metschnikowia pulcherrima türü mayaların İzolasyonu ve...
TRANSCRIPT
![Page 1: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/1.jpg)
Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve Pulcherrimin’in Antimikrobiyal Aktivitelerinin Araştırılması
Prof. Dr. Sezai Türkel
Uludağ Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü,
Moleküler Biyoloji Anabilim Dalı. 16059-Bursa.
![Page 2: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/2.jpg)
Mayalar ile Biyokontrol
Yer ve besin için yarışma/rekabet
“Killer Toksin” üretimi
Hücre dışı litik enzim üretimi
Diğer mekanizmalar
![Page 3: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/3.jpg)
Metschnikowia pulcherrima
• Bazı suşları Biyokontrol maya olarak Penicillium ve Botrytis’e etkili
• Etki mekanizması tam olarak bilinmiyor (Fe++ immobilizasyonu ??)
• Doğal habitatı Çiçek ve bazı meyvelerdir.
• Bitkiler/meyveler Arasında Çoğunlukla Apis ve Drosophiloid’lerce taşınmaktadır.
• Bazı suşları Pulcherrimin pigmenti üretir.
![Page 4: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/4.jpg)
Araştırmalarımızın amacı:
1-) Metschnikowia pulcherrima türü mayaları izole edip türlerini tanımlamak
2-) M. pulcherrima türü mayaların antagonistik özelliklerini araştırmak
2-) Endüstriyel önemi olan yeni maya türleri izole etmek, türlerini tanımlamak
3-) Saflaştırılıp türleri belirlenen mayaların endüstriyel amaçlar için kullanılabilirliklerini test etmek
![Page 5: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/5.jpg)
Kullanılan Yöntemler
• Meyve homojenatlarının hazırlanması
• YGC Agar (Maya özütü-Glukoz-Kloramfenikol-Agar) petrilerine ekim
• Pozitif maya kolonilerin Seçimi
• Pulcherrimin Üreten kolonilerin saf kültür olarak eldesi
• Fermentasyon/Assimilasyon testleri
• API ID 32c ile türlerin yaklaşık olarak belirlenmesi
• Genomik DNA izolasyonu ve ITS1-5.8s rDNA-ITS2 Dizilerinin belirlenmesi
• Antifungal ve Antibakteriyel aktiviteler için testler
• Antimikrobiyal aktivitesi olan M. pulcherrima türlerinin detaylıanalizi.
![Page 6: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/6.jpg)
SONUÇLARMaya türleri dağılımı (Tür tayini API ID 32c ile yapılmıştır)
Maya türleri Örneklerdeki frekansları
Pichia norvegensis %56
M. pulcherrima %18
Kloeckere japonica %13
Kloeckere apis %13
![Page 7: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/7.jpg)
Metchnikowia pulcherrima suşlarının seçilmesi(pulcherrimin üreten kolonilerin izolasyonu-YGC Agar Petrileri)
![Page 8: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/8.jpg)
Metchnikowia pulcherrima suşlarının seçilmesi(pulcherrimin üreten kolonilerin izolasyonu – YPD Petrileri)
![Page 9: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/9.jpg)
Metchnikowia pulcherrima suşlarının seçilmesi(pulcherrimin üreten kolonilerin izolasyonu- YPD Petrileri-)
![Page 10: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/10.jpg)
Metchnikowia pulcherrima suşlarının seçilmesi(pulcherrimin üreten kolonilerin izolasyonu- YPD Petrileri-)
![Page 11: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/11.jpg)
M. pulcherrima suşlarının ITS1-5.8s rDNA-ITS2 Bölgelerinin Genomik DNA’dan PCR ile çoğaltılmaları
M: Marker, 1-3: Sırasıyla UMY12, UMY14 ve UMY15 kodları ile verilen M. pulcherrima suşları genomik DNA örneklerinden ITS1 ve ITS4 primerleri ile elde edilen PCR sonuçları.
![Page 12: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/12.jpg)
Metschnikowia pulcherrima suşlarının rDNA dizileri ve BLAST analizi
• UMY12 sekans analizi ve blast sonuçları. ITS4 primeri ile sekanslanmıştır. >99862-M4-98989 sequence exported from 8-ITS4-21Nov2007[1].ab1
• NNAAATCGGAGCTCGAGGTGAGGAGAAGATGGGGCTAAACTTATTCTAGCGCCGTTGATATTAGGCCGAAGCAGGACCAAACCGGAGGTTTGAGAGTAAATATCGCTCACCCACGCATGCCCTGGGGAATACCCCGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCAATGATTCACGTCTGCAAGTCATATTACGTATCGCAATTCGCTGCGTTCTTCATCGATGCGAGAACCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTTTAATTGAGTTATTGAAGAATAAGATGTAGAGTGTGTGCCCAAAAGGGTGTAAAAATGTTTTTAAAGAGCCCTCCCCACGTGCACCCTACAGAAAAGNNNNNNNNNNN
• BLAST Analizi Sonucu:
• Metschnikowia pulcherrima isolate MB510, ITS1- 5.8S rRNA -ITS2, Length=327 Score = 478 bits (241), Expect = 7e-132 Identities = 262/269 (97%), Gaps = 0/269 (0%) Strand=Plus/Minus
![Page 13: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/13.jpg)
Metschnikowia pulcherrima suşlarının rDNA dizileri analizi
• UMY14 sekans analizi ve blast sonuçları. ITS4 primeri ile sekanslanmıştır.>99864-M4-98989 sequence exported from 9-ITS4-21Nov2007[1].ab1
• NNCCTAGACCGTACTCGAGGTGAGGAGAGATGGGGCTAAACTTATTCTAGCGCCGTTGATATTAGGCCGAAGCAGGACCAAACCGGAGGTTTGAGAGTAAATATCGCTCACCCACGCATGCCCTGGGGAATACCCCGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGATTCAATGATTCACGTCTGCAAGTCATATTACGTATCGCAATTCGCTGCGTTCTTCATCGATGCGAGAACCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTTTAATAGAGTATTTGACGGATAAGATGTAAAGTGTGTGCCTAAAAGGGTGTAAAAATGATTTTAATGATCCTTCCCCACGTGCACCTACAGAAGAGNNNNNNNNNNN
• BLAST Analizi Sonucu:
• Metschnikowia pulcherrima isolate MB510,
• ITS1- 5.8S rRNA -ITS2, , Score = 478 bits (241), Expect = 7e-132 Length=327
• Score = 486 bits (245), Expect = 3e-134
• Identities = 263/269 (97%), Gaps = 0/269 (0%) Strand=Plus/Minus
•
![Page 14: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/14.jpg)
Metschnikowia pulcherrima suşlarının rDNA dizileri analizi
• UMY15 sekans analizi ve blast sonuçları. ITS1 primeri ile sekanslanmıştır.
• >99866-M4-98988 sequence exported from 10-ITS1-15Nov2007[1].ab1
• NNNGGATATGTTTCCCCTTTAGGCCAACTCTAAATCTAACCGTCAATATCTTTATCAAAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTCGCATCGATGAAGAACGCAGCGAATTGCGATACGTAATATGACTTGCAGACGTGAATCATTGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCGGGGTATTCCCCAGGGCATGCGTGGGTGAGCGATATTTACTCTCAAACCTCCGGTTTGGTCCTGCTTCGGCCTAATATCAACGGCGCTAGAATAAGTTTTAGCCCCATTCTTTTTCCTCACCCTCGTAAGACTACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGCGAGGAAAANNNNNN
• BLAST Analizi Sonucu:
• Metschnikowia pulcherrima strain BIO126, ITS1- 5.8S rRNA -ITS2,
• Length=377 Score = 567 bits (286), Expect = 9e-159
• Identities = 292/294 (99%), Gaps = 0/294 (0%) Strand=Plus/Plus
![Page 15: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/15.jpg)
Metschnikowia pulcherrima suşlarının Antimikrobiyal aktiviteleriA- Bakteri ve Mayalar Üzerine etkileri (İnhibisyon Zonları mm olarak verildi)
Mikroorganizma
M. pulcherrima Suşları veinhibisyon zonları (mm)
UMY12 UMY14 UMY15
E. coli 4 NZ NZ
Proteus vulgaris 5 4 4
S. cerevisiae 2 3 3
D. occidentalis 3 4 4
K. marxianus NZ 2 5
C. albicans 2346 NZ 2 4
C. parapsilosis 2 4 5
C. krusei 1 3 4
C. dupliensis 1 2 2
C. tropicalis NZ 2 2
Tricosporon mucoides 1 4 4
![Page 16: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/16.jpg)
Metschnikowia pulcherrima suşlarının Antimikrobiyal aktiviteleri(Proteus vulgaris üzerine etkileri –Nutrient Agar petrileri)
![Page 17: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/17.jpg)
Metschnikowia pulcherrima suşlarının Antimikrobiyal aktiviteleriBazı Küfler Üzerine etkileri (İnhibisyon Zonları mm olarak verildi)
Mikroorganizmalar
M. pulcherrima suşları ve/İnhibisyon Zonları (mm)
UMY12 UMY14 UMY15
A. niger 16604 2 2 2
A. flavus 22293 1 2 3
A. terreus 1 2 2
A. fumigatus 1 3 3
Paecilomyces spp 2 3 3
Mucor spp 1 3 3
Bipolaris spp 1 4 3
![Page 18: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/18.jpg)
K. lactis türlerinde Laktaz (ββββ-galaktozidaz) sentezinin glukoz baskılamasıLaktaz (aβ-galaktozidaz) aktiviteleri Miller Ünitesi olarak verilmiştir. (SD: +/- %10)Metschnikowia pulcherrima suşlarının Antimikrobiyal aktiviteleri
(M. pulcherrima UMY12, UMY14, UMY15 suşlarının Paecilomyces spp’ye etkileri)
![Page 19: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/19.jpg)
Metschnikowia pulcherrima suşlarının Antimikrobiyal aktiviteleri(M. pulcherrima UMY12, UMY14, UMY15 suşlarının Mucor spp’ye etkileri)
![Page 20: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/20.jpg)
Metschnikowia pulcherrima suşlarının Antimikrobiyal aktiviteleri(M. pulcherrima UMY12, UMY14, UMY15 suşlarının Trichoderma spp’ye etkileri)
![Page 21: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/21.jpg)
Metschnikowia pulcherrima suşlarının Antimikrobiyal aktiviteleri(M. pulcherrima UMY14 suşunun Aspergillus terreus’a etkileri)
![Page 22: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/22.jpg)
Pulcherrimin Pigmenti Fe++ Bağlamaktadır(PNAS, 39, 583-593, 1953)
![Page 23: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/23.jpg)
Metschnikowia pulcherrima suşlarına Fe++ iyonlarının etkileri(YNB Glukoz + Fe++ Petrileri)
![Page 24: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/24.jpg)
Metschnikowia pulcherrima suşlarına Fe++ iyonlarının etkileri(Fe++ iyonları Antagonistik etkiyi bloke etmektedir)
![Page 25: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/25.jpg)
Genel Sonuçlar
• Saflaştırılan Metschnikowia pulcherrima türleri ayrı ırklara ait olabilir
• Metschnikowia pulcherrima türlerinin sentezlediği Pulcherrimin pigmentinin demir bağlama özellikleri türe göre değişmektedir.
• Metschnikowia pulcherrima türleri hasat sonrası ürün korumada (post harvest protection) biyoajan olarak kullanılabilir.
• Pulcherrimin antibakteriyel/antifungal etken madde olarak topikal uygulamalar için geliştirilebilir.
• Pulcherrimin ortamdaki Fe++ iyonlarının mikroorganizmalar tarafından kullanımınıbloke ederek etkisini göstermektedir.
![Page 26: Metschnikowia pulcherrima Türü Mayaların İzolasyonu ve ...maycalistaylari.comu.edu.tr/calistay2008/sunumlar/danisman/sezaiturkel.pdfKullanılan Yöntemler • Meyve homojenatlarının](https://reader031.vdocuments.site/reader031/viewer/2022022119/5e299a95015344738e4e65c2/html5/thumbnails/26.jpg)
•• TETEŞŞEKKEKKÜÜRLERRLER,,
• Proje desteği için
• Uludağ Üniversitesi BAP’a
• TÜBİTAK’a
• Teknik yardımlarından dolayı• Yrd. Doç. Dr. Tülay Turgut Genç’e (ÇOMU)
• Teşekkürler ederim.