11.04.2018

1

MALDI TOF MS i klinisk mikrobiologi – i fremtiden

André Ingebretsen

Avdeling for mikrobiologi og Avdeling for smittevern

Oslo universitetssykehus

Bioingeniørdagen 2018

11.04.2018

2

Utvikling hardware

Bioingeniørdagen 2018

Bioingeniørdagen 2018

11.04.2018

3

Antall arter i de kommersielle databasene

• Masserekkevidde: 2000‐ 20000 Da

• Hovedsakelig ribosomale proteiner og noen husholdsproteiner

• Kommersielle databaser

– Bruker Daltonics: 2461 arter (DB6903)

– bioMerieux: 1046 arter (V3 DB)

• Åpne databaser

• Forbedrede databaser

Bioingeniørdagen 2018

Oppdatering av kommersielle databaser…Viktige spørsmål

• Hvilke arter ble oppdatert?

• Hvor mange nye arter?

• Reklassifisering?

• Hvor mange isolater pr. art?

• Hold deg oppdatert om forandringer i nomenklatur og taksonomi (eks. Klebsiella variicola)

Bioingeniørdagen 2018

11.04.2018

4

Vanskelige bakterier?

Bioingeniørdagen 2018

Bioingeniørdagen 2018

11.04.2018

5

Vanskelige bakterier?

Bioingeniørdagen 2018

Vanskelige bakterier?

Bioingeniørdagen 2018

11.04.2018

6

Bioingeniørdagen 2018

Vanskelige bakterier?

Bioingeniørdagen 2018

11.04.2018

7

Vanskelige bakterier?

Bioingeniørdagen 2018

Sammenligning av kommersielle databaser

Levesque et al . Plos One 2015

Bioingeniørdagen 2018

11.04.2018

8

Kommersielle databaser: feil ID

Levesque et al . Plos One 2015

Bioingeniørdagen 2018

Slide fra AC Normand

Bioingeniørdagen 2018

11.04.2018

9

Slide fra AC Normand

Bioingeniørdagen 2018

Hjemmelaget database er ofte mye bedre enn kommersiell

Bioingeniørdagen 2018

Normand AC et al. BMC Microbiology 2017

11.04.2018

10

Bioingeniørdagen 2018

Normand AC et al. BMC Microbiology 2017

Hjemmelaget database er ofte mye bedre enn kommersiell

HMW typing av Clostridium difficile

Slide lånt av K.Rizzardi

Bioingeniørdagen 2018

11.04.2018

11

Identifikasjon av bakterier i blod

Bioingeniørdagen 2018

Identifikasjon av bakterier i blod

Zhu et al. Chem sci.2016

Bioingeniørdagen 2018

11.04.2018

12

Identifikasjon av bakterier i blod

Bioingeniørdagen 2018

Pothier et al. Poster SGM 2014

Bioingeniørdagen 2018

11.04.2018

13

MALDI Imaging

Bioingeniørdagen 2018

MALDI Imaging

Nature Chemistry 5,155–157(2013)

Bioingeniørdagen 2018

11.04.2018

14

Oppsummert

• Utvikling av hurtigere instrumenter– High through‐put analyser

– Bedre oppløslighet

• Utvikling av forskjellige databaser– Generell identifikasjon

– ”Vanskelige” mikroorgansimer

– Subtyping (utbrudd, epidemiologi)

– For  

• Fra mønsterbasert til markørbasert identifikasjon– Programvareutviking

Bioingeniørdagen 2018

Skandinavisk brukermøte MALDI TOF MS I klinisk mikrobiologi oktober 2018 på Oslo universitetssykehus

Bioingeniørdagen 2018