R: A Language and Environment forStatistical Computing

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Version 2.11.1 (2010-05-31)

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ISBN 3-900051-07-0

Contents

1 The base package 1base-package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.Device . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1.Machine . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2.Platform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4abbreviate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5agrep . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7all . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8all.equal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10all.names . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11any . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12aperm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13append . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14apply . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15args . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16Arithmetic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17array . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19as.data.frame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20as.environment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22as.function . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22as.POSIX* . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23AsIs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25assign . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26assignOps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28attach . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29attr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30attributes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32autoload . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33backsolve . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34basename . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35Bessel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36bindenv . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38body . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40bquote . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41browser . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42browserText . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43builtins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44by . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45c . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46call . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47callCC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48

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capabilities . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49cat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51cbind . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52char.expand . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55character . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55charmatch . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57chartr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58chol . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59chol2inv . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62col . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64Colon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65colSums . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66commandArgs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67comment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68Comparison . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69complex . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71conditions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72conflicts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75connections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76Constants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84contributors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85Control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85converters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87copyright . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88crossprod . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89Cstack_info . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90cumsum . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90cut . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91cut.POSIXt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93data.class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95data.frame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96data.matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98date . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99Dates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100DateTimeClasses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101dcf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103debug . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 105Defunct . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106delayedAssign . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107deparse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108deparseOpts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109Deprecated . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111det . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111detach . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112diag . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114diff . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115difftime . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117dim . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118dimnames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119do.call . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121double . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122

CONTENTS iii

dput . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124drop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125dump . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126duplicated . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127dyn.load . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129eapply . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132eigen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133encodeString . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134Encoding . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136environment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137EnvVar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139eval . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141exists . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144expand.grid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145expression . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146Extract . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147Extract.data.frame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152Extract.factor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154Extremes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155factor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157file.access . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160file.choose . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161file.info . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 162file.path . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163file.show . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 165files2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167findInterval . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 168force . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 169Foreign . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170formals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 173format . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 174format.Date . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 176format.info . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 178format.pval . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180formatC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180formatDL . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184function . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185funprog . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186gc . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188gc.time . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189gctorture . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190get . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191getDLLRegisteredRoutines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192getLoadedDLLs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 194getNativeSymbolInfo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 195gettext . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197getwd . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 198gl . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 199grep . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 200groupGeneric . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 204gzcon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 206

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hexmode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 207Hyperbolic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 208iconv . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 209icuSetCollate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 211identical . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 212identity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 214ifelse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 215integer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 216interaction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 217interactive . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 218Internal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 219InternalMethods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 220invisible . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 221is.finite . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 221is.function . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 223is.language . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 224is.object . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 224is.R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225is.recursive . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 226is.single . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 227is.unsorted . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 227ISOdatetime . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 228isS4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 228isSymmetric . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 229jitter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 230kappa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 231kronecker . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 233l10n_info . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 234labels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 235lapply . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 235Last.value . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 238length . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 238levels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 239libPaths . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 241library . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 242library.dynam . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 246license . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 248list . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 248list.files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 250load . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 251locales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 253log . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 254Logic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 256logical . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 258lower.tri . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 259ls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 260make.names . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 261make.unique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 262mapply . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 263margin.table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 265mat.or.vec . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 266match . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 266

CONTENTS v

match.arg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 268match.call . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 269match.fun . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 270MathFun . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 271matmult . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 272matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 273maxCol . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 274mean . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 276memCompress . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 277Memory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 278Memory-limits . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 279memory.profile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 281merge . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 281message . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 283missing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 285mode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 286NA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 287name . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 288names . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 290nargs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 291nchar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 292nlevels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 293noquote . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 294norm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 295NotYet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 296nrow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 297ns-dblcolon . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 298ns-hooks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 299ns-load . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 300ns-topenv . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 301NULL . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 302numeric . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 303NumericConstants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 304numeric_version . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 305octmode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 307on.exit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 308Ops.Date . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 309options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 310order . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 316outer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 319Paren . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 320parse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 321paste . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 322path.expand . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 324pmatch . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 324polyroot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 326pos.to.env . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 327pretty . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 327Primitive . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 329print . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 330print.data.frame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 331print.default . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 332

vi CONTENTS

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setTimeLimit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 405showConnections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 406shQuote . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 407sign . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 408Signals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 409sink . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 409slice.index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 411slotOp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 412socketSelect . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 413solve . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 413sort . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 415source . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 417Special . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 419split . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 422sprintf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 424sQuote . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 427srcfile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 429Startup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 431stop . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 434stopifnot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 435strptime . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 436strsplit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 440strtoi . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 442strtrim . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 443structure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 443strwrap . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 444subset . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 445substitute . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 447substr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 448sum . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 450summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 451svd . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 452sweep . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 454switch . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 455Syntax . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 457Sys.getenv . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 458Sys.getpid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 459Sys.glob . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 459Sys.info . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 460Sys.localeconv . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 461sys.parent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 462Sys.readlink . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 465Sys.setenv . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 465Sys.sleep . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 466sys.source . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 467Sys.time . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 468Sys.which . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 469system . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 470system.file . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 472system.time . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 472t . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 473table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 474

viii CONTENTS

tabulate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 477tapply . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 478taskCallback . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 479taskCallbackManager . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 481taskCallbackNames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 483tempfile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 484textConnection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 485tilde . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 487timezones . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 487toString . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 489trace . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 490traceback . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 493tracemem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 495transform . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 496Trig . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 497try . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 498typeof . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 499unique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 500unlink . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 502unlist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 503unname . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 504UseMethod . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 505userhooks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 507utf8Conversion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 508vector . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 509warning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 511warnings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 512weekdays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 513which . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 514which.min . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 516with . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 517withVisible . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 518write . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 519writeLines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 520xtfrm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 521zapsmall . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 522zpackages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 522zutils . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 523

2 The datasets package 525datasets-package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 525ability.cov . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 525airmiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 526AirPassengers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 527airquality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 528anscombe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 529attenu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 530attitude . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 531austres . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 532beavers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 532BJsales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 533BOD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 534cars . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 535

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ChickWeight . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 536chickwts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 537CO2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 538co2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 539crimtab . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 539discoveries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 541DNase . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 542esoph . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 543euro . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 544eurodist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 545EuStockMarkets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 545faithful . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 546Formaldehyde . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 547freeny . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 548HairEyeColor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 549Harman23.cor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 550Harman74.cor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 550Indometh . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 551infert . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 552InsectSprays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 553iris . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 553islands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 555JohnsonJohnson . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 555LakeHuron . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 556lh . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 556LifeCycleSavings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 557Loblolly . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 558longley . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 558lynx . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 559morley . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 560mtcars . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 561nhtemp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 561Nile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 562nottem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 563occupationalStatus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 564Orange . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 565OrchardSprays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 566PlantGrowth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 567precip . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 567presidents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 568pressure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 569Puromycin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 569quakes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 571randu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 571rivers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 572rock . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 573sleep . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 573stackloss . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 574state . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 575sunspot.month . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 576sunspot.year . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 577sunspots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 577

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4 The graphics package 687graphics-package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 687abline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 687arrows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 689assocplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 690Axis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 692axis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 693axis.POSIXct . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 695axTicks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 697barplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 698box . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 701boxplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 702boxplot.matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 705bxp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 706cdplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 709clip . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 711contour . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 712convertXY . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 714coplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 715curve . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 718dotchart . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 719filled.contour . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 721fourfoldplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 723frame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 725

xii CONTENTS

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5 The grid package 815grid-package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 815absolute.size . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 816arrow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 817convertNative . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 817dataViewport . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 818

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xiv CONTENTS

grobName . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 884grobWidth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 884grobX . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 885plotViewport . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 886pop.viewport . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 886push.viewport . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 887Querying the Viewport Tree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 888roundrect . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 889showViewport . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 890stringWidth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 891unit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 891unit.c . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 893unit.length . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 894unit.pmin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 894unit.rep . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 895valid.just . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 896validDetails . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 896vpPath . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 897widthDetails . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 898Working with Viewports . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 899xDetails . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 901xsplinePoints . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 902

6 The methods package 903methods-package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 903.BasicFunsList . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 904as . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 904BasicClasses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 908callGeneric . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 910callNextMethod . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 911canCoerce . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 913cbind2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 914Classes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 915classesToAM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 919classRepresentation-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 920Documentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 921dotsMethods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 923environment-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 926findClass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 926findMethods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 928fixPre1.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 931genericFunction-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 932GenericFunctions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 933getClass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 936getMethod . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 938getPackageName . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 940hasArg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 941implicitGeneric . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 942inheritedSlotNames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 944initialize-methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 945is . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 946isSealedMethod . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 951language-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 952

CONTENTS xv

LinearMethodsList-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 953makeClassRepresentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 954method.skeleton . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 955MethodDefinition-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 956Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 957MethodsList-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 964MethodWithNext-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 965new . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 966nonStructure-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 968ObjectsWithPackage-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 969promptClass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 969promptMethods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 971representation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 972S3Part . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 973S4groupGeneric . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 976SClassExtension-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 978selectSuperClasses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 979setClass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 980setClassUnion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 984setGeneric . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 986setMethod . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 991setOldClass . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 994show . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 999showMethods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1000signature-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1002slot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1003StructureClasses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1004testInheritedMethods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1006TraceClasses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1008validObject . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1009

7 The stats package 1013stats-package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1013.checkMFClasses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1013acf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1014acf2AR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1016add1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1017addmargins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1019aggregate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1021AIC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1023alias . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1025anova . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1026anova.glm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1027anova.lm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1029anova.mlm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1030ansari.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1032aov . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1035approxfun . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1036ar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1038ar.ols . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1041arima . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1043arima.sim . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1047arima0 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1048

xvi CONTENTS

ARMAacf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1052ARMAtoMA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1053as.hclust . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1053asOneSidedFormula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1054ave . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1055bandwidth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1056bartlett.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1057Beta . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1059binom.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1061Binomial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1062biplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1064biplot.princomp . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1065birthday . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1066Box.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1067C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1069cancor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1070case/variable.names . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1071Cauchy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1072chisq.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1073Chisquare . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1075cmdscale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1078coef . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1079complete.cases . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1080confint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1081constrOptim . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1082contrast . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1084contrasts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1085convolve . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1087cophenetic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1088cor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1089cor.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1092cov.wt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1095cpgram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1096cutree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1097decompose . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1098delete.response . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1099dendrapply . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1100dendrogram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1102density . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1105deriv . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1109deviance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1111df.residual . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1112diffinv . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1113dist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1114dummy.coef . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1117ecdf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1118eff.aovlist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1120effects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1121embed . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1122expand.model.frame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1123Exponential . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1124extractAIC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1125

CONTENTS xvii

factanal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1127factor.scope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1130family . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1131FDist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1134fft . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1136filter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1137fisher.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1138fitted . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1141fivenum . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1142fligner.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1143formula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1144formula.nls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1146friedman.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1147ftable . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1149ftable.formula . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1151GammaDist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1152Geometric . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1154getInitial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1155glm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1156glm.control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1161glm.summaries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1162hclust . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1163heatmap . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1166HoltWinters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1169Hypergeometric . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1172identify.hclust . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1173influence.measures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1174integrate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1177interaction.plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1179IQR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1181is.empty.model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1182isoreg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1183KalmanLike . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1184kernapply . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1186kernel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1187kmeans . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1188kruskal.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1190ks.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1192ksmooth . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1194lag . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1195lag.plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1196line . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1197lm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1198lm.fit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1201lm.influence . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1203lm.summaries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1204loadings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1206loess . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1207loess.control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1209Logistic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1210logLik . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1211loglin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1212

xviii CONTENTS

Lognormal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1214lowess . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1216ls.diag . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1217ls.print . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1218lsfit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1219mad . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1220mahalanobis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1221make.link . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1222makepredictcall . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1223manova . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1224mantelhaen.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1225mauchly.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1227mcnemar.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1229median . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1230medpolish . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1231model.extract . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1233model.frame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1234model.matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1236model.tables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1237monthplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1239mood.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1241Multinom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1242na.action . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1243na.contiguous . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1244na.fail . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1245naprint . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1246naresid . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1246NegBinomial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1247nextn . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1249nlm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1250nlminb . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1252nls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1255nls.control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1260NLSstAsymptotic . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1261NLSstClosestX . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1262NLSstLfAsymptote . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1262NLSstRtAsymptote . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1263Normal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1264numericDeriv . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1266offset . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1267oneway.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1267optim . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1269optimize . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1274order.dendrogram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1276p.adjust . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1277pairwise.prop.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1279pairwise.t.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1280pairwise.table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1281pairwise.wilcox.test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1281plot.acf . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1282plot.density . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1284plot.HoltWinters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1284

CONTENTS xix

plot.isoreg . . . . . . . . . . . . . . . . . . .