pascasarjana

8/16/2019 pascasarjana

1/19

Jurnal Penelitian Buah dan Tanaman Hias

Vol. 14 (Suppl. 1), 2006

P!"#S" Bioin$ormati%a &" B'H

T B"B"T

&imitar Vassile*, sen eno*, tanas tanasso*,

+eore &imo* dan !u-omir +eto*

roBio"nstitute, So$ia, B'!+"

(&iterima Septem-er 1/, 200/ &iterima 0 %to-er 200/)

BST#

Tu3uan dari enomi% tanaman -uah adalah untu% memahami dasar eneti% dan

mole%uler

dari semua proses -iolois dalam tanaman an rele*an denan spesies. "ni

pemahaman an mendasar untu% memun%in%an e%sploitasi e$isien tanaman -uah

seperti

sum-er daa haati dalam penem-anan %ulti*ar -aru ditin%at%an %ualitas dan

menurani -iaa e%onomi dan lin%unan. Penetahuan ini 3ua pentin untu%

penem-anan alat dianosti% -aru. Si$at dianap menari% primer,

resistensi terhadap patoen dan stres a-ioti%, %ualitas -uah, dan hasil.

Se-uah proram enom se%aran dapat di-aan%an se-aai alat an sanat pentin

-ai tanaman -uah

pem-ia%an. enidenti$i%asi en %un5i dan memahami $unsi mere%a a%an

menhasil%an %uantum

lompatan dalam penin%atan %ualitas -uah. Selain itu, %emampuan untu% memeri%sa

e%spresi en

a%an memun%in%an %ita untu% memahami -aaimana tanaman -uah menanapi dan -erintera%si denan $isi%

lin%unan dan pra%te% mana3emen. "n$ormasi ini, -ersama denan tepat

te%noloi, dapat mem-eri%an tinda%an predi%si %esehatan tanaman dan %ualitas -uah

dan men3adi

-aian dari sistem mana3emen %eputusan peterna%an masa depan.

Proram enom saat ini menhasil%an se3umlah -esar data an a%an mem-utuh%an

penolahan, penimpanan dan distri-usi untu% %omunitas riset internasional. &ata

tida% hana men5a%up in$ormasi urutan, tetapi 3ua in$ormasi tentan mutasi, spidol,

peta

dan penemuan $unsional. Tu3uan utama untu% -ioin$ormati%a tanaman -uahtermasu%7

8 endoron penerahan semua data urutan %e dalam domain pu-li%, melalui

repositori9

8 em-eri%an pen3elasan rasional en, protein dan $enotipe, dan

8 enela-orasi hu-unan -ai% di dalam data pada -uah indi*idu dan antara

-uah8-uahan dan oranisme lain.


2/19

Kata kunci: tanaman -uah, -ioin$ormati%a, enomi%, :ST, ;T!, S

Singkatan: r& 8 & re%om-inan, m 8 messener, :ST 8

&isa3i%an 'rutan Ta, B!ST 8 &asar !o%al Penelarasan 'rutan Tool,


3/19

-ioin$ormati%a telah -er%em-an sanat 5epat dalam -e-erapa tahun

tera%hir. -ioin$ormati%a adalah

dipra%te%%an di seluruh dunia untu% mena%ses -er-aai data-ase dan untu% -ertu%ar

in$ormasi

untu% per-andinan, %on$irmasi, penimpanan dan analisis. Sampai saat ini, telah ada

-e-erapa data-ase pada protein dari manusia, he>an, tum-uhan, -a%teri, dan -entu% %ehidupan lain (+i-son dan use, 2002).

&alam -ioloi dan %edo%teran, data-ase ini mem-antu dalam menem-an%an

penemuan -aru

an -eruna -ai umat manusia. Bioin$ormati%a memun%in%an ilmu>an hidup

men5ipta%an -aru

o-at dan sistem peniriman o-at, an mem-uat untu% %ema3uan an le-ih -esar di

-idan

-iote%noloi. 'ntu% penem-anan masa depan -iote%noloi, -ioin$ormati%a a%an

harus menam-il %euntunan dari internet dan ?orld ?ide ?e- (???). asa

depan

Penelitian r& harus dipandu terutama oleh data-ase an tersedia untu% umum

atau

-entu%8-entu% %husus. Bioin$ormati%a dan -iote%noloi harus -erera% -erandenan

tanan untu%

mu%a. amun, -ioin$ormati%a se%aran dapat dianap se-aai bonafide

disiplin dalam te%noloi in$ormasi (Ba@e*anis dan ullette, 2001).

Bioin$ormati%a adalah -idan ilmu an -ioloi, ilmu %omputer,

dan te%noloi in$ormasi a-unan untu% mem-entu% disiplin tunal. The ultimate

Tu3uan dari -ioin$ormati%a adalah untu% memun%in%an >a>asan -iolois -aru danmen5ipta%an

perspe%ti$ lo-al pada prinsip8prinsip pemersatu dalam -ioloi. Pada a>alna

halaman 3

pli%asi -ioin$ormati%a dalam pemuliaan tanaman -uah

J. Buah ornam. Tanaman es. *ol. 14 (Suppl 1.), 20067 14/8162

14A

re*olusi enom, tuas -ioin$ormati%a adalah untu% men5ipta%an dan memelihara

data-ase untu% menimpan in$ormasi -iolois, seperti nu%leotida dan asam amino

urutan. Penem-anan data-ase terli-at tida% hana meran5an masalah tapi penem-anan antarmu%a an %omple%s dimana peneliti -erdua -isa a%ses

ada data dan menirim%an data -aru atau dire*isi (Ha5% dan #endall, 200/).Gambar 1. Pertum-uhan 3umlah data-ase an ter5antum dalam ole5ular Biolo

data-ase

#ole%si 62C

Tabel 1. #lasi$i%asi data-ase dalam edisi 2004 dari Bioloi ole%uler


4/19

&ata-ase anan dan %ualitas telah ter-u%ti sanat sulit untu%

menin%at%an, tentu dalam %om-inasi. e*olusi dalam ilmu %ehidupan an di-a>a

oleh enomi% se5ara dramatis menin%at%an s%ala dan lin%up e%sperimental %ami

penelidi%an dan apli%asi dalam pemuliaan tanaman -uah. S%ala dan resolusi tini%e%uatan enomi% memun%in%an pemahaman eneti% luas dan rin5i

%iner3a tanaman pada -er-aai tin%at areasi. %omple%s

proses -iolois an menentu%an %etahanan patoen dan %ualitas tanaman an

se%aran ter-u%a untu% analisis $unsional sistematis. &alam -ioin$ormati%a tanaman,

ini

analisis an di-uat denan -antuan so$t>are %husus untu% data dalam 3umlah -esar


5/19

dalam data-ase (udd, 20049 eer dan e>es, 2002).

Peran organisme model

Selama a-ad tera%hir, penelitian pada se3umlah %e5il oranisme telah memain%an

peran pentin dalam mema3u%an pemahaman %ita tentan -er-aai -iolois

proses. Hal ini %arena -ana% aspe% -ioloi serupa dalam se-aian -esar atau semua

oranisme. Hal ini serin le-ih mudah untu% mempela3ari aspe% tertentu dalam satuoranisme

dari pada oran lain. ranisme an intensi$ dipela3ari umumna

dise-ut oranisme model. asin8masin memili%i satu atau le-ih %ara%teristi% an

mem-uatna

5o5o% untu% studi la-oratorium. Fan palin populer oranisme model memili%i -esar

%euntunan untu% penelitian e%sperimental, seperti per%em-anan pesat denan

sin%at

si%lus hidup, u%uran %e5il de>asa, %etersediaan siap, dan tra5ta-ilit. ere%a men3adi

-ah%an le-ih -eruna %eti%a -ana% ilmu>an lainna -e%er3a pada mere%a. Se3umlah

-esar

in$ormasi %emudian dapat -erasal dari oranisme ini, menedia%an -erhara

&ata untu% analisis reulasi en, pena%it eneti%, dan e*olusi

proses pada manusia dan tanaman tanaman an sama (udd 200)

Arabidopsis thaliana adalah tanaman -er-una %e5il an dimili%i oleh

Brassica %eluara, an meliputi spesies seperti -ro%oli, %em-an %ol,

halaman 5



14G

%u-is, dan lo-a%. #arena Arabidopsis memili%i le-ih %e5il di-andin%an tanaman

lainna

dan mudah tum-uh di la-oratorium, telah men3adi oranisme pilihan untu%

Studi dasar tentan eneti%a mole%uler pada tanaman -er-una (+", 2000). ilmu>an

-erharap studi sistematis pada Arabidopsis a%an mem$asilitasi penelitian dasar di

eneti%a dan -ioloi mole%uler dan a%an men3elas%an -ana% pertanaan di pa-ri%

-ioloi, termasu% -e-erapa nilai an sini$i%an -ai pertanian, eneri,

lin%unan, dan %esehatan manusia.

Pada 1GD08an, ada se-uah %esadaran -ah>a in*estasi -esar8-esaran distudi tentan tanaman an -er-eda seperti 3aun, mina% lo-a%, dan %edelai an

menham-at upaa untu% memahami si$at dasar dalam semua tanaman. ilmu>an

mulai menadari -ah>a tu3uan dari $isioloi tanaman -enar8-enar memahami

dan penem-anan sanat am-isius an ter-ai% dapat di5apai denan memutar

untu% spesies tanaman model an -ana% ilmu>an %emudian dapat -ela3ar. 'ntun,

%arena semua tanaman -er-una ter%ait erat, urutan len%ap dari semua


6/19

en dalam spesies tanaman per>a%ilan tunal a%an mem-eri%an -ana%

penetahuan tentan semua tanaman an le-ih tini. &emi%ian pula, menemu%an

$unsi

protein an diprodu%si oleh spesies model a%an mem-eri%an -ana% in$ormasi

tentan

unsi protein dalam semua tanaman an le-ih tini.Membandingkan urutan genom

Penem-anan te%ni% untu% %uanti$i%asi s%ala -esar dan

identi$i%asi mole%ul -iolois, -ersama8sama denan %ema3uan a-unan di

te%noloi %omputer dan internet memili%i *olume -esar tersedia ila

&ata -iolois an para ilmu>an dapat mena%ses dari des%top mere%a. Pada saat

urutan enom manusia diter-it%an pada tahun 2001, tin%at se%uensin &

menin%at 2.000 %ali lipat se3a% a>al te%noloi pada tahun 1GD6

(Hesslop8Harrison, 2000.). Penin%atan ini di5apai denan otomatisasi,

miniaturisasi, dan interasi te%noloi. enerap%an pende%atan ini untu%

mole%ul -ioloi lainna termasu% m, protein, dan meta-olit memili%i

-esar8-esaran memper5epat a%umulasi data -iolois. &ata ini telah

di-uat mudah dia%ses, se-aian %arena pu-li%asi seperti ole%uler

Bioloi #ole%si &ata-ase, se-uah da$tar tahunan data-ase ter-ai% pu-li%

tersedia untu% masara%at -iolois. nalisis %ole%si menun%ap%an

pertum-uhan an sta-il dalam %ualitas dan u%uran data-ase (+-r. 1). 2004

:disi menandun /4D data-ase di%lasi$i%asi%an %e dalam se-elas %ateori (Ta-. 1).

Se-uah tu3uan utama dari se-aian -esar proe% enom adalah untu% menentu%an

urutan &

-ai% dari enom atau 3umlah an le-ih -esar dari trans%rip. "ni %edua menarahidenti$i%asi semua atau se-aian -esar en dan %ara%terisasi -er-aai

$itur stru%tural enom. Sanat serin -ioin$ormati%a umum

Stratei untu% urutan %eselarasan adalah per-andinan dari 5& :ST dan enomi%

urutan dan pen3elasan. #e-enaran apapun seluruh urutan enom harus

dinilai pada tia tin%atan7 %elen%apan, a%urasi urutan dasar, dan

*aliditas pera%itan.

halaman 6

&. Vassile* et al.

J. Buah ornam. Tanaman es. *ol. 14 (Suppl 1.), 20067 14/81621/0

Selain seluruh seIuen5in enom, urutan tanaman &ata telah

tera%umulasi dari tia sum-er utama7 sampel urutan -a%teri

%romosom -uatan (B


7/19

'rutan %eselarasan adalah susunan dua atau asam amino le-ih atau

urutan nu%leotida dari satu atau le-ih oranisme sehina urutan

-er-ai si$at umum selaras. Tin%at %eter%aitan atau

homoloi antara urutan dipredi%si %omputasi atau statisti%

-erdasar%an -o-ot dituas%an untu% elemen selaras antara urutan.

Hal ini pada iliranna dapat -er$unsi se-aai indi%ator dari %e%era-atan enetisantara

oranisme (Ba@e*anis dan ullette, 2001).

'rut Similarit en5ari loritma. Smith8?aterman adalah

aloritma untu% penelarasan urut lo%al, menuna%an dua urutan se-aai masu%an

(Smith

dan ?aterman, 1GD1). Per-edaan antara


8/19


9/19

1/2

'rutan :ST 3ua merupa%an sum-er pentin untu% menidenti$i%asi tunal

polimor$isme nu%leotida, lo%alisasi dan menisolasi urutan en, dan untu%

memprodu%si mi5roarra 5& untu% pro$il e%spresi analisis. :st

'paa seIuen5in a%an sanat menin%at denan -er-ai in$ormasi an dimili%i

oleh la-oratorium an -er-eda dan stratei meran5an untu% menhindari dupli%asidan

memperluas 5a%upan dari semua en die%spresi%an (Sem-uni%an et al., 1GGG).

&isa3i%an urutan ta (:ST) dapat diuna%an untu% menemu%an en -aru, memeta%an

enom, dan menidenti$i%asi daerah 5odin di urutan enom. &ata-ase :ST

terdiri dari :ST diam-il dari -e-erapa 5&, dan ada -isa -erpotensi

-ana% :ST diam-il dari masin8masin 5&. &alam data-ase seperti ini, :ST

harus

dipartisi men3adi 5luster sehina :ST dari masin8masin en an disatu%an di

5luster an -er-eda. Se-uah %ompli%asi le-ih lan3ut tim-ul %arena & adalah

dou-le stranded

mole%ul dan en -isa men3adi -aian dari salah satu untai (udd, 200).

&-:ST adalah se-uah di*isi dari +enBan% an -erisi urutan data dan lainna

"n$ormasi tentan sinle8pass urutan 5&, atau &isa3i%an 'rutan Ta,

dari se3umlah oranisme. !em-aa +enomi5 esear5h (T"+) mende$inisi%an

T< se-aai Tentati$ a%ili

halaman 9



1/

satu trans%rip, produ% 3adi alternati$ disam-un di%elompo%%an se5ara terpisah.Selain itu, proses menhasil%an urutan %onsensus tunal per pera%itan.

Se-uah "nde%s +ene dipertahan%an selama empat -elas oranisme, termasu% manusia,

mouse,

ti%us, %rosophila, i%an Ee-ra, Arabidopsis, dan -e-erapa tanaman tanaman, termasu%

anur. "nde%s en di5ipta%an dari +enBan% tersedia untu% umum dan d-:ST

urutan oleh :ST penelompo%an denan urutan & pen%odean 5odin


10/19

urutan di3elas%an pada & dan urutan m.

'rutan :T die%stra% dari di*isi sesuai +enBan% dan

-erpartisipasi dalam proses 5lusterin dan pera%itan -ersama denan di-ersih%an

:ST. :ST dan :T di-andin%an dan -er%erumun -ersama8sama 3i%a mere%a

memenuhi

-eri%ut %riteria7 minimal empat puluh -asis pasanan pertandinan9 identitas dalam>ilaah tumpan tindih le-ih -esar dari G4K9 dan o*erhan an ta% tertandini

ma%simum

tia puluh pasan -asa.


11/19

menam-ah%an data %uran dapat diandal%an untu% hasil tahap se-elumna. ini

dipentas%an

penelompo%an mem-eri %ontrol an le-ih -esar daripada peno-atan an le-ih

ealiter semua lin%

antara urutan.

da -er-aai 3enis penanda eneti% %ontemporer dan semua telahdie%sploitasi menuna%an atri-ut data :ST. Sederhana urutan menulani telah

diidenti$i%asi dari data enom dan memili%i apli%asi dalam enotip. Tunal

nu5leotide polmorphism (SP) penanda ini dipilih dari -er-aai

#ole%si :ST atas dasar s%or %ualitas an tersedia dan, -aru8-aru ini,

SP telah dipredi%si dan di*alidasi dari -er-aai -uah8-uahan denan s%rinin untu%

pola dilestari%an polimor$isme dalam :ST urutan 5luster.

+enome &ata-ase untu% Rosaceae (+&) adalah a%urat dan terinterasi >e-8

-erdasar%an data-ase relasional. +& -erisi data an %omprehensi$ tentan

peta $isi% eneti% -erla-uh persi%, se-uah pea5h di3elas%an :ST

&ata-ase, peta dan spidol Rosaceae, dan semua Rosaceae tersedia untu% umum

urutan. Pen3elasan dari :ST termasu% pera%itan 5onti, $unsi didua,

urutan sederhana menulani, dan posisi -erla-uh %e Persi% peta $isi% 3i%a

-erla%u (Soo% Jun et al., 2004).

+& telah dila%u%an untu% memenuhi %e%uranan utama dalam Rosaceae

enomi% dan eneti%a penelitian, aitu data-ase >e- terpusat dan

alat -ioin$ormati%a untu% penimpanan data, analisis dan pertu%aran. +& -isa

dia%ses di http7>>>.enome.5lemson.edudr.

halaman 12

&. Vassile* et al.


1/6

"nformasi molekuler dan pemuliaan tanaman bua% ' sebua% bioinformatika

pendekatan

Pemuliaan tanaman molekul

Se-aai resolusi peta eneti% pada tanaman utama menin%at, dan se-aai

dasar mole%uler untu% si$at tertentu atau respon $isiolois men3adi le-ih -ai%

di3elas%an, ma%a a%an sema%in mun%in untu% menasosiasi%an %andidat en,

ditemu%an pada spesies model, denan sesuai lo%us dalam tanaman.&ata-ase relasional an tepat a%an memun%in%an untu% -e-as menasosiasi%an

di enom sehu-unan denan urutan en, $unsi putati$, dan eneti%

posisi peta. Setelah alat terse-ut telah dila%sana%an, per-edaan

antara pemuliaan dan genetika molekuler a%an memudar. peterna% a%an

se5ara rutin menuna%an model %omputer untu% merumus%an hipotesis predi%ti$

untu% mem-uat


12/19

$enotipe an menari% dari %om-inasi alel an %omple%s, dan %emudian mem-anun

mere%a %om-inasi denan men5eta% populasi -esar untu% 3umlah an sanat -esar

penanda eneti% (?alsh, 20019 &e%%ers dan umah Sa%it, 2002).

Penetahuan peterna%an an luas an di%umpul%an selama -e-erapa de%ade

tera%hir a%an

men3adi lansun ter%ait denan -ioloi tanaman dasar, dan menin%at%an%emampuan untu%

men3elas%an $unsi en dalam model oranisme (umah Sa%it et al., 2002). 'ntu%

isalna, 5iri $enotipe terlihat 3elas an %uran dipahami di

tin%at -io%imia dapat di%ait%an denan pemetaan resolusi tini denan

en %andidat. +en ortholoous dalam spesies model, seperti Arabidopsis

atau -eras, mun%in -elum di%ait%an denan si$at %uantitati$ seperti an terlihat pada

tanaman, namun mun%in telah terli-at dalam 3alur tertentu atau isarat

5hain oleh per5o-aan eneti% atau -io%imia. "ni 3enis 5ross8enom

re$erensi a%an menarah pada %on*erensi dari peterna%an e%onomi an rele*an

in$ormasi denan in$ormasi eneti% mole%uler dasar. Fan diharap%an dramatis

per-ai%an dalam $enotipe %epentinan %omersial termasu% %edua

penin%atan $a%tor8$a%tor an se5ara tradisional mem-atasi %iner3a aronomi (input

5iri85iri) dan peru-ahan 3umlah dan 3enis -ahan an tanaman

menhasil%an (output si$at). a%tu per%em-anan dan penuaan)9

/. meta-olit partisi (menalih%an aliran %ar-on antara an ada

3alur, atau shuntin %e 3alur -aru).

Perbaikan tanaman rasional

"mpli%asi dari enomi% untu% panan, pa%an dan serat produ%si dapat

mem-aan%an pada -er-aai tin%atan. Pada tin%at an palin mendasar,

%ema3uan

halaman 13

pli%asi -ioin$ormati%a dalam pemuliaan tanaman -uahJ. Buah ornam. Tanaman es. *ol. 14 (Suppl 1.), 20067 14/8162

1/A

enomi% a%an sanat memper5epat perolehan penetahuan dan -ah>a, dalam

menu-ah, se5ara lansun a%an mempenaruhi -ana% aspe% per-ai%an

tanaman. Penetahuan tentan


13/19

$unsi semua en tanaman, dalam hu-unanna denan penem-anan le-ih lan3ut

dari

alat untu% memodi$i%asi dan meninteroasi enom, a%an mene-a-%an

pem-anunan

dari paradima re%aasa eneti%a asli di mana peru-ahan rasional dapat

diran5an dan model dari prinsip pertama.Eksperimen bangunan genotipe

#eane%araaman haati ditentu%an oleh analisis -uah tanaman enom. &alam

-e-erapa tera%hir

tahun, penin%atan 3umlah in$ormasi di polimor$isme & dan

seIuen5in telah tera%umulasi untu% *arietas tanaman an -er-eda dan %ulti*ar.

Se-aian -esar in$ormasi ini diuna%an untu% pena%uan %ulti*ar an -er-eda

dan untu% mem-andin%an persamaan dan per-edaan antara mere%a (ei$ et al.,

200/). Jara% ini diu%ur denan polimor$isme pada -aian dari

%romosom an $unsina tida% di%etahui. Jenis polimor$isme

-ana% diuna%an dalam studi enom seluruh spesies. &ata untu%

polimor$isme dianalisis untu% %emun%inan adana hu-unan denan si$at %uantitati$

%epentinan $enotipe indi*idu. Setelah lin% terse-ut terdete%si, hal itu dise-ut

penanda tida% lansun (#earse, 1GGD).

Penanda tida% lansun ter%ait erat dan %adan8%adan tumpan tindih denan lo%us

an menentu%an si$at %uantitati$ (;T!). ;T! dide$inisi%an se-aai en atau

daerah %romosom an mempenaruhi suatu si$at. ;T! sendiri sulit

menenali. &alam %edua %asus, tanda terse-ut, dapat diuna%an untu% sele%si le-ih

lan3ut.

Proses sele%si ini dise-ut S (orante dan Salamini, 200).;T! dan pemetaan. asalah utama adalah untu% menentu%an an populasina

5o5o% untu% ;T!8analisis 8 tida% terstru%tur dan $2 sali- dan di pa-ri% 8 -esar

populasi s%ala untu% menarin mun%in ;T!.

Se-aai pilihan didasar%an se-aian -esar pada penanda, %epadatan pemetaan an

le-ih tini

pentin. "nter*al antara penanda dan ;T! dari se%itar / 5entimorans

(5) tampa%na 5u%up untu% sele%si an e$e%ti$. Studi simulasi

amun penelitian menun3u%%an -ah>a a%urasi pilihan turun %e D1K dan A4K denan

2 5 dan 4 5 3ara% di-andin%an denan 15m (Sen dan al penem-anan9

2. herita-ilitas rendah si$at terse-ut9

. untu% he>an 8 se%s ter-atas atau diu%ur setelah mem-antai 8 dain

%ualitas9 untu% tanaman 8 %ualitas maltin, dll

Baaimana in$ormasi ;T! -isa -erunaM

4. diasumsi%an -ah>a -e-erapa tapi tida% semua lo%us diidenti$i%asi, sehina sele%si


14/19

harus didasar%an pada %om-inasi $enotipi% dan mole%uler

in$ormasi9

halaman 14

&. Vassile* et al.

J. Buah ornam. Tanaman es. *ol. 14 (Suppl 1.), 20067 14/81621/D

/. dalam proses sele%si lin% penanda dan si$at8si$at -isa

menurun sehina lin% ini harus diamati di seluruh enera an

tions9

6. dalam proses sele%si, ;T! mem-u%ti%an %e-eradaan simultan

en an diinin%an dalam aris9

A. dalam proram persilanan, ;T! -isa mempredi%si produ%ti*itas

sali- -elum teru3i, termasu% e$e% non8aditi$ mere%a pada

"n$ormasi dari aris indu% dan se3umlah sali-9

D. masa depan 5alon7 denan a%umulasi data mole%uler, enotipe proram pem-anunan a%an di%em-an%an an a%an menatur homoEiot

spidol diinin%an9

G. dalam proram introresi untu% mena-un%an si$at an diinin%an dari

dua -aris dalam satu9

10. a%hirna, dunia nata pertanian adalah pada tahap ter%umpul

lation data mole%uler.

Pende%atan analitis. Salah satu alat statisti% untu% mela%u%an ;T! an

analisis adalah meta8analisis, an mensintesis in$ormasi ;T! padat dan

memurni%an posisi ;T!. Se-uah proram %elas ini adalah Bioer5ator Peran5is.

!in%unan denan %esempatan penelitian an %omple%s 3ua Plaet, an

Jarinan -asis data enom tanaman :ropa, an tersedia di

(http7>>>.eu8plant8enome.net).

Penem-anan le-ih lan3ut. Penem-anan le-ih lan3ut dan dis%usi rin5i tentan

;T! men5a%up aspe% statisti% S, meniap%an am-an

sini$i%ansi penanda e$e%, terlalu tini atau -ias dalam estimasi ;T!

e$e%, dan optimalisasi proram sele%si selama -e-erapa enerasi denan

peman$aatan simultan S dan data $enotipi%. Se-uah $itur %husus adalah

dete%si an harus dila%u%an pada -aian tanaman tertentu seperti daun, a%ar dan

-uah8-uahan, seperti an ter-u%ti untu% anur (orante dan Salamini, 200).:$isiensi ;T!

1. Si$at -una

Hasil e%sperimen tida% selalu men%on$irmasi e$isiensi S le-ih

-anunan enotipe. lasan utama adalah presisi 5u%up dari a>al

penilaian dari ;T!, lo%asi, dan e$e%na. Be-erapa ;T! 3ua -isa men3adi

hilan dalam proses +B. 'ntu% 5iri85iri produ%ti*itas %omple%s, epistati% an hilan


15/19

a%an mene-a-%an peru-ahan -esarna e$e% ;T! pada indu%na dan

%eturunan enerasi. Hal ini demi%ian dian3ur%an sele%si an didasar%an pada alel

%om-inasi le-ih pada ;T! terpisah. Hal ini se3alan denan -er-aai +@:

intera%si dan denan pilihan dalam lin%unan an menari% untu% pena%it

atau %etahanan %e%erinan.

%i-atna, e$isiensi S a%an terantun pada %omple%sitasspesies si$at arsite%tur eneti%, pada penem-anan si$at terse-ut dalam

lin%unan, dan pada intera%si antara mere%a, %arena si$at %omple%s, ;T!

halaman 15



1/G

harus die*aluasi dalam lin%unan an -er-eda. :*aluasi $enotipi% le-ih

enerasi -erturut8turut 3ua diperlu%an. #etahanan %e%erinan tampa%na

le-ih si$at %omple%s dari %etahanan terhadap pena%it.2. :%onomi

&ari sudut pandan e%onomis, penunaan penanda a%an mahal

dalam hal penumpulan &, enotip, analisis, dete%si ;T!, dll

Hara tini ini di-aar untu% -anunan enotipe (tida% ada 5ara lain

mela%u%an hal itu) dan untu% si$at8si$at an mahal untu% mene*aluasi, seperti

pena%it

resistensi dan si$at8si$at denan herita-ilitas rendah.

Spesies dan si$at8si$at an menari% untu% S

Barle7 %etahanan terhadap pena%it, %ualitas maltin9

Jaun7 toleransi %e%erinan, peno-atan dini, ield9

Beras7 %etahanan terhadap pena%it9

Tomat7 resistensi hama, %ualitas oranolepti%9

pel (%ulti*ar L+ala@L)7 %lon tahan terhadap pena%it 3amur9 ?1009

?101

Pea5hes7 Hasil an tersedia dalam data-ase +enome untu% Rosaceae (+&),

di http7>>>.enome.5lemson.edudr

produksi bua% berkelan,utan dan ilmu tentang bua%'bua%an: pendekatan

berbasis -kno$ledge

produ%si an -er%elan3utan ter%ait denan memperoleh produ%ti*itas optimal dihal hasil dan %ualitas -uah. &ua poin an menari%7

1. penetahuan tentan $a%tor8$a%tor an mempenaruhi produ%ti*itas9

2. penelolaan $a%tor8$a%tor untu% memperoleh produ%ti*itas an diperlu%an.

Penetahuan ini se-aian -esar didasar%an pada a%umulasi data dari

penamatan empiris dan e%sperimen lapanan, peren5anaan an tepat, dan analisis.


16/19

Tu3uanna adalah untu% menu3i %arena -ana% $a%tor an dapat mempenaruhi

pentin

si$at. nalisis a%an menun%ap%an -esarna $a%tor dan -er-eda mere%a

mun%in intera%si. a%tor8$a%tor ini dapat di%elola denan rote%noloi di

seala %omple%sitasna, atau diatur %arena mere%a a5a% lin%unan

$a%tor, seperti 5ua5a. Se-aian -esar *ariasi dalam produ%ti*itas dise-a-%an oleh duaini

3enis $a%tor.

produ%ti*itas tertentu se-aian -esar terantun pada %ara%teristi% -udidaa.

&alam hal ini, produ%si -er%elan3utan ter%ait denan $it ter-ai% dari

elemen di%elola rote%noloi denan persaratan tertentu dari

%ulti*ar dan pen5iptaan %ulti*ar an se5ara eneti% le-ih sensiti$ terhadap

%ondisi 5ua5a.

Studi pada produ%si -er%elan3utan spesies %e-un meliputi luas

per5o-aan s%ala, -ai% an sedan -erlansun dan sudah selesai. ere%a mun%in

didasar%an pada

te%ni% seperti in *itro -udaa, pera%aran, dan o%ulasi. pem-anunan dan

produ%ti*itas pohon indi*idu harus diamati selama hidupna.

halaman 16

&. Vassile* et al.


160

"n$ormasi an di%umpul%an mun%in men5a%up semua mun%in diamati

5iri85iri, seperti penem-anan pohon, mor$oloi daun, mor$oloi 5a-an,

pertum-uhan, pem-unaan, %ualitas -uah, rasa, daa simpan, transporta-ilit dan

resistensi terhadap pena%it dan %ondisi lin%unan an e%strim. 'ntu% melen%api

studi tentan polimor$isme & dan seIuen5in, analisis ;T! lan3ut an

a%an dila%u%an pada *arietas an -er-eda dan %ulti*ar. an diamati

&ata penu%uran harus dianalisis untu% setiap pohon se5ara terpisah. !e-ih lan3ut

analisis a%an dila%u%an denan menuna%an s%ema an -er-eda untu%

menun%ap%an %emun%inan

penaruh pentin. S%ema ini a%an terantun pada si$at dari -una

%arena -e-erapa dari mere%a tida% dapat diu%ur se5ara indi*idual.

#omple%s hasil an diperoleh untu% penaruh an -er-edaa%tor pada si$at tertentu, pada %esamaan penaruh di seluruh 5iri85iri, pada

hu-unan antara 5iri85iri dan %e%hususan %ulti*ar penaruh ini adalah

-asis penetahuan an mana3emen an tepat dari produ%si pomoloi5al

sistem didasar%an. Hasil analisis dari in$ormasi ini a%an mem-eri%an

%emun%inan untu% %uali$i%asi dan menu%ur elemen -esarna

$a%tor an terpisah. "n$ormasi an diperoleh untu% %ulti*ar -una -isa


17/19

ditrans$er dalam sistem -er-asis penetahuan untu% peren5anaan masa depan an

diinin%an

produ%ti$itas.

%hirna, an mem-utuh%an hasil iniM &i satu sisi, para petani an

tertari% dalam memilih %ulti*ar ter-ai% untu% %ondisi pertanian %husus mere%a7

tanah, i%lim, %ondisi pasar, %eterampilan produ%si, dll &i sisi lain,Temu%an masa depan harus didasar%an pada in$ormasi an menari%7 5iri85iri, $a%tor,

dan

penaruh. %hirna, penalaman dalam penu3ian -isa mem-antu dalam meran5an

Nproper

sistem untu% mem-andin%an spesies pomoloi5al dan %ulti*ar di masa depan.

'sulan %ola-orasi pada sistem penetahuan -er-asis di ilmu tentan -uah8-uahan 8

spesialis pada %ulti*ar, ahli -ioloi mole%uler dan -ioin$ormati5ians harus

-er%ola-orasi untu% mem-anun se-uah sistem -er-asis penetahuan untu%

mendu%un %eputusan dalam

Penelitian pomoloi5al.

:::S"

+" 2000. nalisis urutan enom dari tanaman -er-una Arabidopsis thaliana .

! 40D7 AG68D1/.

Ba@e*anis ., uellette . 2001. Bioin$ormati%a7 Se-uah Panduan pra%tis untu%

nalisis

+en dan Protein. John ?ille O Sons, "n5. F., 'S. /1Dp.

&a*enport +., :llis ., m-rose ., &i5%s J. 2004. enuna%an -ioin$ormati%a

untu% menanalisis

%ole%si plasma nut$ah. :'PHFT"


18/19

Hesslop8Harrison JS 2000. oranisasi enom Per-andinan pada tanaman7 dari urutan

dan spidol untu% %romatin dan %romosom. T


19/19

halaman 18

&. Vassile* et al.


pascasarjana

Documents