quickgene dna tissue kit l (dt-l) - 和光純薬工業 … 4. 取扱上の安全注意事項...
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ハンドブック
DNA組織キット
QuickGene DNA tissue kit L(DT-L)
Ver.1.0
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Contents
1. はじめに‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥ 4
2. キット内容物と保存条件‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥ 4
2-1 キット内容物‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥ 4
2-2 保存条件‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥ 4
3. キット以外にご準備いただくもの‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥ 5
4. 取扱上の安全注意事項‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥ 6
5. 使用上の注意事項‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥ 7
6. 品質管理‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥ 7
7. 製品説明‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥ 8
8. プロトコール‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥ 9
【OverviewFlowChart】‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥ 9
8-1 試薬の準備‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥ 9
8-2 ライセート作製プロトコール‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥ 10
8-3 QuickGene-610Lを用いた分離プロトコール‥‥‥‥‥‥‥‥‥ 13
9. トラブルシューティング‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥ 16
10.オーダリング・インフォメーション‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥ 19
付録1QuickGene-610Lパラメータについて‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥‥ 19
付録2QuickGeneDNAtissuekitL(DT-L)データ例‥‥‥‥‥‥‥ 20
ご注意 本キットに含まれる試薬は、すべて研究用試薬です。診断および臨床用試薬として使用しないでください。
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1. はじめに薄さ80μmの多孔質フィルターを用い、加圧法による核酸分離システムを実現しました。
このキットの特徴は以下のとおりです。●このキットをご使用いただくことにより、簡便に動物組織からゲノムDNAを分離することができます。
●ライセートセット後、6サンプル同時に約16分で分離操作が完了します。●タンパク質やカオトロピック塩を含まない、高純度のゲノムDNAが得られます。得られた高品質のゲノムDNAはPCR、制限酵素処理、サザンブロッティングなどのアプリケーションに適しています。
●このキットはQuickGene-610L専用キットです。他の装置ではご使用になれません。
QuickGeneを用いて分離を行う際は、各装置の取扱説明書をよくお読みください。
2. キット内容物と保存条件
2-1 キット内容物
以下の内容物が入っていますので確認してください。キットには48処理分のゲノムDNA分離用試薬が含まれています。
□ProteinaseK EDT 4本□TissueLysisBuffer MDT 4本□LysisBuffer LDT 4本□WashBuffer WDT 4本□ElutionBuffer CDT 1本□Cartridges(カートリッジ) CAL2 48個□WasteTubes(ウェイストチューブ) WTL 48個
2-2 保存条件
指定の温度(15~28℃)で保存してください。有効期限は外箱に表示しています。より安定に保つためEDTは開梱後、冷蔵(2~8℃)で保存することをお勧めします。
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3. キット以外にご準備いただくもの①試薬
●特級エタノール(>99%)(ライセート調製時およびWDTの希釈に使用)
※必要に応じて用意していただく試薬●RNaseA[推奨品]・RibonucleaseA Sigma-AldrichCat.No.R5125*1、*2
R5500*1、*2
R6513*1
R4642・RibonucleaseA(MPBiomedicalsCat.No.101076*1、*2)・RNaseA (AMRESCOCat.No.0675*1、*2)・RNaseA (QIAGENCat.No.19101)・RNaseA (LifeTechnologiesCat.No.12091)
*1:10mMTrisHClpH7.5、15mMNaClを用いて100mg/ml溶液を調製してください。*2:R5125、R5500、101076、0675は100℃15分処理をしてDNase活性を失活してか
ら使用してください。
②器具・機材●QuickGene-610L●50mlおよび15mlの遠沈管*1
●マイクロピペット●マイクロピペット用チップ●1.5mlマイクロチューブ(溶出液の回収容器として使用)*2
●チューブスタンド●チューブミキサー(2,500rpm程度の攪拌ができるもの)●遠心機(2,500×g(3,500rpm)程度の遠心が可能なもの)●シェーカー(55℃でシェーキングできるもの)●ウォーターバス(70℃で使用可能なもの)
*115ml(または50ml)遠沈管は、サンプルを前処理する容器として使用します。 50ml遠沈管は、QuickGene-610Lで回収液(CDT)を入れる容器として使用します。*2ボールロック付マイクロチューブはご使用になれません。
表1 遠沈管の推奨品は、以下のとおりです。
遠沈管の種類 品 名
50ml 遠沈管 50mlコニカルチューブ(BDファルコンなど)
15ml 遠沈管 15mlコニカルチューブ(BDファルコンなど)
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4. 取扱上の安全注意事項◆EDT(ProteinaseK)
取扱上のご注意:●目に入れたり、飲んだりしないでください。●目、皮膚および衣服についたときは、水で充分に洗ってください。
◆MDT(TissueLysisBuffer)取扱上のご注意:●目に入れたり、飲んだりしないでください。
●目、皮膚および衣服についたときは、水で充分に洗ってください。●この薬品を扱う場合は、適切な保護手袋および保護めがねを着用してください。
◆LDT(LysisBuffer)薬品の特性 :●飲むと有害の可能性があります。取扱上のご注意:●目に入れたり、飲んだりしないでください。
●目、皮膚および衣服についたときは、水で充分に洗ってください。●この薬品を扱う場合は、適切な保護手袋および保護めがねを着用してください。
◆WDT(WashBuffer)取扱上のご注意:●目に入れたり、飲んだりしないでください。
●目、皮膚および衣服についたときは、水で充分に洗ってください。
◆CDT(ElutionBuffer)取扱上のご注意:●目に入れたり、飲んだりしないでください。
●目、皮膚および衣服についたときは、水で充分に洗ってください。
◆LDTは、温度の高い場所での使用、保存は避けてください。
◆LDTを含む溶液や廃液は、絶対に漂白剤と混合しないでください。
◆感染性のおそれのあるサンプルを使用する場合感染性のおそれのあるサンプルを扱う場合は、適切な保護具を着用してください。
◆感染性のおそれのあるサンプルを使用し、使用後廃棄する場合感染性のおそれのあるサンプルを使用し、使用後廃棄する場合は、感染性産業廃棄物に該当しますので関連する法に従い、焼却、溶融、滅菌、消毒などの処理をしてください。なお、処分業者に委託する場合は、特別管理産業廃棄物処分業の許可を受けた業者へ、特別管理産業廃棄物管理票(マニフェスト)を添えて処理を委託してください。
◆参考情報各試薬の性状および取扱いに関する詳細情報は、SDS(安全データシート)を参照してください。SDSは弊社ホームページ(http://www.kurabo.co.jp/bio/)からダウンロードできます。
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5. 使用上の注意事項◆サンプルに関する注意事項
●本キットは、基本的に動物組織5~100mgからのゲノムDNAの分離に対応しています。●動物から切除した新鮮または凍結組織を準備してください。●処理可能な組織量は組織の状態、部位などにより変動します。ご使用のサンプルによっては、組織量等を再度検討いただく必要があります。
●処理可能量を超えた組織量をオーバーロードしてしまうと、性能が顕著に低下し、最悪の場合カートリッジ(CAL2)が目詰まりを起こす可能性があります。
●ゲノムDNAと共にRNAが精製されます。RNAの混入が好ましくない場合は、RNase処理を行ってください。
●サンプルを室温で放置したり、凍結、融解を繰り返した場合、ゲノムDNAが分解したり収量が低下することがあります。
◆試薬に関する注意事項●MDTは保存中に析出物を生じることがあります。析出物が生じた場合、55℃で溶解後、室温に戻してから使用してください。
●LDTは保存中に析出物を生じることがあります。析出物が生じた場合、37℃で溶解後、室温に戻してから使用してください。
●LDTは、温度の高い場所での使用、保存は避けてください。●LDTを含む溶液や廃液は、絶対に漂白剤と混合しないでください。
◆操作に関する注意事項●すべての操作は室温(15~30℃)で行ってください。低温または高温でご使用の場合、キットの性能が発揮されないことがあります。
●分離の途中では時間をおかず、操作は素早く行ってください。●下記ページを参照し、QuickGene-610Lの準備をした上でライセート作製を開始することをお勧めします。
QuickGene-610Lを用いた分離プロトコール:8-3(p.13) QuickGene-610Lパラメータについて:付録1(p.19)
●詳しくは、QuickGene-610Lの取扱説明書を参照してください。
6. 品質管理 ● キットロット間の性能差がないことを確認しています。● QuickGeneDNAtissuekitL(DT-L)には、ゲノムDNA、DNaseおよび菌のコンタミネー
ションがないことを確認しています。● ゲノムDNAの収量や品質は260nmの吸光度、260nm/280nmの吸光度比によって確認し
ています。
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7. 製品説明
本キットは、動物組織からのゲノムDNAの分離に対応します。基本処理可能量は5 ~100mgです。マウス正常組織より本キットを用いて分離した際のゲノムDNA収量、純度例(A260/280)は表2のとおりです。
表2 ゲノムDNAの収量例(RNase処理あり)Balb/cマウス(メス、7週齢)正常組織での例です。組織 100mgあたり収量例 A260/280肝臓 80μg 1.87
●収量はサンプルの状態により変動します。●凍結サンプルで、凍結、融解を繰り返した場合、ゲノムDNA収量や分子量が低下することがあります。
●ゲノムDNAと共にRNAが精製されます。RNAの混入が好ましくない場合は、RNase処理を行ってください。
●肝臓などRNAを多く含む組織の処理量が多い場合、標準のRNase処理をしてもRNAを充分分解できないことがありますので、RNaseの使用条件を検討してください。
●CDT量の初期値は500μlです。
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プロトコール
8. プロトコール
【Overview Flow Chart】
8-1 試薬の準備
◆EDTEDTはより安定に保つため、冷蔵(2~8℃)で保存することをお勧めします。
◆MDT使用前に充分に混和してください。析出物が生じた場合は、55℃で溶解後、室温に戻してから使用してください。
◆LDT使用前に充分に混和してください。析出物が生じた場合は、37℃で溶解後、室温に戻してから使用してください。
◆WDT濃縮状態でお届けします。使用前に、ボトルに160mlの特級エタノール(>99%)を添加し、よく混和してください。エタノール添加後はボトル蓋ラベルの「ethanoladded?」チェックボックスにチェックを入れてください。また、エタノール添加後は揮発を防ぐために、ボトルの蓋をしっかりと閉めてください。
◆CDTゲノムDNA溶出時には、必ずCDTを使用してください。
◆RNaseA(RNase処理をする場合)RNaseAはキットには含まれていません。p.5の推奨RNaseAを準備してください。
8-1試薬の準備(p.9)
8-2ライセート作製プロトコール(p.10)
8-3QuickGene-610Lを用いた分離プロトコール(p.13)
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プロトコール
◆所定量の特級エタノールを加えた洗浄液(WDT)、および回収液(CDT)の必要量 下表をご参考に、分離処理をするサンプル数に応じて、所定量の特級エタノールを加えた洗浄液(WDT)はボトルのまま、回収液(CDT)は指定の遠沈管に移して必要量を準備してください。準備した液は、QuickGene-610Lのホルダーの所定の位置にセットしてください。
表3 WDT、CDT必要量
サンプル数 所定量の特級エタノールを加えた洗浄液(WDT) 回収液(CDT)
6 160ml(ボトル半分) 11ml12 320ml(ボトル1本) 16ml18 480ml(ボトル1.5 本) 24ml24 640ml(ボトル2本) 32ml30 800ml(ボトル2.5 本) 40ml36 960ml(ボトル3本) 48ml42 1120ml(ボトル3.5 本) 56ml48 1280ml(ボトル4本) 64ml
8-2 ライセート作製プロトコール
本キットは、基本的に動物組織5~100mgからのゲノムDNAの分離に対応しています。
【分離を始める前の重要事項】●試薬類は室温に戻してから使用してください。●組織溶解に使用するシェーカーを55℃に設定してください。(p.12)●ウォーターバスの温度を70℃に設定してください。●サンプルおよび試薬の液量はライセート作製フロー(p.11)に記載された液量を厳守してください。
●動物から切り取った組織は、所定量を直ちにMDTへ浸してください。●すぐに使用しない場合は、液体窒素で素早く凍結し、冷凍保存(-20℃または-80℃)してください。
●サンプルを室温で放置したり、凍結、融解を繰り返すと、ゲノムDNAが分解したり、収量が低下することがあります。
●クロスコンタミネーションを防ぐために毎回ピペットチップを交換することをお勧めします。●LDTを含む溶液や廃液は、絶対に漂白剤と混合しないでください。●分離の途中では時間をおかず、操作は素早く行ってください。●感染性のおそれのあるサンプルを使用し、使用後廃棄する場合は、感染性産業廃棄物に該当しますので、適切な処理を行ってください。
【分離を始める前の確認事項】●WDTは濃縮状態でお届けします。分離を始める前に必ず160mlの特級エタノール(>99%)が添加されていることを確認してください。
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ライセート作製プロトコール
動物組織:ライセート作製フロー
<6>
<5>
<4>
<3>
<2>
<7>
<8>
<1> 使用組織量を決める
15ml( または50ml) 遠沈管
室温 インキュベーション:2分
55℃ 数時間から一晩、シェーカーなどを使用し、攪拌しながら組織を完全に溶解
溶解残渣分(溶け残り、ゼラチン状のものなど)を分離除去し、新しい遠沈管へ移す
ボルテックス5秒間(酵素液が混ざっていることを確認する)
動物組織:5~100mg ハサミ・ハンマーなどで小ブロックにするMDT:1.8mlEDT:200μl
LDT:1.8ml
特級エタノール (>99%):2.4ml
ボルテックス(最大回転数):15秒
ボルテックス(最大回転数):15秒
70℃ インキュベーション:10分
RNase A :100μl
2,500×g(3,500rpm)、3分、室温
RNase 処理なし RNase 処理あり
ライセート完成
8-3 QuickGene-610Lを用いた分離プロトコール:8-3(p.13)
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ライセート作製プロトコール
動物組織:ライセート作製プロトコール詳細<1>動物から切除した新鮮または凍結組織を準備してください。
組織サンプルは所定量(基本的には5~100mg)を使用してください。組織量が多すぎた場合、目詰まり、顕著な収量減少、精度低下の可能性があります。目詰まりした場合は、組織量を減らして検討してください。室温で組織を放置しないでください。ゲノムDNAが分解してしまいます。
<2>組織をハサミ、ハンマーなどで5mm角以下の小ブロックにし、動物組織重量を測定し、15ml(または50ml)遠沈管に入れてください。MDTを1.8ml、続いてEDTを200μl添加します。凍結組織を使用する場合、組織を室温にしてから直ちにMDTを添加してください。新鮮な組織を使用する場合は、所定量の組織へ直ちにMDTを添加してください。
<3>55℃にて攪拌しながら、組織を完全に溶解させます。攪拌しなかった場合、所定量の組織でも完全に溶解しない場合があります。できれば加温できるシェーカーなどで攪拌してください。加温できるシェーカーをお持ちでない場合は、ヒートブロックなどを使用し、時々ボルテックスして組織をよく溶解してください。溶解時間は組織の種類により変わります。例えば、脳・肺・腎臓の場合は16時間程度、肝臓の場合は3時間程度を目安としてください。溶解しにくい場合は、時間を延長してください。
<4>不溶分を除くため、2,500×g(3,500rpm)、3分、室温にて遠心します。残渣分(溶け残り、ゼラチン状のもの)を吸い取らないように、新しい遠沈管に上清を移してください。
<5>RNase処理ゲノムDNAと共にRNAが精製されます。RNAの混入が好ましくない場合は、RNase処理を行ってください。RNase処理をしない場合は、<6>へ進んでください。RNaseAを100μl添加してください。ボルテックスを5秒程度行うことでRNaseAをサンプル液とよく混ぜてください。室温にて2分間インキュベーションします。組織の種類によりRNAの含有量が違います。含有量が低い組織の場合、使用するRNaseA量を減量することができます。
<6>サンプル液にLDTを1.8ml添加し、最大回転数で15秒間ボルテックスします。LDTの混和がボルテックスで不充分なときは、タッピング、ピペッティングあるいは転倒混和などでよく混ぜてください。LDT液添加時に混合液が白くなったり沈殿物が生じることがありますが、70℃に加温すると溶解します。
<7>70℃にて10分間インキュベーションします。
<8>特級エタノール(>99%)を2.4ml添加し、最大回転数で15秒間ボルテックスします。 (ライセート完成)。混和がボルテックスで不充分なときは、タッピング、ピペッティングあるいは転倒混和などでよく混ぜてください。
ライセート完成後は、速やかにQuickGene-610Lにて分離操作を行ってください。 8-3QuickGene-610Lを用いた分離プロトコール(p.13)
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QuickG
ene-610L
分離プロトコール
8-3 QuickGene-610Lを用いた分離プロトコール
QuickGene-610L分離フロー
カートリッジ(CAL2)へライセートを全量添加(ライセート中に凝集物が生じた場合は、凝集物ごとカートリッジへ添加)
「DNA TISSUE」モードを選択
[START]ボタンを押す
ゲノムDNA 回収
ライセート完成
<1>
<3>
<2>
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QuickG
ene-610L
分離プロトコール
①装置の準備ご使用になる前にQuickGene-610L の取扱説明書を必ずお読みになり、必要な準備をしてください。
②分離モードの選択動物組織からのゲノムDNA分離の場合は、「DNATISSUE」を選択してください。「DNATISSUE」が無い場合、他のファイルを修正して使用してください。(パラメータ設定については、付録1をご参照ください)●最高収量用に溶出回数を2回に増やす場合 QuickGene-610Lの取扱説明書のパラメータ設定方法をご参照のうえ、「EXPERT」モードの「ELUTCOUNT」の設定を1→2に変更してください。
溶出回数を1回に戻す場合は、「ELUTCOUNT」の設定を2→1に変更してください。
ご注意 パラメータの設定値が不適切な場合、バッファがこぼれたり、サンプルの分離に失敗することがあります。
③消耗品のセット装置のフロントカバーを開けてホルダー一式を取り出します。1.5ml マイクロチューブ(回収容器)をコレクションチューブホルダーに差し込みます。次に廃液容器(WTL)をホルダーキャリッジに差し込みます。次にカートリッジをカートリッジホルダーへ差し込みます。●カートリッジは専用カートリッジ(CAL2)をご使用ください。●溶出液の回収には1.5ml マイクロチューブを、廃液の回収には専用の廃液容器(WTL)をご使用ください。
●カートリッジおよび各容器のセットの方法は、QuickGene-610Lの取扱説明書をお読みください。
ご注意●カートリッジの位置がずれていると、液がこぼれたり、分離操作ができないおそれがあります。●カートリッジおよび各容器はクリーンルームで生産されております。使用の際はヌクレアーゼの
混入を避けるため、手袋を着用してセットしてください。
④試薬のセット所定量のエタノールを添加した洗浄液(WDT)および指定の遠沈管に移した回収液(CDT)をそれぞれホルダーの所定の位置にセットします。●処理数に応じて必要な試薬量が異なります(8-1p.10参照)。●各試薬のセット位置は、QuickGene-610Lの取扱説明書をお読みください。
ご注意 各試薬はクリーンルームで生産されております。使用の際はヌクレアーゼの混入を避けるため、手袋を着用してセットしてください。
⑤ディスチャージ操作ディスチャージトレーがセットされていることを確認します。フロントカバーを閉じ、オペレーションパネルの[DISCHARGE]ボタンを押してください。●ディスチャージ操作を行わないと、管内の残留エアの影響で規定量の洗浄液(WDT)、回収液(CDT)が注入されず、正確な結果が得られません。
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QuickG
ene-610L
分離プロトコール
⑥ライセートの作製およびセットサンプルは、「8-2ライセート作製プロトコール」に従ってライセートを調製し、机上でホルダーキャリッジの上にコレクションチューブホルダー、カートリッジホルダーをセット後、ライセート全量をカートリッジ(CAL2)へ注入してください。その際、カートリッジの縁を濡らさないように注意してください。カートリッジホルダーの蓋をロックし、ホルダー一式を装置にセットします。
⑦分離開始以下の手順で分離をスタートさせます。●所定量のエタノールを添加した洗浄液(WDT)、回収液(CDT)、サンプルが注入されたカートリッジ(CAL2)、廃液容器(WTL)、1.5ml マイクロチューブ(回収容器)がセットされていることを確認します。
●装置のフロントカバーを閉めます。●オペレーションパネルに適切なモードが表示されていることを確認して、[START] ボタンを 押してください。●分離操作が始まるとオペレーションパネルに「EXECUTING」と表示されます。
ご注意 分離動作中(「EXECUTING」と表示されているとき)はフロントカバーを開けないでください。万一開けると、分離動作が強制終了します。
⑧ゲノムDNAの回収ピピーッと音が鳴れば分離終了です。●オペレーションパネルには分離結果が v、–、_ で表示されます。
v:正常終了 –:異常終了 _:カートリッジなしまたは分離前にエラー発生
●装置が完全に停止していることを確認した後、フロントカバーを開け、コレクションチューブホルダーより、1.5ml マイクロチューブ(回収容器)を取り出します。
●カートリッジ(CAL2)からのゲノムDNA溶出は500μl の回収液(CDT)を用いて行われますので、回収液量は500μl となります。
●分離されたゲノムDNAは、1.5ml マイクロチューブ(回収容器)の蓋を確実に閉めて保存してください。長期間ゲノムDNAを保存される場合、-20℃で保存することをおすすめします。
⑨廃液・消耗品の処分廃液容器(WTL)を取り出し、廃液は規定に従って廃棄してください。カートリッジホルダーを取り外し、カートリッジ(CAL2)を処分します。
ご注意 感染性のおそれのあるサンプルを使用し、使用後廃棄する場合は、感染性産業廃棄物に該当しますので、関連する法に従い、焼却、溶融、滅菌、消毒などの処理をしてください。また、委託して行う場合は、特別管理産業廃棄物処分業の免許を持った業者に、特別管理産業廃棄物管理票(マニフェスト)を添えて処理依頼をしてください。
以上で作業は完了です。
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トラブルシューティング
9. トラブルシューティングトラブルが生じた場合には、以下の対策をご参照ください。
(1)DNAの収量が低い、DNAが得られない
原 因 対 策組織の保存方法が不適切 組織の種類、大きさ、量、保管期間、保存条件でゲノムDNA収量は変わり
ます。不適切な保存条件では収量が低下します。適切な条件でサンプルを保存してください。動物から組織を取り出したら、所定量を直ちにMDTへ浸すか、直ちに液体窒素で凍らせ、凍結(-20℃または-80℃)保存してください。
組織溶解が不完全 EDTを含むMDTに、組織を完全に浸して溶解してください。溶解するときに、組織を細かく切ってください。加温できるシェーカーを用いてシェーキングを行い、よく攪拌してください。シェーカーを使用しない場合は、55℃にて加温しながら時々ボルテックスで混和してください。必要に応じて溶解インキュベーション時間を延長してください。
試薬、サンプルの添加順序が不適切
ライセ-ト調製時、遠沈管には、溶解した組織サンプル→LDT→特級エタノール(>99%)の順で添加してください。
試薬の容量比が不適切 組織溶解後の遠心上清をロスした場合は、遠心上清量、LDT液量およびエタノール液量を「遠心上清:LDT:特級エタノール(>99%)=2.0:1.8:2.4」に、調節してください。
フィルターが破れてしまった カートリッジ(CAL2)内のフィルターにピペットチップが触れないように注意してください。
組織量が多すぎた 組織量を減らしてください。
LDT添加後のボルテックスが不充分
LDT添加直後に、最大回転数で充分にボルテックス(15秒)または転倒混和してください。
WDTに所定量の特級エタノールを添加していない
WDT使用前には、必ず所定量の特級エタノール(>99%)を添加したことを確認してください。(8-1p.9参照)
カートリッジ(CAL2)へライセート全量を添加しきれていない
ライセートに凝集物が見られた場合は、凝集物も含めて全量をカートリッジに添加してください。
セット試薬の不足 QuickGene-610Lにセットした試薬が充分であることを確認してください。
CDT量が不適切 QuickGene-610Lのパラメータが変更されているか確認してください。特に、CDT量のパラメータが間違っていないこと(「ELUTVOL」が「500」であること)を確認してください。また、ラインに気泡が残っていたらディスチャージ操作を行ってください。パラメータの設定についてはQuickGene-610Lの取扱説明書も併せて参照してください。
試薬に析出物が生じた (6)「試薬に析出物が生じた」参照
ゲノムDNAの溶出にCDT以外の試薬を使った
ゲノムDNA溶出時にはCDTを使用してください。
古いWDTを使用した QuickGene-610Lに1日以上セットされたWDTは使用しないでください。
DNAの分解 (3)「DNAが分解した」参照
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トラブルシューティング
(2)カートリッジ(CAL2)が詰まった
原 因 対 策組織量が多すぎた 所定量まで組織量を減らしてください。
LDT添加後のボルテックスが不充分
LDT添加直後に、最大回転数で充分にボルテックス(15秒)または転倒混和してください。
組織溶解が不完全 EDTを含むMDTに、組織を完全に浸して溶解してください。溶解するときに、組織を細かく切ってください。加温できるシェーカーを用いてシェーキングを行い、よく攪拌してください。シェーカーを使用しない場合は、55℃にて加温しながら時々ボルテックスで混和してください。必要に応じて溶解インキュベーション時間を延長してください。
組織の不溶解物が詰まった MDTとEDTで溶け残った残渣を、遠心(2,500×g(3,500rpm)、3分)して取り除いてからLDTを添加してください。
ゲノムDNAの溶出にCDT以外の試薬を使った
ゲノムDNA溶出時にはCDTを使用してください。
(3)DNAが分解した
原 因 対 策組織の保存方法が不適切 動物から組織を取り出したら、所定量を直ちにMDTへ浸すか、直ちに液
体窒素で凍らせ、凍結保存(-20℃または-80℃)してください。
(4)DNAの純度が低い
原 因 対 策試薬、サンプルの添加順序が不適切
ライセ-ト調製時、遠沈管には、溶解した組織サンプル→LDT→特級エタノール(>99%)の順で添加してください。
試薬の容量比が不適切 組織溶解後の遠心上清をロスした場合は、遠心上清量、LDT液量およびエタノール液量を「遠心上清:LDT:特級エタノール(>99%)=2.0:1.8:2.4」に、調節してください。
LDT添加後のボルテックスが不充分
LDT添加直後に、最大回転数で充分にボルテックス(15秒)または転倒混和してください。
WDTに所定量のエタノールを添加していない
WDT使用前には、必ず所定量の特級エタノール(>99%)を添加したことをご確認ください。(8-1p.9参照)
吸光度測定のブランクが適切でない
吸光度測定のブランクはDNA溶出で使用したCDTを使用してください。
(5)PCRなど、続けて行う実験がうまくいかない
原 因 対 策使用したDNA量が不適切 260nm吸光度から濃度を確認してください。
DNAの純度が低い (4)「DNAの純度が低い」参照
DNAの分解 (3)「DNAが分解した」参照
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トラブルシューティング
(6)試薬に析出物が生じた
原 因 対 策低温で保存している 指定の温度(15~28℃)で保存してください。
析出物が生じた場合は、MDTは55℃、その他の試薬は37℃にて加温し析出物を溶解後、室温に戻してから使用してください。
(7)LDT→エタノール添加後、あるいはLDTとエタノール混合液添加後に白色沈殿物が発生
原 因 対 策室温が低い この沈殿物は、55℃のインキュベーションで溶解されます。溶解後、室
温に戻してから分離操作をしてください。
組織量が多すぎた 組織量が所定量より少なかったことをご確認の上、凝集物ごとカートリッジ(CAL2)に添加してください。
(8) 1.5mlマイクロチューブにサンプルが回収されない(空である)
原 因 対 策CDTのセット量が不足またはディスチャージ操作を行っていない
表3(p.10)に従い、必要量のCDTをセットしてください。また、QuickGene-610Lの取扱説明書を参照し、ディスチャージ操作を必ず行ってください。
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10. オーダリング・インフォメーション
Cat#QuickGene-610L自動核酸分離システム
QuickGeneDNAwholebloodkitL DB-L
QuickGeneDNAtissuekitL DT-L
付録1 QuickGene-610Lパラメータについて
QuickGene-610Lをご使用の方は、「DNATISSUE」モードを選択してください。パラメータは下表のとおりです。表示順 LCD表示 パラメータ1 BINDPEAK 120
2 WASHCOUNT 3
3 WASHPEAK 120
4 WASHVOL1 7500
5 WASHVOL2 6500
6 WASHVOL3 5500
7 WASHVOL4 0
8 WASHVOL5 0
9 WASHDIPTM 0
10 WAS2WAITT 0
11 WAS2COUNT 0
12 WAS2PEAK 90
13 WAS2VOL1 7500
14 WAS2VOL2 6500
15 WAS2VOL3 5500
16 WAS2VOL4 0
17 WAS2VOL5 0
18 ELUTVOL 500
19 ELUTPEAK 100
20 ELUTDIPTM 90
「EXPERT」モードで下記を変更
表示順 LCD表示 パラメータ14 WASHRETRY 120
※パラメータを変更する場合、変更方法はQuickGene-610L取扱説明書をご参照ください。
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付録2 QuickGene DNA tissue kit L (DT-L)データ例
1)100mgのマウス肝臓からのゲノムDNA分解データ
サンプル 組織量(mg)
分光測定 蛍光測定
純度 収量 収量A260/280 A260/230 ng/μl μg ng/μl μg
1 100 1.87 2.21 167.5 83.7 184.3 92.1
2 100 1.86 2.19 198.1 99.0 197.1 98.6
3 100 1.85 2.22 209.3 104.6 194.4 97.2
4 100 1.88 2.22 204.3 102.2 208.5 104.3
5 100 1.89 2.22 237.6 118.8 212.0 106.0
6 100 1.86 2.24 242.6 121.3 198.3 99.1
M11234 5 6M2
番号 サンプル
1 マウス肝臓100mg
2 マウス肝臓100mg
3 マウス肝臓100mg
4 マウス肝臓100mg
5 マウス肝臓100mg
6 マウス肝臓100mg
M1:マーカー(TrackIt™λDNA/HindIIIFragments:LifeTechnologies社製)M2:マーカー(TrackIt™1KbPlusDNALadder:LifeTechnologies社製)泳動条件:1%Agarose/1xTAE
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2)マウス肝臓5~150mgからのゲノムDNA分解データ
サンプル 組織量(mg)
分光測定 蛍光測定
純度 収量 収量A260/280 A260/230 ng/μl μg ng/μl μg
1 5 1.73 2.19 11.2 5.6 17.1 8.5
2 10 1.81 2.07 22.9 11.5 26.6 13.3
3 50 1.86 2.18 104.9 52.5 108.8 54.4
4 100 1.90 2.16 175.9 88.0 156.9 78.4
5 125 1.92 2.19 189.3 94.7 189.2 94.6
6 150 1.94 2.16 182.7 91.4 175.0 87.5
M1123456 M2
番号 サンプル
1 マウス肝臓115mg
2 マウス肝臓110mg
3 マウス肝臓150mg
4 マウス肝臓100mg
5 マウス肝臓125mg
6 マウス肝臓150mg
M1:マーカー(TrackIt™λDNA/HindIIIFragments:LifeTechnologies社製)M2:マーカー(TrackIt™1KbPlusDNALadder:LifeTechnologies社製)泳動条件:1%Agarose/1xTAE
電気泳動図、及び分光・蛍光光度計測定の結果より、5mgから125mgの範囲で組織量依存的にゲノムDNAを分離することができました。組織量150mgから分離することができましたが、その収量は組織量125mgに劣り、目詰まりの危険性があるため、マウス肝臓では組織量100mg以下が適量です。
※上記データはマウス肝臓で得られた結果で、お客様がお使いになるサンプルによっては、 本データを参考に、組織量等を再度検討いただく必要がございます。
*トレードマークと免責事項 本取扱説明書に使用されている登録名などは、特に表示がない場合でも法律によってその権利が保証されています。
●製造元
バイオメディカル部〒572-0823大阪府寝屋川市下木田町14-5 クラボウ寝屋川テクノセンター3階TEL(072)820-3079FAX(072)820-3095
URL;http://www.kurabo.co.jp/bio/
●販売元
本 社 〒540-8605大阪市中央区道修町三丁目1番2号 ☎(06)6203-2759(機器システム部)東京本店 〒103-0023東京都中央区日本橋本町二丁目4番1号 ☎(03)3270-8124(機器システム部)
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