neoprep 라이브러리 준비 시스템 안내서 15049720...개요 2 자료번호20000941...

맞춤 프로토콜 선택기로 간단한 전체 작업흐름 안내서 사용자 지정support.illumina.com/custom-protocol-selector.html

연구 전용. 진단 절차에는 사용할 수 없음

2015년 10월문서 번호15049720 v01자료 번호20000941카탈로그 번호SE-601-9001DOCILLUMINA 소유권

NeoPrep™ 라이브러리 준비 시스템 안내서

ii 자료번호20000941

문서번호15049720 v01KOR

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개정내역

문서 날짜 변경내용설명

자료번호 20000941

문서번호 15049720v01 KOR

2015년 10월 소프트웨어설명이NeoPrep제어소프트웨어 v1.1.0으로업데이트되었습니다.

• About(정보)화면에테스트카드실행횟수가추가되었습니다.

• About(정보)화면에서라이선스계약을저장하는기능이추가되었습니다.

• 네트워크및 BaseSpace 구성을구분하도록 SystemConfiguration(시스템구성)화면이재구성되었습니다.

• 기기를 BaseSpace Onsite에연결할수있습니다.

• '에세이'가 '프로토콜'로변경되었습니다.

• 실행의요소를참조할때 '모듈'이 '프로세스'로변경되었습니다.

• BaseSpace 실행을선택할때프로토콜유형별필터가추가되었습니다.

• Change Version(버전변경)에서기본프로토콜버전을지정할수있습니다.

• 이제 Confirm(확인)화면에서Default(기본값)를선택하면각샘플행에대한기본인덱스집합을선택할수있습니다.

• 프로토콜에필요한소모품만 Track(추적)화면에표시됩니다.

• 최소한오일병및시약판일련번호의추적이필요합니다.

• 부품번호추적에서참조번호로변경되었습니다.

• 라이브러리카드장착순서가샘플을먼저장착하도록변경되었습니다.

• 라이브러리분리가끝날때Home(홈) 버튼이름이바뀌었습니다.

• Instrument Level(기기수평)화면이추가되었습니다.

• Access Logs(액세스로그)에시스템검사가포함됩니다.

• 시스템검사지침이업데이트되었고,다시테스트하는기능이추가되었습니다.

주화면에대한참조가Home(홈)으로변경되었습니다.

안내서내용이재구성되었습니다.

소프트웨어화면그림이제거되었습니다.

예방관리섹션이추가되었습니다.

테스트카드세척지침이추가되었습니다.

파트번호 15049720수정버전C

2015년 6월 필수피펫이소모품에추가되었습니다.

파트번호 15049720수정버전 B

2015년 4월 다음에필수피펫팁및보정정보가추가되었습니다.

• 새피펫팁요건

• 팁과기술

• 라이브러리카드장착

helpcenter에대한 BaseSpace 리소스참조가변경되었습니다.

파트번호 15049720수정버전 A

2015년 3월 최초릴리스

NeoPrep라이브러리준비시스템안내서 iii

http://help.basespace.illumina.com/

iv 자료번호20000941


목차

개정내역 iii목차 v

1장 개요 1소개 2추가리소스 4기기컴포넌트 5라이브러리준비키트개요 8

2장 시작 11기기시작 12시스템설정사용자지정 13사용자공급소모품 15

3장 실행수행 17소개 18팁과기술 19라이브러리준비작업흐름 22실행설정시작 23실행설정 25라이브러리카드장착 28실행시작 31라이브러리분리 32

4장 관리 35소개 36세척 37오염제거 38소프트웨어업데이트 39기기종료또는다시시작 41

부록A 문제해결 43소개 44로그파일액세스 45시스템검사 46기기수평유지 48시스템설정구성 49오류해결 52실행중지 53

기술지원 55

NeoPrep라이브러리준비시스템안내서 v

vi 자료번호20000941


1장

NeoPrep라이브러리준비시스템안내서 1

1장 개요

개요

소개 2

추가리소스 4

기기컴포넌트 5

라이브러리준비키트개요 8

개요

2 자료번호20000941


소개

Illumina®NeoPrep™라이브러리준비시스템을사용하여액체취급을위한디지털미세유체역학을기반으로라이브러리를준비할수있습니다.이시스템은간단한사용자인터페이스와장착후즉시실행가능한작동을제공하여조작시간을단축하며고품질의재현가능한결과를생성합니다.

기능

} 제한된직접샘플처리—샘플은NeoPrep에장착되기전에준비됩니다.

} BaseSpace®통합—데이터분석,저장및협업을위한 Illumina 유전체학컴퓨팅환경인BaseSpace와라이브러리준비작업흐름이통합되었습니다. BaseSpace용으로구성된기

기의경우,기기에서실행을설정하기전에BaseSpace Prep(BaseSpace준비)탭에라이

브러리정보및실행매개변수가지정됩니다. BaseSpace에설정된실행은실행을설정하

는동안기기인터페이스에표시됩니다.실행이진행되면아웃풋파일이실시간으로

BaseSpace또는BaseSpaceOnsite에스트리밍됩니다.

} 간편한라이브러리준비—최소의조작시간으로재현성이뛰어난시퀀싱가능라이브러리를제공합니다.

} 에세이별시약—봉인된시약판으로에세이별시약이제공됩니다.

} 장착및진행작업—프로토콜선택,샘플장착,라이브러리카드에시약장착에서실행시작전확인까지의실행설정단계에대해그래픽사용자인터페이스를통해안내를받으실수있

습니다.

} 디지털미세유체역학라이브러리카드—디지털미세유체역학은견고하게제어되는NeoPrep카트리지카드환경내에서모든라이브러리준비프로세스를수행하도록물방울

을정확하게조작합니다.

} 라이브러리준비,정량화및정규화—사용자개입없이단일실행으로라이브러리를준비,정량화및정규화합니다.

} 풀링, Denaturation, 희석준비—라이브러리가준비되어어느 Illumina 기기에서나클러스터링될수있습니다.

디지털미세유체역학디지털미세유체역학기술은NeoPrep작동의핵심입니다. PCB(인쇄회로기판)에패턴화된전극배열은오일충전실내의물방울을제어합니다.전극에적용되는전압을전환하면라이브러리카드에서물방울이공급,이동,혼합및배양됩니다.소프트웨어는복합미세유체역학프로토콜의모든단계를제어합니다.

그림 1 라이브러리카드단면 -측면

소개


라이브러리준비작업흐름

그림 2 시퀀싱및NeoPrep라이브러리준비작업흐름

개요

4 자료번호20000941


추가리소스

Illumina 웹사이트에서다음설명서를다운로드할수있습니다.

리소스 설명

NeoPrep시스템현장준비안내서(문서번호 15050812)

실험실공간,전기요건,환경관련고려사항및시스템설치지침에관한구체적내용도담고있습니다.

NeoPrep시스템안전및규정준수안내서(문서번호 15050811)

기기라벨지정,규정준수인증및안전고려사항에대한내용을담고있습니다.

NeoPrep라이브러리준비안내서

NeoPrep사용을통해라이브러리를준비하기위한지침을제공합니다.사용중인라이브러리준비키트에대한설명서지원페이지를참조하시기바랍니다.

Illumina 실험관리자안내서(문서번호 15031335)및 IEMNeoPrep빠른레퍼런스카드(문서번호 15061111)

Illumina 시퀀싱시스템에대한적절한샘플시트생성및편집방법과샘플판에대한분석소프트웨어및기록매개변수에대한정보를제공합니다.

BaseSpace 도움말(help.basespace.illumina.com)

단일환경에서샘플,라이브러리,풀및시퀀싱실행을구성할수있도록해주는BaseSpace 시퀀싱데이터분석도구에대한정보를제공합니다.

설명서,소프트웨어다운로드,온라인교육및자주묻는질문과답변(FAQ)등의정보를이용하려면 Illumina 웹사이트의NeoPrep지원페이지를방문하시기바랍니다.

http://support.illumina.com/downloads/neoprep-site-prep-guide-15050812.html

http://support.illumina.com/downloads/neoprep-site-prep-guide-15050812.html

http://support.illumina.com/downloads/neoprep-safety-and-compliance-guide-15050811.html

http://support.illumina.com/downloads/neoprep-safety-and-compliance-guide-15050811.html

http://support.illumina.com/downloads/illumina_experiment_manager_user_guide_15031335.html

http://support.illumina.com/downloads/illumina_experiment_manager_user_guide_15031335.html

http://support.illumina.com/downloads/iem-neoprep-quick-reference-card-15061111.html





http://support.illumina.com/sequencing/sequencing_instruments/neoprep-library-system.html

기기컴포넌트


기기컴포넌트

NeoPrep은터치스크린모니터,상태표시줄및라이브러리카드부분으로구성됩니다.

A 상태표시줄—처리중(파란색),경고를발생하며처리중(파란색깜박임),기기를살펴보아야

함(주황색깜박임),실행준비완료(녹색깜박임),실행시작준비완료또는실행이완료됨(녹

색)으로기기상태를나타냅니다.

B 터치스크린모니터—소프트웨어인터페이스를사용하여기기구성및설정을수행할수있습

니다.

C 통합라이브러리준비모듈—폐쇄열,전기,자석및광학컴포넌트를포함합니다.

D 라이브러리카드부분—실행내내라이브러리카드를지지하는라이브러리카드대가들어있

습니다.라이브러리카드대모터는실행이시작될때통합라이브러리준비모듈로대를이동

하고,실행이완료되면대를라이브러리카드부분으로되돌립니다.

개요

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라이브러리카드부분라이브러리카드부분에는장착및분리를위한라이브러리카드가포함되어있습니다.

그림 3 라이브러리카드부분

A 라이브러리카드대—라이브러리카드를포함합니다.

B 라이브러리카드부분도어—라이브러리카드장착및분리를위해엽니다.작동중에는닫습니

다.

C 라이브러리카드부분라이트—도어가열릴때라이브러리카드대를비춥니다.

D 라이브러리카드—샘플및시약을장착하고라이브러리를수집하는일회용소모품입니다.

E 라이브러리카드걸쇠해제—라이브러리카드를라이브러리카드대에놓거나분리하기위해

라이브러리카드걸쇠를해제합니다.

F 라이브러리카드걸쇠—라이브러리카드대에라이브러리카드를고정합니다.

NeoPrep소프트웨어NeoPrep제어소프트웨어에는실행을시작하기전에라이브러리카드에오일,시약,샘플및어댑터를장착하기위한단계별지침을제공하는터치스크린인터페이스가있습니다.실행중에제어소프트웨어에서라이브러리준비,정량화및정규화프로세스를진행합니다.실행이진행되는동안화면에실행상태가표시됩니다.

기기컴포넌트


상태아이콘

제어소프트웨어인터페이스화면의상단오른쪽구석에있는상태아이콘은실행설정또는실행중에상태변경을신호로알립니다.

상태아이콘 상태명 설명

양호 시스템이정상입니다.

처리중 시스템이처리중입니다.

경고 경고가발생했습니다.

경고가발생해도실행이중지되지는않습니다.

오류 오류가발생했습니다.

오류가발생하면실행을진행하기전에조치가필요합니다.

BaseSpace 기기가 BaseSpace에연결되어있습니다.

상태변경이발생하면이를알리기위해아이콘이깜박입니다.아이콘을선택하면상태에대한설명을볼수있습니다.

} 해당되는경우목록에나와있는항목을선택하면상태에대한자세한설명및상태해결방법을확인할수있습니다.

} Acknowledge(확인)를선택해메시지를수락하고Close(닫기)를선택하여대화상자를닫습니다.

상태창에나타나는메시지유형을필터링하려면창상단여백에있는아이콘을선택합니다.아이콘을선택할때마다상태가표시혹은숨기기로전환됩니다.

전원버튼

NeoPrep전면의전원버튼으로기기의전원을켤수있습니다.기기의전원상태에따라전원버

튼은다음동작을수행합니다.

전원상태 조치

기기의전원이꺼짐 버튼을짧게누르면전원이켜집니다.

기기의전원이켜짐 버튼을짧게누르면전원이꺼집니다.정상적인기기종료를확인하는대화상자가화면에표시됩니다.

기기의전원이켜짐 전원버튼을 10초간누르고있으면기기가강제종료됩니다.

기기가응답하지않는경우에만이방법으로기기의전원을끕니다.

참고

실행이끝나는동안기기를끄면실행이즉시종료됩니다. AC 전원은 AC 코드가뽑혀있을때만기기에서분리됩니다.실행종료는최종명령입니다.실행소모품은재사용할수없으며,샘플이손실됩니다.

개요

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라이브러리준비키트개요

NeoPrep라이브러리준비시스템에서실행을수행하려면NeoPrep용라이브러리준비키트가필요합니다. Illumina에서는호환가능한몇가지옵션을제공합니다.각에세이별키트에포함된단일실행용소모품은다음과같습니다.

} 시약판및안내서

} 시약튜브

} 오일병및깔때기

} 라이브러리카드

} 라이브러리카드가이드

} 라이브러리분리튜브스트립

라이브러리준비키트내용물에대한자세한내용은사용중인키트에대한라이브러리준비안내서를참조하시기바랍니다.

라이브러리카드개요NeoPrep라이브러리준비키트에는NeoPrep의핸즈프리디지털미세유체역학라이브러리를용이하게준비하도록설계된일회용라이브러리카드가포함되어있습니다.라이브러리카드는수동개입없이선택적정량화및정규화를비롯한전체라이브러리준비작업흐름을위한관입니다.

디자인

각라이브러리카드는오일,샘플,시약및어댑터장착용포트가있는플라스틱상판으로구성됩니다.사용준비가완료된라이브러리카드는절연된전극이패턴화된두기질사이에있는오일층으로구성됩니다.패턴화된전극의상대전압을변경하여샘플및시약이포함된물방울이복합프로토콜을수행하도록할수있습니다.물방울은장착포트로부터공급되어라이브러리카드의다양한위치로전달되고소프트웨어제어만을사용해혼합및배양됩니다.시약은별도의오일방울에담겨있어실험실환경및잔류오염물질과반응하지않도록격리됩니다.

사용

라이브러리카드는포장을풀고라이브러리카드대에올린후오일,샘플,시약및어댑터를장착합니다.라이브러리카드는일회용소모품입니다.실행이완료되기전에취소되면라이브러리카드를재사용할수없습니다.

취급

적절한프로토콜성능을위해라이브러리카드장착절차를엄격히준수해야합니다. 3장 실행수행을참조하고에세이별안내서에서라이브러리카드장착및설정절차를확인하십시오.라이브러리카드포장을열때는라이브러리카드를구부리거나비틀지않도록하십시오.

라이브러리준비키트개요


라이브러리카드컴포넌트

각NeoPrep라이브러리준비키트에는라이브러리카드가1개씩제공됩니다.각라이브러리카드에는다음과같은요소가포함되어있습니다.

그림 4 라이브러리카드컴포넌트

A 홈이파인모서리—라이브러리카드방향에대한참조로사용됩니다.

B 정렬기능—라이브러리카드를라이브러리카드대에맞춰정렬합니다.

C 샘플웰—입력샘플이피펫을통해샘플웰로전달됩니다.

D 어댑터웰—어댑터가피펫을통해어댑터웰로전달됩니다.

E 라이브러리수집웰—준비된라이브러리가라이브러리수집웰에서추출됩니다.

F 시약웰—시약이시약판에서시약웰로전달됩니다.

G 오일웰—라이브러리카드에오일층이추가됩니다.

10 자료번호20000941


2장


2장 시작

시작

기기시작 12

시스템설정사용자지정 13

사용자공급소모품 15

시작

12 자료번호20000941


기기시작

참고기기를설치하는동안기기뒷면의전원스위치가켜집니다.기기전원플러그를뽑으려는경우가아니라면전원스위치를끌필요가없습니다.

1 전원전환스위치를 I(ON)(켜기)위치로놓습니다.

그림 5 기기뒷면의전원스위치

2 잠시기다렸다가기기앞면좌측구석의전원버튼을짧게누릅니다.전원버튼을누르면기

기의전원이켜지고통합기기컴퓨터및소프트웨어가시작됩니다.

그림 6 기기전면의전원버튼

3 운영체제가로딩을완료할때까지기다립니다.

NeoPrep제어소프트웨어가시작되고시스템을자동으로초기화합니다.

초기화단계가완료되면Home(홈)화면이열립니다.

4 로그인자격증명이필요하도록시스템이구성된경우기본사용자이름과암호를사용하여

로그인합니다.

} 사용자이름: sbsuser} 암호: sbs123그렇지않으면사이트에대한자격증명을사용하여로그인합니다.

참고기기전원을계속켜둡니다.기기를꺼야할경우에는 41페이지의기기종료또는다시시작에설명된종료절차를따르십시오.기기를종료한후에는항상최소 60초동안기다렸다가기기를켜십시오.

시스템설정사용자지정


시스템설정사용자지정

제어소프트웨어에는시작옵션,입력기본설정,오디오설정및기기이름에대한사용자지정가능시스템설정이포함되어있습니다.

디스플레이, ID 및오디오옵션선택

1 Manage Instrument(기기관리)화면에서SystemCustomization(시스템사용자지정)을

선택합니다.

2 기기에대해기본설정이미지를할당하려면Upload Image(이미지업로드)를선택하고해

당이미지로이동합니다.이미지가소프트웨어인터페이스상단에표시됩니다.

3 Nick Name(별칭)필드에기기의기본설정이름을입력합니다.이름이소프트웨어인터페

이스상단에표시됩니다.

4 다음시작옵션중에서선택합니다.

} 제어소프트웨어인터페이스를전체화면으로사용하려면Kiosk Mode(키오스크모드)를선택합니다.

} 기기컴퓨터에서Windows에액세스하려면Windowed Mode(Windows모드)를선택합니다.이모드에서는버튼위치와같은소프트웨어인터페이스와의상호작용이변경될수

있습니다.

참고또는 Shutdown Options(종료옵션)화면에서 Exit to Windows(Windows로이동) 명령을사용하여일시적으로Windows에액세스할수있습니다. Exit to Windows(Windows로이동)명령을실행하면제어소프트웨어가닫힙니다.

5 다음과같은경우에오디오표시기를켜려면Play audio(오디오재생)체크박스를선택합니

다.

} 기기를초기화할때} 실행이시작될때} 특정오류가발생할때} 사용자상호작용이필요할때} 실행이완료되었을때

6 Volume Control(볼륨제어)막대를오른쪽으로밀어오디오볼륨을높이거나왼쪽으로밀

어오디오볼륨을낮춥니다.

7 Next(다음)를선택하여설정을저장하고다음화면으로이동합니다.

시작

14 자료번호20000941


입력,추적및장착안내서요건설정

1 기기입력을위해화상키보드를활성화하려면Use on-screen keyboard(화상키보드사

용)체크박스를선택합니다.

} 키보드가외부USB포트에연결된상태에서이체크박스를선택하면화상키보드와외부키보드를모두사용할수있습니다.

} 화상키보드를비활성화하고외부USB포트에연결된키보드만사용하려면이체크박스를선택취소합니다.

2 최소한각실행에대해오일병및시약판일련번호추적이필요합니다.실행에서사용된모

든소모품에대해다음과같은 Illumina 제공소모품정보를추적하려면Track all

consumables(모든소모품추적)체크박스를선택합니다.

} 참조번호} 일련번호} 제품번호} 유효기간프로토콜에따라,다른소모품일련번호추적이필요할수도있습니다. 27페이지의소모품추적을참조하시기바랍니다.

3 라이브러리카드를장착할때제어소프트웨어장착안내서지침사용을요구하려면

Require loading guide(장착안내서필요)체크박스를선택합니다.

라이브러리카드를장착할때장착안내서지침을건너뛸수있게하려면이체크박스를선택

취소합니다.

4 오일,샘플,시약및어댑터를장착하기전에라이브러리카드를성공적으로확인하도록요

구하려면Require Pre-verification(사전확인필요)체크박스를선택합니다.라이브러리

카드를확인할수없으면실행을시작할수없습니다.

} Start Run(실행시작)을선택하면라이브러리카드가항상자동으로확인됩니다.} 소모품및샘플을장착하기전에Verify Library Card(라이브러리카드확인)요구를비활성화하려면이체크박스를선택취소합니다.확인단계를건너뛰어도되지만Start Run

(실행시작)을선택한상태에서라이브러리카드가확인을통과하지못하면장착된소모

품을재사용할수없으며샘플은손실됩니다.


시스템시간설정

1 드롭다운목록에서Local Time Zone(로컬표준시간대)를선택합니다.

2 드롭다운목록에서현재Year(연도)를선택합니다.

3 드롭다운목록에서현재Month(월)를선택합니다.

4 드롭다운목록에서현재Day(일)를선택합니다.

5 위쪽및아래쪽화살표를사용하여현재시간,분및AM/PM을설정합니다.

6 24시간시계를사용하여시간을표시하려면Use 24-hour time(24시간사용)체크박스를

선택합니다. 12시간시계를사용하여시간을표시하려면이체크박스를선택취소합니다.

7 서버시간과동기화하려면Update time(시간업데이트)를선택합니다.

8 Finish(완료)를선택합니다.

사용자공급소모품


사용자공급소모품

NeoPrep에서사용하려면다음소모품이필요합니다.자세한정보는NeoPrep시스템현장준비안내서(문서번호15050812)를참조하십시오.필수피펫및팁을사용하십시오.다른피펫및팁을사용하면시약이제대로공급되지않아실행이실패할수있습니다.

추가사용자공급소모품및장비요건에대해서는사용중인키트에대한라이브러리준비안내서를참조하십시오.

피펫및팁

용량 용도 제품이름 공급업체

20µl ≤ 20µl Pipet-Lite XLS+ 8-채널 LTS, 2µl~20µl Rainin,카탈로그번호L8-20XLS+

다음중하나:

• LTS 팁 20µl.사전멸균.필터

• ART 배리어피펫팁 20µl, 20µlSoftFit-L

• Rainin,카탈로그번호RT-L10F

• Fisher Scientific,카탈로그번호 2749RI

200µl 21-200µl Pipet-Lite XLS+ 8-채널 LTS, 20µl ~200µl

Rainin,카탈로그번호L8-200XLS+

다음중하나:

• LTS 팁 200µl.사전멸균.필터

• ART 배리어피펫팁 200µl, 200µlSoftFit-L

• Rainin,카탈로그번호RT-L200F

• Fisher Scientific,카탈로그번호 2769RI

소모품

품목 공급업체

알코올천, 이소프로필 70%또는

에탄올 70%

VWR, 카탈로그 번호 15648-981 또는 동급

일반실험용품공급업체

탈이온수또는정제수 일반실험용품공급업체

일회용장갑(비분말성) 일반실험용품공급업체

먼지없는티슈 VWR,카탈로그번호 52846-001 또는동급

종이타월또는보풀없는면헝겊 일반실험용품공급업체

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3장


3장 실행수행

실행수행

소개 18

팁과기술 19

라이브러리준비작업흐름 22

실행설정시작 23

실행설정 25

라이브러리카드장착 28

실행시작 31

라이브러리분리 32

실행수행

18 자료번호20000941


소개

NeoPrep에서실행을수행하려면장착할샘플을준비해야합니다.샘플을준비하려면사용중인키트에대한라이브러리준비안내서를참조하시기바랍니다.

NeoPrep에서실행을수행하려면,제어소프트웨어의프롬프트에따라실행을설정하고라이브러리카드를장착합니다.실행이시작된후에는실행이완료될때까지사용자개입이전혀필요하지않습니다.제어소프트웨어인터페이스에서실행진행상황과통계를모니터링합니다.

팁과기술


팁과기술

판봉인} 원심분리전에항상96웰판을봉인하십시오.

} 접착씰을발라판을덮고고무롤러로봉인하십시오.

} 마이크로씰 'B' 접착씰은-40°C~110°C에서효과가있으며,스커트형또는반스커트형PCR판에적합합니다.

라이브러리카드취급} 기기손상을방지하려면라이브러리카드확인또는실행동안라이브러리카드가이드를라이브러리카드에놓지마십시오.

} 라이브러리카드걸쇠해제를사용하여라이브러리카드대에서라이브러리카드를장착하거나분리하십시오.

} 라이브러리카드를딸각거리며고정하지마십시오.} 사용된라이브러리카드의오일및시약이카드및기기로튈수있습니다.

} 사용된라이브러리카드를기기에서제거할때는수평을유지하여내용물이흐르지않도록하십시오.

라이브러리카드장착지침} 라이브러리카드대에놓은상태로라이브러리카드를장착하여장착한내용물이흐르거나섞이지않도록하십시오.

} 이안내서는장착프로세스의개요를제공하며참조로사용할수있습니다.라이브러리카드를장착할때는실행을장착하는동안제어소프트웨어장착안내서를사용하여각단계에대

한자세한지침과미리알림을참조하십시오.

} 라이브러리카드확인또는실행중에부분도어를열지마십시오.

} 오일을장착한후에는장갑을교체하십시오.

} 시약판의내용물을라이브러리카드의해당웰에옮겨넣으십시오.시약판및라이브러리카드안내서에서해당색상및웰라벨을참조하십시오.

} 시작하기전에피펫을보정하십시오.피펫을보정하지않으면삽입크기가달라질수있고시약이제대로공급되지않아실행이실패할수있습니다.

} 사용중인키트에대한라이브러리준비안내서와15페이지의피펫및팁에지정된피펫과팁을사용하십시오.다른피펫및팁은지원되지않으며지원되지않는팁을사용하면시약

이제대로공급되지않아실행이실패할수있습니다.

} 다중채널피펫을사용하여샘플,시약및어댑터를장착하십시오.

} 각프로토콜에대해일부시약웰은사용되지않습니다.

} 기기가손상되지않게하려면,실행을시작하기전에라이브러리카드가이드를라이브러리카드에서분리해야합니다.

실행수행

20 자료번호20000941


라이브러리카드장착기술} 적절한라이브러리카드장착기술및지정된장착각도를사용하십시오.

} 기포가생기지않도록첫번째중지위치까지피펫을계속사용하십시오.

} 웰과수직이되게피펫팁을삽입하십시오.

} 공급하는동안웰바닥까지피펫팁을삽입하십시오.시약이완전히공급될때까지팁을들어올리지마십시오.

} 피펫팁이라이브러리카드가이드의웰라벨및점선으로된웰윤곽선을향하게하면어떤각도로도공급할수있습니다.

} 피펫장착각도는공급되는항목에따라다릅니다.각도는제어소프트웨어장착안내서의각단계에지정되어있으며라이브러리준비안내서에도나와있습니다.

} 장착각도는아이콘으로표시되며용량은제어소프트웨어장착안내서에지정되어있습니다.예:

아이콘 설명

피펫팁이왼쪽에점선으로된웰윤곽선과웰라벨을향하게합니다.

피펫팁이웰에서수직이되도록합니다.

피펫팁이오른쪽에점선으로된웰윤곽선과웰라벨을향하게합니다.

} 피펫팁에서공급되지액체가않으면피펫각도를크게조정하십시오.

샘플취급} 항상각샘플의위치를추적하십시오.

} 샘플을바꿀때마다팁을바꾸어교차오염을피하십시오.

} 장착하기전에샘플을원심분리하지마십시오.

} 샘플판에서라이브러리카드로이동하는동안피펫팁에공간이있을수있습니다.

} 두가지샘플삽입크기옵션을제공하는프로토콜의경우두삽입크기를단일실행에포함할수있습니다.

라이브러리수집} 라이브러리카드대에있는라이브러리카드를분리하십시오.

} 제어소프트웨어에서는라이브러리분리단계를안내합니다.

} 필터배리어팁이있는200µl 다중채널피펫을사용하십시오.

} 20µl 피펫은사용하지마십시오.라이브러리카드웰에잘맞지않습니다.

} 피펫팁이수집웰바닥에닿을때까지수직으로삽입하십시오.

} 수집웰에서팁을분리하는동안카드가움직이지않도록한손으로라이브러리카드를누르고있으십시오.

} 필수피펫각도는아이콘으로표시되며용량은제어소프트웨어분리안내서에지정되어있습니다.예:

팁과기술


} 각피펫팁을검사하여제어소프트웨어에서표시된팁에파란색라이브러리물방울이있는지확인하십시오.

그림 7 피펫팁의라이브러리물방울

} 예상되는각피펫팁에서파란색라이브러리물방울이보이지않으면다음을수행하십시오.

} 추출된액체를RSB가포함된해당판웰로옮기십시오.} 액체를라이브러리카드에다시공급하지마십시오.이렇게하면공기틈새가생겨라이브러리추출을방해할수있습니다.

} 파란색물방울이포함되지않은웰의경우단일채널피펫을사용하여전달을1회반복하십시오.이전달을2회이상시도하지마십시오.

} RSB에서피펫을위아래로강하게움직여피펫팁에서파란색라이브러리물방울을없애십시오.

라이브러리분리튜브스트립취급} 튜브에라벨을붙여샘플위치를추적하십시오.

} 판또는다른기기의웰을사용하여라이브러리분리튜브스트립을똑바로세우십시오.

} 라이브러리분리튜브스트립을원심분리하지마십시오.

실행수행

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라이브러리준비작업흐름

제어소프트웨어에서 Prepare Libraries(라이브러리준비)를선택합니다.

제어소프트웨어를사용하여실행을설정하거나BaseSpace 실행에서선택합니다.

기기에라이브러리카드를놓습니다.

오일,샘플및시약을라이브러리카드에장착합니다.

Start Run(실행시작)을선택하여라이브러리준비를시작합니다.

라이브러리카드에서라이브러리를추출하고오일에서분리합니다.

기기에서라이브러리카드를분리합니다.

실행설정시작


실행설정시작

1 Home(홈)화면에서Prepare Libraries(라이브러리준비)를선택합니다.

실행설정을시작하는단계는기기구성방식에따라다릅니다.자세한정보는49페이지의

시스템설정구성을참조하시기바랍니다.

} BaseSpace 또는BaseSpace Onsite —실행설정화면에는BaseSpace준비탭을사용하여설정한실행목록이표시됩니다.

} 독립실행형—Run Setup(실행설정)화면에실행매개변수를정의하는필드가포함됩니다.

Prepare Libraries(라이브러리준비)화면에는다음명령이포함되어있습니다.

} Back(뒤로)—이전화면으로돌아갑니다.} Exit(종료)—변경내용을저장하지않고Prepare Libraries(라이브러리준비)화면으로돌아갑니다.

} Next(다음)—변경내용및진행상황을다음화면에저장합니다.

BaseSpace에로그인(BaseSpace구성)

참고시스템이기본로그인을사용하고BaseSpace 로그인화면을건너뛰도록구성되어있는경우BaseSpace 화면이나타나지않습니다.자세한정보는 50페이지의 BaseSpace 구성설정을참조하십시오.

1 BaseSpace사용자이름및암호를입력합니다.

2 Next(다음)를선택합니다.

실행선택(BaseSpace구성)

1 목록을실행이름의알파벳순서에따라오름차순또는내림차순으로정렬하려면 아이콘

을선택합니다.

2 가장최근에저장한실행을목록맨위에표시하는방식으로실행이저장된순서대로목록을

정렬하려면 아이콘을선택합니다.

3 목록을프로토콜유형의알파벳순서에따라오름차순으로정렬하려면Protocol Type(프로

토콜유형)을선택합니다.

4 특정프로토콜만보려면Filter(필터)를선택합니다.

5 BaseSpace에서설정된실행목록에서실행을선택합니다.


실행수행

24 자료번호20000941


실행매개변수지정(독립실행형구성)

1 다음방법을사용하여실행할프로토콜을선택하십시오.

} Select by barcode(바코드로선택)를선택하여다음방법으로프로토콜을자동으로식별합니다.두방법모두Track(추적)화면에일련번호가표시됩니다. 27페이지의소모품추적을참조하시기바랍니다.

} 바코드스캐너를사용하여시약판에서바코드를스캔합니다.삐소리가나면스캐너가시약판바코드를읽었다는뜻입니다.화면에시약판일련번호가표시됩니다.

} Scan reagent plate barcode(시약판바코드스캔)필드에시약판일련번호를입력합니다.

} Select by name(이름으로선택)을선택하여목록에서프로토콜을선택합니다.} 프로토콜옵션이표시됩니다.} 목록에서원하는프로토콜을선택합니다.} 목록이너무길어서한화면에모두표시되지않으면화면의스크롤바를사용하여목록을살펴봅니다.


3 [선택사항]프로토콜의다른버전을실행하려면Change Version(버전변경)을선택합니

다.

} 실행할버전을선택합니다.} 기본버전으로실행할다른버전을선택합니다.초기설정시기본버전은최신버전입니다.


실행설정


실행설정

라이브러리준비를시작하려면기기에서실행을구성및확인하고소모품을추적하십시오.실행설정의옵션은시스템구성및사용자지정설정에따라다릅니다.기본설정을검토하고필요에따라수정합니다.

실행구성

참고

• 구성옵션및설정은프로토콜에따라다릅니다.선택한프로토콜에대한옵션및기본값은사용중인키트에대한라이브러리준비안내서를참조하십시오.

• BaseSpace 모드에서실행되는동안에는 PCR주기설정만편집할수있습니다.

1 [선택사항] Load Settings(설정장착)를선택하여생성및저장한실행구성을기기에장착

한다음Load(장착)를선택합니다.

} Alphabet(알파벳순)—목록을알파벳순서에따라오름차순또는내림차순으로정렬합니다.

} Recently Added(최근에추가한항목)—가장최근에저장한설정을목록맨위에표시하는방식으로목록을정렬합니다.

2 기본적으로실행에대해모든프로세스가선택됩니다.원하는경우선택적프로세스를선택

취소합니다.

} Prep Library(라이브러리준비)—라이브러리를준비합니다.이옵션은반드시선택해야합니다.

} [선택사항] Quantify(정량화)—라이브러리준비가완료되면실행동안샘플을정량화합니다.

} [선택사항] Normalize(정규화)—정량화가완료되면실행동안최종라이브러리를정규화합니다.이옵션은Quantify(정량화)도선택한경우에만선택할수있습니다.

3 [선택사항]실행구성을저장하려면Save Settings(설정저장)를선택합니다.

} File Name(파일이름)필드에파일이름을입력합니다.} Save(저장)를선택하여구성을저장합니다.또는실행구성을저장하지않고Configure(구성)화면으로돌아가려면Back(뒤로)을선택합니다.

} 장착한구성의매개변수가수정되면구성을새이름으로저장해야합니다.

4 기본매개변수를검토하고필요한경우수정합니다.매개변수옆의Default(기본값)를선택

하여기본설정으로다시설정합니다.

} Sample Count(샘플수)—실행의샘플수입니다.} PCR Cycles(PCR주기)—PCR주기의수입니다.기본설정만지원됩니다.} Insert Size(삽입크기)—샘플삽입크기입니다.사용가능한경우각샘플에대해삽입크기옵션을선택해야합니다. Mixed(혼합)옵션을선택한경우실행설정을확인할때각

샘플의삽입크기를지정해야합니다.자세한내용은26페이지의실행확인을참조하십시오.


실행수행

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실행확인

참고BaseSpace 모드에서실행할경우실행확인설정을변경할수없습니다.

1 실행정보를확인합니다.

} Run Name(실행이름)—실행의이름입니다.} Operator(작업자)—실행을작동하는사람입니다.} Project(프로젝트)—실행이수행되는프로젝트입니다.} Secondary Output Folder(보조아웃풋폴더)—기기의표준로컬저장위치외에,실행파일의복사본이저장되는선택적위치입니다.이폴더는50페이지의BaseSpace구성설정에서지정됩니다.

} Notes(참고)—실행에대한참고사항입니다.

2 [선택사항] Run Info(실행정보)탭을선택한상태로Edit(편집)를선택하여Run

Information(실행정보)탭에서필드를편집하고Save Changes(변경내용저장)를선택합

니다. BaseSpace에서실행설정의참고사항은편집할수없습니다.

3 샘플정보를확인합니다.

} Well(웰)—라이브러리카드의샘플위치입니다.} Pool(풀)—실행이종료될때샘플이포함될풀입니다.} Sample Name(샘플이름)—샘플의이름입니다.} Index(인덱스)—샘플에추가될인덱스(어댑터이름및시퀀스)입니다.} Insert Size(삽입크기)—샘플삽입크기입니다.실행매개변수에대해Mixed Insert Size(혼합삽입크기)옵션을선택한경우샘플삽입크기가표시되며5단계가필요합니다.일

부프로토콜에대해서는사용할수도없고필요하지도않습니다.

4 [선택사항] Import Sample Sheet(샘플시트가져오기)를선택하여저장된샘플시트로이

동합니다. Illumina 실험관리자(IEM)를사용하여해당샘플시트를만들거나BaseSpace

Prep(BaseSpace준비)탭을사용하여샘플및라이브러리준비실행을구성합니다.자세한

내용은4페이지의추가리소스를참조하십시오.

5 [선택사항] Sample Info(샘플정보)탭을선택한상태로Edit(편집)를선택하여샘플정보

를편집합니다.

} Sample Name(샘플이름)필드편집} Index(인덱스)필드편집:

} 인덱스를선택합니다.} 목록이열리면해당인덱스를선택합니다.} Select(선택)를선택합니다.

} 각샘플행에사용되는기본인덱스집합을편집합니다.} Default(기본값)를선택합니다.} 샘플1~8및/또는9~16에대한기본인덱스열(A~H, I~P 또는Q~X)을선택합니다.

} Select(선택)를선택합니다.} 2개의다른샘플삽입크기로라이브러리준비를실행할경우각샘플에대해삽입크기를지정하십시오.

} Insert Size(삽입크기)열에서Edit(편집)를선택합니다.삽입크기숫자가표시됩니다.

} 삽입크기숫자를선택하여삽입크기옵션간을전환할수있습니다.} Save Changes(변경내용저장)를선택합니다.


실행설정


소모품추적실행에사용되는라이브러리준비키트소모품을추적합니다.

} 특정라이브러리준비키트소모품의경우사용하는키트에대한라이브러리준비안내서를참조하십시오.

} 오일병및시약판일련번호추적이필요합니다.

} 프로토콜에따라,다른소모품추적이필요할수도있습니다.

모든소모품에대한추적정보제공은NeoPrep에서필수사항으로구성하지않았다면비활성화할수있으며선택사항입니다. 13페이지의시스템설정사용자지정에서모든소모품추적을참조하시기바랍니다.

} 모든소모품이필요한경우모든정보를스캔하거나수동으로입력할때까지실행설정을계속할수없습니다.

} 일부소모품만필요한경우필요한소모품만Required(필수)탭에표시됩니다.필수소모품이외의소모품에대한정보를스캔하거나수동으로입력하는것은선택사항입니다.

소모품추적수행

1 각탭의소모품필드를채우려면해당탭을선택합니다.

일부소모품만필요한경우Required(필수)탭에추적이필요한소모품만표시되며,해당소

모품에대한일련번호만필요합니다.

2 다음중하나를수행합니다.

} NeoPrep바코드스캐너를사용하여소모품일련번호바코드를스캔합니다.삐소리가나면스캐너가바코드를읽었다는뜻입니다.화면에소모품일련번호가표시됩니다.

} 수동으로일련번호를입력합니다.일부소모품만필요한경우Required(필수)탭에추적이필요한소모품만표시되며,해당소

모품에대한일련번호만필요합니다.

3 소모품참조번호,제품번호및/또는유효기간를수동으로입력합니다.

4 각탭에대해1~3단계를반복합니다.


실행수행

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라이브러리카드장착

제어소프트웨어장착안내서는선택한프로토콜과관련해서오일,샘플,시약및어댑터를라이브러리카드에장착하기위한단계별지침을제공합니다.선택한프로토콜에대한라이브러리준비안내서에도지침이제공됩니다.

화살표를사용하여장착안내서를탐색하십시오.

아이콘 설명

다음화면을봅니다.

이전화면을봅니다.

각단계에대한자세한장착지침을숨깁니다.

각단계에대한자세한장착지침을봅니다.

절차

1 새비분말성(powder-free) 장갑을착용합니다.

2 화면지시에따라선택한프로토콜에대한소모품을수집합니다.에세이별소모품에대한자

세한내용은해당라이브러리준비안내서를참조하시기바랍니다.

경고라이브러리준비안내서에지정된피펫팁을사용합니다.다른팁은지원되지않으며지원되지않는팁을사용하면시약이제대로공급되지않아실행이실패할수있습니다.

3 소용돌이를만들어3초동안시약판을섞습니다.

4 5초동안600 × g로원심분리를수행합니다.

시약판을바로사용하지않을경우얼음위에따로둡니다.

라이브러리카드장착


5 화면지시에따라라이브러리카드를확인하십시오.

경고기기가손상되지않게하려면라이브러리카드가이드가라이브러리카드에있지않아야합니다.

그림 8 라이브러리카드대의라이브러리카드

a 라이브러리카드부분도어를엽니다.

b 라이브러리카드걸쇠해제를오른쪽으로밀고라이브러리카드를라이브러리카드대

에놓습니다.라이브러리카드의돌출피쳐와금이새겨진모서리가왼쪽에오도록합니

다.

c 라이브러리카드걸쇠해제를풀어,라이브러리카드걸쇠로라이브러리카드대에라이

브러리카드가고정되도록합니다.

d 라이브러리카드부분도어를닫은후Verify Library Card(라이브러리카드확인)를선

택합니다.라이브러리카드확인중에부분도어를열지마십시오.

참고숙련된사용자의경우장착지침을건너뛰어도됩니다.라이브러리카드를확인한후에 SkipGuide(안내서건너뛰기)를선택합니다.장착지침을건너뛰는경우 31페이지의실행시작을진행하십시오.

시스템설정에따라장착안내서지침이필요할수있습니다. 13페이지의시스템설정사용자지정에서장착안내서필요를참조하시기바랍니다.

6 라이브러리카드에라이브러리카드가이드를배치합니다.

그림 9 라이브러리카드의라이브러리카드가이드

7 화면지시에따라라이브러리카드에오일,샘플,시약및어댑터를장착하십시오.

경고시약판에는위험한물질이포함되어있습니다.흡입하거나섭취하거나피부또는눈에접촉할경우인체에상해를입을수있습니다.보안경,장갑및실험실가운등의보호장비를착용하십시오.사용한시약판은화학폐기물로취급하십시오.해당지역의정부안전기준에따라용기및사용하지않은내용물을폐기하시기바랍니다.자세한정보는support.illumina.com/sds.html에서사용중인키트에관한 SDS를참조하십시오.

http://www.illumina.com/msds

실행수행

30 자료번호20000941


그림 10 시약판에서라이브러리카드로전달레이아웃

A 시약판

B 라이브러리카드

C 오일

D 대형시약

E 소형시약

F 샘플

G 어댑터

8 라이브러리카드가이드를분리합니다.나중에분리프로세스동안사용할수있게잘둡니

다.

경고기기가손상되지않게하려면라이브러리카드가이드를라이브러리카드에서분리해야합니다.

9 라이브러리카드부분도어를닫습니다.

실행시작


실행시작

1 Start Run(실행시작)을선택하여실행을시작합니다.실행이완료될때까지는라이브러리

카드부분도어를열지마십시오.

기기가실행되고있을때는진행중인현재절차와예상되는실행완료시간이표시됩니다.

샘플및실행정보도사용할수있습니다.

} Run Data(실행데이터)—각샘플의이름,인덱스,정량화및정규화결과를제공합니다.} Run Details(실행세부정보)—프로토콜,작업자,실행 ID,라이브러리카드식별자,프로세스,실행매개변수를비롯한실행정보를제공합니다.

참고실행을중지하려면 Stop(중지)을선택합니다.중지를확인하는대화상자가열립니다.실행정지는변경이불가능합니다. 중지된실행은다시시작할수없습니다.라이브러리카드의시약및샘플은복구할수없습니다.

2 실행이완료되면Next(다음)를선택하고라이브러리분리를계속진행합니다.

참고실행이완료된후에라이브러리카드의라이브러리를최대 3일동안실온에두어도됩니다.

실행수행

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라이브러리분리

제어소프트웨어분리안내서에서는라이브러리카드에서라이브러리를수집하고,오일에서라이브러리를분리하고,기기에서라이브러리카드를분리하기위한단계별지침을제공합니다.선택한프로토콜에대한라이브러리준비안내서에도지침이제공됩니다.

화살표를사용하여분리안내서를탐색하십시오.

아이콘 설명

다음화면을봅니다.

이전화면을봅니다.

각단계에대한자세한장착지침을숨깁니다.

각단계에대한자세한장착지침을봅니다.

계속하기전에필요한모든필수소모품이있는지확인하십시오.

} RSB(재현탁완충액)

} 라이브러리분리튜브스트립(2)

} 96웰0.3ml PCR판(2)

} 마이크로씰 'B' 접착씰(2)

경고사용된라이브러리카드에는위험한물질이포함되어있습니다.흡입하거나섭취하거나피부또는눈에접촉할경우인체에상해를입을수있습니다.보안경,장갑및실험실가운등의보호장비를착용하십시오.사용한시약판은화학폐기물로취급하십시오.해당지역의정부안전기준에따라용기및사용하지않은내용물을폐기하시기바랍니다.자세한정보는support.illumina.com/sds.html에서사용중인키트에관한 SDS를참조하십시오.

http://www.illumina.com/msds

라이브러리분리


절차

1 2°C~8°C 보관소에서RSB를꺼낸후실온상태가될때까지둡니다.

2 2개의새96웰0.3ml PCR판1~16의웰에라벨을붙입니다.

3 라이브러리분리튜브스트립1–8의각튜브와또다른라이브러리분리튜브스트립9–16

의각튜브에라벨을붙입니다.

4 PCR판의각웰에10µl RSB를추가합니다.

5 라이브러리카드부분도어를열고라이브러리카드에라이브러리카드가이드를배치합니

다.

6 200µl 피펫을사용하여웰1L~8L과웰9L~16L에서20µl를RSB가포함된판의일치하는

웰1~16으로옮깁니다.피펫작업을수행하여섞습니다.

그림 11 라이브러리카드수집웰

A 수집웰 1L–8L

B 수집웰 9L–16L

7 짧게원심분리를실시합니다.

8 판의웰1~8과9~16의전체용량을일치하는라이브러리분리튜브1~16의멤브레인중

앙에서움푹들어간부분으로옮깁니다.

9 오일이튜브에흡수되는동안라이브러리분리튜브를10초정도가만히세워둡니다.

10 새PCR판의해당웰1~16으로라이브러리분리튜브1~8의전체용량을옮긴후, 9~16

의전체용량을옮깁니다.

11 라이브러리카드대에서라이브러리카드및라이브러리카드가이드를분리합니다.

12 관련기준에따라라이브러리카드를폐기합니다.

13 라이브러리카드부분도어를닫은후Home(홈)을선택합니다.

14 라이브러리카드에서라이브러리가수집되고오일에서분리된후의처리방법에대한지침

은실행중인프로토콜에대한라이브러리준비안내서를참조하시기바랍니다.

34 자료번호20000941


4장


4장 관리

관리

소개 36

세척 37

오염제거 38

소프트웨어업데이트 39

기기종료또는다시시작 41

관리

36 자료번호20000941


소개

정상적인작동절차를따라야기기관리를올바로수행할수있습니다.

예방관리Illumina에서는연단위로(또는하루에여러번실행하는경우에는보다자주)예방관리서비스및보정을예약할것을권장합니다.서비스계약기간이지난경우해당지역계정관리자나Illumina 기술지원부서에연락해유료예방관리서비스를요청하십시오.

세척


세척

필요에따라기기및테스트카드를세척합니다.

기기세척전원이꺼져있는지확인하고세척동안기기플러그를뽑아두어야합니다.실험실용천에이소프로필을묻혀라이브러리카드대표면을잘닦아줍니다.

오일오염세척

경고드문경우지만오일이유출되거나라이브러리카드대위로흘러기기로유입될수있습니다.이경우 Illumina 기술지원부서에추가지침을요청하십시오.기기를계속사용하지마십시오.

소량의오일이보이는표면에누출되면70%이소프로필알코올로표면을닦으십시오.오일양에따라필요한경우이절차를반복하십시오.다음과같은물품이필요합니다.

} 70%이소프로필알코올

} 먼지없는티슈

절차

1 먼지없는티슈에70%이소프로필알코올을적십니다.티슈를완전히담그지는마십시오.

2 모든오일이흡수될때까지기기에서오일이묻은표면을닦아줍니다.

NeoPrep테스트카드세척테스트에실패하면NeoPrep테스트카드를세척한후테스트를다시수행합니다.또한더러워보이거나케이스밖에방치되었던테스트카드도세척합니다.

다음과같은물품이필요합니다.

} 알코올천

} 먼지없는티슈

절차

1 알코올천을사용하여NeoPrep테스트카드상단의돌출된2개표면을닦습니다.

2 테스트카드가장자리가깨끗해지도록먼지를털어냅니다.

3 먼지없는티슈를사용하여가볍게두드려말립니다.

4 알코올천을사용하여테스트카드상단의광택있는형광테이프를닦습니다.

5 먼지없는티슈를사용하여가볍게두드려말립니다.테이프에얼룩,지문,보풀이나티슈섬

유가없도록합니다.

6 알코올천을사용하여테스트카드의아래쪽면을닦습니다. NeoPrep전기컴포넌트에닿는

금색사각형부분을닦습니다.

관리

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오염제거

기기의오염을제거해야하는상황은다음과같습니다.

} 생물학적위험물질이쏟아진경우

} 기기를 Illumina에반품하는경우

오염제거프로세스를수행하려면기기의기본적인설정및작동을잘알아야합니다.

} 70%이소프로필알코올을사용하여감염된물질및혈액의오염을제거하십시오.

} 오염된기기를취급하거나오염제거절차를수행할때는항상보호장갑과보안경을착용하십시오.

} 살충제오염가능성이있는경우에는안면보호대를착용해야합니다.

다음과같은물품이필요합니다.

} 70%이소프로필알코올

} 탈이온수또는정제수

} 보안경

} 장갑

} 실험실가운

} 종이타월또는보풀없는면헝겊

절차

1 기기전원을끄고전원공급장치플러그를뽑습니다.절대기기를액체에담그지마십시오.

2 종이타월이나천에70%이소프로필알코올을적십니다.타월이나헝겊을담그지마십시

오.

3 기기의노출된모든표면을닦아줍니다.

4 라이브러리카드부분도어를열고해당부분의모든내부표면을70%이소프로필알코올로

닦아줍니다.

5 20분정도기다립니다.이소프로필알코올이서서히마르도록놓아둡니다.알코올을닦아

서말리지는마십시오.

6 탈이온수또는정제수를종이타월이나헝겊에적시고이소프로필알코올로닦은모든표면

을닦아줍니다.

7 마른종이타월이나헝겊을사용하여젖은표면을말립니다.

8 종이타월이나헝겊과장갑을승인된생물학적유해물질용기에폐기합니다.

소프트웨어업데이트


소프트웨어업데이트

소프트웨어업데이트는System Suite라고하는소프트웨어번들에패키징되어있는데,여기에포함된소프트웨어는다음과같습니다.

} NeoPrep제어소프트웨어

} 펌웨어

} 프로토콜

} BaseSpace Broker

기기에설치된System Suite현재버전은제어소프트웨어 About(정보)화면에나타납니다.

인터넷연결을사용하여자동으로,또는네트워크나USB위치에서수동으로소프트웨어를업데이트할수있습니다.소프트웨어업데이트에는현재프로토콜의주기적인업데이트버전과새프로토콜이추가되어있습니다.

} Automatic updates(자동업데이트) -기기가인터넷접속을통해네트워크에연결되어있으면업데이트를사용할수있게될때Home(홈)화면의Manage Instrument(기기관리)버

튼에경보 아이콘이나타납니다.

} Manual updates(수동업데이트)—기기가인터넷접속을통해네트워크에연결되어있지않으면Manage Instrument(기기관리)화면의Software Update(소프트웨어업데이트)명

령을사용하여수동으로업데이트하십시오.

자동소프트웨어업데이트

1 경보 아이콘을선택하여업데이트를시작합니다.명령을확인하는대화상자가열립니

다.

2 설치마법사의메시지를따릅니다.

a 라이선스계약에동의합니다.

b 릴리스정보를검토합니다.

c 업데이트에포함된소프트웨어목록을검토합니다.

업데이트가완료되면제어소프트웨어가자동으로다시시작됩니다.

참고펌웨어업데이트가포함된경우에는펌웨어가업데이트된후시스템을자동으로다시시작해야합니다.

수동소프트웨어업데이트

1 소프트웨어설치파일을다운로드하여네트워크위치에저장합니다.

또는소프트웨어설치파일을휴대용USB드라이브에복사합니다.

2 Manage Instrument(기기관리)를선택합니다.

3 Software Update(소프트웨어업데이트)를선택합니다.

4 Manually install the update from the following location(다음위치에서수동으로업데이

트설치)을선택합니다.

5 ...를선택하여소프트웨어설치파일의위치로이동한다음Update(업데이트)를선택합니

다.

관리

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6 설치마법사의메시지를따릅니다.

a 라이선스계약에동의합니다.

b 릴리스정보를검토합니다.

c 업데이트에포함된소프트웨어목록을검토합니다.

업데이트가완료되면제어소프트웨어가자동으로다시시작됩니다.

참고펌웨어업데이트가포함된경우에는펌웨어가업데이트된후시스템을자동으로다시시작해야합니다.

프로토콜관리


2 Protocol Management(프로토콜관리)를선택합니다.

버전번호를포함하여설치된프로토콜이표시됩니다.

Select(선택)화면에표시되는프로토콜의경우 Installed(설치됨)열에확인표시가나타납

니다.설치된프로토콜도구성가능하므로Select(선택)화면에표시되지않습니다. Select

(선택)화면에대한자세한내용은24페이지의실행매개변수지정(독립실행형구성)을참조하시기바랍니다.

3 Installed(설치됨)설정을수정하여Select(선택)화면에서프로토콜가용성을지정합니다.

} 프로토콜사용가능—프로토콜을Select(선택)화면에서선택할수있게하려면 Installed(설치됨)열의전환스위치를오른쪽으로밉니다. Installed(설치됨)열에확인표시가나

타납니다.

참고이름은같으나버전번호가다른프로토콜을동시에사용할수있습니다.

} 프로토콜사용불가능—프로토콜이Select(선택)화면에표시되지않게하려면 Installed(설치됨)열의전환스위치를왼쪽으로밉니다. Installed(설치됨)열에X가나타납니다.

Select(선택)화면에서보이지않는프로토콜은실행할수없습니다.

4 목록에서프로토콜을선택하면화면오른쪽에전체프로토콜이름,버전및설명이표시됩니

다.

5 Back(뒤로)을선택하여설정을저장하고Manage Instrument(기기관리)화면으로돌아갑

니다.

기기종료또는다시시작


기기종료또는다시시작

정상적인작동상태에서는기기를종료하거나다시시작할이유가없습니다.그러나기기를꺼야하거나다시시작해야할경우다음지침을따르십시오.


2 Shut Down(종료)을선택합니다.

3 다음옵션중에서선택합니다.

} 소프트웨어및기기의전원을종료하려면Shut Down(종료)을선택합니다.} Restart(다시시작)를선택하여Windows를종료했다가다시시작하고,제어소프트웨어를다시시작한후기기를초기화합니다.이명령은일반적으로문제해결세션중에

Illumina 기술지원담당자의지시에따라사용합니다.

} 제어소프트웨어를닫고운영체제에직접액세스하려면Exit to Windows(Windows로이동)를선택합니다.관리작업을위해Windows로이동합니다.소프트웨어인터페이스

에서키오스크모드로정상작동이수행됩니다.

4 기기를종료한후에는최소60초동안기다렸다가기기를다시켜십시오.

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부록A


부록A 문제해결

문제해결

소개 44

로그파일액세스 45

시스템검사 46

기기수평유지 48

시스템설정구성 49

오류해결 52

실행중지 53

문제해결

44 자료번호20000941


소개

기술관련문의가있는경우 Illumina 웹사이트의NeoPrep지원페이지를방문하시기바랍니다.지원페이지에서는설명서,다운로드,온라인교육및자주묻는질문과답변에액세스할수있습니다. MyIllumina 계정에로그인하여지원게시판에액세스하시기바랍니다.

NeoPrep에서오류가발생하면대부분의경우오류를수정하고실행을완료하기위한지침을제공하는메시지가표시됩니다.이섹션에는문제를해결하는데도움을주는파일및정보에액세스하는방법도제공됩니다.

실행품질또는성능관련문제는 Illumina 기술지원부서에문의하십시오.연락처정보는55페이지의기술지원을참조하시기바랍니다.

http://support.illumina.com/sequencing/sequencing_instruments/neoprep-library-system.html

로그파일액세스


로그파일액세스

로그파일은각실행및시스템검사에대한정보를제공합니다. Illumina 기술지원담당자는문제해결을위해로그파일복사본을요청할수있습니다.한번에하나의로그파일을전송하거나복사할수있습니다.

1 Home(홈)화면에서Access Logs(로그액세스)를선택합니다.

2 탭을선택합니다.

} 실행—목록에서실행을선택하고Details(세부정보)를선택하여실행세부정보,소모품정보,샘플정보및표준곡선을확인합니다.

} 시스템검사—목록에서시스템검사를선택하고Details(세부정보)를선택하여세부정보를확인합니다.

3 선택한로그를이메일로전송하려면Email(이메일)을선택합니다.

a 수신자의주소를입력하거나Send to Illumina Technical Support(Illumina 기술지원

부서에보내기)를선택하고사이트지원번호를입력합니다.

b Email(이메일)을선택합니다.

4 선택한로그의복사본을네트워크위치에저장하려면Save(저장)를선택합니다.

a 네트워크위치를입력하거나해당네트워크위치로이동합니다.

b Select(선택)를선택합니다.

5 Back(뒤로)을선택합니다.

문제해결

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시스템검사

시스템검사는시스템의광학,자석,전기습윤및열요소를테스트합니다.이프로세스를수행하려면기기부속품키트에제공되는NeoPrep테스트카드가필요합니다.시스템검사는정상적인작동시나기기관리시에는수행할필요가없습니다.그러나 Illumina 기술지원담당자가문제해결중에시스템자체검사를수행하도록요청할수있습니다.

시스템검사수행

1 Manage Instrument(기기관리)화면에서SystemCheck(시스템검사)를선택합니다.

2 라이브러리카드부분도어를엽니다.

3 라이브러리카드걸쇠해제를오른쪽으로밀고NeoPrep테스트카드를라이브러리카드대

에놓습니다.돌출피쳐는왼쪽,금이새겨진모서리는오른쪽에오도록합니다.

참고라이브러리카드걸쇠해제를사용하십시오. NeoPrep테스트카드를라이브러리카드대에딸각거리며끼우지마십시오.

그림 12 라이브러리카드대의NeoPrep테스트카드

4 라이브러리카드걸쇠해제를풀어라이브러리카드걸쇠로라이브러리카드대에NeoPrep

테스트카드가고정되도록합니다.

5 라이브러리카드부분도어를닫습니다.

6 다음중에서실행할테스트를선택합니다. Optical(광학), Magnetic(자석), Electrowetting

(전기습윤)및/또는Thermal(열).

7 Run(실행)을선택합니다.시스템검사가시작됩니다.시스템검사는선택한테스트에따라

약55분이소요되며사용자는개입할필요가없습니다.

참고오류가발생하면제어소프트웨어에서제공되는지침을따르십시오.이오류를해결할수없으면 Illumina 기술지원부서에문의하십시오.

8 검사가완료되면NeoPrep테스트카드제거지침을보여주는대화상자가화면에나타납니

다. OK(확인)를선택합니다.

9 현재선택한테스트에대한검사를다시실행하려면Retry(재시도)를선택합니다.

10 실행할테스트를다시선택하려면Select Tests(테스트선택)를선택하고6~8단계를반복

합니다.

11 라이브러리카드부분도어를엽니다.

12 라이브러리카드걸쇠해제를오른쪽으로밀고NeoPrep테스트카드를라이브러리카드대

에서분리합니다.

시스템검사


13 라이브러리카드부분도어를닫은후나중에사용할수있게NeoPrep테스트카드를보관해

둡니다.


문제해결

48 자료번호20000941


기기수평유지

NeoPrep가수평이되어야합니다.

기기수평검사수행

1 Manage Instrument(기기관리)화면에서 Instrument Level(기기수평)을선택합니다.기

기의기울기가표시됩니다.빨간색텍스트는기기가지정된면에서수평을이루지않음을나

타냅니다.

2 제공된렌치나비슷한도구로기기다리를조절하여기기앞뒤,양측면이수평을이루도록

합니다.다리를확장하려면위에보이는것처럼시계방향으로돌립니다.실험실작업대도

수평이되어야합니다.


시스템설정구성



시스템은설치중에구성됩니다.그렇지만변경이필요하거나시스템을다시구성해야할경우시스템구성옵션을사용하십시오.

} 네트워크구성—IP 주소설정, DNS(도메인이름서버)주소,컴퓨터이름및도메인이름에대한옵션을제공합니다.

} BaseSpace 구성—기본BaseSpace로그인및기기상태보고에대한설정및BaseSpace에서의실행모니터링,독립실행형모드, BaseSpace, BaseSpaceOnsite를포함한분석

방법에대한옵션을제공합니다.

네트워크구성설정

1 Manage Instrument(기기관리)화면에서SystemConfiguration(시스템구성)을선택합

니다.

2 Network Configuration(네트워크구성)을선택합니다.

IP 및DNS설정

1 Obtain an IP address automatically(자동으로 IP 주소받기)를선택후DHCP 서버를사

용하여 IP 주소를받습니다.

참고DHCP(Dynamic Host Configuration Protocol)는네트워크구성매개변수를동적으로배포하기위해 IP 네트워크에서사용하는표준네트워크프로토콜입니다.

또는Use the following IP address(다음 IP 주소사용)를선택하여다음과같이기기를다

른서버에수동으로연결합니다.네트워크관리자에게시설에해당하는주소를문의합니다.

} IP 주소를입력합니다. IP 주소는점으로구분된일련의숫자4개입니다(예:168.62.20.37).

} IP 네트워크의하위분류인서브넷마스크를입력합니다.} 인터넷에연결된네트워크의라우터인기본게이트웨이를입력합니다.

2 Obtain DNS server address automatically(DNS 서버주소를자동으로받기)를선택하여

IP 주소와연결된도메인이름서버에기기를연결합니다.

또는Use the following DNS addresses(다음DNS 주소사용)를선택하여다음과같이기

기를도메인이름서버에수동으로연결합니다.

} 기본설정DNS 주소를입력합니다. DNS 주소는도메인이름을 IP 주소로전환하는데사용되는서버이름입니다.

} 대체DNS 주소를입력합니다.대체주소는기본설정DNS에서특정도메인이름을 IP 주소로전환할수없는경우에사용됩니다.


참고기기컴퓨터이름은제조시기기컴퓨터에할당되는이름입니다.컴퓨터이름을변경하면연결에영향을미쳐네트워크관리자의도움이필요할수있습니다.

컴퓨터이름및도메인또는작업그룹설정

1 컴퓨터이름은제조시기기컴퓨터에할당되는이름입니다.

일반적으로컴퓨터이름을변경할필요가없습니다.이화면에서컴퓨터이름을변경하면연

결상태가영향을받고네트워크관리자의사용자이름및암호가필요할수있습니다.

2 다음과같이기기컴퓨터를도메인또는작업그룹에연결합니다.

문제해결

50 자료번호20000941


} 기기가인터넷에연결된경우—Domain(도메인)을선택하고시설에서인터넷연결과관련된도메인이름을입력합니다.도메인을변경하려면관리자의사용자이름과암호가필

요합니다.

} 기기가인터넷에연결되지않은경우—Workgroup(작업그룹)을선택하고작업그룹이름을입력합니다.시설에고유한작업그룹이름을사용합니다.


메시지통신설정

1 SMTP Server(SMTP 서버)필드에서이메일서버의이름을입력합니다.

2 Port(포트)필드에SMTP(SimpleMail Transfer Protocol) 포트의번호를입력합니다.기본

값은587입니다.

3 암호화에표준보안기술을사용하지않으려면Use SSL(SSL사용)을선택취소합니다.

4 User Account(사용자계정)필드에이메일계정사용자이름을입력합니다.

5 Password(암호)필드에이메일계정암호를입력합니다.

6 Finish(완료)를선택하여설정을저장하고SystemConfiguration(시스템구성)화면으로

돌아갑니다.

참고컴퓨터이름,도메인또는작업그룹을변경한경우시스템을다시시작해야합니다.시스템다시시작을확인하는메시지가표시됩니다.Continue(계속)를선택하여계속진행합니다.

BaseSpace구성설정

1 Manage Instrument(기기관리)화면에서SystemConfiguration(시스템구성)을선택합

니다.

2 BaseSpace Configuration(BaseSpace 구성)을선택합니다.

3 다음옵션중에서선택하여BaseSpace또는BaseSpaceOnsite인터페이스로작동되거

나,독립실행형으로작동되도록지정하십시오.

} IlluminaBaseSpace로데이터를전송하려면BaseSpace를선택합니다. [선택사항]BaseSpace이외의위치에데이터복사본을저장하려면...를선택하여보조네트워크

Output Folder(아웃풋폴더)위치를지정합니다.

} BaseSpace Onsite를선택합니다. API URL필드에BaseSpaceOnsite서버의전체경로를입력합니다. [선택사항] BaseSpaceOnsite서버이외의위치에데이터복사본을

저장하려면...를선택하여보조네트워크Output Folder(아웃풋폴더)위치를지정합니

다.

} 데이터를네트워크위치에만저장하려면Standalone instrument(독립실행형기기)를선택합니다. ...를선택하여기본설정네트워크Output Folder(아웃풋폴더)위치를지정

합니다.제어소프트웨어가아웃풋폴더이름을자동으로생성합니다.

주의기기컴퓨터의위치를아웃풋폴더로지정하지마십시오. Illumina에서는네트워크위치만사용하는것이좋습니다.기기하드드라이브의용량은여러번의실행을수행할만큼충분하지만,드라이브가가득차면후속실행이진행되지않을수있습니다.

4 Next(다음)를선택하여다음화면으로이동합니다.

5 BaseSpace또는BaseSpaceOnsite를선택한경우BaseSpace매개변수를다음과같이

설정합니다.

} BaseSpace에기기를등록하려면BaseSpace사용자이름및암호를입력합니다.



} 등록된사용자이름및암호를기본로그인으로설정하려면Use default login andbypass the BaseSpace login screen(기본로그인사용및BaseSpace 로그인화면건

너뛰기)을선택합니다.이설정을사용하면실행설정중에BaseSpace화면을건너뜁니

다.

6 BaseSpace를선택한경우Send instrument health information to Illumina Technical

Support(Illumina 기술지원부서에기기상태정보보내기)를선택하여 Illumina에로그파

일을전송합니다. BaseSpaceOnsite에서는이옵션을사용할수없습니다.

7 Finish(완료)를선택합니다.

문제해결

52 자료번호20000941


오류해결

실행전검사오류가발생하면다음의권장작업을수행하여오류를해결하거나,제어소프트웨어에서제공하는지침을따르십시오.이오류를해결할수없으면 Illumina 기술지원부서에문의하십시오.

실행전검사 권장조치

도어닫힘 라이브러리카드부분도어가닫혀있는지확인합니다.

라이브러리카드확인 라이브러리카드센서가등록되지않습니다.라이브러리카드가라이브러리카드대에제대로장착되었는지확인합니다.

필수소프트웨어 소프트웨어의중요컴포넌트가누락되어있습니다.

수동소프트웨어업데이트를수행하여모든소프트웨어컴포넌트를복원합니다.

기기디스크공간 기기하드드라이브의디스크공간이부족하여실행을수행할수없습니다.이전실행의데이터가전송되지않았을수있습니다.

기기하드드라이브에서모든실행데이터를지웁니다.

네트워크연결 네트워크연결이중단되었습니다.네트워크상태및물리적네트워크연결을확인합니다.

네트워크디스크공간 네트워크서버가가득찼습니다.

백업한후불필요한파일을제거합니다.

기울기오류 제공된렌치나비슷한도구로기기다리를조절하여기기앞뒤,양측면이수평을이루도록합니다.다리를확장하려면위에보이는것처럼시계방향으로돌립니다.또한실험실작업대도수평이되어야합니다. 48페이지의기기수평유지를참조하시기바랍니다.

실행중지


실행중지

NeoPrep은사용자가개입하지않고도처음부터끝까지실행을완료하도록설계되었습니다.그러나Prepare Libraries(라이브러리준비)화면에서실행을중지할수도있습니다.실행이제대로설정되지않았거나하드웨어오류가발생한경우실행을중지할수있습니다.

Prepare Libraries(라이브러리준비)화면에서Stop(중지)버튼을사용하여완료되기전에실행을중단할수있습니다.중지를확인하는대화상자가열립니다.실행정지는변경이불가능합니다.중지된실행은다시시작할수없습니다. NeoPrep은통합라이브러리준비모듈의라이브러리카드를라이브러리카드부분으로이동합니다.라이브러리카드의시약및샘플은복구할수없습니다.

54 자료번호20000941


기술지원


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neoprep 라이브러리 준비 시스템 안내서 15049720...개요 2 자료번호20000941...

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