seminario 8 sample and data sharing
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Sample and data sharing: Observations from a central data repository
Mary-Anne Ardini, Huaqin Pan, Ying Qin, Philip C. Cooley
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2003 NIH Política de Datos Compartidos
Investigadores con proyectos >500.000 USD
anuales, deben considerar en su
proyecto el compartir los datos
Desarrollo de archivos de datos y biorepositorios.
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• NIDDK Central Repository (CR).• Muestras y datos de >70 proyectos de
investigación clínica.• Diversas áreas como:– Diabetes.– Sistema Digestivo.– Renal.– Hepático.– Sistema Urológico.
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Oportunidad analizar gran cantidad de datos, de múltiples estudios, que incrementan el poder
de los análisis estadísticos
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Desarrollo e implementación:Diseño
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Dominio Público
Base de datos
primaria A
Base de datos
primaria BBase de
datos primaria C
• Múltiples bases de datos primarias en dominios privados con una base de datos de soporte en dominio púbico.
Dominio Privado
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Dominio Privado
Base de datos de gestión de proyectos:
- Tablas y vistas para seguimiento, manejo y estudio de
proyectos.
Base de datos de estudio:- Recibir solicitudes y proveer datos para investigadores que lo soliciten.- Tablas con datos de estudios.- Muestras e información asociada.
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Dominio público• Página web de acceso público.• Información de estudios disponibles.• Enlace con páginas privadas.• Foros.• Solicitudes de investigadores.• Sistema de navegación a través de las bases de
datos.
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Desarrollo e implementación:Realidad
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• Bases de datos seguras sin acceso directo a investigadores externos.
• Deben crear solicitud explicando el uso de los datos, la que debe ser aprobada.
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Mejora la relación con investigadores.
Asistencia a investigadores novatos.
Mayor asistencia del personal del
biorepositorio al investigador
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Realidad• Dominio público:– Descripción general del estudio.– Manuales de operación y protocolos.– Formularios para recolección de datos clínicos.– Descripción de datos disponibles.– Listado de publicaciones.– Datos de estudios clínicos sólo disponibles para
usuarios autorizados.– Public Query Tools (PQT).
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• Software de soporte.
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• Hardware de soporte.
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Adaptación a los cambios• Recolección remota de datos biométricos.• Omics:– Almacenamiento y presentación de datos.– Control de calidad.– Nuevos desafíos.
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Trabajo con Investigadores
Proyectos de NIDDK
suscritos al repositorio
central.
Proyectos que requieren
datos y muestras del repositorio.
Distintos niveles de
experiencia
Alto grado de complejidad
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Trabajo con Investigadores
Personal interviene en
distintas etapas del proceso.
Hablar el mismo
lenguaje.
Capacitado y flexible.
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Promoción y uso continuo
Conferencias.
Sitio web.
Alianzas.
Permitir investigación
adicional usando recursos disponibles
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Desafíos• Insuficiencia de datos:– Datos y muestras recolectados previamente, sin
metodología estándar.– Documentación e información incompleta.
• Ausencia de enlace:– Problema con los archivos que enlazan al bioespecimen
con los datos clínicos.– Debe estar presente siempre la confidencialidad de las
muestras.
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Desafíos• Propiedad de los datos:– Datos deben ser compartidos dentro de los dos
primeros años de finalización del estudio.– Si los estudios son epidemiológicos o
longitudinales, los datos deben ser liberados en fases.
– Repositorio proactivo en recolección.
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Desafíos• Consentimiento:– Variable.– Difícil de automatizar.– Esfuerzo por estandarizar sin perder especificidad.
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Desafíos• Sustentabilidad:
Establecimiento asociado
Investigadores asociados
Cobro por muestras
biológicas y su correspondiente
información clínica
Alta calidad de muestras y datos
Detalle del manejo de la
muestra
Controles de calidad estrictos
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Futuro• Estudio de enfermedades genéticas específicas.• Omics - medicina personalizada y retorno de
información a los pacientes.• Repositorios de datos moleculares.• Tecnología robótica en almacenamiento y
extracción.• Relación dinámica entre tecnologías emergentes e
infraestructura necesaria para apoyar la investigación.
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• Esfuerzos nacionales y multinacionales para crear biobancos poblacionales y de cohorte longitudinal y uso en investigación genética a gran escala.
• Influencia de estructura gubernamental y sistema de salud.
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Gracias