Olympus FV1000 User guide  December 8, 2009 Olympus FV1000 MPE Microscope User Guide

 

A. System Start Up               1. Sign in to the log book. Indicate the laser lines you will 

use; visible laser and IR laser. 

2. Turn on mercury lamp power supply b.  

3. Turn on microscope controller and scanner. 

Microscope controller‐ switch ON c 

Scanner – switch ON and turn Key to ON d.  

4. Turn on laser combiners ef. 

5. Turn on laser power supplies 

Multi‐Ar g: Switch to ON and turn Key to ON. 

HeNe h: Turn Key to ON. 

6. Turn on computer i.  

7. Enter user name/password to log on to Windows XP.  

8. Start the FV10‐ASW program and enter User ID 

and password.  

 

 

     

 

   

 

 

 

bc

d 

e

f

h

g

i 

Olympus FV1000 User guide  December 8, 2009 B. Outline of Acquisition setting/ Image Acquisition/ Image Viewer Windows 

  Acquisition setting window    

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

  Image Acquisition Window  

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Scan mode 

Scan speed (the 

slower, the better 

image) 

Image size 

(number of pixel) 

Zoom and Rotation 

Lambda scanning setting 

Time Interval & number 

setting for time‐series 

Transmitted observation 

(visual) 

Fluorescent 

observation 

(visual) 

Kalman frame 

averaging 

Spectral 

window 

setting 

Light Path 

setting 

Dye List setting 

Sequential 

scanning mode 

Transmitted 

light (halogen 

lamp) control

Confocal 

aperture control 

Scan buttons Imaging mode 

selection 

(xy/xyz/xyt) 

Laser power level controller 

Image detection 

channel setting

Microscope control: objective 

selection/ focus/setting z‐

series 

Olympus FV1000 User guide  December 8, 2009   Image view window   

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

C. Viewing with Transmitted/Fluorescent Light 

Before scanning the sample with laser light, you may 

want to look at the sample and find the region of 

interest first with transmitted or fluorescent light. 

 

Click on transmitted light button j for transmitted 

light observation or on fluorescent light button 1) for 

fluorescent observation.   

 

Turn the filter wheel 1! to #5 (empty) for transmitted 

light, or #3 (green) or 4 (red) for fluorescent light.   

Make sure to open the shutter 1@.  

  

Make sure the slide and coverglass are clean and 

sealed.  Place the slide on the microscope stage.  

Focus onto the sample with the focus knob 1# (fine 

adjustment) or focus buttons 1$ (coarse focusing).  

 

Adjust the transmitted light level with the lamp switch 

1% and level buttons 1^ or click on lamp controller 1& on the image acquisition control window. 

 

When you are ready for laser scanning, turn the filter 

wheel 1! to #1.  

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Folder/File 

Explorer 

Data manager: displays 

metadata containing 

acquisition parameters. 

j 

1)1!

1@

1#

1$

1%

1^

1&

Olympus FV1000 User guide  December 8, 2009  

D. Image Acquisition 

1. Click on shutters j 1) for light sources to set them to “unpressed” state.  

2. Click on Dye list button 1* and double click on the fluorescent dyes you want to use (e.g. FITC and 

TRITC).  Click Apply button 1(.  It will activate the laser lines and set detection channels up according to the dyes you selected.  

3. Activate AutoHV 2)and click Focus x2 or Focus x4 

button 2! to scan the sample. It will scan fast at 2up/pixel and show pixilated image in a Live View window. Focus onto the region of interest by clicking arrowhead buttons in the microscope 

window.  Click Stop button 2@ to stop scanning.  Set up an image acquisition condition 2#:  

a. File size: default is 512x512.   

b. Area: rotate and zoom the imaging area. 

c. Laser output level (set the Multi‐Ar laser to 1‐5% and the HeNe laser to 1‐25%, depending on your sample condition, but no lower than 1%). 

d. Detector channel setting : Adjust the brightness by HV (and Gain) and background black level (Offset).   

You can optimize the image quality with Hi‐Lo LUT 

(Look‐Up Table).  Click LUT button 2$ on the image window to bring out the LUT control window.  

Select Channel 2% and click Hi‐Lo button 2^.   Click 

Focus x2 or Focus x4 button 2! to scan.  Now the image is displayed using this specific look‐up table where red pixels represent intensity beyond scale (saturated) and blue pixels represent 0 pixel value.  To maximize the signal‐to‐noise ratio of the image, 

adjust the acquisition setting2# (laser level, HV, Offset) such that the image shows a few red and blue pixels.  4. Once you have a satisfying condition, Stop 

2@ scanning.  Set the scan speed 2& to slow rates (the slower the speed set, the better the signal‐to‐

noise ratio).  Click XY button 2* to acquire an image.  When acquisition is done, a 2D view window will appear. 

 

2# 

1* 

1(

2)2!  2@

  

2$

2&

2^

2% 

Olympus FV1000 User guide  December 8, 2009 

E. Z‐series Image Acquisition 

Use this mode to obtain optical section through the depth (z dimension) of your sample that can be used for 3D visualization. The upper and lower limit of z‐series will be determined.   

Click Focus x2 or Focus x4 button 2! to scan.  Use the 

Upper arrowheads and lower arrowheads buttons 2( to focus into different Z‐axial planes (large arrowhead buttons shift a full step size and small ones a half step size).  When you find upper limit of your sample, click 

End Set 3) button.  Bring the focus down until you 

find lower limit and click Start Set 3! button.  

Determine the Step Size and the number of Slices 3@, which correlate with each other.  It is recommended to set the step size similar to the optical section thickness of the objective you are using, so that there is no gap between the optical sections upon projection into 3D.     

Click Stop button.  Adjust the Scan Speed 3#, click 

Depth 3$ button (“Z” will be appear on the XY button 

to become XYZ), and then click XYZ 3% button.  

When acquisition is done, Append Next/SeriesDone 

3^ button will appear over the Stop button. Click Append Next button to add additional sections at next 

step (enter the number 3& of series you want to add) or click SeriesDone to finish the acquisition.  Save the image.  

 

  

E. Sequential Scanning mode     

Use sequential scanning to prevent possible cross‐talk and/or bleed‐through between the emissions of the fluorophores you used.   

Check the Sequential box 3* and it will bring up the sequential scan information window.  Choose 

between line sequential or frame sequential mode3(.  

Click Focus x2 or Focus x4 button4! to scan and adjust the acquisition setting to desired condition.   Stop scanning.  Select Scan speed at a slower rate 

and click XY 4@ button to acquire an image.  

2! 

2( 3)3! 

3@

3# 3$

3%

3^3% 

3&

3*3(

4) 4@

Olympus FV1000 User guide  December 8, 2009 F. Saving Images  

1. Click on the image view window to be saved.   

2. Click on diskette b icon or select File/Save from menu.  

  

 

 3. Save as window will appear. In case the image should be saved 

in Image folder of Log‐in user, click on My Image Folder c 

button and it will direct to your image folder.  Select *.oibdfile type and click on Save button. 

 4. To set up your image folder where you can jump by clicking My 

Image Folder button, select Tools/Option menu.  Click 

Generale tab and specify the path of your image folder with 

Browsef button.  [Upon creating a user account, each user will have its own folder in D drive (Do not create any folder in C drive.).  Click OK button.   

5. Oib file type contains all the metadata including all the acquisiotn parameters and it can be opened in FV10‐ASW program. The light version of this program is available for installing in user’s own computer. Otherwise, the image file can be exported as other file format so that it can be opened and manipulated in other imaging software.  

 To export images: 

1. Select File/Export or File/Export Multi‐Tiff menu. Click My Image Folder button if the current folder is not yours.  

2. For Export Multi‐Tiff option, it saves the image as a single tiff file that can contain multiple frames, like z‐ or t‐ series.  This file type can be opened in Image J software.  

b 

c

d 

f

e

Olympus FV1000 User guide  December 8, 2009 3. Export command brings a window with different 

options.  

Section g : selecting file type for export. 

Section h: setting section to save the file with ROI. 

Section i: Output format selection.    1) RGB Color: the red, green, and blue channel will be saved in color as individual *.tif files in a folder.    2) RGB Color + Gray Scale box checked: the color channels will be saved in gray scale as *.tif files in a folder.    3) Merge Channel: a single merged color image will be saved as a *.tif file.  

Section j: setting parameters for movies.  4. Click Save button.  5. Transfer your image data to CD or USB flash memory. 

  

     

ji

g

h

Olympus FV1000 User guide  December 8, 2009 G. System Shut‐Down Procedure Wipe off the oil from any oil objectives you have used 

during your session. 

 

Logging off and transferring data.  

1. Exit the FV10‐ASW program. 2. Make sure that you transfer your image file to 

CD or USB flash memory.  All image files more than a month old will be removed during monthly clean‐up.  

3. Log off Windows XP.  If someone signs up for use within a next 1 hour or so, leave the system ON.  If not, shut down the system as follows.  

Shutting Off the system. 

1. Shut down the computer B.  

2. Turn the mercury lamp off C.  3. Turn the microscope controller key to OFF and turn 

off both scanner and controller I/O switches d.  

4. Turn off the laser combiners e, FV10‐MCPSU and FV10‐MP‐LCU.  

5. Turning off the Multi‐Ar laser f by turning the key switch to OFF first and then turn the I/O power switch to OFF.  

6. Turn the key of HeNe laser g to OFF. 

 

c

b

df

g

e 

Olympus FV1000 multiphoton mode  December 8, 2009 Olympus FV1000 Multiphoton Imaging 

A. Start up IR laser  

1. Turn the Key B from STANDBY to ON on the IR laser 

power supplier.  Warm up at least for 30 min. 

2. Select the IR laser wavelength by turning the POWER 

ADJUST knob C and press MENU SELECT button d. 

3. By turning the adjustment knob e, set the NEGATIVE 

CHIRP PRISM to match it to the IR laser wavelength of 

your choice, according to the chart f on the box. 

 IR laser alignment. 

1. Press SHUTTER OPEN button g and make sure the correct IR laser wavelength is selected in the 

Acquisition window h.  

2. Look at the first round window ion the mirror box using an IR viewer and align the laser with large knobs 

j.    

 

 

 

cb

d 

f

g

e

h

i 

j 

Olympus FV1000 multiphoton mode  December 8, 2009 B. Acquisition Setting 

1. Click on Dye List button 1) and select Two Photon 

1! button.  (Check “Assign Dye Manually” 1@ to activate Two Photon button.)\ 

2. Drag the desired Dye to the appropriate external 

detectors to assign the detector for your fluorescence 

signal. (Depending on the filter cube type, the 

detection wavelengths of BXD1 and BXD2 vary. BXD1 

detects shorter wavelength than BXD2.) 

3. Make sure that you inactivate visible lasers 1# (Otherwise, it will create lines on the images.) and that 

the light path is set up for Two photon imaging; laser 

unit2 1$, ExcitationDM RDM690 1%, and BXD 1^ in the LightPath & Dye window.  

4. Select background change icon to darken the screen 1&. 

5.  Push in the lever 1* to direct light to external 

detectors and set the filter wheel to “2” (R690) 1(. 6. Close the curtain and turn off the room light and start 

imaging. 

 

1)

1!

1@

1#

1^

1% 

1$

1& 

1*

1(