NIFTY – nieinwazyjny test prenatalny wykorzystujący sekwencjonowanie nowej

generacji

Wstęp

Podstawy metody

Badania walidacyjne

Workflow

Praktyka kliniczna

Wstęp

Podstawy metody

Badania walidacyjne

Obieg informacji (workflow)

Praktyka kliniczna

Najczęściej występujące aneuploidie płodowe

•Trisomia 21 (1/700-750)

•80% osób osiąga wiek dojrzały

Zespół Downa

•Trisomia 18 (1/6000)

•<10% osiąga < 1 rok życia

Zespół Edwardsa

•Trisomia 13 (1/10000-20000)

•Większość umiera zaraz po urodzeniu

Zespół Patau

Others: Turner syndrome (XO), Klinefelter syndrome (XXY), triple X syndrome (XXX), etc.

Zachorowalność na zespół DownaMaternal

ageT21 risk

<30 1/1000

30 1/900

35 1/400

36 1/300

37 1/230

38 1/180

39 1/135

40 1/106

42 1/60

44 1/35

46 1/20

48 1/16

49 1/12

Znacząco wzrasta wraz z wiekiem matki po 35

Nie ma znaczenia rasa, kraj pochodzenia, czy styl życia

Tradycyjne badania/testy przesiewowe i diagnostyczne

Typ testu / Metoda badania Inwazyjnie / nieinwazyjnie

Wiek ciąży (tygodnie)

Wskaźnik wykrywalności/ ryzyko

Badania biochemiczne (I trymestr) Nieinwazyjne 11-13 65%-70% wskaźnik

wykrywalności*

Badania biochemiczne (II trymestr)

Nieinwazyjne 15-19 69%-81% wskaźnik wykrywalności*

Badanie USG - Ocena przezierności karkowej (NT) Nieinwazyjne 11-13 64%-70% wskaźnik

wykrywalności*

Test zintegrowany Nieinwazyjne 11-13 & 15-19

85%-88% wskaźnik wykrywalności*

Test zintegrowany + NT Nieinwazyjne 11-13 & 15-19

94%-96% wskaźnik wykrywalności*

Amniopunkcja Inwazyjne 16-21 0.5-1% ryzyko poronienia

Biopsja kosmówki (CVS) Inwazyjne 10-13 1-2% ryzyko poronienia

Kardocenteza (PUBS) Inwazyjne 18-24 1-2% ryzyko poroniania

* Dane reprezentujące 5% wyników fałszywie dodatnich Fergal D, Jacob A, et al. The New England Journal of Medicine, 2005

Badania biochemiczne (I trymestr)

Badania biochemiczne (II trymestr)

Ocena przezierności karkowej (NT)

Test zintegrowany

Test zintegrowany + NT

Amniopunkcja

Biopsja Kosmówki (CVS)

Kardocenteza (PUBS)

Badania przesiowe Badania diagnostyczne

• Biochemia; USG• Nieiwazyjne• Tanie• Mniej dokładne• Niższy wskaźnik

wykrywalności• Wysoki wskaźniki wyników

fałszywie dodatnich

• Kariotypowanie • Inwazyjne• Drogie• Wysoka dokładność• Wysoki wskaźnik

wykrywalności• Niski wskaźnik wyników

fałszywie dodatnich

NIFTY

Kiedy NIFTY?

NIFTY

Od 12 tygodnia ciąży

Kobiety w zaawansowanym wieku lub z grupy wysokiego ryzyka

Odmowa wykonania testów

inwazyjnych

Przeciwskazania do wykonania testu

inwazyjnego

Nawracające poronienia lub IVF

NIFTY przeciwskazania

Wykryte zrównoważone translokacje i niski poziom mozaicyzmu

Kobieta w ciąży jest nosicielem chromosomalnej aneuploidii

Jeśli któryś z rodziców ma nieprawidłowości chromosomowe na przykład duplikacje, delecji, translokacje itp.

Jeśli kobieta w ciąży została poddana - terapii komórkami macierzystymi,- transfuzji krwi (w okresie do 6 miesięcy przed zajściem w ciążę) - przeszczepowi narządu to istnieje ryzyko, że wynik będzie zafałszowany obcym DNA

Co to jest NIFTY ?

Non-Invasive Fetal TrisomY

Bardzo dokładny test przesiewowy

Wysoki współczynnik detekcji i niski odsetek wyników fałszywie dodatnich

Nieinwazyjna metoda oparta na NGS i analizie bioinformatycznej

Badanie płodowego DNA znajdującego się we krwi matki

Ocenia ryzyko wystąpienia trisomii 21, 18 i 13

Charakterystyka NIFTY

Dokładny

Bezpieczny

Szybki

Optymalizacja

Prosty

Nowe technologie wykrywania w oparciu o NGS;Czułość i swoistość> 99%

Brak ryzyka zakażenia wewnątrzmacicznego i poronienia

Ryzyko trisomii płodu można ocenić już od 12 tygodnia ciąży

Można uniknąć wykonywania badań inwazyjnych, gdy nie jest konieczne

Potrzebne jest tylko 10 ml krwi obwodowej

NIFTY

An introduction

Podstawy metody

Clinical validation

Workflow

Clinical practice

Odkrycie naukowe

Charakterystyka płodowego wolnego DNAwe krwi matki

• Krótkie fragmenty 145-200bp, pochodzące z trofoblastu

• Można wykryć już od 5 tygodnia ciąży.

• Zanika zaraz po porodzie.

NGS – next generation sequencing

TA

G

CC

TA

G

CC

1. incorporation 1. Incorporation2. Elute and scan

1. Incorporation2. Elute and scan 3. Cleavage

ANALIZA BIOINFORMATYCZNA

Zdrowy płód Trisomia 21

Analiza statystyczna

Częstość występowania sekwencji mapowanych na chromosomie 21

Dodatkowa kopia chromosomu 21

Częstość występowania sekwencji mapowanych na chromosomie 21

Prawdopodobieństwo wystąpienia trisomii

Wstęp

Postawy metody

Badania kliniczne

Workflow

Praktyka kliniczna

Wiarygodne i dokładne wynikiDouble blind validation study in 3464

singleton pregnanciesT21 T18 T13

NIFTY positive 189 64 10

Karyotyping positive 188 63 10

False positive No. 1* 1* 0

False Negative No. 0 0 0

Detection Rate 100.00% 100.00% 100.00%

False Positive Rate 0.03% 0.029% 0.00%

Positive Predictive Rate 99.49% 98.44% 100.00%

Specificity 99.97% 99.97% 100%

False Negative Rate 0.00% 0.00% 0.00%

Lau, T.K., et al., Clinical utility of noninvasive fetal trisomy (NIFTY) test--early experience. J Matern Fetal Neonatal Med, 2012. 25 (10): p. 1856-9.

No. of cases

Positive ResultsNegative resultsT21 T18 T13

NIFTY 11,105 140 42 0 10915

Karyotyping 182 + 2818 139 41 0 2818

False positive rate 0.03% 0.03% n/a

False negative rate 0% 0% n/a

Detection rate 100% 100% n/a

Specificity 99.6% 99.6% n/a

NIFTY test in 11,105 singleton pregnancies in real clinical setting

Dan, S., et al., Clinical application of massively parallel sequencing-based prenatal noninvasive fetal trisomy test for trisomies 21 and 18 in 11 105 pregnancies with mixed risk factors. Prenat Diagn, 2012: p. 1-8.

OPUBLIKOWANIE WYNIKI BADAŃ ZWIĄZANE Z TESTEM NIFTY

Clinical application of massively parallel sequencing-based prenatal noninvasive fetal trisomy test for trisomies 21 and 18 in 11 105 pregnancies with mixed risk factors. (Prenatal Diagnosis 2012)

Noninvasive prenatal diagnosis of common fetal chromosomal aneuploidies by maternal plasma DNA sequencing (Journal of Maternal-Fetal and Neonatal Medicine, 2012)

Prenatal Detection of Aneuploidy and Imbalanced Chromosomal Arrangements by Massively Parallel Sequencing (PLoS ONE, 2012)

Clinical utility of Non-Invasive Fetal Trisomy (NIFTY) test – Early experience (The Journal of Maternal-Fetal and Neonatal Medicine ）

Noninvasive prenatal genetic testing for fetal aneuploidy detects maternal trisomy X. (Prenatal Diagnosis)

PUBLIKACJE DOSTĘPNE DO POBRANIA NA STRONIE: http://www.test-nifty.com.pl/dla-lekarzy/edukacja-medyczna/

T21 może zostać pominięte przy zastosowaniu tradycyjnego testu przesiewego

Sample ID: PDP10003761

Age: 31

Screening test: 1/510（ Low

risk）NIFTY: T21

Karyotyping: 47, XX, +21

20

Przykłady

Możliwość określenia innych rzadkich trisomii

T9

Sample ID: PDB11AJ00026

Age: 41

NIFTY: T9

Karyotyping: T9

T16

Sample ID: PDB11AJ00783

Age: 30

NIFTY: T16

FISH: T16

Możliwość określenia innych rzadkich trisomii

Wstęp

Podstawy metody

Badania walidacyjne

Obieg informacji (workflow)

Praktyka kliczna

Test workflow

Porada przed testem Pobranie krwi Oznaczenie próbekPrzygotowanie osocza

Badania laboratoryjne Analiza bioinformatyczna Dostarczenie raportu

Porada po badaniu

Centrum dystrybucji próbek

Laboratorium kliniczne BGI: 10 dni roboczych

Szpital/Klinika/Gabinet

Wstęp

Podstawy metody

Badania walidacyjne

Workflow

Praktyka kliniczna

RaportWynik testu genetycznego

Niskie ryzyko: Wynik badania wskazuje, że prawdopodobieństwo trisomii jest niskie, brak szczególnych rekomendacji, zalecamy rutynowe badania kontrolne

Wysokie ryzyko: Wynik badania wskazuje na wysokie prawdopodobieństwo wystąpienia trisomii. Rekomendujemy wykonanie badań inwazyjnych

98% pacjentów

Inne rzadko występujące aneuploidie

Zaburzenia ilości innych chromosomów autosomalnych mogą być wykryte. Nie są one jednak podane do wiadomości w standardowy raporcie

Zaburzenia ilości chromosomów płciowych nie są podane w standardowym raporcie, chyba że klinika/szpital/gabinet wpsółpracujący z BGI ustalą to w osobnej umowie

Wyniki innych badań prenatalnych, takich jak testy biochemiczne i USG należy rozważyć. Badanie diagnostyczne, takie jak amniopunkcja / kordocenteza jest sugerowane

Materiał do badań

Krew obwodowa matki• 10 ml StreckTube• Temperatura pokojowa• Wyraźnie oznaczone (barcode)• 72 godziny na dostarczenie do

centrum dystrybucji próbek

Podsumowanie

Nieinwazyjny test przesiewowy•10 ml krwi obwodowej matki•Brak ryzyka wystąpienia zakażenia wewnątrz-

macicznego czy poronienia

Dokładność•Czułość >99%•Specyficzność >99%

Czas •3 tygodnie od momentu pobrania

Wczesna detekcja•Od 12 tygodnia ciąży