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Página WebPágina Webhttp://www.ncbi.nlm,nih.gov/COG
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COG: Cluster of Orthologous Groups of COG: Cluster of Orthologous Groups of proteinsproteins
Ir a la página de Pubmed Ir a la página de Pubmed Genome Genome COGs COGs o a la dirección:o a la dirección:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/..
Versión inicial: (Versión inicial: (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/old/):):
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Página WebPágina Webhttp://www.ncbi.nlm,nih.gov/COG
Tipos de informaciónTipos de información• Lista de todos los COGs organizados por Lista de todos los COGs organizados por
categorías funcionalescategorías funcionales• Páginas individuales de COGPáginas individuales de COG• Página de COGnitorPágina de COGnitor• Herramienta de búsqueda del patrón Herramienta de búsqueda del patrón
filogenéticofilogenético• Matriz de ocurrencia de genomas en COGs Matriz de ocurrencia de genomas en COGs
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Lista de todos los COGs Lista de todos los COGs organizados por categorías organizados por categorías
funcionalesfuncionales
La lista de COGs muestra todos los COGs que están La lista de COGs muestra todos los COGs que están actualmente en la base de datosactualmente en la base de datos
número de proteínas en cada COGnúmero de proteínas en cada COG
Patrón filogenéticoPatrón filogenético
Identificador de proteínaIdentificador de proteína
Código de funciónCódigo de función
Número único de identificaciónNúmero único de identificación
Nombre descriptivo de cada COGNombre descriptivo de cada COG
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Categorías Categorías funcionales:funcionales:número de COGsnúmero de COGsDominiosDominiosDescripciónDescripciónVías y sistemas Vías y sistemas funcionalesfuncionales
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11 Archeaoglobus fulgidusArcheaoglobus fulgidus aa
22 Methanococcus jannaschiiMethanococcus jannaschii mm
…… …… ……
2020 Chlamydia pneumoniaeChlamydia pneumoniae nn
2121 Rickettsia prowazekiiRickettsia prowazekii xx
Cada letra representa a un organismo en particular, Cada letra representa a un organismo en particular, y tiene una posición asignada en el patróny tiene una posición asignada en el patrón
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22 --m-k---vd-lb-efgh---j---- RsmC [ RsmC [J] ] COG2813 16S RNA G1207 methylase RsmC 16S RNA G1207 methylase RsmC
1) Número de 1) Número de proteínas en proteínas en
el COGel COG
2) Patrón 2) Patrón filogenéticofilogenético
3) Proteína 3) Proteína IdentificadoraIdentificadora
4) Código de 4) Código de funciónfunción
5) Número 5) Número de de
identificacióidentificaciónn
único del único del COGCOG
6) Nombre 6) Nombre descriptivo del descriptivo del
COGCOG
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Páginas individuales de COGPáginas individuales de COG
Alineamiento múltiple de los miembros del COG Alineamiento múltiple de los miembros del COG producidos automáticamente usando el programa producidos automáticamente usando el programa ClustalWClustalW
Secuencias de Secuencias de residuos residuos
conservadosconservadosRelaciones Relaciones evolutivasevolutivasDendograma del cluster generado usando los Dendograma del cluster generado usando los
valores de BLAST como mediad de similitud entre valores de BLAST como mediad de similitud entre las proteínaslas proteínas
Representación gráfica de los outputs de BLAST para Representación gráfica de los outputs de BLAST para cada miembro del COG (con links a GenBank y Entrez-cada miembro del COG (con links a GenBank y Entrez-Genomes)Genomes)
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Numero de prot en el COGNumero de prot en el COGCódigo de funciónCódigo de funciónPatrón filogenéticoPatrón filogenéticoNúmero unico del COGNúmero unico del COGNombre descriptivo del COGNombre descriptivo del COGVía o sistema funcionalVía o sistema funcional
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Herramienta de búsqueda:Herramienta de búsqueda: Patrón filogenético Patrón filogenético
Indica la presencia o ausencia de proteínas de Indica la presencia o ausencia de proteínas de un organismo dado en un COG específicoun organismo dado en un COG específico
Letras minúsculas o guiones (-) que representan de Letras minúsculas o guiones (-) que representan de manera resumida presencia/ausencia en el COGmanera resumida presencia/ausencia en el COG
Usado de manera sistemática: permite identificar si Usado de manera sistemática: permite identificar si un vía metabólica particular existe en un organismo un vía metabólica particular existe en un organismo
(por las proteínas que presenta)(por las proteínas que presenta)
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Página de COGnitorPágina de COGnitor
Input: secuencia de proteínaInput: secuencia de proteína
Programa que asigna nuevas proteínas a los COGsPrograma que asigna nuevas proteínas a los COGs
La compara con toda la base de datos de los COGs para identificar el COG al que la proteína
pertenece
Inclusión en el COG es sugerida cuando Inclusión en el COG es sugerida cuando hay BeTs con proteínas de al menos hay BeTs con proteínas de al menos
tres cladostres clados
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Colocar secuencia de Colocar secuencia de aminoácidos de alguna proteína aminoácidos de alguna proteína conocida o utilizar el ejemploconocida o utilizar el ejemplo
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- Información sobre el COG al que se Información sobre el COG al que se predicepredice que que pertenece la proteínapertenece la proteína
- Un gráfico BLAST mostrando regiones similares Un gráfico BLAST mostrando regiones similares entre las prot. y los alineamientos correspondientesentre las prot. y los alineamientos correspondientes
- Información del COG: Información del COG: - Letra asociada a funciónLetra asociada a función- Nombre del COGNombre del COG- Número único del COG (con hyperlink)Número único del COG (con hyperlink)
Página de COGnitorPágina de COGnitor
OUTPUTOUTPUT
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COGs en el Genoma de una especie específica:Seleccionar un organismo y observar los diferentes COGs presentes