العلمي والبحث العالي التعليم وزارةالقادسية جامعة

/ الكيمياء قسم التربية كلية

paymolبرنامج

vثلاثي بشكل المواد تركيبات لعرض

الابعاد

م�ن� ك�ل� ب�ه� ت�ق�د�م� ب�ح�ث�: ا�ل�ط�ا�ل�ب�: ع�م�ا�د� س�ا�ج�د�ه� ا�ل�ط�ا�ل�ب�ة�

س�ر�ح�ا�ن� ا�ح�م�د�

ق�س�م� ا�ل�ت�ر�ب�ي�ة� ك�ل�ي�ة� م�ج�ل�س� إ�ل�ى�ا�ل�ك�ي�م�ي�ا�ء�

[0]

م�ن� ج�ز�ء� و�ه�و� ا�ل�ق�ا�د�س�ي�ة� ج�ا�م�ع�ة�ش�ه�ا�د�ة� ع�ل�ى� ا�ل�ح�ص�و�ل� م�ت�ط�ل�ب�ا�ت�

ا�ل�ك�ي�م�ي�ا�ء� ف�ي� ا�ل�ب�ك�ا�ل�و�ر�ي�و�س�اشراف ( تحت نوري ) نجوان الاستاذة

[1]

الاهداءالرحيم الرحمن الله بسم

( عملكم الله فسيرى اعملوا قلوالمؤمنون (ورسوله

العظيم الله صدق .. يطيب ولا بشكرك الا الليل يطيب لا اللهي

. الا اللحظات تطيب ولا بطاعتك الا النهارجل.. الله برؤيتك الا الجنة تطيب ولا بذكرك

جلاله .ونصح الامانة وادى الرسالة بلغ من الى

. العالمين .. ونور الرحمة نبي الى الامةوسلم عليه الله صلى محمد سيدنا

من .. الى والوقار بالهيبة الله كللهم من الىنحمل .. من الى انتظار بدون العطاء علمونا.. العزيزان والدينا افتخار بكل اسمهم

جميعا واصدقائنا اهلنا الى[2]

الشكرفي الاخيرة خطواتنا نخطو ونحن لنا لابداعوام الى نعود وقفة من الجامعية الحياة

اساتذتنا مع الجامعة رحاب في قضيناهابذلك باذلين الكثير لنا قدموا الذين الكرام

الامة لتبعث الغد جيل بناء في كبيرة جهودا. جديد من

الشكر آيات بأسمى نتقدم نمضي ان وقبلاقدس حملوا الذين الى والتقدير والامتنان

طريق لنا مهدوا الذين الى الحياة في رسالة.. الافاضل اساتذتنا جميع الى والمعرفة العلم

. متعلما" .. فكن تستطع لم فان عالما كنلم .. فان العلماء فصاحب تستطع لم فان

" تبغضهم فلا تستطعنجوان الاستاذة والشكر بالتقدير ونخص

. هذا بحثنا اتمام في لنا لمساعدتها نوري

[3]

المقدمةأي . يوافق أن المرجح من الحالية والنموذجة التصور برامج تطور مع

التصور أن على للمركبات الجزيئية للبنية الملحوظ التعقيد درس شخص . معظم فإن ، ذلك ومع للمركب الهيكلية البيولوجيا لفهم ضروري

القيود مع النهاية في يتعارضون التصور حزم يستخدمون الذين الباحثينما على الحصول المستحيل أو الصعب من تجعل والتي فيها الكامنة

. بالضبط تحتاجهالبرامج حزمة في الموجودة القيود هذه على بسهولة التغلب يمكن لا اذ

نفسه الأمر ويظل ، المفتوح المصدر ذات البرامج خلال من الا التجاريةالمصدر نموذج على المتوافرة غير المجانية للبرامج بالنسبة ساريا

المفتوح.طريق عن المشكلات على التغلب المصدر مفتوح البرنامج لك يتيح

أي يفرض ولا ، مباشر بشكل وتحسينها البرنامج تشغيل طريقة تغيير . البرامج أن نعتقد ، الأسباب لهذه الابتكار وفرصة قوتك على قيود

فائدة أكبر وستوفر ، جوهره في متميز بحثي منتج هي المصدر مفتوحةو الطويل المدى على الكمبيوتر بمساعدة العلمي هو PyMOLللبحث

والذي المصدر مفتوحة البرامج هذه تركيب احد فهم في يساعدالأبعاد ثلاثة بطريقة التراكيب يعرض حيث ، المختلفة المواد جزئيات

شكل) - -(1لاحظ

في المتناهية والذرات الجزيئات واقع محاكاة خدمة البرنامج يقدميرى لا الذي العالم لذلك الأبعاد ثلاثي وتصوير تطبيق ويقدم ، الصغر

. المجردة بالعين

[4]

استخدام يمكنعلى البرنامج للتعرف

عن علم الكيمياءتراكيب طريقة رؤية

بشكل جزئيات الموادكما شبه واقعيمن يقدم العديد

الخصائص ستكتشفها التي

بنفسك

برنامج التراكيب pymalيقدم وبدراسة الكيمياء بعلوم للمهتمينشكل على المادة جزيئات تركيب عرض ، المختلفة للمواد الجزيئية

التي والأوامر الأدوات من العديد ويتيح ، للواقع محاكي الأبعاد ثلاثيبشكل البروتينات و للمواد الجزيئي التركيب عرض من المستخدم تمكن

مثل؛ الاخرى البرامج من العديد هنالك و مجسم الابعاد ثلاثيRASmol , Jmol , chemdraw , autodock & Visual Molecular Dynamics

برنامج وشهرة pymalولكن كفاءة واكثرها اقدمها من

[5]

[6]

الاول الفصل

pymolبالابتكار له يسمح و المستخدم يقيد لا المصدر مفتوح برنامج وهو

. إصداره تم و ديلانو ليفورد وارن أنشأته التي الجزيئي التصور نظام وهو , ديلانو شركة بواسطة البداية في تسويقه تم باثيون ترخيص بموجب

خاصة( DeLano scientific LLCالعلمية ) برمجيات شركة كانت التي

[7]

المجتمعات متناول في بعد فيما أصبحت مفيدة أدوات لإنشاء مكرسة. والتعليمية العلمية

. شركة بواسطة حاليا تسويقه Schrödingerيتم ، Inc

لجزيئات الجودة عالية الأبعاد ثلاثية صور إنتاج التطبيق لهذا ويمكن . ، الأصلي للمؤلف وفقا البروتينات مثل ، بيولوجية وجزيئات صغيرة

عام المنشورة ٢٠٠٩بحلول الصور جميع ربع من يقرب ما إنتاج تم ، باستخدام الان المتواجدة العلمية الأبعاد ثلاثي البروتين لهياكل

PyMOL.

برنامج paymolتنسيقستظهر تنصيبه بعد و الحاسوب جهاز على بتحميله نقوم البرنامج لتجربة

؛ التاليين الشكلين في كما المبسطة البرنامج نافذة

- 2شكل :) البرنامج- واجهة يوضح -) أ ب :- واجهة 2شكل يوضحبعد البرنامج

[8]

الملف فتح (1t46.pdbبعد ) تنصيبه فيها

الجزيئية الاشكال و المجسمات ظهور مكان هي الكبيرة النافذة حيثالتحكم اشرطة فهي الاعلى في الأشرطة .بينما

الآتي : نتبع بالبرنامج العمل في للبدءالتركيب- ١ ملف بتحميل ذلك 1t46.pdbنقوم فعل اجل ومن القرص من

منها واختر الاعلى في التحكم ادوات نافذة على بالضغط —fileقم>open مجلد من PyMOLTutorials/IntroductionToPyMOLبعدها

الاسم ذو الملف باختيار قم المكتب سطح على وهنا 1t46.pdbالموجودرقم ) الشكل في كما البرنامج واجهة تكون ان الالوان ( . 2يجب عدا ما

بعض قضاء يرجى ، الوقت هذا في و التركيب حسب تتغير ربما التيفي استخدامه كيفية و الماوس سلوك على للتعرف .PyMOLالوقت

. أثناء الاستمرار مع اضغط ، الآن البروتين فوق الماوس مؤشر ضع. بدوره – - الماوس أزرار من زر كل مع السحب عملية الماوس تحريك

الشكل ) يوضح في: 3الشكل) ؛( 3كما الأساسية الماوس زر وظائفPyMOL.)

في المشهد تدوير إلى الأيسر الماوس زر باستخدام السحب يؤديإلى فيؤدي الأوسط الماوس زر باستخدام السحب بينما ؛ الشاشةالفأرة زر باستخدام والسحب ؛ الشاشة مستوى في الجزيء تحريك

. التحكم في صعوبة او مشكلات اي واجهتك واذا والتصغير للتكبير الأيمن

[9]

زر على الضغط بمجرد الاصلي وضعه الى الشكل اعادة restيمكنكالعلوية . التحكم ادوات نافذه في الموجود

رقم الشكل حيث ٤في المشاهد نافذة او العرض نافذة سترى ادناهالأيسر الجانب على ويطلق العارض لإطار مشروحة لقطة عرض يتم

" العارض نافذة " من العرض به مساحة ستظهر الذي المكان وهو . أسفل يوجد تحميلها عند والكائنات الجزيئات

" أوامر سطر مباشرة العرض أوامر " command barمنطقة لإدخالPyMOL .في الماوس باستخدام تقريبا شيء بكل القيام أيضا يمكنPyMOL يمكن مكانين من واحد هو وهذا ، الأوامر كتابة طريق عن

. فيهما تفعيلهماقائمة لوحة الشاشة من العلوي الأيمن الجانب يضم ، ذلك بعد

بالإضافة / والتحديدات الكائنات إخفاء لإظهار تستخدم والتي ، الكائنات . عناصر توجد الشاشة يمين أسفل في خصائصها من العديد تغيير إلى

. لاحقا نناقشها والتي ، الماوس تحكم

؛( نافذة 4شكل فيه تظهر و مكوناتها و البرنامج نافذة يوضح. ) غيرها , و التحكم ادوات نافذة الاوامر شريط العرض

: لوحة واستخدام الاوامر إدخال ب سنقوم العارض نافذة باستخدام الآنالكائنات : قائمة

[10]

، العرض منطقة في النقر يرجىمفتاح على اضغط ، ESC الآن

العرض وضع إلى للعودة هنا، الاخرى المعلومات و القيادة سجل يظهراضغط العادي

ESC. برنامج من العرض تخفي سريعة طريقة الميزة .Paymolهذه

اي لذا الكتابة أثناء شيء كل رؤية يمكنك خلالها ومن العارض نافذةالسفلي الاوامر شريط في يظهر سوف تدخله commands lineشيء

: ( الشكل في ( . ٤كما

دخول - على واضغط الاتجاه ادخل تتخذ- enterالآن ان يجب وهنامع العرض سيظهر وهنا حددته الذي الاتجاه العرض واجهة في الجزيئة

اكتب والآن السيني المحور باتجاه ممكن محور شريط restاطول فيعلى line commandsالاوامر اضغط “enterوبعدها

امر" فكتابة لأمر restانتبه مشابهة ليست نافذة restهنا فيمن العملية بده اعادة الى يؤدي الامر فذاك العلوية الاوامر

" .جديد

نافذة يمين أعلى في الكائنات قائمة لوحة على العثور يرجى والآنعرض المشاهدة. يتم

على قائمة" مثال: الكائنات" الشكل) في

؛( 5

[11]

. بالأسماء قائمة سترى هناوقد " " ، نشطة فاتحة رمادية خلفية ذات أسماؤها تظهر التي الكائنات

. أو الكائن تنشيط لإلغاء الاسم فوق انقر العرض منطقة في تظهر. العرض عن إخفاؤه وسيتم ، تعطيله

لجميع إدخالات على الكائنات قائمة تحتوي أن بعض 1t46يجب وربما ، مثل ) على(. seleالشيء الضغط . 1t46يرجى مرة . انقر يعطلها هذا

. تمكينه لإعادة أخرى

: الكائن لوحة قائمة مثالKinases كيناز ؛ كيناز بروتينات خمسة تضم مجموعة بروتين 2هي وهو ،

فسوف المجاميع موضوع اما الباقية الكاينيزات تنشط بينما تثبيطه يتم لاحقا نناقشه

النقر خلال من إليها الوصول يتم ، الخمسة المنبثقة القوائم من كلعلى :

- مسبقا المحددة الإجراءات من الكثير على تحتوي →Aإجراءات

؛- مختلفة تمثيلات على السيطرة لنا يسمح →Sمشاهدة

؛- مختلفة تمثيلات إخفاء يمكنك هنا ، العرض عكس هو →Hإخفاء

. وأخيرا- التسميات جي والإبداع للعرض مخصصة ، → Lالتسمية . لدينا- الكائنات لتلوين هو →Cاللون

إليها وسنعود ينبثق ما لترى الخمسة الحروف من حرف كل على انقرلاحقا.

الماوس استخدام كيفية و :وضعيات

[12]

داخل الماوس باستخدام المختلفة المهام من العديد تنفيذ يمكنالتطبيق

. مختلفة. مهام لأداء الماوس أزرار تعيين فقط يعيد للماوس وضع كل " وتغيير " وترجمة وتناوب لعرض أساسي بشكل عرض وضع يستخدم " " . الروابط لتدوير التحرير وضع يستخدم الكائنات تمثيل

. جدول عرض يتم إلخ ، جسديا والبقايا الذرات وتحريك الذرات واستبدالالشكلين في ، الأوضاع هذه من لكل الماوس وضع

6a &6b ))؛

التطبيق؛ في المختلفة الماوس أوضاع واستخدام إعداد . الجدول هذا يعرض الماوس أوضاع بين للتنقل الجدول فوق انقر فقط

الحالي ) الماوس تحرير 3عرض وضع ، كل( أزرار 3أزرار يفعله وماوالماوس المفاتيح لوحة من إجراء

الماوس وضع جدول قراءة[13]

. الماوس لوظائف مرجعي دليل هو الماوس وضع جدول: : هي- و الإجراءات هي الأعمدة اختصارات

Rota،. تدوير PkAt. الذرة اختر

cent. وسطPkTB السندات التواء اختيار

mova. ذرة تحرك" " . الفأرة وضع جدول فوق انقر فوقه النقر عند يتغير الجدول أن لاحظ

عرض " " 3لتمكين " " ، الأخضر اللون ، تحديد الكلمة موقع وحدد أزرارالشكل ) في موضح هو على( 6كما الموجودة الحمراء الكلمة توضح

. فوق النقر يؤدي الماوس فيه الموجود التحديد وضع التحديد يمين. التحديد وضع تغيير إلى تحديد الكلمة

باستخدام ذرة أي فوق النقر عند أنه يعني مما ، البقايا هو الأول الوضعتلك بها توجد التي بأكملها البقايا تحديد يتم ، العرض منطقة في الماوس

مما . ، جزيئات هي الأخرى التحديد أوضاع الذرة " ستختار " التي السلاسل المختارة الذرة على يفرض

" " ، الكائنات المحددة البقايا بها توجد التي السلسلةعلى يحتوي الذي بالكامل الكائن تحدد ، C-alphas؛ choom atomالتي

و ؛ المختارة الذرة بقايا من ألفا الكربون " ملف" في خاصة حقول هي والتي ، المقاطع تختار التي . PDBالمقاطع

. عندما المخلفات إلى تعود حتى الخيارات خلال للتنقل النقر في استمربالاختيار التحديد كلمة استبدال يتم ، أزرار بثلاثة التحرير وضع في تكونالبياني الرسم في المفاصل تمثل ذرات لاختيار الماوس استخدام ويتم

الجزيئي.

الآن الذرات لتحريك التحرير وضع استخدامواضغط ، التحرير على الفأرة وضع ضبط يرجى

[14]

. CTRLاليسار" - غير " بطريقة الماوس مع الذرة تتحرك الذرة على . اكتب ، الحركة عن للتراجع الماوس تتبع مع متوافقة ولكن طبيعية

الأوامر" " . سطر في إدخال على واضغط تراجعالاعتماد عدم يرجى لذا ، للغاية محدود تراجع نظام على حاليا يحتوي

التغييرات. عن للتراجع فقط ولكن ، موجود بأنه لنعلمك هنا نعرضه عليه . نافذة في بجولة قمنا أن بعد الآن الذرة مراكز على إجراؤها تم التي . العليا التحكم نافذة في لنا تقديمه يتم ما نرى دعونا ، العارض

العليا التحكم نافذة

[15]

الشكل ) في الموضحة ، العليا التحكم نافذة (7تضم

عناصر 7الشكل خيارات من العديد إلى للوصول القوائم شريط يوضحالأكثر . الوظائف من العديد إلى الوصول الأزرار تتيح التحكم

المكان. هي والتشخيصات التاريخ نافذة استخداما . ترغب كنت إذا ، المثال سبيل على عليه ملاحظات عرض سيتم الذي

و ألفا رقم بين المسافة حساب المسافة 10في كتابة فيمكنك ، كربون10 / CA 11و / CA . بعض قضاء يرجى النافذة في الإجابة وستظهر

( : التالية الأزرار على للعثور ("Reset, Ray, and Builderالوقتالتعيين تستعيد ومنشئ". الاشعة و إعادة الضبط إعادة فإن ، تعلم كما

. للجزيء الأصلي التوجهRay: ذات المنشورات بجودة صور لصنع متكرر بشكل يستخدم أمر هو

. أمر عن سنتحدث العالية . Rayالدقة لاحق وقت فيمن PyMOLيحتوي صغيرة وجزيئات شظايا لبناء مدمج منشئ على

الزر. فوق النقر يرجى الباني Builderالببتيدات الوضع إلى للتبديلفي " متواجد غير الوضع هذا ال" "macpymolولكن انظمة نسخة

IOS "وضع في تشغيل خلال من إليه الوصول يمكنك ولكنPyMOLX11Hybrid.))

فوق النقر الافتراضية مرةBuilder يجب الأزرار لتمكين .أخرى

[16]

الاستخدام / وكيفية البرنامج ميزات

التصور معايرة و :ضبط

التصور- تنسيق الى ؛مقدمة . النقر خلال من مسبقا المحددة التصورات من مجموعة مع يأتي

حتى أو ، بسيط عرض أو ، تقني عرض على الحصول يمكنك المزدوج . على مسبق إعداد كل يؤكد للنشر جيد بشكل ضبطه تم عرض

. تصورات إلى الوصول يمكنك بك الخاص للمشهد المختلفة الجوانبقائمة ) خلال من مسبقا (A→Action→Presetمحددة

←"A ( ." الشكل ← ← يوضح مسبق إعداد تطبيق( 10إجراءات نتيجةA→Actions→Preset→Ligand Sites→Trans-parent (better).

A. ) أفضل ← ← ← ← ) نقل الليجند مواقع مسبقة إعدادات إجراءاتالشكل قائمة 11يوضح

. المتاحة المسبقة الإعداداتA→Action

s

→Preset menu. Figure 10 shows the result of applying the A→Actions→Preset→Ligand Sites→Trans-parent (better)

[17]

للتصور المسبقة العينات :أخذمعقد تصوير اجل من و الفور على مفيدة التصورات بعض تكون قد

؛ - , الإعداد نختار ليجند البروتين

A→Action→Preset→Simple البروتين يظهر والذي ، . كقضبان الليجندات و كشريط

بسيط هيكل على البوليمر يحافظ بينما المشهد خارج الأجندات تطفو ." " الليجند؟ ترى هل بنيته طوبولوجية برؤية لنا يسمح

choose the A→Action→Preset→Simple setting . الفني الإعداد مع هذا بمقارنة الآن لنقم

الإعداد قائمة ( A →Action→Preset→ Technicalنختار من . . هو هذا التقنية التفاصيل من الكثير يحجبه الآن الليجند المسبق الإعداد

. رؤية عليك يصعب بينما اليدين متناول في يكون يأتي الذي المكانأن ستلاحظ ، بتكبيره قمت إذا ، روابط Pymolالليجند كل يعرض

؛ . الأمر ان لاحظ البروتين مع اللجند يصنعها التي الهيدروجين A→Action→Preset→Ligands

الروابط جميع على العثور من بدلا ولكن ، الفني المسبق الإعداد يشبهالبروتين . و الليجند بين روابط سوى توجد الاعداد "فلا هذا ضبط يرجى

" الاختلاف للرؤية

الفرعية ) (A→Action→Preset→Ligand Sitesالقائمةالليجند"← ← ← مواقع المسبق الضبط المزيد " , الإجراء لإظهار تفتح

مواقع من واضحة و جميلة مناظر تظهر التي المكررة الخيارات من " . المسبقة الإعدادات تجربة حاول لليجند السطحية الارتباط

." البروتين هذا على المختلفة التصور

[18]

والنظر المسبقة الإعدادات من كل لتجربة لحظات بضع قضاء يرجى . اختيار يرجى ، الانتقال قبل بك الخاصة للتطبيقات الأنسب هو ما في

المسبق .Aالإعداد للنشر → → المسبق الإعداد الإجراءThe A→Action→Preset→Publication.

الصور : حفظاختر العرض اعداد يكتمل FILE→ SAVE IMAGES AS→ PNGحالما

الطباعة . او للنشر وجيده شائعه صور صيغه تعتبر والتيبرامج PNGملفات بواسطه قراءتها PPT ,MICROSOFT WORDيمكن

الاخرى . البرامج من والعديدزر على اضغط للمركب الابعاد ثلاثية شعاعيه صوره قبل rayلحفظ

اختيار file→ save images→ png

الأشعة تتبع :تقنيه

في معقدة و متطورة تقنية وهي الشعاع اقتفاء او الأشعة تتبع تقنيةبواسطة الجودة عالية رقميه صورة لتوليد الحاسوبية الرسوميات مجال

التي الاثار محاكاة و الصورة في بكسل لكل الضوء شعاع مسار تعقبرسم تعني و الافتراضية الاجسام على السقوط عند الشعاع تصادف قد

تأثيرات , توليد الضلال واضافه ملساء وبحواف سطحيه بتفاصيل مشهدوالشكل افضل صوره 12اضاءه بين الاختلاف يظهر الاسفل في

العادية ( .ray tracingالأشعة) والصورة

[19]

اليمين) على الصورة بينما عاديه صورة هي اليسار على التي الصورة) الاشعة تتبع تقنية بواسطة مصممه صورة 0فهي

الشعاعية الصورة عن التخلي يكون ray tracingان الوقت مقابل يكونلان الوقت مقابل

تقنية على ray tracingلان اعتمادا بكثير اطول وقت تأخذ ان يمكنهاالمشهد تعقيد مقدار

شعاعيه . صورا تكون تنشر ما غالبا التي العالية الدقة ذات والصور

ووضوحها : الصورة شفافيةانش لكل تكتب ما وغالبا بالوضوح تدعى خاصيه لديها نقطيه صوره كل

او . )Dpiواحد اختصارا (dots per inchاو

عند الافضل تكون الحاسوب على تعرض التي التقديمية العروض صور720 DPI يكون ان فتتطلب والطباعة النشر صور 300DPI 400-بينما

. اكثر اوهي معرفتها المفيد من التي الاخرى الخاصية سبيل الشفافيةاما فعلى

منطقه على تحوي صوره اي ان المثالبرنامج و خلالها من سيرى تحتها شيء اي ف لذا حفظ PYMOLشفافة يمكنه

الشكل ) في كما الشفافة غير او الشفافة الخلفية ذات الذي( 13الصور هو: الفرق يوضح

[20]

في) ال 13 الشكلنلاحظ برنامج في شفافة خلفيه ذات صورة اليسار جهة حيث PPTعلىخلفيه ذات فهي اليمين جهة على الصورة بينما الصورة خلال من المحتوى و العنوان يظهر

خلالها من المحتوى و العنوان يظهر لا لذا شفافة ليست و 0 (ضبابيه

ال لبرامج والعارضات PPTالصورالحاسبي : للعرض وكذلك الضوئية

برنامج الى تصديرها ثم صوره بتكوين بتوضيح , PPTلنقم سنقوم ايضا) المبهمة ) او الضبابية شفافة الغير والخلفية الشفافة الخلفية بين الفرق

زر -1 على اضغط ثم شعاعيا الصورة بتتبع العادية RAYابدا بالصورةالملف , بحفظ قم ثم شفافة غير او مضببه الصورة خلفيه تكونالاوامر باستخدام المكتب سطح الى الصورة يحوي →FILEالذي

SAVE IMAGES→PNG بتسميته ) ( .PYMOL PNGوقم

تأكد -2 بذلك القيام اجل من شفافة بخلفيه صوره بحفظ لنقم تالياضبابيه خلفيه كلمه ان القائم OPAQUEمن في موجوده غير

DISPLAY BACK GROUND . زر على بالضغط قم وقم RAYالانالسابقة الاوامر نفس باستخدام المكتب سطح الى الملف بحفظ

[21]

FILE→ SAVE IMAGES →PNG الملف بتسميه PYMOL T PNGوقمحرف ان للكلمة Tحيث شفاف" " . TRANSPORTEDيشير

برنامج -3 بفتح عباره PPTقم تبدا شريحه click to add titleحيث علىمثلا عباره بكتابه قم الى " interodecteion to pymolالعمل مقدمه

" .pymolبرنامج على -4 بالضغط قم الاولى insert pictureالان الصورة باختيار وقم

بحفظها قمنا عنوان pymol .pngالتي ستغطي انها تلاحظ سوفمضببه ) ( . شفافة ليست خلفيتها لان بكتابته قمت الذي النص

على -5 الضغط ثم الصورة على بالضغط وذلك الصورة احذف الانالمفاتيح .deleteاو backspaceزر لوحه من

الاسم -6 ذات لثانيه الصورة باختيار قم PYMOL T .PNGالانالامر يظهر insert pictureباستخدام حيث الفرق ستلاحظ وهنا

. خلفيه بلا وكأنها الصورة خلف من النصرقم -7 .13والشكل توا بها قمنا التي النتائج يوضح

في نلاح ) برنامج 13 الشكلظ في شفافة خلفيه ذات صورة اليسار جهة علىجهة PPTال على الصورة بينما الصورة خلال من المحتوى و العنوان يظهر حيث

من المحتوى و العنوان يظهر لا لذا شفافة ليست و ضبابيه خلفيه ذات فهي اليمين0 (خلالها

[22]

[23]

الثاني الفصل

المعدة ) الصور العالية الدقة ذات الصوروالطباعة ( : للنشر

الصورة حجم نحدد ان اولا يجب عالية دقه ذات صوره حفظ اجل منب " " " ويقاس الوضوح وكذلك الانش ب يقاس حفظها نريد التي

الواحد " الانش في ضغط( (DPIالبيكسل هو فعله علينا ما كل وبعدهاالاوامر command: ray w ,Hالامر شريط اجل pymol comondفي من

عالية بدقه الصورة حفظ

[24]

تشير ( Hحيث الطول ) و heightالى (wiedthالى Wبالبكسل العرض )حساب اجل ومن طوليا )Hبالبكسل البكسل عدد مقدار )wو ( مقدار

ال ( بضرب نقوم فاننا عرضيا البكسل ال Wاو Hعدد :dpiفي

مقاس ذات صورة ننشر ان اردنا لو المثال سبيل بدقة 4*3على و انشسيكون :400 بالتالي الواحد الانش في بكسل

الطول = طوليا البكسلات بكسل DPI 400 = 1600 *4عددالعرض = عرضيا البكسلات بكسل DPI 400 = 1200 * 3عدد

الاوامر خانه في كتابته علينا يجب الذي الامر سيكون PYMOLلذاCOMMAND هو صوره هكذا على الحصول اجل RAY 1600,1200من

طريق عن الصوره بحفظ نقوم ببساطه →file→ save imagesوبعدهاpng.

القياسات اخذ , , الثنائية) السطوح الزاوية المسافة

والمجاورة ( :برنامج بين pymolيسمح والزوايا والمسافة الزاوية قياسات بأخذ

لفعل طريقه واسهل المجاورة التراكيب يجاد لا وايضا المتقابلة السطوحعلى بالضغط هي معالجات wizard measurement( wizard)ذلك تعني

.

ما ) pymolبرنامج غالبا فعل خذ لا المستخدم ترقيه طريق عن يعمليوفر ( وبعدها العرض نافذه من الايسر العلوي الجانب في كأمر يكتب

بالماوس للتحكم الايمن العلوي الجانب على السيطرة للمستخدمللشكل ) انظر (( 14واوضاعه

[25]

المعدة) الاوامر من مجموعه عن عباره للبرنامج العلوي الايمن الجانب ان نلاحظ) البرنامج استخدام في سلسة تجربه للمستخدم توفر التي و مسبقا

الامر نستخدم عندما انه ننسى الضغط wizardلا من التأكد علينا يجبزر ( . "doneتم" على المعالجة عمليه في زر اخر

القياسات اخذباختيار للملف s→show→as →linesقم التصور خطوط تفعيل اجل من

1t46 ( السابق الشكل في كما المتبقي على بالتكبير (.14قم

القياس معالج بفتح نقوم نضغط measurement wizardالان وبعدها ، ذرتين اي فوق

المسافة . وقياس متقطع بخط ذرتين اي بين المسافة تحديد الان يجب

[26]

في العلوي الزر فوق ننقر القياس نوع القياس لتغيير والذيمعالجالشكل في المسافات؛ 15يعرض

الخيارات من العديد يتيح مما اعلاه الشكل في كما منبثقه قائمه ستظهرترغب كنت واذا ذرتين لتحديد تحتاج فأنك مسافه اخترت فاذا الاخرى

ذرات . ثلاث اختيار فعليك الزوايا قياس فيفيها والثقيلة القطبية بينما ذرات اربع تحديد تحتاج المزدوجة؛ السطوح

فقط . واحده ذره لتحديد فتحتاج والمتجاورةمختلف . جديد قياس اجراء اجل من اللحظات بعض بانتظار قم الان

دمج طريق عن هذا تغيير ويمكن جديدا كائنا قياس كل ينشأ افتراضياالكائن فوق الكتابة طريق عن او السابق الكائن مع الجديد الكائن

في الثالثة القائمة خيار خلال من الميزة هذه في التحكم ويتم السابقالشكل " ) في القياس (15معالج

او" " الاخير الكائن (( .delete last objectاحذف

ذرتين بين متقطع خط انشاء هو القياس لمعالجات الشائع الاستخدامالقياس لكائن المنبثقة القائمة في ثم القياس بأجراء نقوم بذلك وللقيام

[27]

خلال ( من الملصق بإخفاء الشكل H→hide→lablesنقوم في كما16. )

أو الاخير الكائن بحذف وذلك القياس معالج في الاخطاء معالجه يمكنقياس كائن أخر حذف طريق صف A→obtion→deleteباختيارعن فيبحذفه . نرغب الذي القياس كائن

[28]

جلسات واستعراض المعدةPYMOLتحميلمسبقا

جلسه تحميل علينا يجب مجلد PYMOLأولا ؛في

PYMOL TOTORIALS / INTRODUCTION TO PYMOL المكتب سطح علىللمركب بنا ب KINASEالخاص الجلسة تسمى KINAESE-SION.PSEو

الشكل) فتح( 17و اثناء اخذها تم شاشة لقطه .kinase sessionيوضح

للكاينيز التابع الفسفوإنيوستيد هيكل رؤيه يمكننا العرض هيكل فيphosphoinositide dependent kinase 1 " اختصارا له يرمز " PDK1و

الذي التركيب وهذا الستوروبسورين مثبط مع معقد يشكل الذي والبروتين بنك بيانات بنيه هو فوق 1OKY(PDB)نشاهده بالنقر قمنا فاذا

بجوار )+( الموجود نافذه 1OKYزر في النشطة الكائنات أن فسنجد[29]

بالبادئة تبدأ تسمى 10KYالعارض مجموعه في 1OKYوتتواجدلتنظيم) مشترك واحد اسم تحت الاشياء بجمع لنا تسمح المجموعات

افضل ( .المغلقة )-( والمجموعات بعلامة والمسبوقة المفتوحة المجموعات

كائنات )+( تشغيل تستخدم بعلامه تشغيلها 1OKYوالمسبوقة وإيقافوالمثبط , البروتين شاشات من كل تمكين ويمكن فردي بشكل

على النقر طريق عن مستقل بشكل وتعطيلها والهيدروجين والمذيباتالكائنات . اسماء على النقر يمكننا انه ايضا ونلاحظ الكائنات اسماء

واحده , دفعه الكائنات من العديد عرض لتبديل للأسفل وسحبهاماعدا الكائنات جميع بتعطيل قمنا بتفعيل 1OKY.PRTلو نقوم وبعدها

ل 1Z5M.prtالكائن الكريستال هيكل مختلف .PDK1وهو ليجاند معالكيميائية الهياكل تكون بينما انه نلاحظ ان يمكننا هذه النظر وجهه منالاتجاهات ) (, في يختلفان الهيكلين ان نجد متشابهة الشيء نفس هي

المختلفة . الجانبية السلاسل من العشرات في الدقيقةبتمكين قمنا 1Z5.HBDو Z5M.INHاو 1OKY.HBDاو 1OKY.INHاذا

مع مختلفه بطريقه الليجاندات تتفاعل كيف نرى ان .PDK1يمكننا(18الشكل) ذلك يوضح

[30]

هناك انه نافذه 4لاحظ من العلوي الجزء في مدرجه ذريه خياراتالعليا التحكم

inhibit), (prots), (solvs) & (sites) ) اما الخيارات هذه على النقر سيؤديتنشيطها . الى او تثبيطها الى

مجموعات تمثيل فيها يتم التي الطريقه لتغيير مفيده الاختيارات هذهالمثال سبيل على الجلسه في المعقدات جميع في المختلفه الذرات

الموقع ) اختيار استخدام بشكل( siteيمكن شفاف جزئي لعرض للذرهبتعطيل . اولا نقوم بذلك للقيام للبروتين نشط موقع كل على انتقائي

المثال سبيل على منها واحده بأستثناء البروتين كائنات -1T46.prt (vكلkit) نختار عندها s→ show→ surfaceوبعدها الجزيئي السطح سيظهر

الكائن كائنات 1T46.prtعلى بتمكين قمنا يمكننا 1T46.prtاذا الاخرىالربط تصور اجل من المستوى لتحريك والسحب المركز وسط النقر

الشكل ) لاحظ ( 18داخلها

[31]

الامر. اتباع سوى ماعلينا الاسطح ازاله اجل H→ hide→ surfaceمنfor suite selection.

الامر اختيار يمكننا عرض تثبيط " "(inhibs)وبالمثل كيفية لتغييرالتثبيط , ب الخاصه المجالات اظهار حاول المثال سبيل على المثبطات

inhibs. للمثبطات ملائم عرض على الحصول اجل منملفات ان من الرغم التقرير PDBعلى هذه لانشاء المستخدمه المدخله

فأن السندات في التكافؤ عن معلومات على تحتوي عموما PYMOLلمالمعروفه غير البقايا او للمخلفات السندات في التكافؤ تخمين سيحاول

نحدد هذه التكافؤ قيم ولعرض Display→ show valance ( الشكل في كما العليا التحكم نافذه من

؛(19

[32]

لتجاويف , " مخصص عرض التكافؤ اصرة يعرض اليسار علىب المملؤه " .ADPالكاينيزالمترابطة اليمين جهه على تظهر

هذا مثل جلسه ملف استخدام دائما يمكننا السطح تفعيل ايقاف عندشيئا فقدنا او أخطانا فأذا بنا الخاصه المخصصه للأرقام بداية كنقطه

عن الاقلاع خلال من البدء الاصليه PYMOLفيمكننا الجلسه فتح وأعادهالوقت" بعض قضاء يفضل هذه الجلسه ملف على التعود اجل من

عليه " . بالعمل

التسلس لعارضفي التسلسل الشكل PyMOLعارض في الموضح افتراضيا " 20، ،

مغلقا لتشغيله " يكون على و بالنقر أوضاع S نقوم جدول أسفل. الماوس

[33]

برنامج 20الشكل) في التسلسلات عارض الماوس . pyMOLيوضح زر اضغطالبقايا او المخلفات لتحديد اسحب و زر" " residuesالايسر على الضغط ،بينما

النقاط . البقايا بهذه الخاصة الخيارات قائمة لك فيفتح الايمن الأرجوانية الماوسقوائم تظهر ، العارض في تحديدها تم التي البقايا او المخلفات تمثل الشكل في

تسلسل في تحديدها تم التي البقايا على الأيمن الماوس بزر النقر بعد الخياراتالعرض( .

إلى الانتقال خلال من التسلسل عارض تشغيل أيضا ←عرض "يمكنكالعليا" التحكم نافذة من أن (. Display →Sequence )تسلسل يجب

المألوفة الرموز في للبروتين الأميني الحمض تسلسل الآن لديك يكونواحد حرف من لتحديد . المكونة التسلسل عارض استخدام يمكن

تحديد . "residues" المخلفات يرجى ، الأيسر الماوس زر باستخدامالتسلسل عارض في المخلفات من مستطيل الإشارة . وسحب ستتم

نافذة في صغيرة أرجوانية مربعات بواسطة المحددة المخلفات إلىالمحددة . العارض المخلفات على الأيمن الماوس بزر النقر حاول ، الآن

التسلسل "في للسياق ". عارض حساسة منبثقة قائمة ظهور تتيح. لاحظلهذا الخيارات من متنوعة مجموعة إلى الوصول القائمة هذه لك

.الاختيار[34]

والاختيارات التمثيلاتفي التمثيلات في التحكم المنبثقة PyMOLيتم القوائم خلال من

حيث؛

S → Show ؛ مختلفة تمثيلات تشغيل لنا يتيح ،H → Hide على ، ، Showعكس متعددة تمثيلات بإيقاف يقوم ،

labelL → ) ( " " ، وأخيرا ؛ التسميات ويخفي ، ويظهر ، يخلق التسميةcolorC → " ( "والتحديدات الكائنات الألوان ، قائمة ). اللون عرض يتم

الشكل في . 21العرض

[35]

الجزيئية التمثيلات مع لنعمل

تشغيل إعادة يرجى ، الوقت هذا الهيكل PyMOLفي من 1t46وتحميلنافذة . القرص في شيء كل إخفاء عن PyMOLيرجى بك الخاصة

فوق النقر في ←إخفاء "Hide→everything"→Hطريق شيء كلبأكمله الكائن كخطوط . صف البروتين نعرض دعونا ، .الآن

للهيكل بذلك حدد 1t46للقيام ،S → Show → Lines. تظهر البروتين . → cartoons →show S الآن جزيء عرض سيتم

الأمر لأن ورسوم إضافي show PyMOLكخطوط بشكل الآن. يعملالشريط ". أظهر " البروتين هيكل للبروتين الفقري العمود الشريط .يتتبع

[36]

الجانبية ال والسلاسل البروتين هيكل تظهر .خطوطقائمة ""تعمل إظهار" " القائمة مثل :إخفاء

تغيير دون الأخرى التمثيلات تبقى ، تمثيل تشغيل بإيقاف تقوم .عندماالخطوط تمثيل إخفاء عند ، المثال سبيل اختيار " "linesعلى طريق عن

Hide →LinesH → , أن يجب المتحركة والرسوم الأشرطة فقطالآن . تظهر

اختيار طريق عن ، جزيئك تلوين → C → Color → BluesيمكنكMarine. PyMOL ، تحصى ولا تعد لا التي الألوان باستخدام لنا يسمح

بنا خاصة الوان بتحديد لنا يسمح حاول . وحتى ، cartoons →showالآنas S→ . أمر يقوم الفرق؟ جميع Show Asانظر تشغيل بإيقاف

اخترته الذي الشكل رسم قبل الأخرى .التمثيلات

طويلا وقتا يستغرق أن يمكن والشبكة السطح تمثيل أن ملاحظة يرجىالكبيرة الجزيئات لرؤية S → Show → As ← Surfaceجرب . لإنشاء

كسطح بك الخاص الأوامر . البروتين الجزيء Hideو Showتعمل علىنود . بأكمله ، الجزيئية الهياكل مع العمل عند الأحيان من كثير في ، ولكن

واحد تمثيل في الهيكل من جزءا نظهر الليجند )أن ، المثال سبيل علىدعامات كعصي آخر ( او تمثيل في آخر جزء إظهار ثم مثل)ومن

كسطح الجيبي في (الارتباط بذلك القيام يمكننا ،PyMOL باستخدام "selections "التحديدات

التحديدات فهم

[37]

" في" الاختيارات او من PyMOLالتحديدات مجموعات مجرد هيالاسم بخلاف بها خاصة خصائص أي لها وليس ، تحددها التي .الذرات

في كما ، بأقواس محاطة العارض نافذة في التحديد أسماء (sele)تظهرالكائنات عن لتمييزها هي . ، الكائنات

ذاكرة في الأخرى والكيانات والجزيئات حين PyMOLالبروتينات في ، الكائنات تلك في للذرات قوائم مجرد هي التحديدات تشغيل . أن يمكنك

نافذة في أسمائها فوق النقر طريق عن التحديد مؤشرات وإيقاف ، الكائنات مع تفعل كما تماما أو العارض تشغيل يمكن أنه باستثناء

واحد وقت في فقط واحد تحديد في . تمكين الذرات تظهرفوق أرجوانية مربعات وجود مع العرض منطقة في الممكنة التحديدات

الذرة فقط . مراكز ، العرض وضع في تكون عندما الذرات تحديد لإلغاءانقر أو ، العرض منطقة في ذرات أي على الأيسر الماوس بزر انقرالعليا التحكم نافذة في تحديد إلغاء فوق انقر أو ، التحديد اسم . فوق

اختيارات إنشاء

المخلفات PyMOLفي لتحديد مختلفة طرق ثلاث يمكنك . هناك ، أولاالعرض وضع في تكون عندما العرض منطقة في فوقها النقر .ببساطة

العرض " وضع في الماوس أن من التأكد فوق "يرجى النقر حاول ثم ، إلى . ذرة تختارها التي الذرات ستضاف ، الذرة فوق النقر بعد اضغط

تسمى خاصة مربعات (. sele)مجموعة مع المحددة الذرات تظهرالشكل في كما ، حولها من الأرجوانية المربعات ، صغيرة .22مؤشر

تمكين يمكنك ، التسلسل "ثانيا هناك " عارض المخلفات فوق .والنقرأيضا ذلك تجربة التسلسل "تمكين : يرجى ، " عارض العرض قائمة في

التسلسل في المخلفات فوق الماوس . وانقر بزر النقر حاول ، كذلكفي المخلفات على التسلسل "الأيمن استخدام ". عارض يمكنك ، أخيرا

الذرات لاختيار ودقة قوة أكثر طريقة يوفر الذي الأوامر سطر. جدا معقدة المكتوبة التحديدات تكون ما غالبا ولكن والمخلفات

[38]

الاختيارات - تسمية إعادة

الشكل ) حول : ) 22في أرجوانية بصناديق المختارة الثلاثة الذرات تظهرالاختيارات PyMOL. ذراتها تسمية بإعادة لنا نحاو . يسمح ؛دعنا

إظهار يرجى ، عدد . كخطوط 1t46أولا لتحديد الماوس استخدام تالياالمخلفات من ."residues"قليل

الشاشة على تظهر التي الوردية المربعات بعض وجود من ، . تأكد ثمالنشط الاختيار على فوق ( sele)للحصول النقر يرجى ،rename

selectionA → Action→ " التحديد تسمية ، ". إعادة المطالبة عنداسم تشغيله myFirstNamedSelectionاكتب اعد إلى . و تحتاج لا

الأقواس اختيار PyMOLسيقوم . توفير هذا أن يعرف لأنه لك .بإضافتها

التحديدات استخدام

الكائنات - نستخدم ما بقدر التحديدات ، . نستخدم تحديد إنشاء بمجردتمثيله لتغيير اسمه بجانب القوائم استخدام أن . يمكنك ملاحظة Aيرجى

→ Action → Delete Selection اسم فقط يمسح بل ، الذرات يحذف لاالذاكرة من اخترت . الاختيار إذا ، ذلك → emove AtomsA ومع

[39]

Action → R إزالة إلى بالفعل ذلك فسيؤدي ، تحديد أو كائن لأي ، ذاكرة من المحددة .LPyMO الذرات

التحديدات مع الإجراءات بعض ؛لنجربوحذفها الماء جزيئات كل نختار دعنا ، بتشغيل . أولا قم ، بذلك للقيامالتسلسل " التسلسل " عارض نهاية إلى بالتمرير قم بقايا . ثم جميع حدد

O بالماوس وسحبها الأيسر الفأرة بزر الماوس . بالنقر اختيارات أن تذكرالباقي بتحريك قم ، يمكنك التي الماء جزيئات كل لتحديد ، لذلك مضافة

ثم ، التسلسل أسفل الرمادي التمرير مربع باستخدام العارض فيأيضا طريق . حددها عن إزالتها يرجى ، الماء جزيئات كل اختيار بمجردللاختيار A→Action→Remove atoms تحديد ،(sele.)

يسمى والذي سابقا به قمنا الذي الاختيار حذف أيضا يرجىmyFirstSelection( .جزيئات : تلميح لإزالة الأسهل الطريقة تتمثل

تحديد في A → Action → Remove (الماءWaters ).. نظهر بتلوينها ligandدعنا قم ثم ، بتحديدها قم ، كمناطق

بتحديد ". يقمح" .1t46لـ S → Show → Organic → Spheresابدأيرجى ، هيكلك للا الآن في أعد . يجند ثم حدده ، الماوس باستخدام

إلى التحديد تحديد ". myLigand"تسمية يرجى ، ذلك من الانتهاء بمجردspheresS → Show → As → ثم ،Tints →wheatsC → Color→ ،

الاختيار ، .لهذا أخيرافإن ، نشط تحديد على بسرعة الأيمن الماوس بزر بالنقر قمت إذا

PyMOL للسياق حساسة منبثقة قائمة اختيارا . يعرض حددت لأنك نظرافإن ، هذا PyMOLنشطا قائمة تصميم تم لذلك ، عليه تعمل ما يعرف

الشكل )التحديد اليسار 23انظر ،.)

[40]

النشط : 23بالشكل التحديد على الأيمن الماوس بزر للنقر القائمة مقارنةاليسرى ) التحديد ( الصورة في ليست التي الذرات .(صورةاليمينال)أو

فإن ، نشط تحديد في ليست ذرة على الأيمن الماوس بزر نقرت إذاPyMOL يسمح مما ، مختلفة قائمة ، . يعرض الذرة على تعمل أن لك

ذلك إلى وما ، وجزيء ، وسلسلة ، الشكل )وبقاياها اليمين 23انظر ،.) تلميح الشكل " :إليك في الموضحة القوائم على نظرة ".23إلقاء

مثل ، اليسار أو اليمين إلى رمادية حدود لها التي القائمة خياراتفرعية والعرضوالألوان الإجراءات كقائمة ستفتح ،.

مثل ، الصلبة الزرقاء الحدود ذات القائمة ، والتوجيه، التكبيرعناصرالمحدد والمركز الإجراء سيؤدي عليها النقر لان عليها تنقر لا ،.

والعروض :المشاهدلك يسمح ، المشاهد متحركة PyMOLباستخدام تسلسلات بعمل

العروض تسمى ، المشهد Scene in PyMOLيعد . بسيطة مجرد اويقوم حيث ، للذاكرة والتصورات PyMOLلقطة الألوان بحفظالحالي الكاميرا وموضع عن . والتمثيلات عبارة "فيلم"العرض

[41]

تقدمك أثناء إنشاؤه تم عكسه )تفاعلي المحددة ( أو مشاهدك خلال منيقوم . مسبقا ، العرض مشهد PyMOLفي من السلس الانتقال بتنشيط

للمشاهد الأبعاد ثلاثي بالسياق مستمر شعور توفير أجل من ، آخر .إلىعمل كيفية ملف PyMOL Show لمعرفة فتح يرجى ،

ExampleShow.psw مجلد في عليه العثور يمكن والذي ، Introduction /Sessions/ PyMOLTutorials المكتب سطح على

لأسفل الصفحة مفاتيح واستخدام ، بك و page down(PgDn)الخاصPage Up )PgUp( العرض إلى .للدخول

المشاهد خلال من التقدم إلى أيضا المسافة شريط على الضغط .يؤديتريده وقت أي في الماوس باستخدام العرض معالجة يمكنك أنه لاحظ

المسبق الإعداد مشاهد إتلاف .دون

وعرضها مشاهد :إنشاء . البدء يرجى مشهد كل يتضمن فيلما ونصنع مشهدين نعد و مثالا لنأخذ

جلسة ملف تحميل مجموعة kinaseبإعادة فوق 1OKYوتوسيع بالنقربجوار )+( الموجودة الجمع .1OKYعلامة

: تحديد يرجى المشهد هذا نخزن دعونا ، بعد. Scene → Appendالآنعن صورة عن عبارة سيكون والذي ، الثاني مشهدنا بإنشاء لنقم ، ذلك

Ligand . المسبق الإعداد تطبيق يرجى للنشر المسبق الإعداد أثناءلمجموعة تحديد 1OKYللنشر طريق عن

A→Action→Preset→Publication 1لـOKY .نقوم ، تاليا . للكائن بالليجند يتعلق فيما المشهد يرجى 1OKY.inhبتوجيه ، فقط

بتخزين. A → Action → Orientتحديد قم ، الآنمع المشهد لإنشاء Scene → Appendهذا ، واضحا هذا اصبح ان بعد

تبدو الشاشة وجعل تمثيلاتها وإعداد وتلوينها الجزيئات بوضع نبدأ ، مشهد . على نضغط ، له اسم وتعيين المشهد لتخزين ، ثم تماما نريد Sceneكما

→ Append . يقوم العليا التحكم نافذة فيPyMOL( على إليه الإشارة إلى نحتاج والذي ، للمشهد اسم بتعيين تلقائيا

" ، المثال يمكننا"(. 001سبيل ، أكثر أو مشهدين تحديد بعد ، والآنباستخدام بينهما التالي." /Scene→Previous/Nextالتبديل السابق

[42]

أستخدام " ←المشهد " Scene→Previousيمكن الآن السابق . استخدام أيضا يمكنك ، ذلك تفضل كنت إذا الأول المشهد إلى للعودة

لأسفل الصفحة للمضي Page Up (PgUp)و Page down (PgDn)مفاتيح. المشاهد تسلسل عبر للخلف التراجع أو قدما

مفتاحي على الضغط أن أيضا جديدا CTRL − PgDnلاحظ مشهدا سيدرجمفتاحي على الضغط وأن ، الحالي المشهد ستقوم CTRL − PgUpبعد

. الحالي المشهد قبل جديد مشهد بإدراج

في تعديل وحفظها وشرحها المشاهد الجلسة

تحديد خلال من المعروض الأخير المشهد تحديث يمكنScene→Update "مشهد←. " العليا التحكم نافذة من تحديث

خلال من الحالي المشهد إلى نصي توضيحي تعليق إضافة أيضا يمكنكمثل مكتوب تلقائي أمر التعليق ، تحديث، مشهد معلومات بعض

.التوضيحيهذا " التوضيحي سيعرض التعليق معلومات في" بعض الشاشة على

. جلسة حفظ عند المشهد استدعاء فيها يتم التي التالية ، PyMOLالمرة . مشاركة ذلك بعد يمكنك أيضا حددتها التي المشاهد جميع حفظ سيتمالجلسة ملف فتح بإمكانه وسيكون ، المتعاونين أحد مع الجلسة ملف

. PyMOLفي حددتها التي المشاهد تسلسل وعرض

الجلسات مع تحويلات و عروض إنشاء " جلسة " ملف مجرد العرض ملف واحد PyMOLيعد مشهد على يحتويملف اسم بملحق حفظه ويتم أكثر من psw.أو عند. pse.بدلا العادي

ملف يدخل psw.فتح ،PyMOL ويعرض الشاشة ملء وضع في تلقائيا " . بتغيير قم ، عرض إلى الجلسة لتحويل التسلسل في الأول المشهد

ملف اسم عرض . ."pswإلى .pse.ملحق PyMOLلتحويلبتغيير قم ، جلسة إلى أخرى إلى psw.مرة أخرى كنت pse.مرة إذا

، Microsoft Windowsتستخدم الملف اسم ملحق رؤية من تتمكن ولملنظام وفقا مخفيا يكون . Windowsفقد انقر ، هذا لتغيير الافتراضي

أدوات المجلد "←فوق "Tools→Folder Options خيارات

[43]

مجلد قائمة .Microsoft Windowsمن المرفق الملفات ← لأنواع الإضافات إخفاء عرض خيار تحديد عدم من تأكد

"View→Hide extensions for known file typesالمعروفة

: مقدمة أفلام إنشاءقد المعقدة الأفلام لكن ، الثابتة الصور من أفضل قصصا الأفلام تحكي

. . المطلقة الأساسيات سنغطي ، هنا طويلا وقتا وتستهلك صعبة تكون. العليا التحكم نافذة في الأفلام قائمة على الاطلاع يمكننا

. سيضيف الفرعية والقوائم الخيارات جميع لمسح لحظة نتوقف الانMovie → Append يقوم لن لكن ، الفيلم إلى الثواني من معينا عددا

. يقوم سوف الراهن الوقت في محتوى أي →ProgramببرمجةMovie مهمة . الببرمجة جديدة زمنية لفترة المعين مع PyMOLفيلم يأتي

. اختيار سوى عليك ما مسبقا المبرمجة المتحركة الرسوم بعضProgram→ Movie " من " ←فيلم اختر ثم الكاميرا برنامج حلقة

الحالة حلقة أو المشهد حلقة .State Sweepأو أوالكاميرا بالالتفاف حلقات الكاميرا فيها تقوم متحركة رسوم عن عبارة

. طريقة هذه مجتمعة أو مدمجة أو متأرجحة بحركة معين مشهد حول . هي الأخرى الكاميرا حلقات بسيطة بنية أو جيب لتصور و xrockرائعة

x-roll وy-rock وy-roll .دوران اللفة كاملة 360هي درجة . هي التأرجح حركة معين محور حول

وإيابا . الاهتزازذهابا

سوى عليك فما ، تريد كما يكن لم أو ، اللازم من أطول الفيلم كان إذا" ←فيلم" Movie→Reset تحديد التحكم نافذة من تعيين إعادة

العليا .

وإعدادات مشاهد باستخدام فيلم عملللأفلام مسبقة

[44]

الفرعية القائمة فيلم"→البرنامج " Program→ Movieنستخدم( . مشاهد الأخير القسم في مشهدين بالفعل أنشأنا لقد فيلم لصنع

دورة( , على سنحصل الآن في PyMOLوعروض المشهدين هذين خلالإيقاف. Scene Loopفيلم مع مشاهدك كل بدمج المشهد حلقة تقوم

. بأختيار؛ الآن فيلمنا لنصنع للمشهد انتقال كل في مسبقا محدد مؤقتMovie→Program→Scene Loop→Nutate→2 Seconds

Each. "سينمائي ←برنامج ←فيلم لكل 2نوتات ← ←مشهد ثانية " التحكم". " عناصر في تشغيل الزر على اضغط ؛ الفيلم لمشاهدة منهما

.) أي ) مسح يرجى ، الانتقال قبل العارض نافذة يمين أسفل الفيلم فيبتحديد بإنشائها قمت . Movie → Reset أفلام العليا التحكم نافذة من

بروتينين أول باستثناء الكائنات جميع تعطيل يرجى ، 1OKY.prtأيضاand 1Z5M.prt.

الجزيئية الكائنات الدقيقة تحرير ووالمخلفات PyMOLيسمح والذرات الأواصر واستبدال بإنشاء لك

. تنظيف يمكنك ، التعديل بعد الاستخدام شائعة الكيميائية والمجموعاتميرك ) الجزيئية القوة لحقل المصدر مفتوح تطبيق باستخدام الهيكل

MMFF .)

فيها المرغوب غير الذرات إزالةالنقر PyMOLيوفر بمجرد ، الهيدروجين أو المياه لإزالة سريعة طريقة

؛ A→Actions→Remove Waters or RemoveفوقHydrogens, A" ← ← إزالة أو المياه إزالة إجراءات

الشكل " ) في موضح هو كما ، (.27الهيدروجين

[45]

جزيء أو مقطع أو سلسلة أو بقايا أو معينة ذرة إزالة أيضا يمكنكغير ذرة فوق الأيمن الماوس بزر بالنقر جزيئي كائن من تساهمي

الافتراضية المنبثقة القائمة لعرض الرسومات منطقة في محددةاختيار ثم ، الهرمي التسلسل في المطلوب المستوى باتباع ، للذرة

. . الذرات مجموعات لإزالة التحديدات استخدام أيضا يمكن الذرات إزالةفي ترغب التي الذرات تلك من يتكون اختيار بإنشاء قم ، بذلك للقيام

اختر ثم ، A → Actions → Remove Atomsإزالتها . من معينة مجموعة لإزالة الإزالة أمر كتابة يمكنك ، أخيرا التحديد لهذا

. السلاسل لإزالة ، المثال سبيل على التحديد وجه على في Yو Bالذراتالتالي PDB 1uwhبنية الأمر إدخال يمكن ، :remove / 1uwh // B + Y.

. البروتينات هذه من المياه جميع إزالة محاولة يمكنك

ال قيم Bondتغيير

[46]

ملفات مشكلة من واحدة الرابطة PDBهي قيم على تحتوي لا أنها وهي . ) الكيمياء) عرض يمكن لا ، لذلك نتيجة الليجندات أجل من الاصرة

. يتعرف لا قد للأجناس الترابط PyMOLالصحيحة تفاعلات على دائماالتكافؤ تحديد يتم حتى والأجناس البروتينات بين الصحيحة الهيدروجيني

. صحيح بشكلالشكل ) في أوالاصرة الرابطة قيم أو(: 27تغيير المياه إزالة كيفية

. بنظام يعمل كمبيوتر جهاز على الرابطة قيم لتعديل بسهولة الهيدروجينWindows زر على النقر يرجى ،Builder . أو العليا التحكم نافذة في

في CTRLأضغط ترغب التي الاصرة لاختيار الأيمن الماوس بزر انقر ثم . تظهر أن المفترض من بها التكافؤ تغيير

الشكل ) في موضح هو كما الرابطة حول أبيض ( .28شريطا

فوق: 28الشكل) الأيمن الماوس بزر النقر مع الرابطة حدد ، اكتب. CTRLأولا ثمcycle_valence فوق انقر أو الأوامر سطر الإضافة. builderفي cycle في لاحظ

. ) . التكافؤ تعيين بعد إزالتها يمكنك ، مطلوبة تكن لم إذا للهيدروجين التلقائية

النقر خلال من المتاحة الروابط في التكافؤ خلال من الانتقال يرجىطريق عن أو ، العليا التحكم نافذة في البناء منطقة في الدورة زر على

على .CTRL − Wالضغط المفاتيح لوحة علىمفتاح على الضغط يمكنك ، السند لهذا الصحيح التكافؤ تعيين بمجرد

CTRL و ، لإصلاحه التالي الرابط لتحديد الأيمن الماوس بزر النقر مع

[47]

. أن لاحظ التكافؤات جميع إصلاح يتم حتى المتابعة يمكنك PyMOLهكذا . لم إذا الاصرة في المشاركة الذرات إلى المفقود الهيدروجين يضيف

فاستخدم ، مطلوبة الهيدروجين ذرات Aتكن→ Actions → Remove Hydrogens قيم جميع تصحيح بعد ، للكائن

الرقم. . 28التكافؤ بزر: النقر مع الرابطة حدد ، أولا الدراجات التكافؤفوق الأيمن اكتب. CTRLالماوس أو cycle_valenceثم الأوامر سطر في

. . لم إذا للهيدروجين التلقائية الإضافة لاحظ البناء في دورة فوق انقر . الرقم التكافؤ تعيين بعد إزالتها يمكنك ، مطلوبة التكافؤ: 28تكن

فوق. الأيمن الماوس بزر النقر مع الرابطة حدد ، أولا .CTRLالدراجاتاكتب .cycle_valenceثم البناء في دورة فوق انقر أو الأوامر سطر في

. إزالتها يمكنك ، مطلوبة تكن لم إذا للهيدروجين التلقائية الإضافة لاحظ . الرقم التكافؤ تعيين . 28بعد مع: الرابطة حدد ، أولا الدراجات التكافؤ

فوق الأيمن الماوس بزر اكتب. CTRLالنقر سطر cycle_valenceثم فيالأوامر .

المصادر:1 .https://g.co/kgs/UhH7j7

[48]

2 .http://sourceforge.net/projects/pymol/

3 .http://www.poissonboltzmann.org/apbs/

4 .https://pymol.org/dokuwiki/?id=media:new2

5 .http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol

6 .http://pymolwiki.org/

7 .http://www.pymol.org/

8 .http://wiki.pymol.org/

9 .http://www.schrodinger.com/

10.https://web.archive.org/web/20071025054743/http://www.weizmann.ac.il/ISPC/eMovie.html

[49]