pubmedの使い方
TRANSCRIPT
PubMedの使い方
応用編
URL http://www.pubmed.gov
本日の内容
• PubMedをカスタマイズする（My NCBI）
• MeSHの活用
• 忙しい臨床医のための検索 Clinical Queries
• エビデンスレベルの高い文献検索（網羅的な検索）
• タグを使った検索
• その他便利な機能について
PubMedをカスタマイズするMy NCBI
My NCBIの主な機能
• 検索式の保存
• 保存した検索式を自動的に実行し、定期的にメール配信（アラート機能）
• 検索結果の保存
• 表示形式のカスタマイズ
利用するには登録が必要（無料）
My NCBI登録• 登録画面
ここをクリック
Usernameは3文字
以上で、数字またはアンダーバーを含む。Passwordは6文字以
上で、大文字小文字は区別される。
ここで設定したメールアドレスは、検索結果画面のSend toでE‐mailを指定した時に自動的に表示されます。
＜ログイン後＞
My NCBI（検索式保存）• 検索式を長期間保存し、繰り返し利用する① 検索実行後、「Save Search」をクリック。
② 検索式に名前をつけて「Save」ボタンをクリック。
③ 詳細を設定（アラート機能※の
設定など）
検索式に名前を付ける
①
②
③
アラート機能、頻度の設定
送付レコード内容の設定
※ 保存した検索式を自動実行させ、結果をメール転送させる機能。
送付件数の指定
My NCBI（検索結果保存）• 検索結果の保存① 結果一覧表示画面で保存するレコードを選択。（チェックを付ける。）チェックを付けない場合は全件。（5000件まで）
② Send toでCollectionsを選択して、Add to Collectionsをクリック。
①
②
③
新しいCollectionを作成するか、既存のCollectionに追加するか選択する。
保存したデータは、My NCBIから確認できる。
My NCBI（検索結果フィルター表示）
• 検索結果を設定したフィルターにかける① 結果表示画面の右上フィルター項目の「Manage Filters」をクリック（初期設定はReviewとFree Full Textに設定）
② 「Frequently Requested Filters」タブまたは「Browse Filter」タブでフィルターを設定（５つまで）
My NCBI（検索キーワードのハイライト）
• 検索結果の表示画面で、検索したキーワードをハイライト表示させる① My NCBIのPreferencesのページで設定する。
② 好きな色を選択する。
① ②
MeSHの活用
• MeSH（Medical Subject Headings）とは
文献中の表現 MEDLINEのキーワード
cancer,neoplasm, neoplasms（統制語）
tumorMEDLINEの統制語辞書（シソーラス）がMeSH
（さまざまな医学用語をできるだけ統一して使えるようにまとめられている。）
※ PubMedでは自動マッピング機能があり、思い付いたキーワードで検索しても、自動的に適切なMeSH用語も含めた検索をしてくれる。
MeSHを使った検索のメリット
• MeSHに限定した検索
自動マッピング機能では、キーワード以外の項目（抄録などすべての項目）も含めた検索をするので、ごみの多い検索になる。
MeSHに限定した検索をすることで、精度の高い検索ができる。
※ さらにMajor Topic（中心テーマ）に限った検索をするとより質の高い検索に。
MeSHを使った検索のメリット
• Subheadings（副標目）を組み合わせた検索
Subheadings＝各分野に共通する大きな概念
（diagnosis, etiology, therapy, geneticsなど）
MeSH用語に組み合わせることできめの細かい検索ができる。
各MeSH用語にどのようなSubheadingsが組み合わせ可能かは、MeSHデータベースで確認する。
lung neoplasms AND drug therapy "Lung Neoplasms/drug therapy"[Mesh]
lung neoplasms
drug therapylung neoplasms
drug therapy
MeSHを使った検索のデメリット
• 最新レコードを漏らす可能性がある
PubMedには作業前・作業中のレコードも収録されているが、MeSH用語の付与がまだなので、MeSHのみの検索では漏らす恐れがある。
→ 別途、作業前・作業中のレコードのみフリー
ワード（できるだけ同義語を含める）の検索が必要
(lung caner OR lung neoplasm* OR lung tumor) AND (publisher [SB] OR in process [SB]) 作業前・作業
中のデータに限定
MeSHを使った検索のデメリット
• 新しい概念の検索には対応するMeSH用語がない場合がある
MeSHは毎年改訂され、新しい用語も追加されるが、すぐには対応していない場合もある。
→ フリーワード（できるだけ同義語を含める）で検索
忙しい臨床医のための検索Clinical Queries
• エビデンスの高い文献を短時間で検索する
ここをクリック
入力したキーワードについて、比較的根拠の確かな文献に絞って検索できる。（網羅的な検索ではない。）
Clinical Queries• ３つの検索フィルター
研究デザインに着目したキーワードのまとまりであるフィルターが、自動的に付与されて検索される。
① ② ③
各Filterをクリックすると、
どのような検索が実行されるか確認できる
検索するキーワードをここへ入力
Clinical Queries
① Clinical Study Category
左図のように５種類の
研究カテゴリーと２種類の Scopeを設定する。
・ Category（臨床研究カテゴリー）etiology（病因）、diagnosis（診断）、therapy（治療）、prognosis（予後）、clinical prediction guides（臨床予測指針）
・ Scope（検索の範囲）narrow（狭い）、broad（広い）
Clinical Queries
② Find Systematic Reviews
Systematic Reviewに関連ある論文を探す。
Publication TypeのMeta‐analysisを使った検索よりも広く検索できる。
システマティック・レビューとは、
同一のテーマに関する複数のランダム化比較試験（RCT）などを統計的に
処理して総合評価した結果をまとめた論文。
※ コクラン共同体システマティックレビューについて、PubMedでは抄録まで。全文はEBM Reviewsに収録。
Clinical Queries
③ Medical Genetics Searches
遺伝子学関係文献のための
検索画面。キーワードを入力
し、Categoryにチェックを付け
て検索すると、各カテゴリーに
最適な遺伝学関係のキー
ワードが自動的に追加される。
Clinical Queries 検索例
• 風邪の治療にビタミンCは有効かどうか（科学的根拠の確かな文献をいくつか確認したい）
キーワード common cold, vitamin c
診療ガイドライン作成などのためにエビデンスレベルの高い文献を検索
• エビデンスの高い文献を網羅的かつ効率的に検索する。
① MeSHを使う
② Subheadingsを使う
③ Publication Typesを使う
④ 特定のキーワードを使う
エビデンスレベルの高い文献の網羅検索
＜治療＞に関するキーワード（最も主だったキーワード）[MeSH]（統制されたキーワード）・ double blind method・ placebos
[Publication Types]（文献の種類）・ clinical trial・ comparative study・ controlled clinical trial・ randomized controlled trial
[Title/Abstract Words]・ random* （*は前方一致検索）
Yale大学ではこれらのキーワードをPubMed用に翻訳したものを以下のURLで公開している。（コピー、ペーストでそのまま使える）http://info.med.yale.edu/library/reference/publications/pubmed/
エビデンスレベルの高い文献の網羅検索
• 乳癌の臨床的腫瘤径評価に超音波検査を行うことは勧められるか？
キーワード breast cancer, ultrasonography, size, sensitivity
① MeSHの確認（breast cancer,ultrasonography）、同時にSubhedingsの確認
キーワードとして使えそうなMeSHを複数組み合わせる。
エビデンスレベルの高い文献の網羅検索
② Publication Types（Limit機能）や特定のキーワードを掛け合わせる。
③ 必要に応じて出版年や言語を組み合わせる。
エビデンスレベルの高い文献の網羅検索
• 乳癌の臨床的腫瘤径評価に超音波検査を行うことは勧められるか？
検索例
タグを使った検索
検索する項目を指定して検索する
• 雑誌名で検索（雑誌名は略誌名で検索）
n engl j med[TA]
• 論文タイトルに限定して検索
lung cancer[TI]
• 出版年月日
2010[DP] 2008:2010[DP] 2010/06[DP]
便利な機能
• 携帯電話やiPodのような携帯端末でPubMedを検索したいロゴやフレームなどの余分なデータなしで利用できるURL http://pubmedhh.nlm.nih.gov/
• 分野から雑誌を探したいJournal Subject Termsで一覧が見られるURL http://wwwcf.nlm.nih.gov/serials/journals/
index.cfm• MEDLINEに索引済の完成レコードだけを検索したいLimits機能のSubsets項目からMEDLINEを選択
• 手元のピッタリの文献を元に検索したい探しているテーマにピッタリの文献が1件でもヒットした場合は、Related Citationsをクリックすると、関連文献を表示できる。
参考文献• 「図解PubMedの使い方 : インターネットで医学文献を探
す」改訂4版 岩下愛, 山下ユミ共著 日本医学図書館協会 2010.3（１回閲覧室あり 490.7/ZU）
• 「上手な情報検索のためのPubMed活用マニュアル」改訂第2版 縣俊彦編著 南江堂 2005.10 （1階閲覧室あり490.7/AG）
• 東京大学医学図書館 PubMedの使い方http://www.lib.m.u‐tokyo.ac.jp/manual/pubmedmanual.pdf
• 慶應大学信濃町メディアセンター PubMedの使い方http://www.med.lib.keio.ac.jp/pdf/ug/ug_pubmed.pdf
• 東邦大学医学メディアセンター PubMedの使い方http://www.mnc.toho‐u.ac.jp/mmc/handout/pubmed2010‐1.pdf
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