Enabling Epigenetics Research

RIME (ChIP-MS)の特長：

Rapid Immunoprecipitation Mass Spectrometry of Endogenous Proteins

• 質量分析により、バイアスのかからない方法である

• クロマチン上でのタンパク質相互作用を解析できる

• クロスリンクすることにより、弱い相互作用や一過的な結合分子も同定できる

• 手間いらず！ 細胞をアクティブ・モティフに送るだけ

NEW RIME 受託サービス

www.activemotif.jp

RIMEによるクロマチン結合タンパク質の同定最初に細胞をホルマリン固定し、タンパク質/タンパク質とタンパク質/DNAを架橋(cross-link)します。その後、解析したいタンパク質の抗体を使って、クロマチン断片から免疫沈降します。質量分析により、標的のタンパク質と相互作用因子を同定します。

クロマチン関連タンパク質の転写共役因子および相互作用因子の質量分析による同定

RIME 受託Service

Why RIME?転写因子のDNAへの結合は遺伝子調節の中心的なメカニズムの一つです。 しかし、転写因子は、単独で作用することはなく、しばしば複合体として機能しています。つまり関連する共役因子（コファクター）と結合して適切な遺伝子発現プロファイルを導くために必要であると考えられます。 例えば、異なる刺激が同じ転写因子を活性化し得るが、活性化された転写因子は、これらの異なる刺激に応答して異なる遺伝子座で結合することがあります。 これはどうやって起こるのでしょうか？1つの答えは、結合する共役因子の差であるかもしれません。 アクティブ・モティフのRIME受託サービスで、差次的な因子を同定し、遺伝子発現の詳細なメカニズムを解明してみませんか？

How to StartRIMEでは免疫沈降の際に用いる抗体の選択が重要になります。そのため各プロジェクトを開始するにあたり、事前に抗体の検証実験することをお勧めしています。 抗体の検証は、免疫沈降に続いて質量分析を実施します。成否は、標的タンパク質内のペプチドカバレッジの量を測定することによって決定します。

表１：リガンドの種類によって、エストロゲン受容体の結合プロファイルが変化することが知られています。この違いは、リガンドによって誘導される構造の変化がコファクターとの結合を変化させるためだと考えられています。RIMEの結果でも、Ligand１とLigand２の刺激により、DNAに結合するエストロゲン受容体と異なるタンパク質が観察されました。茶色はLigand1でより高いランクで示されたもの、紫色はLigand2でより高いランクで示されたもので、灰色で示したタンパク質は、どちらのリガンドの刺激でも同程度の結合を示していました。

Project Designアクティブ・モティフに、培養細胞や組織をお送りいただければ、クロマチンの調製、免疫沈降、質量分析を実施し、分析したデータを提供します。 免疫沈降は、非特異的に免疫沈降したタンパク質を除去するためにIgGのコントロールをとります（推奨Duplicate)。質量分析結果より得られた フィルタリングされたタンパク質リストは、目的の標的やクロマチンと相互作用するタンパク質を明らかにします。

図1:　このVennダイアグラムは、エストロゲンレセプター（ER）と相互作用するタンパク質をまとめたものです。ER抗体とコントロールのIgGで免疫沈降を行った（N=2）。この図から、ER反応特異的でIgG反応では検出されなかった124個の相互作用するタンパク質があることがわかります。

Enabling Epigenetics Research

Estrogen Receptor Estrogen Receptor

Nuclear receptor co-activator 3 Vang-like protein 1

Nuclear receptor interacting protein 1 Pericentriolar material 1 protein

Pericentriolar material 1 protein Centrosomal protein of 131 kDa

Centrosomal protein of 131 kDa Protein GREB1

CREB-binding protein E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33 Nuclear receptor interacting protein 1

Rapid Immunoprecipitation Mass Spectrometry of Endogenous Proteins

RIMEは、転写因子相互作用因子および共役因子の同定を通じて、遺伝子調節の複雑なプロセスの理解を深めることを助けます。このサービスは、ホルムアルデヒドで架橋したサンプルからの核抽出物を調製し、標的タンパク質の免疫沈降によりタンパク質相互作用分子を免疫共沈降させ、続いて質量分析およびデータ解析を行います。

Ligand 1 Ligand 2

取扱店アクティブ・モティフ株式会社www.activemotif.jp〒162-0824 東京都新宿揚場町2-21テクニカルサポートTel: 03-5225-3638E-mail: japantech@activemotif.com

サービス内容必要なサンプル量︓ 細胞 50-100 million（固定）　組織 800 mg（未固定）納期︓ 米国ラボにサンプル到着後6-8週間納品物︓ レポート、タンパク質リスト、オントロジーレポート

20181126

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参考価格（税抜）

※通関・輸送代行費用︓\50,000

詳しくは、テクニカルサポートへお問い合せください

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