protein folding · 2011. 5. 10. · protein folding. centrala dogmat dna rna protein....
TRANSCRIPT
![Page 1: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/1.jpg)
Protein folding
![Page 2: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/2.jpg)
Centrala Dogmat
DNA RNA Protein
![Page 3: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/3.jpg)
Anfinsens klassiska experiment
![Page 4: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/4.jpg)
Proteinstrukturer
![Page 5: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/5.jpg)
![Page 6: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/6.jpg)
![Page 7: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/7.jpg)
![Page 8: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/8.jpg)
![Page 9: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/9.jpg)
![Page 10: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/10.jpg)
Faktorer som påverkar den nativa strukturen
∆∆∆∆G = ∆Η∆Η∆Η∆Η−−−−Τ∆Τ∆Τ∆Τ∆S
Termodynamisk förklaring
För stabilisering krävs: ∆∆∆∆H blir mindre eller ∆∆∆∆S större
∆∆∆∆G = - RT ln K
K = [veckat protein] / [ uppveckat protein]
![Page 11: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/11.jpg)
Vad menas med ett proteins stabilitet?
Uppveckat protein Veckat protein
![Page 12: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/12.jpg)
![Page 13: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/13.jpg)
Hur mäter man protein stabiliteten?
Tm eller Cm
![Page 14: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/14.jpg)
CD: circular dichroism
• The far-UV (190-240nm) CD spectrum of proteins can reveal important characteristics of their secondary structure. It can be used to study how the secondary structure of a molecule changes as a function of temperature or of the concentration of denaturing agents (Guanidine hydrochloride or urea). In this way it can reveal important thermodynamic information such as ∆G and Tm.
• The near-UV CD spectrum (>250 nm) of proteins provides information of the tertiary structure .
![Page 15: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/15.jpg)
CD spectrometer
![Page 16: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/16.jpg)
Fluorescens
![Page 17: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/17.jpg)
Stability using ANS as an extrinsic fluorescent probe
80604020
2,6e+0062,4e+0062,2e+006
2e+0061,8e+0061,6e+0061,4e+0061,2e+006
1e+0068e+0056e+0054e+0052e+005
0
Temperature (C)
Flu
ores
cenc
e In
tens
ity (
A.U
)
![Page 18: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/18.jpg)
Binding of Methotrexate to TPMT by displacement of ANS
![Page 19: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/19.jpg)
Bestämma 3d strukturen av ettprotein
![Page 20: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/20.jpg)
Proteinkristaller
![Page 21: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/21.jpg)
![Page 22: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/22.jpg)
Bestämma 3D strukturen av ett protein
![Page 23: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/23.jpg)
![Page 24: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/24.jpg)
Varför stabilisera proteiner?
• Förhindra enzymer från nedbrytning• Förhindra uppveckning i närvaro av
detergent• Öka termostabiliteten
![Page 25: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/25.jpg)
Exempel på stabiliserade proteiner
• Enzymer i bakning
• Enzymer i tvättmedel
![Page 26: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/26.jpg)
Strategier för att förändra proteinstabiliten
• Riktad mutagenes (rationell design)• Slumpartad mutagenes (random design)
![Page 27: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/27.jpg)
Kloning av protein
![Page 28: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/28.jpg)
5’ ATGGCCCATCACTGGGGGTACGGCAAACACAACGGACCTGAGCACTGGCATAAGGACTTCCCCATTGCCAAGGGAGAGCGCCAGTCCCCTGTTGACATCGACACTCATACAGCCAAGTATGACCCTTCCCTGAAGCCCCTGTCTGTTTCCTATGATCAAGCAACTTCCCTGAGGATCCTCAACAATGGTCATGCTTTCAACGTGGAGTTTGATGACTCTCAGGACAAAGCAGTGCTCAAGGGAGGACCCCTGGATGGCACTTACAGATTGATTCAGTTTCACTTTCACTGGGGTTCACTTGATGGACAAGGTTCAGAGCATACTGTGGATAAAAAGAAATATGCTGCAGAACTTCACTTGGTTCACTGGAACACCAAATATGGGGATTTTGGGAAAGCTGTGCAGCAACCTGATGGACTGGCCGTTCTAGGTATTTTTTTGAAGGTTGGCAGCGCTAAACCGGGCCTTCAGAAAGTTGTTGATGTGCTGGATTCCATTAAAACAAAGGGCAAGAGTGCTGACTTCACTAACTTCGATCCTCGTGCCTCCTTCCTGAATCCCTGGATTACTGGACCTACCCAGGCTCACTGACCACCCCTCCTCTTCTGGAATGTGTGACCTGGATTGTGCTCAAGGAACCCATCAGCGTCAGCAGCGAGCAGGTGTTGAAATTCCGTAAACTTAACTTCAATGGGGAGGGTGAACCCGAAGAACTGATGGTGGACAACTGGCGCCCAGCTCAGCCACTGAAGAACAGGCAAATCAAAGCTTCCTTCAAATAA-3´
Genen för humant karboanhydras
Genetiska koden
Riktad mutagenes
![Page 29: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/29.jpg)
Riktad mutagenes
![Page 30: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/30.jpg)
Modellproteiner
• T4 Lysozym• Cold-shock protein• Karboanhydras
![Page 31: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/31.jpg)
T4 Lysozym
• Ett av de mest välstuderade proteinerna om protein stabilitet
• Över 2000 mutanter och 400 kristallstrukturer
• Erhållit klara samband mellan struktur och funktion (stabilitet)
![Page 32: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/32.jpg)
T4 Lysozym
Stabilisering av positiva laddningar i helix,t.ex mutant S38D
Minska entropin i det uppveckade tillstå ndet, t.ex mutant A82P
Optimera hydrofobinteraktion t.ex mutant I3L
Förbättra helixpropensitet,t.ex mutant V131A
![Page 33: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/33.jpg)
Design av stabilt protein
Bs-Csp mesofil Bc-Csp termofil
Jämförelse mellan protein från mesofil och termofil organism
![Page 34: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/34.jpg)
Hur stabilisera mesofila Bs-Csp ?
10 20 30 40 50 60
MLEGKVKWFNSEKGFGFIEVEGQDDVFVHFSAIQGEGFKTLEEGQAVSFEIVEGNRGPQAANVTKEA
MQRGKVKWFNNEKGYGFIEVEGGSDVFVHFTAIQGEGFKTLEEGQEVSFEIVQGNRGPQAANVVK-L
Bc-Csp, termofil, Tm=76.9 Bs-Csp, mesofil, Tm=53.6
Ref: D.Perl & F.X Schmid, J.Mol.Biol. (2001), 313, 343-357
![Page 35: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/35.jpg)
Resultat av rationell design
E66LE3R
Ref: D.Perl & F.X Schmid, J.Mol.Biol. (2001), 313, 343-357
![Page 36: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/36.jpg)
Proteinveckning
6420
1
0 ,8
0 ,6
0 ,4
0 ,2
0
[G u H C l] (M )
Fra
ctio
nal c
hang
e
Uppveckat protein Molten globule Veckat protein
![Page 37: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/37.jpg)
Stabilitet HCA II och NGCA
6420
1
0,8
0,6
0,4
0,2
0
[GuHCl] (M)
Fra
ctio
nal c
hang
e
6420
1
0 ,8
0 ,6
0 ,4
0 ,2
0
G u H C l (M )
Fra
ctio
nal c
hang
e
![Page 38: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/38.jpg)
![Page 39: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/39.jpg)
Jämförelse HCA II & NGCA
![Page 40: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/40.jpg)
Ala 23Leu 203
N-terminal
C-terminal
A B
Design av disulfidbrygga
Ref: Mårtensson, L-G, Karlsson; M & Carlsson U. (2002) Biochemistry 41, 15867-15875
![Page 41: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/41.jpg)
Energy minimizedA23C/L203C
![Page 42: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/42.jpg)
Ramachandran plots
![Page 43: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/43.jpg)
Stabilitet disulfidvariant A23C/L203C
43210
354352350348346344342340338336
(GuHCl] (M)
A23C/L203C red.
A23C/L203C ox.
HCA II pwt
Ref: Karlsson, M., Mårtensson, L.-G., Olofsson P. & Carlsson, U. (2004) Biochemistry In press
![Page 44: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/44.jpg)
Slumpartad design
• Förändra genen helt slumpartat• Leta efter den gen som ger ett protein med
hög stabilitet• Selektionsproblem
![Page 45: Protein folding · 2011. 5. 10. · Protein folding. Centrala Dogmat DNA RNA Protein. Anfinsensklassiska experiment. Proteinstrukturer. Faktorer som påverkar den nativa strukturen](https://reader036.vdocuments.site/reader036/viewer/2022081802/5ff54052ff115276a75e2228/html5/thumbnails/45.jpg)
Framtiden?
• Förutsäga 3D struktur frånaminosyrasekvensen
• In silico design