protein data bank pdb)の活用法 - biosciencedbc.jp...2018/11/28 · [case #3] sequence search...
TRANSCRIPT
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栗栖源嗣大阪大学蛋白質研究所
wwpdb.org
Protein Data Bank Japan(PDBj)の紹介とProtein Data Bank(PDB)の活用法
1Licensed under a Creative Commons表示4.0国際ライセンス(c)2018栗栖 源嗣(大阪大学蛋白質研究所)
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Protein Data Bank
• PDB: 1st Open Access digital resource in biology (est. in 1971 with 7 entries)
• Initially, managed jointly by data centers in US and UK
• Today, single global PDB macromolecular structure archive(>145,000 entries)
Nature New Biology 233, page 223 (1971)
2
https://pdb.org
http://pdb.org/
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生体高分子の3次元構造(形)に関する情報を集めた国際的データベース
1971年からのデータが集積され,情報は無償で利用できる.運営は各国(米国,欧州,日本)の政府機関による研究費用でまかなわれている.2003年からは国際組織wwPDBとして活動している(PDBjは創立メンバー).
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https://wwpdb.org
After solving structure, what we should do?
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PDBj is in charge of processing and annotating the data from Asian and Middle-east regions.
Americas, Oceania
Asia
Europe, Africa
deposit.wwpdb.org7
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More than 1 billion atoms
# o
f D
ep
osit
ed
En
trie
s
Year
Accumulated Total number of Depositions
Total number of Annual Depositions
0
50000
100000
150000
200000
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23
estimated number
Growing Number of Depositions
6
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https://pdbj.org
How to know the 3D structure?
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8
• Experimental Data (X-ray, NMR, 3DEM=EMDB)
• Validation Report (PDF, XML, RDF)
PDBで提供するFile Format
座標データ
実験データ
検証レポート
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PDBjのサービス(1)
9
Sequence Navigator
(類似配列検索)
Structure Navigator(類似立体構造検
索)
GIRAF(類似リガンド結合
部位検索)
EM Navigator(電子顕微鏡で解かれた構造の閲覧サイト)
https://pdbj.org
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PDBjのサービス(2)
10
万見(PDB/EMDBエントリー閲覧サイト)
GASH/RASH(構造の重ね合わ
せ)
MAFFTash(配列と構造が似たPDBエントリー検
索)
Omokage検索(生体超分子の形状
類似性検索)
Molmil(分子構造ビュ
アー)
HOMCOS(複合体立体構造の
検索、作成)
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PDBjのサービス(3)
11
Spanner/SFAS(ユーザデータ/PDBデータに基づく立体構造予
測)
eF-site(蛋白質の電子表面形状データベース)
eProtS(蛋白質構造百科事典)
Promode(蛋白質の基準振動解析データベース)
今月の分子(月替わりの分子構
造紹介記事)
SeSAW(機能予測)
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5ZF0 ⏎
[CASE #1] Keyword search
using PDB ID
PDB IDs are written in the
structure paper or related review.
論文に載っている構造を見たい!
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[CASE #1] Keyword search
using PDB ID from the article
Summary page of the entry “5ZF0”
will be shown. You can go to the ①linked other databases, ②download the coordinates,and ③take a look at the structure of biological unit using
the standard web browser on you
PC.①
②
③
②
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P0A3C9 ⏎
[CASE #2] Keyword search
using SEQ ID
P0A3C9
興味のあるタンパク質の構造を調べたい!
-
1. Select molecule
List of the entries containing
“P0A3C9” will be shown. You can
select the entry with the highest
resolution.
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1. PDB ID
2. Entry Name
3. Viewer
4. Reference
5. Link to other DB
6. Validation
Summary page of the entry “5AUI” includes
https://pdbj.org/mine_molmil?pdbid=5aui
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[CASE #3] Sequence search
using BLAST against PDB
1. Select menu
2. Sequence
Navigator
相同なタンパク質の構造を調べたい!
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[CASE #3] Sequence search
using BLAST against PDB
1. Select menu
2. Sequence
Navigator
3. Paste your
target sequence
4. Push “Find”
button
Maize Ferredoxin 1
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[CASE #3] Sequence search
using BLAST against PDB
Result page of the entries
containing “Maize Fd1” will be
shown. ①1gaqB = chain B of 1GAQ②5h8yE = chain E of 3B2F,③5h92C = chain C of 5H92By clicking the links, we know that ① FNR+Fd1, ② SiR+Fd1, ③SiR+Fd1.
5. Click the link
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[CASE #3] Sequence search
using BLAST against PDB
Summary page of the entry “1GAQ”
will be shown.
This entry contains the electron
transfer complex between Fd1 and
Fd-NADP+ reductase (FNR).
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Example1: Gleevec using PDBj-Mine
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[CASE #4] Chemie search
against PDB
Gleevec ⏎
興味のある化合物に結合するタンパク質構造を見
たい!
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Explore 1T46: Gleevec using PDBj-Mine (cont.)
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23
Eelectron Density map (Molmil)
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Explore 1T46: Gleevec using PDBj-Mine (cont.)
24
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展示会場で,PDBjブースを出しています。お時間がありましたら,お立ち寄りください。
If you want to do complicated queries,
we may be able to help!(質問はお気軽にPDBjまで)Feel free to ask any questions at:
https://pdbj.org/contact?tab=PDBjmaster
終わりに・・
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Acknowledgements
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