Plant Disease Resistance Protein Database

學生 : 951429 許嘉麟 指導教授 : 趙雅婷 951511 李思賢 951518 李岳勳 951524 呂文瑋

報告綱要動機與目的

資料來源

研究方法

結果

動機與目的研究植物 R基因序列可以為病蟲害問題提供突破點

收集已經過實驗驗證的植物抗病基因，建立一個資料庫平台

資料來源將趙雅婷教授提供的植物抗病序列

加以分割和整理，這些資料已確認為實驗驗證之抗病序列。

我們經由 NCBI 內建的 database至 Entrez Tools 的 Batch Entrez下載 GenBank file 並擷取出相關資訊。

研究方法

I. PFAM II.TMHMM & Coiled-coil III. 資料庫

1.PFAM:

利用 Pfam 的 batch sequence search 做序列比對將 pfam domain 擷取出來，得知具有親緣關係的蛋白質序列。

2.TMHMM ＆ Coiled-coil

TMHMM ：用來分析序列是否有穿膜蛋白的工具。

Coiled-coil ：用來預測是否為捲曲螺旋的工具，利用胺基酸的鄰近序列和已知包含捲曲螺旋的序列做比較判斷是否為捲曲螺旋。

3. 資料庫（ PHP ＆ SQL ）資料庫：將整理好的資料上傳到資料庫

HOME：網站首頁，有抗病基因的介紹

結果

Biological SourceDefinition:介紹物種的定義。

TM＆ CC：物種是否有穿膜以及是否為捲曲螺旋。

Pfam Domain：物種序列的 Pfam Domain以及標示 Pfam區段的範圍

經過分類的物種

阿拉伯芥的抗病基因序列列表

阿拉伯芥抗病基因序列相關資訊

BLAST可以讓研究者從資料庫中找出所要查詢

的序列相關的資訊 。

阿拉伯芥的 blast

SEARCH使用者可以依照 Accession number 例：ACC49123），物種名稱（例： Arabidopsis thaliana ），物種定義（例： Eli3-1 ）來搜尋。