mendeley : gestion de sa bibliographie et réseau social pour la partager

Mendeley, pour gérer sa e de ey, pou gé e sa bibliographie et la partager

Patricia Volland-Nail

Programme (Novembre 2013)Programme (Novembre 2013)

Présentation de MendeleyPrésentation de MendeleyPrise en main, installation et paramétrages, fonctionnalités offertes en mode local et en mode réseauConstitution et gestion de sa bibliothèque de références

Collecte des documents et des références bibliographiquesSaisie manuelle de référencesGestion des références

E l it ti d d t PDF iéExploitation des documents PDFs associésCitation de références bibliographiques dans ses articles ou autre document et création de listes de références autre document et création de listes de références conformément aux consignesMendeley, réseau social : participer à des groupes d’intérêt

29/11/2013 - URFIST Bordeaux2

commun pour échanger et partager des documents

Qu’est-ce que Mendeley ?Qu est ce que Mendeley ?

Présentation (version 1.10)

Qu’est ce que Mendeley ?Qu est-ce que Mendeley ?« The best free way to manage your research »

Organize, share, discover

http://www.mendeley.com

Un logiciel gratuit de gestion de références g g gbibliographiques et des PDFs associés, permettant de générer des citations et des bibliographies dans Word, OpenOffice ou LaTeXUn réseau social de chercheurs pour partager des documents, en découvrir d’autres parmi les millions disponibles, discuter dans des groupes publics


Qu’est ce que Mendeley ?Qu est-ce que Mendeley ?

Application disponible, quel que soit le système d’exploitation (Windows, Mac ou Linux), sur de multiples plateformes, en ligne sur le Web, et via les mobiles (iPhone ou iPad, Androïd)


Attention !Attention !Gratuité pour la gestion de ses documents dans certaines limites :

Possibilité de stocker en ligne gratuitement jusqu’à 2GBAu-delà, Premium Packages payants :


Mendeley réseau socialMendeley, réseau socialPour accéder à de

nombreux documents en ligneP ll b t Pour collaborer et partager dans des groupes d’intérêts groupes d intérêts communsPour se faire connaître et être présent sur le Web …

Pour découvrir de nouveaux collaborateurs

8 29/11/2013 - URFIST Bordeaux

2 interfaces principales synchronisables 2 interfaces principales synchronisables Mendeley Desktop à installer sur son poste de travail

Mendeley Research Network : accès Web via son compte personnel


Mendeley et les autres logiciels ?Mendeley et les autres logiciels ?

Quid de Mendeley par rapport à Endnote, Zotero, RefWorks ou Papers ?

Comparatif mis en ligne par Mendeley :p g p yhttp://www.mendeley.com/compare-mendeley/


Mendeley et ElsevierMendeley et ElsevierEn Avril 2013, l’équipe de Mendeley a annoncé qu’elle

i ’ rejoignait Elsevier, mais que Mendeley restait gratuit et qu’en aucun cas les « données » de Mendeley n’étaient transmises à Elsevier Elsevier …Sur le site de ScienceDirect, la publicité est faite pour Mendeley Mendeley …


Mendeley, logiciel de gestion de Mendeley, logiciel de gestion de la bibliographie

Installation et paramétrages

PréalablesPréalablesCréer son compte en ligne sur le site de Mendeley avant l’installation de l’interface en localInstaller en local Mendeley DesktopPlusieurs actions seront proposées :

Importer des références à partir de ZoteroInstaller le plugin pour citer les références à partir des traitements de texte (peut être fait plus tard)Installer le Web Importer pour importer automatiquement des références depuis de nombreuses bases de données académiques et plateformes de périodiquesacadémiques et plateformes de périodiques


Sites « compatibles » MendeleySites « compatibles » Mendeley

16

© Mendeley

29/11/2013 - URFIST Bordeaux

Créer son compte en ligneSign up & Download« Sign up & Download »

17© Mendeley

29/11/2013 - URFIST Bordeaux

Créer son compte en ligneSign up & Download (1)« Sign up & Download » (1)


Créer son compte en ligneSign up & Download (2)« Sign up & Download » (2)Suivre les instructions pas à pas : étape 1


Créer son compte en ligneSign up & Download (3)« Sign up & Download » (3)Etape 2


Créer son compte en ligneSign up & Download (4)« Sign up & Download » (4)Etape 3 : installer le Desktop


Installer la version « locale » (1)Installer la version « locale » (1)

On peut aussi installer la version locale (Desktop) avant de s’enregistrer sur le site


Installer la version « locale » (2)Installer la version « locale » (2)


Installation du Web ImporterInstallation du Web ImporterRappel : le Web Importer permet de transférer des références des sites compatibles vers Mendeley Faire glisser l’icône Save to Mendeley directement dans la barre des tâches de son navigateur


© Mendeley

Interface Desktop (en local)Interface Desktop (en local)A installer autant de fois que l’on veut sur son poste de travail ou plusieurs : un poste fixe, un portable …


Interface Desktop (en local)Interface Desktop (en local)Barre des tâches

Les réferences

Détail de la référence en sur-brillanceen sur brillance

Détail de la gestiondes références en dossiers, groupes, … g p


Filtres par auteurs,journaux, tags …

Interface WebInterface WebEspaces en lignes

Barre des tâches

Détail de la gestionDétail de la gestiondes références en dossiers, groupes, …

Les réferences


Filtres par auteurs,journaux, tags …

Interface Web : détail d’une référenceInterface Web : détail d une référence

En cliquant sur le titre de laréférence on obtient le détail

l’ difique l’on peut modifier et sauvegarder

28

Travailler avec les 2 interfacesTravailler avec les 2 interfacesLes 2 interfaces sont « synchronisables » et doivent l’être à chaque utilisation de l’interface locale afin de pouvoir avoir toujours accès à sa « bibliothèque » à jour

ll i l’i fquelle que soit l’interfaceLa synchronisation se fait à partir de la version locale

D k l b S« Desktop » avec le bouton « Sync »


Séance TD 1Séance TD 1

TD 1TD 1

Création de son compte en ligne sur http://www.mendeley.com

Installation du Desktopp

Installation du Web ImporterInstallation du Web Importer


Collecte et gestion des référencesCollecte et gestion des références

Avec Mendeley Desktop (1)Avec Mendeley Desktop (1)

Ajout de documents (Add Files) permet :Ajout de fichiers (Files) en allant directement chercher le j ( )document quelque part sur son ordinateurAjout de documents dans un dossier (Folders) en prenant l’ensemble des documents qui sont dans ce dossier spécifiqueSurveiller un dossier sur son ordinateur (Watch Folder)

i l d f i d fi hi d l pour inclure de façon continue des nouveaux fichiers dans le DesktopAjouter manuellement une référence (Add Entry Manually)


Ajouter manuellement une référence (Add Entry Manually)


Folders : créer (ou supprimer) des dossiers dans le Deskop pour classer ses référencesp pRelated : activer Related en étant positionné dans un dossier pour y incorporer des fichiers « en lien »p y pShare : partager une référence etl’envoyer par mail à un contact y p

34


Les menus File et Edit permettent les mêmes actions Les menus File et Edit permettent les mêmes actions que les boutons, avec des possibilités en plusLes menus View et Tools permettent des actions Les menus View et Tools permettent des actions spécifiques :

View pour des options de « visualisation » spécifiquesView pour des options de « visualisation » spécifiquesTools pour installer des plugins spécifiques ou paramétrer des options


Tools Options (1)Tools – Options (1)Informations générales et Options paramétrables

Détails des références


Tools Options (2)Tools – Options (2)Informations générales et Options paramétrables

Organisation des fichiersattachés aux références

Dossiers à surveiller :Watch Folder


Tools Options (3) Tools – Options (3) Liens avec BibTeX ou Zotero

BibTeX ZoteroBibTeX Zotero


Tools Options (4) Tools – Options (4) Options de connexions


« My Library »« My Library »Composantes de « My Library » :

Tous les documentsDocuments récemment ajoutésFavoris, pour un accès rapide à certaines référencesN d R i éfé é iNeeds Review : références nécessitantd’être « révisées » et confirméesMy Publications : références personnellesMy Publications : références personnellesUnsorted : références non classéesDossiers créés et collections partagéesDossiers créés et collections partagées

Notez bien : on retrouvera la même chose sur la version WebNotez bien : on retrouvera la même chose sur la version Web


Insérer des références et documents (1)Insérer des références et documents (1)Ajouter des documents directement à partir de fichiers PDF ou Word en faisant glisser le fichier dans le Desktop par un glisser-déposer (« Drag & Drop ») ou avec

Add Fil« Add Files »


Détail de la référencegrâce aux métadonnéesdu document : à vérifieréventuellement


Fichier lié directement àla référence

Insérer des références et documents (2)Insérer des références et documents (2)Entrer des références manuellement en remplissant les différents champs

Entrée possible aussi via le DOI, le PMID de Pubmed ou l’identifiant d’ArXiv :extraction directe des métadonnées, mais descompléments sont souvent à

i i saisir 29/11/2013 - URFIST Bordeaux43

Exemple d’ajout via le PMIDExemple d ajout via le PMID

Cliquer surla loupe

Puis cliquersur

L ll éfé

44

La nouvelle référence est entrée automatiquement

Avec Mendeley Web (1)Avec Mendeley Web (1)

L’insertion de références se fait avec des options L insertion de références se fait avec des options identiques à la version locale (y compris l’ajout manuel), mais surtout via la fonction Web Importer avec pl’icône Save Mendeley installée dans son navigateur



Exemple à partir de ScienceDirect : les différentes étapes :

Recherche d’articlesUtilisation du bouton Save to Mendeley dans la barre du navigateur pour sauvegarder les références obtenuesSélection des références à importerI di d l i W b d l D k l Import direct dans la version Web et dans le Desktop par le bouton View in Mendeley Desktop ou par synchronisation Ajout du document PDF automatique ou manuellement : Ajout du document PDF automatique ou manuellement : dépend des sites Web



Les références sélectionnées sont prêtes à être insérées dans Mendeley, soit toutes ensembleavec « Save all » soit une par une en cliquant avec « Save all », soit une par une en cliquant sur le + et en ajoutant éventuellementdes Tags (mots-clés)g ( )

Les références sont insérées directement dans Mendeley Web, puis dans le Desktopvia la synchronisationL’optionView in Mendeley Desktop permetd’insérer directement les références dans leDeskotpDeskotp

48

Avec Mendeley Web (4)Avec Mendeley Web (4)Téléchargement du PDF proposé en même temps que la référence en cochant « Download PDFs if available »


Avec Mendeley Web (5)Avec Mendeley Web (5)La même manipulation est possible à partir de tous les sites compatibles Mendeley, dont Google Scholar


© Mendeley

Rechercher directement des articles via Literature Search et les sauvegarderLiterature Search et les sauvegarder

Mot clés recherchés

Save Reference :Literature Searchà partir des articles disponibles dans le réseau Sauvegarde

éventuelle d’uneréférenceél ti é

disponibles dans le réseauMendeley via le Web

sélectionnée

Liste des références trouvées


TD 2TD 2Faire différents imports via Mendeley Web à partir de Google Scholar, de Pubmed ou autres sites d’intérêtAjouter les documents PDF correspondants aux référencesVérifier que les références sont OKFaire une recherche via Literature SearchSynchroniser au final le Desktop et la version Weby p


Gérer sa bibliothèque et ses Gérer sa bibliothèque et ses documents associés

Organiser sa bibliothèqueOrganiser sa bibliothèqueToute nouvelle référence est enregistrée par défaut dans le dossier : « All documents »

Pour créer un dossier : Edi > N F ld C F ld

Dossiers Edit > New Folder ou Create Folder

Pour chaque dossier, paramétrer les options d h i ti M d l W b

permanents

de synchronisation avec Mendeley Web (attacher ou non les fichiers associés)

Dossiers personnels

Pour classer une référence dans un ou plusieurs dossiers : glisser-déposer dans le

55

plusieurs dossiers : glisser déposer dans le dossier correspondant

Détection des doublonsDétection des doublonsA partir d’un dossier ou de « All Documents » :

C f iTools > Check for Duplicates

Visualiser les doublons et confirmer ou non la fusion (« Confirm Merge ») en fonction des champs « en conflit »


Homogénéisation des auteurs, noms de journaux tags journaux, tags …

Si 2 entrées d’index (voir dans Filter) sont différentes pour le même auteur par exemple, on peut homogénéiser en faisant « glissé-déposé » de l’une sur l’autre : Mendeley modifiera automatiquement les éfé éréférences en conséquence

Idem pour les noms des journaux et les tags


Exemple avec noms d’auteursExemple avec noms d auteurs

Correction automatiquede la référence concernée

2 noms d’auteurs quasimentid ti li é llé l’

58

identiques : glissé-collé l’unsur l’autre

Importer ou exporter vers d’autres logiciels sauvegarderlogiciels, sauvegarder

Possibilité d’importer ou d’exporter sa bibliothèque vers d’autres logiciels File > Import

Données aux formats de BibTeX, RIS, Endnote ou Zotero

File > ExportAux formatx : BibTex, RIS, EndNote

Créer un Backup Créer un Backup Help > Create backup


Gérer les PDF associés à ses référencesGérer les PDF associés à ses référencesMendeley renomme les fichiers associés aux références selon un modèle paramétrable et les stocke dans un répertoire spécifique (T l > O ti > Fil O i )(Tools > Options > File Organizer)

Pour attacher un fichier PDF (ou autre) à éfé à une référence : utiliser Add File

60

Gestion et annotation des PDFs associés (1)Gestion et annotation des PDFs associés (1)Lecture possible des PDFsCliquer sur l’icône Adobe, si document associé

Le PDF s’ouvre dans une nouvelle fenêtre


Gestion et annotation des PDFs associés (2)Barre d’outils pour annoter le PDFs

62

Gestion et annotation des PDFs associés (3)

Recherche possible demots dans le PDF

63

Gestion et annotation des PDFs associés (4)

Note que l’onqretrouve associée

Les notes sont ensuite

Surlignage dans le texte« recherchables »

64

TD 3TD 3

Sur un PDF associé, découvrir les possibilités d’annotation, de surlignage etc…


Editer, citer des références et Editer, citer des références et produire des bibliographies

Lien avec les traitements de texteLien avec les traitements de texteApplication compatible avec les principaux traitements de texte pour citer des références et créer des bibliographies :

MS WordOpenOfficeLaTeX

Installation du Plugin souhaité :Soit dès l’installation de Mendeley DesktopSoit : Tools > Install …

Citer des références dans un documentun document

Mendeley Desktop doit être ouvert Dans le traitement de texte on pourra insérer des références à partir de Mendeley et créer la bibliographie au style adéquat grâce à la barre d’outils inséréeExemple de la barre d’outil dans Word :


Les styles bibliographiques (1)Les styles bibliographiques (1)Plusieurs styles, selon les consignes des journaux de publication, sont disponiblesView > Citation Style : choisir le style adéquat


Les styles bibliographiques (2)Les styles bibliographiques (2)More Styles … : visualise les styles disponibles par défaut, installés ou à mettre à jourLe style en vert est celui actuellement sélectionné


Les styles bibliographiques (3)Les styles bibliographiques (3)Get more styles : permet de rechercher un style et de l’installer

Recherche du style de ScienceRecherche du style de Science

Sélection du style de Science Le nouveau style y yest installé

Liste des titres avec le terme Science

72

Editer des références sous forme de listede liste

Sélectionner les références dans DesktopLes déplacer dans son traitement de texte par glisser-déposer, ou par copier-oller (ou Edit > Copy Citation)

73

Citer des références dans un texteCiter des références dans un texteDans Word, se placer à l’endroit où on veut citer une références et cliquer sur Insert Citation

Rechercher la référenceà insérer, la sélectionner,cliquer sur OKcliquer sur OK


Citation depuis Mendeley possibleCitation depuis Mendeley possibleEn cliquant sur Go to Mendeley, on peut aller directement

éfé chercher la référence dans le Desktop

Dans le Desktop, on choisit la référence et on clique sur Cite

Référence sélectionnée


Insérer la liste des références (1)Insérer la liste des références (1)Avec Insert Bibliography


Insérer la liste des références (2)Insérer la liste des références (2)Changement de style en sélectionnant un nouveau style

77

Editer un style bibliographiqueEditer un style bibliographiqueOpération assez complexe avec le Citation Style Language (CSL) : http://citationstyles.org/Pour réaliser un style : http://editor.citationstyles.org/about/

78

Gestion des abréviations des journaux (1)Gestion des abréviations des journaux (1)Possibilité de gérer les abréviations des journaux

View > Citation Style > Journal Abbreviations


Gestion des abréviations des journaux (2)Gestion des abréviations des journaux (2)Par défaut, c’est le journal sous forme abrégée qui est utilisé, mais on peut utiliser le titre du journal en entierPossibilité de créer sa propre liste personnalisée : New List


TD 4TD 4

Installer le Plugin dans Word (si pas déjà fait)Ouvrir Word, écrire un texte et insérer des références à partir du DesktopCréer la bibliographie avec le style du journal Molecular g p y jCell (à installer si besoin)


Partager, rechercher, collaborer, Partager, rechercher, collaborer, s’intégrer dans des groupes

Mendeley Research NetworkMendeley Research NetworkCollaboration et partage essentiellement (mais pas seulement) à à partir de la version Web de Mendeley : Mendeley Research Network

D hb d d d d ill Dashboard : permet de trouver des contacts, de surveiller les mises à jour des groupes d’intérêtPapers : recherche de doc ments dans Mendele WebPapers : recherche de documents dans Mendeley WebGroups : pour chercher des groupes d’intérêt et collaborer en suivant ou intégrant le groupeen suivant ou intégrant le groupePeople : trouver des contacts, inviter des personnes, afficher ses contactsses contacts


DashboardDashboardDonne l’actualité des groupes que l’on suit ou auxquels on collabore, et permet de poser des questions


PapersPapersPour rechercher des références, des articles et documents dans les millionsd d dde documents duréseau Mendeley,et les incorporer

Recherche

et les incorporerdans sa Library

Articles les plus consultés

Disciplines àexplorer


Papers : recherche avancéePapers : recherche avancée


Papers : exemple de recherchePapers : exemple de rechercheLes articles trouvés peuvent être immédiatement incorporés à My Library

li en cliquant sur Save reference to libraryto library


PeoplePeopleRecherche de personnes pour entrer éventuellement en contact avec elles après avoir visualisé leur profil

89

Les « Groups »Les « Groups »

Pour suivre ou collaborer activement

GroupsGroupsOnglet Groups pour rechercher des groupes d’interêt

Recherche de groupe

Groupe auxquels ti ton appartient

éventuellement


Groups : recherche de groupesGroups : recherche de groupesRecherche dans une discipline


GroupsGroupsPour chaque groupe créé on peut le rejoindre pour collaborer ou suivre simplement les informations du groupe

Rejoindre le Suivre le Nombre de Papers

On peut quitter un groupe

groupe groupe Nombre de Papersinventoriés dans le groupe que l’on peutvisualiser et nombreOn peut quitter un groupe

à tout momentvisualiser et nombrede Membres que l’on peutégalement visualiser


Groups : exemple d’un groupeGroups : exemple d un groupe

Pour rejoindre le groupele groupe

Flux RSS

Membres

Articles dugroupe


Créer soi même un groupeCréer soi-même un groupeDans la version gratuite : possibilité de créer 5 groupes, avec au maximum 10 invités 3 types de groupes :

PrivésSur invitationOuverts


Groupe privé (1)Groupe privé (1)Adapté au travail collaboratifCréé sur invitation du créateur du groupe

L’invitation doit être acceptée par le membre

Contenu visible uniquement par les membres invitésPossibilité de partager et déposer des références et des p g pPDFs pour tous les membres du groupeTous les membres accèdent aux mêmes références, sur ,Mendeley Desktop (par synchronisation) ou sur la Mendeley WebyChaque membre du groupe peut rajouter des références et des documents et annoter les PDFs …


Groupe publicGroupe publicGroupe ouvert à tout membre de la communauté Mendeley qui peut rejoindre et contribuer au groupeAdapté à la discussion autour d’un sujet : ex : Reinventig the scientific paper


Groupe « Invite only »Groupe « Invite-only »

Tout nouveau membre doit demander au propriétaire du groupe de participerAdapté à la diffusion et au partage des résultats d’un projet, d’un laboratoire ou d’une équipe, d’un colloque ou évènement, …


Créer un groupe via le DesktopCréer un groupe via le DesktopCréer le groupe : Edit > New Group


Créer un groupeCréer un groupeSuivre les étapes de la création du groupe

Le groupe apparaît


Créer un groupeCréer un groupeGroupe une fois créé


Visualisation du groupe sur le WebVisualisation du groupe sur le Web


Son profil sur MendeleySon profil sur Mendeley

Gérer son identité numérique

Se faire connaître Se faire connaître …Le profil de chaque personne inscrite dans Mendeley est visible et peut être recherché via l’onglet People Les références (et documents) intégrés dans le dossier « My Publications » sont affichées dans le profil d’une personne (recherchable lui-même par l’onglet People)

Possibilité de créer un Widget à intégrer dans son site Web, dans sa signature mail

Profil et liste de publicationGérer son identité numériqueGérer son identité numérique

Groupes d’appartenance

La liste des publications est affichée à partir du dossier « My Publications »

Publications

105

TD 5TD 5

Explorer les groupes existant et éventuellement rejoindre ou suivre certainsFaire une recherche d’articles et les incorporer dans sa bibliothèqueCompléter éventuellement son profil


Tout ce qui est possible avec Tout ce qui est possible avec Mendeley …

En résumé, quelques exemples, d’après Mendeley …

Conduire ou collaborer à un projetConduire ou collaborer à un projetConduire un projet de recherche

Collaborer à un projet


© Mendeley

Ecrire à plusieursEcrire à plusieursEcrire un article à plusieurs ou un projet de recherche ou faire réviser sa thèse

Article

Thèse


© Mendeley

Identifier des partenaires pour collaborerIdentifier des partenaires pour collaborerIdentifier des partenaires


© Mendeley

Bibliographie sur MendeleyBibliographie sur Mendeley

Quelques ressources utilisées pour préparer ce PPT

RessourcesRessourcesL’Hostis D, 2013. Gérer ses références bibliographiques, partager et collaborer avec Mendeley Infodoc Express IST Inra Intranet Inracollaborer avec Mendeley. Infodoc-Express, IST-Inra. Intranet Inra.

Malingre Marie-Laure, 2013. Gérer les références bibliographiques avec Mendeley. Accessible sur le site de l’URFISThttp://www.sites.univ-rennes2.fr/urfist/ressources/gerer-ses-references-bibliographiques-avec-mendeley?destination=ressources

Marois A 2011 Mendeley : connaître et utiliser un logiciel de partgae de Marois A, 2011. Mendeley : connaître et utiliser un logiciel de partgae de références bibliographiques. Support de formation, URFIST Lyon, 6 octobre 2011. Accessible sur Slideshare :htt //f lid h t/ i / d l d i til d t dhttp://fr.slideshare.net/amarois/mendeley-dcouvrir-un-outil-de-partage-de-rfrences-bibliographiques?from_search=22Le blog de Mendeley pour connaître les dernières nouveautés : htt // d l /bl /http://www.mendeley.com/blog/Vidéos, tutoriels de Mendeley : http://www.mendeley.com/videos-tutorials/et http://resources.mendeley.com/


[email protected]@gmail.com