séminaire cerf 25 mars 2011 marie chupin – ingénieur de recherche cnrs
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Séminaire CERF 25 mars 2011 Marie CHUPIN – Ingénieur de Recherche CNRS. CV : résumé. Diplôme d’ingénieur et DEA Octobre 2000. Soutenance de thèse septembre 2004. Doctorat en imagerie médicale Directrice de thèse Line Garnero. Doctorat en imagerie médicale - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
Séminaire CERF
25 mars 2011
Marie CHUPIN – Ingénieur de Recherche CNRS
Post docDéveloppements longitudinaux de la segmentation de l'hippocampe (et de l’amygdale) & Application à l'épilepsie
Post docDéveloppements longitudinaux de la segmentation de l'hippocampe (et de l’amygdale) & Application à l'épilepsie
ThèseTraitement d’images anatomiques
pour la morphométrie des structures cérébrales & corrélation avec les données d’imagerie fonctionnelle
ThèseTraitement d’images anatomiques
pour la morphométrie des structures cérébrales & corrélation avec les données d’imagerie fonctionnelle
École Supérieure d'OptiqueOption traitement des images
École Supérieure d'OptiqueOption traitement des images
CV : résumé
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Diplôme d’ingénieur et DEAOctobre 2000
1997 2005 2007
Doctorat en imagerie médicaleDirectrice de thèse Line Garnero
2001
Ingénieur de recherchedéveloppement logiciel, gestion
d’études multicentriques & application à la classification
Doctorat en imagerie médicaleDirectrice de thèse Line Garnero
2010
Soutenance de thèseseptembre 2004
Segmentation Automatique Compétitive de l’Hippocampe et de l’Amygdale
EXPERIENCE PROFESSIONNELLE
3
2005 20072001
Thèse Post doc Ingénieur de recherche
sachasachasachasacha
Gestion d’études multicentriques
L’hippocampe à 7 Tesla
2010
4
2005 20072001
Thèse Post doc Ingénieur de recherche
Gestion d’études multicentriques
L’hippocampe à 7 Tesla
Segmentation automatique de l’hippocampe - SACHA
conception, implémentation & validation (semi automatique)amélioration, implémentation & validation (automatique)
développements longitudinaux…
… … … …application grands groupes de sujets
sachasachasachasacha
2010
Antérieur Postérieur
d’après D. Hasboun
SACHA – PROBLEMATIQUE : Hippocampe & amygdale
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TROUBLES NEUROLOGIQUESÉpilepsie
Maladie d’AlzheimerDépression
…
FONCTION COGNITIVEMémoireApprentissageContrôle des émotions
SEGMENTATION MANUELLE longue subjective
AUTOMATISATIONPlus fiable & plus rapide
Études longitudinales large échelle
SACHADéformation compétitive de régions + a priori anatomiques & probabilistesSegmentation : mise au point, développement et validationImplémentation : dépôt APP, simplification (environnement BrainVisa)
Chupin et al, Neuroimage 2007Chupin et al, Neuroimage 2009
FONCTION COGNITIVEMémoireApprentissageContrôle des émotions
TROUBLES NEUROLOGIQUESÉpilepsie
Maladie d’AlzheimerDépression
…
Initialisation
6
sachasachasachasacha
SACHA - METHODE
Échelle d’évaluation qualitativeChupin et al, Neuroimage 2007
Chupin et al, Neuroimage 2009
A priori probabiliste
A priori anatomique
SACHA – VALIDATION & APPLICATION
appliqué à> 1500 sujets4 pathologies
> 65 appareils d’IRM
Validation vs manuelleChupin et al, Neuroimage 2007
Chupin et al, ISBI 2008Chupin et al, Neuroimage 2009
DépressionBergouignan et al, Neuroimage 2009
Modélisation de sources en MEGAttal et al, HBM 2010Dumas et al, HBM 2010
AlzheimerCorrélations neuropsy
Sarazin et al, JAD 2010
Syndrome Gilles de la Tourette
Worbe et al, Brain 2010
Malrotations & épilepsieMontreal - en cours (en local)
AdolescentsSaguenay Lac St JeanToro et al, Brain Struct Funct 2009
Toronto – en cours
AdolescentsVerglasMontreal - en cours Épilepsie
Londres - en cours (en local)
MCI Étude Hippocampe
EISAI - en cours
MCI - VolumétrieCHU Lille - en cours (au CENIR)
Classification & formeChupin et al, ISBI 2008Chupin et al, Hippocampus 2009Colliot et al, Radiology 2008Gérardin et al, Neuroimage 2009Cuingnet et al, Neuroimage 2010
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AlzheimerCorrélations marqueurs LCR
I2MA - en cours
Épilepsie GHPS - en cours
8
SACHA – VALIDATION & APPLICATION
appliqué à> 1500 sujets4 pathologies> 65 machines Chupin et al, Neuroimage 2007
Chupin et al, ISBI 2008Chupin et al, Neuroimage 2009
Validation vs manuelle• contrôles 24 (1.5T) + 8 (3T)• 15 patients MTLE • 8 patients MA
Bergouignan et al, Neuroimage 2009
Validation dépression• 21 sujets sains• 21 patients dépressifs
Chupin et al, ISBI 2008Chupin et al, Hippocampus 2009Colliot et al, Radiology 2008Gérardin et al, Neuroimage 2009Cuingnet et al, Neuroimage 2010
Étude de classification+ SPHARM
{25 C âgés, 25 MA, 24 MCI} CHU Caen{166 C âgés, 154 MA, 294 MCI} ADNI
Corrélation neuropsy35 patients MA
Sarazin et al, JAD 2010
Worbe et al, Brain 2010
Étude patients syndrome Gilles de la Tourette60 patients30 contrôles
Montreal, en cours
Faisabilité chez des sujets avec malrotations19 contrôles66 patients TLE
Saguenay Lac St Jean> 500 adolescents
Toro et al, Brain Struct Funct 2009Toronto, en cours
Montreal, en cours
Projet Verglas~100 adolescents
Londres, en cours
Faisabilité chez des patients épileptiques
Modélisation de sources en MEG
Attal et al, HBM 2010Dumas et al, HBM 2010
Étude Hippocampe216 patients MCI
En cours
Étude volumétrie MCI~80 patients MCI
CHU Lille, en cours
9
2005 20072001
Thèse Post doc Ingénieur de recherche
Gestion d’études multicentriques
HippocampePrédictMA - MAPT
CATI
Segmentation automatique de l’hippocampe - SACHA
sachasachasachasacha
L’hippocampe à 7 Tesla
2010
COORDONNATION de la NEUROIMAGERIE dans desPROTOCOLES MULTICENTRIQUES sur les DEMENCES
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Dialogue avec les centres
protocole IRM spécifique
procédure de contrôle qualité (IRM 3D T1)(mesures quantitativestest méthodes imagerie)
Analyse acquisition testdes centres cliniques
Formation d’ARC pour le contrôle qualité des IRM
Gestion en cours de protocole & encadrement
ELABORATION VALIDATION SUIVI
PROTOCOLES MULTICENTRIQUES
MON ROLE : investigateur principal de la partie « mise en place des acquisitions IRM » co-investigateur de la partie « traitements d’image en série »
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MON ROLE : coordination de la neuroimagerie
2005 2007
Étude Hippocampe –multicentrique longitudinale Évaluation sur critère IRM d’un potentiel effet neuroprotecteur
216 patients MCI, 24 centres IRM
PHRC PrédictMA100 contrôles et 100 MCI, ~10 centres IRM
ANR MAPT-IRM~600 sujets âgés, 9 centres IRM
MON ROLE : coordination de la neuroimagerie
CATI Centre d’Acquisition & de Traitement d’Image Collaboration Neurospin/Salpêtrière
2010
12
2005 20072001
Thèse Post doc Ingénieur de recherche
L’hippocampe à 7 Tesla
acquisitionsegmentation
application
Gestion d’études multicentriques
Segmentation automatique de l’hippocampe - SACHA
sachasachasachasacha
2010
PROBLEMATIQUE Atteinte non uniforme dans pathologies (Epilepsie, Alzheimer)Structure interne pas assez précise à 3T
L’HIPPOCAMPE A 7T
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Chupin et al, ISMRM 2009
MON ROLEAcquisition : conception & optimisation du protocole Segmentation : définition & application
University of MinnesotaEpilepsie
Neurospin - IRMA7
Alzheimer- ANR HM-TC
modélisation
Henry et al, ISMRM 2010
PROJETS
d’après H. Duvernoy
ENCADREMENT & COLLABORATIONS METHODOLOGIQUES
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Co-encadrement, partie méthode
3 stages de Master segmentation, forme
3 thèses en traitement d’images médicales segmentation, forme, classification
Encadrement ARC4 Attachés de Recherche Clinique
formation au contrôle qualité IRM
Formation à SACHA de1 technicien
2 manipulatrices radio Londres1 chercheur en traitements des images médicales
1 doctorant en traitement des images médicales Montréal6 médecins (neurologues / neuroradiologues)
1 doctorant en neurosciences2 ARC
IRM @ 7TUniversity of Minnesota
Neurospin
SACHAIoN, UCL – Londres
MNI – Montréal
PROTOCOLESNeuroradiologues
Neurospin
Co-encadrement, partie méthode
3 stages de Master segmentation, forme
3 thèses en traitement d’images médicales segmentation, forme, classification
IRM @ 7TUniversity of Minnesota
Neurospin
SACHAIoN, UCL – Londres
MNI – Montréal
PROTOCOLESNeuroradiologues
Neurospin
Conception
PROTOCOLES DEMENCES
ADEQUATION & APPORTS POUR LE POSTE
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Conception•acquisition IRM
•protocoles longitudinaux
Connaissances•neuroanatomie
•démences
ExpérienceCollaboration avec équipes CRICM
Acquisition & modélisation à 7T ICM
Développement Déploiementgrandes cohortes
Diffusion &
conseil
METHODES
Conception
APPORTS COMPLEMENTAIRES
Procédures contrôle qualité Coordination