Reporte de proyecto

Reporte de proyectoDinmica Molecular simulacin de Indometacina amorfoIntegrantes Del Equipo:

En este reporte daremos una introduccin del articulo seleccionado por el equipo, los procedimientos que hicimos para realizar la simulacin molecular, avances obtenidos, y comparar los resultados obtenidos con los de los autores del articulo

Introduccin

Descripcin del Sistema a estudiar y propiedades que se estudiaran del mismo.Una simulacin de 105 Indometacina molculas y 12 molculas de agua. Los conjuntos se equilibraron inicialmente en su estado fundido y se enfran a travs de la temperatura de transicin de vidrio para formar slidos amorfos. Las temperaturas constante dinmicas se tendra que llevar, por encima y por debajo 600 K, 400 K, y 298 K. La densidad (1,312 0,003 g / cm3). La Indometacina en su forma cristalina es ms estable IMC pero tiene una solubilidad muy baja en agua de ~1-2 g / ml. Lo que se pretender estudiar es la dinmica de (1) rotacin, (3) traslacin y (4) velocidad de relajacin. Dentro de ello parte de sus propiedades estructurales, como son la (5) conformacin del hidrogeno, la (6) distribucin de unin, y sus (7) posibles interaccin de agua con Indometacina de amorfo. Indometacina o 2-[1-(4-clorobenzoil)- 5-metoxi-2-metilindol-3-il] cido actico

FormulaC19H16NClO4

Peso mol.357,8 (g/mol)

Disolucin en agua (12 moleculas)~ 1-2 g/ml

Densidad(1,312 0,003 g/cm3)

Temperatura (simulacin)298 K

Desarrollo Utilizando equipo de computo de la universidad equipadas con Linux (fedora), iniciamos por construir nuestra molcula de Indometacina con el programa MOLDEN. Una vez armada nuestra molcula de Indometacina, creamos un archivo de entrada en terminal, utilizamos el nivel de optimizacin # B3LYP/gen opt y utilizamos de internet los cdigos de la pgina de Gaussian Basic set https://bse.pnl.gov/bse/portal (para cada tomo se extrajo su cdigo siendo as para C, H, N, Cl, O) introducimos la matriz z generada de molden y agregamos los cdigos de los tomos de la pgina de internet, para optimizar nuestra molcula de Indometacina. Una vez terminado nuestro archivo de entrada cerramos y guardamos y con el cdigo g09 + nombre del archivo optimizamos la molcula de Indometacina. Este proceso de optimizacin se tuvo que realizar en un equipo de cmputo con ms capacidad facilitado por la Dr. Nancy, debido a el tiempo de computo que se necesita y la poca memoria de las maquinas de la universidad. Una vez que tuvimos el archivo .log generado por gaussian hicimos el clculo de frecuencias para la Indometacina, para esto abrimos un nuevo archivo de entrada y cambiamos en la cabecera opt por freq, de nuestro archivo .log seleccionamos la matriz z de la molcula optimizada y eliminamos la anterior matriz z. en este paso obtuvimos una complicacin debido a la falta de memoria en el equip de computo.

Avances

Los avances obtenidos en este proyecto fue una buena optimizacin de la molcula de Indometacina. Se trato de llevar a cabo el clculo de frecuencias, pero por una falla en la capacidad de memoria de la computadora y falta de tiempo no se pudo realizar el clculo de las frecuencias para posteriormente realizar la dinmica rotacional de la molcula, por lo que solo se pudo realizar la optimizacin de la molcula de Indometacina.

Mulliken charges with hydrogens summed into heavy atoms: 1 1 C 0.055240 2 C -0.015965 3 C -0.044848 4 C -0.038733 5 C 0.209662 6 C -0.089721 9 O -0.248469 11 C 0.162676 15 C 0.054801 16 N 0.028393 17 C -0.001795 18 C 0.023891 22 C -0.044093 23 C 0.314379 24 O -0.047914 25 O -0.294705 29 C 0.205058 30 O -0.300843 31 C -0.018365 32 C 0.064490 33 C 0.003130 34 C 0.079142 35 C 0.014528 36 C 0.039335 39 Cl -0.109273 Electronic spatial extent (au): = 11241.6124Mulliken atomic charges: 1 1 C 0.055240 2 C -0.015965 3 C -0.160135 4 C -0.148513 5 C 0.209662 6 C -0.174357 7 H 0.115288 8 H 0.109780 9 O -0.248469 10 H 0.084635 11 C -0.104047 12 H 0.114190 13 H 0.075094 14 H 0.077438 15 C 0.054801 16 N 0.028393 17 C -0.001795 18 C -0.295555 19 H 0.123279 20 H 0.109178 21 H 0.086988 22 C -0.307758 23 C 0.314379 24 O -0.261476 25 O -0.294705 26 H 0.213562 27 H 0.130904 28 H 0.132761 29 C 0.205058 30 O -0.300843 31 C -0.018365 32 C -0.079556 33 C -0.125183 34 C 0.079142 35 C -0.112653 36 C -0.089290 37 H 0.144045 38 H 0.128314 39 Cl -0.109273 40 H 0.127181 41 H 0.128625Resultados obtenidos:

Resultados del Artculo:

Conclusin:Era un buen proyecto a desarrollar, consideramos que en el curso se aprendi lo ms bsico, sin embargo creemos que fue un curso en el cual no se cont con los recursos necesarios, ya que la prctica no era muy buena por la capacidad de los equipos de cmputo y el acceso restringido a los laboratorios, no haba donde hacer tareas, o terminar los trabajos pendientes. Y tambin consideramos que las horas que se le dedican a este curso son pocas ya que se tienen que dividir entre teora y prctica. Consideramos que se hizo lo que se pudo.