scifinder web使用介绍lib.utsz.edu.cn/ekcms/uploadfile/2011-08-29/20110829045445695.pdf ·...
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提纲
• 介绍– SciFinder中的内容– SciFinder的注册和登陆
• SciFinder中的检索和后处理– 文献检索– 物质检索– Markush检索– 反应检索– SciPlanner工具
• SciFinder网络资源平台
美国化学文摘社—Chemical Abstract Service
• 创建于1907年• ACS的分支机构，总部坐落于俄亥俄州的哥伦布市• 密切关注，索引和提炼着全球化学相关的文献和专利，为全球超过1200所高校提供SciFinder桌面检索平台
• 享誉百年的化学文摘，是全球化工行业公认的文献检索工具
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SciFinder中的内容
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期刊 专利 论文 会议报告
溶剂，催化剂，产率等
物质 基因合成信息
CAPlus Medline
Registry CASReact
Chemcats
Chemlist
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提纲
• 介绍– SciFinder中的内容– SciFinder的注册和登陆
• SciFinder中的检索和后处理– 文献检索– 物质检索– Markush检索– 反应检索– SciPlanner工具
• SciFinder网络资源平台
SciFinder 客户端版的程序安装
Ø SciFinder Scholar 客户端程序：SciFinder Scholar2007.exe 安装过程中，提示：
Do you have a disk labeled Custom Site Files? （选择 No）
Ø site.prf （site）文件
只需将 site.prf 文件复制粘贴到 X:\ScholarCHLR目录下
Ø 还可安装 ViewerLite用于查看3D结构
开始新任务
参数设定 检索历史
检索分类：ExploreLocateBrowse
SciFinder客户端版的主检索界面
文献检索
ü研究主题；
ü作者名称；
ü公司/机构名称
物质检索
ü化学结构；
ü分子式
反应检索
ü化学反应
Explore 检索
定位文献
ü期刊名称, 标
题, 出版年份；
ü文件识别号 (如专
利号, CA文摘号) 定位物质
ü化学名, CAS
登记号
Locate 定位
Browse 浏览
SciFinder的注册和登陆
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SciFinder Web的系统要求
Windows用户支持IE 7.x或者FireFox 2.x
Mac 用户支持 Firefox 和 Safari
Java 安装（初次使用结构时自动安装）
在图书馆相关页面上找到SciFinder Web注册用的网址
点击URL创建SciFinder账号
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开始创建SciFinder帐号
每个用户必须输入各自信息
13
对新ID的Email确认
14
需要点击邮件中的确认链接
使用这个链接登陆SciFinder
15
scifinder.cas.org
16
SciFinder登陆界面
输入SciFinder帐号和密码
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SciFinder Web版登陆后的主检索界面文献，物质，反应检索入口，默认开始检索文献
可用的检索方法 保存过的结果集
邮件提醒结果集
SciFinder特色功能—添加联系人
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My Connection在机构中寻找或添加联系人
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提纲
• 介绍– SciFinder中的内容– SciFinder的注册和登陆
• SciFinder中的检索和后处理– 文献检索– 物质检索– Markush检索– 反应检索– SciPlanner工具
• SciFinder网络资源平台
SciFinder中的内容—文献数据库
CA plus(1907-至今)• 包含了CA纸本和光盘的所有内容。• 涵盖了98%世界化学化工文献。• 10000多种期刊和61个专利发行机构的专利（含专利族）。除此之外，会议录、技术报告、图书、学位论文、评论、会议摘要、电子期刊、网络预印本；
• 每天更新
Medline• 美国国立医学图书馆出品
• 生命科学医学相关
• 临床报告，毒理、病理学报告
可通过关键词、作者姓名、机构名称等查询，也可通过物质和反应链接
SciFinder中的文献检索
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主题检索举例：self healing with polymers（自修复型的聚合物）
使用介词来连接关键词，点击Search
主题检索的候选项
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“Concept”表示做了同意词的扩展
“Closely associated with one another” 表示同时出现在一个句子中
“were present anywhere in the reference” 表示同时出现在一段话中
获得感兴趣主题的文献
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文献分析限定工具文献记录数 可以快速阅览文献的内容，是否符合要求
一共12种分析手段
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分析工具提供12种分析方法，包括索引词，作者名，机构名，文献类型，期刊名称，出版年限等。
在这些分析工具中，
索引词（Index Term）：可以帮助我们对文献的内容进行大致的了解
学科分析（CA Section Title）：可以帮助我们对文献进行学科分类
Index Term 对文献的内容进行分析，获得文献中重要的概念
25选择感兴趣的内容，点击Apply
继续分析出版年份，了解课题热度
26
0
20
40
60
80
100
120
年文献量
可以依据出版年限来排序
将数据导入Excel
SciFinder限定工具—Document Type
27Document Type工具，帮助迅速获得特定类型的文献，如综述，专利等等。
获得记录中的综述文献
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历史导航条，帮助回到曾经检索过的界面。
返回最开始的检索界面
29Categorize系统分类
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也可以继续对这些文献进行Categorize系统分析
一级目录 二级目录 和二级目录有关的Index Term
这里可以选择感兴趣的内容，用于文献的筛选
获得和拉升强度有关的文献
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使用Export将结果输出Ø Citation manager: 保存成RIS格式，用于导入EndNote等文献管理工具Ø Offline Review: 保存过成PDF，RTF格式，用于脱机浏览
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SciFinder特色功能—KMP定题查询
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设定Email提醒，一旦有新的记录，会发邮件通知
设置提醒文件名和失效时间
文献检索小结
Ø 主题检索时，使用介词作为连接
Ø 尽量选择包含Concept和Closed Associated with的候选项Ø 通过SciFinder 的Analyze/Refine功能来缩小检索的范围
Ø 尝试将不同的Analyze/Refine功能组合起来用，会有更多的收益Ø 使用Categorize可以让系统来实现自动分类• 更多细节化内容，请参考• www.igroup.com.cn/cas
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提纲
• 介绍– SciFinder中的内容– SciFinder的注册和登陆
• SciFinder中的检索和后处理– 文献检索– 物质检索– Markush检索– 反应检索– SciPlanner工具
• SciFinder网络资源平台
Registry－－世界上最大的物质数据库• 5400万个物质；6200万个序列• 有机、无机、聚合物、混合物、核酸蛋白质序列
• 所有CAS Registry Number 物质• 每日更新
ChemList• 查询备案/管控化学信息的工具。
Chemcats• 4000万化学物质提供商的联系信息、价格情况、运送方式、质量等级等信息。
可通过结构式、分子式、物质名称、化学登记号查询，也可通过文献、反应链接
SciFinder中的内容—物质数据库
ü化学结构；
ü分子式
物质识别号
（化学名, CAS 登记号）
物质检索（客户端版的检索入口）
检索方式：ü 结构式;ü Markush结构;ü 分子式;ü 物质识别号（CAS号、化学名称）
物质检索入口物质检索（web版的检索入口）
在SciFinder中检索双酚A的信息
SciFinder中的物质检索
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物质名称检索举例：双酚A（ bisphenol A; BPA）
这里可以通过输入物质的名称，CA号，俗名，商品名，来进行检索
SciFinder中的物质记录
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在SciFinder中，鼠标滑过物质，可以打开物质的标准菜单，通过标准菜单，可以获得和物质有关的所有内容
Substance Detail获得和物质有关的所有信息
已删除的CAS号
查看双酚A的详细信息
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双酚A的CAS号、分子式、结构式、化学名、别名
按照CAS Role分类的专利、非专利文献列表。对某类文献感兴趣，仅需点击交叉处的v即可方便快捷地获取。
网上获取物质CAS号的途径有多种，只有通过CAS的平台SciFinder、STN获得的CAS号才是唯一准确可靠的。
预测数据和实验数据
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实验数据，可以看到原始文献对应的链接
实验谱图信息
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可以直接点击查看谱图，也可以去原文中查找更详细的谱图数据。
质谱图
获得双酚A毒副作用方面的文献
双酚A分析方法方面的文献
衍生化荧光
玻璃碳电极
电容传感器
SciFinder中的结构检索
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点击画图版来进行结构输入，初次使用时需要安装Java插件
SciFinder结构绘制工具
重复基团工具
铅笔
元素周期表
可变基团
碳链工具
选择工具
旋转工具
环锁定工具
正电子
橡皮
常用基团
R基团定义工具
可变位置连接工具
模版工具
原子锁定工具
镜面旋转工具
负电子
索套选择工具
常见环，多元环工具
C原子和单键恢复工具
结构检索选择
单双键，RS构型，不确定键定义工具
结构和反应切换功能
结构检索—获得双酚A
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如果想检索双酚A这个具体物质，可以使用Exact Structure检索，点击确定后，可以在原java界面看到对应的结构
精确结构获取物质的本身，盐，混合物，聚合物等
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获得很多混合物，可以使用Refine工具去除
物质检索中的Refine工具
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Are a single compontent。帮助获得单一组分的物质
去除了所有的混合物，盐之类的物质，但是还存在一些同位素物质
继续使用Refine工具
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继续使用Refine，去除出现同位素的物质精确结构帮助获得结构本身，聚合物，配合物等
结构检索—获得双酚A的衍生物
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当需要去检索物质的衍生物时，可以使用亚结构检索，Substructue。
可以直接在检索界面修改检索模式。
SciFinder中的物质分析
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Substance Role分析，帮助获得具有特定研究报道的物质点击Keep Analysis来获取当前的结果集。
物质结果集的排序及历史导航条
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SciFinder Web可按照CAS号、参考文献的数目、分子量、分子式来为物质排序。
通过历史导航条，方便快速返回曾经检索过的界面。
Refine-Atom Attachment获得结构中特定修饰情况
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Refine下的Atom Attachment工具，帮助科研工作者了解结构中各个位点的可修饰性
获得特定位点上为非C,H的衍生物
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特定位点上为非C,H的任何元素
结构检索—结构相似的检索
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N
Et
COOHHOOC SciFinder中的相似结构检索，帮助获得在结构上存在相似的物质。
相似结构检索
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相似结构检索，可以获得相似度在60分以上的物质
与原结构存在以下的区别：
取代基位置变化取代基变化母体结构变化
结构检索小结
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Ø 精确结构检索：
获得物质的盐，聚合物，混合物，配合物等，母体结构不能修改，不能修饰
Ø 亚结构检索：
所画的结构必须存在，母体结构不能修改，但可以被修饰
Ø 相似结构检索：
获得相似度在60分以上的结构，母体结构可以修改，也可以被修饰，用相似度来控制获得的结果
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提纲
• 介绍– SciFinder中的内容– SciFinder的注册和登陆
• SciFinder中的检索和后处理– 文献检索– 物质检索– Markush检索– 反应检索– SciPlanner工具
• SciFinder网络资源平台
在专利中描述物质的方式
Ø 特定物质[Specific Substance]：以特定化学结构所陈述的特定物质，会被标示CAS No.
Ø 预测性物质[Prophetic Substance]：使用Markush结构所陈述的预测物质，一个Markush可以陈述上百或上千的化学物质Patent 中所陈述的预测物质，不会被标示CAS No.
Markush检索，能检索到通过结构检索检不到的专利
R1
R2
R1 = H, Br, Cl, I
R2 = Br, Cl, I, CH halogen,CH3
CH2 halogen,
Br, Cl, F, IBr, Cl, F, I
SciFinder中的Markush结构检索
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检索中的问题：
通过结构检索，能方便的获得真实物质所对应的专利。但是，如何获取预测物质对应的专利呢？
举例: 获取和该结构有关的专利
Markush检索直接返回保护了该结构的专利
我们能使用结构检索来获取这1451篇专利吗? 我们先将这些结果保存到网络上。
比较用亚结构检索的区别
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SciFinder提供从物质到文献的链接.
能帮助我们一次性获得这些物质所对应的文献。
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这是刚才那些物质源自的文献和专利
限定文献类型为专利
获得文献后，限定出专利文献
仅仅只获得500+专利，与Markush检索有什么区别？
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这些专利是刚才5000多物质对应的专利，和Markush检索出来的专利有什么区别吗？当前结果包含Markush检索结果吗？使用SciFinder中的Combine工具来比较这两个结果的区别。
使用Combine来比较这两个结果集
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获得只能通过Markush才能获取的专利.
仅能通过Markush检索出来的专利
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为什么？
Ø Markush检索能获得包含预测结构的专利，在这些专利的Claim部分，保护了这个预测结构
Ø 结构检索，只能检索到具体物质所对应的专利，不是只保护结构，有的时候还保护了一些制备方法或者其他的内容。
Markush检索结果 1451 PatentsSubstructure检索的结果: 523 Patents仅能通过Markush才能检索到的专利: 1338 Patents
一篇专利原文中的Claim
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这里描述了R,Z的修饰当：Z=SO2R=C3-C10有取代的C环时，符合我们的检索要求。
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提纲
• 介绍– SciFinder中的内容– SciFinder的注册和登陆
• SciFinder中的检索和后处理– 文献检索– 物质检索– Markush检索– 反应检索– SciPlanner工具
• SciFinder网络资源平台
CAS React（1840－至今）• 期刊，专利中涉及的有机、有机金属、无机、生化反应。
• 2600万单步，多步反应。• 1300万制备信息。• 周更新。
可通过反应式检索，可通过物质、文献链接。
SciFinder中的内容—反应数据库
反应检索（客户端版的检索入口）
点击，进入画图版
反应检索入口
反应检索（Web版的检索入口）
SciFinder中的反应定义工具
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反应位置标记工具
反应箭头
反应官能团列表
反应原子标记工具
反应角色工具
CHO COOH
使用反应定义工具定义反应
精确反应检索帮助获得特定物质之间的反应，如果想获得特定物质的合成的方法，则直接定义该物质为产物
可以自定义一些反应溶剂以及不参与反应的官能团。
可以提前设定反应的溶剂以及不参与反应的官能团
反应条件及文献出处
详细的反应过程信息
在SciFinder中能获得全面的反应集合
催化剂分析，用于找到经济型催化剂
溶剂分析，用于找到低毒性催化剂
反应检索中的分析功能
产率限定
反应类型限定
反应检索中的限定功能
相似反应的获取
对于单步反应，可以进行相似反应检索
相似反应检索，依据和反应中心的相似程度，查询反应中心彼此相似的反应。
对于选择是全部反应中检索相似反应，还是在当前结果集中检索相似反应
选择相似反应的相似限制
Broad：仅反应中心相似
Miedum：反应中心及附属原子和键
Narrow：反应中心及扩展的原子和键
选择相似级别
通过SciFinder检索该物质的合成路线。但是没有找到具体的反应。
SciFinder Web能查询更多的物质制备信息。
获得物质的合成制备信息
SciFinder中没有收录该物质的合成路线，但是能获得该物质合成制备的文献，需通过全文才能获得反应。
获得物质的合成制备信息
反应检索—检索中的筛选
• 吡啶环的3,4位存在任意的非C,H原子或基团• 检索在6位引入Cl的反应
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N N
Q
Q
Q
Q
Cl
定义反应结构
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大多数科研工作者，刚开始都会画成这样。
但是，这样足够吗？
尝试SciFinder中的初步检索。
亚结构检索，帮助获得所有的相关反应
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SciFinder中的反应筛选
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我们获得3200+ 条反应.
筛选的第一步是点击 “ONE REACTION PER REFERENCE”. 这项功能将重复的记录合并
简单的看一下这些反应
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第一条获取符合我们的要求
第二条，吡啶环系发生破坏，不是我们想要的
反应中的Refine工具，添加环锁定
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环锁定工具，当使用亚结构检索时，不允许发生稠环。
锁定环后的结果
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这条反应，原来的6位上就有Cl，不符合我们的要求
这条，或许满足我们的要求，这里需要大家思考，到底需要什么类型的反应，如果只想获得从H变成Cl的。
继续使用Refine
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这是我们想要的反应
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所有的反应都符合我们的结构要求
在吡啶环的6位存在H到Cl的变化
一些值得思考的问题
• 并不是所有的科研工作者，一开始就能准确的定义反应结构
• 建议先大致浏览下反应结果集，然后去思考如何去除我们不想要的反应。
• 使用Analyze/Refine工具，或其他的检索策略，去除不想要的反应.
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提纲
• 介绍– SciFinder中的内容– SciFinder的注册和登陆
• SciFinder中的检索和后处理– 文献检索– 物质检索– Markush检索– 反应检索– SciPlanner工具
• SciFinder网络资源平台
SciFinder Web 新功能——SciPlanner
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什么是SciPlanner？
1. SciPlanner是一个特定的工作区域，可以让用户用一种更加直接的方式去组织、管理检索结果。
2. 文献、物质、反应信息都可以传送到SciPlanner，并在其中进行自由组织，增强可视化效果。
3. SciPlanner可以辅助进行逆合成路线的制定。
例：通过CAS号查找依法韦仑，使用SciPlanner辅助逆合成分析
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点击这两处都可里将结果导入SciPlanner
将感兴趣的物质发送至SciPlanner
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点击这里返回SciPlanner
对依法韦仑这个药物的研究可以做哪些合成路线的设计？
如何使用SciPlanner轻松地进行逆合成分析？
SciPlanner面板
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检索结果编辑面板
1. Ctrl+拖动即可将检索结果复制到编辑面板中；直接拖动可将检索结果移动到编辑面板中2. 将鼠标放到结构式上方，点击右上方箭头，选择Synthesize this，即可返回检索页面，得到合成路线
在SciPlanner中使用依法韦仑的结构式查找它的合成路线
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选中自己感兴趣的反应，并点击Send to SciPlanner
点击这里返回SciPlanner
返回SciPlanner面板
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1. Ctrl+拖动即可将检索结果复制到编辑面板中；直接拖动可将检索结果移动到编辑面板中
2. 将鼠标放到结构式上方，点击右上方箭头，选择Synthesize this，即可返回检索页面，得到合成路线
同样获取中间体的合成路线
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同样，选中自己感兴趣的反应，并点击Send to SciPlanner
返回SciPlanner面板，将中间体的合成路线也拖入编辑面板
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1. 两次链接得到的产物和中间体的反应路线
2. 对这两条路线进行组合整理——将相同的物质拖动到一起进行重叠
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将中间体直接拖动使相同的结构式重叠，形成一条完整的合成路线
同样的方法，继续向前推至简单易得的起始原料
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点击Hide Library或者交接处的箭头可以隐藏右侧的检索结果，增大编辑面板的空间
获取这条路线涉及到的文献信息
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用鼠标选中需要获取文献的路线，点击GoTo，选择Selected References。
选择所有文献，Send to SciPlanner
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可以把文献结果也拖动至编辑面板中
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108
把鼠标放在每一步反应的数字上，可以查看具体反应条件或者链接到详细的文献或反应信息
SciPlanner结果的保存
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发送到SciPlanner的文献、物质、反应会被自动保存，但是编辑面板上的内容需要人工点击进行保存。
SciPlanner结果的导出
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在导出的PDF文件中，你可以看到整条合成路线
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以及详细的反应信息、物质信息和文献信息
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提纲
• 介绍– SciFinder中的内容– SciFinder的注册和登陆
• SciFinder中的检索和后处理– 文献检索– 物质检索– Markush检索– 反应检索– SciPlanner工具
• SciFinder网络资源平台
网络在线资源平台
www.igroup.com.cn/cas
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资源下载：PDF文件
在线演示：Flash演示
网络培训：不定期的网络专题培训
Flash演示
115
在线演示，录制了不同检索类型下的检索步骤，帮助了解更加细节的内容.
116
谢谢