Proizvodi Elucigene® QST*R® Vodič za analizu Softver

Proizvođač: Gen-Probe Life Sciences Ltd. Oaks Business Park Crewe Road Wythenshawe Manchester M23 9HZ, Ujedinjeno Kraljevstvo Kontakt podaci za prodaju, korisnički servis i tehničku podršku: Tel.: +49 (0) 6122 7076451 Telefaks: +49 (0) 6122 7076155 E: eucustomerservice@hologic.com E: eutechnicalsupport@hologic.com

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 1 od 30

Analiza pomoću softvera GeneMapper Uvod U odeljku koji sledi opisani su postupci za analizu rezultata uzoraka, dobijenih koristeći Elucigene QST*R, pomoću paketa softvera GeneMapper kompanije Applied Biosystems (verzija 3.7 ili skorija), kao i način unosa tabelarnih podataka u Excel QST*R predložak izveštaja.

Postupak analize Postupak analize uzoraka predstavljen je na sledećem dijagramu toka:

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 2 od 30

GeneMapper Otvorite programsku datoteku GeneMapper i uvezite potrebne .fsa datoteke tako što ćete

pritisnuti dugme „add samples to project“ (dodaj uzorke u projekat) .

Pronađite željenu fasciklu za obradu na stablu fascikli na levoj strani prozora. Izaberite fasciklu i pritisnite dugme „Add to List >>“ (Dodaj na listu). Fascikla za obradu će se tada pojaviti u prozoru „samples to add“ (uzorci za dodavanje). Dvostrukim klikom na ikonu fascikle za obradu u tom prozoru prikazaće se svaka .fsa datoteka za uvoz (Slika 1). Potom dodajte uzorke pritiskom na dugme „Add“ (Dodaj) .

Slika 1: Uzorci spremni za dodavanje u projekat

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 3 od 30

Uvoz QST*R postavki analize za GeneMapper Manager

Moraju se uvesti QST*R postavke za GeneMapper. Tim postupkom se upravlja putem interfejsa „GeneMapper Manager“. QST*R postavke analize za GeneMapper dostupne su na vebsajtu kompanije Gen-Probe: www.gen-probe.com/global/products-services/ 1. Otvorite program GeneMapper Manager pritiskom na ikonu (Slike 2 i 3).

Slika 2: Otvaranje programa GeneMapper Manager

Slika 3: Interfejs programa GeneMapper Manager (GeneMapper menadžer)

2. Izaberite karticu „Analysis Methods“ (Metodi analize), a zatim pritisnite dugme „Import“ (Uvezi).

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 4 od 30

3. Pronađite i uvezite potrebnu datoteku(e) sa QST*R postavkama analize: 3130 ili 3500 (Slika 4).

Slika 4: Uvoz metoda analize

4. Vodeći računa da izaberete odgovarajuću karticu i uvezete odgovarajuću datoteku, isti ovaj postupak ponovite za:

• Table Settings (Postavke tabele)

• Plot Settings (Postavke grafikona)

• Size Standards (Standardi veličine)

Napomena: Za Cluster Plot Settings (Postavke grupnog grafikona), Matrices (Matrice), SNP Sets (SNP skupovi) i Report Settings (Postavke izveštaja) nije potreban uvoz datoteka.

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 5 od 30

Uvoz QST*R postavki panela u program Panel Manager (Menadžer panela) Moraju se uvesti QST*R postavke panela i opsega za GeneMapper. Tim postupkom se upravlja putem interfejsa „Panel Manager“ (Menadžer panela). QST*R postavke panela i opsega dostupne su na vebsajtu kompanije Gen-Probe: www.gen-probe.com/global/products-services/ 1. Otvorite program Panel Manager (Menadžer panela) pritiskom na ikonu . 2. Pritisnite „Panel Manager“ (Menadžer panela) na levoj strani prozora za navigaciju. „Panel Manager“ će tada biti istaknuto plavom bojom. 3. Izaberite „File/Import Panels“ (Datoteka/Uvezi panele). Pronađite i uvezite datoteku panela za GeneMapper „anan000_gmbf*.txt“ (Slika 5). 4. Datoteka panela će se tada prikazati u levom prozoru za navigaciju. Pritisnite datoteku panela i uverite se da je istaknuta plavom bojom. 5. Izaberite „File/Import Bin Set“ (Datoteka/Uvezi skup opsega). Pronađite i uvezite datoteku opsega za GeneMapper „anan000_gmbf*.txt“ (Slika 6). 6. Pritisnite „Apply“ (Primeni), a zatim pritisnite „OK“ (U redu).

Slika 5: Uvoz QST*R datoteke panela

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 6 od 30

Slika 6: Uvoz QST*R datoteke skupa opsega

Izmena datoteke sa parametrima analize Možda će biti potrebno da se izmene podrazumevani „Analysis Ranges“ („Analitički opsezi“) u QST*R postavkama analize zbog različitih lokalnih uslova obrade. Minimalni analitički opseg zavisiće od kapilare i polimera koji se koriste prilikom prikupljanja podataka. Da biste pregledali trenutne postavke analize: 1. Otvorite „GeneMapper Manager“ (GeneMapper menadžer). 2. Izaberite karticu „Analysis Methods“ (Metodi analize). Uvezena QST*R datoteka biće navedena kao „QSTR Analysis“ (QSTR analiza). 3. Pritisnite „QSTR Analysis“ (QSTR analiza). Taj red će tada biti istaknut. 4. Pritisnite dugme „Open“ (Otvori) i izaberite karticu „Peak Detector“ (Detektor šiljaka) (Slika 7) Analitički opsezi podrazumevano su podešeni da počinju od 2000 a završavaju na 18000.

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 7 od 30

Slika 7: Analitički opsezi

Da biste pronašli odgovarajući analitički opseg za svoju laboratoriju:

1. Na glavnom prozoru softvera GeneMapper dvaput kliknite na uvezenu Run Folder (Fascikla za obradu) da bi se prikazao spisak .fsa datoteka koje fascikla sadrži.

2. Izaberite određenu .fsa datoteku.

3. Pritiskom na karticu „Raw data“ (Sirovi podaci) prikazaće se elektroferogram sirovih podataka.

4. Izaberite tačku podataka koja je veća za približno 100 tačaka podataka u odnosu na prvi šiljak standarda veličine (npr. 75bp standarda GS500LIZ) (Slika 8). Tako se određuje najniža tačka analitičkog opsega.

5. Maksimalni analitički opseg mora da obuhvata najveći šiljak standarda veličine (npr.

500bp standarda GS500LIZ ili 600bp standarda GS600LIZv2).

6. Nove vrednosti unesite u QST*R datoteku analize (datoteci pristupite na goreopisani način).

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 8 od 30

Slika 8: Pronalaženje minimalnog opsega pomoću sirovih podataka o uzorku

Analiza uvezenih QST*R datoteka 1. U glavnom prozoru softvera GeneMapper izaberite „QST*R Table settings“ (QST*R postavke tabele) (Slika 9). Slika 9: Padajući meni QST*R Table Settings (QST*R postavke tabele)

2. U glavnom prozoru softvera GeneMapper izaberite prvu ćeliju u koloni „Analysis Method“ (metod analize) i iz padajućeg menija izaberite „QSTR Analysis 3130“ (QSTR analiza 3130) ili „QSTR Analysis 3500“ (QSTR analiza 3500). Ponovite ovaj postupak za Size Standard (standard veličine), birajući „QSTRLIZ500“ ili „QSTRLIZ600“ iz padajućeg menija.

3. Izaberite panel „QSTR gm*“ i pritisnite odgovarajući potpanel (Slika 10). 4. Popunite svaku kolonu tako što ćete izabrati zaglavlje kolone i pritisnuti tastere „Ctrl-D“. 5. Pritisnite da biste započeli analizu uzoraka. Dodelite naziv projekta kada se to zatraži.

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 9 od 30

Slika 10: Izbor QST*R postavki panela

Pregled QST*R podataka 1. Izaberite uzorak za analizu (istaknite red uzorka). 2. Pritisnite za „Display Plots“ (Prikaži grafikone). 3. Izaberite „QST*R Plot settings“ (QST*R postavke grafikona) (Slika 11). Slika 11: QST*R Plot settings (QST*R postavke grafikona), padajući meni.

4. U prozoru sa grafikonima prikazaće se profil uzorka sa tabelarnim podacima (Slika 12). GeneMapper će automatski obeležiti najviše dva šiljka za svaki marker. Ako su za određeni marker prisutna tri alela, treći, neoznačeni šiljak se mora obeležiti ručno (videti: Ručna izmena profila).

Napomena: Opsezi veličine alela za svaki marker zasnivaju se na ranije uočenim podacima. Retki aleli mogu odudarati od zadatog opsega veličine markera, te ćete možda morati da prilagodite skup opsega.

5. Preporučuje se da u prozoru sa grafikonom bude aktivirana opcija „Single click editing“ (Izmena jednim klikom). Da biste izabrali tu opciju, izaberite „Alleles/set click editing“ (Aleli/podesi izmenu klikom) i postarajte se da pomenuta opcija bude označena.

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 10 od 30

Slika 12: Prozor sa grafikonima uzorka na kome su prikazani podaci o obeleženim zapisima i odgovarajuća tabela sa genotipovima

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 11 od 30

Ručna izmena profila UPOZORENJE! GeneMapper će dodeliti oznake za najviše 2 šiljka po markeru. Zato ćete možda morati ručno da izmenite profile kada je potrebno dodeliti oznaku 3. šiljku (ako je prisutan) ili ukloniti oznaku sa šiljka koji je manji usled nedelotvorne amplifikacije. Da biste dodali oznaku šiljku, levim klikom pritisnite neobeleženi šiljak. Pojaviće se opcija „Add Allele Comment“ (Dodaj komentar alelu). Pritisnite „OK“ (U redu). Šiljak će tada biti obeležen veličinom izraženom u parovima baza i površinom šiljka. Tabela će se automatski ažurirati podacima o novoobeleženom šiljku. Da biste uklonili oznaku sa šiljka, levim klikom pritisnite oznaku šiljka. Pojaviće se opcija „Delete Allele Comment“ (Izbriši komentar alela). Pritisnite „OK“ (U redu). Time će se ukloniti oznaka sa šiljka. Iz tabele će se automatski ukloniti podaci o izbrisanom šiljku.

Više informacija o oceni QST*R uzoraka potražite u Elucigene QST*R: Instructions for Use (Uputstvo za upotrebu) i Guide to Interpretation (Vodič za tumačenje) koji se nalaze na vebsajtu kompanije Gen-Probe:

www.gen-probe.com/global/products-services/

Kopiranje tabelarnih podataka 1. Istaknite sve redove u tabeli na donjoj strani prozora sa grafikonima. 2. Iskopirajte izabrane redove pritiskom tastera „Ctrl+C“.

QST*R predložak izveštaja QST*R predložak izveštaja se može koristiti za određivanje odnosa šiljaka za određeni marker. Predložak izveštaja za svaki proizvod u okviru QST*R opsega može se pronaći na vebsajtu kompanije Gen-Probe: www.gen-probe.com/global/products-services/ 1. Otvorite odgovarajuću datoteku predloška izveštaja. 2. Ako predložak izveštaja prikaže Security Warning (Bezbednosno upozorenje)

„Macros have been disabled“ (Makroi su onemogućeni), pritisnite dugme „Options“ (Opcije), kao što je prikazano na Slici 13.

3. Pojaviće se prozor „Security Options“ (Bezbednosne opcije) (Slika 14). Izaberite „Enable this content“ (Omogući ovaj sadržaj) i pritisnite „OK“ (U redu).

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 12 od 30

Slika 13: Security Warning (Bezbednosno upozorenje) (makroi onemogućeni)

Slika 14: Prozor Security Options (Bezbednosne opcije) (za omogućavanje makroa)

4. Izaberite list „Import GM“ (Uvezi GM) i postarajte se da ćelija A1 bude izabrana.

5. Pritiskom na tastere „Ctrl+V“ nalepite tabelarne podatke koje ste iskopirali iz softvera GeneMapper i odmah pritisnite dugme „Sort“ (Sortiraj) (Slika 15).

Napomena: da bi funkcija „Sort“ (Sortiraj) mogla da se izvrši, svi nalepljeni podaci MORAJU biti izabrani.

6. Izaberite karticu „QSTR-GM“ (- označava koja unakrsna tabela je trenutno u upotrebi). Izveštaj sa rezultatima će sada sadržati sve informacije o šiljcima i odnosima za dati uzorak (Slika 16).

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 13 od 30

Slika 15: Primer tabele za QST*Rplusv2 uvezene iz softvera GeneMapper

Slika 16: Primer izveštaja QST*Rplusv2

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 14 od 30

Ocena izveštaja 1. Trizomija se određuje na osnovu jedne od sledeće dve situacije: a) Dva šiljka čija je visina različita zbog toga što jedan od šiljaka predstavlja dva alela

koja imaju oba roditelja. U tom slučaju odnos između dva šiljka biće klasifikovan kao 2:1 ili 1:2. Pri tome će A1/A2 dati rezultat u rasponu od 1,8 do 2,4 kada šiljak koji predstavlja kraći alel ima veću površinu od šiljka koji predstavlja duži alel, odnosno rezultat u rasponu od 0,45 do 0,65 kada šiljak koji predstavlja kraći alel ima manju površinu od šiljka koji predstavlja duži alel.

U oba slučaja, „Ratio“ (Odnos) će biti prikazan u koloni „Warning“ (Upozorenje). b) Prisutna su tri šiljka slične visine. Odnos šiljaka biće klasifikovan kao 1:1:1, a njihove

vrednosti biće unutar normalnog opsega od 0,8 – 1,4 (mada je za alele koji se razlikuju za više od 24 bp prihvatljiv i odnos alela do 1,5).

U tom slučaju, u koloni „Warning“ (Upozorenje) biće prikazano „3 Alleles“ (3 alela). 2. Da bi se rezultat protumačio kao abnormalan (tj. prisutna trizomija), potrebna su najmanje dva informativna markera koja ukazuju na troalelni genotip, pri čemu svi drugi markeri moraju da budu neinformativni. Ne preporučuje se da se rezultat protumači kao abnormalan na osnovu informacija samo jednog markera. 3. Da bi se rezultat protumačio kao normalan, potrebna su najmanje dva informativna markera koja ukazuju na dvoalelni genotip, pri čemu svi drugi markeri moraju da budu neinformativni. Normalan rezultat ukazuje na normalan komplement od dve kopije za analizirane hromozome. 4. Odnosi površina šiljaka koji su između normalnog i abnormalnog raspona klasifikuju se kao neodređeni. Neodređeni rezultati mogu se razrešiti upotrebom kompleta sa jednim hromozomom. 5. Ako za određeni marker nema podataka o šiljku, u koloni sa upozorenjima prikazaće se „Absent“ (Odsutno). Ovo upozorenje javljaće se rutinski kod nepostojanja markera Y hromozoma.

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 15 od 30

Analiza pomoću softvera GeneMarker

Uvod U odeljku koji sledi opisani su postupci za analizu rezultata uzoraka, dobijenih koristeći Elucigene QST*R, pomoću paketa softvera GeneMarker kompanije SoftGenetics (verzija 1.65 ili skorija). Slike korišćene u ovom odeljku preuzete su iz verzije 1.85 softvera GeneMarker.

Postupak analize Postupak analize uzoraka predstavljen je na sledećem dijagramu toka:

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 16 od 30

Dodavanje datoteka uzoraka u softver GeneMarker Otvorite programsku datoteku GeneMarker i, kada se to zatraži, izaberite „Open Data“ (Otvori podatke). Pojaviće se okvir „Open Data Files“ (Otvori datoteke sa podacima). Pritisnite dugme „Add“ (Dodaj). Pojaviće se dijalog „Open“ (Otvori). Pronađite direktorijum koji sadrži datoteke sa sirovim podacima; • Izaberite sve datoteke pritiskom na tastere CTRL+A ili izaberite pojedinačne uzorke

pomoću tastera CTRL, odnosno SHIFT • Pritisnite dugme „Open“ (Otvori) u dijalogu „Open“ (Otvori). Izabrane datoteke pojaviće se u polju „Data File List“ (Lista datoteka sa podacima) (Slika 1).

Slika 1: Uzorci dodati u polje „Data File List“ (Lista datoteka sa podacima)

Pritisnite dugme „OK“ (U redu) u okviru „Open Data Files“ (Otvori datoteke sa podacima) i uzorci će se otpremiti u softver GeneMarker. Softver će tada automatski otvoriti prozor „Raw Data Analysis“ (Analiza sirovih podataka) (Slika 2).

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 17 od 30

Slika 2: Prozor „Raw Data Analysis“ (Analiza sirovih podataka)

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 18 od 30

Uvoz QST*R postavki panela u softver GeneMarker Moraju se uvesti QST*R postavke panela za GeneMarker. Tim postupkom se upravlja putem interfejsa „Panel Editor“ (Uređivač panela). QST*R postavke panela za GeneMarker dostupne su na vebsajtu kompanije Gen-Probe: www.gen-probe.com/global/products-services • Otvorite program „Panel Editor“ (Uređivač panela) sa padajućeg menija „Tools“

(Alati).

Slika 3: Otvaranje programa „Panel Editor“ (Uređivač panela)

• Izaberite „Import Panels“ (Uvezi panele) sa padajućeg menija „File“ (Datoteka).

Slika 4: Uvoz panela

• Pronađite i uvezite panel, npr. anan0pl_gupf***.xml

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 19 od 30

Napomena: * označava trocifreni broj verzije (npr. anan0pl_gupf002.xml) • Po potrebi ponovite ovaj postupak za druge datoteke panela. Obrada podataka Nakon otpreme u softver GeneMarker, datoteke sa sirovim podacima su spremne za obradu. Korak obrade podrazumeva primenu standarda veličine, filtriranje šiljaka sa šumom, kao i poređenje sa poznatim alelnim panelima ako je potrebno. U softveru GeneMarker svi ovi koraci objedinjeni su jednim jednostavnim alatom pod nazivom „Run Wizard“ (Čarobnjak za obradu) (Slika 5). Da biste pristupili alatu Run Wizard (Čarobnjak obrade), jednostavno pritisnite ikonu „Run Project“ (Projekat obrade) na glavnoj traci sa alatima.

Run Wizard (Čarobnjak obrade) – kreiranje Run Template (Predložak obrade)

Prvi put kada se ovaj softver koristi za analizu QST*R podataka potrebno je kreirati predložak obrade. To se radi pomoću alata Run Wizard (Čarobnjak obrade). Da biste pristupili alatu Run Wizard (Čarobnjak obrade), jednostavno pritisnite ikonu „Run Project“ (Projekat obrade) na glavnoj traci sa alatima. • Dodelite Template Name (Naziv predloška), npr. QSTR • Izaberite Panel, Size Standard (Standard veličine), Standard Colour (Standardna

boja) i Analysis Type (Vrsta analize), kao što je prikazano na Slici 5 u nastavku • Pritisnite „Save“ (Sačuvaj) da biste sačuvali predložak za naredne analize • Pritisnite „Next“ (Dalje) da biste nastavili

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 20 od 30

Slika 5: Run Wizard (Čarobnjak obrade) – prozor Template Selection (Izbor predloška)

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 21 od 30

Run Wizard (Čarobnjak obrade) – Data process (Obrada podataka) Prozor Data Process (Obrada podataka) u okviru Run Wizard (Čarobnjak obrade) omogućava korisniku da izabere parametre filtriranja šiljaka. Izaberite odgovarajuće postavke analize u prozoru Data Process (Obrada podataka), kao što je prikazano na slici u nastavku. Pritisnite „Next“ (Dalje) da biste nastavili. Napomena: Postavka analitičkog opsega u okviru za analizu sirovih podataka zavisiće od polimera koji se koristi za prikupljanje podataka. Rukovalac bi trebalo da izabere početnu tačku podataka koja obuhvata standard veličine šiljka od 75bp. Slika 6: Run Wizard (Čarobnjak obrade) – prozor Data process (Obrada podataka)

Napomena: Za podatke serije 3500, povećajte minimalni intenzitet na 150.

Run Wizard (Čarobnjak obrade) – Additional Settings (Dodatne postavke) Za obavljanje QST*R analize nisu potrebne dodatne postavke.

Pritisnite „OK“ (U redu) da biste nastavili.

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 22 od 30

Slika 7: Run Wizard (Čarobnjak obrade) – Additional Settings (Dodatne postavke)

Okvir obrade podataka Kada pritisnete „OK“ (U redu) u okviru Additional Settings (Dodatne postavke) u alatu Run Wizard (Čarobnjak obrade), pojaviće se okvir obrade podataka (Slika 8). Sirovi podaci se obrađuju i mere, a potom se primenjuju parametri filtriranja i izabrani QST*R panel. Kada se analiza završi, pritisnite „OK“ (U redu) u okviru obrade podataka. Slika 8: Okvir obrade podataka

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 23 od 30

Glavni prozor za analizu Glavni prozor za analizu (Slika 9) softvera GeneMarker je jednostavan za upotrebu. On sadrži:

• listu datoteke uzoraka - prikazana je na levoj strani prozora;

• sliku sintetičkog gela - prikazana je u gornjem delu prozora;

• elektroferograme podataka - nalaze se ispod slike gela;

• tabelu izveštaja - prikazana je na desnoj strani prozora. U ovom prozoru važno je proveriti da li su svi odgovarajući šiljci na svakom profilu ispravno identifikovani. Dvaput kliknite na jedan po jedan uzorak na stablu sa datotekama uzoraka na levoj strani ekrana. Desnim klikom pritisnite određeni šiljak i izaberite jednu od opcija u dijalogu, npr. edit (izmeni) ili delete (obriši) alel, confirm (potvrdi) ili unconfirm (ukloni potvrdu), prema potrebi. Na glavnom prozoru za analizu pri vrhu ekrana izaberite opciju sa padajućim menijem „Applications“ (Aplikacije). Izaberite „Trisomy Analysis“ (Analiza trizomije). Tada će se otvoriti okvir Trisomy Analysis Settings (Postavke analize trizomije) (Slika 10).

Slika 9: Glavni prozor za analizu

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 24 od 30

Slika 10: Okvir Trisomy Analysis Settings (Postavke analize trizomije)

Napomena: Za podatke serije 3500, povećajte minimalni intenzitet na 150.

Trisomy Analysis Settings (Postavke analize trizomije) Okvir Trisomy Analysis Settings (Postavke analize trizomije) ima dve kartice:

• Kartica Analysis (Analiza)

• Kartica Statistics Plot (Statistički grafikon) Kartica Analysis (Analiza) Kartica Analysis (Analiza) sadrži opcije za podešavanje pragova za analizu trizomije. Postarajte se da na kartici Analysis (Analiza) bude izabrano „BPG“ i da su izabrane sledeće postavke:

• Peak Height (Visina šiljka) 50: identifikovaće se šiljci koji imaju visinu najmanje 50; (150 ako se koriste podaci serije 3500);

• Height Ratio (Odnos visine) 30%: visina drugog šiljka ne sme da premaši 30% visine glavnog šiljka da bi se identifikovala dva alela;

• Quantification (Kvantifikacija) prema Peak Area (Površina šiljka);

• izabrano je Shorter Length/Longer Length (Manja dužina/veća dužina);

• pragovi za Trisomy Ratio (Odnos trizomije) iznose 0,80 – 1,40;

• nije izabrano Apply Linear Correction (Primeni linearnu korekciju).

Pritisnite „OK“ (U redu).

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 25 od 30

Prozor Trisomy Analysis (Analiza trizomije) Prozor Trisomy Analysis (Analiza trizomije) (Slika 11) omogućava rukovaocu da pregleda podatke QST*R uzorka, prikaže odnos šiljaka za svaki marker i pristupi GeneMarker izveštaju. Postoji nekoliko prikaza koji pomažu rukovaocu u analizi podataka. To su:

• Lista uzoraka

• Elektroferogram

• Grafikon odnosa

• Tabela izveštaja

Slika 11: Prozor Trisomy Analysis (Analiza trizomije)

Više informacija o funkcijama za analizu trizomije i njihovoj upotrebi potražite u priručniku GeneMarker Manual (Priručnik za GeneMarker).

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 26 od 30

GeneMarker izveštaj Softver GeneMarker sadrži predložak izveštaja koji je kompatibilan sa kompletima Elucigene QST*R. Da biste pristupili izveštaju, pritisnite ikonu „Print“ (Štampaj) na traci sa alatima u levom gornjem uglu prozora Trisomy Analysis (Analiza trizomije).

Tako ćete otvoriti prozor sa postavkama za štampanje analize trizomije (Slika 12).

Prozor sa postavkama za štampanje analize trizomije Prozor sa postavkama za štampanje analize trizomije sadrži opcije kojima se određuje koji će podaci o uzorku biti prikazani na GeneMarker izveštaju i na koji način.

Izaberite opcije kao što je prikazano na Slici 12. Postarajte se da „Custom Size Range“ (Prilagođeni opseg veličine) bude podešen na 98bp (Start [Početni]) i 510bp (End [Krajnji]).

Slika 12: Prozor sa postavkama za štampanje analize trizomije

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 27 od 30

Pregled GeneMarker izveštaja Pritisnite „Preview“ (Pregled) da biste pregledali GeneMarker izveštaj (Slika 13). Na ovom prozoru rukovalac može da pregleda i odštampa podatke o šiljcima svakog uzorka, po svim markerima, i dobije jednostavan izveštaj o uzorku od jedne ili dve stranice.

Slika 13: GeneMarker izveštaj

GeneMarker izveštaj sadrži:

• zaglavlje izveštaja sa podacima o analizi, projektu, uzorku i parametrima;

• okvir za potpisivanje sa poljima u koja pregledači izveštaja mogu da unesu datum i inicijale;

• elektroferogram sličan prozoru Trisomy analysis (Analiza trizomije) koji prikazuje

sve boje na zapisu uzorka;

• tabela izveštaja koja sadrži odabrane vrednosti šiljaka i markera za aktuelni uzorak. Identifikovana trizomija je istaknuta sivom bojom. Data je i dodatna kolona za proveru za unos inicijala pregledača;

• korigovani grafikon odnosa koji predstavlja grafikon celokupnog skupa podataka za sve markere u boji. Različiti markeri predstavljeni su simbolima čija se objašnjenja mogu pronaći u redu „Symbol“ (Simbol) u „Report Table“ (tabeli izveštaja). Simboli ispunjeni žutom bojom predstavljaju tačke podataka aktuelnog uzorka. Simboli oivičeni crvenom bojom predstavljaju identifikovanu trizomiju.

Napomena: Korigovani grafikon odnosa za svaki uzorak pojavljuje se na drugoj stranici samo ako je u okviru sa postavkama za štampanje izveštaja trizomije izabrana opcija „Ratio Plot“ (Grafikon odnosa).

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 28 od 30

Oznake šiljaka Oznake šiljaka obeležene su bojama prema kvalitetu poklapanja između detektovanog šiljka i uočenih opsega panela. Na elektroferogramu markeri su predstavljeni kao vodoravne sive trake, a centar šiljaka obeležen je uspravnom sivom trakom. Šiljci koji su izvan markera ili opsega panela obeleženi su crvenom bojom kao „OL“ (off-ladder – van opsega). Napomena: Zbog izvesnih razlika u vrsti polimera i standardu veličine na uređajima može biti potrebno da se prilagode opsezi markera kako bi softver bio usklađen sa uslovima obrade koji se koriste. Više informacija o izmeni opsega panela potražite u priručniku za GeneMarker koji ste dobili uz softver.

Ocena izveštaja Opšte smernice za analizu date su u „Instructions for Use“ (Uputstvo za upotrebu), odeljak „Analysis and Interpretation of Results“ (Analiza i tumačenje rezultata), koje možete preuzeti sa vebsajta kompanije Gen-Probe:

www.gen-probe.com/global/products-services 1. Trizomija se određuje na osnovu jedne od sledeće dve situacije: a) Dva šiljka čija je visina različita zbog toga što jedan od šiljaka predstavlja dva alela koja ima jedan ili oba roditelja. U tom slučaju odnos između dva šiljka biće klasifikovan kao 2:1 ili 1:2. Pri tome će A1/A2 dati rezultat u rasponu od 1,8 do 2,4 kada šiljak koji predstavlja kraći alel ima veću površinu od šiljka koji predstavlja duži alel, odnosno rezultat u rasponu od 0,45 do 0,65 kada šiljak koji predstavlja kraći alel ima manju površinu od šiljka koji predstavlja duži alel. b) Prisutna su tri šiljka slične visine. Odnos šiljaka biće klasifikovan kao 1:1:1, a njihove vrednosti biće unutar normalnog opsega od 0,8 – 1,4 (mada je za alele koji se razlikuju za više od 24 bp prihvatljiv i odnos alela do 1,5). Napomena: Markeri će biti osenčeni sivom bojom u tabeli izveštaja ako: • je odnos šiljaka za određeni marker izvan predodređenih granica (0,8 i 1,4); • su detektovana tri alela. 2. Da bi se rezultat protumačio kao abnormalan (tj. prisutna trizomija), potrebna su najmanje dva informativna markera koja ukazuju na troalelni genotip, pri čemu svi drugi markeri moraju da budu neinformativni. Ne preporučuje se da se rezultat protumači kao abnormalan na osnovu informacija samo jednog markera. 3. Da bi se rezultat protumačio kao normalan, potrebna su najmanje dva informativna markera koja ukazuju na dvoalelni genotip, pri čemu svi drugi markeri moraju da budu neinformativni. Normalan rezultat ukazuje na normalan komplement od dve kopije za analizirane hromozome.

4. Odnosi površina šiljaka koji su između normalnog i abnormalnog raspona klasifikuju se kao neodređeni. Neodređeni rezultati mogu se razrešiti upotrebom kompleta sa jednim hromozomom.

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 29 od 30

ELUCIGENE i QST*R su zaštitni znaci kompanije Gen-Probe Life Sciences Ltd.

GENEMAPPER je zaštitni znak kompanije Life Technologies Corporation. GENEMARKER je zaštitni znak kompanije SoftGenetics Corporation.

Napomena za kupca: ograničena dozvola Polinukleotidi obeleženi bojama VIC, NED i PET, odnosno njihova upotreba, su možda zaštićeni jednim ili više patenata koje poseduje kompanija Applied Biosystems, LLC. Prodajna cena ovog proizvoda obuhvata ograničena, neprenosiva prava zaštićena određenim patentima u vlasništvu kompanije Applied Biosystems, LLC u kojima se navodi da se data količina proizvoda sme koristiti isključivo za aktivnosti kupca u sklopu otkrivanja mete ili meta u dijagnostici ljudskih uzoraka. Ne navode se nikakva druga prava. Više informacija o kupovini dozvola za pomenute boje može se dobiti kontaktiranjem upravnika za dozvole na adresu Applied Biosystems, 850 Lincoln Centre Drive, Foster City, California 94404, SAD.

Autorska prava 2013 Gen-Probe Life Sciences Ltd.

AN000GSSR Rev.10/2013 Strana 30 od 30