里( PADI4) 徳廣 臣哉 (SLC22A4) 高地 雄太 (FCRL3)
情報解析研究チーム 高橋 篤