rede specieslink e a integração de dados de coleções biológicas: avaliação de resultados...
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Rede speciesLink e a integração de dados de Coleções Rede speciesLink e a integração de dados de Coleções Biológicas: avaliação de resultadosBiológicas: avaliação de resultados
Reunião Técnica de Avaliação da Rede speciesLinkCNPTIA, Campinas, Setembro de 2005
Vanderlei Perez Canhos <[email protected]>
Apresentação:Apresentação:
• Tendências e Desenvolvimentos
• Resultados Alcançados
• Futuro da Rede speciesLink
dadosdados
informaçãoinformação
conhecimentoconhecimento
açãoação
Desafio: ampliaçao do uso de dados científicos sobre biodiversidade
mundo real mundo real
observaçõesobservações
Tomada de decisão• conservação• recuperação ambiental• gerenciamento de recursos
naturais• uso sustentável
Políticas e Estratégias
• governamentais• corporativas• individuais
Construção do conhecimento sobre biodiversidadeConstrução do conhecimento sobre biodiversidade
– Requer um ambiente de cooperação global
– Depende de uma base comparativa de dados e de conhecimento
– Coletiva, multi e inter-disciplinar
Dados e Computação hojeDados e Computação hoje
• Novos instrumentos para observar a natureza– Satélites, micro eletrônica, computação de alta performance etc.
Habilidade de criar cenários virtuais– Ferramentas para modelagem, visualização, matemática
avançada
Geração e gestão de grande quantidade de dados de qualidade
Novas descobertas científicas e dadosNovas descobertas científicas e dados
• Tamanho ou quantidade– Terabytes
• Complexidade– Taxonomia, genética, ecologia, clima, sociologia, economia, ...
• Análise– Computador– Multi-disciplinar
Global Biodiversity Information Facity (GBIF)Global Biodiversity Information Facity (GBIF)
Provedores de informação
Specimen DataSpecimen DataLinks para outros dados
Specimen DataSpecimen DataListas de Nomes
Specimen DataSpecimen DataObservações
Specimen DataSpecimen DataEspécimes
Catálogo da Vida
Portal de Acesso a dados sobre Biodiversidade
Índice de Dados sobre
Biodiversidade
Serviço de
nomes taxonô-micos
Metadado
Metadado
Metadado
Metadado
Solicitação do usuário
Busca
Dados sobre biodiversidadeDados sobre biodiversidade
Family: Pyralidae
Order: Lepidoptera
Class: Insecta
Genus: Ostrinia Hübner, 1825
Vernacular (FR): Pyrale du maïs
Vernacular (ES): Piral del maíz
Vernacular (DE): Maiszünsler
Vernacular (EN): European Corn-borer
Collection: DGH LepidopteraRecord id: DGHEUR_003217Country: FranceCoordinates: 03.047˚E 48.730˚NDate: 28 June 2003Collector: Donald Hobern
Dados sobre espécimes e observações de coleta
Nomes Taxonômicos
Species: Ostrinia nubilalis (Hübner, 1796)
Synonym: Pyralis nubilalis Hübner, 1796
Foodplant: Zea mais L. 1753
Interações Ecológicas
Locus: AAL35331Definition: acyl-CoA Z/E11 desaturase
1 mvpyattadg hpekdecfed...
Dados de Seqüências
Average RainfallLocation: 48.82°N 2.29°E Jan Feb Mar Apr ...182.3 120.6 158.1 204.9 ...
Dados Abióticos
Diagnosis: Wingspan 26-30mm; sexually dimorphic;male: forewings ochreous to dark brown; female: forewings pale yellow; …
Descrições Taxonômicas
Pheromones of Ostriniahttp://www.nysaes.cornell.edu/fst/faculty/acree/pheronet/phlist/ostrinia.html
Literatura Digitale Recursos Web
Collections at Smithsonian, NMNH
Photos: Chip Clark
Coleções biológicas e o uso de padrões e protocolosColeções biológicas e o uso de padrões e protocolos
dados descritivos
nomenclatura taxonomia
modelagem
qualidade de dados
mapas
dadosprimários
educaçãopesquisa
tomada dedecisão
coleçãobiológica
speciesLink uma rede
de informação que
permite a integração
dinâmica, síntese e
visualização de dados
primários de coleções
biológicas
http://splink.cria.org.br
Rede speciesLinkRede speciesLink
– Provedores: coleções biológicas com total domínio sobre os dados
– Sistema Distribuído
– Modelo de dados: DarwinCore
– Protocolo de comunicação: DiGIR
• integração dinâmica de dados distribuídos
• software livre e de código aberto
• equipamentos de baixo custo
• integra sistemas diversos de gerenciamento de coleções (sistema operacional, software,...)
• integra de dados de diferentes grupos taxonômicos
• rede integrada com outros sistemas e redes de informação (SinBiota, SICol, Species Analyst, GBIF)
Servidor Regional
Servidor Regional
Servidor Regional
Servidor Regional
Z M
MZB
B
Z
Z
Z
Z
B
B
B
B
B
M
M
Herbário do InstitutoAgronômico deCampinas
Herbário da UNICAMP,Campinas
Coleção de AcariMuseu de Zoologia,ESALQ, Piracicaba
Herbário do DepartamentoDe Ciências Biológicas daESALQ, Piracicaba
Herbário da USP,São Paulo
Coleção de PeixesMuseu de Zoologia da USP,São Paulo
Coleção de FungosInstituto de Botânica,São Paulo
Coleção de AlgasInstituto de Botânica,São Paulo
Coleção de FanerógamasHerbário do Instituto de Botânica,São Paulo
Coleção de PeixesDept. Zoologia e
Botânica, UNESP,São José do Rio Preto
Coleção de AcariDept. Zoologia e
Botânica, UNESP,São José do Rio Preto
Coleção de Peixes doLaboratório deIctiologia, USP,Ribeirão Preto
Col. Culturas de FitobactériasLab. De Bacteriologia Vegetal
Instituto Biológico,Campinas
SinBiotaSistema de InformaçãoAmbiental do Programa
Biota - Fapesp
Coleção de Microrganismos deAmbiente e Indústria, UNICAMPCampinas
ZColeção de Anfíbios
Dept. Zoologia eBotânica, UNESP,
São José do Rio Preto
ZColeção de Quirópteros
Dept. Zoologia eBotânica, UNESP,
São José do Rio Preto
Servidor Regional
Servidor Regional
BHerbário do Instituto de
Biociências, UNESP,Botucatu
Z
BHerbário do Instituto de Biociências, UNESPRio Claro
Coleção de Anfíbios doInstituto de BiociênciasUNESP, Rio Claro
BHerbário de Ilha Solteira, UNESPIlha Solteira
ZColeção do Museude Entomologia da FEIS/UNESPIlha Solteira
Coleção Científica de Aranhas do Dept. Zoologia
e Botânica, UNESP,Botucatu
Z
BHerbário Dom Bento Pickeldo Instituto Florestal,São Paulo
BHerbário do
Jardim Botânico doRio de Janeiro
Mirror(SOAP server)
Sistema deGerenciamento
Provider(PHP)
Dados
dados
Dados(PostgreSQL)
speciesLinksite lib
DiGIRPortal
Provider(PHP)
spLinker(Java)
Sistema de Gerenciamento
Conectividade rápida e estável
Conectividade lenta ou instável
Coleção A ServidorRegional
soap/http/xml
Repositóriode dados
http/xml
http/xml
registro
SQL
SQL
SQL
Coleção D
Coleção CColeção B Coleção CColeção B
acaciaacacia
Tabebuia
Construção da infra-estrutura Construção da infra-estrutura compartilhada de dadoscompartilhada de dados
é um esforço coletivo.....