pcr- diagnostiikan mahdollisuudet - epshp€¦ · pcr diagnostiikka seks •2013 käyttöön pcr...
TRANSCRIPT
PCR- diagnostiikan
mahdollisuudet
infektiotautien diagnostiikassa
02.03.2016 Sisätautimeeting
Kerttu Saha, sairaalamikrobiologi
Seinäjoen keskussairaala, Kliininen mikrobiologia
PCR diagnostiikka Seks
• 2013 käyttöön PCR -menetelmä
(GeneXpert)
– C.difficile toksiinigeeni ulosteesta
– InfA/B nenänielueritteestä tai imulimasta; uusin testi
löytää myös RS-viruksen
– St.aureus ja MRSA nopea tunnistus veriviljelystä
– MTB- kompleksin varmistus ja rifampisiini-
resistenssigeeni ysköksestä
– B-ryhmän streptokokin nopea tunnistus ennenaikaisten
tai riskisynnytysten yhteydessä
– Norovirus ulosteesta
– Chlamydia trachomatis – ja gc virtsasta ja genitaaleista
– Suunnitelmissa aloittaa HPV-osoitus v. 2016
• 2016 uusi multiplex-PCR (FilmArray)
– Veriviljelypaneeli (BCID)
– Meningittipaneeli (ME)
– Respiratorinen paneeli (RP)
– Gastropaneeli (GI)
Veriviljelynäytteenoton muutos
• Uusimpien tutkimusten mukaan ihokontaminaatiot
vähenevät, kun näyte otetaan yhdellä pistolla (2
aerobia ja 2 anaerobia pulloa)
• Tärkein tekijä bakteremian/sepsiksen dg:ssa on veren
määrä -> aina tulee ottaa 2 x 2 pulloa (8-10 ml/plo)
• Erityistilanteissa kuten endokardiitissa tulee
kuitenkin ottaa 3 x 2 veriviljelypulloa tietyin väliajoin
• Sentraalista katetri-infektiota epäiltäessä näyte sekä
perifeerisestä suonesta että kanyylista
• Hiivaepäilyt hyvä mainita lähetteessä
• Veriviljelypullot muuttuvat muovisiksi ja
anaerobipullon koostumus muuttuu -> kasvattaa
hiukan nopeammin mikrobeja
FilmArray-PCR bakteremiassa
• Värjäyspositiiviset veri-viljelyt:
PCR pullosta
• Tulos 65 min:ssa
• Käyttö: fulminantit sepsikset,
tehohoitopotilaat
• Voi soveltua veriviljelyiden
lisäksi muiden steriilien
nesteiden (esim. pleura)
testaukseen
• Vaikutus antimikrobi-
lääkitykseen ja hoitoon
2.3.2016 K.Saha 4
Clinical Evaluation of the FilmArray Blood Culture Identification Panel in Identification of Bacteria and Yeasts from Positive
Blood Culture Bottles, Osman Altun, Mohammed Almuhayawi, Måns Ullberg, Volkan O¨zenci, Journal of Clinical Microbiology Dec 2013 Vol 51 Number 12
Veriviljelypaneelin testaustulokset/ Seks
• Positiivisista rutiini-
veriviljelyistä tehtyä Film-
Array-PCR-tulosta verrattiin
viljelylöydökseen
• Löytää tärkeimmät
veriviljelystä löytyvät
kannat ainakin sukutasolla,
mutta ei löydä kaikkia veri-
viljelystä eristettäviä
kantoja esim. anaerobeja
• MUTTA: Veriviljelypullojen
elatusaineen DNA-jäämät
antoivat joitakin vääriä
positiivisia tuloksia (oikean
löydöksen lisäksi)
FilmArray- PCR-tulos Referenssitulos
Streptococcus: 9 Str.equisimilis (C tai G-ryhmä): 3
Str.viridans 3, Str.anginosus-ryhmä 2
Str.gallolyticus: 1
Streptococcus pneumoniae: 3 Streptococcus pneumoniae 3
Streptococcus pyogenes: 2 Streptococcus pyogenes 2
Escherichia coli: 6 Escherichia coli: 6
Enterococcus: 3 Enteroc. faecalis: 2, Enteroc. faecium 1
Pseudomonas aeruginosa: 2 Pseudomonas aerguniosa: 2
Candida glabrata: 2
Candida albicans 1
Candida glabrata: 2
Candida albicans 1
Klebsiella pneumoniae: 1
Klebsiella oxytoca 1
Klebsiella pneumoniae: 1
Klebsiella oxytoca 1
Enterobacter cloacae complex: 1 Enterobacter clocae complex: 1
Proteus: 2 Proteus mirabilis: 2
Staphylococcus aureus: 1
Staphylococcus 2
Staphylococcus aureus: 1
S. epidermidis 1, S. hominis 1
Haemophilus influenzae 2 Haemophilus influenzae 1,
Haemophilus parainfluenzae 1
Negatiivinen 10
(eristetyt mikrobit eivät ole
FilmArrayn paneelissa)
Acinetobacter lwoffii 1, Salmonella sp. 1,
Moraxella catarrhalis 1, anaerobit: 7
(Bacteroides fragilis-ryhmä 2,
Fusobacterium sp.1, Eggerthella lenta 1,
Actinomyces radingae 1, Actinom.
meyerii+Peptrostr. 1, Clostridium
clostrioforme 1)
Taulukko 1. Veriviljelypositiiviset, Seks, PCR vs viljely (n = 48)
FilmArray- PCR meningiitti/enkefaliitti-dg:ssa
• Meningiitin/enkefaliitin aiheuttajina bakteerit ja virukset, sienet
• Viruksista yleisimmät herpes simplex-virus ja enterovirus ja
bakteereista pneumokokki ja meningokokki
• Kattava paneeli tärkeimpiä meningiitin/enkefaliitin aiheuttajia
• ≤ 200 µL likvoria; tulos valmiina runsaassa tunnissa
• Testattujen näytteiden määrä vielä vähäinen (vasta 12 näytettä)
FilmArray-PCR respiratorisissa infektioissa
• Respi-mikrobien seulonta 65 min
• Käyttö: vakavissa infektioissa ja jos
InfABNhO tai RVirAg neg tai jos vahva
epäily muusta respirat.infektiosta
• Influenssa A/B- ja RS-infektioepäilyissä
kannattaa pyytää –InABNhO
Löydös
FilmArray-PCR/
referenssimenetelmä
RSV 13/12
Influenssa A virus 8/8
Rinovirus 6/7
Adenovirus 3/3
Parainfluenssavirus 3/3
Influessa B virus 2/2
Koronavirus 2/2
Mycopl. pneum. 2/2
Negatiivinen 34/34
RVirNhO
Mukana
myös
bakteereita
Taulukko 2. Seks, resp.löydökset PCR vs referenssi (n= 70)
0
5
10
15
20
25
30
35
vko 45 vko 46 vko 48 vko 49 vko 50 vko 51 vko 52 vko 53 vko 1 vko 2 vko 3 vko 4 vko 5 vko 6 vko 7 vko 8
Influenssa A 2 4 10 2 9 8 27 16 35 35 19 25 20
RS-virus 1 1 1 2 6 8 7 4 9 20 15 24 14 7 17
Influenssa B 1 1 2 2
2
4
10
2
9 8
27
16
35 35
19
25
20
1 1 1 2
6
8 7
4
9
20
15
24
14
7
17
1 1 2 2
Infl
ue
nss
a A
/B-
ja R
S-lö
ydö
ste
n m
äärä
(lk
m)
Influenssa A/B- ja RS-löydökset 2015-16, EPSHP viikoittain (vain 1 löydös/pot)
Influenssaepidemia alkoi marraskuulla 2015 ja huippu todennäköisesti
helmikuussa 2016, myös RS-virusta runsaasti
FilmArray GI-diagnostiikassa
2.3.2016 K.Saha 10
• Suolistoinfektioita aiheuttaa laaja kirjo viruksia, bakteeria ja parasiitteja
• Monet GI-patogeenit epideemisiä
• Viljelyt vievät aikaa 3-4 vrk, mutta mahdollistavat herkkyyden
• PCR:llä voidaan löytää mikrobeja, jotka eivät kasva viljelyssä
• viljelyä tarvitaan kuitenkin esim. salmonellan diagnostiikassa ja kantojen
herkkyyden määrittämiseen
GI-patogeenien seulonta
65 min:ssa
Multicenter Evaluation of the BioFire FilmArray Gastrointestinal Panel for Etiologic Diagnosis of Infectious Gastroenteritis Sarah N. Buss,* Amy Leber,Kimberle Chapin,cPaul D. Fey,a Matthew J. Bankowski,Matthew K. Jones,Margarita Rogatcheva,Kristen J. Kanack,Kevin M.
Bourzac, Journal of Clinical Microbiology March 2015 Vol 53 Number 3
F-BaktVIP-tutkimus (PCR ja viljely)
• tutkimusta kannattaa pyytää
erityisesti, jos
– F-BaktVi1, F-NoroNhO, F-
CldiViT jääneet negatiiviseksi
– jos epäillään EHEC:iä tai
muita ripuli-E.coli-kantoja
kuten ETEC:iä (ns. turisti-
ripuli) tai tai muita
harvinaisempia aiheuttajia
• Ensisijaiset tutkimukset
– bakteeripuliepäilyissä F-BaktVi1 ja
– antibioottiripulissa F-CldiVT ja
– virusripuliepäilyissä F-NoroNhO ja
Rota-AdenAg
Multiplex- PCR-menetelmät
• Multiplex-PCR-testit sopivat nopeaan diagnostiikkaan, osa jopa
päivystyskäyttöön
• Monien mikrobien seulonta samanaikaisesti mahdollista
• Nopeuttavat kriittisten näytteiden tulosten saantia
• Vaikutus hoitoratkaisuihin ja eristyksiin
– veriviljelyt, meningiitti/enkefaliitti, respiratoriset infektiot,
suolisto-infektiot
• Multiplex-PCR-testien hinta noin 100 € (mening.paneeli 150 €)
• Nopea tulos vähentää hoitokustannuksia
• eivät korvaa perinteisiä menetelmiä kuten viljelyä, mutta
täydentävät ja nopeuttavat diagnostiikkaa
– Viljely tarvitaan löydöksen varmistamista ja
herkkyysmääritystä varten
Multiplex-PCR:n mahdollisia etuja ja haittoja
• Enemmän löydöksiä
• Optimoi hankalasti saatavien
näytteiden diagnostiikkaa (likvor,
nivelneste ym)
• Yksinkertaistaa pyyntökäytäntöjä
(vain 1 testipyyntö monille
erillisille tutkimuksille)
• Virtaviivaistaa hoitoprosesseja ja
laboratorion toimintaa
• Kustannussäästöt
hoitokustannuksissa ja
testauksessa
• Multiplex-PCR-menetelmien
kehitys monimutkaista
• Mahdolliset väärät positiiviset
tulokset tai ristireaktiot
• Väärät negatiiviset tulokset
• Herkkys hieman matalampi kuin
yksittäisissä PCR:issä
• PCR-testien tulosten tulkinta voi
olla joskus hankalaa
• laitteet ja testit suhteellisen
kalliita
• Kustannusten nousu, mikäli
pyydetään tarpeettoman laajaa
paneelia, vaikka yksi spesfifinen
tutkimus riittäisi
http://www.epshp.fi/1/yksikoiden_sivut/sairaanhoidolliset_palvelut/kliininen_mikrobiologia/mikrobiloydostilastot
Kysyttävää?
Puh. 415 4881
sairaalamikrobiologi
Kerttu Saha