livret pédagogique 2018 / 2019...mot du directeur ce livret, fruit du travail de l’équipe...

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Livret pédagogique2018 / 2019

École supérieure

de biotechnologie de �rasbourg

Université de �rasbourg

Mot du directeur Ce livret, fruit du travail de l’équipe pédagogique et administrative, contient la description complète de l’offre pédagogique de l’ESBS, les modalités d’évaluation et les règlements de scolarité de chaque diplôme ainsi que des informations utiles et les règles générales à respecter. Il est édité principalement à destination des nouveaux étudiants.

Les faits marquants de l’année universitaire 2018-2019 seront la nouvelle maquette pédagogique pour les diplômes d’ingénieur en Biotechnologie et ChemBiotech, l’ouverture de la mention de master en biotechnologies et l’accord d’échange avec l’université NorthEastern à Boston, USA.

La nouvelle maquette pédagogique, vise à une meilleure appropriation des connaissances et la progression de l’acquisition des compétences par les étudiants. Ainsi, une réorganisation des enseignements aussi bien au niveau des UE que de leur répartition semestrielle a été introduite avec une attention particulière aux rythmes d’alternance théorie/pratique/projets pour apporter un renforcement de la cohérence scientifique et pédagogique, et une mise en réseau dynamique des expertises des enseignants impliqués. Le master en biotechnologies se décline en trois parcours complémentaires qui visent à former les étudiants dans ces secteurs de recherche et d’emploi à forte croissance : la biotechnologie et l’analyse haut-débit, la biotechnologie synthétique et la biotechnologie pharmaceutique (en partenariat avec la Faculté de Pharmacie de l’Université de Strasbourg). Le master mettra l’accent sur les aspects expérimentaux et technologiques des biotechnologies ainsi que de la réglementation et de l’enregistrement appliquées à la santé. L’objectif est de former des acteurs scientifiques de haut niveau de qualification capables de s’insérer dans les secteurs des biotechnologies et de les faire évoluer.

Une option franco-allemande est ouverte, sous conditions d’admission, pour les parcours de Biotechnologie at analyse haut débit et biotechnologie synthétique, en partenariat avec l’université de Freiburg.

Dès sa création, l’ESBS a innové l’offre de formation d’ingénieurs en France, en étant la première école proposant une formation en biotechnologie.

Aujourd’hui la rénovation des programmes en biotechnologie, l’enrichissement et l’ouverture aux interfaces de l’offre de formation et l’établissement de nouveaux partenariats nationaux et internationaux, montrent que l’école s’inscrit dans la même dynamique.

La concrétisation de ces actions ambitieuses n’a été possible que grâce aux compétences, à l’enthousiasme et à la mobilisation exceptionnelle de tous les personnels de l’école que je tiens à saluer ici.

Ecole Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg

Sommaire


I. Informations utiles

Annuaire administration ESBS .................................................................................... 05Enseignants - chercheurs ESBS................................................................................... 06Plan Pôle API .............................................................................................................. 07Description des bâtiments ......................................................................................... 08Informations utiles .................................................................................................... 09Associations .............................................................................................................. 10Règles utilisation salle informatique .......................................................................... 11Démarche qualité ...................................................................................................... 12

II. Diplôme d’ingénieur en Biotechnologie

Règlement de scolarité .............................................................................................. 14Calendrier 2018/2019 ................................................................................................ 31Curriculum et MECC 1AS1 ........................................................................................... 32Description des cours 1AS1 ........................................................................................ 34Curriculum et MECC 1AS2 ........................................................................................... 39Description des cours 1AS2 ....................................................................................... 41Curriculum et MECC 2AS3 ........................................................................................... 45Description des cours 2AS3 ........................................................................................ 47Curriculum et MECC 2AS4 ........................................................................................... 51Description des cours 2AS4 ........................................................................................ 53Curriculum et MECC 3AS5 ........................................................................................... 58Description des cours 3AS5 ........................................................................................ 60Curriculum et MECC 3AS6 ........................................................................................... 65

III. Diplôme d’ingénieur en Chimie - Biotechnologie «Chembiotech»

Règlement intérieur................................................................................................... 68MECC Chembiotech .................................................................................................... 74Calendrier 2018/2019 ................................................................................................ 79Curriculum 1AS1 ........................................................................................................ 80Description des cours 1AS1 ........................................................................................ 81Curriculum 1AS2 ........................................................................................................ 87Description des cours 1AS2 ........................................................................................ 88Curriculum 2AS3 ........................................................................................................ 93Description des cours 2AS3 ........................................................................................ 94Curriculum 2AS4 ........................................................................................................ 98Description des cours 2AS4 ........................................................................................ 99Curriculum 3AS5 option santé ...................................................................................103Description des cours 3AS5 option santé ...................................................................104Curriculum 3AS5 option environnement ....................................................................107Description des cours 3AS5 option env. .....................................................................108


IV. Master Biotechnologies

Règlement Unistra ........................................................................................................... 112

Parcours biotechnologie synthétiqueCurriculum et MECC M1S1 ................................................................................................ 124Description des cours M1S1 ............................................................................................. 126Curriculum et MECC M1S2 ................................................................................................ 130Description des cours M1S2 ............................................................................................. 132Curriculum et MECC M2S3 ................................................................................................ 137Description des cours M2S3 ............................................................................................. 139Curriculum M2S4 ............................................................................................................. 141

Parcours biotechnologie et analyse haut-débitCurriculum et MECC M1S1 ................................................................................................ 144Description des cours M1S1 ............................................................................................. 146Curriculum et MECC M1S2 ................................................................................................ 150Description des cours M1S2 ............................................................................................. 152Curriculum et MECC M2S3 ................................................................................................ 156Description des cours M2S3 ............................................................................................. 158Curriculum M2S4 ............................................................................................................. 161

Parcours biotechnologie pharmaceutiqueCurriculum et MECC M1S1 ................................................................................................164Description des cours M1S1 .............................................................................................166Curriculum et MECC M1S2 ................................................................................................170Description des cours M1S2 .............................................................................................172Curriculum et MECC M2S3 ................................................................................................178Description des cours M2S3 .............................................................................................182Curriculum M2S4 .............................................................................................................185

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ADMINISTRATION ESBS

Fonction Contact E-mail Téléphone

Directeur ORFANOUDAKIS Georges [email protected] 03 68 45 46 87

Directrice Adjointe DEJEAGERE Annick [email protected] 03 68 85 47 21

Directrice des études SIBLER Annie-Paule [email protected] 03 68 85 47 20

Responsable administrative FERRAZ BOIREAU Nathali [email protected] 03 68 85 46 79

SATTLER Michèle [email protected] 03 68 85 46 82

MAURER Valérie [email protected] 03 68 85 46 80

Communication / Stages [email protected] 03 68 45 46 87

Comptabilité KRIEGER Sabine [email protected] 03 68 85 44 08

Resp. Pédag. 1A NOMINE Yves [email protected] 03 68 85 44 25

Resp. Pédag. 2A CHATTON Bruno [email protected] 03 68 85 47 85

Resp. Pédag. 3A LECOMPTE Odile [email protected] 03 68 85 32 96

Resp. Stage WEISS Etienne [email protected] 03 68 85 47 67

Resp. Chembiotech DERYCKERE François [email protected] 03 68 85 47 63

Coordinateur International STEPHAN Aline [email protected]

Assistant de prévention ESBS DEVILLERS Thierry [email protected] 06.09.65.59.38

BIRRER Sylvie [email protected] 03 68 85 45 10

MULLER Christine [email protected]

Service Technique POINSIGNON Raphaël (Resp) [email protected] 06 61 35 34 55

Service Informatique FABIAN Frédéric (Resp) [email protected]

Bibliothèque GRILLO Marie-Hélène (Resp.) [email protected] 03 68 85 43 92

CRL PIOTTO Rama [email protected] 03 68 85 43 89

Accueil Pôle API

Scolarité

SERVICES SUPPORT


Informations utiles - annuaire administration ESBS

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ENSEIGNANTS - CHERCHEURS ESBS

Nom Prénom E-mail Téléphone

CHATTON Bruno [email protected] 03 68 85 47 85

DEJAEGERE Annick [email protected] 03 88 65 32 03

DE MEY Jan [email protected] 03 88 65 32 03

DERYCKERE François [email protected] 03 68 85 47 63

DONZEAU Mariel [email protected] 03 68 85 47 84

DUJARDIN Denis [email protected] 03 68 85 42 89

GAVERIAUX-RUFF Claire [email protected] 03 88 65 56 94

KIEFFER Bruno [email protected] 03 68 85 47 22

LECOMPTE Odile [email protected] 03 68 85 32 96

NOMINE Yves [email protected] 03 68 85 47 25

ORFANOUDAKIS Georges [email protected] 03 68 85 47 65

SIBLER Annie - Paule [email protected] 03 68 85 47 20

STEPHAN Aline [email protected] 03 68 85 47 65

WEISS Etienne [email protected] 03 68 85 47 67

DEVILLE Celia [email protected]

RIGOUIN Coraline [email protected]


Informations utiles - enseignats chercheurs ESBS

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PLAN DU POLE API

Informations utiles - Plan Pôle API

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POLE APIDescription des bâtiments


Bâtiment A

Niveau 1 :Accueil

Salle polyvalente A101 (ESBS,TPS)Terminal Pass Campus

Niveau 2 : CafétériaAmphithéâtre A207 (ESBS, TPS)

Niveau 3 : Amphithéâtre A302 (Amphi Ebel - ESBS)

Niveau 4 : BibliothèqueNiveau 5 : Salles de réunion

Bâtiment B

Centre de Ressources de Langues (CRL)

Bâtiment E

Niveau 1 : FablabNiveau 2 :

Salles informatiques E219 et E222

Bâtiment D ESBS

Niveau 0 : Local techniqueNiveau 1 :

Salles de cours / TD : D111, D112, D109Salle informatique : D113

Salles étudiants : D116, D117Tableau d’affichage

Bio-incubateur J-F Lefèvre UMS/ TecMedRecherche UMS 3286

Niveau 2 :Laverie

Salles de culture cellulaireSalles de cours et salles de TP : D212, D227,

D226, D228 et D230Local technique

Recherche : Biomolecular NMR Group, Biocomputing Group, Department of Structu-

ral Biology, IGBMC, UMR 7104 et U 964

Niveau 3 : UMR 7242 BSC (« Biotechnologie et Signalisa-

tion Cellulaire »)

Niveau 4 : Direction et administration ESBS

Informations utiles - Bâtiments Pôle API

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INFORMATIONS UTILES


Informations institutionnellesLes informations relatives au déroulement des enseignements et leur évaluation, la validation des unités d’enseignements ou des semestres, la délivrance des diplômes ainsi que la vie universitaire (activités sportives ou culturelles, bourses,...) sont transmises aux intéressés par courriel. Parral-lèment, la plupart de ces informations seront publiées sur le site web de l’ESBS (www.esbs.unistra.fr).fr) et sur la page Facebook.

E.N.TL’E.N.T est un espace sécurisé qui permet, à partir d’une seule authentification, d’accéder à tous les services en ligne proposés par l’université : emploi de temps, sport, , applications pédagogiques (Moodle), messagerie électronique, bibliothèque, etc... L’identifiant E.N.T vous est communiqué lors de votre inscription administrative. Vous devez activer votre compte et définir un mot de passe en vous connectant sur http://ent.unistra.fr.

MessagerieDès votre inscription administrative, vous disposez d’une adresse électronique Unistra. Elle sera utilisée par les enseignants et l’administration dans tous les échanges concernant vos cours, exa-mens, stages, etc... Vous devez donc consulter vos messages régulièrement ( sur la page E.N.T - messagerie).

Salles de ressources informatiquesL’ESBS met à votre disposition des salles informatiques : salles E222 et D113. La salle E222 est uni-quement dédiée aux cours. La salle D113 est en accès libre en dehors des heures de cours. Merci de prendre connaissance des règles pour l’utilisation des salles de ressources informatiques à ESBS (page 11).

Emplois du tempsPour consulter les emplois du temps, cliquer sur le bouton «mon dossier» puis «emploi du temps». Pour afficher votre emploi du temps, vous devez sélectionner une ressource dans la liste.

Plate-forme pédagogique MoodleMoodle est un outil dédié aux enseignants et aux étudiants de l’université avec des espaces groupes standards et groupes libres, des dépôts de documents et des outils de communication. Vous pouvez y accéder via l’E.N.T.

Se documenter Le Service commun de la documentation (SCD) de l’Université de Strasbourg regroupe plusieurs bibliothèques. La bibliothèque du pôle API, située au 4ème étage du bâtiment A est centrale et commune aux 3 composantes du Pôle API : ESBS, TPS et le Département Informatique de l’UFR de Mathématique et d’Informatique (Master et Recherche). Vous trouverez des informations détail-lées sur les collections et les horaires sur le site web du SCD vous et : https://bu.unistra.fr/. Vous pouvez y accèder directement via l’ENT - Documentation.

Vie étudiantePour retrouver toutes les informations sur la vie de compus (sport, activités culturelles, hébergement, restauration), consultez la rubrique «Vie de campus» sur http://www.unistra.fr.

Informations utiles

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ESBS Alumni Association (AAE):

Site web : https://esbsalumni.comContact : [email protected]

The AAE was founded in 1990 with the goal of tightly link the ESBS (Ecole Supérieure de Biotechno-logie de Strasbourg) and its students to the industrial world. Furthermore it was intended to deve-lop a strong network between the alumni themselves and also with the current students. The AAE vision is to create together a lifelong and worldwide community of ESBS alumni through increased opportunities and experiences sharing.Therefore, one focus of the AAE is to organize events, which bring all members of the ESBS family together. The highlight in these efforts are the Alumni Days which took place every 2 years since 2005. Not only did these events offer a huge variety of career-related information, presented in numerous talks and workshops, they also provide room to exchange ideas, opinions and knowledge as well as to refresh old friendships – and make new ones.Today, the ESBS Alumni network comprises over 1000 members all around the world. Our members. You can find more and become a member on https://esbsalumni.com.

NGB (Nouvelle Génération des Biotechnologistes)Site web : http://www.ngb-france.org

Contact: [email protected]

L’association a pour but de créer un véritable réseau national d’étudiants et de jeunes scientifiques (tous niveaux) en Sciences de la Vie. Afin de faciliter la communication et la coopération entre tous et aider à l’insertion professionnelle, l’association organise des événements (Forum Carrière, conférences) et propose des interviews de professionnels et des conseils.NBG se mobilise également au niveau européen en faisant partie du YEBN (Young European Biotech Network). Ils se présentent en porte-parole des jeunes scientifiques européens, cherchent à amé-liorer la condition des chercheurs et à faciliter l’accès à l’information en Europe.

ASSOCIATIONS À L’ESBS

L’amicale ESBS

Site web : http://amicaleesbs.eu

Contact: [email protected]

L’Amicale étudiante de l’ESBS a pour rôle de promouvoir, organiser et financer les évènements de la vie étudiante.En collaboration avec le Bureau des Etudiants (BDE) de Télécom PS, l’association se charge chaque année de l’accueil et de l’intégration des Premières Années, de l’organisation de soirées au Fouaille (foyer étudiant) ou en salle Poly, de la mise en place d’évènements sportifs et récréatifs ou occa-sionnels (St. Nicolas, Barbecue Baggersee –un lac artificiel à Illkirch–…).Elle participe aussi, en collaboration avec les délégués, à la communication entre les étudiants et l’administration et le corps enseignant.

Informations utiles - associations ESBS

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COMPUTING ROOM

The use of computers is assigned to the sign of an agreement form “Charte des bons usages des moyens numériques de l’Université de Strasbourg”.

It is prohibited to eat, drink or smoke in the rooms.

The access to the room E222 is not allowed outside the courses that are taught, except with an agreement with the responsible teacher.

The access to the room D113 is free during the opening hours of the school, as long as the room is not used for teaching.

It is prohibited to modify the software configuration on the computers.

Any software or supplement utility’s installation should require a motivated request by email at sivesbs@esbs. The authorization will be notified to the user by the same way. The ESBS’ staff will not fix any computer out of order when the configuration has been changed.

It is prohibited to disconnect a computer from the room in order to plugg your personal computer.

This applies for network cables as well as for the sector alimentation cables. Be careful not to tear off cables or wall outlets. To plug your individual computers on the network, you must use the room D212 at the 2nd floor.

This room should be maintained clean: Any objects, paper, documents that lay around will be put in the dustbin.

The doors must imperatively be closed when the room is unoccupied. The last person who leaves the room is responsible of the doors closure even during the day.

When I leave the room, I log off and switch off the computer at the end of the day. These rules of good behave are the conditions so that this room to be an efficient tool and pleasant for your formation.

This is YOUR room take care of it!


Informations utiles - utilisation salles informatiques

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LA DÉMARCHE QUALITÉ À L’ESBS

Depuis mars 2015, l’ESBS s’engage activement dans la mise en place d’une démarche qualité sur l’ensemble de ses activités.

Une première étape a été franchie avec l’obtention du label Marianne au service scolarité en mai 2016. Ce référentiel per-met en matière de qualité d’accueil de connaître vos attente et d’améliorer nos services, grâce à la réalisation d’enquête an-nuelle.

Vous avez la parole !

Afin de vous permettre d’être acteur de cette démarche, un formulaire est à votre dispo-sition sur la page d’accueil du site internet de l’école (https://esbs.unistra.fr), pour nous faire part de vos suggestions d’amélioration ou des éventuels dysfonctionnements que vous pouvez rencontrer au courant de l’année. Nous nous engageons à traiter vos demandes sous 15 jours ouvrés. Pour plus d’informations sur cette démarche, vous pouvez à tout moment consulter la partie qualité sur l’intranet.


Démarche qualité

DIPLÔME D’INGÉNIEUR EN

BIOTECHNOLOGIE

Règlement de scolarité Calendrier 2018 / 2019

Curriculums et MECCDescription des cours (syllabus)

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Règlement de scolarité pour le cursus d’études trinational en

Biotechnologie de la Confédération Européenne des Universités

du Rhin Supérieur

(EUCOR)

Ce règlement sert de document de coordination entre les différents centres de l’École, conformément à l’esprit de la Convention signée par les 3 universités (Bâle, Fribourg en Brisgau, Strasbourg). Son contenu est revu annuellement.

Titre I - DISPOSITIONS GÉNÉRALES

Article 1 - Modalités de recrutement des étudiant.e.s

L’École Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg recrute ses élèves-ingénieurs par la voie concours Polytech et sur dossier après entretien avec un jury d’admission.

Sélection a. Sur dossier et entretien

Peuvent être admis en 1ère année les titulaires des diplômes suivants :• En France

o L2 ou L3 (2ème ou 3ème année de Licence)o BTS (Brevet de Technicien Supérieur)o DUT (Diplôme Universitaire de Technologie)

• En Allemagne ou en Suisse

Bachelor 2 ou 3, ou toute formation équivalente délivrant 120 ECTS (4 se-mestres d’enseignements validés).

Le dépôt des dossiers de candidature dans chaque université a lieu en général avant 1er juin, date limite de chaque année. Chaque université fait une présélection des dossiers de candidature.

Les étudiant.e.s, dont les dossiers ont été présélectionnés, sont convoqués à un entre-tien avec le jury en juin ou juillet selon les universités. Suite à cet entretien, chaque uni-versité procède à la sélection définitive des candidats. Si le candidat remplit toutes les conditions d’admission, son acceptation est définitive.

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Diplôme d’ingénieur en Biotechnologie - Règlement de scolarité

b. Concours Polytech

Des étudiant.e.s issus des classes préparatoires (BCPST, PC, TB) admis au concours Polytech peuvent intégrer l’ESBS en fonction du classement et des choix formu-lés dans la liste des vœux. Le nombre de places mises au concours est fixé par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche sur proposition du Directeur.

c. Admission directe en 2ème annéePeuvent être admis directement en 2ème année de l’ESBS les étudiant.e.s ayant

validé la première année de master ou tout niveau équivalent (240 ECTS) dans le domaine de la Biologie et des Biotechnologies. Les candidatures se font par la présentation d’un dossier qui doit être validé par le jury d’admission de l’ESBS.

Par ailleurs, les étudiant.e.s doivent justifier d’un niveau équivalent au niveau A2 au CECRL en allemand et/ou en français, ainsi qu’un niveau équivalent au B1 en anglais.

Une convention signée entre L’ESBS et la Faculté de Pharmacie détermine que deux places soient réservées à des étudiant.e.s ayant validé la 5ème année de Pharmacie de la Faculté de Pharmacie de l’Université de Strasbourg et le M1 du master de Biotechno-logie.

Article 2 – Durée des études

La durée des études à l’École Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg est de trois ans (six semestres) pour les élèves admis en 1ère année et de deux ans (quatre semestres) pour les élèves admis en 2ème année. L’année universitaire comprend deux semestres.

Article 3 - Organisation et coordination des cours

Les responsables d’année établissent le calendrier universitaire en tenant compte des périodes de cours dispensées à Bâle et à Fribourg. Les emplois du temps sont disponibles sur l’Environnement Numérique de Travail (ENT) de chaque étudiant.

Les enseignements s’effectuent sous la forme de cours, travaux dirigés, travaux pratiques, projets et stages obligatoires (dont un a une durée d’au moins 14 semaines en milieu industriel). Les enseignements sont dispensés majoritairement en anglais.

a. StrasbourgLes enseignements sont dispensés par les enseignants affectés à l’ESBS, des en-

seignants de l’université, des chercheurs et des intervenants extérieurs.

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b. Bâle

PériodeDurée de

l’enseignementObjet

4ème sem

3 semaines Travaux pratiques

2 semainesEnseignement sur projet (Option Biologie Synthétique

et Master Biotechnologie)

5ème sem 5 semainesEnseignements sur projet (Option Biologie Synthétique

et Master Biotechnologie)

c. Fribourg

Période Durée de l’en-seignement

Objet

2ème sem 8x3h consécu-tives par se-maine

Cours de Physiologie végétale (ces cours ont lieu à Stras-bourg)

4ème sem 7 semaines Cours et travaux pratiques

2 semaines Enseignement sur projet (au mois de juin)

5ème sem 5 semaines Enseignement sur projet (Option Biologie Synthétique et Master Freiburg)

Article 4 - Inscriptions des étudiant.e.s

Les inscriptions administratives et pédagogiques sont obligatoires. Tous les

étudiant.e.s doivent s’acquitter annuellement des droits d’inscription qui, à Strasbourg, comprennent :

• Droits de scolarité (obligatoire)• Affiliation à la sécurité sociale étudiante (obligatoire)• Medecine préventive (obligatoire)• Sport (facultatif)• Autres cotisations identifiées et décidées par le conseil de l’ESBS et validées par le CA de l’Unistra.

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Dispositions diverses

Seuls les étudiant.e.s pouvant attester d’une couverture sociale européenne peuvent être dispensés de l’affiliation à la sécurité sociale étudiante française.

Les frais d’hébergement à Strasbourg incombent aux étudiant.e.s.Les frais de déplacement à Bâle et Fribourg sont pris en charge par l’Université de Stras-

bourg. Les universités de Bâle et Fribourg assurent l’hébergement des étudiant.e.s pour les enseignements non optionnels et leur facilitent l’accès aux restaurants universitaires.Les frais d’hébergement à Fribourg lors des périodes de projets au semestre 4 et 5 sont pris en charge par l’ESBS pour les enseignements optionnels.

Intégration en 1ère année ESBS des étudiant.e.s issus de l’Université de FreiburgDans le cadre de l’accord de coopération signé entre l’ESBS et l’Université de Freiburg, les

étudiant.e.s ayant pour université principale l’Université de Freiburg doivent s’acquitter des droits de scolarité et de sécurité sociale à Freiburg et sont alors exonérés des frais de scolarité à Strasbourg.

Article 5 – Déroulement de la formation

La présence aux travaux dirigés (TD) et aux travaux pratiques (TP) est obligatoire (sauf cas

de dispense : cf régimes spéciaux). Un contrôle d’assiduité peut être instauré pour tous les enseignements.

Les travaux dirigés de soutien de 1ère année ne sont pas obligatoires (ils dépendent du niveau de l’étudiant dans le sujet concerné) : les créneaux de ces TD sont explicitement

communiqués aux étudiant.e.s.

Régimes spéciaux

Les étudiant.e.s relevant de l’un des profils spécifiques énumérés au point 4.1.14 de la délibération du Conseil d’Administration de l’Université de Strasbourg en date du 30 juin 2009 peuvent bénéficier d’une pédagogie adaptée et de modalités particulières d’assidui-té et d’évaluation.

Les étudiant.e.s souhaitant bénéficier de ces dispositions doivent en faire la demande auprès du service de scolarité de l’ESBS dans le délai imparti après le début des enseigne-ments du semestre.

Cas particulier des refus de participation à une épreuve pour motif religieux :Le service public de l’enseignement supérieur est laïc. L’administration doit tenir compte des contraintes inhérentes au fonctionnement du service et agir dans le respect des mo-dalités d’organisation et du contrôle des connaissances.

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Dans la détermination du calendrier des évaluations des étudiant.e.s, et si les modalités du contrôle des connaissances et les contraintes de service le permettent, la composante s’efforce d’organiser les examens et les contrôles à des dates auxquelles les convictions religieuses des candidats n’empêcheraient pas ceux-ci de s’y présenter.Toutefois, dans le cas où une épreuve ne peut être organisée que le samedi ou un jour de cérémonie ou de fête religieuse, la composante est en droit de refuser de modifier la date de l’examen ou la date du contrôle continu prévue. Aucune session spéciale ou dérogatoire n’est organisée dans une telle situation, car cela ne permettrait pas d’assurer l’égalité de tous les candidats.

Calendrier de la rentrée en 1ère annéeL’ESBS organise dès la rentrée universitaire et durant 2 semaines des cours intensifs

de langues : allemand, anglais et français. Les étudiant.e.s sont répartis en différents groupes de niveau.A la rentrée universitaire une réunion d’information générale (emploi du temps, contenu

des cours, fonctionnement de l’Ecole, etc.) a lieu pour les étudiant.e.s de 1ère année.

Article 6 – Les stages et projet de fin d’études

Un stage ouvrier d’une durée totale de 14 semaines en entreprise est obligatoire avant la troisième année d’études. A la fin de la première année, un stage de 8 semaines minimum est obligatoire et donne lieu à la rédaction d’un rapport à une évaluation et à l’attribution de 6 ECTS. Le diplôme d’ingénieur ne pourra être délivré qu’aux élèves qui auront produit un rapport. Les modalités d’accompagnement de recherche de stage mises en place par l’ESBS sont décrites dans un document en annexe du présent règlement.

Le stage de fin d’étude (projet de fin d’études) a une durée de 6 mois (6ème semestre). Il est réalisé sous la tutelle d’un maître de stage et d’un tuteur pédagogique. Le maître de stage fait partie de l’organismed’accueil et s’occupe du suivi scientifique et technique du stage. Le tuteur est membre du corps enseignant et / ou chercheur de l’université de Strasbourg ou de l’une des universités partenaires. Ce projet de fin d’études donne lieu à un mémoire de diplôme. Il est préparé en règle générale dans un laboratoire de recherche universitaire ou industriel, ou dans une entreprise.La note de stage est attribuée par le jury après la soutenance publique du projet de fin d’études. La soutenance pourra être tenue à huis clos si l’organisme d’accueil l’exige pour des raisons de confidentialité (cf Titre II, article 11).

Chaque stage fait l’objet d’un rapport écrit et/ou oral.

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Tous les stages réalisés dans le cadre des études à l’ESBS, qu’ils soient rémunérés ou non, doivent faire l’objet au préalable d’une convention de stage entre l’ESBS, l’élève et l’or-ganisme d’accueil. Les formulaires de convention sont disponibles en ligne sur PStages - l’application de gestion des conventions de stage de l’Environnement Numérique de Tra-vail (ENT) sur le site de l’Université de Strasbourg.

Titre II - SANCTION DES ÉTUDES

Article 7 – Les règles générales d’évaluation

Les étudiant.e.s se conforment au règlement général des examens et concours de l’univer-sité de Strasbourg (CA du 18/10/2011).

Définitions : Les unités d’enseignement (UE) sont des ensembles cohérents d’éléments pédagogiques (EP ou matière) ; elles se rapportent à une discipline ou une thématique; chaque EP peut lui-même être composé d’un ou plusieurs enseignements (cours magis-tral (CM) associé à des travaux dirigés (TD), travaux pratiques (TP), projets sous tutorat, stages).

Les notes d’examens sont calculées par UE, en faisant la moyenne pondérée des notes obtenues aux différents EP se rapportant à une UE.

Les modalités de contrôle des connaissances sont celles des universités partenaires, res-ponsables de la gestion de l’UE concernée. Les questions d’examens sont posées au moins en deux des trois langues utilisées à l’ESBS (allemand, anglais et français), et les réponses sont faites dans l’une des langues utilisées pour ces questions. Les examens se déroulent généralement à Strasbourg.

Les modalités de contrôle des examens sont précisées aux élèves en début d’année.

La présence aux évaluations est obligatoire.

Les évaluations (contrôle continu et/ou contrôle terminal) ne sont pas anonymes.

La durée des épreuves est définie dans les modalités de contrôle en début d’année. Cette durée est rallongée pour tout étudiant dont la langue maternelle ou usuelle ne correspond à aucune des langues utilisées pour les questions de l’examen (quinze minutes supplé-mentaires pour la première heure et un maximum de trente minutes pour la durée totale de l’examen). L’étudiant rédige dans l’une des langues utilisées dans l’énoncé de l’examen.

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La convocation aux épreuves terminales de première et de deuxième session se fait par voie d’affichage, sur des panneaux accessibles et réservés à cet effet, au minimum quinze jours avant le début des épreuves. Le planning des évaluations est également diffusé par courriel aux étudiant.e.s concernés. Ce planning précise la date, l’heure, la durée et le lieu de chaque épreuve.

Les étudiant.e.s ne peuvent pénétrer à l’intérieur de la salle d’examen avant d’y avoir été autorisés. L’appel des étudiant.e.s est fait à l’entrée de la salle d’examen à l’aide d’une liste d’émargement.

Le dépôt des sacs à l’entrée de la salle d’examen est obligatoire.

Les étudiant.e.s ne peuvent être admis à composer que sur présentation de la carte d’étu-diant, ou, à défaut, de l’une des pièces d’identité suivantes :

- carte nationale d’identité,- passeport,- permis de conduire,- carte de séjour.

Aucun candidat n’est autorisé à quitter définitivement la salle avant la fin de l’épreuve pour les épreuves d’une durée inférieure ou égale à une heure et avant la première heure, pour les épreuves d’une durée supérieure.

En cas de retard, l’étudiant concerné ne sera autorisé à composer que si tous les étudiant.e.s présents lors de l’appel sont encore en salle.

Avant la fin de l’épreuve, l’enseignant responsable fait l’annonce de l’imminence de l’arrêt de l’épreuve et invite les étudiant.e.s à vérifier que leur nom est bien mentionné sur la copie.

Dans la salle d’examen les étudiant.e.s ne doivent être en possession d’aucun document ou calculatrice sauf ceux clairement précisés sur le sujet d’examen. L’usage de tout ap-pareil électronique est interdit pendant toute la durée des épreuves y compris lors de la préparation des épreuves orales. Les appareils doivent impérativement être éteints pen-dant les épreuves. Ils ne peuvent donc pas être utilisés comme chronomètre ou calcula-trice. L’autorisation d’utiliser une calculatrice est indiquée sur les sujets d’examens. Si cela est autorisé, l’usage d’une calculatrice sera limité à des appareils non programmables ne comportant ni écran graphique ni caractères alphanumériques. Le prêt d’une calculatrice à un autre candidat est strictement interdit pendant l’épreuve.

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À l’issue du temps de composition et dans le respect du temps minimum de présence imposé dans la salle d’examen, les candidats doivent remettre leur copie et émarger la liste de présence avant de quitter la salle.

La remise de la copie est obligatoire, même s’il s’agit d’une copie blanche.

À l’issue de l’épreuve, un procès-verbal de déroulement de l’épreuve est établi par l’en-seignant responsable (notamment les observations ou incidents constatés pendant l’épreuve).

Si dans la rédaction d’un rapport écrit, un plagiat est clairement constaté, celui-ci sera sanctionné selon les modalités prévues par le règlement des examens en vigueur à l’Uni-versité de Strasbourg.

En régime de contrôle terminal, les notes des épreuves ne peuvent être communiquées aux étudiant.e.s avant la tenue du jury. Dans les cas exceptionnels où une note le serait, cela ne pourrait être qu’à titre provisoire et « sous réserve de la délibération du jury ». Elle ne deviendra définitive qu’après délibération du jury.

Les notes obtenues par un étudiant ne sont communiquées qu’à celui-ci. La notification individuelle de ses notes à un étudiant lui est donnée via son ENT ou par la délivrance d’un relevé de notes.

En régime de contrôle continu, les notes sont communiquées aux étudiant.e.s par l’ensei-gnant.

Les résultats des examens (« admis » ou « ajourné ») sont portés à la connaissance des étudiant.e.s par voie d’affichage.

Toute copie d’examen peut être consultée par l’étudiant après la proclamation par le jury des résultats définitifs. Les copies d’examens sont des documents administratifs à carac-tère nominatif. Elles doivent être communiquées aux étudiant.e.s qui en font la demande dans un délai raisonnable. Cette consultation peut être exercée sur place (consultation directe des copies) ou par la délivrance de photocopies aux frais du demandeur. La durée légale de conservation des copies est d’un an au minimum à partir de la publication des résultats.

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Régime de l’évaluation continue intégrale : 1ère année du cursus ingénieur en biotech-nologie

Les évaluations des connaissances et des compétences en 1ère année reposent sur une évaluation continue intégrale. L’évaluation continue intégrale consiste en des évaluations multiples et diversifiées, réparties régulièrement tout au long du semestre sur l’ensemble des semaines et pour l’ensemble des enseignements. Il n’y a donc aucune session termi-nale. Il y a une session de rattrapage.Ces évaluations pourront coupler des travaux réalisés en salle en temps limité, des tests de connaissance ou des travaux personnels. Les modalités sont définies dans les fiches MECC.Les évaluations sont planifiées sans convocation. Le planning de l’ensemble des contrôles continus est néanmoins communiqué aux étudiant.e.s en début de semestre (sauf pour les flashs tests).Un délai de cinq jours minimum (avec dans la mesure du possible la présence d’un week-end) est requis entre le dernier cours et une épreuve en temps limité.Un minimum de deux épreuves est exigible par élément pédagogique ayant un volume horaire supérieur à 14 heures en présentiel.Chaque épreuve doit être corrigée dans un délai raisonnable et en tout état de cause avant l’évaluation suivante. Elle fait l’objet d’une correction selon des modalités laissées à l’ap-préciation des enseignants.

Régime de contrôle terminal, combiné ou non avec un contrôle continu : 2ème et 3ème an-née du cursus ingénieur en biotechnologie Ce régime suit les règles générales d’évaluation.

Chaque examinateur fixe la durée des épreuves des éléments pédagogiques dont les moda-lités figurent dans les MECC (modalités d’évaluation et de contrôle des connaissances) qui sont approuvées annuellement par le conseil de l’ESBS et soumis au Conseil de la Forma-tion et de la Vie Universitaire (CFVU) de l’Université de Strasbourg.

Article 8 – Absence aux évaluations :

En cas d’absence, l’étudiant doit impérativement présenter une justification au service de scolarité, dans un délai de rigueur de sept jours ouvrés, à compter du jour de l’épreuve, sauf en cas de force majeure. Seul un certificat original est recevable.Sont considérées comme des justifications recevables : empêchement subit et grave de dernière minute (accident, décès d’un proche, maladie, hospitalisation, convocation à un concours, convocation à un tribunal, ...).

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En cas d’absence justifiée : en régime de contrôle continu, une épreuve unique de substitution est organisée pour l’élément pédagogique après le dernier contrôle et avant la date de retour des notes. Cette épreuve portera sur l’ensemble de l’élément pédagogique. Les modalités sont définies par l’enseignant responsable du cours et peuvent être différentes de l’épreuve originale.En cas d’absence non justifiée : l’étudiant est déclaré défaillant à l’UE. Il devra se présen-ter à la session de rattrapage et repasser toutes les EP non validée de l’UE. Les modalités sont définies par les enseignants responsables de l’UE et peuvent être différentes des épreuves originales.

Cas particulier des travaux dirigés (TD) et travaux pratiques (TP)En cas d’absence aux travaux dirigés ou aux travaux pratiques, l’étudiant doit impérative-ment présenter une justification au service de scolarité dans un délai de sept jours ouvrés à compter du premier jour d’absence, sauf en cas de force majeure. Seul un certificat original est recevable.

En cas d’absence supérieure à un tiers de la durée totale des travaux dirigés et/ou des travaux pratiques pour un enseignement sur un semestre, l’étudiant ne peut valider l’en-seignement. L’enseignant responsable définit les modalités d’évaluation de l’épreuve de rattrapage qui peuvent être différentes de celles appliquées initialement.

Article 9 – Les jurys

Les membres des jurys des examens de passage et de délivrance de diplôme sont désignés par le Directeur de l’ESBS parmi les enseignants ayant participé à la formation des élèves ingénieurs durant l’année considérée. Après chaque jury, il est établi un procès-verbal des résultats.

Les autorisations de passage dans l’année supérieure, de présenter l’examen de rattra-page, les autorisations à redoubler et les exclusions sont prononcées par les jurys et arrê-tées par le Directeur des études ou par le Directeur de l’école. Il est rappelé que les jurys sont souverains et que leurs décisions sont sans appel.

Des sessions de rattrapage (2ème session) sont organisées à la fin de chaque année univer-sitaire, au minimum 15 jours après la publication des résultats. La période des sessions de rattrapage est identifiée sur le calendrier donné aux élèves à la rentrée. La note de rattrapage est retenue pour le calcul de la note finale.

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Article 10 – Passage et redoublement

Un semestre est validé si une moyenne générale supérieure ou égale à 10/20 est obtenue à la fois à chacune des UE théoriques et à chacune des UE pratiques. Il n’y a pas de com-pensation entre UE.

2ème sessionLorsque qu’une UE n’est pas validée (moyenne des EP inférieure à 10), l’élève doit re-passer les épreuves où la note minimale n’a pas été atteinte. Les EP pour lesquels ils ont obtenu une note supérieure ou égale à 10/20 ne peuvent pas être repassées.

Les élèves n’ayant pas validé un semestre à l’issue de la session de rattrapage (en raison d’une moyenne inférieure à 10/20 à une ou plusieurs UE, sans possibilité de compensa-tion) peuvent être autorisés à redoubler le semestre par le jury.

L’année suivante, ils conservent leur semestre validé. Il appartient au jury de proposer aux élèves un contrat pédagogique dans le but de renforcer leurs acquis et/ou effectuer des stages en laboratoire ou en entreprise. Ils conservent les notes des UE du semestre non validé pour lesquels ils ont obtenu la moyenne (10/20). Les modalités de réussite de la session de rattrapage sont identiques à la 1ère session.Remarques :Il n’est pas possible de repasser l’examen portant sur un EP s’il fait partie d’une UE déjà validée. Les examens ne peuvent être répétés qu’une fois. Le redoublement n’est autorisé qu’une fois au cours des 3 années de scolarité à l’ESBS, sauf en cas de force majeure. La décision relève alors du Directeur.Il n’y a pas de compensation entre semestre.La commission pédagogique reste souveraine pour apprécier toute situation particulière.

MentionsLa note d’examen est assortie d’une mention s’établissant comme suit :

Note Mention

En dessous de 10 points insuffisant

Entre 10 et en dessous 12 points passable

Entre 12 et en dessous de 14 points assez bien

Entre 14 et en dessous de 16 points Bien

16 points et au-delà très bien

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Article 11 – Soutenance du projet de fin d’études et obtention du diplôme

Le Jury d’Admission de l’ESBS est désigné chaque année par le Directeur de l’École. Il nomme les enseignants qui en font partie.

Les élèves sont tenus d’obtenir un niveau déterminé en langue vivante étrangère : pour l’anglais, il s’agit d’atteindre un score de 785 points (TOEIC) ; pour l’allemand et le français, le niveau B2 est requis. Cependant, seul le niveau B1 est requis pour les étudiant.e.s ayant débuté l’allemand et/ou le français à leur entrée à l’ESBS. Le diplôme d’ingénieur ne pourra être délivré qu’aux élèves ayant atteint ces niveaux et avoir réalisé un minimum de 14 semaines de stage en entreprise.

Le titre d’ingénieur diplômé de l’Ecole Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg cur-sus commun des Universités du Rhin Supérieur est délivré à l’issue de la scolarité sous réserve que l’élève ait satisfait aux épreuves finales de la 3ème année. Ces épreuves sont constituées par les examens portant sur les enseignements théoriques et pratiques suivis pendant la dernière année et par le mémoire de diplôme (dernier semestre) ainsi que par un examen oral portant sur les enseignements des quatre derniers semestres avec la par-ticipation d’au moins un enseignant de chaque université partenaire.

La moyenne générale du diplôme est calculée comme suit :25% de la note de semestre 1 et 2 (1ère année)25% de la note de semestre 2 et 4 (2ème année)25% de la note de semestre 5 (3ème année)25% de la note de soutenance du projet de fin d’études.La soutenance du projet de fin d’études est évaluée de la manière suivante :Note donnée par le maître de stage et tuteur pédagogique au rapport final à l’aide d’un questionnaire spécifique : 20 %Note donnée par le parrain de l’ESBS choisi par l’élève (premier rapporteur) : 10 %Note donnée par le référent complémentaire de l’ESBS, choisi par le responsable pédago-gique de la 3ème année (deuxième rapporteur) : 10 %Présentation orale du rapport de fin d’études : 30 %Réponses aux questions portant sur ce rapport : 20 %Réponses à des questions concernant le contenu des études des 5 derniers semestres : 10 %

Les trois premières notes, qui peuvent provenir de pays différents, seront établies d’après l’échelle générale suivante :A = excellent (excellent)B = very good (très bien)C = good (bien)

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D = satisfactory (assez bien)E = passed (passable)F = failed (insatisfaisant)

Des notes intermédiaires (par ex. B-C) sont possibles. Pour la conversion des notes se référer à l’échelle comparative à la fin du paragraphe. Les notes du premier et du second expert seront justifiées par un bref rapport. Ce rapport sera remis au président du groupe d’examen avant la partie orale du projet de fin d’études. Les trois dernières notes seront données d’après le système numérique français.

Composition des jurys de soutenance du projet de fin d’études :Chaque jury est composé d’un président de jury et d’au moins trois membres. Il est sou-haitable que chaque pays partenaire soit représenté par un examinateur. Le maître de stage peut être présent sauf pour la délibération.

Durée et rédaction du procès verbal de soutenance du projet de fin d’étudesLa soutenance du projet de fin d’études dure 35 minutes et se divise en trois parties :

- présentation orale du rapport de stage : 15 minutes- questions concernant le rapport : 10 minutes- questions sur le contenu des études des 5 derniers semestres : 10 minutes

Délibération finaleLes présidents des jurys de soutenance du projet de fin d’études (ou leurs représentants) se réunissent pour l’attribution du diplôme d’Ingénieur en Biotechnologie. Celui-ci ne sera pas attribué si la note de l’examen de diplôme est inférieure à 10 / 20.

Conversion des notesLa notation et la conversion des notes se feront selon l’échelle comparative suivante :

Notation Générale Notation à Strasbourg Notation à BâleA** (excellent / excellent) 18 6.0

B (Very Good / Très Bien) 16 5.5

C (Good / Bien) 14 5.0

D (Satisfactory / Assez Bien) 12 4.5

E (Passed / Passable) 10 4.0

F (Failed / Insatisfaisant) < 10 < 4.0

La note A (excellent) ne sera attribuée que pour des présentations exceptionnelles

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Notation à Fribourg : se conférer à l’annexe I jointe au présent règlement - Grille de conversion des notes entre le système français et le système allemand – BO n°24 du 16 juin 2011 modifié au BO n°19 du 9 mai 2013.

Deux diplômes sont décernés aux élèves de l’ESBS :• Le diplôme français attribuant le titre d’ingénieur (master’s degree) diplômé de

l’université de Strasbourg et l’Ecole Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg portant les signatures du Recteur de l’académie de Strasbourg, du Président de l’université de Strasbourg et du Directeur de l’ESBS.

• Le diplôme d’ingénieur en biotechnologie en français et en allemand. Il est déli-vré au nom des universités participantes et porte les signatures des recteurs et des présidents desdites universités, ainsi que celle du Président d’EUCOR.

Un relevé de notes obtenues par l’étudiant avec la liste des enseignements dispensés à l’ESBS est joint au diplôme, qui porte l’emblème d’EUCOR. Sur ce relevé figure également la note du rapport de fin d’études, de l’examen oral, et la moyenne générale. Une échelle comparative des notes permettra l’évaluation du diplôme en dehors de la France. Ce rele-vé est signé par le directeur de l’ESBS.

Article 12 – Manquement au règlement

Une commission de discipline à voix consultative, est composée du directeur de l’Ecole, du directeur adjoint, du directeur des études, de deux enseignants et de deux représentants des élèves ingénieurs (les élèves élus aux conseils de l’ESBS). Cette commission est saisie par le directeur et examine tout manquement grave aux règlements. Si cette commission n’arrive pas à un accord avec l’intéressé, le dossier sera transmis, avec avis, à la section disciplinaire du conseil d’administration de l’université, habilitée à prononcer les sanc-tions définitives.

Article 13 – Césure

L’interruption des études (césure) est autorisée à l’ESBS.

Tous les étudiant.e.s inscrits à l’ESBS peuvent demander à effectuer une interruption d’études (césure) pour une durée maximale d’une année universitaire. Le projet de césure a l’objectif d’acquérir une expérience personnelle ou professionnelle. A ce titre, il s’inscrit dans une démarche réfléchie, dont les objectifs doivent être clairs et les modalités mûre-ment planifiées.

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La demande de césure s’accompagne donc de la rédaction d’un dossier, qui détaille le pro-jet personnel et professionnel, sa motivation et ses modalités d‘exécution (voir liste des pièces à fournir en annexe). Le dossier sera examiné par une commission comprenant le directeur ou le directeur adjoint, le directeur des études de l’ESBS, les responsables pé-dagogiques des 3 années, le directeur des études du CBT et 3 représentants des élèves au sein du conseil qui émettra un avis (favorable/défavorable) en fonction de la pertinence du projet et de la qualité du dossier. Si besoin, l’arbitrage final reviendra au directeur de l’ESBS conformément aux statuts de l’école. La date limite de remise d’un dossier pour candidater à une césure prenant effet au semestre d’automne est fixée au 1er Mai, et au 1er octobre pour une césure prenant effet au semestre de printemps. Il est très fortement conseillé de déposer la demande le plus tôt possible. La période de césure pourra prendre diverses formes et pourra se dérouler en France ou à l’étranger. La réalisation d’une année de césure sous la forme d’activités en lien direct avec la for-mation peut éventuellement conduire, après validation de ces activités, à l’acquisition de crédits ECTS optionnels. Ces ECTS optionnels pourront être mentionnés dans le supplé-ment au diplôme après avis de la commission pédagogique de l’ESBS. Ils ne pourront en aucun cas compter pour l’obtention du diplôme d’ingénieur ou du master proprement dit. Chaque activité donnera lieu à un rapport et à une évaluation en vue de sa validation. Un tuteur pédagogique sera désigné et assurera le lien et le suivi pédagogique de l’ensemble des activités réalisées au cours de la césure. Cet accompagnement est obligatoire si une valorisation sous forme d’ECTS est envisagée. Si l’élève ne souhaite pas bénéficier d’ac-compagnement pédagogique, il peut demander à être exonéré des frais de scolarité mais devra s’acquitter des frais de sécurité sociale étudiant sauf si un contrat de travail est établi sur l’année entière (justifiant d’au moins 60 heures de travail salarié par mois ou 120 heures par trimestre).

Conformément à la réglementation en vigueur, ces activités ne pourront pas être réa-lisées sous le statut de « stage conventionné » avec l’ESBS. La réalisation de «stages» lors de la césure ne pourra donc se faire que sous la forme d’un contrat de travail entre l’organisme d’accueil et l’élève en césure. Il ne sera en aucun cas délivré d’attestation de stage obligatoire pour les activités réalisées lors de l’année de césure, celle-ci étant par définition facultative.

Le nombre des césures par an et par promotion est fixé au maximum à 10% de chaque promotion pour garantir la disponibilité des places au retour de la césure. En effet, les accords qui régissent le partenariat avec les universités de Bâle et Freiburg stipulent que

le nombre d’étudiant.e.s ne peut dépasser 40 par année et par promotion.

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Pour le diplôme d’ingénieur en biotechnologie, une demande de césure d’une année (après avoir réussi la première année ou le premier semestre de deuxième année) sera privilégiée. Ce découpage permettrait en effet de préserver la continuité des projets tuto-rés qui ont lieu au deuxième semestre de la deuxième année et au premier semestre de la troisième année. Dans ce cas de figure, l’étudiant devra obligatoirement s’inscrire à l’ESBS pendant la période de la césure afin de reprendre ses études au deuxième semestre de la deuxième année (ou du M1S2 du master).

L’élève en césure peut demander à bénéficier du maintien du droit à la bourse (sous ré-serve de ne pas avoir épuisé ses droits en la matière). Dans ce cas la thématique de la césure devra obligatoirement être en lien avec la formation suivie.

Liste des pièces à fournir1) Dossier de candidature précisant le projet, les objectifs et les modalités2) Lettre de motivation3) CV

4) Relevé de notes

Article 14 – Divers

Périodes d’enseignement à Bâle et à Fribourg ; visite d’usines, conférences industrielles, salons et forumsLe transport et l’hébergement à Bâle et/ou Fribourg sont pris en charge respectivement par l’école et les universités partenaires. Les élèves qui souhaitent ne pas bénéficier du trans-port et/ou de l’hébergement doivent impérativement le signaler à la scolarité et signer une décharge. Il en est de même pour les visites d’usines, les salons et les forums.

Accès à l’écoleLes heures et jours d’ouverture de l’école sont définis par le Directeur de l’ESBS. L’utilisa-tion des salles et amphithéâtres par les étudiant.e.s fait l’objet d’une réservation préalable auprès de la scolarité. La décision d’accorder l’utilisation des salles de l’école en dehors des heures normales incombe uniquement au Directeur de l’ESBS.

Vie associative – NGB (Nouvelle Génération des Biotechnologistes) et AmicaleTout soutien financier de l’ESBS à la vie associative des élèves de l’Ecole nécessite l’accord préalable du Conseil de l’ESBS. La demande de financement doit comporter un projet de budget faisant apparaître l’ensemble des recettes et des postes de dépenses prévues sur l’année civile concernée. Un bilan financier annuel doit être remis au Directeur de l’ESBS en fin d’année.

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Aucun évènement associatif ne peut être autorisé dans les locaux de l’école sans l’autori-sation expresse du Directeur de l’ESBS.

Les élèves de l’ESBS sont soumis au Règlement Intérieur de l’Université de Strasbourg.

Utilisation des moyens informatiquesTous les élèves de l’ESBS doivent prendre connaissance de la Charte de Bon Usage de l’Informatique et des Réseaux à l’Université de Strasbourg avant de pouvoir bénéficier de l’accès aux équipements informatiques de l’Ecole.

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Tous les élèves de l’ESBS sont informés de l’existence du règlement de scolarité de l’ESBS ainsi que de la Charte de Bon Usage de l’Informatique et des Réseaux à l’Université de Strasbourg lors de la réunion d’accueil. Ils signent un document attestant avoir pris connaissance du document et du respect des règles en vigueur.

Annexe au règlement de scolarité

Modalités d’accompagnement de recherche de stage en entreprise.

1 Une fiche de compétences acquises à la fin de chaque année d’études sera mise à disposition des étudiant.e.s sur le site web de l’ESBS.

2 Une réunion d’information concernant le stage en entreprise sera organisée en début de première année.

3 Les étudiant.e.s doivent rédiger un CV et une lettre de motivation et les envoyer à leur tuteur.trice au plus tard à la fin des congés de Toussaint et solliciter une entrevue.

4 Les étudiant.e.s communiqueront, avant les congés de fin d’année, au respon-sable des stages 1A une liste des entreprises auxquelles ils envisagent d’envoyer une candidature

5 Les étudiant.e.s qui n’ont pas obtenu un stage jusqu’à la fin du mois de Mars doivent avertir le responsable des stages de première année et accepter des propositions de contacts.

6 Des interventions d’anciens seront programmées dans les emplois de temps pour aider les étudiant.e.s dans la rédaction de leurs CV et lettre de motivation.

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DIPLÔME D’INGÉNIEUR EN BIOTECHNOLOGIE

Calendrier

Semaine Dates BT 1A BT 2A BT 3A 36 03/09 - 9/09 Rentrée à 9h cours intensif anglais Rentrée ESBS cours Rentrée cours ESBS

37 10/09 - 16/09 Cours intensif allemand ESBS cours Cours ESBS

38 17/09 - 23/09 ESBS cours ESBS cours Cours ESBS






44 29/10 - 04/11 Vacances Toussaint Vacances Toussaint Cours ESBS


46 13/11 - 19/11 ESBS cours ESBS cours Projet




50 10/12 - 16/12 TP instrumentation et biophysique Révisions Projet

51 17/12 - 23/12 TP instrumentation et biophysique Examen Soutenances projets

52 24/12 - 30/12 Vacances "Noël" Vacances "Noël" Vacances "Noël"

1 31/12 - 06/01 Vacances "Noël" Vacances "Noël" Vacances "Noël"

2 07/01 - 13/01 ESBS cours Basel Soutenance projets

3 14/01 - 20/01 ESBS cours Basel

4 21/01 - 27/01 ESBS cours TP Purif/culture cell Session rattrapages examens

5 28/01 - 03/02 ESBS cours TP Purif/culture cell Début du stage de 6 mois

6 04/02 - 10/02 ESBS cours TP Purif/culture cell

7 11/02 - 17/02 ESBS cours TP Purif/culture cell

8 18/02 - 24/02 Vacances hiver Freiburg

9 25/02 - 03/03 TP enzymologie, microbio, génie génétique Freiburg



12 18/03 - 24/03 TP génie génétique Freiburg

13 25/03 -31/03 ESBS cours Freiburg

14 01/04 - 07/04 ESBS cours Freiburg

15 08/04 - 14/04 ESBS cours Stage intensif allemand

16 15/04 - 21/04 ESBS cours Vacances

17 22/04 - 28/04 ESBS cours Stage intensif anglais

18 29/04 - 05/05 ESBS cours

19 06/05 - 12/05 ESBS cours

20 13/05 -19/05 ESBS cours

21 20/05 - 26/05 ESBS cours soutenances proj Bioethic

22 27/05 - 04/06 Rattrapage Révisions

23 03/06 - 9/06 Examens

24 10/06 - 16/06 Projet option



27 1/07 - 07/07 Rattrapage Soutenances 26-09-2019

CALENDRIER 2018-2019

Diplôme d’ingénieur en Biotechnologie - Calendrier

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CURRICULUM 1A S1

COURSE TEACHER CM (H) TD (H) TP (H)Total hrs

student

ECTS /

Coeff.

9 ECTS

Transcription B. Chatton, M.

Donzeau22 2 22 1,5

Translation J. De Mey 20 2 20 1,5

Microbiology C. Rigouin 12 4 2 16 1,5

9 ECTS

Structural Biology B. Kieffer 8 14 22 1

Analytical Biochemistry B. Kieffer 16 8 12 24 1

Mathematics for

bioengineers I Y. Nominé 6 8 8 14 1

General Chemistry G. Hanquet, G. Mislin 18 2 2 20 1

Electronics C. Ling 12 12 0,5

6 ECTS

English R. Piotto 48 48 1

Deutsch

FrenchS. Marten, A. Hacker 48 48 1

Health & Safety Y. Nominé 6 6 /

CommunicationY. Nominé, J. de Mey

2 5 7 0,5

Project Management R. Barido 10 1 10 0,5

6 ECTS

Biochemistry, Biophysics

and Instrumentation

Y. Nominé, M.

Donzeau10 12 52 74 2

TOTAL 343

YEAR 1 — SEMESTER 1

Stage intensif

inclus

UE FB1 : Fundamentals of Biotechnology I

UE ES1 : Engineering sciences I

UE HE1 : Humanities, Economy & Social Sciences I

UE PR1 : Practicals I


Diplôme d’ingénieur en Biotechnologie - Curriculum 1A S1

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MODALITÉS D’ÉVALUATION ET CONTRÔLE DES CONNAISSANCES

MECC 1A S1

INTITULE COURS ENSEIGNANT

Epreuve Durée Epreuve Durée

B. Chatton, 2h

M. Donzeau

Présentation orale par groupe 15 min

Epreuve écrite 2h

Microbiology C. Rigouin Epréuve écrite 2h écrit/oral 1h

Structural Biology B. Kieffer Evaluation du projet proteopedia 10 h écrit/oral 1h

Evaluation continue / devoirs maison30 min à

1h30

Evaluation terminale 1h à 1h30

Evaluation sous forme d'exercices, de

questions de cours et /ou d'analyse de

publication

1h00 écrit/oral 30 min

Résolution d'exercices 20 min

G. Hanquet, 2h00

G. Mislin 40 min

Electronics C. Ling

Evaluation sous forme de questions de

cours et d'exercices d'application des

connaissances.

1h écrit/oral 1h

English R. Piotto MECC Faculté de Langues

Health & Safety Y. Nominé Feuille d'émargement

CommunicationY. Nominé, J de Mey Présentation orale par groupe de 5 à 7

étudiantsen séance oral 15 min

Project Management R. BaridoEvaluation terminale sur les notions

vues en cours1h écrit 1h

Biochemistry,

Biophysics and

Instrumentation

Practicals

Rapport TP écrit/oral 1h

UE FB1 : Fundamentals of Biotechnology I


écrit/oral

MECC

Evaluation continue sous forme

d'exercice, de questions de cours et/ou

d'analyse de publication

SESSION INITIALESESSION

RATTRAPAGE

Analytical

Biochemistry B. Kieffer écrit/oral 1h

1h

Translation J. De Mey écrit/oral 1h

Transcription écrit/oral

1h

UE ES1 : Engineering sciences I

Deutsch/Français S. Marten, A. Hacker MECC Faculté de Langues

Y. NominéMathematics for

bioengineers I


Evalution sous forme d'exercices et de

questions de cours / Flash test :

exercices et questions de cours

General Chemistry


Diplôme d’ingénieur en Biotechnologie - MECC 1A S1

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DESCRIPTION DES COURS

1A S1

Objectives in terms of knowledge (course content) : I. Transcription of genetic information in prokaryotes RNA polymerase.Initiation, transcription elongation and regulation of the transcriptional termination.Regulation of gene expression: lactose and tryptophan operonRegulation of lambda gene expression.II. Transcription of genetic information in eukaryotesChromosome, chromatin and nucleosomes. Eukaryotic RNA polymerases. Promoters and gene control. General factors of transcriptionActivators and repressors. Histone code. Chromatin remodelling. Acetylation of chromatin and gene activation. DNA methylation and gene repression.Cell signalling and transcription regulation.Objectives in terms of skills:This course aims at confronting the student with the fundamental principles of molecular biology in prokaryotes and eukaryotes and zooms in on the structure-function relationship of DNA and chromosomes with regards to transcription and gene regulation. Relevant basic terminology is introduced and general concepts and principles are presented. An important aim is to bring insight into gene structure, gene expression and gene regulation, including the differences between pro- and eukaryotes. Bibliography, course material :• Biochimie Générale JH Weil 11éme Edition Dunod Sciences• Genes IX Benjamin Lewin (Jones and Bartlett Publishers, Inc)

Objectives in terms of knowledge (course content) : • Components of the translation machinery• mRNA: structure, properties, maturation and the mechanism of splicing. • Ribosome: prokaryotic and eukaryotic, structure and properties. • tRNA: structure, different species (initiator, elongator, isoacceptors). • Genetic code: Wobble hypothesis and degeneration of the code• Activation of aminoacids: • Aminoacyl-tRNA synthetases• Specificity of aminoacylation and fidelity of translation• Mechanism of translation in prokaryotes and eukaryotes: • Initiation• Elongation • Termination• Role of regulatory factors• Inhibitors of protein biosynthesisObjectives in terms of skills:• Appropriation of a series of mechanisms at the cell and molecular level • Gradually acquire scientific German (beginners), or practice scientific German• Using course notes, a textbook and other sources in German as course backups• Developing foreign language and communication skills by team work in bi-lingual German/

French groups

Transcription of genetic information

Translation of genetic information


Diplôme d’ingénieur en Biotechnologie - description cours 1A S1

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Objectives in terms of knowledge (course content) : • Introduction on radiation-matter interactions • Applications of molecular spectroscopy in biology (absorption, fluorescence, NMR ...) • Principles and applications of mass spectrometry • Transport PhenomenaObjectives in terms of skills:• Have a critical reading of scientific results based on the use of biophysical methods• Know the fields of application of biophysical methods• Establish an experimental protocol using biophysical measurementsBibliography, Course material :• Methods in molecular biophysics, Igor Serdyuk Nathan & Joseph Zaccai• Physical Chemistry: Principles and Applications in Biological Sciences, I.Tinoco, K. Sauer, • J. C.Wang, J. D. Puglisi

Objectives in terms of knowledge (course content) : • Protein structure and folds• Nucleic acids structureObjectives in terms of skills:• Know how to establish relationships between the sequence, the structure and the function of

a protein• Search for structural information and visualize it• Assess the quality of a molecular model• Understand and use thermodynamic measurements for the study of inter-molecular interactionsBibliography, course material :• Introduction à la structure des protéines, Branden & Tooze, Ed DeBoeck Université• Proteins: structures and molecular properties, Thomas E. Creighton, Ed W.H. Freeman

Objectives in terms of knowledge (course content): • Basic methods in microbiology • Enrichment of airborne germs• Direct isolation of aerobe endospores (Bacillus megaterium), methods to determine the Gram

behavior • Enrichment and isolation of saccharolytic Chlostridia• Production and analysis of antibiotics• Cell biology of budding and fission yeasts• Bacterial motility, chemotaxis• Direct isolation of Streptococcus salivarius, catalase-test• Microbial reduction of hydrocarbons; cleaning up of environmental oil spills• Methylation & restriction• Biotransformation(biotechnologic production of aspartate)Objectives in terms of skills:(ie roughly what the student should be able to understand and apply in practical situations at the end of the course)Students will be able to identify and characterize common bacterial and yeast species; identify cellular organisms. Basic molecular mechanisms specific to bacteria will be learned, as well. Introduction to microbiological biotechnology will enable the students to design schemes for biotechnologic production of amino acids and antibiotics and to design environmental biotechnologic interventions.

Analytical biochemistry

Structural biology

Microbiology lectures and practicals



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Objectives in terms of knowledge (course content): • mathematics and life sciences: introduction to the modelisation,• a model to understand the studied system, hypothesize, forsee, anticipate and communicate,• know the basic elements of space geometry (vectors, bases, dot and cross products, cartesian,

spherical and cylindrical coordinates) in Math and Info (Python),• know how to use the derivatives and the Taylor expansion for system modelisation• know how to propagate uncertainties,• know how to carry out studies of functions applied to biological systems (ecology, genomic,

epidemiologie, …),• know how to use informatic (Python) to represent data in 2D or 3D.Objectives in terms of skills:• Put into equation a biological system,• Master the basic mathematic and informatic tools for the modelisation of a biological system,• Analyze and interpret biological data thanks to the appropriated mathematic and informatic

tools,• Master mathematic and informatic tools to communicate. Bibliography, course material :• Mathématiques pour les Sciences de la Vie et de la Nature, JP. Betrandias, EDP Sciences• Analyse, Swokowski, Ed. De Boeck Université• Algèbre et trigonométrie, Swokowski & Cole, Ed. De Boeck Université• Analyse, concepts et contextes : fonctions à plusieurs variables, Stewart, Ed. De Boeck Universite

Mathematics for bioengineer I

Objectives in terms of knowledge (course content) : • General Chemistry : atomic and molecular properties, hybridations, VSEPR, acides, bases,

organic oxydo-reductions, nucleophile/electrophile. Dipoles and non covalent interactions, energetic aspects of chemical reactions, Hammond’s postulate, Curtin-Hammet principle.

• Stereochemistry : determination of relative and absolute configurations, enantiomers, diastereoisomers, meso compound, prochirality, aspects of stereoselectivity, conformational analysis.

• Organic Chemistry: Formation and reactivity of the main organic functions: carbonyle, acide and acide derivatives, alkene, alkyne, amine-imine, alcohol. Chemo- and regioselectivity.

• Aromatic and heteroaromatic chemistry.• Basic bioorganic chemistry : sugars, lipides, aminoacides and peptides, nucleotides/nucleosides. Objectives in terms of skills:Acquisition of the basic notions of organic chemistry as a theoritical to understand metabolic conversions and biochemistry.Bibliography, course material :• Chimie Organique Avancée (Tome1 et 2), Carey, Sundberg, De Boeck Université. • Stereochemistry of Organic Compounds, Eliel, Wiley and Sons Eds.• Chimie Organique J. Clayden, N. Greeves, S. Warren, P. Wothers De Boeck Université

General Chemistry

Objectives in terms of knowledge (course content) : We will first address some general reminders on electricity, then, we will look at an electronic apparatus’ inside in order to learn about some basic components of electrical or electronics equipment. The analog electronics technology will be introduced via the operational amplifier and its applications.... We will continue the journey to reach the digital electronics technology which is driving our phones and computers and powering the internet. Finally, we will study some examples of sensors used for the measurement of various physical quantities.

Electronics



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Objectives in terms of knowledge (course content) : • Know the good practices of laboratory,• Health and security in a biology laboratory• Waste management• Laboratory notebookObjectives in terms of skills:• Risk control in a biology laboratory• Know the value of laboratory notebook and know how to fill it

Objectives in terms of knowledge (course content) : • Resume the basics of communication skills with visual and oral media• Examples and counter-examplesObjectives in terms of skills:• Know how to communicate orally as efficiently as possible.• Translational teaching with cell biology

Health and safety

Communication

Gestion de projet Objectives in terms of knowledge (course content) : • Anticiper un projet en amont : l’étude d’opportunité, la faisabilité, les enjeux, le cahier des

charges• Les principaux acteurs et leur rôle : le commanditaire, le chef de projet, l’équipe projet, les

contributeurs, les utilisateurs finaux• L’analyse stratégique des parties prenantes• Le lancement du projet : organigramme des tâches, matrice des responsabilités, diagramme

Pert et diagramme de Gantt• Le management de l’équipe projet : les réunions, l’écoute active, la délégation, la mobilisation• Le pilotage du projet : le triangle d’or, le tableau de bord, le reporting, l’analyse de rendement,

la communication• La clôture du projet Objectives in terms of skills:• Capacité à structurer les projets par des phasages pertinents• Connaissance des fondamentaux du management d’une équipe projet• Maîtrise de l’avancement du projet• Capacité à articuler la dynamique humaine et la qualité de la production

Objectives in terms of skills:This course’s goal is to improve the knowledge of electrical or electronical apparatus used in the biotechnology domain. Optimal use of equipment is subject to a minimal understanding of the physical principles involved, of the processing of information carried by electricity most of the time, of the limits of the apparatus inherent depending of the hardware usedBibliography, Course material :• Les capteurs. G. Asch, Dunod éditeur.

Practicals of instrumentation, biochemistry and biophysics Objectives in terms of knowledge (course content) : • Good practice laboratory, health and security• Principle of operation and functioning of laboratory instruments• Introduction to the purification of different components (proteins and amino acids) by the use of chromatography technics• Analysis of proteins by SDS-PAGE, staining methods• Physical principles of the analysis methods applied to biomolecules: transport phenomena,



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chromatography technics (ion exchange, size exclusion) and spectroscopies (absorption, fluorescence, ...)• Physical mesures: captors, uncertainty estimation and propagation, automatisation, numerical data management

Objectives in terms of skills:• Apply an experimental process• Appliy the basic rules at the benchmark (pipeting, gel, weighting, pH, buffer, ...)• Ability to critically analyze results obtained during the practicals• Know how to evaluate uncertainties on physical measurements• Know how to set up properly laboratory devices depending on experimental constraints• Write a report• Team working



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CURRICULUM 1A S2


student

ECTS /

Coeff.

6 ECTS

Plant-physiologyE. Decker

21 3 2 24 1,5

Cellular Biology J. de Mey 16 4 2 20 1,5

Molecular Biotechnology E. Weiss 20 6 6 26 1,5

9 ECTS

Data Processing B. Kieffer 6 12 12 18 1,5

Bioinformatics O. Lecompte 14 10 2 24 1,5

General & Bioorganic

Chemistry

G. Hanquet G.

Mislin18 2 2 20 1,5

Bioenergetics B. Chatton

A. Dejaegere16 8 24 1

Mathematics for

bioengineers II Y. Nominé 6 8 8 14 1

3 ECTS


Deutsch

FrenchS. Marten, A. Hacker 24 24 1

Professionnal project A. Dejaegere Y.

Nominé12 12 /

Economy & IndustriesM. Sutter 12 12 /

6 ECTS

Genetic engineering

practicalsA.P. Sibler 35 35 1

Advanced Genetic

engineering practicalsA.P. Sibler 35 35 1

Microbiology practicals C. Rigouin 35 35 1

Enzymology practicals C. Gavériaux 35 35 1

Total 382

6 ECTS

1st year Internship coord. 280 280 /

YEAR 1 — SEMESTER 2

UE IN1 : Internships 1

UE FB2 : Fundamentals of Biotechnology II

UE ES2 Engineering sciences II

UE HE2 : Humanities, Economy & Social Sciences II

UE PR2 : Practicals II


Diplôme d’ingénieur en Biotechnologie - curriculum 1A S2

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Modalités d’évaluation et contrôle des connaissances

MECC 1A S2



Plant-physiology E. Decker Written final control about the coursework and the lab contents2H écrit/oral 1h

Analysis of a signalling pathway as

homework assignment (binome).6 weeks

Analysis with commented drawings of

an intracellular traffic pathway as

homework (individual)

1 week

Evaluation écrite sous forme d'exercices et de questions de cours2H

Présentation orale d'une publication en relation avec le cours 10 min

Evaluations continues ( 1 à 3 sur le semestre) 1h

Evaluation terminale (exercices) 2h

Examen écrit 1H

Examen écrit 1H

Evalution sous forme d'exercices et de questions de cours2h

Flash test : exercices et questions de cours40 min

Enzymology 1h

Thermodynamics 1h

Allostery 1h

Evaluation sous forme d'exercices, de questions de cours et/ou d'analyse de publication1H

Résolution d'exercices 20 min


Deutsch

FrançaisS. Marten, A. Hacker MECC Faculté de Langues

Professionnal project A. Dejaegere Y.

NominéPrésentation personnelle d'un projet à visée economique/professionnelle15 min

Economy & Industries M. Sutter Présentation personnelle d'un projet professionnel15 min

Genetic engineering

PracticalsA.P. Sibler rédaction d'un cahier de laboratoire écrit/oral 1h

Microbiology Practicals écrit/oral 1h

Evaluation sur comportement en salle de Travaux Pratiques20 min.

Remise d'une fiche de résultats avec points de réflexion

1st year Internship coord. Written report

Mathematics for

bioengineers II Y. Nominé écrit/oral 1h

UE HE2 : Humanities, Economy & Social Sciences II

UE IN1 : Internships 1


Enzymology Practicals C. Gavériaux écrit/oral 1h

1h

Bioenergetics B. Chatton A.

Dejaegereécrit/oral 1h

General & Bioorganic

Chemistry G. Hanquet G. Mislin écrit/oral

Data Processing B. Kieffer écrit/oral 1h

Bioinformatics O. Lecompte écrit/oral 1h

UE ES2 Engineering sciences II

MECC

SESSION INITIALESESSION

RATTRAPAGE

UE FB2 : Fundamentals of Biotechnology II

Cellular Biology J. de Mey écrit/oral 1h

Molecular

Biotechnology E. Weiss écrit/oral 1h



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DESCRIPTION DES COURS1A S2

Objectives in terms of knowledge (course content): • Evolution of plant systems • Components of a plant cell; plant cell wall • Functional parts of a plant: roots, shoots, leaves • Plant reproduction and seed development • Photosynthesis and respiration• Lipid metabolism; secondary metabolites (alkaloids, flavonoids, isoprenoids) • Growth and development of plants: regulation by light and by phytohormones • Applied use of plant systems – basics for plant biotechnologyObjectives in terms of skills:(ie roughly what the student should be able to understand and apply in practical situations at the end of th course)• Basic principles of plant biology and plant physiology and their applicationsBibliography, Course material :• Text book : Weiler, Nover : Allgemeine und molekulare Botanic

Objectives in terms of knowledge (course content): The programme consists of a comprehensive theoretical study of 4 fundamental aspects of cellular functioning and regulation (32h CM):• Membranes (common with “Communication”): lipids and the lipid bilayer, membrane fluidity,

transmembrane glycoproteins and transport of small solutes (ions, sugar) across membranes in polarized epithelial cells

• Biosynthesis of glycoprotein and lipids: Glycoprotein and lipid biosynthesis in the endoplasmic reticulum and the Golgi apparatus

• Intracellular traffic: Sorting of lipids and proteins; intracellular traffic of membrane-bound carriers and its regulation; the role of the cytoskeleton and motor proteins

• Cellular Signalling: Membrane receptors and their ligands; protein hardware: small and trimeric G-proteins, kinases, phosphatases, adaptor proteins, structure/function relationship; second messengers: cAMP and cGMP, lipid derived second messengers, Ca2+ and Ca2+-binding proteins.

• Various Applications of Cellular Signalling in physiological and tissular contexts are studied by groups of 6 students and presented orally in English

Objectives in terms of skills:• Using course notes, a textbook and other sources exclusively in English as course backups• Gradually acquire fluency with scientific English• Developing social and communication skills by team work in bi-lingual groups (in collaboration

with Yves Nominé for the “Communication” part)• Progressively apprehending and mastering the challenges provided by complexity and inter-

disciplinarity

Plant physiology

Cell biology

Molecular biotechnologyObjectives in terms of knowledge (course content): • DNA replication – molecular fundamental mechanisms and biological components• Replication machineries and regulation of the processes• Cross-talks between DNA replication and cell division • DNA replication stress – DNA repair • Importance of the maintenance of genome integrity for life • Applications of DNA replication in biotechnology



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Objectives in terms of knowledge (course content) : • Nature of digital information• Security of computer data• Components of a computer system• Networks and communication• Introduction to computer programming with PYTHONObjectives in terms of skills:• Establish a data security policy• Establish a specification adapted to a computer system• Searching for data on the Internet• Formatting data using simple PYTHON scripts• Data analysis and information extraction• Bibliography, Course materials :• How to Think Like a Computer Scientist, Allen B. Downey, Cambridge university press

Data processing

Objectives in terms of knowledge (course content): • Biological databases: Presentation of the main sequence and related databases• Pairwise sequence comparison: Similarity and homology / Scoring systems / Dotplot comparison

/ Optimal alignments/Similarity searches• Multiple alignments: Main algorithms and programs / Quality assessment / Applications of

multiple alignment / Motifs and profiles• Molecular phylogeny: Basics in phylogeny/ Applications of phylogeny / Methods of tree

construction/ Robustness estimation / Tools and websitesObjectives in terms of skills:• Ability to use basic bioinformatics web resources • Understanding of main sequence comparison algorithms • Ability to interpret a multiple alignment, a phylogenetic tree and results of a similarity search• Ability to use multidisciplinary knowledge and approaches

Bioinformatics

Objectives in terms of knowledge (course content): • General Chemistry : atomic and molecular properties, hybridations, VSEPR, acides, bases,



• Organic Chemistry: Formation and reactivity of the main organic functions: carbonyle, acide and acide derivatives, alkene, alkyne, amine-imine, alcohol. Chemo- and regioselectivity. Aromatic and heteroaromatic chemistry.

• Basic bioorganic chemistry : sugars, lipides, aminoacides and peptides, nucleotides/nucleosides. Objectives in terms of skills:• Acquisition of the basic notions of organic chemistry as a theoritical to understand metabolic

conversions and biochemistry.

General Chemistry

Objectives in terms of skills:• Acquisition of sufficient knowledge for the well understanding of the proliferation of

prokaryotic and eukaryotic cells• Acquisition of fundamentals for being capable to integrate of DNA perpetuation and the

maintenance of the genome integrity in all presentations of biological systems (from PCR to bio-production of recombinant vaccine)



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Objectives in terms of knowledge (course content) : • Introduction and general properties of enzymes• Enzymes as biological catalysts• Enzyme kinetics • Equilibrium approach (Henri, Michaelis, Menten) ; the steady state approach (Briggs and

Haldane)• Enzymatic Inhibition• Methods of plotting enzyme kinetics data • Protein engineering Objectives in terms of skills:The aim of this course is to familiarize students with equilibria in biochemistry and also with some fundamental aspects of enzymology. Written exercises are full part of the teachingBibliography, Course material :• N.C. Price, R.A. Dwek, R.G. Ratcliffe and M.R. Wormald, Principles and Problems in Physical

Chemistry for Biochemists, Third Edition, Oxford University Press, 2001. • K.E. van Holde, W. C. Johnson, P.S. Ho, Principles of Physical Biochemistry, Prentice Hall, 1998. • A. Cornish-Bowden, M. Jamin, V. Saks: Cinétique enzymatique, Grenoble Sciences/EDP

Sciences, 2005

Objectives in terms of knowledge (course content) : • compartment model: know how to implement it, and write the resulting system of equations,• calculation of integrals and primitives,• coupled differential equations of order 1: modeling and resolving• coupled differential equations of order 2: modeling and resolving• basic knowledge of numerical methods applied to functions and differential equations• know how to use informatic tool (Python) to solve systems of coupled differntial equationsObjectives in terms of skills:Put into equation a biological system,Master the basic mathematic and informatic tools for the modelisation of a biological system,Analyze and interpret biological data thanks to the appropriated mathematic and informatic tools,Master mathematic and informatic tools to communicate.Bibliography, Course material :• Mathématiques pour les Sciences de la Vie et de la Nature, JP. Betrandias, EDP Sciences• Analyse, Swokowski, Ed. De Boeck Université• Analyse, concepts et contextes : fonctions à plusieurs variables, Stewart, Ed. De Boeck Uni-

versite

Bioenergetics

Mathematics for bioengineers II

Bibliography, Course material :• Chimie Organique Avancée (Tome1 et 2), Carey, Sundberg, De Boeck Université. • Stereochemistry of Organic Compounds, Eliel, Wiley and Sons Eds.• Chimie Organique J. Clayden, N. Greeves, S. Warren, P. Wothers De Boeck Université

Objectives in terms of skills (course content):• Les étudiant.e.s en 1A développent et perfectionnent leur capacité à s’exprimer en anglais (à

l’oral et à l’écrit) et à comprendre des documents écrits et sonores en anglais.• L’apprentissage d’une langue étant un processus qui se prolonge tout au long de la vie, un volet

important des cours de langues à l’Université de Strasbourg concerne les techniques et les stratégies d’apprentissage pour amener les étudiant.e.s à :

• Prendre conscience, en tant qu’apprenant, de leurs propres compétences communicatives langagières : identifier leurs forces, leurs faiblesses, leurs motivations et leurs besoins.

English



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Objectives in terms of knowledge (course content): • The world of biotechnology• Application fields• Career description • Feedbacks from professionals in the field, including former ESBS students• CV writingObjectives in terms of skills:• To help the students to better define their professional project and main objectives, to identify

the skills needed to reach that goals.

Professional project

Genetic engineering practicals Objectives in terms of knowledge (course content): Different cloning methods : • cloning of a restriction fragment • cloning of a PCR fragment • cloning of a Tag• TA cloning, • Gibson cloning• overlap extension PCR• Golden Gate CloningObjectives in terms of skills:• Acquire the principle of the protocols used in genetic engineering • Acquire a good practice in genetic engineering• Be able to analyse and discuss experimental results • Writting of a lab book

Enzymology practicals Objectives in terms of knowledge (course content) : • Understanding and practicing enzymology basics including :• Enzymatic activity• Kinetics of enzymatic activity• Immobilizing enzymes, a lecture and practice at small and medium scales• The beta-galactosidase as a prototypic enzyme• Hydrolysis of lactose, purified and contained in milk• Discussions on the strategies and resultsObjectives in terms of skills :• Acquire a good practice for work with proteins including enzymes, with kinetics• Using spectrophotometers• Acquire the notion of making appropriate graphs, of experimental variability/reproducibility • Be able to relate the theory of enzymology to experimental results• Be able to analyze and discuss on experimental results• Be able to present experimental results



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CURRICULUM 2A S3


student

ECTS /

Coeff.

12 ECTS

Immunology &

ImmunoTechnologyE.Weiss 30 30 1

Genetic Engineering B. Chatton 24 14 8 46 1,5

Genomics and epigenomicsO. Lecompte, B.

Chatton18 10 28 1

Virology D. Gilmer 20 2 20 1

12 ECTS

Experimental design Y. Nominé 8 8 1

Statistics N. Paul 10 10 20 1

Process engineering C. Mailhe 12 12 24 1

molecular modelling A. Dejaegere 6 16 22 1

Metabolism and biotechnologies G. Orfanoudakis 20 4 24 1

6 ECTS

English R. Piotto, F. McKenna 24 24 1

Deutsch

Français

S. Marten, A. Hacker, G.

Gyss24 24 1

Industrial Finances C. Gruber 4 8 12 0,5

BioEthics A. Stephan 6 6 /

Quality J. Martin 12 12 0,5

Total 300

Year 2 - Semester 3

UE AB1 : Advanced Biotechnology I

UE HE3 : Humanities, Economy & Social Sciences III

UE ES 3 : Engineering Sciences III



46


MECC 2A S3




Written exam based on the course content 2H

Oral presentation about a particuliar aspect

of immunology 10 min

Contrôle sous forme d'exercice, de questions

de cours et/ou d'anlyse de publication1H

Analyse et présentation d'une publication

scientifique 15 min

Genomics and

epigenomics

O. Lecompte

B. ChattonEcrit 2h oral/écrit 1h

Virology D. Gilmer

Résolution d'une problématique

biotechnologique à l'aide d'outil viral -

documents autorisés

2H oral/écrit 1h

Experimental design Y. NominéContrôle sous forme d'exercice, de questions

de cours et/ou d'anlyse de publication1H écrit/oral 1h

Statistics N. PaulContrôle sous forme d'exercice, de questions

de cours et/ou d'anlyse de publication1H30 écrit/oral 1h

Process engineering C. Mailhe Examen final sur le cours 2H écrit/oral 1h

Molecular modelling A. Dejaegere

Written control under the form of exercices,

questions about the coursework, analysis of a

scientific publication

2 H écrit/oral 1h

Written report on the lab practicals or written

control on lab practicals/exercices

Homework

assignment

Examen terminal 1H

Projet : Rapport et présentation

EnglishR. Piotto, F.

McKennaMECC Faculté de Langues

Deutsch

Français

S. Marten, A.

Hacker, G. GyssMECC Faculté de Langues

Industrial

FinancesC. Gruber

contrôle sous forme de question de synthèse de

cours1H écrit 1h

BioEthics A. Stephan

Participation to the class discussion during

the entire course will count for the grade

given in 3rd year

Quality J. MartinWritten report and/or written exam on

applications of the course1H écrit 1h

Metabolism and

biotechnologies G. Orfanoudakis écrit/oral 1h

UE HE3 : Humanities, Economy & Social Sciences III

MECC

SESSION INITIALE SESSION RATTRAPEGE

UE AB1 : Advanced Biotechnology I

UE ES 3 : Engineering Sciences III

Immunology &

ImmunoTechnologyE.Weiss oral/écrit 1h

Genetic Engineering B. Chatton oral/écrit 1h


47

Objectives in terms of knowledge (course content) : • Innate and acquired immune response • Antigen properties • Humoral and cellular immune response • Immune system cells: selection, proliferation controls, functions • Biomolecules of the immune system • Diagnostic and therapy tools• Capital importance in molecular biotechnologyObjectives in terms of skills:• Acquisition of knowledge for the understanding of the immune defense. • Acquiring notions to feel comfortable in all biotechnology subjects that integrate the principles

and tools of the immune response. • Awareness of the importance of immunology in red and green biotechnology

Objectives in terms of knowledge (course content): • Reminders on transcription and translation• History of Molecular Biology• Restriction enzymes and modifying enzymes• Cloning vectors - Phages lambda and M13 - Prokaryotic and eukaryotic plasmid vectors• Molecular hybridization• Expression librairies-subtractive librairies• PCR and qPCR• Techniques of site-specific mutagenesis.• RNA interference-DNA interference (Talens-CRISPR / Cas9)• New sequencing techniques• Recombinant cloningObjectives in terms of skills:• This course aims to present the different techniques of cloning, manipulation and analysis of

nucleic acid sequences. All of these topics will be treated in an integrated manner to enable students to become familiar with many cloning strategies, and directed mutagenesis

• Strategies for cloning and modifying DNA sequences - Using different cloning and sequence analysis software

Objectives in terms of knowledge (course content): • Genomic projects in the three domains of life and their applications• Sequencing and assembly of genomes• Genome annotation• Localization of genomic elements (repeats, coding and non-coding genes)• Number of genes, genome size and complexity, diversity of transcripts• Functional annotation (methods and limits)• Integration of omics data: from a list of genes to biological networks• Epigenetic regulation of eukaryotic genome expression• Methods to analyse epigenomes (ChIP-on-chip, ChIP-seq...)Objectives in terms of skills:• Mastery of main resources dedicated to exploration of genomes and epigenomes • Ability to analyse NGS data (quality control, mapping, assembly…)• Mastery of programs and methods commonly used in genome annotation• Ability to analyse and exploit a list of genes • Ability to use different working environments and platforms (Windows/linux, Galaxy, Ensembl,

UCSC…)

Immunology and Immunotechnology

Genetic engineering

Genomics and epigenomics


2A S3



48

Objectives in terms of knowledge (course content): • Viruses: discovery, taxonomy, structures et viral genomes• Multiplication cycles (entry, replication, transmission) • Expression strategies for viral genomes• Positive sense, negative sense RNA viruses (TMV, polio, Rhabdoviruses)• DNA viruses (SV40, papillomavirus, adénovirus, parvovirus)• Retroviruses• Biotechnology applications derived from viruses (CRISPR-Cas antiviral defense), MS2 (Yeast

triple hybrid and RNA localization, M13 and phage display, viruses & nanotechnologies), expression vectors.

• Baculoviruses: life cycle and their use as expression vectors (BacMam, Baculovirus display, vaccinology)

• Viruses and gene therapy (Retroviruses, adenoviruses and parvoviruses), viruses for cancer therapy

Objectives in terms of skills:• Fundamental virology: Structure, genome and expression strategy.• Comprehensive approaches to understand the requirements to fulfill a viral cycle.• Comprehensive approaches require to design viral vectors suitable for biotechnological and

therapeutic approaches.

Objectives in terms of knowledge (course content): • to understand the basic principles of an experimental plane• vocabulary of experimental planification• introduction to the design of high-throughput experimentsObjectives in terms of skills:• Appreciate the difficulty to realize reliable high-throughput experiments

Objectives in terms of knowledge (course content): • acquire basic skills in probability, descriptive and inferential statisticsObjectives in terms of skills:• Data visualization and analysis (Python language),• Know how to distinguish between estimation and estimator,• To be able to deal with parametric and non parametric tests,

Objectives in terms of knowledge (course content): Phénomènes de transport:• Mécanique des fluides, agitation, transfert de chaleur, transfert de matière• Opérations unitaires des bioprocédés :• Bioréacteurs, centrifugation, homogénéisation, chromatographie liquide, filtration

tangentielle, extraction liquide-liquide, bilan matières, bilans thermiques.Contenus des TD : • Des exercices associés à chacun des chapitres du cours permettent une mise en application

des concepts exposés durant ce cours.Objectives in terms of skills:• Comprendre les mécanismes physiques, physico-chimiques et biologiques mis en œuvre dans

les procédés industriels biotechnologiques notamment pharmaceutiques.• Acquérir des notions de dimensionnement et de scale-up des équipements mettant en œuvre

ces procédés à l’échelle industrielle

Virology

Experimental design

Statistics

Process engineering



49

Objectives in terms of knowledge (course content): • Basics principles of molecular modelling• Potential energy function of biological macromolecules• Energy minimization and molecular dynamics simulations• 3D modelling of macromolecular structures• Role of dynamics and motion in biological function.• Biotechnological applications of molecular modellingObjectives in terms of skills:• Students should gain enough general knowledge in modelling to understand and critically

analyze a publication in the field, with relevance to biotech applications• They’ll acquire technical knowledge in performing basic modelling task• The goal is also to further integrate sequence-structure-function relationships of biomolecules

with an understanding of bio-engineering applications

Objectives in terms of knowledge (course content): • The objective of this course is the understanding of metabolic pathways, their role in cell

signaling and applications in the Metabolic Engineering.• They are studied the metabolic pathways (glycolysis, gluconeogenesis, tricarboxylic acid cycle,

oxidative phosphorylation and fatty acids), their interconnections and regulation.• Based on the knowledge already acquired, and on innovative technological aspects, this course

aims to provide the necessary tools to conduct a project in the field of biotechnologyObjectives in terms of skills:• Acquisition of basic scientific knowledge and intellectual and conceptual tools• Enable everyone to reach the capacity to handle a project in the field of biotechnology, from the

original idea to its realization

Objectives in terms of knowledge: • To improve both the speaking and writing abilities of the students in scientific and professional

contexts.• To consolidate and build on oral/written comprehension and expression.Objectives in terms of skills:Collaborative research project comprising several steps :• Carrying out a literature search• Oral presentation of a research article (Journal Club)• Writing an abstract for a scientific research paper• Writing a conference abstract• Presenting research work as a poster communication.• Writing a research article • Giving an oral presentation on research work as a team

Objectives in terms of knowledge (course content): • develop their capacity to express themselves in spoken and written German (adequate spoken

interaction in diverse communicative situations, spoken and written production for everyday and academic uses);

• improve their capacity in understanding audio and voice, as well as written documents;• encounter various German-speaking interlocutors, understand them and interact with them

define their learning needs and objectives;• design and organize their autonomous learning process (i.e. individual activities , workshops,

peer-review) according to their personal needs and objectives;

Molecular modelling

Metabolism and biotechnologies

English

German (3rd and 4th semester)



50

• refine awareness of efficient learning strategies, methods, resources and their concrete application;

• gain an intercultural consciousness of the advantages and attempts to simplify future integration in mixed teams (French-speaking/non-French-speaking, women/men, starters/confirmed speakers etc.).

Objectives in terms of skills:• express themselves in adequate spoken and written German;• understand diverse audio and written documents;• encounter German-speaking interlocutors and interact with them;• recognize different communicative styles and refine their intercultural skills.• discover major language certifications

Objectives in terms of knowledge (course content): • Principes fondamentaux de la comptabilité financière (financial accounting) • Présentation du processus d’élaboration et de diffusion de l’information financière obligatoire.• Etude de la traduction comptable des principales opérations courantes pour permettre la

construction des états financiers.• Etude des deux principales applications : la comptabilité de gestion (calcul de coûts) et l’analyse

financièreObjectives in terms of skills:• Comprendre la logique de la comptabilité financière et les enjeux de la politique comptable.• Être capable de lire les principaux documents comptables et financiers et de comprendre leur

construction• Comprendre les liens entre l’analyse et le contrôle financiers et le processus décisionnel dans

une entreprise

Objectives in terms of knowledge (course content): The bioethical thinking is often difficult to assert, but the idea of an ethics for engineers is even more recent. The engineering profession in biotechnology or chemistry-biotechnology mixes two levels of thinking, the professional ethics of engineers and bioethics. Based on current topics, legislative documents on biotechnology, documents on engineering ethics and topics proposed by students, the course will develop a reflection on the professional ethics of engineers, and the impact of biotechnology on society.At the end of this course, students must be able to develop a critical questioning about their own role in the technologic world and the life scientific knowledge.Objectives in terms of skills :• The objective of this course is to make students aware of the need to develop a fair and

responsible reflection on the social issues related to their future professional practice.

Objectives in terms of knowledge (course content): • Module 1 : introduction à la Qualité• Module 2 : approche processus• Module 3 : les risques• Module 4 : le zéro défaut• Module 5 : les outils de la Qualité• Module 6 : la documentation• Module 7 : les référentiels Qualité• Module 8 : la gestion des équipesObjectives in terms of skills :• La formation dispensée a pour objet de fournir une première approche des concepts, méthodes

et outils relatifs au Système de Management de la Qualité

Industrial finances

BioEthic and professionnal Ethic (2nd year, 3rd and 4th semester)

Quality



51


CURRICULUM 2A S4




student

ECTS /

Coeff.

9 ECTS

Plant Molecular Biology T. Laux et al. 24 24 1

Synthetic Microbiology A. Becksei 15 15 1

Cellular Biology2 & microscopy J. de Mey, D. Dujardin 4 22 4 30 1

Biotechnology & Health :

neurobiologyC. Gavériaux 22 22 1

From experimental design to data

analysisY. Nominé 10 10 20 1

3 ECTS

English R. Piotto et al. 24 24 1

Deutsch

Français

S. Marten, A. Hacker,

G. Gyss24 24 1

Project BioEthics A. Stephan 8 9 17 1

Labor law Michel Bintz 10 1 17 0,5

12 ECTS

Protein Purification Practicals A. Stephan 4 8 62 74 2

Cellular Culture PracticalsD. Dujardin, F.

Deryckere8 70 78 2

Synthetic Microbiology

PracticalsA. Becksei 55 55 2

Plant Molecular Biology

PracticalsT. Laux 140 140 2

6 ECTS

Project in Synthetic Biology W. Weber, A. Becksei 80 80 2

Project in BioproductionR. Wagner, L.

Hartmann, C. Zell80 80 2

Project Hight throughput

biotechnologyB. Kieffer, T. Laux 80 80 2

Total 560

Year 2 - Semester 4

UE PR3 : Practicals III

UE PR4 : Specialized Project I (3 weeks)

UE AB2 : Advanced Biotechnology II

UE HE4 : Humanities, Economy & Social Sciences IV

52


MECC 2A S4



INTITULE COURS TEACHER


Plant Molecular

BiologyT. Laux et al. Written final exam 2 H écrit 1h

Synthetic

MicrobiologyA. Becksei written exam on the course/lab contents 2H écrit 1h

Written progress report compiled by students during

the project

Progress report updated as

homework during the

projectIndividual performance during the lecture 7 minutes/student

Oral group presentation at the end of the project 1h seminar

Biotechnology &

Health : neurobiologyC. Gavériaux Epreuve finale écrite 2 h oral/écrit 1h

From experimental

design to data

analysis

Y. NominéContrôle sous forme d'exercice, de questions de

cours et/ou d'analyse de publication2H oral/écrit 1h

English R. Piotto et al. MECC Faculté de Langues

Deutsch

Français

S. Marten, A.

Hacker, G.

Gyss

MECC Faculté de Langues

Oral presentation of the chosen subject

Redaction of the written report on the chosen subject

Labor law Michel Bintz Contrôle des connaissances - Droit du travail 1h écrit 1h

Participation au bon déroulement et à la réflexion

collectiveau fil de l'eau

Présentation Orale moins de 30 min

Rapport sur les travaux pratiques devoir maison

Exposé et réponses à questions 20 min

Rapport sur les travaux pratiques devoir maison Synthetic

Microbiology

Practicals

A. BeckseiExposé et réponses à questions et/ou Rapport sur les

travaux pratiquesdevoir maison oral 30 min

Seminar on an article in the current litterature 15 min

Written report on the experiment devoir maison

Project in Synthetic

Biology

W. Weber, A.

Becksei

Oral presentation and/or written evaluation of the lab

work15 min oral/rapport

Project in

Bioproduction

R. Wagner, L.

Hartmann, C.

Zell

Evaluation d'un rapport de 5 pages oral/rapport

Project High

throughput

biotechnology

B. Kieffer

T. Laux

Evaluation d'un rapport de 5 pages et/ou

présentation orale15 min oral/rapport

oral 30 min

A. Stephan

Cellular Culture

Practicals

D. Dujardin, F.

Deryckereoral/écrit 1h

UE PR4 : Specialized Project I (3 weeks) - choose one item

Cellular Biology2 &

microscopy

J. de Mey, D.

Dujardinoral/écrit 1h

Project BioEthics A. Stephan rapport

Protein Purification

Practicalsoral/écrit 1h


Plant Molecular

Biology PracticalsT. Laux

MECC

SESSION INITIALE SESSION RATTRAPAGE

and choose one item out of the 3 below

UE HE4 : Humanities, Economy & Social Sciences IV

UE AB2 : Advanced Biotechnology II

53

Objectives in terms of knowledge (course content): • Plant hormones and mobilization of starch reserves in germinating grain• Plant cell culture and plantlet regeneration• Genetic engineering of seed content• Induced resistance in wine grape and resveratrol production• Transcriptomics and proteomics of stress responses in moss• Transient expression of recombinant proteins in plant protoplasts• In vivo calcium measurements• Microinjection of plant cells• Genetics of photoreceptors in plants• Transformation of plants by particle bombardment and Agrobacterium infection• Genetics of stem cell formation and maintenance in plants• Epigenetic imprinting and reciprocal crosses• Gene regulation by micro-RNAs• Mapping a point mutation in Arabidopsis thalianaObjectives in terms of skills:• To familiarize the student with genetics, physiology, genetic engineering and cell biology of

plants.• To foster scientific communication through seminars, critical review of literature and writing

reports of experiments conducted during the course.

Objectives in terms of knowledge (course content): • Production of glycerine with yeast through metabolite capture; optical enzymatic

determination of glucose, ethanol and glycerine • Principles in mathematical modeling of regulatory networks• Epigenetic mechanisms in tropical infectious diseases (Plasmodium falciparum) • Architecture of natural and synthetic cis regulatory responses.• Kinetics of synthetic and natural the genetic regulatory networks, cellular memory• Feedback regulations in the galactose network; adaptation and memory to metabolites• RNA measurementsObjectives in terms of skills:• The student will be able to write up, solve and analyze basic equations describing gene

regulatory mechanisms. Furthermore, students will be able to construct synthetic gene regulatory networks for specific behaviors

Plant Molecular Biology Practical

Synthetic Microbiology

Cellular biology


2A S4

Objectives in terms of knowledge (course content): • Acquisition of knowledge on principal cellular processes (cell division, migration, differentiation)

required for the use of mammalian cells as tools for therapeutic targets identification and validation.

• Acquisition of knowledge on Biotech Companies using the knowledge on these cellular processes for developing applications in the field of innovative therapies (e.g. cancer, Alzheimer, stem cells in regenerative medicine).

Examples of approaches that will be encountered and analyzed:• Cell and transgenic animal models• Genetic engineering• Cell imaging technologies (link with lectures and demos by Denis Dujardin)• Drug characterization using cellular assays• High throughput screening: pharmacological, cellular • High content screening: cellular



54

Objectives in terms of skills:• TUse reviews, research articles, patents and other sources at increasingly professional level• Perfect fluency with and practice scientific English• Practice resource management and analysis at a professional level: Pubmed, Google Scholar,

Endnote/Zotero, patent buddy.• Develop professional communication and reporting skills by team work in bi-lingual groups • Progressively apprehend and master the challenges provided by complexity and interdisciplinarity

Objectives in terms of knowledge (course content): • Molecular and cellular bases of neurobiology. • Neurotransmission, receptors • Functional anatomy of the nervous system• Bases of pharmacology: ligand, agonist, antagonist• Neurobiology of memory• Cerebral ageing and Alzheimer’s disease• Perception and control of pain• Neurobiology and BiotechnologiesObjectives in terms of skills:• Acquire the basics of neurobiology in order to be able to understand the scientific context

of studies or publications in neurobiology and more generally in the biomedical field, in particular in preclinical research

Objectives in terms of knowledge (course content): Mathematics for experimental design and data analysis• matrix: definition and elementary matrix calculation,• eigenvalues and eigenvectors,• diagonalization,• solving an under-parametrized system• how to build the most efficient experimental plan• the role of experimental uncertainties in a plane• modelization and plane• criteria of the most efficient planes• simple and multiple linear regressions• model validation• confidence and prediction intervalsObjectives in terms of skills:Understand how matrix can help to build efficient experimental planes,• Basic principle of analyse data• How to modelize a plane

Objectives in terms of knowledge (course content): • to improve both the speaking and writing abilities of the students in scientific and professio-

nal contexts.• to consolidate and build on oral/written comprehension and expression.Objectives in terms of skills:• Preparing to enter the employment market• writing a tailored CV and a cover letter• taking part in professional role play situations: simulated job interview, work/lab meetings etc• using communication tools in : writing e-mails, speaking over the phone etc• Working on written and oral comprehension with an emphasis on business English (TOEIC test

at end of S4)

Biotechnology and Health : Neurobiology

From experimental design to data analysis

English



55

Objectives in terms of knowledge (course content): Introduction au Droit• Normes internationales• Normes françaises• Hiérarchie des normesIntroduction au Droit du Travail• Normes spécifiques• Hiérarchie des normes : ordre public social/absolu• Focus : Convention collective de la chimie et règlement intérieurPrincipales notions en :• Durée du travail• Contrat à durée déterminée/indéterminée• Salaire• Temps complet/Temps partiel• Congés payésObjectives in terms of skills:• Prendre contact avec une matière nouvelle sans lien avec le domaine d’étude• Comprendre les principes du droit• Connaître les principales notions de droit du travail• Reconnaître les « alarmes » qui nécessitent un questionnement approfondi• Savoir résoudre un cas pratique• Savoir se poser les bonnes questions en qualité de salarié ou d’employeur

Objectives in terms of knowledge (course content): • Master essential knowledge to advanced techniques for identifying, separating or purifying

proteins. , such as physicochemical analysis, liquid chromatography, gel filtration or the concentration of protein samples.

• Establish and develop a large scale strategy, protein analysis and purification.• Exploit and adapt the technological diversity to a single problem.• Mobilize transversal knowledge in Biochemistry, Biophysics, Molecular and Cell Biology, Or-

ganic Chemistry...Objectives in terms of skills:• Establish and evaluate experimentally a strategic plan for protein purification.• Develop the ability to use separation tools in the field of protein engineering.• Develop methodological skills at the level of the research and development program

Objectives in terms of knowledge (course content): • Acquisition, in the context of practical work in Cellular Biology and associated preparatory

courses, the necessary knowledge for:• Culture of continuous lines: morphology, viability, growth, maintenance, conservation. Tran-

sient expression of recombinant protein after transfection, concept of transformation, use of siRNA.

• Preparation of extracts and immunochemical characterization: flow cytometry, immunoblot. Use of monoclonal and polyclonal antibodies.

• In vitro healing test, analysis of cell migration and its consequences on the organization of the cytoskeleton. Immunofluorescence labeling. Epifluorescence microscopy analysis of cell po-larization and introduction to signaling pathways and small G proteins involved in migration.

Objectives in terms of skills:• Acquisition of good working practices with live cells• Understand and master the techniques developed during the course• To be able to interpret experimental results• Know how to report the results• Have a critical analysis of the results and be able to propose experimental evolutions

Labor law

Proteins purification practical

Cell culture practicals



56

Objectives in terms of knowledge (course content): • Production of glycerine with yeast through metabolite capture; optical enzymatic determina-

tion of glucose, ethanol and glycerine • Principles in mathematical modeling of regulatory networks• Epigenetic mechanisms in tropical infectious diseases (Plasmodium falciparum) • Architecture of natural and synthetic cis regulatory responses.• Kinetics of synthetic and natural the genetic regulatory networks, cellular memory• Feedback regulations in the galactose network; adaptation and memory to metabolites• RNA measurementsObjectives in terms of skills:• The student will be able to write up, solve and analyze basic equations describing gene





Objectives in terms of knowledge (course content): • The module will give a comprehensive overview of synthetic biology and mammalian cell

technology covering the following areas:• Handling, cultivating and propagating animal and human cell lines• DNA transfer using non-viral and viral vectors in the lab and in gene therapy• (Inducible) gene expression systems• Reporter genes and analytical (immunological) methods• Design and implémentation of synthetic biological networks• Scale-up: from bench to bioreactor• Antibodies: from bench to bedside• Problem-oriented learning : From Bench to BusinessObjectives in terms of skills:• To understand and apply the concepts of synthetic biology and to acquire comprehensive

knowledge and practical experience along the mammalian cell technology value creation chain

Synthetic microbiology practicals

Plant Molecular Biology Practical

Synthetic Biology and Cell Technology project



57

Objectives in terms of knowledge (course content): • Practical experience in automation using a professional Beckman robot • Automatic pipetting techniques• Programming in Biomeck software languageObjectives in terms of skills:• Team work• Managing a small project autonomously using multidisciplinary approaches• Development of a synthetic document (definition of the scientific context, objectives,

methods used, critical analysis of results, perspectives

High Throughput Biotech Project



58


CURRICULUM 3A S5


student

ECTS /

Coeff.

9 ECTS

Bioproduction 2

Bioproduction (Applic

bioproduction)M. Donzeau 70 70 2

Bioproduction 2

Bioremediation P. Bertin 8 8 1

Synthèse bibliographique E. Herzog 1

2

Data treatment and analysis B. Kieffer 10 10 10 30 1

High Throughput Approaches C. Gavériaux 10 7 3 23 1

2Introduction to system

biologyA. Dejaegere 6 21 27 1

Current topics in synthetic

biology7 9 8 24 1

6 ECTS

Data treatment and

analysisB. Kieffer 10 10 10 30 1

High Throughput

ApproachesC. Gavériaux 10 7 3 20 1

Human Genetics B. Chatton 24 24 1Comparative and medical

genomicsO. Lecompte 14 12 26 1

Drug design E. Kellenberger 14 17 31 1

Introduction to systems


Toxicology F. Pons 18 18 1

3 ECTS

Intellectual PropertyC.Ritzenthaler F.

Macrez16 16 /

Professional Integration E. Weiss 20 20 /

Project BioEthics A. Stephan 8 9 17 1

12 ECTS

Project in High throughput

biotechnology

B. Kieffer T.

Laux75 75 3

Projet Création d'entreprise J. Haiech, G

Orfanoudakis40 35 75 3

Project in advanced

Bioproduction

C. Zell

(Offenburg)75 75 3

Projet biotechnologie env E. Herzog 75 75 3


Biotechnology

W. Weber A.

Becksei75 75 3

TOTAL : 224-280

Year 3 - Semester 5

UE SB2 : Specialized biotech II Choose Two Items


UE PR5 : Specialized projects II (5 weeks)

High Throughput Biotech

Synthetic biology

applied to environment

UE SB1 : Specialized biotech I (choose one block of 9 ECTS):

applied to health



59


MECC 3A S5


Intitulé cours Enseignant


BioproductionBioproduction (Applic

bioproduction)M. Donzeau Présentationorale oral 15min

BioproductionBioremediation P. Bertin

Synthèse bibliographique E. Herzog

Data treatment and analysis B. KiefferEvaluation d'un rapport ou analyse de documents

(épreuve surveillée)2h écrit/oral 1h

High Throughput Approaches C. Gavériaux Ecrit final 2h écrit/oral 1h

Oral Projet 30 min

Contrôle écrit sur les connaissances de cours et leurs

applications1h30 écrit/oral 1h

Rapport écrit ou travail personnel ou évaluation en cours

de séances sur les travaux dirigés

2h ou travail

maisonCurrent topics in synthetic

biologyExam ecrit et/ou exercices sur les notions de cours 2h écrit/oral 1h

Data treatment and analysis B. KiefferEvaluation d'un rapport ou analyse de documents

(épreuve surveillée)2h écrit/oral 1h

High Throughput Approaches C. Gavériaux Ecrit final 2h écrit/oral 1h

Oral projet 30 min

Human Genetics B. ChattonContrôle terminal sous forme d'exercice, de questions de

cours et/ou d'anlyse de publication2h écrit/oral 1h

Comparative and medical

genomicsO. Lecompte Ecrit 1h30 écrit/oral 1h

Ecrit 1h30

Drug design E. Kellenberger Exercices et questions de cours sans documents 1h écrit/oral 1h

Rapport sur les travaux pratiques projet noté

Evaluation du cahier de laboratoire

Introduction to systems

biologyA. Dejaegere

Contrôle écrit sur les connaissances de cours et leurs

applications1h30 écrit/oral 1h

Rapport écrit ou travail personnel ou évaluation en cours

de séances sur les travaux dirigés

2h ou travail

maison

Toxicology F. Pons Contrôle écrit sous forme de QCM ou de questions courtes 30 min écrit/oral 1h

Contrôle écrit de réflexion portant sur analyses de

données expérimentales 1h30 écrit/oral 1h30

Intellectual PropertyC.Ritzenthaler, F.

MacrezAcquis, feuille d'émargement

Professional Integration E. Weiss Acquis

Project BioEthics A. Stephan

Project in High throughput

biotechnologyB. Kieffer, T. Laux Evaluation d'un rapport et présentation orale oral /rapport

Projet Création d'entreprise J. Haiech, G

Orfanoudakis

Written report that describes

planification/implementation of a industrial production

plant in biotech (business Plan) /création d'un site web et

présentation orale du projet

oral /rapport

Project in advanced

Bioproduction C. Zell (Offenburg) oral / rapport

Projet biotechnologie env E. HerzogOral presentation and/or written evaluation of the lab

work15 min oral /rapport


Biotechnology

W. Weber A.

Becksei

Oral presentation and/or written evaluation of the lab

work15 min oral /rapport

UE PR5 : Specialized projects II (5 weeks) - choose One Item in agreement with UE OP

applied to environment

High Throughput Biotech

Synthetic biology

UE SB2 : Specialized biotech II Choose Two Items


Introduction to system biology A. Dejaegere

UE SB1 : Specialized biotech I (choose one block of 9 ECTS):

MECC

Session initiale Session rattrapage

applied to health


60

Objectives in terms of knowledge (course content): General principles of production and purification of recombinant proteins in E. coli. Search for opti-mum expression conditions of different proteins in E. coli using different induction methodologies such as auto-induction and induction with IPTG at different temperatures (37°, 30° or 20°).Scale-up of the retained protein and purification of the protein by chromatography; Maltose Bin-ding Protein (MBP), Chelate (His-Tag) or Gluthation-S-Transferase. (GST), and characterization.Objectives in terms of skills:Reflection and criticism on recombinant protein production in E. coli, scale-up and adapted methods for their purification.Reflection on the experiments and controls to be carried out to validate the projectAbility to use different chromatography techniques depending on the components to be purified.Project management and critical analysis of experimental resultsTeam Work Management

Objectives in terms of knowledge (course content): This teaching is intended to raise the student’s awareness of the problems associated with the automatic processing of very large quantities of data in different fields of human activity (eco-nomics, communication, biology ...). The objective is to show that the implementation of a high-throughput experimental strategy is closely linked to the use of adapted IT tools. The teaching is mainly based on case studies, following presentations by different actors and professionals dealing with the issue of «big data».Objectives in terms of skills:• Assess hardware and software needs in a project• Finding skills in the field of data processing• Draft specifications for an IT service company• Monitor the evolution of this sector of activity

Option Bioproduction : Bioproduction

Data treatment and analysis


3A S5

Objectives in terms of knowledge (course content): • Techniques for high throughput sequencing, challenges• Identification of genes or molecular alterations involved in pathologies• Applications of proteomics• Quantitative mass spectrometry (MS)• Bioinformatic tools for the treatment of high throughput proteomic data• Characterization of complexes, supramolecular MS, exchanges hydrogen/deuterium, ionic

mobility• Characterization of proteins, post-translational modifications • Identification of proteins involved in pathologies• High-throughput screenings strategies (molecular and cellularObjectives in terms of skills:• Mastering the strategies and techniques of high throughput analyses including the analyses

of DNA, RNA and proteins• To understand and be able to present a scientific article in biology that contains high

throughput approaches

High throughput approaches



61

Introduction to system biology

Objectives in terms of knowledge (course content): • The course presents an introduction to topics of current interest in synthetic biology through

various research seminars.• The detailed contents depend on recent literature, on the background of invited speakers and

on current research projects of interest in IREBS, ICube and partner labs.• Typically, the course will cover some aspects of metabolic reprogramming, simulation tools,

biosensors, microfluidics, protocells Objectives in terms of skills:• Students should develop an understanding of contemporary challenges in synthetic biology

and of their industrial applications.• Students should understand which tool and concepts from the engineering field are adapted

to synthetic biology and understand the pluridisciplinary nature of the field.• Students should be able to design synthetic biological circuits and treat the relevant biological

information.Students should be able to propose and realize a project in synthetic bioloby, possibly within the IGEM competition.

Current topics in synthetic Biology

Objectives in terms of knowledge (course content): • Description, topology and general properties of cellular networks. Examples of cellular

networks. • Network motifs : autoregulation, feed-forward loop. ... Examples of networks motifs and of

their cellular function. Robustness of biological circuits.• Dynamics of simple regulatory networks (bistability, oscillations). Stochasticity and noise in

biological networksObjectives in terms of skills:The objective of this course is make connections between high-throughput experimental analysis of biological systems, and the integration of the these data inThe course presents the basic knowledge that allows to understand the emergence of complex cellular behaviour.

Human geneticsObjectives in terms of knowledge (course content): • Mendelian Transmission - Factors Affecting Gene Distribution - Non-Mendelian Characters• DNA instability• Mutations and polymorphism - Exchange between repetitive sequences - Pathogenic muta-

tions• Introduction to genetic markers• Genetic mapping• Identification of the genes responsible for diseases• Multi-factorial diseases - Genetic tests• Animal models of human pathologies• Examples of molecular pathologies• Gene Therapy and Cancer Therapy• Genetic fingerprints, molecular anthropology• Molecular embryology• Pre-implantation diagnosis, embryo cloning, Stem cells, bioethics

Objectives in terms of skills:Students must acquire a global and reasoned vision of the contributions of molecular genetics to the understanding of the pathology of patients with both hereditary and acquired genetic diseases ( and cancers). In each case, the basic concepts will be recalled and illustrated by guest speakers



62

Objectives in terms of knowledge (course content): • Analyser les structures tridimensionnelles à l’échelle atomique de protéines, à les convertir

en pharmacophore, à les prédire par docking, avec pour but final d’établir des stratégies de criblage virtuel pour la conception rationnelle de molécules bioactives (= Computer-Aided Drug Design).

• Les bases moléculaires de la reconnaissance entre une molécule « drug-like » et sa cible pro-téique.

• Modélisation de l’interaction ligand-protéine • Détection et représentation des sites protéiques - Flexibilité moléculaire - Alignement en

3D - Evaluation • Pharmacophore : méthodes, programmes, applications• Docking/Scoring : méthodes, programmes, applicationsObjectives in terms of skills:• connaissance des principes et domaines d’application des méthodes pharmacophore et

docking• les programmes informatiques pour la prédiction de structures de complexes• ligand/protéine et pour le criblage virtuel.• application dans des projets de chimie médicinale• phases de recherche et développement dans l’industrie pharmaceutique (lors du criblage à

haut débit, et dans la sélection et l’optimisation de touches).

Drug Design

Objectives in terms of knowledge (course content): • Introduction à la toxicologie des xénobiotiques : définitions de la toxicologie, du toxique,

du danger et du risque; notions de toxicocinétique et métabolisme, effets des toxiques et manifestations cliniques, exemples de toxiques dans les différents domaines de la toxicologie

• Notions de toxicologie du médicament et des produits issus des biotechnologies ; place de la toxicologie dans la découverte des médicaments

• Mécanismes d’action des toxiques : toxicocinétique et toxicodynamie• Méthodes d’évaluation de la toxicité : méthodes prédictives (méthodes in vitro et in silico ;

criblage toxicologique) ; méthodes règlementaires (méthodes du dossier d’AMM)• Analyse et interprétation d’articles scientifiques illustrant des mécanismes d’action toxiqueObjectives in terms of skills:

Toxicology

Objectives in terms of knowledge (course content): • Basic concepts and methodologies used in comparative genomics (orthology, paralogy, syn-

teny, evolutionary rates…)• Evolution of prokaryotic and eukaryotic genomes (mechanisms and evolutionary trends)• Applied Comparative Genomics: phylogenetic footprinting, phylogenetic profiles, prediction

of functional links, identification of targets by genotype/phenotype correlations…• Population genomics• Personal and medical genomics: variations and polymorphism, types of personal genomic

data, detection and prioritization of variants, examples of large-scale projectsObjectives in terms of skills:• Mastery of main internet resources dedicated to comparative genomics• Ability to mobilize multidisciplinary knowledge • Ability to develop an integrative strategy to answer a complex biological problem• Ability to analyse personal NGS data to identify variants (quality, mapping, variant calling)• Ability to prioritize candidates to identify disease–causing variants• Capacity for a critical analysis of high-throughput data• Awareness of ethical issues raised by patient data

Comparative and medical genomics



63

Intelectual property

Objectives in terms of knowledge (course content): • general information and explanation of the rules for the validation of module 3AS6• description of the internships of the previous promotions • information about the different internship opportunities (specialities, localization, public or

private domain...)• internship research strategies• R & D themes of international companies• internship agreement and intern’s dutiesObjectives in terms of skills:• know how to make a choice for intregrating the world of work• writing a CV and a letter of motivation in 3 languages• know how to present oneself and highlight one’s achievements• stress management during an interview (telephone or visit).• ability to interact with project managers• notions of negotiation of a contract• visa application

Professional insertion – coaching for the final internship

Objectives in terms of knowledge (course content): • Cours de sensibilisation à des non juristes• Introduction de la propriété intellectuelle : intérêts et différents types (L. Marino)• Droit du brevet : généralités, brevets biotechnologiques, obtention de plantes (L. Marino)• Création du salarié (L. Marino)• Les marques, le monde du libre et internet (C. Ritzenthaler)Objectives in terms of skills:• Donner un aperçu et une initiation

High throughput biotech project Objectives in terms of knowledge (course content): • Immersive internship of 5 weeks in a research team implementing a high througput experi-

mental strategy. The objective is to complete and deepen the knowledge acquired during the second year project.

Objectives in terms of skills:• High-speed data acquisition techniques • High-throughput experimentation strategies • Analysis of data from an HD experiment. • Preparation of a summary document (definition of the scientific context, objectives, methods

used, critical analysis of results, perspectives)

• Acquérir les bases en toxicologie et des notions générales en toxicologie du médicament• Connaitre les différents mécanismes d’action cellulaires et moléculaires des toxiques et les

méthodes permettant de mettre en évidence ces mécanismes, afin de prédire la toxicité.• Connaitre les méthodes réglementaires permettant d’évaluer la toxicité des médicaments• Acquérir les compétences nécessaires à l’analyse du mécanisme d’action cellulaire et moléculaire

d’un toxique



64

Objectives in terms of knowledge (course content): The objective is to acquire theoretical and practical knowledge to realize synthetic biology projects. This relates to both, project management skills as well as practical skills in the lab.• The detailed objectives will be :• Structuring the different steps in a project• Planing the resources for the different steps• Implementing the project involving molecular and cell biology technologies• Evaluating its outcomeObjectives in terms of skills:• Project management• Key techniques in molecular and cell biology to implement synthetic biological systems

Synthetic biology and cell technology project

Objectives in terms of knowledge (course content): • Cette formation repose sur une pédagogie « active » (learning by doing)• Conception d’un projet scientifique utilisable pour le montage d’une entreprise. • Réalisation d’un business plan d’une entreprise réaliste, crédible pour le marché visé. • Clarification les différents volets de la création d’une entreprise (droit, assurances, gestion,

financement, ...)• Meilleure connaissance du monde de l’entreprise et de son fonctionnement Objectives in terms of skills:• Acquisition des outils intellectuels et conceptuels pour la création d’une entreprise en bio-

technologies • Permettre à chacun d’atteindre la capacité de traiter un projet dans le domaine des biotech-

nologies, de l’idée originelle à sa concrétisation

Projet création d’entreprise



65


CURRICULUM 3A S6


MECC 3A S6


Intitulé

Internship

Lasoutenanceduprojetdefind’étudesestévaluéedelamanièresuivante:Notedonnéeparlemaîtredestageettuteurpédagogiqueaurapportfinalàl’aided’unquestionnairespécifique:20%Notedonnéeparleparraindel’ESBSchoisiparl’élève(premierrapporteur):10%Notedonnéeparleréférentcomplémentairedel’ESBS,choisiparleresponsablepédagogiquedela3èmeannée(deuxièmerapporteur):10%Présentationoraledurapportdefind’études:30%Réponsesauxquestionsportantsurcerapport:20%Réponsesàdesquestionsconcernantlecontenudesétudesdes5dernierssemestres:10%

MECC


Rédactiond'unprojetdefind'études(rapport)etsoutenancedevantunjury.

Soutenanceet/ourédactionderapport

Diplôme d’ingénieur en Biotechnologie - curriculum et MECC 3A S6

COURSE TEACHER CM (H) TD (H) TP(H)Total hrs

student

ECTS /

Coeff.

30 ECTS

Internship 6 months

Year 3 - Semester 6

66


67

DIPLÔME D’INGÉNIEUR EN CHIMIE - BIOTECHNOLOGIE

«CHEMBIOTECH»

Règlement intérieurModalités d’évaluation et contrôle des

connaissances (MECC)Calendrier 2018 /2019

Curriculum


68

Règlement Intérieur

Diplôme d’ingénieur spécialité «Biotechnologies et Chimie»

« CHEMBIOTECH »

De l’Université de StrasbourgPorté par

Ecole Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg et Ecole Européenne de Chimie, Polymères et Matériaux

I - DENOMINATION - MISSIONS

1) DénominationLe diplôme d’ingénieur spécialité «biotechnologies et chimie» est porté par l’université de Strasbourg sous la responsabilité de l’ECPM et ESBS écoles d’ingénieurs internes, au sens de l’article L.713.1 et L. 713-9 du code de l’éducation. Les enseignements ont lieu au sein des installations des deux écoles. Afin d’assurer une meilleure visibilité, ce diplôme d’ingénieur portera le nom de marque ChemBiotech (CBT).

2) MissionsLe diplôme a pour missions principales : - La formation initiale des ingénieurs ChemBiotech avec une double compétence dans les domaines fonda-

mentaux et appliqués de la chimie et de la biotechnologie ; - la formation continue des ingénieurs et cadres ; - la réalisation de travaux de recherche, d’études et d’essais ; - le transfert de technologie aux entreprises

3) Fonctionnement administratifLe fonctionnement du CBT est celui de ses deux écoles, fonctionnement qui est régi par l’article L.713-9 du Code de l’Education, le présent règlement intérieur, le règlement de scolarité, tout texte législatif ou régle-mentaire applicable aux établissements publics à caractère scientifique culturel et professionnel et enfin les statuts de l’Université de Strasbourg.

II - COMPOSITION ET FONCTIONNEMENT DES CONSEILS ET COMMISSIONS

A – LE DIRECTOIRE1) Cette formation est dirigée administrativement et stratégiquement par un directoire dont la composition est la suivante :Les directeurs des deux écolesLes deux directeurs des études du CBT nommé dans chaque école (ECPM + ESBS). Ce directoire se réunira au minimum deux fois par semestre.Alternativement une année sur deux, un des deux directeurs d’école préside le directoire et gère les convo-cations et compte-rendus des commissions et conseil du CBT. Le directeur des études du CBT de l’école qui préside le directoire gère également la CPE et commission de discipline.

Les organes et échelons administratifs permanents du CBT comprennent :- les conseils des écoles prévus par le décret 85-59 du 18 janvier 1985 modifié par le décret du 19 avril 1988,- la commission permanente des études (C6),- la commission de discipline prévue au règlement de scolarité (D1),- les services centraux administratifs et techniques, les services d’enseignement et les services de recherche des deux écoles dont l’articulation est de la compétence des directeurs.

B – LES CONSEILS DES DEUX ECOLES

Article 5 - Les décisions relatives au ChemBioTech sont votées par les conseils des 2 écoles en présence des directeurs des 2 écoles et/ou des responsables pédagogiques du CBT pour chaque école. Des industriels ou personnes compétents pourront être invités dans les conseils des écoles pour soutenir ou expliquer certains points.Des MEEC et le programme des études seront actualisés annuellement et validés par les conseils des écoles puis par la CFVU de l’Unistra.


Diplôme d’ingénieur «Chembiotech» - Règlement intérieur

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C – LA COMMISSION SCIENTIFIQUE

1) La composition de la Commission Scientifique du CBT est la suivante : le directoire, le directeur du centre de recherche de l’ESBS, le directeur de la Fédération de Recherche ECPM, deux enseignants de chaque école et deux industriels.

2) Le conseil scientifique se réunit au moins une fois par an, sur convocation du directeur de l’école qui pré-side le directoire, président(e), qui fixe l’ordre du jour. Les convocations sont adressées quinze jours avant la réunion.

3) Les séances ne sont pas publiques. Elles font l’objet d’un compte rendu publié sous la responsabilité du directeur de l’école qui préside le directoire, avec l’aide du ou de la responsable administratif-tive de l’école concernée.

4) Le conseil scientifique peut inviter à assister à ses travaux toute personne dont il jugerait la présence utile.

5) Le conseil scientifique est présidé par le directeur de l’école qui préside le directoire. Il délibère valable-ment lorsque la majorité de ses membres est présente ou représentée. Nul membre du conseil ne peut être dépositaire de plus de 2 procurations. Les décisions sont prises à la majorité simple des membres présents ou représentés.

6) Le conseil scientifique se réunit à l’initiative et sous la présidence du directeur de l’école qui préside le directoire, en formation restreinte, chaque fois que nécessaire lorsque les points à l’ordre du jour ne sont pas réglementairement de sa compétence sur les questions touchant aux carrières des enseignants.

D - LA COMMISSION DE PERFECTIONNEMENT ET DES ETUDES

1) La commission de perfectionnement et des études comprend :- Les membres du Directoire- Directeurs des études ECPM et ESBS- Un enseignant-chercheur de chaque école- Deux industriels- Deux anciens élèves du CBT- Trois représentants étudiants (1A, 2A, 3A) du CBT

2) Les enseignant(e)s chercheur(e)s et les anciens et anciennes élèves siégeant à cette commission prévue à l’article 6 sont désignés par le conseil des écoles sur proposition du directoire. Leur mandat est de trois ans.

3) Les représentant(e)s des élèves-ingénieurs sont élu(e)s au scrutin multinominal à un tour avec dépôt de candidature individuelle obligatoire. En cas d’égalité du nombre des voix, le/la plus jeune des candidats est élu. La durée du mandat est de 1 an pour les représentant(e)s de 1ère année, de 2 ans pour les représentant(e)s de 2ème année. En cas de redoublement d’un(e) représentant(e) de 2ème année ou en cas de vacance, une élection partielle sera organisée pour élire les représentant(e)s de 3ème année. Le mandat de ces élu(e)s sera d’un an. Le vote peut être réalisé par voie électronique.

4) La commission de perfectionnement et des études est consultée par le comité de pilotage ou les conseils des écoles pour les questions relatives à l’organisation des études au sein des établissements (problèmes rencontrés par les élèves dans leur scolarité, développements stratégiques…). Elle propose notamment un règlement de scolarité et la fixation des coefficients relatifs au contrôle des connaissances. Les décisions de la commission doivent être soumises à l’approbation des Conseils des deux écoles.

5) La commission de perfectionnement et des études se réunit au moins deux fois par an. Elle se réunit à l’ini-tiative comité de pilotage, qui fixe l’ordre du jour et convoque ses membres au moins 10 jours avant la date de la réunion. Elle peut être réunie exceptionnellement à la demande d’au moins la moitié de ses membres. La commission fait rapport aux conseils des écoles. Le secrétariat de la commission est assuré par le service de scolarité l’école, qui préside le directoire, qui tient procès-verbal des séances.

6) La commission de perfectionnement et des études peut inviter à titre non permanent toute personne dont la présence serait jugée utile. Le/la directeur/trice, le ou les directeurs/trices adjoint(es) ou le/la directeur/trice des relations internationales des deux écoles peuvent assister avec voix consultative à la commission permanente des études. Les responsables du service scolarité de chaque école sont invité(e)s permanent(e)s.



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7) La commission délibère sous la présidence du/de la directeur/trice des études du CBT de l’école qui préside le directoire. Le quorum est fixé à la moitié des membres présents ou représentés, nul membre ne peut être dépositaire de plus de 2 procurations. Les propositions sont votées à la majorité simple sauf les propositions concernant le règlement de scolarité qui requièrent la majorité des 2/3.

E - LA COMMISSION DE DISCIPLINE

1) La commission de discipline à voix consultatives est composée des directeurs des études du CBT de chaque école, de quatre enseignant(e)s (deux de chaque école et désignés par le conseil d’école sur proposition du/de directeur/trice CBT de chaque école et les deux représentants des élèves ingénieurs qui sont les élèves élus au conseil d’école. Elle est saisie par le directeur des études CBT de l’école qui préside le directoire après discussion avec le comité de pilotage et statue pour tout manquement grave à la loi ou aux règlements. Si cette commission n’arrive pas à un accord avec l’intéressé(e), le dossier sera transmis, avec avis, à la section disciplinaire du conseil d’administration de l’université, habilitée à prononcer les sanctions définitives.

F - LE BIZUTAGE

L’article 225-16 du Code Pénal stipule que le bizutage est un délit qui porte atteinte à la dignité de la personne humaine. Ce délit est passible de 6 mois d’emprisonnement et de 7 500€ d’amende, l’amende et la peine de prison sont doublées lorsque la victime est mineure ou vulnérable.En cas de faits de bizutage avéré à l’intérieur mais aussi à l’extérieur de l’établissement (article R712-1 et suivants et R712-9 et suivants du code de l’éducation), le président du directoire engage sans hésitation et sans délai des poursuites disciplinaires à l’égard des auteurs des faits, lesquelles ne sont pas subordonnées à l’engagement de poursuites pénales.

III - DELEGATION DE POUVOIRS – LE/LA DIRECTEUR/TRICE DES ETUDES – LE/LA DIRECTEUR/TRICE DES RELA-TIONS INTERNATIONALES

1) La présidence du directoire est assurée alternativement (un an sur deux) par les directeurs des deux écoles. Le directeur de l’autre école assure la présidence-adjointe et remplace le président dans toutes les actions relatives au CBT.

2) Les directeurs des études du CBTLe/La directeur/trice des études du CBT de l’école, qui préside le directoire, peut remplacer et représenter le président pour tout acte ou participation jugé nécessaire à l’administration et à la gestion du CBT.Le/La directeur/trice des études de l’école qui préside le directoire réunit toute commission ad-hoc jugée utile.Il consulte tout organisme ou personnalité nécessaire pour l’exercice de ses fonctions.C’est un enseignant de l’école exerçant l’essentiel de ses activités professionnelles (enseignement et re-cherche) dans l’établissement.Le/La directeur/trice des études de chaque école est nommé(e) par le/la directeur/trice de chaque école, après avis du conseil de l’école, pour une durée minimale de 3 ans renouvelable. Son mandat prend fin avec celui du/de la directeur/trice de l’école, ou après avis du Conseil d’Ecole sur demande du directeur. Le/la directeur/trice des études remplace ou supplée le/la directeur/trice de son école en cas d’empêchement temporaire. En cas d’empêchement définitif, la suppléance est assurée dans les mêmes conditions jusqu’à décision du/de la Président(e) d’Université et du Ministère de l’Education Nationale de pourvoir à la vacance du poste de directeur.

Les directeurs des études sont chargés d’aider les directeur/trices des deux écoles pour l’organisation géné-rale de l’enseignement. Le/La directeur/trice des études du CBT pour chaque école est un(e) enseignant(e) de l’école exerçant l’essentiel de ses activités professionnelles (enseignement et recherche) dans l’établissement.

Dans chaque école, chaque directeur/trice des études est chargé(e), par délégation du/de la directeur/trice, de l’organisation de la scolarité dans le CBT pour son école. A cet effet :- il/elle fixe les dates et modalités des contrôles de connaissance,- il/elle est chargé(e) de la mise en application des programmes,- il/elle contrôle l’assiduité des élèves ingénieurs et délivre les autorisations d’absence,- de façon générale, il/elle veille à l’application des obligations de service des enseignants de la formation CBT, à la régularité des examens notamment la mise en place des sujets et l’organisation de la surveillance.



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Le/La directeur/trice des études du CBT de l’école qui préside le directoire est chargé(é), par délégation des directeur/trices des deux écoles, de l’organisation de la scolarité dans le CBT de manière concertée sur les points suivants :- il établisse avec les directeur/trices les horaires et le calendrier de l’année scolaire,- Il préside les jurys d’examen de fin d’année,- il établit avec les directeur/trices les programmes d’enseignement soumis à la commission permanente des études et aux conseils des écoles,- il attribue les stages industriels avec l’aide de la commission des stages animée par un(e) enseignant(e) de chaque école et avec l’aide éventuelle du service des relations industrielles,- il préside la commission permanente des études et lui soumet les propositions des coefficients de contrôle de connaissance avant avis des conseils,- il dispose pour l’accomplissement de ses tâches de l’assistance administrative du service scolarité de l’école qui préside.- il contrôle les dépenses directement occasionnées par les activités d’enseignement, notamment les crédits attribués à la direction des études et de l’enseignement général,

3) Les relations internationales.Les directeur/trices des relations internationales des deux écoles sont chargé(e)s d’aider les directeur/trices pour l’organisation des relations internationales du CBT.

IV – LA COMMISSION D’HYGIENE ET DE SECURITE

1) Le CBT est un diplôme des deux écoles ESBS et ECPM. Les règles de sécurité sont assurés par les commis-sions d’Hygiène et sécurité de chaque école dans le périmètre de son action.

2) Le rôle de la Commission Hygiène et Sécurité de chaque école est de veiller aux conditions d’hygiène et de sécurité des services entrant dans le champ de sa compétence, dans ses locaux propres, et conformément aux décrets.

V - ORGANISATION FINANCIERE Le diplôme est géré administrativement par l’ESBS. Il dispose d’une unité budgétaire propre. Les recettes in-trinsèques à ce diplôme (dotation annuelle universitaire, succès à des appels d’offre,..) ainsi que les dépenses (communication, cotisations, investissements pédagogiques, vacations éventuelles,…) sont intégrées dans un budget propre au CBT. Ce budget est validé par les conseils des écoles chaque année.La gestion du budget est suivie par le directoire et suivant le budget établi conjointement. Les principales recettes seront :- la somme correspondant au calcul d’une « dotation pédagogique et administrative » (mode de calcul : la dotation administrative et pédagogique de chaque école divisée par le nombre d’élèves dans chaque école et multiplié par le nombre d’élèves CBT inscrits dans chaque école),- la taxe d’apprentissage (TA) : La TA est collectée au niveau de chaque école. La TA collectée par des nouvelles entreprises ciblées CBT est affectée directement au budget du diplôme.Les principales dépenses sont celles occasionnées par le fonctionnement des travaux pratiques.Des heures complémentaires sont notées (3 promotions de 20 étudiants) pour assurer l’augmentation méca-nique des groupes de TP et TD assurés par l’ESBS et l’ECPM.

V. GESTION ADMINISTRATIVE

1) Les inscriptionsDeux modélisations APOGEE sont élaborées pour chaque école et dans chacune est inscrite la moitié des élèves CBT. Pour éviter toute erreur, les inscriptions administratives sont effectuées actuellement à la scolari-té de l’ESBS. Les étudiants suivent les procédures d’inscription en règle au sein de l’UnistraLes inscriptions pédagogiques s’effectuent dans chaque école.

2) La modélisation du cursus est gérée actuellement par les services administratifs de l’ESBS en concertation avec les deux directeurs des études du CBT.

3) Les emplois du tempsLes emplois de temps sont réalisés sous la responsabilité des deux directeurs des études CBT en concertation avec les directeurs des études des deux écoles. Chaque école met les emplois du temps sur son ENT en pré-cisant les cours CBT.

5) Les notes : chaque école rentre les notes de ses enseignements



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VI - COMMUNICATION

Les actions de communication sont gérées par les responsables de communication de chaque école : Site Web : un onglet sur chaque école, Plaquettes, Forums, Intranet.Les écoles communiquent sur le CBT dans les forums auxquelles elles participent. Les élèves du CBT parti-cipent aux forums de leur lycée d’origine quand c’est possible.

VII - LES STAGES Les demandes de stage sont évaluées par une commission de stage mixte ECPM-ESBS suivant des procédures établies par l’ECPM.La composition de la Commission de stages : les directeurs des études CBT et un enseignant de chaque école.Les 2 directeurs signent (au besoin signature scannée), les conventions avec un tampon spécifique ChemBio-Tech avec les sigles des 2 écoles et de l’Université.

VII - Modalités de recrutement et nombre d’élèves

Vingt étudiants sont recrutés en première année (1A). Le recrutement des élèves résidant et effectuant leurs études en France est organisé en première année au niveau de deux filières :- Sur dossier et interviews (pour les DUT, L2, L3) et- Par les concours communs (concours Polytech (classes préparatoires BCPST,) pour l’ESBS, concours commun (polytechniques filière PC, et classes préparatoires intégrées (CPI) de la fédération Gay Lussac) pour l’ECPM.Les effectifs de cette promotion 1A selon la filière de recrutement sont proposés par le Directoire et validés par le Conseil de chaque école et sont les suivants :a) sur dossier et entretien : 7b) Concours communs :CCP : 5 ; CPI: 3 ; Polytech (BCPST) : 5

Les modalités de recrutements pour le recrutement sur dossier et interview (étudiants français et/ou étran-gers) en première année sont les suivantes : la méthode de recrutement repose sur une première sélection de candidats à partir de leurs dossiers déposés sur le site Aria de l’université (https://aria.u- ‐ strasbg.fr), suivie d’une sélection définitive à la suite des entretiens des dits candidats retenus dans la première étape. Ce re-crutement sur dossiers et entretiens est assuré par une commission mixte des deux écoles composée des directeurs des deux écoles, des directeurs des études CBT et des enseignants chercheurs de chaque école.Le recrutement en deuxième année est seulement possible pour des étudiants (2 maximum) de la faculté de pharmacie de Strasbourg, dans le cadre d’un accord tripartite entre l’ECPM, l’ESBS et la faculté de pharma-cie, permettant à ces étudiants d’obtenir le double diplôme d’ingénieur ChemBioTech et de pharmacien. Les étudiants sont sélectionnés par les administrateurs de la formation (directeurs des écoles et directeurs des études CBT).

VIII - La rentrée

Gestion de la rentrée : La rentrée s’effectue alternativement à l’ECPM et à l’ESBS.

IX Diplômes et Cérémonie de remise des diplômes

Les diplômes portent la signature du recteur du président de l’Unistra et des directeurs/trices des deux écoles (demande en cours auprès des tutelles)La remise des diplômes aura lieu alternativement dans chaque école en octobre de l’année d’obtention du diplôme. XI Amicale des anciens

Les ingénieurs CBT ont possibilité de s’inscrire s’ils le souhaitent dans les amicales de chaque école et à l’ALUMNI de l’Université.

XII Gestion des personnels

Les demandes de moniteurs et de postes statutaires seront faites conjointement par les directeurs des deux écoles auprès des services de l’université.Des heures de référentiel pour la responsabilité pédagogique des directeurs des études du CBT seront de-mandées à l’Université.



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XII Appels à projet

Pour les appels à projet spécifiques au CBT pour financer des actions, du fonctionnement ou des équipements, ils seront rédigés conjointement par les 2 écoles sous la responsabilité du comité de direction.Pour des appels à projets pour des équipements communs au CBT et à une des écoles. Chaque école informe l’autre école et échange pour éviter des demandes concurrentes



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MODALITES D’EVALUATIONS ET DE CONTROLE DES CONNAISSANCES

DU CYCLE INGENIEUR CHEMBIOTECH

ECPM - ESBS

2018 – 2019

PROGRAMME DES ETUDES ET MODALITES D’EVALUATIONS DES ETUDIANTS

A la rentrée 2014/2015, l’ECPM et l’ESBS ont mis en place la première année du diplôme d’ingénieur Chem-BioTech. Les étudiants inscrits dans cette formation suivent en 1ère et en 2ème année des cours dispensés à l’ECPM et à l’ESBS. Les étudiants sont intégrés dans les promotions des élèves de 1ère et 2ème année des deux écoles. En troisième année, les étudiants suivent des cours dispensés à l’ESBS, à l’ECPM et certains cours communs avec des formations masters (exemple : master chimie verte). 1. Description des programmes de la 1ère et 2ème année.

- Le programme de la 1ère année permet aux élèves d’acquérir les bases en chimie et en biologie nécessaires au métier d’ingénieur ChemBioTech. Le programme est focalisé sur la mise à niveau des étudiants en chimie et biologie suivant leurs filières d’origine, et sur l’acquisition de solides bases pratiques en chimie organique, analytique, en biochimie et biologie moléculaire ainsi que sur la réalisation d’un premier stage professionnel.

- Le programme de 2ème année est axé sur l’approfondissement des notions de chimie et biologie axées sur l’interface des deux disciplines, et sur l’acquisition de méthodes expérimentales plus pointues dans les deux domaines. Un stage, d’au moins 12 semaines, est à effectuer pour compléter la formation.

- Le programme de la 3ème année offre la possibilité aux étudiants de choisir entre deux parcours : un axe ChemBioTech Santé ou ChemBioTech Environnement. Dans les deux axes, des connaissances supplémentaires et d’approfondissement sont dispensées en chimie et en biotechnologie. De plus, un projet de 5 semaines, dans des laboratoires académiques strasbourgeois est à réaliser pour approfondir les connaissances et com-pétences expérimentales.

Le détail des enseignements des trois années est donné dans le Tableau présenté en annexe 1.

2. Stages

- Les étudiants auront à effectuer trois stages, qui auront lieu à la fin de chaque année universitaire.

Tous les stages seront validés par la commission des stages qui est composée d’enseignants chercheurs des deux écoles concernées. Cette commission se réunit à l’ECPM de manière mensuelle d’octobre à mai.

Le premier stage, un stage d’insertion professionnel, commencera après les examens de la première an-née, en juin (semestre 2), et devra avoir lieu en milieu privé. La durée de ce stage est d’un minimum de 4 semaines. Le tuteur de ce stage sera le tuteur pédagogique de l’étudiant, chaque étudiant du diplôme CBT ayant un tuteur pédagogique assigné en première année et qui suit l’étudiant lors de ses études. Ce stage sera à faire valider par la commission des sLe deuxième stage sera soit dans l’industrie, soit dans le milieu académique. Sa durée sera d’un minimum de 12 semaines. Le stage commencera, après les examens du semestre 4, au début du mois de mai. Le tuteur du stage sera choisi par l’étudiant en fonction du sujet du stage. Le tuteur et le stage seront validés par la commission des stages.

Le troisième stage aura lieu dans le milieu académique ou dans l’industrie, sachant que l’étudiant doit faire un minimum de 14 semaines de stage dans l’industrie pendant son cursus Chembiotech. Il n’est donc pas possible de faire les stages de la deuxième année et de la troisième année en milieu académique.


Diplôme d’ingénieur «Chembiotech» - MECC

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Le stage de troisième année débutera au mois de février (semestre 6) et aura une durée maximale de 6 mois, avec un nombre minimal de 20 semaines minimales. Le tuteur pédagogique de stage sera un ensei-gnant-chercheur ou un chercheur, qui enseignent dans cette formation. Le tuteur est choisi par l’étudiant en adéquation avec son sujet de stage.

Un étudiant devra réaliser, au moins un stage hors pays d’origine, durant ses stages de deuxième et troisième année.

Les demandes de stage se font via pstage puis la convention de stage, après validation de la commission des stages, est éditée par la responsable administrative des stages de l’établissement où est inscrit l’élève (ESBS-ECPM).

De la même manière, les demandes de bourse de mobilité lors de stage (Région, Erasmus..) seront à effectuer à la scolarité de l’établissement où s’est faite l’inscription administrative. Les modalités d’évaluation des stages sont discutées dans le paragraphe « modalité d’évaluation ».

3. Modalités d’évaluation

1) Enseignements généraux Tous les cours magistraux sont évalués par un examen programmé au plus tôt cinq jours après la fin de chaque cours magistral ou TD. Les épreuves peuvent être écrites ou orales. Les étudiants sont informés des créneaux horaires dédiés aux examens par les enseignants et/ou par la scolarité à travers l’emploi du temps.

Les travaux dirigés et les travaux pratiques sont évalués par les résultats obtenus en laboratoire, par le com-portement et l’assiduité des élèves en laboratoire, par la qualité du travail et par un rapport de leurs travaux.

Le niveau des élèves en langue est évalué par un contrôle continu.En troisième année, les étudiants passent l’examen du TOEIC niveau B1 (Test of English for International Com-munication) et sont tenus de valider leur TOEIC (minimum de 784 points requis) pour obtenir leur diplôme d’ingénieur.

2) Stages

Tous les stages sont évalués. Le stage de la première année est évalué à l’aide d’un rapport de stage envoyé aux tuteurs et déposé sur Moodle au plus tard le premier vendredi du mois de septembre. Le rapport sera de 5 à 10 pages. La note tient compte de l’évaluation du tuteur industriel et du rapport. La note de ce stage compte pour la validation du semestre 3 de la seconde année. Le stage de deuxième année est évalué à l’aide d’un rapport de stage envoyé aux tuteurs et déposé sur Moodle au plus tard le premier vendredi du mois de septembre. L’évaluation de ces deux stages est basée sur les notes du maître de stage (1/3) et sur le rapport (2/3).

Les stages, court et long, de troisième année sont évalués par le biais d’un rapport écrit et d’une soutenance orale prévue en janvier et septembre respectivement. La fiche d’évaluation est complétée par le maitre de stage et sera prise en compte lors de l’évaluation totale. Pour le stage court, un rapport de 5-7 pages est demandé. Pour le stage long, un rapport de 15-20 pages est demandé avec annexes, au besoin, et rédigé en anglais. Ce rapport est à envoyer 15 jours avant la soutenance de stage à tous les membres du jury. Un jury constitué de trois personnes : le tuteur pédagogique de stage, tuteur industriel/académique et un troisième membre extérieur chimiste ou biologiste selon la nature du projet évaluera les stages. La note de stage tiendra compte de l’évaluation du tuteur industriel, de la qualité scientifique et rédaction-nelle du rapport, de la soutenance orale et de la discussion qui suivra.



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3) Durant les trois années, les enseignants peuvent à tout moment contrôler l’assiduité des étudiants à l’ensemble de l’enseignement à l’aide des feuilles d’émargement.

La présence aux épreuves avec et sans convocation est obligatoire.

Chaque contrôle est noté entre 0 (note la plus faible) et 20 (note la plus haute). Les notes des contrôles peuvent être communiquées aux élèves à titre provisoire sous réserve de la délibération du jury.

Les coefficients appliqués pour chaque cours sont globalement liés aux crédits ECTS. Les enseignements se rapportant à une discipline ou une thématique sont regroupés en Unités d’Enseignement (UE). Les unités d’enseignement (UE) sont des ensembles cohérents d’éléments pédagogiques (EP) ; chaque EP peut lui-même être composé d’un ou plusieurs enseignements (cours magistral associé à des TD, travaux pratiques, projets sous tutorat, stages).

Les notes d’examens sont calculées par UE, en faisant la moyenne pondérée des notes obtenues aux diffé-rentes épreuves se rapportant à une UE.

Un semestre est validé si une moyenne générale, supérieure ou égale à 10/20, est obtenue à l’ensemble des UE théoriques et à l’ensemble des UE pratiques, sous la réserve qu’aucune note obtenue à une UE ne soit in-férieure à 10/20. Au niveau du semestre, et comme l’impose la Commission du Titre d’Ingénieur, les notes des UE théoriques ou pratiques, d’un même semestre, ne se compensent pas entre elles. Même si la moyenne générale d’un semestre est inférieure à 10/20, les UE validées (pour lesquelles une note supérieure ou égale à 10/20 a été obtenue) sont capitalisables.

Un jury, constitué à parité d’enseignants des deux écoles, se réunit à la fin de chaque semestre et évalue les résultats des élèves. Pour chaque année universitaire, la composition du jury est différente.

Le détail sur la composition des jurys des trois années est donné dans le Tableau présenté en annexe 2.

Les élèves n’atteignant pas cette moyenne générale de 10/20 par UE au semestre peuvent être autorisés par le jury à passer des examens lors d’une session de rattrapage organisée après chaque semestre et au minimum, 15 jours après le jury.

Si suite au jury, un étudiant doit passer un rattrapage, il doit contacter la scolarité ECPM/ESBS suivant l’école d’origine du cours.

Examen de rattrapage et de substitution

Les examens de rattrapage se font par écrit ou oral et concernent toutes les matières dans les unités d’en-seignement pour lesquelles la moyenne est inférieure à 10/20. Au sein d’une UE non validée, les étudiants peuvent choisir de conserver la note d’éléments pédagogiques (EP) individuels, si cette note est supérieure à 10. Ils doivent annoncer ce choix à la scolarité dans la semaine qui suit la notification du rattrapage. A défaut, tous les éléments pédagogiques de l’UE sont rattrapés. La note des EP rattrapés est celle retenue pour le calcul de la note finale. Les redoublants n’atteignant pas la moyenne générale de 10/20 à l’issue de leur année de redoublement sont exclus.

Lors de l’absence à un examen ou à un examen de rattrapage, et sous réserve qu’une justification soit présen-tée, au service de scolarité de l’école où s’est déroulée l’épreuve sous sept jours, un examen de substitution est proposé par l’enseignant.

Sont considérées comme des justifications recevables :- une convocation à un concours de recrutement de la fonction publique ; la convocation doit être déposée au moins trois jours avant les épreuves auprès du service de scolarité. - Un empêchement subit et grave, indépendant de la volonté de l’étudiant et attesté auprès du service de scolarité par un justificatif original dans un délai n’excédant pas sept jours ouvrés après les épreuves concernées. - Un accident, une maladie obligeant à un arrêt, une hospitalisation, le décès d’un proche constituent des cas recevables dans cette circonstance.



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En revanche, en cas d’absence injustifiée, l’étudiant est sanctionné par la note zéro à cette épreuve.

La moyenne finale du semestre est assortie d’une mention s’établissant comme suit :

Note Mention

en-dessous de 10 points Insuffisant

10-12 points Passable

12-14 points assez bien

14-16 points Bien

au-delà de 16 points très bien

Des points de jury peuvent être accordés pour l’attribution d’une mention.

Les élèves n’ayant pas validé un semestre à l’issue de la deuxième session d’examen devront redoubler le semestre. Remarques :- Il n’est pas possible de repasser l’examen portant sur un EP s’il fait partie d’une UE déjà validée. - Les examens ne peuvent être répétés qu’une fois. - Le redoublement n’est autorisé qu’une fois sauf en cas de force majeure.- Les copies ne sont accessibles aux élèves qu’après validation des notes par le jury d’examen. - Le jury reste souverain pour apprécier toute situation particulière.

Les modalités d’évaluations des enseignements qui ne sont pas explicitement détaillées ci-dessus se font selon les modalités propres à l’enseignement dispensé dans chaque école. Les élèves sont donc invités à lire attentivement les modalités d’évaluation propres à chaque école. Les modalités appliquées sont celles de l’Ecole responsable de la gestion de l’unité d’enseignement (UE) concernée

En cas de redoublement, les UE acquises lors de l’année passée restent acquises. Un contrat pédagogique sera mis en place et signé par la direction des études et l’étudiant pour fixer les modalités et les UE à valider.

4. Césure

Tous les élèves ingénieurs inscrits à l’ESBS et à l’ECPM peuvent demander à effectuer une interruption d’études (césure) pour une durée maximale d’une année universitaire (du 1er septembre au 31 août). Le pro-jet de césure a l’objectif d’acquérir une expérience personnelle ou professionnelle par le biais d’un stage. A ce titre, il s’inscrit dans une démarche réfléchie, dont les objectifs doivent être clairs et les modalités mûrement planifiées. La demande de césure s’accompagne donc de la rédaction d’un dossier, qui détaille le projet personnel et pro-fessionnel, sa motivation et ses modalités d‘exécution (voir liste des pièces à fournir en annexe). Le dossier sera examiné par une commission :- La directrice de l’ECPM- La directrice des études de la formation ChemBioTech de l’ECPM- Le directeur de l’ESBS- Le directeur des études de la formation ChemBioTech de l’ESBS- Les délégués 1A et 2A Celle-ci émettra un avis (favorable/défavorable) en fonction de la pertinence du projet et de la qualité du dossier. Si besoin, l’arbitrage final reviendra au directeur de l’ESBS et à la directrice de l’ECPM conformément aux statuts des Ecoles. La date limite de remise d’un dossier pour candidater à une césure prenant effet au semestre d’automne est fixée au premier vendredi d’avril. Il est très fortement conseillé de déposer la demande le plus tôt possible. La période de césure pourra prendre diverses formes et pourra se dérouler en France ou à l’étranger.



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La réalisation d’une année de césure sous la forme d’activités en lien direct avec la formation peut éventuelle-ment conduire, après validation de ces activités, à l’acquisition de crédits ECTS optionnels. Ces ECTS optionnels pourront être mentionnés dans le supplément au diplôme après avis de la commission pédagogique de l’ESBS. Ils ne pourront en aucun cas compter pour l’obtention du diplôme d’ingénieur ou du master proprement dit. Chaque activité donnera lieu à un rapport et à une évaluation en vue de sa validation. Un tuteur pédagogique sera désigné et assurera le lien et le suivi pédagogique de l’ensemble des activités réalisées au cours de la césure. Cet accompagnement est obligatoire si une valorisation sous forme d’ECTS est envisagée. Si l’élève ne souhaite pas bénéficier d’accompagnement pédagogique, il peut demander à être exonéré des frais de scolarité mais devra s’acquitter des frais de sécurité sociale étudiant sauf si un contrat de travail est établi sur l’année entière (justifiant d’au moins 60 heures de travail salarié par mois ou 120 heures par trimestre). Conformément à la réglementation en vigueur, ces activités ne pourront pas être réalisées sous le statut de « stage conventionné » avec l’ESBS ou l’ECPM. La réalisation de «stages» lors de la césure ne pourra donc se faire que sous la forme d’un contrat de travail entre l’organisme d’accueil et l’élève en césure. Il ne sera en aucun cas délivré d’attestation de stage obligatoire pour les activités réalisées lors de l’année de césure, celle-ci étant par définition facultative.Pour le diplôme d’ingénieur en chimie et biotechnologie, une demande de césure d’une année (après avoir réussi la première année) sera privilégiée. Ce découpage permettrait en effet de préserver la continuité des projets tutorés qui ont lieu au premier semestre de la deuxième année et au premier semestre de la troisième année. Dans ce cas de figure, l’étudiant devra obligatoirement s’inscrire à l’ESBS ou à l’ECPM pendant la pé-riode de la césure afin de reprendre ses études au premier semestre de la deuxième année.

L’élève en césure peut demander à bénéficier du maintien du droit à la bourse (sous réserve de ne pas avoir épuisé ses droits en la matière). Dans ce cas la thématique de la césure devra obligatoirement être en lien avec la formation suivie.

Annexe : Liste des pièces à fournir 1) Dossier de candidature précisant le projet, les objectifs et les modalités 2) Lettre de motivation 3) CV4) Relevé de notes



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CHEMBIOTECH

35 27/08 - 02/09 ang facultatif du 30/8 au 1/9

36 03/09 - 09/09Anglais facultatif 4/9 au 6/9 ; rentrée CBT le 7/9 ;

test de langue CBT ECPM jeudi 6/9 ;

Rentrée le 3/09 à 8h à l'ESBS puis ESBS

cours /ECPM cours /langue jeudi rentrée CBT 3A le 4/9 à 10h

37 10/09 - 16/09 Anglais intensif + ECPM cours ESBS cours /langue jeudi ECPM All vendredi après midi ; anglais mercredi matin

38 17/09 - 23/09 Allemand intensif + ECPM cours ESBS cours /langue jeudi ECPM All vendredi après midi ; anglais mercredi matin

39 24/09 - 30/09 ECPM All. LM Ang. MM / ECPM / ESBS ESBS cours /ECPM cours /langue jeudi All vendredi après midi ; anglais mercredi matin

40 01/10 - 07/10 ECPM All. LM Ang. MM / ECPM / ESBS ESBS cours /langue jeudi ECPM All vendredi après midi ; anglais mercredi matin

41 08/10 - 14/10 ESBS cours ESBS cours /ECPM cours /langue jeudi All vendredi après midi ; anglais mercredi matin

42 15/10 - 21/10 ECPM All. LM Ang. MM / ECPM / ESBS ESBS cours All vendredi après midi ; anglais mercredi matin

43 22/10 - 28/10 ESBS cours ESBS cours /ECPM cours /langue jeudi All vendredi après midi ; anglais mercredi matin

44 29/10 - 04/11

45 05/11 - 11/11 ECPM All. LM Ang. MM / ECPM / ESBS ESBS cours /ECPM cours /langue jeudi Allemand mardi ou vendredi après midi ; anglais

mercredi matin

46 12/11 - 18/11 ECPM All. LM Ang. MM / ECPM / ESBS ESBS cours /langue jeudi ECPM Début du stage court de 5 semaines

47 19/11 - 25/11 ECPM All. LM Ang. MM / ECPM / ESBS ESBS cours /ECPM cours /langue jeudi Cours - stage - langues

48 26/11 - 02/12 ECPM All. LM Ang. MM / ECPM / ESBS ESBS cours /langue jeudi ECPM Cours - stage - langues

49 03/12 - 09/12 ESBS cours ESBS cours /ECPM cours /langue jeudi Cours - stage - langues

50 10/12 - 16/12 TP instrumentation et biophysique (ESBS) Révision /langue jeudi (a revoir pas toute la semaine) Cours - stage - langues

51 17/12 - 23/12 TP instrumentation et biophysique (ESBS) examen/langue jeudi Cours - stage - langues

52 24/12 - 30/12

1 31/12 - 06/01

2 07/01 - 13/01 TP CO ECPM jeudi libre ESBS ? All deb ECPM ECPM cours /langue jeudi Fin du stage - rédaction de rapport langues

3 14/01 - 20/01ECPM All. Lundi matin Ang. Mardi matin /ECPM cours

/ ESBS Cours cours ECPM jeudi langue Examens

4 21/01 - 27/01 TP CO ECPM jeudi libre ? All deb cours ECPM TP purification de proteines ESBS Examens

5 28/01 - 03/02 ECPM All. LM Ang. MM / ECPM / ESBS TP purification de proteines ESBS Examens

6 04/02 - 10/02 ECPM All. LM Ang. MM / ECPM / ESBS TP Génie des Procédés langue jeudi (4

jours 8h)Début du stage

7 11/02 - 17/02 ECPM All. LM Ang. MM / ECPM / ESBSVacances " Hiver " du 15/02 (soir) au 25/02

(matin)

8 18/02 - 24/02 TP CA ECPM TP Génie des Procédés (3 jours 8 h), 2

jours de cours CM

9 25/02 - 03/03 TP CA ECPM ECPM cours /langue jeudi

10 04/03 - 10/03 TP génie génétique TP microbio ESBS

11 11/03 - 17/03 TP enzymo TP CA ECPM CBT langue jeudi

12 18/03 - 24/03 Vacances " Hiver " du 15/02 (soir) au 25/02 (matin) TP CA ECPM CBT langue jeudi

13 25/03 - 31/03 ECPM Ang. MM /ESBS cours TP CO ECPM langue jeudi

14 01/04 - 07/04 ECPM Ang. MM / ECPM / ESBS TP CO ECPM langue jeudi

15 08/04 - 14/04 ECPM Ang. MM /ESBS cours ECPM cours /langue jeudi

16 15/04 - 21/04 ESBS cours ESBS cours /ECPM cours /langue jeudi

17 22/04 - 28/04 ECPM Ang. MM / ECPM / ESBS ESBS cours /ECPM cours

18 29/04 - 05/05 ESBS + examen Examen ESBS /ECPM

19 06/05 - 12/05 ECPM cours

20 13/05 -19/05 Vacances " Printemps"

21 20/05 - 26/05 ECPM Ang. MM / ECPM cours

22 27/05 - 02/06 ECPM All. LM Ang. MM / ECPM cours

23 03/06 - 09/06 ECPM All. LM Ang. MM / ECPM cours

24 10/06 - 16/06 cours + Examens ECPM

25 17/06 - 23/06

26 24/06 - 30/06

27 1/07 - 07/07 Examens de rattrapage ECPM

Vacances de la " Toussaint " du mercredi 31/10 (soir) au lundi 5/11 (matin)

Vacances "Noël" du vendredi 21/12 (soir) au lundi 07/01 (matin)

Vacances "Noël" du vendredi 22/12 (soir) au lundi 08/01 (matin)

CALENDRIER 2018 / 2019

Semaine Dates CBT 3A CBT 1A CBT 2A


Diplôme d’ingénieur «Chembiotech» - Calendrier 2018 / 2019

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DIPLÔME D’INGÉNIEUR EN CHIMIE - BIOTECHNOLOGIE «CHEMBIOTECH»

Curriculum 1A S1

COURSE TEACHERS CM (H) TD (H) TP (H)Total hrs

studentECTS / Coeff.

6 ECTS

TranscriptionB. Chatton, M.

Donzeau22 2 24 1,5

Translation J. de Mey 20 2 22 1,5

Intro biochemistry F. Deryckere 10 10 0,75

6 ECTS

Structural Biology B. Kieffer 8 14 22 1,5

StatisticsR. Debalme,

G. Marcou5,25 5,25 10,5 1

Electronics C. Ling 12 12 1

Analytical Biochemistry B. Kieffer 16 8 12 36 2

6 ECTS

Thermodynamic R. Muller 7 8,75 15,75 1,5

Kinetics V. Hubscher 7 5,25 12,25 1,5

Phenomen of transports R. Muller 8,75 3,50 12,25 1,5

6 ECTS

Intro orga and inorga

chemistry G. Hanquet 7 3,5 10,5 1,5

Substitution and elimination C. Carreno 7 3,5 10,5 1,5

Molecular stereochemistryP. Compain,

M. Chetcuti7 3,5 10,5 1,5

Sample preparation

/ChromatographyL. Sabatier 10,5 10,5 1,5

3 ECTS

English 42 42 1,5

Deutsch / French 42 42 1,5

Health & SafetyY. Nominé/PB

Andreoletti6 6 1

Project Management R. Barido 10 1 11 1

Communication Y. Nominé, J de Mey 2 5 7 0,5

3 ECTS

TP biochemistry, Biophysics &

Instrumentation Y. Nominé, M. Donzeau 10 12 52 74 1

Totaux ECTS 30

Biochimie et Biologie fondamentale I

Sciences de l'ingénieurs I

Chimie organique, inorganique, analytique fondamentale I


Méthodes structurales et informatiques pour la chimie biologique I

UE ES1 : Humanities, Economy & Social Sciences I

YEAR 1 - CHEMBIOTECH — SEMESTER 1


Diplôme d’ingénieur «Chembiotech» - Curriculum 1A S1

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DESCRIPTION DES COURS1A S1

Objectives in terms of knowledge (course content): I. Transcription of genetic information in prokaryotes • RNA polymerase.• Initiation, transcription elongation and regulation of the transcriptional termination.• Regulation of gene expression: lactose and tryptophan operon• Regulation of lambda gene expression.II. Transcription of genetic information in eukaryotes• Chromosome, chromatin and nucleosomes. • Eukaryotic RNA polymerases. • Promoters and gene control. • General factors of transcription• Activators and repressors. • Histone code. Chromatin remodelling. Acetylation of chromatin and gene activation. • DNA methylation and gene repression.• Cell signalling and transcription regulation.Objectives in terms of skills:This course aims at confronting the student with the fundamental principles of molecular biology in prokaryotes and eukaryotes and zooms in on the structure-function relationship of DNA and chromosomes with regards to transcription and gene regulation. Relevant basic terminology is introduced and general concepts and principles are presented. An important aim is to bring insight into gene structure, gene expression and gene regulation, including the differences between pro- and eukaryotes. Bibliography, Course material :• Power Point on Moodle• Biochimie Générale JH Weil 11éme Edition Dunod Sciences• Genes IX Benjamin Lewin (Jones and Bartlett Publishers, Inc)

Objectives in terms of knowledge (course content): Components of the translation machinery• mRNA: structure, properties, maturation and the mechanism of splicing. • Ribosome: prokaryotic and eukaryotic, structure and properties. • tRNA: structure, different species (initiator, elongator, isoacceptors). Genetic code: Wobble hypothesis and degeneration of the codeActivation of aminoacids: • Aminoacyl-tRNA synthetases• Specificity of aminoacylation and fidelity of translationMechanism of translation in prokaryotes and eukaryotes: • Initiation• Elongation • Termination• Role of regulatory factors• Inhibitors of protein biosynthesisObjectives in terms of skills:• Appropriation of a series of mechanisms at the cell and molecular level • Gradually acquire scientific German (beginners), or practice scientific German• Using course notes, a textbook and other sources in German as course backups• Developing foreign language and communication skills by team work in bi-lingual German/

French groups

Transcription of genetic information

Translation of genetic information


Diplôme d’ingénieur «Chembiotech» - description cours 1A S1

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Objectives in terms of knowledge (course content): • Protein structure and folds• Nucleic acids structureObjectives in terms of skills:• Know how to establish relationships between the sequence, the structure and the function

of a protein• Search for structural information and visualize it• Assess the quality of a molecular model• Understand and use thermodynamic measurements for the study of inter-molecular interac-

tionsBibliography, course material :• Introduction à la structure des protéines, Branden & Tooze, Ed DeBoeck Université• Proteins: structures and molecular properties, Thomas E. Creighton, Ed W.H. Freeman

Objectives in terms of knowledge (course content): Basic knowledge in :• Biochemistry, origins of life • Glucids • Lipids • Aminoacids and proteins • Nucleic acids • Analytical methods of proteins Analytical methods of nucleic acids Introduction to recombinant

DNA methods

Structural biology

Intro biochemistry

Objectifs en termes de connaissances: • Savoir évaluer les fonctions de répartition des différentes lois de probabilités ou de leurs ré-

ciproques en utilisant des tables statistiques.• Savoir évaluer la moyenne ou l’écart type d’une population à partir d’un échantillon, en four-

nissant un intervalle de confiance, pour des effectifs petits ou pas, lorsque l’écart type est connu ou pas.

• Pouvoir retenir ou écarter une affirmation, avec un risque fixé, en connaissant un échantillon.• Déterminer si un critère intervient significativement dans la variation d’une grandeur ou pas

en connaissant différents groupes de mesures.• Pouvoir affirmer que les différents coefficients d’une droite de régression linéaire sont si-

gnificatifs ou pas.

Statistics

ElectronicsObjectives in terms of knowledge (course content): We will first address some general reminders on electricity, then, we will look at an electronic apparatus’ inside in order to learn about some basic components of electrical or electronics equipment. The analog electronics technology will be introduced via the operational amplifier and its applications.... We will continue the journey to reach the digital electronics technology which is driving our phones and computers and powering the internet. Finally, we will study some examples of sensors used for the measurement of various physical quantities.Objectives in terms of skills:This course’s goal is to improve the knowledge of electrical or electronical apparatus used in the biotechnology domain. Optimal use of equipment is subject to a minimal understanding of the physical principles involved, of the processing of information carried by electricity most of the time, of the limits of the apparatus inherent depending of the hardware usedBibliography, course material :• Les capteurs. G. Asch, Dunod éditeur.



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Objectifs en termes de connaissances: • forme générale des équations de conservation de la masse et de l’énergie (systèmes ouverts

et fermés, instationnaires, …). Bilan d’entropie • propriétés thermodynamiques des fluides réels. Equations d’état volumique et

thermique. Utilisation des diagrammes et des tables pour la résolution de problèmes pratiques en énergétique. Lois de comportement cubiques, du Viriel, principe des états correspondants

• equilibre de phases des corps purs : stabilité – métastabilité, retard aux transformations • thermodynamique des mélanges. Mélange idéal et propriétés d’excès. Equations bilans pour

des systèmes à plusieurs composants. Exploitation des diagrammes, équilibres liquide-vapeur, liquide-liquide (démixtion), liquide-solide (miscibilité partielle, fusion congruente et non congruente, transformation polymorphique). Coefficient d’activité et modèles. Solutions régulières. Solutions diluées : loi de Henry, propriétés colligatives

Objectifs en termes de compétences:• identifier un système et appliquer les équations bilan dans des situations variées (machines

thermiques, échangeurs, réacteurs, …)• identifier et utiliser les principales équations d’état utilisées pour décrire les propriétés des

fluides réels• comprendre et appliquer les concepts de base pour décrire les équilibres dans les systèmes

polyphasés et les mélanges• formuler des hypothèses pour résoudre des cas concrets

Thermondynamique

Objectifs en termes de connaissances: • Introduction – Definitions• Simple reactions • Complex reactions • Reversible reaction, chemical equilibrium • Parallel reactions • Consecutive reactions• Quasi steady-state approximation• Temperature dependence of rate constants• Determination of the rate order• Differential method• Integral method• Chemical kinetics in open systems• Theories• Active collisions theory• Transition state theory• Classification of elementary processes

Kinetics

Objectives in terms of knowledge: • Introduction on radiation-matter interactions • Applications of molecular spectroscopy in biology (absorption, fluorescence, NMR ...) • Principles and applications of mass spectrometry • Transport PhenomenaObjectives in terms of skills :• Have a critical reading of scientific results based on the use of biophysical methods• Know the fields of application of biophysical methods• Establish an experimental protocol using biophysical measurementsBibliography, Course material :• Methods in molecular biophysics, Igor Serdyuk Nathan & Joseph Zaccai• Physical Chemistry: Principles and Applications in Biological Sciences, I.Tinoco, K. Sauer, • J. C.Wang, J. D. Puglisi

Analytical Biochemistry



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Objectives in terms of knowledge (course content): • General Chemistry : atomic and molecular properties, hybridations, VSEPR, acides, bases,




• Basic bioorganic chemistry : sugars, lipides, aminoacides and peptides, nucleotides/nucleosides. Objectives in terms of skills:Acquisition of the basic notions of organic chemistry as a theoritical to understand metabolic conversions and biochemistry.Bibliography, course material :• Chimie Organique Avancée (Tome1 et 2), Carey, Sundberg, De Boeck Université. • Stereochemistry of Organic Compounds, Eliel, Wiley and Sons Eds.• Chimie Organique J. Clayden, N. Greeves, S. Warren, P. Wothers De Boeck Université

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours): • Analyse dimensionnelle, théorème de Buckingham • Conduction de la chaleur, loi de Fourier. Coefficient de conduction et diffusivité thermique,

évolution avec la température. Nombre adimensionnel de Fourier• Transport diffusionnel de matière: Bilan de matière, loi de Fick. Coefficient de diffusion

pour les gaz et les liquides. Evolution avec la température. Nombre de Schmidt. Analogie et différences avec la conduction thermique

• Transport de quantité de mouvement: Equations de conservation de la masse et bilan d’énergie mécanique (Bernouilli généralisé). Bilan de force, calculs d’effort

• Lois de comportement de fluides visqueux, dissipation visqueuse• Ecoulements dans les conduites cylindriques, loi de Hagen-Poiseuille en régime laminaire Objectifs en termes de compétences :• identifier les analogies entre les principaux phénomènes de transport (chaleur, quantité de

mouvement, masse).• appliquer les équations de conservation et de comportement sous la forme la plus adaptée

au problème à résoudre• comprendre et formuler des hypothèses pour résoudre des cas concrets• pratiquer l’analyse dimensionnelle pour identififier les nombres adimensionnels pertinents

General Chemistry

Phénomènes de transport

Objectifs en termes de compétences:• To understand the principles controlling the rate and the mechanisms of chemical reactions• To understand the efficiency of chemical conversion in open systems (chemical reactors)

from the kinetic point of view• To analyze the relation between the structure of chemical compounds and their activities as

well as the effects of experimental conditions on the reaction rate.• To determine the order of magnitude of the reaction rate constants by using a molecular

kinetic approach

Substitution and elimination

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours):I Principes fondamentaux du contrôle d’une réaction chimique II Réaction de type SN2 (stéréochimie, cinétique, effet de solvant et de substituant)III Substitution par un mécanisme d’ionisation SN1 (stéréochimie : notion de paire d’ions, cinétique, effet de solvant et de substituant)



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Objectifs en terme de compétences :• Comprendre les principes généraux de l’analyse structurale des molécules (conformations,

configurations) et de la stéréochimie dynamique (relations stéréochimie-sélectivité). • Comprendre en profondeur de la notion de chiralité, de la relation groupe de symétrie-chira-

lité ainsi que des concepts fondamentaux de diastéréoisomérie et de topicité. • Identification de la chiralité d’une molécule, détermination de la relation d’isomérie entre

deux molécules.• Identifier les géométries de coordination, les symétries et des stéréo-isomères et la chiralité

des complexes des métaux de transition.

Molecular stereochemistry

• Objectifs en terme de compétences :• Comprendre les principes de la séparation par chromatographie. • Identifier les différents paramètres physico-chimiques qui permettent la séparation par

chromatographie. Intégrer les différents types de chromatographie en phases gazeuse et liquide.

• Concevoir une méthode chromatographique en choisissant le type de séparation adapté à la nature des analytes et à la problématique.

• Formuler un protocole expérimental.

Sample preparation /Chromatography

Health and safety

Objectives in terms of knowledge (course content): • Know the good practices of laboratory,• Health and security in a biology laboratory• Waste management• Laboratory notebookObjectives in terms of skills:• Risk control in a biology laboratory• Know the value of laboratory notebook and know how to fill it

Project management

Objectives in terms of knowledge (course content): • Anticiper un projet en amont : l’étude d’opportunité, la faisabilité, les enjeux, le cahier des

charges• Les principaux acteurs et leur rôle : le commanditaire, le chef de projet, l’équipe projet, les

contributeurs, les utilisateurs finaux• L’analyse stratégique des parties prenantes

IV Influence du groupe sortant (SN1-SN2) V Contrôle cinétique et contrôle thermodynamique VI Réactions SN par assistance anchimère, SNi, SN’1, SN’2, SN’i VII Eliminations de type : E1 et E2 (stéréochimie, cinétique) VIII Compétition E1/E2 ; SN1/ E1 IX Eliminations E1cB, pyrolytique EiX Transpositions de Wagner-Meerwein, pinacolique XI Réaction de RitterObjectifs en terme de compétences :• Comprendre et analyser les différents types de réactions de substitution et d’élimination sous

l’angle de la stéréochimie et de la cinétique • Intégrer le principe de contrôle cinétique et thermodynamique de l’évolution d’un système en

transformation chimique.



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Objectives in terms of knowledge (course content): • Resume the basics of communication skills with visual and oral media• Examples and counter-examplesObjectives in terms of skills:• Know how to communicate orally as efficiently as possible.• Translational teaching with cell biology

Communication

Practicals of instrumentation, biochemistry and biophysics à revoirObjectives in terms of knowledge (course content) : • Good practice laboratory, health and security• Principle of operation and functioning of laboratory instruments• Introduction to the purification of different components (proteins and amino acids) by the use of chromatography technics• Analysis of proteins by SDS-PAGE, staining methods• Physical principles of the analysis methods applied to biomolecules: transport phenomena, chromatography technics (ion exchange, size exclusion) and spectroscopies (absorption, fluorescence, ...)• Physical mesures: captors, uncertainty estimation and propagation, automatisation, numerical data managementObjectives in terms of skills:• Apply an experimental process• Appliy the basic rules at the benchmark (pipeting, gel, weighting, pH, buffer, ...)• Ability to critically analyze results obtained during the practicals• Know how to evaluate uncertainties on physical measurements• Know how to set up properly laboratory devices depending on experimental constraints• Write a report• Team working

• Le lancement du projet : organigramme des tâches, matrice des responsabilités, diagramme Pert et diagramme de Gantt

• Le management de l’équipe projet : les réunions, l’écoute active, la délégation, la mobilisation• Le pilotage du projet : le triangle d’or, le tableau de bord, le reporting, l’analyse de rendement,

la communication• La clôture du projet Objectives in terms of skills:• Capacité à structurer les projets par des phasages pertinents• Connaissance des fondamentaux du management d’une équipe projet• Maîtrise de l’avancement du projet• Capacité à articuler la dynamique humaine et la qualité de la production



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CURRICULUM 1A S2


student

ECTS /

Coeff.

3 ECTS

Molecular Biotechnology E. Weiss 20 6 6 32 2

Cellular Biology J. de Mey 16 4 2 22 1,5

Bioenergetics B. Chatton 8 4 1 13 0,75

3 ECTS

Data processing B. Kieffer 6 12 12 30 1,5

Bioinformatics O. Lecompte 14 10 2 26 1,5

6 ECTS

Bioorganic chemistry G. Mislain 8 2 10 1,5

NMR spectroscopy F. Colobert 7 3,5 10,5 1,5

Carbonyles (key function)F. Colobert,

F. Leroux7 3,5 10,5 1,5

Multiples bonds C-C (key

function)

P. Compain,

A. Speicher5,25 3,5 8,75 1,5

Life elements M. Chetcuti 8,75 1,75 10,5 1,5

6 ECTS

English 28 28 1,5

Deutsch /French 28 28 1,5

Economy & Industries M. Sutter 12 12 /

Professionnal projectA. Dejaegere,

Y. Nominé12 12 /

Conference cycle 1

Normes REACH et droit de

l'environnementA. Torres 5,15 1,75 7 0,5

12 ECTS

Genetic Engineering A.P. Sibler 35 35 1,5

Enzymology C. Gavériaux 35 35 1,5

Organic chemistry S. Choppin/D. Hazelard 56 56 3

Analytic chemistry V. Delval/J. Brandel 56 56 3

Totaux ECTS 30

UE FB2 : Fundamentals of Biology II

Sciences de l'ingénieur II

Chimie organique, inorganique, analytique fondamentale II

UE ES2 : Humanities, Economy & Social Sciences II

YEAR 1 - CHEMBIOTECH - SEMESTER 2



Diplôme d’ingénieur «Chembiotech» - curriculum 1A S2

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1A S2

Objectives in terms of knowledge (course content): The programme consists of a comprehensive theoretical study of 4 fundamental aspects of cellular functioning and regulation (32h CM):• Membranes (common with “Communication”): lipids and the lipid bilayer, membrane fluidity,

transmembrane glycoproteins and transport of small solutes (ions, sugar) across membranes in polarized epithelial cells

• Biosynthesis of glycoprotein and lipids: Glycoprotein and lipid biosynthesis in the endoplasmic reticulum and the Golgi apparatus

• Intracellular traffic: Sorting of lipids and proteins; intracellular traffic of membrane-bound carriers and its regulation; the role of the cytoskeleton and motor proteins

• Cellular Signalling: Membrane receptors and their ligands; protein hardware: small and trimeric G-proteins, kinases, phosphatases, adaptor proteins, structure/function relationship; second messengers: cAMP and cGMP, lipid derived second messengers, Ca2+ and Ca2+-binding proteins.

• Various Applications of Cellular Signalling in physiological and tissular contexts are studied by groups of 6 students and presented orally in English

Objectives in terms of skills:• Using course notes, a textbook and other sources exclusively in English as course backups• Gradually acquire fluency with scientific English• Developing social and communication skills by team work in bi-lingual groups (in collaboration

with Yves Nominé for the “Communication” part)• Progressively apprehending and mastering the challenges provided by complexity and inter-

disciplinarity

Cell Biology

Objectives in terms of knowledge (course content): • DNA replication – molecular fundamental mechanisms and biological components• Replication machineries and regulation of the processes• Cross-talks between DNA replication and cell division • DNA replication stress – DNA repair • Importance of the maintenance of genome integrity for life • Applications of DNA replication in biotechnologyObjectives in terms of skills:• Acquisition of sufficient knowledge for the well understanding of the proliferation of

prokaryotic and eukaryotic cells• Acquisition of fundamentals for being capable to integrate of DNA perpetuation and the

maintenance of the genome integrity in all presentations of biological systems (from PCR to bio-production of recombinant vaccine)

Molecular biotechnology

Objectives in terms of knowledge (course content): • Nature of digital information• Security of computer data• Components of a computer system• Networks and communication• Introduction to computer programming with PYTHONObjectives in terms of skills:• Establish a data security policy• Establish a specification adapted to a computer system• Searching for data on the Internet

Data processing



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• Formatting data using simple PYTHON scripts• Data analysis and information extractionBibliography, Course materials :• How to Think Like a Computer Scientist, Allen B. Downey, Cambridge university press

BioinformaticsObjectives in terms of knowledge (course content): • Biological databases• Presentation of the main sequence and related databases • Pairwise sequence comparison• Similarity and homology / Scoring systems / Dotplot comparison / Optimal alignments/ Similarity

searches• Multiple alignments• Main algorithms and programs / Quality assessment / Applications of multiple alignment /

Motifs and profiles• Molecular phylogeny• Basics in phylogeny/ Applications of phylogeny / Methods of tree construction/ Robustness

estimation / Tools and websitesObjectives in terms of skills:• Ability to use basic bioinformatics web resources • Understanding of main sequence comparison algorithms • Ability to interpret a multiple alignment, a phylogenetic tree and results of a similarity search• Ability to use multidisciplinary knowledge and approaches

Bioorganic chemistryObjectives in terms of knowledge (course content):• General Chemistry : atomic and molecular properties, hybridations, VSEPR, acides, bases,




• Basic bioorganic chemistry : sugars, lipides, aminoacides and peptides, nucleotides/nucleosides.

Objectives in terms of skills:Acquisition of the basic notions of organic chemistry as a theoritical to understand metabolic conversions and biochemistry.Bibliography, Course material :• Chimie Organique Avancée (Tome1 et 2), Carey, Sundberg, De Boeck Université. • Stereochemistry of Organic Compounds, Eliel, Wiley and Sons Eds.• Chimie Organique J. Clayden, N. Greeves, S. Warren, P. Wothers De Boeck Université

MMR spectroscopy

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours):• Principes physiques de base du phénomène de résonance magnétique nucléaire.• Les spectres de résonance des protons des molécules organiques.• Aspects expérimentaux de la spectroscopie de RMN.• Corrélation entre structure chimique, déplacement chimique et couplage spin-spin.• Analyse des systèmes du 1er ordre AX, AX2, AMX, AX3, A2X2, A3X3,……etc



90

Objectifs en terme de connaissances (contenu du cours):• Cours de chimie organique (S5 – S8); Chimie Bio-inorganique (S7) • Compréhension de la chimie de base des éléments chimiques importants pour la vie.Objectifs en terme de compétences :• Réactions et structures de base des éléments importants pour la vie.• Prédire les propriétés chimiques des composés simple.• Utiliser le tableau périodique.

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours): • Structure et réactivité des alcènes• Réactions d’addition électrophile• Réactions de Diels-Alder Objectifs en terme de compétences : • Compréhension de la réactivité de deux fonctions clés de la chimie organique: les alcènes et

les alcynes• Identifier les réactions principales réalisées à partir des alcènes et des alcynes• Pratiquer leurs utilisations dans la conception de stratégies de synthèse

Multiples bonds C-C (key function)

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours):I Réactions de substitution nucléophile sur carbones carboxyliques II Réaction d’addition sur les composés carbonylés III Chimie des énols et énolates Condensations aldoliquesIV Réactions des ylures sur les composés carbonylésObjectifs en termes de connaissances :• Connaissance de la structure électronique et géométrique des composés carbonylés• Connaissance de la tautomérie cétoénolique : mise en évidence, propriétés, structure de l’ion

énolate• Compréhension de la réactivité électrophile des composés carbonylés• Compréhension de la réactivité en position alpha du groupe carbonyle• Connaissance de l’action des réactifs organométalliques, de la protection d’une fonction car-

bonyle• Connaissance approfondie de la formation d’une liaison amide• Connaissance de la formation des énolates et de leur réactivité

Life elements

Carbonyles (key function)

Professional project Objectives in terms of knowledge (course content): • The world of biotechnology• Application fields• Career description • Feedbacks from professionals in the field, including former ESBS students• CV writingObjectives in terms of skills:• To help the students to better define their professional project and main objectives, to identify

the skills needed to reach that goals.

Objectifs en termes de compétences :• Comprendre les principes de base de la résonance magnétique nucléaire. • Analyser efficacement des spectres de RMN de différents noyaux de molécules de structure

variées



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Normes REACH et droit de l’environnement

Objectives in terms of knowledge (course content): • Management de la Qualité (CM) – 4 séances de 1h45 – Français et Allemand/Anglais • Introduction – Historique, concepts et vocabulaire • Les référentiels de management - ISO 9000 v 2000, ISO 14001, ISO 17025, TQM, ... • Le management des processus, la • satisfaction client, la traçabilité, lʼamélioration continue, les indicateurs, lʼaudit, les revues de

direction Les outils de la qualité - diagramme de Pareto, diagrammes dʼIshikawa, les cartes de contrôle, les histogrammes, lʼAMDEC, les cercles de qualité, les méthodes AROC et HACCP...

• Enseignement théorique et pratique avec la contribution dʼun industriel en activité sur cette thématique qui vient témoigner de ses expériences riches et variées comme responsable qualité dans un grand groupe.

• REACh et droit de lʼenvironnement (CM) – 3 séances de 1h 45 • Ressources humaines et Droit du travail (CM) 5 séances de 1h 45 • La fonction RH • Gestion ressources humaines • La gestion des compétences • La formation professionnelle • Lʼentretien annuel dʼévaluation • Le rôle du manager dans la fonction RH • La durée et lʼaménagement du temps de travail • La rupture du contrat de travailObjectives in terms of skills :• Comprendre et intégrer le droit social et collectif plus particulièrement le droit du travail

(normes juridiques qui régissent les relations entre un employeur et un employé) • Identifier la place de la qualité et du management de la qualité en entreprise • Comprendre et intégrer le REACh et ses enjeux dans nos métiers • Pratiquer des ateliers de réflexion de la mise en place de démarches qualité

Genetic engineering practicals

Objectives in terms of knowledge (course content): • different cloning methods : • cloning of a restriction fragment • cloning of a PCR fragment • cloning of a Tag• TA cloning, • Gibson cloning• overlap extension PCR• Golden Gate CloningObjectives in terms of skills:• Acquire the principle of the protocols used in genetic engineering • Acquire a good practice in genetic engineering• Be able to analyse and discuss experimental results • Writting of a lab book

Objectives in terms of knowledge (course content): • Understanding and practicing enzymology basics including :• Enzymatic activity• Kinetics of enzymatic activity• Immobilizing enzymes, a lecture and practice at small and medium scales• The beta-galactosidase as a prototypic enzyme• Hydrolysis of lactose, purified and contained in milk• Discussions on the strategies and results

Enzymology practicals



92

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours):• approfondissement des connaissances en chimie organique est effectué. • illustration des cours de la réactivité des fonctions clés avec quatre TP tournants • mise à niveau et nouvelles techniques (manipulation, caractérisation..) sont étudiées : travail

sous atmosphère inerte avec cycle vide-argon ; purification par distillation sous pression réduite, recristallisation, chromatographie sur gel de silice ou purification en jouant sur le pH…) ; caractérisation des produits formés par analyses physico-chimiques (Rf, point de fusion et d’ébullition… ).

Objectifs en termes de compétences:• Comprendre la réaction qui a lieu et analyser le milieu réactionnel (parler de l’avancement de

réaction, discuter la formation/obtention du produit souhaité…) • Identifier les réactions étudiées et le mécanisme rencontré pendant la synthèse.• Pratiquer les techniques de manipulation, d’isolement, de purification et de caractérisation.• Expliquer sous la forme d’un rapport/compte succinct rendu en fin de séance. • Intégrer de nouvelles techniques de manipulation et de purification. • Manager l’organisation d’un binôme avec une bonne répartition des tâches.Bibliographie :• Chimie Organique expérimentale 2ème édition M. Chavanne, G.J. Beaudoin, A. Jullien, E. Fla-

mand ; éditeurs Belin – Modulo • Manipulation commentés de Chimie Organique. J. Drouin ; éditeur : De Boeck Université • Organikum H.G.O. Becker ; éditeur : Johann Ambrosius Barth Verlag • Experimental Organic Chemistry, Standard and Microscale 2nd Edition L.M. Harwood, C.J.

Moody, J.M. Percy

Organic chemistry practicals

Objectives in terms of skills:• Acquire a good practice for work with proteins including enzymes, with kinetics• Using spectrophotometers• Acquire the notion of making appropriate graphs, of experimental variability/reproducibility • Be able to relate the theory of enzymology to experimental results• Be able to analyze and discuss on experimental results• Be able to present experimental results



93


CURRICULUM 2A S3


student

ECTS

/Coeff.

6 ECTS

Immunology &

ImmunoTechnology

E.Weiss,

C. Gavériaux20 20 2

Genetic engineering B. Chatton 24 14 8 46 3

Metabolism & Biotechnology G. Orfanoudakis 20 4 24 1,5

6 ECTS

(Hetero)aromatic chemistry S. Choppin 7 1,75 8,75 1,5

Tools for molecular chemistry P. Compain 5,25 1,75 7 1,5

Analytic chemistry F. Colobert,

L. Sabatier17,5 3,5 21 2

Engineering Sciences III 6 ECTS

Molecular modelisation A. Dejaegere 6 16 22 2

CBT'Innov 25 25 1

6 ECTS

English 22 22 1,5


Industrial Finances C. Gruber 4 8 12 1

Bioethic A. Stephan 6 6 /

Quality J. Martin 12 12 1

UE IN1 : Internship I 6 ECTS

1st year Internship coord. 2

Totaux ECTS 30


Chimie organique, inorganique, analytique appliquées III

UE ES3 : Humanities, Economy & Social Sciences III

Biologie moléculaire et biochimie appliquée III



94

Objectives in terms of knowledge (course content): • Innate and acquired immune response • Antigen properties • Humoral and cellular immune response • Immune system cells: selection, proliferation controls, functions • Biomolecules of the immune system • Diagnostic and therapy tools• Capital importance in molecular biotechnologyObjectives in terms of skills:• Acquisition of knowledge for the understanding of the immune defense. • Acquiring notions to feel comfortable in all biotechnology subjects that integrate the principles


Objectives in terms of knowledge (course content): • Reminders on transcription and translation• History of Molecular Biology• Restriction enzymes and modifying enzymes• Cloning vectors - Phages lambda and M13 - Prokaryotic and eukaryotic plasmid vectors• Molecular hybridization• Expression librairies-subtractive librairies• PCR and qPCR• Techniques of site-specific mutagenesis.• RNA interference-DNA interference (Talens-CRISPR / Cas9)• New sequencing techniques• Recombinant cloningObjectives in terms of skills:• This course aims to present the different techniques of cloning, manipulation and analysis of



Objectives in terms of knowledge (course content): • The objective of this course is the understanding of metabolic pathways, their role in cell


oxidative phosphorylation and fatty acids), their interconnections and regulation.• Based on the knowledge already acquired, and on innovative technological aspects, this course


original idea to its realization.


Genetic engineering

Metabolism & Biotechnology


2A S3



95

(Hetero)aromatic chemistry

Objectifsen termes de connaissances (contenu du cours): • Réactions modernes en Chimie organique (Métathèse des oléfines, Réactions multicomposants)• Stratégies de synthèse modernes (Target- versus Diversity-oriented synthesis)• Un nouveau concept : La chimie « click »Objectifs en termes de compétences :• Comprendre les enjeux modernes de la synthèse organique. Identifier les liens entre Chimie

moléculaire, Chimie des polymères et sciences des matériaux. Expliquer lʼintérêt de la Chimie click et des réactions multicomposants.

Bibliographie : • M. B. Smith, J. March, Click Chemistry: in Chemistry, Biology and Macromol. Science, Wiley, 2012

R. H. Grubbs et al., Metathesis in Natural Product Synthesis, Wiley, 2010• J. Zhu et al., Multicomponent Reactions, Wiley, 2005

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours):• RMN avancée • Equivalence et non equivalence systèmes rigides ou non • Analyse des systèmes du deuxième ordre AB, ABX, ABX2, ABX3, ABX3M, ABXY, ABC, AB2, ABCD,

AA’XX’……. • Influence de la chiralité sur le spectre de RMN, dosage d’isomères.• RMN 13C, découplage 1H, 19F.• Corrélation 1H-1H COSY, 1H-13C HSQC ou HMQC, NOESYMéthodes séparatives et spectrométrie de masse• Approfondissement des méthodes séparatives, notamment pour les biomolécules

(chromatographies, électrophorèse)• Principe et application des différentes sources et analyseurs en spectrométrie de masse.• Spectrométrie de masse à plusieurs dimensions• Introduction à l’analyse protéomique, caractérisation des protéines à partir de mélanges

complexes

Tools for molecular chemistry

Analytic chemistry

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours): Partie A : Chimie des hétéro(aromatiques) I Réactivité des systèmes aromatiques : - Introduction et rappel - La substitution électrophile aromatique SEAr - La substitution nucléophile aromatique SNAr - Autres grandes réactions des aromatiques II Réactivité des systèmes hétéro(aromatiques) : - Introduction- Réactivité des hétérocycles : cycle à 5 et à 6 atomes - Synthèse des principaux hétérocycles (mono ou bicycliques) : cycle à 5 et à 6 atomesObjectifs en termes de compétences : • Comprendre la réactivité de molécules (hétéro)aromatiques vis-à-vis de réactifs • Comprendre la réactivité des espèces radicalaires générées • Identifier une molécule aromatique ou hétéro(aromatique), la nature de la réaction (SEAr , SNAr ou radicalaire) Pratiquer la synthèse dʼhétérocycles et la synthèse radicalaire en TD/TP Expliquer la réactivité observée, lʼaccès à certaines molécules souhaitéesBibliographie : • M. B. Smith, J. March, Advanced Organic Chemistry, Wiley, 2007• R. Bruckner, Organic Mechanisms, Springer, 2010• F.A. Carey, R.J. Sundberg Chimie Organique Avancée (3e Edition).• K.P.C. Vollhardt, N.E. Schore Organic Chemistry (2e Edition).• J. Clayden, N. Greeves, S. Warren, P. Wothers, Organic chemistry, Oxford University Press, 2001• N. Rabasso, Chimie organique (1er cycle et 2ème cycle), édition de boeck, 2007



96

Objectifs en terme de connaissance (contenu du cours):• Le module pédagogique se compose dʼune série de 5 cours magistraux et dʼun Travail Pratique

dʼapplication nommé « Mission Industrielle ». • Cours magistraux : • Pilotage de projets • Gestion dʼéquipe projet • Analyse fonctionnelle dʼun système • Créativité collective • Méthodes de choix multicritères Travaux Pratiques : • Séance de Team Building ( décrite dans le syllabus du cours « gestion dʼéquipe projet » )• Séance Témoignages Gestion de projets R&D ( décrite dans le syllabus du cours « gestion

dʼéquipe projet » )• La phase dʼapplication se compose de 7 séances de travail collectif dʼune durée de 3h complé-

tées par un travail individuel afin de réaliser les documents suivants : Pré-Analyses, Lettre dʼengagement, CdC Fonctionnelle, Synthèse Séance Créativité, Présentation finale, rapport PPR

• Présentation orale devant les tuteurs• Réunion « Post Project Review »

CBT’Innov

Objectives in terms of knowledge (course content): • Basics principles of molecular modelling• Potential energy function of biological macromolecules• Energy minimization and molecular dynamics simulations• 3D modelling of macromolecular structures• Role of dynamics and motion in biological function.• Biotechnological applications of molecular modellingObjectives in terms of skills:• Students should gain enough general knowledge in modelling to understand and critically



Molecular modelling

Objectifs en termes de compétences :• Savoir interpréter efficacement des spectres de RMN de différents noyaux de molécules

organiques variées complexes.• Comprendre les informations apportées par les spectres RMN à deux dimensions• Connaître les méthodes RMN permettant d’effectuer un dosage énantiomèrique• Maîtriser les différentes méthodes séparatives, notamment celles adaptées aux biomolécules,

et connaître leurs évolutions récentes.• Comprendre les différentes spectrométries de masse, leurs domaines d’application, notamment

en bioanalytique, et leur couplage avec les méthodes séparatives.• Connaître les grands principes de l’analyse protéomiqueBibliographie• NMR spectroscopy, H. Gunther, Ed. John Wiley & Sons• Basic one- and two- dimensional NMR spectroscopy, H. Friebolin, Ed. Wiley-VCH• Principles of Mass Spectrometry Applied to Biomolecules, (2006), Chava Lifshitz and Julia Laskin,

Publisher: Wiley• Principles of Proteomics, 2nd edition (2013), Richard Twyman, Eds Garland Science• Principles and Practice of Bioanalysis, 2nd Edition (2008), Richard F. Venn, Publisher : CRC Press



97

Objectives in terms of knowledge (course content): The bioethical thinking is often difficult to assert, but the idea of an ethics for engineers is even more recent. The engineering profession in biotechnology or chemistry-biotechnology mixes two levels of thinking, the professional ethics of engineers and bioethics. Based on current topics, legislative documents on biotechnology, documents on engineering ethics and topics proposed by students, the course will develop a reflection on the professional ethics of engineers, and the impact of biotechnology on society.At the end of this course, students must be able to develop a critical questioning about their own role in the technologic world and the life scientific knowledge.Objectives in terms of skills :The objective of this course is to make students aware of the need to develop a fair and responsible reflection on the social issues related to their future professional practice.

Objectives in terms of knowledge (course content): • Module 1 : introduction à la Qualité• Module 2 : approche processus• Module 3 : les risques• Module 4 : le zéro défaut• Module 5 : les outils de la Qualité• Module 6 : la documentation• Module 7 : les référentiels Qualité• Module 8 : la gestion des équipesObjectives in terms of skills :• La formation dispensée a pour objet de fournir une première approche des concepts, méthodes et outils relatifs au Système de Management de la Qualité

Industrial finances


Quality

Objectives in terms of knowledge (course content): • Principes fondamentaux de la comptabilité financière (financial accounting) • Présentation du processus d’élaboration et de diffusion de l’information financière obligatoire.• Etude de la traduction comptable des principales opérations courantes pour permettre la


financièreObjectives in terms of skills:• Comprendre la logique de la comptabilité financière et les enjeux de la politique comptable.• Être capable de lire les principaux documents comptables et financiers et de comprendre leur


une entreprise

Objectifs en termes de compétences :• Connaître et utiliser les outils numériques de travail collaboratif • Intégrer des connaissances techniques pour résoudre une problématique • Créer un référentiel partagé et commun des connaissances techniques identifiées • Manager un projet, ses différentes phases et les taches • Manager une équipe dʼélèves • Identifier les savoirs scientifiques nécessaires pour résoudre la problématique posée • Analyser une problématique industrielle ( problème complexe et multidisciplinaire en situation

incertaine ) Formuler, Créer et Concevoir des concepts techniques • Recommander er défendre différentes solutions à une problématique industrielle



98


CURRICULUM 2A S4


student

ECTS /

Coeff.

3 ECTS

Apply microbiology 12 12 1,5

6 ECTS

Bio-inorganic chemistry S. Fleutot 10,5 10,5 1,5

Oxydo-reduction P. Compain 12,5 3,5 16,5 1,5

Supported synthesis of

biomolecules

G. Hanquet,

I. Izzo10,5 3,5 10,5 1,5

Carbanions and enolates P. Compain 7 1,75 8,75 1,5

Engineering Sciences IV 6 ECTS

Process engeneering :

applications in chemistry and

C. Serra,

C. Maihle12 20 32 3

CBT'Innov 25 25 3

3 ECTS

English 20 20 1,5


Bioéthique A. Stephan 8 8 1,5

12 ECTS

A. Stephan,

G. Orfanoudakis

Process engineering B. Ernst 56 56 2

Organic chemistry S. Choppin/D.

Hazelard56 56 2

Bioanalytic chemistryV. Delval/J.

Brandel56 56 2

Microbiology 35 35 1,5

Totaux ECTS 30


Chimie organique, inorganique, analytique appliquées IV

2,570

Biologie appliquée IV

Proteins purification


UE ES4 : Humanities, Economy & Social Sciences IV

6244



99

Objectives in terms of knowledge (course content):• General Chemistry : atomic and molecular properties, hybridations, VSEPR, acides, bases,




• Basic bioorganic chemistry : sugars, lipides, aminoacides and peptides, nucleotides/nucleosides. Objectives in terms of skills:Acquisition of the basic notions of organic chemistry as a theoritical to understand metabolic conversions and biochemistry.Bibliography, Course material :• Chimie Organique Avancée (Tome1 et 2), Carey, Sundberg, De Boeck Université. • Stereochemistry of Organic Compounds, Eliel, Wiley and Sons Eds.• Chimie Organique J. Clayden, N. Greeves, S. Warren, P. Wothers De Boeck Université

Bio-inorganic chemistry


2A S4

Objectives in terms of knowledge (course content): • Basics on amino acids-peptides and nucleosides-nucleotides chemistry• Introduction and Historical background of Sold Phase Synthesis (SPPS)• Peptide Solid-Phase Synthesis : Solid-Phase versus Solution Synthesis • Protection Schemes: Alpha-Amino and Side Chain Protecting Groups • Strategy in Solid-Phase Peptide Synthesis • The Solid Support-anchoring of first AA; Chain Elongation: coupling reagents; Cleavage of the

Peptide from the Resin • History of Oligonucleotide Synthesis• Solid Phase Synthesi of Oligonucleotides: Protecting Groups and Solid Support• The phosphoramidite method and the H-phosphonate method.• Modified OligonucleotidesObjectives in terms of skills:• Basic molecular mechanisms specific to peptidic and nucloetidic bonds will be learned• Students will be able to design solid phase synthesis of oligopeptides and oligonucleotides

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours): I. Acidité des composés organiquesII Méthodes de préparation des composés organométalliquesII. MétallationvEchange Métal-halogène II. TransmétallationII. Synthèse directeII. Hydro- and CarbométallationRéactivité des CarbanionsBasicité versus nucléophilie III. Réactions dʼalkylationIII. Hydroxyalkylation

Supported synthesis of biomolecules

Carbanions and enolates



100

Objectives in terms of knowledge (course content): Mathematics for experimental design and data analysis• matrix: definition and elementary matrix calculation,• eigenvalues and eigenvectors,• diagonalization,• solving an under-parametrized systemHow to build the most efficient experimental plan• the role of experimental uncertainties in a plane• modelization and plane• criteria of the most efficient planes• simple and multiple linear regressions• model validation• confidence and prediction intervalsObjectives in terms of skills:• Understand how matrix can help to build efficient experimental planes,• Basic principle of analyse data• How to modelize a plane

Process engineering : applications in chemistry and biotechnologies

III. Anions allyliques stabilisésObjectives in terms of skills:• Comprendre les facteurs influençant lʼacidité des composés hydrocarbonés et, en corollaire,

la structure des anions correspondants. Pratiquer lʼutilisation des principales méthodes permettant de générer ces anions carbonés et comprendre leurs réactivités. Identifier les conditions réactionnelles à utiliser pour orienter la stéréo-sélectivité, la régio-sélectivité ou la chimio-sélectivité des réactions utilisant des carbanions et des énolates.

BioEthic and professionnal Ethic (2nd year, 3rd and 4th semester)Objectives in terms of knowledge (course content): The bioethical thinking is often difficult to assert, but the idea of an ethics for engineers is even more recent. The engineering profession in biotechnology or chemistry-biotechnology mixes two levels of thinking, the professaional ethics of engineers and bioethics. Based on current topics, legislative documents on biotechnology, documents on engineering ethics and topics proposed by students, the course will develop a reflection on the professional ethics of engineers, and the impact of biotechnology on society.At the end of this course, students must be able to develop a critical questioning about their own role in the technologic world and the life scientific knowledge.Objectives in terms of skills :• The objective of this course is to make students aware of the need to develop a fair and


Proteins purification practical Objectives in terms of knowledge (course content): • Master essential knowledge to advanced techniques for identifying, separating or purifying






101

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours) :• Approfondissement des méthodes de manipulation avec réalisation de deux synthèses multi-

étapes (2 à 4 étapes) • Approfondissement des méthodes de caractérisation et d’analyses des différents produits

avec utilisation de la spectroscopie infra-rouge (IR), la résonance magnétique nucléaire RMN 1H (utilisation du logiciel RMN TopSpin, caractérisation par chromatographie phase gazeuse ou chromatographie couplée à une masse (LC/MS ou GC/MS).

• Développement de l’esprit d’analyse et critique • Rédaction d’un rapport informatisé par binôme de 20 pages sur la base d’une publication

scientifique.Objectifs en termes de compétences :• Comprendre la réaction qui a lieu et analyser le milieu réactionnel (discuter la formation de

produits souhaités ou secondaires) • Expérimenter les techniques d’isolement et de caractérisation connus.• Identifier les problèmes survenus dans le TP.• Pratiquer les techniques de manipulation, d’isolement, de purification et de caractérisation

(RMN, IR).• Formuler et expliquer sous la forme d’un rapport discuté/argumenté et documenté en

bibliographie (modèle type publication scientifique) les travaux de synthèse effectués.

Objectifs en terme de connaissance (contenu des travaux pratiques):• Chaque binôme se voit attribuer un document présentant succinctement le sujet puis il doit

réaliser une étude bibliographique afin de choisir les protocoles expérimentaux adaptés à ses propres échantillons. Il doit ensuite mettre en œuvre ces protocoles, puis analyser et synthétiser ses résultats. Le cas échéant, il doit comparer les résultats obtenus par différentes méthodes et effectuer une analyse critique.

• Méthodes analytiques (95%): • extraction liquide/liquide• extraction solide/liquide• extraction liquide/solide• entrainement à la vapeur• chromatographie liquide haute performance couplée ou non à la spectrométrie de masse • chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse• spectrophotométrie UV-visible• spectroscopie d’absorption atomique (SAA)• spectrométrie d’émission atomique à plasma induit par haute fréquence (ICP-AES)• polarographie• potentiométrie• gravimétrie• complexométrie• détermination des erreurs expérimentales et bonnes pratiques de laboratoireObjectifs en termes de compétences :• Savoir analyser le sujet en réalisant une étude bibliographique afin de se l’approprier.• Réussir à concevoir et gérer un plan d’expériences à partir de l’étude bibliographique

réalisée et des connaissances acquises durant le cycle de TP de base.• Formuler ses idées, les objectifs des sujets de travaux pratiques et expliquer son

raisonnement.• Confronter différents résultats et effectuer une analyse critique.• Interpréter les résultats obtenus sous forme de mémoire.• Manager la répartition des tâches au sein du binôme et du groupe, la gestion du temps et du

parc instrumental à disposition

Organic chemistry practical

Bioanalytic chemistry practical



102

Microbiology practical

Objectives in terms of knowledge (course content): • Production of glycerine with yeast through metabolite capture; optical enzymatic determina-





103


CURRICULUM 3A S5 option santé

COURSE TEACHERS CM (H) TD (H) TP(H)Total hrs

studentECTS/Coeff.

Retrosynthesis for pharma and agro

moleculesG. Hanquet 8 8 1

Chemical protein synthesis V. Torbeev 8 8 1

9 ECTSToxicology F. Pons 18 18 2,5

Drug discovery and developpement M. Hibert 20 8 28 2,5

Human genetic B. Chatton 24 24 2,5

3 ECTS

Intellectual PropertyC.Ritzenthaler

F. Macrez16 16 /


Bioethic A. Stephan 8 9 20 1

English 10,5 11 1

Deutsch / French 21 21 1

12 ECTSProject chembiotech health 200 200 4

Totaux ECTS 30

3nd year Internship 6 mois 30 ECTS

UE PR : Practicals projects

Advanced ChemBioTech II

UE ES : Humanities, Economy & Social Sciences I

Drug design 14 17 31 2,5E. Kellenberger

Advanced ChemBioTech IChemBiotech Health

6 ECTS

YEAR 3 - CHEMBIOTECH - SEMESTER 5 - OPTION HEALTH


Diplôme d’ingénieur «Chembiotech» - curriculum 3A S5 option santé

104


3A S5 option santé

Objectifs en termes de connaissances :• Identifier le vocabulaire et les règles de rétrosynthèse. Appréhender la synthèse d’une molécule

d’intérêt pharmaceutique ou agrochimique• Connaître les principales disconnections permettant soit la construction de squelettes

hétérocycliques soit leur décoration ou encore la décoration d’arènes.• Connaître les principales disconnections permettant la construction de chaînes aliphatiques

polyfonctionnalisées.

Objectives in terms of skills (course content):The aim of the course is to provide students with the basic fundamental knowledge of chemical methods in protein science as well as to illustrate practical application of these methods. Students will obtain knowledge regarding the methodology of peptide synthesis – both solution-phase and solid-phase – commonly used in biotechnology; moreover, they will learn about state-of-the-art peptide ligation techniques. At the end, students should be able to plan synthesis of peptides and small-to-medium size proteins, incorporate various unnatural functionalities not permitted by recombinant expression or various labels. They will also learn how to critically analyze a publication in the field of chemical biology of proteins.

Bibliography :• M. Bodanszky Principles of peptide synthesis, 2nd ed. (1993), Springer-Verlag, Berlin, Heidelberg• S.B. Kent Total chemical synthesis of proteins. Chem. Soc. Rev. 2009, 38, 338• T.W. Muir Semisynthesis of proteins by expressed protein ligation. Ann. Rev. Biochem.

2003,72,249

Drug design

Retrosynthesis for pharma and agro molecules

Chemical protein synthesis

Objectifs en termes de connaissances: • Analyser les structures tridimensionnelles à l’échelle atomique de protéines, à les convertir

en pharmacophore, à les prédire par docking, avec pour but final d’établir des stratégies de criblage virtuel pour la conception rationnelle de molécules bioactives (= Computer-wAided Drug Design).

• Les bases moléculaires de la reconnaissance entre une molécule « drug-like » et sa cible pro-téique.

• Modélisation de l’interaction ligand-protéine • Détection et représentation des sites protéiques - Flexibilité moléculaire - Alignement en

3D - Evaluation • Pharmacophore : méthodes, programmes, applications• Docking/Scoring : méthodes, programmes, applicationsObjectifs en termes de compétences:• Connaissance des principes et domaines d’application des méthodes pharmacophore et

docking• les programmes informatiques pour la prédiction de structures de complexes• ligand/protéine et pour le criblage virtuel.• application dans des projets de chimie médicinale• phases de recherche et développement dans l’industrie pharmaceutique (lors du criblage à

haut débit, et dans la sélection et l’optimisation de touches).


Diplôme d’ingénieur «Chembiotech» - description cours 3A S5 option santé

105

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours): Consolider et élargir toutes les connaissances acquises en termes de conception et développement de molécules biologiquement actives et de biomarqueurs à travers l’étude de cas concrets présentés par des acteurs du domaine (chercheurs, développeurs, industriels, créateurs d’entreprises, etc.).Perfectionnement des connaissances en drug discovery & development:• Introduction et cadrage du cours • Identification et validation de cibles• Criblage, méthodes et interprétations• Comment démarrer un projet de recherche• Recherche clinique• Biomarqueurs• Gestion du risquePrésentation de cas concrets ayant abouti au développement clinique d’un candidat médicament ou à une mise sur le marché d’une spécialité.• Peptides-médicaments. Exemple: ImmuPharma (découverte par le chercheur, Sylviane Muller,

et stratégie industrielle par le PDG)• Petites molécules organiques. Exemple: antibiotiques (Luc Van Hijfte J&J, NovAlix) ou

antipsychotiques (Pascal George, Synthélabo Sanofi)• Vaccins thérapeutiques. Exemple: Transgène (pré-clinique et clinique)• Produits naturels. Exemple: Phytodia.• Outils de ciblage. Exemple: Polyplus

Objectifs en termes de compétences :• Connaissance du secteur R&D et des expériences (notamment locales) acquises dans les

secteurs privé et public, notamment dans le domaine du Biomédicament.• Savoir mettre en place des stratégies de recherche.• Avoir un regard critique sur le domaine.• Organiser une veille technologique.

Drug discovery and developpement

Objectives in terms of knowledge (course content): • Mendelian Transmission - Factors Affecting Gene Distribution - Non-Mendelian Characters• DNA instability• Mutations and polymorphism - Exchange between repetitive sequences - Pathogenic mutations• Introduction to genetic markers• Genetic mapping• Identification of the genes responsible for diseases• Multi-factorial diseases - Genetic tests• Animal models of human pathologies• Examples of molecular pathologies• Gene Therapy and Cancer Therapy• Genetic fingerprints, molecular anthropology• Molecular embryology• Pre-implantation diagnosis, embryo cloning, Stem cells, bioethicsObjectives in terms of skills:Students must acquire a global and reasoned vision of the contributions of molecular genetics to the understanding of the pathology of patients with both hereditary and acquired genetic diseases ( and cancers). In each case, the basic concepts will be recalled and illustrated by guest speakers

Human genetic



106

Intellectual propertyObjectives in terms of knowledge (course content): Cours de sensibilisation à des non juristes• Introduction de la propriété intellectuelle : intérêts et différents types (L. Marino)• Droit du brevet : généralités, brevets biotechnologiques, obtention de plantes (L. Marino)• Création du salarié (L. Marino)• Les marques, le monde du libre et internet (C. Ritzenthaler)Objectives in terms of skills:• Donner un aperçu et une initiation

Professional insertion – coaching for the final internship Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours): • general information and explanation of the rules for the validation of module 3AS6• description of the internships of the previous promotions • information about the different internship opportunities (specialities, localization, public or

private domain...)• internship research strategies• R & D themes of international companies• internship agreement and intern’s dutiesObjectifs en termes de compétences :• know how to make a choice for intregrating the world of work• writing a CV and a letter of motivation in 3 languages• know how to present oneself and highlight one’s achievements• stress management during an interview (telephone or visit).• ability to interact with project managers• notions of negotiation of a contract• visa application



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CURRICULUM 3A S5 option environnement


studentECTS/Coeff.

Renewable Resources V. Beneteau / JM

Weibel/S. Dagorne24 24 2,25

9 ECTSNano aspects for analytic science A. Boos / Y. François 21 21 2,5

Biosourced polymers L. Averous 18 18 2,5

Recycling for biofuels B. Ernst 12 12 1,5

3 ECTS

Intellectual PropertyC.Ritzenthaler F.

Macrez16 0 16 /


BioEthics A. Dejaegere et al. 9 9 1

English 10,5 11 1

Deutsch / French 21 21 1

12 ECTS

Project chembiotech environnement 200 200 4

Totaux ECTS 30

3nd year Internship 6 mois 30 ECTS

1,5

Advanced ChemBioTech II

UE ES : Humanities, Economy & Social Sciences I

UE PR : Practicals projects

Genomics of microorganisms and

environmental applications

Advanced ChemBioTech IChemBiotech environnement

6 ECTS

10P. Bertin 10

YEAR 3 - CHEMBIOTECH - SEMESTER 5 - OPTION ENVIRONNEMENT


Diplôme d’ingénieur «Chembiotech» - curriculum 3A S5 option environnement

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3A S5 option environnement

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours) : • La valorisation de la biomasse (lignocellulose, triglycérides, polysaccharides, terpènes)

pour pallier les pétroressources décroissantes est en plein essor. Nous présenterons les avancées actuelles sur la recherche et le développement de produits biosourcés en tant qu’intermédiaires de synthèse pour la chimie fine, de produits finis d’utilisation courante ou de polymères.

• L’accent sera mis sur les bases essentielles de glycochimie : Les monosaccharides (structure, configuration, conformation), synthèse et groupes protecteurs (esters, éthers, silyles, acétals), et réaction de glycosylation (Fischer, Koenigs-Knörr, thioglycoside, trichloroacétamidate).

• Une partie de l’UE sera dédiée plus spécifiquement aux polymères biodégradables à partir de ressources renouvelables issues de la biomasse: étude détaillée des polyesters et certains polycarbonates (voie de synthèse contrôlée, intérêt et applications) ; étude générale de la relation structure moléculaire/propriétés des polymères biodégradables ; synthèse, intérêt et applications des matériaux dits bio-nanocomposites (associant un polymère biodégradables avec des nanoparticules inorganiques) ; nouveaux matériaux polymériques biodégradables et bioassimilables issus de l’oléochimie (dérivés du glycérol et/ou acides gras): synthèse et applications actuelles et en devenir.

Objectifs en termes de compétences :• Appréhender les différentes classes de molécules issues des agroressources utilisables comme matières premières en remplacement des molécules dérivées du pétrole. Connaître leur accessibilité, leur coût, les contraintes liées à leur développement, leur réactivité. • Connaitre l’essentiel de la réactivité des monosaccharides en synthèse organique. • Connaitre l’avancement des connaissances dans le domaine des polymères biosourcés.

Genomics of microorganisms and environmental applications

Renewable Resources

Nano aspects for analytic science

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours) : • Historique et bases de données 2 Génomique descriptive • Génomique fonctionnelle • Génomique comparée • Génomique environnementale Objectifs en termes de compétences :• Acquisition des concepts de la génomique environnementale• Formation à la réflexion sur l’apport de la génomique dans des problématiques

environnementales fonamentales et appliquées

Objectives in terms of knowledge (course content): • Introduction. Interests and specificities of nanometric scale. Transport mode, separation

modes and dispersion effects• Microsystem fabrication: choice of the material, fabrication technique, surface modification,

design• Nanoelectrochemistry• Nanochromatography and capillary electrophoresis: instrumentation and sample preparation• Advantages and limits • Microsystems for sample preparation: purification, extraction, pre-treatment of biochemical

samples• Nanometric plateforms : nanoparticules, quantum dots, carbone nanotubes, dendrimeres,

etc… Imaging applications.


Diplôme d’ingénieur «Chembiotech» - description cours 3A S5 option environnement

109

Objectives in terms of knowledge (course content): • must have an overall view on the world of the biopolymers for environmental (bioplastics)

and biomedical (biomaterials) applications.• must know (i) the main biopolymers (ii) the difference between a biodegradable and

biobased polymers (iii) the main synthesis, properties and applications of a large range of bioplastics

Content: • Bioplastics : Sorne Definitions and the Market • Biodegradation-Compostability and Biobased Content • Biotechnology / Biorefinery / Biocatalysis / Building blocks • Biobased and durable polymers / Biobased and biodegradable polymers Biomaterials for

Biomedical ApplicationsObjectives in terms of skills:• Understand and Pratice (Structuration-knowledge) • lntegrate and analyze (E1ngineering/Development)

Biosourced polymers

Objectives in terms of skills:• In the term of the lecture, the students should be able:• To understand the principles used specifically in nanoscale analytical techniques and

nanoobjects analysis techniques, the basics of microfluidics, nanochromatography, capillary electrophoresis

• To identify the similarities and differences between the macro and the micro scale techniques• To practice calculations of some parameters that control the different systems used

(electroosmotic flow or theoretical plates height for example)• To explain the techniques and the problems that could occurred• To analyse the different kind of recorded signals• To select or to design a new separation or detection system, to develop a new analytical

methods using these nanoscale systems or to analyse nanoobjects• To integrate different informations to solve an analytical problem

Intelectual propertyObjectives in terms of knowledge (course content): Cours de sensibilisation à des non juristes• Introduction de la propriété intellectuelle : intérêts et différents types (L. Marino)• Droit du brevet : généralités, brevets biotechnologiques, obtention de plantes (L. Marino)• Création du salarié (L. Marino)• Les marques, le monde du libre et internet (C. Ritzenthaler)Objectives in terms of skills:• Donner un aperçu et une initiation





Diplôme d’ingénieur «Chembiotech» - description cours 3A S5 option environnement

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MASTER BIOTECHNOLOGIES•

Parcours biotechnologie synthétiqueParcours biotechnologie et analyse haut-débit

Parcours biotechnologie pharmaceutique


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Règles générales relatives aux modalités d’évaluation des étudiants

en Licence et en Master

pour l’année universitaire 2018-2019

1. Préambule

Les composantes soumettent à la CFVU chaque année, à une date déterminée, leurs modalités d’évaluation des étudiants y compris pour les enseignements mutualisés.Lorsque sont proposées des dérogations aux règles générales inscrites dans le présent document, elles doivent être motivées. Les composantes transmettent à la Direction des études et de la scolarité leurs modali-tés d’évaluation des étudiants, l’extrait de la délibération de leur conseil, le résultat du vote et la liste d’émar-gement des conseillers. Ces documents font foi des présences et des débats.

2. Règles relatives à la Licence

Des dispositions générales sont applicables au cursus de Licence. Elles sont prévues au point 2.1 ci-après.En outre, pour l’année universitaire 2018-2019, les composantes, en accord avec la Vice-présidence Forma-tion, adoptent l’un des deux systèmes suivants pour l’évaluation des étudiants en Licence :- soit, dans les conditions figurant au point 2.2 ci-après, des modalités d’évaluation continue intégrale.- soit, dans les conditions figurant au point 2.3 ci-après, des modalités de contrôle terminal qui peuvent être combinées avec un contrôle continu ;

2.1. Dispositions générales applicables au cursus de Licence

2.1.1. Inscription administrative

Elle consiste à inscrire un étudiant dans l’une des formations proposées par l’université. Ce processus annuel et obligatoire implique la collecte des données administratives nécessaires concernant l’étudiant, le paiement des droits, la détermination du statut de l’étudiant et de sa situation par rapport à sa couverture sociale. Nul ne peut être autorisé à accéder aux activités d’enseignement et aux examens s’il n’est pas régulièrement inscrit.L’inscription administrative s’effectue conformément au calendrier adopté annuellement par le CA après avis de la CFVU.Tout étudiant peut acquérir les unités d’enseignement constitutives de son cursus, de manière progressive, année après année, quel que soit ce nombre d’années.

2.1.2. Inscription pédagogique

L’inscription pédagogique consiste pour un étudiant à s’inscrire aux différents enseignements de la formation en fonction de la maquette, de ses souhaits et de ses acquis.Elle s’effectue conformément au calendrier adopté annuellement par le CA après avis de la CFVU.Elle est obligatoire. En l’absence d’inscription pédagogique, l’étudiant n’est pas autorisé à se présenter aux épreuves d’évaluation.

2.1.3. AssiduitéUn contrôle de l’assiduité peut être instauré.Les modalités annuelles d’évaluation en définissent les conditions de mise en œuvre, les enseignements concernés et les conséquences pédagogiques d’un défaut d’assiduité.Les étudiants relevant d’un profil spécifique1 attesté peuvent être dispensés d’assiduité. Ils doivent en faire la demande auprès de leur service de scolarité avant la fin du premier mois des enseignements ou dans les quinze jours suivants leur accès à ce profil spécifique.


Master biotechnologies - Règlement

113

2.1.4 Modalités de progression par semestre

La progression de l’étudiant se fait conformément à la maquette de la formation suivie à concurrence de 30 crédits ECTS pour chaque semestre.Pour accéder à l’année supérieure, l’étudiant doit avoir validé les deux semestres de l’année en cours. Toute-fois, un étudiant n’ayant pas validé son année, mais ayant acquis au moins 24 crédits ECTS sur 30 pour chacun des deux semestres est autorisé à s’inscrire en année supérieure. L’acquisition des éléments en dette dans l’année non validée est prioritaire.Par dérogation aux principes énoncés ci-dessus, l’étudiant n’ayant pas validé son année et ayant acquis moins de 24 crédits ECTS par semestre peut être autorisé à suivre par anticipation des éléments pédagogiques de l’année supérieure. Il reste exclusivement inscrit dans l’année non validée, et les éléments pédagogiques sui-vis dans l’année supérieure font l’objet d’un contrat pédagogique signé par le responsable de la formation et par l’étudiant. Dans ce cas, la somme totale en ECTS des UE suivies ne pourra pas, par défaut, excéder 30 ECTS par semestre. Le responsable pédagogique informe le service de la scolarité des contrats établis. Lors de son inscription pédagogique, l’étudiant présente obligatoirement le contrat pédagogique signé.Un étudiant ne peut en aucun cas être inscrit en troisième année de licence s’il n’a pas validé la première année de licence.

2.1.5. Études accomplies à l’étranger

Les études accomplies à l’étranger, selon un contrat pédagogique mis en œuvre dans le cadre d’échanges in-ternationaux conventionnés, sont intégrées au cursus de l’étudiant, au même titre que les études accomplies à l’Université de Strasbourg.Les modalités d’évaluation de l’étudiant en mobilité sont précisées dans son contrat pédagogique, et les notes sont validées par un jury de semestre et/ou d’année de l’Université de Strasbourg.

2.1.6. Validation d’acquis

Les commissions pédagogiques (régies par les articles D613-38 et suivants du Code de l’éducation) sont char-gées de la validation des acquis. Les validations d’acquis prononcées par les commissions pédagogiques se traduisent par des dispenses de diplôme, de semestre(s), d’une ou plusieurs UE ou élément(s) constitutif(s) d’UE.L’étudiant bénéficiant d’une validation d’acquis ne peut plus se présenter aux examens correspondants.Les semestres, les UE ou les éléments constitutifs d’une UE ayant fait l’objet d’une dispense d’études n’entrent pas dans le calcul du résultat du diplôme, du semestre ou de l’UE.

2.1.7. JurysIl est créé des jurys de semestre. Le jury de semestre est souverain pour prononcer la validation ou la non-va-lidation d’un semestre.

1 Pour l’ensemble du document, l’expression « Étudiants à profil spécifique » renvoie à la définition suivante adoptée par le CA du 30 juin 2009. Constituent des profils spécifiques les situations suivantes :– Étudiant salarié à partir de 10 heures de travail par semaine,– Étudiant sportif ou arbitre de haut niveau,– Étudiant en situation de handicap,– Étudiant en situation de longue maladie,– Étudiant artiste confirmé,– Étudiant chargé de famille et étudiante enceinte,– Étudiant engagé en situation de responsabilité dans une association dont l’objet est en lien avec l’université ou étudiant élu des Conseils de l’université ou des Conseils d’UFR ou pouvant attester d’une activité significa-tive dans la vie associative au sein de l’université ou d’une composante,– Étudiant élu au CROUS– Toute autre situation particulière retenue par le directeur de la composante après avis de l’équipe pédago-gique



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Il est créé des jurys d’année. À l’issue de chacune des deux sessions d’examens, le jury d’année se prononce sur la validation par compensation de deux semestres immédiatement consécutifs, tels que définis au point 2.1.8 ci-après.Il est créé des jurys de diplôme. Le jury de diplôme prononce la délivrance du diplôme.

2.1.8. CompensationSous réserve d’autres modalités validées par la CFVU, la compensation s’opère à l’intérieur d’une UE et entre UE d’un même semestre, sans note seuil. Elle s’opère aussi entre les deux semestres d’une même année d’études.Au niveau de l’UE : les notes qui, affectées de leurs coefficients respectifs, entrent dans le calcul de la note d’une UE se compensent entre elles, sans note seuil. Les coefficients des UE sont proportionnels à leur valeur en ECTS. En Licence générale, les coefficients des UE peuvent varier dans un rapport de 1 à 5 ; en licence pro-fessionnelle, les coefficients des UE peuvent varier dans un rapport de 1 à 3. L’UE est validée dès lors qu’un étudiant y obtient une moyenne générale égale ou supérieure à 10/20.Au niveau du semestre : les notes des UE d’un même semestre se compensent entre elles, sans note seuil. Le semestre est validé si la moyenne des UE le composant, affectées de leurs coefficients respectifs, est égale ou supérieure à 10/20.En cas de dispense, l’UE n’est pas prise en compte dans le calcul du semestre.Au niveau des deux semestres d’une même année d’études : la compensation opère entre les moyennes ob-tenues aux deux semestres immédiatement consécutifs d’une même année d’études, c’est-à-dire entre les semestres 1 et 2, ou entre les semestres 3 et 4, ou entre les semestres 5 et 6.Au niveau du diplôme : les semestres de la Licence ne se compensent pas entre eux, à l’exception de deux semestres immédiatement consécutifs dans une même année d’études, c’est-à-dire entre les semestres 1 et 2, ou entre les semestres 3 et 4, ou entre les semestres 5 et 6.Toutefois, lorsqu’un seul semestre n’est pas validé et que la moyenne des six semestres est égale ou supé-rieure à 10/20, le jury de diplôme a la possibilité d’accorder la compensation de ce semestre non validé. L’étu-diant peut déclarer renoncer au bénéfice de cette compensation.

2.1.9. Calcul de la moyenne générale en Licence

La moyenne générale obtenue en Licence est la moyenne des moyennes des six semestres, sans pondération des semestres.En cas de dispense de semestre, la moyenne générale en Licence est la moyenne des moyennes des seuls semestres effectués à l’Université de Strasbourg.Les études accomplies à l’étranger, selon un contrat pédagogique mis en œuvre dans le cadre d’échanges internationaux conventionnés, sont considérées comme des études accomplies à l’Université de Strasbourg.Les modalités d’évaluation de l’étudiant en mobilité sont précisées dans son contrat pédagogique.En cas de réorientation, la moyenne générale obtenue au diplôme est la moyenne des moyennes des seuls semestres effectués dans le diplôme terminal.L’attribution d’une mention (assez bien 12/20 ; bien 14/20 ; très bien 16/20) est calculée sur la moyenne géné-rale obtenue en Licence. Des points de jury peuvent être accordés pour l’attribution d’une mention.

2.1.10. Diplôme intermédiaire de DEUG

La réussite au diplôme intermédiaire de DEUG repose sur la réussite aux quatre premiers semestres de Li-cence. Toutefois, la compensation opère, sans note seuil, entre les semestres 1 et 2 et entre les semestres 3 et 4.La moyenne générale obtenue au DEUG est la moyenne des quatre premiers semestres de Licence, sans pon-dération des semestres.En cas de dispense de semestre, la moyenne obtenue au DEUG est la moyenne des moyennes des seuls se-mestres effectués à l’Université de Strasbourg.

2.1.11. Conservation de notes d’une année à l’autre

Les notes supérieures ou égales à 10/20 obtenues à des épreuves dans des UE non acquises ne sont pas conservées d’une année à l’autre.



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2.1.12. Capitalisation

L’acquisition d’une UE emporte celle des crédits ECTS correspondants.Les éléments constitutifs d’une UE ne sont pas affectés individuellement de crédits ECTS.

Une UE acquise ne peut plus être représentée à un examen, quel que soit le parcours d’études où elle est inscrite.Une UE non acquise appartenant à un semestre validé ne peut pas être représentée à un examen en vue d’améliorer la note de ce semestre. Elle peut toutefois être représentée à un examen si elle est inscrite dans un autre diplôme (mention ou spécialité).En cas de redoublement ou de modification de l’offre de formation, les UE acquises au titre d’une année uni-versitaire antérieure et ne figurant plus au programme du diplôme font l’objet de mesures transitoires. Les mesures transitoires préservent le nombre de crédits ECTS acquis par l’étudiant. La validation d’un semestre emporte l’acquisition des 30 crédits La validation de la Licence emporte l’acqui-sition des 180 crédits du semestre. de la Licence.

2.2. Régime de l’évaluation continue intégrale

2.2.1. Principe général de l’évaluation continue intégrale

L’évaluation continue intégrale consiste en une pluralité d’évaluations diversifiées, réparties régulièrement sur l’ensemble des semaines du semestre et pour l’ensemble des enseignements dont l’objectif est de renfor-cer la dimension formative des évaluations et de conférer aux retours sur les évaluations un rôle important dans la progression des étudiants.Elle doit permettre à l’équipe pédagogique d’attester que l’étudiant maîtrise les connaissances et compé-tences visées dans une UE. Elle n’a pas nécessairement pour objectif d’évaluer tous les contenus pédago-giques d’une UE.Les modalités d’évaluation, adoptées en conseil de composante et soumises à la CFVU, peuvent tenir compte de situations ou de stratégies pédagogiques particulières. Ces dernières feront l’objet d’une instruction par la DES et les vice-présidences Formation et Transformation numérique et innovations pédagogiques et seront, le cas échéant, examinées par la commission de suivi des MECC avant leur présentation à la CFVU

2.2.2. Organisation de l’évaluation continue intégrale

L’organisation temporelle de toutes les évaluations (avec et sans convocation) est établie de façon concertée dans l’équipe pédagogique de la formation. Le responsable du parcours ou de la spécialité concertée, ou le di-recteur des études (ou appellation équivalente) si cette fonction est prévue par la composante porteuse de la formation est le responsable de ce calendrier, il a donc autorité au sein de l’équipe pédagogique pour garantir la meilleure coordination possible entre les évaluations. L’organisation pratique est coordonnée par l’équipe pédagogique et la scolarité de la composante et la DALI.La répartition régulière des évaluations peut être garantie par le recours systématique à des créneaux hebdo-madaires identifiés dans l’emploi du temps.Le planning des évaluations avec convocation (qui doivent être identifiées comme telles dans les modalités d’évaluation de chaque formation de Licence) sera publié au cours des deux premières semaines du semestre. Si des modifications doivent être apportées au planning des évaluations en cours de semestre pour des rai-sons impérieuses, elles devront être communiquées obligatoirement 15 jours avant l’évaluation.Des évaluations peuvent également être réalisées sans convocation dans les créneaux d’enseignement de l’emploi du temps (évaluations en TD et TP, par exemple). Pour ces dernières, des aménagements ou des dé-rogations sont accordés au profit des étudiants à profil spécifique (étudiants salariés, sportifs ou musiciens de haut niveau, en situation de handicap, etc.).



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2.2.3. Nombre d’évaluations par UE

L’élément de base de l’évaluation et de la compensation est l’UE.Le nombre global de notes est à apprécier en fonction du nombre d’ECTS et/ou du nombre d’enseignements qui composent l’UE, ainsi que de la nature et de la durée des épreuves. Aucune note ne peut contribuer pour plus de 50 % de la moyenne de l’UE.Un minimum de trois notes est fortement encouragé pour permettre une véritable progression de l’étudiant et des remédiations entre les évaluations. Ce minimum est exigé pour des UE de plus de 3 ECTS.

2.2.4. Modalités de correction des évaluations et de restitution pédagogique aux étudiants

Chaque épreuve doit être corrigée dans un délai raisonnable, et en tout état de cause avant l’évaluation sui-vante. Elle fait l’objet d’une correction selon des modalités laissées à l’appréciation des enseignants. Le corri-gé renforce la dimension formative de l’UE. En particulier, il est remis en perspective par rapport aux attendus (connaissances et compétences) de l’enseignement.

2.2.5. Absence aux épreuvesLa présence aux épreuves avec et sans convocation est obligatoire, sauf dans les cas d’aménagement d’études.

En cas d’absence à une épreuve avec convocation, l’étudiant est déclaré défaillant, quels que soient les résul-tats obtenus par ailleurs. Il devra donc repasser tous les éléments non validés lors de la session de rattrapage.

Toutefois, une épreuve de remplacement peut être accordée par le Président du jury ou le responsable de la formation, au cas par cas, en particulier dans les circonstances suivantes : convocation à un concours de recrutement de la fonction publique (la convocation doit être déposée au moins trois jours avant les épreuves auprès de leur service de scolarité) ; empêchement subit et grave, indépendant de la volonté de l’étudiant et attesté auprès du service de scolarité par un justificatif original présenté au service de scolarité dans un délai de rigueur de sept jours ouvrés, sauf cas de force majeure. Seul un certificat original est recevable. Un accident, une hospitalisation, le décès d’un proche constituent des cas recevables dans cette circonstance.La présence à ces épreuves est obligatoire, sauf dans les cas de dispense.

En cas d’absence à une épreuve sans convocation, l’étudiant doit impérativement présenter une justification au service de scolarité dans un délai de rigueur de sept jours ouvrés, sauf cas de force majeure. Seul un cer-tificat original est recevable.Sont considérées comme des justifications recevables :- une convocation à un concours de recrutement de la fonction publique ; la convocation doit être déposée au moins trois jours avant les épreuves auprès du service de scolarité.- un empêchement subit et grave, indépendant de la volonté de l’étudiant et attesté auprès du service de sco-larité par un justificatif original dans un délai n’excédant pas sept jours ouvrés après les épreuves concernées. Un accident, une maladie obligeant à un arrêt, une hospitalisation, le décès d’un proche constituent des cas recevables dans cette circonstance.D’autres motifs peuvent être mentionnés dans les modalités d’évaluation adoptées par les composantes. La note est alors neutralisée par le président de jury.En revanche, en cas d’absence injustifiée, l’étudiant est sanctionné par la note zéro à cette épreuve.Une dispense totale ou partielle de présence aux épreuves sans convocation peut être accordée dans les conditions suivantes.- Les étudiants relevant d’un profil spécifique peuvent bénéficier d’une dispense totale de présence aux épreuves sans convocation. Ils doivent en faire la demande auprès de leur service de scolarité avant la fin du premier mois des enseignements ou dans les quinze jours suivants leur accession à ce profil spécifique.- Une dispense partielle de présence aux épreuves sans convocation peut être accordée pour des raisons ju-gées recevables. L’étudiant doit en faire la demande et produire les justificatifs auprès de son service de sco-larité avant l’épreuve ou, en cas d’événement imprévu, au plus tard sept jours après l’épreuve. Une épreuve de remplacement peut lui être proposée par l’enseignant responsable de l’épreuve initiale, qui en définit les modalités ; elles peuvent être différentes de celles de l’épreuve initiale. À défaut, il n’est pas tenu compte de la note manquante.



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2.2.6. Session de rattrapage

Pour les étudiants déclarés défaillants ou ajournés après la tenue du jury, une session de rattrapage est or-ganisée pour chaque semestre. Par définition, dans un régime d’évaluation continue intégrale dont l’objectif est de favoriser la réussite et les apprentissages des étudiants par des épreuves formatives, multiples et di-versifiées, la session de rattrapage est avant tout destinée aux étudiants empêchés de composer au cours du semestre et ne peut pas comporter d’épreuves en nombre identique et de même nature que celles proposées au cours du semestre. Elle comporte une épreuve unique par UE. Les modalités d’organisation de cette session de rattrapage sont proposées par les composantes.Les MECC de toutes les UE détailleront les modalités de la session de rattrapage. Si des reports de notes sont envisagés par la composante, ils devront être explicitement prévus par les MECC.

2.3. Régime de contrôle terminal, combiné ou non avec un contrôle continu

2.3.1. Sessions d’examens

Deux sessions d’examens sont organisées pour chaque semestre durant l’année universitaire. Les modalités d’évaluation des étudiants peuvent être prévues en partie sous la forme d’un contrôle continu. Dans ce cas, il peut constituer intégralement la session principale d’examens et contribuer à la session de rattrapage sous la forme d’un report de notes de TD et/ou de TP.

2.3.2. Absence aux épreuves terminales

En cas d’absence à une épreuve de contrôle terminal, l’étudiant est déclaré défaillant, quels que soient les résultats obtenus par ailleurs. Toutefois, une épreuve de remplacement peut être accordée par le Président du jury, au cas par cas, en particulier dans les circonstances suivantes :- convocation à un concours de recrutement de la fonction publique ; la convocation doit être déposée au moins trois jours avant les épreuves auprès de leur service de scolarité.- empêchement subit et grave, indépendant de la volonté de l’étudiant et attesté auprès du service de scola-rité par un justificatif original présenté au service de scolarité dans un délai de rigueur de sept jours ouvrés, sauf cas de force majeure. Seul un certificat original est recevable. Un accident, une maladie obligeant à un arrêt, une hospitalisation, le décès d’un proche constituent des cas recevables dans cette circonstance.Des dispositions particulières peuvent être appliquées aux étudiants à profil spécifique.

2.3.3. Absence aux épreuves de contrôle continu

La présence aux épreuves de contrôle continu est obligatoire, sauf dans les cas de dispense.En cas d’absence injustifiée à une épreuve de contrôle continu, l’étudiant est sanctionné par un zéro à cette épreuve.Lorsque la session principale ne comporte que des épreuves de contrôle continu et que l’étudiant est absent à toutes ces épreuves, sans justification, il est déclaré défaillant, quels que soient les résultats obtenus par ailleurs.Une dispense totale ou partielle de contrôle continu peut être accordée dans les conditions suivantes.- Les étudiants relevant d’un profil spécifique attesté peuvent bénéficier d’une dispense totale de contrôle continu. Ils doivent en faire la demande auprès de leur service de scolarité avant la fin du premier mois des enseignements ou dans les quinze jours suivants leur accession à ce profil spécifique. Lorsque la session prin-cipale ne comporte que des épreuves de contrôle continu, une épreuve de substitution doit être prévue dans le règlement des examens.- Une dispense partielle de contrôle continu peut être accordée pour des raisons jugées recevables. L’étudiant doit en faire la demande et produire les justificatifs auprès de son service de scolarité avant l’épreuve ou, en cas d’événement imprévu, au plus tard dans un délai de rigueur de sept jours ouvrés, sauf cas de force majeur. Seul un justificatif original est recevable.Une épreuve de remplacement peut lui être proposée. À défaut, il n’est pas tenu compte de la note manquante.



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2.3.4. Report de notes de la session principale à la session de rattrapage

Sous réserve d’autres modalités validées par la CFVU, la session de rattrapage comporte des épreuves termi-nales en même nombre et de même nature que la première.Lorsque les notes obtenues à des épreuves en session principale dans une UE non validée sont supérieures ou égales à 10/20, elles sont reportées pour la session de rattrapage, sans possibilité de renonciation. Les composantes désirant permettre aux étudiants de renoncer aux notes supérieures ou égales à 10/20 dans les épreuves des UE non acquises à la session principale peuvent prévoir une dérogation dûment précisée dans le cadre des modalités annuelles d’évaluation des étudiants.

2.3.5. Organisation des épreuves

Organisation des contrôles continusLorsque l’évaluation comporte un contrôle continu et une épreuve terminale, l’organisation du contrôle conti-nu doit intervenir au moins quinze jours avant la fin du semestre. Ce délai de quinze jours ne s’impose pas à un enseignement évalué uniquement grâce à un contrôle continu, ou aux travaux dirigés ou aux travaux pratiques.Organisation des contrôles terminauxDes épreuves terminales anticipées peuvent être organisées si l’enseignement s’achève avant la fin du se-mestre. 3. Règles relatives au Master

Des dispositions générales sont applicables au cursus de Master. Elles sont prévues au point 3.1 ci-après.En outre, les composantes peuvent adopter l’un des deux systèmes suivants pour l’évaluation des étudiants en Master :– soit, dans les conditions figurant au point 3.2 ci-après, des modalités d’évaluation continue intégrale dans la continuité pédagogique des modalités mises en œuvre en Licence. ;– soit, dans les conditions figurant au point 3.3 ci-après, des modalités de contrôle terminal qui peuvent être combinées avec un contrôle continu.

3.1. Dispositions générales applicables au cursus de Master

L’accès en première année de master est subordonné, le cas échéant, à l’examen des prérequis, des conditions de sélection et des capacités d’accueil déterminées par le conseil d’administration sur proposition de la CFVU. L’admission est prononcée par le président de l’université sur proposition de la commission pédagogique ou du jury compétent.

La validation de la première année de master donne accès de droit à la seconde année de master dans la même mention à l’Université de Strasbourg.

À défaut de cet accès de droit, l’accès en seconde année de master est subordonné, le cas échéant, à l’exa-men des prérequis, et/ou des conditions de sélection et des capacités d’accueil déterminées par le conseil d’administration sur proposition de la CFVU conformément aux articles L612-6-1 et D612-36-4 du code de l’éducation. L’admission est prononcée par le président de l’université sur proposition de la commission péda-gogique ou du jury compétent, sous réserve d’avoir validé les 60 crédits correspondant aux deux semestres de la première année de master. L’étudiant n’ayant pas validé sa première année de master peut exceptionnellement être autorisé à suivre des éléments pédagogiques de la deuxième année. Il reste exclusivement inscrit dans la première année non validée. Les MECC soumises à la CFVU précisent si cette disposition s’applique ou non, et éventuellement iden-tifient les éléments pédagogiques concernés.



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3.1.1. Inscription administrative

Elle consiste à inscrire un étudiant dans l’une des formations proposées par l’université. Ce processus annuel et obligatoire implique la collecte des données administratives nécessaires concernant l’étudiant, le paiement des droits, la détermination du statut de l’étudiant et de sa situation par rapport à sa couverture sociale. Nul ne peut être autorisé à accéder aux activités d’enseignement et aux examens s’il n’est pas régulièrement inscrit.L’inscription administrative s’effectue conformément au calendrier adopté annuellement par le CA après avis de la CFVU. Deux inscriptions administratives sont autorisées en première année de Master.La limitation à deux inscriptions administratives n’est pas opposable aux étudiants qui, ayant obtenu un Mas-ter, souhaitent acquérir des compétences complémentaires dans d’autres Masters habilités.Lorsqu’un étudiant est déclaré ajourné au Master, le jury de Master peut l’autoriser à se réinscrire en deu-xième année de Master.

3.1.2. Inscription pédagogique

L’inscription pédagogique consiste pour un étudiant à s’inscrire aux différents enseignements de la formation en fonction de la maquette, de ses souhaits et de ses acquis.Elle s’effectue conformément au calendrier adopté annuellement par le CA après avis de la CFVU.Elle est obligatoire. En l’absence d’inscription pédagogique, l’étudiant n’est pas autorisé à se présenter aux épreuves d’évaluation.

3.1.3. AssiduitéUn contrôle de l’assiduité peut être instauré.Les modalités annuelles d’évaluation en définissent les conditions de mise en œuvre, les enseignements concernés et les conséquences pédagogiques d’un défaut d’assiduité. 3.1.4. Études accomplies à l’étranger

Les études accomplies à l’étranger, selon un contrat pédagogique mis en œuvre dans le cadre d’échanges in-ternationaux conventionnés, sont intégrées au cursus de l’étudiant, au même titre que les études accomplies à l’Université de Strasbourg.Les modalités d’évaluation de l’étudiant en mobilité sont précisées dans son contrat pédagogique, et les notes sont validées par un jury de semestre et/ou d’année

3.1.5. Validation d’acquis

Les commissions pédagogiques (régies par le décret n° 85-906 du 23 août 1985) sont chargées de la validation des acquis.Les validations d’acquis prononcées par les commissions pédagogiques se traduisent par des dispenses de diplôme, de semestre(s), d’une ou plusieurs UE ou élément(s) constitutif(s) d’UE.L’étudiant bénéficiant d’une validation d’acquis ne peut plus se présenter aux examens correspondants.Les semestres, les UE ou les éléments constitutifs d’une UE ayant fait l’objet d’une dispense d’études n’entrent pas dans le calcul du résultat du diplôme, du semestre ou de l’UE.

3.1.6. Jurys

Il est créé des jurys de semestre. Le jury de semestre est souverain pour prononcer la validation ou la non-va-lidation d’un semestre. Il est créé des jurys de diplôme. Ces jurys sont différents des jurys de semestre. Ils prononcent l’admission au diplôme.Le Président du jury de diplôme de Master est désigné parmi les enseignants-chercheurs habilités à diriger des recherches.



120

3.1.7. Compensation

Compensation au sein de l’UELes notes qui, affectées de leurs coefficients respectifs, entrent dans le calcul de la note d’une UE se com-pensent entre elles, sans note seuil. L’UE est validée dès lors qu’un étudiant obtient une moyenne générale égale ou supérieure à 10/20.Compensation semestrielleLes notes des UE d’un même semestre se compensent entre elles. Les coefficients des UE sont proportionnels à leur valeur en ECTS. Le semestre est validé si la moyenne des UE le composant, affectées de leurs coeffi-cients respectifs, est égale ou supérieure à 10/20. Compensation entre les semestresLes notes des semestres du Master ne se compensent pas entre elles.Toutefois, au sein d’une même année de Master, une compensation des notes des semestres peut être ins-taurée.

3.1.8. Calcul de la moyenne générale en Master

La moyenne générale en Master est la moyenne des moyennes des quatre semestres, sans pondération des semestres.L’attribution d’une mention (assez bien 12/20 ; bien 14/20 ; très bien 16/20) est calculée sur la moyenne géné-rale obtenue en Master. Le jury de Master peut accorder des points de jury pour l’attribution d’une mention.En cas de dispense de semestre(s), la note du Master est la moyenne des moyennes des seuls semestres ef-fectués à l’Université de Strasbourg.En cas de réorientation, la note du diplôme est la moyenne des quatre semestres accomplis par l’étudiant à l’Université de Strasbourg. Les études accomplies à l’étranger, selon un contrat pédagogique réalisé dans le cadre d’échanges internationaux conventionnés, sont considérées comme des études accomplies à l’Univer-sité de Strasbourg.Les modalités d’évaluation de l’étudiant en mobilité sont précisées dans son contrat pédagogique.

3.1.9. Diplôme intermédiaire de MaîtriseLa réussite au diplôme intermédiaire de Maîtrise repose sur la réussite à chacun des deux premiers semestres du Master. Les semestres ne se compensent pas entre eux, sauf application des dispositions prévues au point 3.1.7 ci-dessus.La note de Maîtrise est la moyenne des notes des deux premiers semestres du Master, sans pondération des semestres.

3.1.10. Report de notes de la session principale à la session de rattrapageSous réserve d’autres modalités validées par la CFVU et lorsqu’est organisée une session de rattrapage, elle comporte des épreuves terminales en même nombre et de même nature que la première. Les notes supérieures ou égales à 10/20 des épreuves d’une UE non validée sont reportées de la session prin-cipale à la session de rattrapage, sans possibilité de renonciation.Les composantes désirant permettre aux étudiants de renoncer aux notes supérieures ou égales à 10/20 dans les épreuves des UE non acquises à la session principale peuvent prévoir une dérogation dûment précisée dans le cadre des modalités annuelles d’évaluation des étudiants.

3.1.11. Conservation de notes d’une année à l’autreLes notes des épreuves supérieures ou égales à 10/20 des UE non acquises ne sont pas conservées d’une année à l’autre.

3.2. Régime de l’évaluation continue intégrale

3.2.1. Règles généralesLes dispositions figurant ci-dessus des points 2.2.1 à 2.2.4 sont aussi applicables en Master.



121

3.2.2. Absence aux épreuves

En cas d’absence à une épreuve avec convocation, l’étudiant doit impérativement présenter une justification au service de scolarité dans un délai de rigueur de sept jours ouvrés, sauf cas de force majeure. Seul un cer-tificat original est recevable.À défaut de justification recevable, l’étudiant est déclaré défaillant, quels que soient les résultats obtenus par ailleurs. Sont considérées comme des justifications recevables :- une convocation à un concours de recrutement de la fonction publique ; la convocation doit être déposée au moins trois jours avant les épreuves auprès du service de scolarité.- Un empêchement subit et grave, indépendant de la volonté de l’étudiant et attesté auprès du service de sco-larité par un justificatif original dans un délai n’excédant pas sept jours ouvrés après les épreuves concernées. Un accident, une maladie obligeant à un arrêt, une hospitalisation, le décès d’un proche constituent des cas recevables dans cette circonstance.Des dispositions particulières peuvent être appliquées aux étudiants à profil spécifique.D’autres motifs peuvent être mentionnés dans les modalités d’évaluation adoptées par les composantes.En cas d’absence justifiée à une épreuve avec convocation, une épreuve de substitution est organisée. L’en-seignant responsable de l’examen initial en définit les modalités ; elles peuvent être différentes de celles de l’épreuve initiale.En cas d’absence à une épreuve avec convocation, l’étudiant est déclaré défaillant, quels que soient les résul-tats obtenus par ailleurs.

La présence aux épreuves n’ayant pas donné lieu à convocation est obligatoire, sauf dans les cas de dispense.En cas d’absence à une épreuve sans convocation, l’étudiant doit impérativement présenter une justification au service de scolarité dans un délai de rigueur de sept jours ouvrés, sauf cas de force majeure. Seul un cer-tificat original est recevable.Sont considérées comme des justifications recevables :- une convocation à un concours de recrutement de la fonction publique ; la convocation doit être déposée au moins trois jours avant les épreuves auprès du service de scolarité.- Un empêchement subit et grave, indépendant de la volonté de l’étudiant et attesté auprès du service de sco-larité par un justificatif original dans un délai n’excédant pas sept jours ouvrés après les épreuves concernées. Un accident, une maladie obligeant à un arrêt, une hospitalisation, le décès d’un proche constituent des cas recevables dans cette circonstance.D’autres motifs peuvent être mentionnés dans les modalités d’évaluation adoptées par les composantes. En cas d’absence injustifiée, l’étudiant est sanctionné par la note zéro à cette épreuve.Une dispense totale ou partielle de présence aux épreuves sans convocation peut être accordée dans les conditions suivantes.- Les étudiants relevant d’un profil spécifique peuvent bénéficier d’une dispense totale de présence aux épreuves sans convocation. Ils doivent en faire la demande auprès de leur service de scolarité avant la fin du premier mois des enseignements ou dans les quinze jours suivants leur accession à ce profil spécifique.- Une dispense partielle de présence aux épreuves sans convocation peut être accordée pour des raisons jugées recevables. L’étudiant doit en faire la demande et produire les justificatifs auprès de son ser-vice de scolarité avant l’épreuve ou, en cas d’événement imprévu, au plus tard sept jours après l’épreuve. Une épreuve de remplacement peut lui être proposée par l’enseignant responsable de l’épreuve initiale, qui en définit les modalités ; elles peuvent être différentes de celles de l’épreuve initiale. À défaut, il n’est pas tenu compte de la note manquante.

3.2.3. Cas particulier d’un mémoire de recherche ou d’un rapport de stage

L’évaluation d’un stage de recherche et d’un mémoire de recherche est prévue dans les modalités proposées par le conseil de la composante à laquelle est rattachée la formation et qui sont soumises à la CFVU. Le jury devant lequel ce mémoire est présenté doit comporter au moins un membre habilité à diriger des recherches.L’évaluation d’un stage professionnel et d’un rapport de stage est prévue dans les modalités proposées par le conseil de la composante à laquelle est rattachée la formation et qui sont soumises à la CFVU.



122

3.3. Régime de contrôle terminal, combiné ou non avec un contrôle continu

Une session de rattrapage d’examens peut être organisée. La mention de l’organisation de la session de rat-trapage d’examens figure dans les modalités annuelles d’évaluation des étudiants.Les épreuves écrites terminales sont anonymes.

3.3.1. Organisation des épreuves

Organisation des contrôles continusLorsque l’évaluation comporte un contrôle continu et une épreuve terminale, l’organisation du contrôle conti-nu doit intervenir au moins quinze jours avant la fin du semestre. Ce délai de quinze jours ne s’impose pas à un enseignement évalué uniquement grâce à des contrôles continus, ou aux travaux dirigés ou aux travaux pratiques.Organisation des contrôles terminaux : des épreuves terminales anticipées peuvent être organisées si l’ensei-gnement s’achève avant la fin du semestre.

3.3.2. Absence aux épreuves terminales

En cas d’absence à une épreuve de contrôle terminal, l’étudiant est déclaré défaillant, quels que soient les résultats obtenus par ailleurs. Toutefois, une épreuve de remplacement peut être accordée par le Président du jury, au cas par cas, en particulier dans les circonstances suivantes :- convocation à un concours de recrutement de la fonction publique ; la convocation doit être déposée au moins trois jours avant les épreuves auprès de leur service de scolarité.- Empêchement subit et grave, indépendant de la volonté de l’étudiant et attesté auprès du service de scola-rité par un justificatif original présenté au service de scolarité dans un délai de rigueur de sept jours ouvrés, sauf cas de force majeure. Seul un certificat original est recevable. Un accident, une maladie obligeant à un arrêt, une hospitalisation, le décès d’un proche constituent des cas recevables dans cette circonstance.Des dispositions particulières peuvent être appliquées aux étudiants à profil spécifique.

3.3.3. Absence aux épreuves de contrôle continu

La présence aux épreuves de contrôle continu est obligatoire, sauf dans les cas de dispense.En cas d’absence injustifiée à une épreuve de contrôle continu, l’étudiant est sanctionné par un zéro à cette épreuve.Lorsque la session principale ne comporte que des épreuves de contrôle continu et que l’étudiant est absent à toutes ces épreuves, sans justification, il est déclaré défaillant, quels que soient les résultats obtenus par ailleurs.Une dispense totale ou partielle de contrôle continu peut être accordée dans les conditions suivantes.– Les étudiants relevant d’un profil spécifique attesté peuvent bénéficier d’une dispense totale de contrôle continu. Ils doivent en faire la demande auprès de leur service de scolarité avant la fin du premier mois des enseignements ou dans les quinze jours suivants leur accession à ce profil spécifique. Lorsque la session prin-cipale ne comporte que des épreuves de contrôle continu, une épreuve de substitution doit être prévue dans le règlement des examens.– Une dispense partielle de contrôle continu peut être accordée pour des raisons jugées recevables. L’étudiant doit en faire la demande et produire les justificatifs auprès de son service de scolarité avant l’épreuve ou, en cas d’événement imprévu, au plus tard dans un délai de rigueur de sept jours ouvrés, sauf cas de force majeur. Seul un justificatif original est recevable.Une épreuve de remplacement peut lui être proposée. À défaut, il n’est pas tenu compte de la note manquante.



123


MASTER

PARCOURS ((BIOTECHNOLOGIE SYNTHÉTIQUE)

124


student

ECTS /

Coeff.

12 ECTS

Immunology &

ImmunoTechnology

E.Weiss, C.

Gavériaux30 30 1


Genomics and

Epigenomics

O. Lecompte B.

Chatton18 10 28 1

12 ECTS



Molecular modelling A. Dejaegere 6 16 22 1

Metabolism and

biotechnologies G. Orfanoudakis 20 3 23 1

3 ECTS


Industrial

FinancesC. Gruber 4 8 12 0,5

BioEthics A. Stephan et al. 6 6 /


3 ECTS

TP Btech microbio &

Synthetic MicrobiologyA. Becksei 75 75 2

Synthetic Microbiology A. Becksei 15 15 1

Total 311

UE Practicals I (3 weeks in Basel)

UE Advanced Biotechnology I

UE Engineering Sciences I

UE Humanities, Economy & Social Sciences I

M1S1 Biotechnologie synthétique

MASTER BIOTECHNOLOGIE SYNTHÉTIQUE

CURRICULUM M1 S1


Master Biotech synthétique - Curriculum M1 S1

125


MECC M1 S1


Intitulé Enseignant


Immunology &

ImmunoTechnologyE. Weiss, C. Gavériaux Written exam based on the course content 2H oral/écrit 1h

Oral presentation about a particuliar aspect of

immunology 10 min

Genetic Engineering B. ChattonContrôle sous forme d'exercice, de questions de

cours et/ou d'anlyse de publication1H oral/écrit 1h


scientifique 15 min

Genomics and

EpigenomicsO. Lecompte Ecrit 2h oral/écrit 1h

Experimental design Y. NominéContrôle sous forme d'exercice, de questions de

cours et/ou d'anlyse de publication1H écrit/oral 1h

Statistics N. PaulContrôle sous forme d'exercice, de questions de

cours et/ou d'anlyse de publication1H30 écrit/oral 1h


Written control under the form of exercices,

questions about the coursework, analysis of a

scientific publication

2 H écrit/oral 1h

Written report on the lab practicals or written

control on lab practicals/exercices

Homework

assignment

Examen terminal 1H



Industrial

FinancesC. Gruber

Contrôle sous forme de question de synthèse de

cours1H écrit 1h

BioEthics A. Stephan et al.

Participation to the class discussion during the

entire course will count for the grade given in

3rd year



TP Btech microbio &

Synthetic

Microbiology

A. BeckseiExposé et réponses à questions et/ou Rapport sur

les travaux pratiquesDevoir maison oral/écrit 30 min

Synthetic

MicrobiologyA. Becksei written exam on the course/lab contents 2H oral/écrit 30 min

MECC M1S1 Biotechnologie Synthétique




G. Orfanoudakis Metabolism and

biotechnologiesécrit/oral 1h

UE Practicals I (3 weeks in Basel)


Master Biotech synthétique - MECC M1 S1

126

Objectives in terms of knowledge: • Innate and acquired immune response • Antigen properties • Humoral and cellular immune response • Immune system cells: selection, proliferation controls, functions • Biomolecules of the immune system • Diagnostic and therapy tools• Capital importance in molecular biotechnologyObjectives in terms of skills:• Acquisition of knowledge for the understanding of the immune defense. • Acquiring notions to feel comfortable in all biotechnology subjects that integrate the principles


Objectives in terms of knowledge: • Reminders on transcription and translation• History of Molecular Biology• Restriction enzymes and modifying enzymes• Cloning vectors - Phages lambda and M13 - Prokaryotic and eukaryotic plasmid vectors• Molecular hybridization• Expression librairies-subtractive librairies• PCR and qPCR• Techniques of site-specific mutagenesis.• RNA interference-DNA interference (Talens-CRISPR / Cas9)• New sequencing techniques• Recombinant cloningObjectives in terms of skills:• This course aims to present the different techniques of cloning, manipulation and analysis of



Objectives in terms of knowledge: • Genomic projects in the three domains of life and their applications• Sequencing and assembly of genomes• Genome annotation• Localization of genomic elements (repeats, coding and non-coding genes)• Number of genes, genome size and complexity, diversity of transcripts• Functional annotation (methods and limits)• Integration of omics data: from a list of genes to biological networks• Epigenetic regulation of eukaryotic genome expression• Methods to analyse epigenomes (ChIP-on-chip, ChIP-seq...)Objectives in terms of skills:• Mastery of main resources dedicated to exploration of genomes and epigenomes • Ability to analyse NGS data (quality control, mapping, assembly…)• Mastery of programs and methods commonly used in genome annotation• Ability to analyse and exploit a list of genes • Ability to use different working environments and platforms (Windows/linux, Galaxy, Ensembl,

UCSC…)


Genetic engineering



M1 S1


Master Biotech synthétique - description des cours M1 S1

127

Objectives in terms of knowledge: • to understand the basic principles of an experimental plane• vocabulary of experimental planification• introduction to the design of high-throughput experimentsObjectives in terms of skills:• Appreciate the difficulty to realize reliable high-throughput experiments

Objectives in terms of knowledge: • acquire basic skills in probability, descriptive and inferential statistics• understand the basic principles of an experimental plane, and know how to analyse dataObjectives in terms of skills:• Data visualization and analysis (Python language),• Know how to distinguish between estimation and estimator,• To be able to deal with parametric and non parametric tests,• Appreciate the difficulty to realize high-throughput experiments

Experimental design

Statistics

Molecular modellingObjectives in terms of knowledge: • Basics principles of molecular modelling• Potential energy function of biological macromolecules• Energy minimization and molecular dynamics simulations• 3D modelling of macromolecular structures• Role of dynamics and motion in biological function.• Biotechnological applications of molecular modellingObjectives in terms of skills:Students should gain enough general knowledge in modelling to understand and critically analyze a publication in the field, with relevance to biotech applicationsThey’ll acquire technical knowledge in performing basic modelling taskThe goal is also to further integrate sequence-structure-function relationships of biomolecules with an understanding of bio-engineering applications

Objectives in terms of knowledge: The objective of this course is the understanding of metabolic pathways, their role in cell signaling and applications in the Metabolic Engineering.They are studied the metabolic pathways (glycolysis, gluconeogenesis, tricarboxylic acid cycle, oxidative phosphorylation and fatty acids), their interconnections and regulation.Based on the knowledge already acquired, and on innovative technological aspects, this course aims to provide the necessary tools to conduct a project in the field of biotechnologyObjectives in terms of skills:• Acquisition of basic scientific knowledge and intellectual and conceptual tools• Enable everyone to reach the capacity to handle a project in the field of biotechnology, from the



Industrial financesObjectifs en termes de connaissances (contenu du cours): • Principes fondamentaux de la comptabilité financière (financial accounting) • Présentation du processus d’élaboration et de diffusion de l’information financière obligatoire.• Etude de la traduction comptable des principales opérations courantes pour permettre la

construction des états financiers.• Etude des deux principales applications : la comptabilité de gestion (calcul de coûts) et

l’analyse financière



128

Objectives in terms of knowledge (course content): The bioethical thinking is often difficult to assert, but the idea of an ethics for engineers is even more recent. The engineering profession in biotechnology or chemistry-biotechnology mixes two levels of thinking, the professional ethics of engineers and bioethics. Based on current topics, legislative documents on biotechnology, documents on engineering ethics and topics proposed by students, the course will develop a reflection on the professional ethics of engineers, and the impact of biotechnology on society.At the end of this course, students must be able to develop a critical questioning about their own role in the technologic world and the life scientific knowledge.Objectives in terms of skills :• The objective of this course is to make students aware of the need to develop a fair and


Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours): • Module 1 : introduction à la Qualité• Module 2 : approche processus• Module 3 : les risques• Module 4 : le zéro défaut• Module 5 : les outils de la Qualité• Module 6 : la documentation• Module 7 : les référentiels Qualité• Module 8 : la gestion des équipesObjectifs en termes de compétences:• La formation dispensée a pour objet de fournir une première approche des concepts, méthodes

et outils relatifs au Système de Management de la Qualité

BioEthic and professionnal Ethic

Quality

Synthetic microbiology practicals Objectives in terms of knowledge (course content): • Production of glycerine with yeast through metabolite capture; optical enzymatic determina-



Objectives in terms of knowledge (course content): En master, les cours de langues obligatoires visent l’acquisition du niveau B2 - C1 du CECRL (Cadre Européen Commun de Référence pour les Langues).Le niveau B2 correspond à un niveau intermédiaire tel que démontré par un utilisateur indépen-dant de la langue en question.

English

Objectifs en termes de compétences:• Comprendre la logique de la comptabilité financière et les enjeux de la politique comptable.• Être capable de lire les principaux documents comptables et financiers et de comprendre leur


une entreprise



129

Le niveau C1 est intitulé niveau autonome. Ce niveau reprend les capacités qui caractérisent le niveau B2 précédent, avec plus d’aisance et de spontanéité.L’utilisateur de niveau B2 peut :Comprendre le contenu essentiel de sujets concrets ou abstraits dans un (con)texte complexe, y compris une discussion technique dans sa spécialité.Communiquer avec un degré de spontanéité et d’aisance tel qu’une conversation avec un locuteurnatif ne comportant de tension ni pour l’un ni pour l’autreS’exprimer de façon claire et détaillée sur une grande gamme de sujets, émettre un avis sur un sujet d’actualité et exposer les avantages et les inconvénients de différentes possibilités.L’utilisateur de niveau C1 peut :Comprendre une grande gamme de textes longs et exigeants, ainsi que saisir des significations implicites.S’exprimer spontanément et couramment sans trop devoir chercher ses mots.Utiliser la langue de façon efficace et souple dans sa vie sociale, professionnelle ou académique.S’exprimer sur des sujets complexes de façon claire et bien structurée et manifester son contrôle des outils d’organisation, d’articulation et de cohésion du discours.L’accent est tout particulièrement mis sur la langue et la communication de spécialité. L’apprentissage cible la pratique de l’anglais scientifique écrit et oral et débouche sur une présen-tation devant u n public s’appuyant sur une recherche approfondie liée à une problématique du domaine de spécialité.L’objectif est d’apprendre à communiquer avec des professionnels sur l’avancée des connaissances, sur des recherches réalisées en milieu professionnel ou sur des projets à mener.

Objectives in terms of skills:• Acquérir le lexique spécifique au domaine• Améliorer la maîtrise du système phonologique (prononciation, intonation, accentuation)• Atteindre un niveau élevé de correction grammaticale• Comprendre des articles ou des conférences scientifiques• Présenter oralement des projets de recherche avec aisance, clarté et précision• Rédiger des textes clairs et structurés sur des sujets complexes du domaine de spécialité

(synthèses, abstracts)



130


CURRICULUM M1 S2


student

ECTS /

Coeff.12 ECTS

From experimental design

to data analysisY. Nominé 8 12 20 1

Data Processing (B. Kieffer) 6 12 12 30 1

Initiation à la recherche 30 30 1

Cellular Biology2 &

microscopy

J de Mey & D.

Dujardin8 14 22 1



For French-German master TP Protein Purification A. Stephan 8 62 70 2

TP Cellular CultureD. Dujardin, F.

Deryckere8 70 78 2

and choose one item out of the 3 belowCellular Biology2 &

microscopy

J de Mey, D.

Dujardin8 14 22 1



From Experimental design

to data analysisY. Nominé 8 12 20 1

3 ECTSEnglish R. Piotto 16 16 1

BioEthics A. Stephan 8 9 17 1

Labor law F. Laronze 12 12 0,5

6 ECTSFor French master

TP Protein Purification A. Stephan 4 31 35 1


Deryckere35 35 1

TP microbiology 35 35 1

TP Genetic engineering AP Sibler 35 35 1

For French-German master TP Plant Biology T. Laux 140 140 2

Plant Molecular Biology T. Laux 24 24 1

9 ECTSFor French master

Projet in Synthetic

BiologyStrasbourg 80 80 2

For French-German master Choose One Item Projet in Synthetic

Biology

W. Weber A.

Becksei 80 80 2

Project in Bioproduction C. Zell Offenburg 80 80 2

Projet Hight throughput

plant biotechnologyT. Laux 80 80 2

367459

M1S2 Biotechnologie synthétique

UE Practicals II

UE Specialized Project I (3 weeks)

Total French master Total French German master

UE Advanced Biotechnology II

choose one item of the two below

UE Humanities, Economy & Social Sciences II


Master Biotech synthétique - Curriculum M1 S2

131


MECC M1 S2



For French master From experimental

design to data

analysis

Y. NominéContrôle sous forme d'exercice, de questions de

cours et/ou d'analyse de publication1H écrit/oral 1h

Data Processing (B. Kieffer) Evaluations continues ( 1 à 3 sur le semestre) 1H rapport

Evaluation terminale (exercices) 2H

Initiation à la

rechercheRapport écrit 30 écrit/oral 1h

Written progress report compiled by students Progress report

Individual performance during the lecture7

minutes/student

Oral group presentation at the end of the project 1h seminar

Biotechnology &

Health : neurobiologyC. Gavériaux Ecrit épreuve finale 2 h oral/écrit 1h


BioEthics A. Stephan Oral presentation / written report on the chosen

subjectRapport

Labor law F. Laronze Contrôle des connaissances - Droit du travail 1h écrit 1h

For French master TP Protein

PurificationA. Stephan Rapport sur les travaux pratiques Devoir maison oral/écrit 1h


DeryckereRapport sur les travaux pratiques Devoir maison oral/écrit 1h

TP microbiology Rapport sur les travaux pratiques Devoir maison oral/écrit 1h

TP Genetic

engineering AP Sibler Rédaction d'un cahier de laboratoire oral/écrit 1h

For French master Projet in Synthetic

BiologyStrasbourg

Oral presentation and/or written evaluation of

the lab work15 min oral/rapport


MECC M1S2 Biotechnologie SynthétiqueSession initiale Session rattrapage

Cellular Biology2 &

microscopy

J de Mey & D.

Dujardin


Choose one item out of the 2 below


UE Practicals II

oral/écrit 1h



132


CURRICULUM M1 S2

Objectives in terms of knowledge (course content): Mathematics for experimental design and data analysis• matrix: definition and elementary matrix calculation,• eigenvalues and eigenvectors,• diagonalization,• solving an under-parametrized systemHow to build the most efficient experimental plan• the role of experimental uncertainties in a plane• modelization and plane• criteria of the most efficient planes• simple and multiple linear regressions• model validation• confidence and prediction intervalsObjectives in terms of skills:Understand how matrix can help to build efficient experimental planes,• Basic principle of analyse data• How to modelize a plane

Objectives in terms of knowledge (course content): • Acquisition of knowledge on principal cellular processes (cell division, migration, differentia-

tion) required for the use of mammalian cells as tools for therapeutic targets identification and validation.

• Acquisition of knowledge on Biotech Companies using the knowledge on these cellular pro-cesses for developing applications in the field of innovative therapies (e.g. cancer, Alzheimer, stem cells in regenerative medicine).

• Examples of approaches that will be encountered and analyzed:• Cell and transgenic animal models• Genetic engineering• Cell imaging technologies (link with lectures and demos by Denis Dujardin)• Drug characterization using cellular assays• High throughput screening: pharmacological, cellular• High content screening: cellular

Objectives in terms of knowledge (course content): Nature of digital informationSecurity of computer dataComponents of a computer systemNetworks and communicationIntroduction to computer programming with PYTHONObjectives in terms of skills:• Establish a data security policy• Establish a specification adapted to a computer system• Searching for data on the Internet• Formatting data using simple PYTHON scripts• Data analysis and information extraction


Cellular Biology2 & microscopy

Data processing



133

Objectives in terms of knowledge (course content): • Molecular and cellular bases of neurobiology. • Neurotransmission, receptors • Functional anatomy of the nervous system• Bases of pharmacology: ligand, agonist, antagonist• Neurobiology of memory• Cerebral ageing and Alzheimer’s disease• Perception and control of pain• Neurobiology and BiotechnologiesObjectives in terms of skills:• Acquire the basics of neurobiology in order to be able to understand the scientific context

of studies or publications in neurobiology and more generally in the biomedical field, in particular in preclinical research

Biotechnology and health : Neurobiology

Objectives in terms of skills:• Use reviews, research articles, patents and other sources at increasingly professional level• Perfect fluency with and practice scientific English• Practice resource management and analysis at a professional level: Pubmed, Google Scholar,

Endnote/Zotero, patent buddy.• Develop professional communication and reporting skills by team work in bi-lingual groups• Progressively apprehend and master the challenges provided by complexity and

interdisciplinarity

Objectives in terms of knowledge: The bioethical thinking is often difficult to assert, but the idea of an ethics for engineers is even more recent. The engineering profession in biotechnology or chemistry-biotechnology mixes two levels of thinking, the professional ethics of engineers and bioethics. Based on current topics, legislative documents on biotechnology, documents on engineering ethics and topics proposed by students, the course will develop a reflection on the professional ethics of engineers, and the impact of biotechnology on society.At the end of this course, students must be able to develop a critical questioning about their own role in the technologic world and the life scientific knowledge.Objectives in terms of skills :• The objective of this course is to make students aware of the need to develop a fair and



Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours):Introduction au Droit• Normes internationales• Normes françaises• Hiérarchie des normesIntroduction au Droit du Travail• Normes spécifiques• Hiérarchie des normes : ordre public social/absolu• Focus : Convention collective de la chimie et règlement intérieurPrincipales notions en :• Durée du travail• Contrat à durée déterminée/indéterminée• Salaire• Temps complet/Temps partiel• Congés payés

Labor law



134











Objectives in terms of skills:• Acquisition of good working practices with live cells• Understand and master the techniques developed during the course• To be able to interpret experimental results• Know how to report the results• Have a critical analysis of the results and be able to propose experimental evolutions


Objectifs en termes de compétences:• Prendre contact avec une matière nouvelle sans lien avec le domaine d’étude• Comprendre les principes du droit• Connaître les principales notions de droit du travail• Reconnaître les « alarmes » qui nécessitent un questionnement approfondi• Savoir résoudre un cas pratique

Microbiology practicals

Objectives in terms of knowledge (course content): • Basic methods in microbiology• Enrichment of airborne germs• Direct isolation of aerobe endospores (Bacillus megaterium), methods to determine the Gram

behavior• Enrichment and isolation of saccharolytic Chlostridia• Production and analysis of antibiotics• Microbial reduction of hydrocarbons; cleaning up of environmental oil spills• Biotransformation(biotechnologic production of aspartate)



135

Objectives in terms of knowledge (course content): The module will give a comprehensive overview of synthetic biology and mammalian cell techno-logy covering the following areas:• Handling, cultivating and propagating animal and human cell lines• DNA transfer using non-viral and viral vectors in the lab and in gene therapy• (Inducible) gene expression systems• Reporter genes and analytical (immunological) methods• Design and implémentation of synthetic biological networks• Scale-up: from bench to bioreactor• Antibodies: from bench to bedside• Problem-oriented learning : From Bench to BusinessObjectives in terms of skills:• To understand and apply the concepts of synthetic biology and to acquire comprehensive

knowledge and practical experience along the mammalian cell technology value creation chain

Synthetic Biology and Cell Technology project

Objectives in terms of knowledge (course content): Different cloning methods :• cloning of a restriction fragment• cloning of a PCR fragment• cloning of a Tag• Golden Gate CloningRNA interference : ARN extraction, reverse transcription and Real Time PCRCRISPRcas9 technology : detection of mutationsObjectives in terms of skills:• Acquire the principle of the protocols used in genetic engineering• Acquire a good practice in genetic engineering• Be able to analyse and discuss experimental results• Writting of a lab book

High Throughput Biotech Project Objectives in terms of knowledge (course content): • Practical experience in automation using a professional Beckman robot • Automatic pipetting techniques• Programming in Biomeck software languageObjectives in terms of skills:• Team work• Managing a small project autonomously using multidisciplinary approaches• Development of a synthetic document (definition of the scientific context, objectives,


Genetic engineering practicals

Objectives in terms of skills:• Students will be able to identify and characterize common bacterial and yeast species.

Basic molecular mechanisms specific to bacteria will be learned, as well. Introduction to microbiological biotechnology will enable the students to design schemes for biotechnologic production of amino acids and antibiotics and to design environmental biotechnologic interventions.regulatory networks for specific behaviors



136

Plant Biology practical





137


CURRICULUM M2 S3


student

ECTS /

Coeff.

9 ECTS

Introduction to system


Current topics in synthetic

biology

M. Madek,

J. Haiech7 9 8 24 1

Advanced electronics C. Ling 12 12 1

6 ECTS


High Throughput Approaches C. Gavériaux 26 10 36 1

Human Genetics B. Chatton 24 0 24 1



3 ECTS

Intellectual PropertyC.Ritzenthaler, L.

Marino16 16 /


12 ECTS


Biotechnology

W. Weber

Freiburg75 75 3

UE Specialized projects II (5 weeks)

UE Humanities, Economy & Social Sciences III

UE Specialized synthetic biotech I

UE Specialized synthetic biotech II Choose Two Items

M2S3 Biotechnologie Synthétique


Master Biotech synthétique - curriculum M2 S3

138


MECC M2 S3



Contrôle écrit sur les

connaissances de cours et leurs

applications

1h30

Rapport écrit ou travail

personnel ou évaluation en cours

de séances sur les travaux

dirigés

2H ou travail maison

Current topics

in synthetic

biology

M. Madek,

J.Haiech

exam ecrit et/ou exercices sur

les notions de cours2H écrit/oral 1h

Advanced

electronicsC. Ling

Evaluation sous forme de

questions de cours et

d'exercices d'application des

connaissances.

1H écrit/oral 1h

Data treatment

and analysisB. Kieffer

Evaluation d'un rapport ou

analyse de documents (épreuve

surveillée)

2h écrit/oral 1h

Ecrit final 2 h

Oral projet 30 min

Human

GeneticsB. Chatton

Contrôle terminal sous forme

d'exercice, de questions de

cours et/ou d'anlyse de

publication

2H écrit/oral 1h

Ecrit 1h30

Ecrit 1h30

Intellectual

PropertyC.Ritzenthaler Acquis, Feuille d'émargement

Professional

IntegrationE. Weiss Acquis

Project in

Synthetic

Biotechnology

Oral presentation and/or written

evaluation of the lab work15 min

MECC M2S3 Biotechnologie Synthétique


High

Throughput

Approaches

C. Gavériaux écrit/oral

UE Specialized synthetic biotech I

Introduction to

system biologyA. Dejaegere écrit/oral 1h

1h

Comparative

and medical

genomics

O. Lecompte écrit/oral 1h

UE Specialized synthetic biotech II Choose Two Items





139

Objectives in terms of knowledge (course content): This teaching is intended to raise the student’s awareness of the problems associated with the automatic processing of very large quantities of data in different fields of human activity (eco-nomics, communication, biology ...). The objective is to show that the implementation of a high-throughput experimental strategy is closely linked to the use of adapted IT tools. The teaching is mainly based on case studies, following presentations by different actors and professionals dealing with the issue of «big data». Objectives in terms of skills:• Assess hardware and software needs in a project• Finding skills in the field of data processing• Draft specifications for an IT service company• Monitor the evolution of this sector of activity



M2 S3


mobility• Characterization of proteins, post-translational modifications

Objectives in terms of knowledge (course content): • Description, topology and general properties of cellular networks. Examples of cellular

networks.• Network motifs : autoregulation, feed-forward loop. ... Examples of networks motifs and of

their cellular function. Robustness of biological circuits.• Dynamics of simple regulatory networks (bistability, oscillations). Stochasticity and noise in

biological networksObjectives in terms of skills:• The objective of this course is make connections between high-throughput experimental

analysis of biological systems, and the integration of the these data in• The course presents the basic knowledge that allows to understand the emergence of complex

cellular behaviour.

Objectives in terms of knowledge (course content): • The course presents an introduction to topics of current interest in synthetic biology through

various research seminars.• The detailed contents depend on recent literature, on the background of invited speakers and

on current research projects of interest in IREBS, ICube and partner labs.• Typically, the course will cover some aspects of metabolic reprogramming, simulation tools,

biosensors, microfluidics, protocells Objectives in terms of skills:• Students should develop an understanding of contemporary challenges in synthetic biology

and of their industrial applications.• Students should understand which tool and concepts from the engineering field are adapted

to synthetic biology and understand the pluridisciplinary nature of the field.• Students should be able to design synthetic biological circuits and treat the relevant biological

information.



Current topics in Synthetic Biology



140

• Identification of proteins involved in pathologies• High-throughput screenings strategies (molecular and cellularObjectives in terms of skills:• Mastering the strategies and techniques of high throughput analyses including the analyses




tions• Introduction to genetic markers• Genetic mapping• Identification of the genes responsible for diseases• Multi-factorial diseases - Genetic tests• Animal models of human pathologies• Examples of molecular pathologies• Gene Therapy and Cancer Therapy• Genetic fingerprints, molecular anthropology• Molecular embryology• Pre-implantation diagnosis, embryo cloning, Stem cells, bioethicsObjectives in terms of skills:• Students must acquire a global and reasoned vision of the contributions of molecular genetics

to the understanding of the pathology of patients with both hereditary and acquired genetic diseases ( and cancers). In each case, the basic concepts will be recalled and illustrated by guest speakers

Comparative and medical genomics Objectives in terms of knowledge (course content): • Basic concepts and methodologies used in comparative genomics (orthology, paralogy, syn-




Intellectual propertyObjectives in terms of knowledge (course content): Cours de sensibilisation à des non juristes• Introduction de la propriété intellectuelle : intérêts et différents types (L. Marino)• Droit du brevet : généralités, brevets biotechnologiques, obtention de plantes (L. Marino)• Création du salarié (L. Marino)• Les marques, le monde du libre et internet (C. Ritzenthaler)Objectives in terms of skills:• Donner un aperçu et une initiation



141



Objectives in terms of knowledge (course content): • The objective is to acquire theoretical and practical knowledge to realize synthetic biology

projects. This relates to both, project management skills as well as practical skills in the lab.• The detailed objectives will be :• Structuring the different steps in a project• Planing the resources for the different steps• Implementing the project involving molecular and cell biology technologies• Evaluating its outcomeObjectives in terms of skills:• Project management• Key techniques in molecular and cell biology to implement synthetic biological systems


Synthetic Biology and Cell Technology Project


CURRICULUM M2 S4


student

ECTS /

Coeff.

30 ECTS

Internship 4 - 6 months

UE IN : Interships III

M2S4 Biotechnologie Synthétique


Master Biotech synthétique - description des cours M2S3 / curriculum M2 S4

142


143

MASTER

PARCOURS ((BIOTECHNOLOGIE ET ANALYSE HAUT DEBIT)


144

MASTER BIOTECHNOLOGIE ET ANALYSE HAUT DÉBIT

CURRICULUM M1 S1

COURSE TEACHERS CM (H) TD (H) TP (H)

Total

hrs

student

ECTS

/Coeff.

12 ECTS

Immunology &

ImmunoTechnology

E.Weiss, C.

Gavériaux30 30 1


Genomics and EpigenomicsO. Lecompte B.

Chatton18 10 28 1

12 ECTS



Molecular modelling A. Dejaegere 6 16 22 1

Metabolism and biotechnologies G. Orfanoudakis 20 3 23 1

3 ECTS


Industrial Finances C. Gruber 4 8 12 0,5

BioEthics A. Stephan et al. 6 6 /


223Total




M1S1 Biotechnologie et analyse haut - débit


Master Biotech haut - débit - curriculum M1 S1

145


MECC M1 S1



Immunology &

ImmunoTechnology

E. Weiss, C.

GavériauxWritten exam based on the course content 2H oral/écrit 1h

Oral presentation about a particuliar

aspect of immunology 10 min

Genetic Engineering B. Chatton

Contrôle sous forme d'exercice, de

questions de cours et/ou d'anlyse de

publication

1H oral/écrit 1h


scientifique 15 min

Genomics and

EpigenomicsO. Lecompte Ecrit 2h oral/écrit 1h

Experimental design Y. Nominé



publication

1H écrit/oral 1h

Statistics N. Paul



publication

1H30 écrit/oral 1h


Written control under the form of

exercices, questions about the

coursework, analysis of a scientific

publication

2 H écrit/oral 1h

Written report on the lab practicals or

written control on lab practicals/exercices

Homework

assignment

Examen terminal 1H



Industrial

FinancesC. Gruber

Contrôle sous forme de question de

synthèse de cours1H écrit 1h


Participation to the class discussion during

the entire course will count for the grade

given in 3rd year



1h


MECC M1S1 Biotechnologie et analyse haut - débit




Metabolism and

biotechnologies G. Orfanoudakis écrit/oral


Master Biotech haut - débit - MECC M1 S1

146

Objectives in terms of knowledge: • Innate and acquired immune response • Antigen properties • Humoral and cellular immune response • Immune system cells: selection, proliferation controls, functions • Biomolecules of the immune system • Diagnostic and therapy tools• Capital importance in molecular biotechnologyObjectives in terms of skills:• Acquisition of knowledge for the understanding of the immune defense. • Acquiring notions to feel comfortable in all biotechnology subjects that integrate the principles and tools of the immune response. • Awareness of the importance of immunology in red and green biotechnology

Objectives in terms of knowledge: • Reminders on transcription and translation• History of Molecular Biology• Restriction enzymes and modifying enzymes• Cloning vectors - Phages lambda and M13 - Prokaryotic and eukaryotic plasmid vectors• Molecular hybridization• Expression librairies-subtractive librairies• PCR and qPCR• Techniques of site-specific mutagenesis.• RNA interference-DNA interference (Talens-CRISPR / Cas9)• New sequencing techniques• Recombinant cloningObjectives in terms of skills:• This course aims to present the different techniques of cloning, manipulation and analysis of nucleic acid sequences. All of these topics will be treated in an integrated manner to enable students to become familiar with many cloning strategies, and directed mutagenesis• Strategies for cloning and modifying DNA sequences - Using different cloning and sequence analysis software

Objectives in terms of knowledge: • Genomic projects in the three domains of life and their applications• Sequencing and assembly of genomes• Genome annotation• Localization of genomic elements (repeats, coding and non-coding genes)• Number of genes, genome size and complexity, diversity of transcripts• Functional annotation (methods and limits)• Integration of omics data: from a list of genes to biological networks• Epigenetic regulation of eukaryotic genome expression• Methods to analyse epigenomes (ChIP-on-chip, ChIP-seq...)Objectives in terms of skills:• Mastery of main resources dedicated to exploration of genomes and epigenomes • Ability to analyse NGS data (quality control, mapping, assembly…)• Mastery of programs and methods commonly used in genome annotation• Ability to analyse and exploit a list of genes • Ability to use different working environments and platforms (Windows/linux, Galaxy, Ensembl, UCSC…)


Genetic engineering



M1 S1


Master Biotech haut - débit - description cours M1 S1

147

Objectives in terms of knowledge: • to understand the basic principles of an experimental plane• vocabulary of experimental planification• introduction to the design of high-throughput experimentsObjectives in terms of skills:• Appreciate the difficulty to realize reliable high-throughput experiments

Objectives in terms of knowledge: • acquire basic skills in probability, descriptive and inferential statisticsObjectives in terms of skills:• Data visualization and analysis (Python language),• Know how to distinguish between estimation and estimator,• To be able to deal with parametric and non parametric tests,

Experimental design

Statistics

Molecular modellingObjectives in terms of knowledge: • Basics principles of molecular modelling• Potential energy function of biological macromolecules• Energy minimization and molecular dynamics simulations• 3D modelling of macromolecular structures• Role of dynamics and motion in biological function.• Biotechnological applications of molecular modellingObjectives in terms of skills:• Students should gain enough general knowledge in modelling to understand and critically



Objectives in terms of knowledge: • The objective of this course is the understanding of metabolic pathways, their role in cell


oxidative phosphorylation and fatty acids), their interconnections and regulation.• Based on the knowledge already acquired, and on innovative technological aspects, thiscourse




EnglishObjectives in terms of knowledge (course content): En master, les cours de langues obligatoires visent l’acquisition du niveau B2 - C1 du CECRL (Cadre Européen Commun de Référence pour les Langues).Le niveau B2 correspond à un niveau intermédiaire tel que démontré par un utilisateur indépendant de la langue en question.Le niveau C1 est intitulé niveau autonome. Ce niveau reprend les capacités qui caractérisent le ni-veau B2 précédent, avec plus d’aisance et de spontanéité.



148

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours) :• Principes fondamentaux de la comptabilité financière (financial accounting) • Présentation du processus d’élaboration et de diffusion de l’information financière obligatoire.• Etude de la traduction comptable des principales opérations courantes pour permettre la


financièreObjectifs en termes de compétences:• Comprendre la logique de la comptabilité financière et les enjeux de la politique comptable.• Être capable de lire les principaux documents comptables et financiers et de comprendre leur


une entreprise

Objectives in terms of knowledge: The bioethical thinking is often difficult to assert, but the idea of an ethics for engineers is even more recent. The engineering profession in biotechnology or chemistry-biotechnology mixes two levels of thinking, the professional ethics of engineers and bioethics. Based on current topics, legislative documents on biotechnology, documents on engineering ethics and topics proposed by students, the course will develop a reflection on the professional ethics of engineers, and the impact of biotechnology on society.At the end of this course, students must be able to develop a critical questioning about their own role in the technologic world and the life scientific knowledge.Objectives in terms of skills :• The objective of this course is to make students aware of the need to develop a fair and responsible reflection on the social issues related to their future professional practice.

Industrial finances


L’utilisateur de niveau B2 peut :Comprendre le contenu essentiel de sujets concrets ou abstraits dans un (con)texte complexe, y compris une discussion technique dans sa spécialité.Communiquer avec un degré de spontanéité et d’aisance tel qu’une conversation avec un locuteurnatif ne comportant de tension ni pour l’un ni pour l’autreS’exprimer de façon claire et détaillée sur une grande gamme de sujets, émettre un avis sur un sujet d’actualité et exposer les avantages et les inconvénients de différentes possibilités.L’utilisateur de niveau C1 peut :Comprendre une grande gamme de textes longs et exigeants, ainsi que saisir des significations implicites.S’exprimer spontanément et couramment sans trop devoir chercher ses mots.Utiliser la langue de façon efficace et souple dans sa vie sociale, professionnelle ou académique.S’exprimer sur des sujets complexes de façon claire et bien structurée et manifester son contrôle des outils d’organisation, d’articulation et de cohésion du discours.L’accent est tout particulièrement mis sur la langue et la communication de spécialité. L’apprentissage cible la pratique de l’anglais scientifique écrit et oral et débouche sur une présen-tation devant u n public s’appuyant sur une recherche approfondie liée à une problématique du domaine de spécialité.L’objectif est d’apprendre à communiquer avec des professionnels sur l’avancée des connaissances, sur des recherches réalisées en milieu professionnel ou sur des projets à mener.Objectives in terms of skills:• Acquérir le lexique spécifique au domaine• Améliorer la maîtrise du système phonologique (prononciation, intonation, accentuation)• Atteindre un niveau élevé de correction grammaticale• Comprendre des articles ou des conférences scientifiques• Présenter oralement des projets de recherche avec aisance, clarté et précision• Rédiger des textes clairs et structurés sur des sujets complexes du domaine de spécialité

(synthèses, abstracts)



149

QualityObjectives in terms of knowledge (course content): • Module 1 : introduction à la Qualité• Module 2 : approche processus• Module 3 : les risques• Module 4 : le zéro défaut• Module 5 : les outils de la Qualité• Module 6 : la documentation• Module 7 : les référentiels Qualité• Module 8 : la gestion des équipesObjectives in terms of skills :• La formation dispensée a pour objet de fournir une première approche des concepts, méthodes et outils relatifs au Système de Management de la Qualité



150

MASTER BIOTECHNOLOGIE ET ANALYSE HAUT - DÉBIT

Curriculum M1 S2


student

ECTS /

Coeff.

12 ECTS

For French master

From experimental design to

data analysisY. Nominé 10 10 20 1


Initiation à la recherche (B. Kieffer) 105 105 1


Cellular Biology2 &

microscopy

J de Mey & D.

Dujardin8 14 4 30 1



For French - German master


TP Cellular CultureD. Dujardin F.

Deryckere8 70 78 2


Cellular Biology2 &

microscopy

J de Mey & D.

Dujardin8 14 22 1



From Experimental design to


3 ECTS




6 ECTS

For French master



Deryckere35 35 1


TP genetic engineering AP Sibler 35 35 1

For French - German master 7 weeks in Freiburg

TP Plant Biology T. Laux 140 140 2


9 ECTS

Projet in High throughput

biotechStrasbourg 80 80 2




UE Practicals II




151


MECC M1 S2



For French master From experimental

design to data

analysis

Y. Nominé


questions de cours et/ou d'analyse de

publication

2H écrit/oral 1h

Evaluations continues ( 1 à 3 sur le

semestre) 1H

Evaluation terminale (exercices) 2H

Initiation à la

recherche (B. Kieffer) Rapport écrit 30 écrit/oral 1h

Written progress report compiled by

students during the project Progress report

Individual performance during the lecture 7 minutes/student

Oral group presentation at the end of the

project1h seminar

Biotechnology &

Health : neurobiologyC. Gavériaux Ecrit épreuve finale 2 h oral/écrit 1h


BioEthics A. Stephan Oral presentation / written report on the

chosen subjectRapport

Labor law F. LaronzeContrôle des connaissances - Droit du

travail1h écrit 1h

For French master

TP Protein

PurificationA. Stephan Rapport sur les travaux pratiques Devoir maison oral/écrit 1h



TP microbiology Rapport sur les travaux pratiques Devoir maison oral/écrit 1h

TP Genetic

engineering AP Sibler Rédaction d'un cahier de laboratoire oral/écrit 1h

TP Plant Biology T. Laux Plant Molecular

BiologyT. Laux

Projet in High

throughput biotechStrasbourg

Oral presentation and/or written

evaluation of the lab work15 min oral/rapport

(B. Kieffer) rapport





Choose one item out of the 2 below

Cellular Biology2 &

microscopy

J de Mey & D.

Dujardinoral/écrit 1h


UE Practicals II


Data Processing



152


Curriculum M1 S2

Objectives in terms of knowledge (course content): Mathematics for experimental design and data analysis• matrix: definition and elementary matrix calculation,• eigenvalues and eigenvectors,• diagonalization,• solving an under-parametrized systemHow to build the most efficient experimental plan• the role of experimental uncertainties in a plane• modelization and plane• criteria of the most efficient planes• simple and multiple linear regressions• model validation• confidence and prediction intervalsObjectives in terms of skills:Understand how matrix can help to build efficient experimental planes• Basic principle of analyse data• How to modelize a plane

Objectives in terms of knowledge (course content): Acquisition of knowledge on principal cellular processes (cell division, migration, differentiation) required for the use of mammalian cells as tools for therapeutic targets identification and valida-tion.Acquisition of knowledge on Biotech Companies using the knowledge on these cellular processes for developing applications in the field of innovative therapies (e.g. cancer, Alzheimer, stem cells in regenerative medicine).• Examples of approaches that will be encountered and analyzed:• Cell and transgenic animal models• Genetic engineering• Cell imaging technologies (link with lectures and demos by Denis Dujardin)• Drug characterization using cellular assays• High throughput screening: pharmacological, cellular• High content screening: cellularObjectives in terms of skills:• Use reviews, research articles, patents and other sources at increasingly professional level• Perfect fluency with and practice scientific English• Practice resource management and analysis at a professional level: Pubmed, Google Scholar,

Objectives in terms of knowledge (course content): • Nature of digital information• Security of computer data• Components of a computer system• Networks and communication• Introduction to computer programming with PYTHONObjectives in terms of skills:• Establish a data security policy• Establish a specification adapted to a computer system• Searching for data on the Internet• Formatting data using simple PYTHON scripts• Data analysis and information extraction


Cellular Biology2 & microscopy

Data processing



153

Objectives in terms of knowledge (course content): • Molecular and cellular bases of neurobiology. • Neurotransmission, receptors • Functional anatomy of the nervous system• Bases of pharmacology: ligand, agonist, antagonist• Neurobiology of memory• Cerebral ageing and Alzheimer’s disease• Perception and control of pain• Neurobiology and BiotechnologiesObjectives in terms of skills:• Acquire the basics of neurobiology in order to be able to understand the scientific context of studies or publications in neurobiology and more generally in the biomedical field, in particular in preclinical research

Biotechnology and Health : Neurobiology

Endnote/Zotero, patent buddy.• Develop professional communication and reporting skills by team work in bi-lingual groups• Progressively apprehend and master the challenges provided by complexity and interdisciplinarity

BioEthic and professionnal Ethic (2nd year, 3rd and 4th semester)Objectives in terms of knowledge The bioethical thinking is often difficult to assert, but the idea of an ethics for engineers is even more recent. The engineering profession in biotechnology or chemistry-biotechnology mixes two levels of thinking, the professional ethics of engineers and bioethics. Based on current topics, legislative documents on biotechnology, documents on engineering ethics and topics proposed by students, the course will develop a reflection on the professional ethics of engineers, and the impact of biotechnology on society.At the end of this course, students must be able to develop a critical questioning about their own role in the technologic world and the life scientific knowledge.Objectives in terms of skills :• The objective of this course is to make students aware of the need to develop a fair and responsible reflection on the social issues related to their future professional practice.

Labor lawObjectifs en termes de connaissances (contenu du cours): Introduction au Droit• Normes internationales• Normes françaises• Hiérarchie des normesIntroduction au Droit du Travail• Normes spécifiques• Hiérarchie des normes : ordre public social/absolu• Focus : Convention collective de la chimie et règlement intérieurPrincipales notions en :• Durée du travail• Contrat à durée déterminée/indéterminée• Salaire• Temps complet/Temps partiel• Congés payésObjectives in terms of skills:• Prendre contact avec une matière nouvelle sans lien avec le domaine d’étude• Comprendre les principes du droit• Connaître les principales notions de droit du travail• Reconnaître les « alarmes » qui nécessitent un questionnement approfondi• Savoir résoudre un cas pratique• Savoir se poser les bonnes questions en qualité de salarié ou d’employeur



154



• Establish and develop a large scale strategy, protein analysis and purification.• Exploit and adapt the technological diversity to a single problem.• Mobilize transversal knowledge in Biochemistry, Biophysics, Molecular and Cell Biology, Organic

Chemistry...Objectives in terms of skills:• Establish and evaluate experimentally a strategic plan for protein purification.• Develop the ability to use separation tools in the field of protein engineering.• Develop methodological skills at the level of the research and development program






Objectives in terms of skills:• Acquisition of good working practices with live cells• Understand and master the techniques developed during the course• To be able to interpret experimental results

Proteins purification practicals


Microbiology practicals Objectives in terms of knowledge (course content): • Basic methods in microbiology• Enrichment of airborne germs• Direct isolation of aerobe endospores (Bacillus megaterium), methods to determine the Gram

behavior• Enrichment and isolation of saccharolytic Chlostridia• Production and analysis of antibiotics• Microbial reduction of hydrocarbons; cleaning up of environmental oil spills• Biotransformation(biotechnologic production of aspartate)Objectives in terms of skills:• Students will be able to identify and characterize common bacterial and yeast species.


Genetic engineering practicals Objectives in terms of knowledge (course content): Different cloning methods :• cloning of a restriction fragment• cloning of a PCR fragment• cloning of a Tag• Golden Gate Cloning



155

Plant Biology practical Objectives in terms of knowledge (course content): • Plant hormones and mobilization of starch reserves in germinating grain• Plant cell culture and plantlet regeneration• Genetic engineering of seed content• Induced resistance in wine grape and resveratrol production• Transcriptomics and proteomics of stress responses in moss• Transient expression of recombinant proteins in plant protoplasts• In vivo calcium measurements• Microinjection of plant cells• Genetics of photoreceptors in plants• Transformation of plants by particle bombardment and Agrobacterium infection• Genetics of stem cell formation and maintenance in plants• Epigenetic imprinting and reciprocal crosses• Gene regulation by micro-RNAs• Mapping a point mutation in Arabidopsis thaliana• Objectives in terms of skills:• To familiarize the student with genetics, physiology, genetic engineering and cell biology of



• RNA interference : ARN extraction, reverse transcription and Real Time PCR• CRISPRcas9 technology : detection of mutationsObjectives in terms of skills:• Acquire the principle of the protocols used in genetic engineering• Acquire a good practice in genetic engineering• Be able to analyse and discuss experimental results• Writting of a lab book

High Throughput Biotech Project Objectives in terms of knowledge (course content): • Practical experience in automation using a professional Beckman robot • Automatic pipetting techniques• Programming in Biomeck software languageObjectives in terms of skills:• Team work• Managing a small project autonomously using multidisciplinary approaches• Development of a synthetic document (definition of the scientific context, objectives,




156


Curriculum M2 S3


student

ECTS /

Coeff.

9 ECTS


High Throughput Approaches C. Gavériaux 26 10 27 1

Advanced electronics C. Ling 12 0 0 12 1

6 ECTS

Human Genetics B. Chatton 24 0 24 1




Introduction to systems biology A. Dejaegere 6 21 27 1

3 ECTS

Intellectual PropertyC.Ritzenthaler L.

Marino16 16 /


12 ECTS

For french master


biotechnologyB. Kieffer 75 75 3

For french-german master

Projet in High throughput plant

biotechnologyT. Laux Freiburg 75 75 3

Total 288

UE Specialized biotech HT I (choose one block of 9 ECTS)

UE Specialized biotech HT II Choose Two Items



M2S3 Biotechnologie et analyse haut-débit



157


MECC M2 S3



Evaluation d'un rapport ou analyse

de documents (épreuve surveillée)2h écrit/oral 1h

Ecrit final 2 hHigh Throughput

ApproachesC. Gavériaux Oral projet

30 min écrit/oral 1h

Advanced

electronicsC. Ling

Evaluation sous forme de

questions de cours et d'exercices

d'application des connaissances. 1H écrit/oral 1h

Human Genetics B. Chatton


d'exercice, de questions de cours

et/ou d'anlyse de publication 2H écrit/oral 1h

Ecrit 1h30

Ecrit 1h30 écrit/oral 1h

Drug design E. Kellenberger MECC Faculté de Pharmacie écrit/oral 1hContrôle écrit sur les

connaissances de cours et leurs

applications 1h30 écrit/oral 1hRapport écrit ou travail personnel

ou évaluation en cours de séances

sur les travaux dirigés

2H ou travail

maison

Intellectual

Property

C.Ritzenthaler

L. Marino Acquis, feuille d'émargementProfessional

IntegrationE. Weiss

Acquis20 1

Evaluation d'un rapport

Présentation oraleProjet in High

throughput plant

biotechnology

T. Laux

Freiburg


UE Specialized biotech HT I (choose one block of 9 ECTS)




Projet in High

throughput B. Kieffer oral/rapport

Data treatment

and analysisB. Kieffer

Comparative and

medical genomicsO. Lecompte

Introduction to

systems biologyA. Dejaegere

UE Specialized biotech HT II Choose Two Items



158

Objectives in terms of knowledge (course content): This teaching is intended to raise the student’s awareness of the problems associated with the automatic processing of very large quantities of data in different fields of human activity (eco-nomics, communication, biology ...). The objective is to show that the implementation of a high-throughput experimental strategy is closely linked to the use of adapted IT tools. The teaching is mainly based on case studies, following presentations by different actors and professionals dealing with the issue of «big data». Objectives in terms of skills:• Assess hardware and software needs in a project• Finding skills in the field of data processing• Draft specifications for an IT service company• Monitor the evolution of this sector of activity



M2 S3


mobility• Characterization of proteins, post-translational modifications • Identification of proteins involved in pathologies• High-throughput screenings strategies (molecular and cellularObjectives in terms of skills:• Mastering the strategies and techniques of high throughput analyses including the analyses




Advanced electronicsObjectives in terms of knowledge (course content): The lectures will develop 5 themes :We will first address some general reminders on electricity, then, we will look at an electronic apparatus’ inside in order to learn about some basic components of electrical or electronics equip-ment. The analog electronics technology will be introduced via the operational amplifier and its applications.... We will continue the journey to reach the digital electronics technology which is driving our phones and computers and powering the internet. Finally, we will study some examples of sensors used for the measurement of various physical quantities.Objectives in terms of skills:This course’s goal is to improve the knowledge of electrical or electronical apparatus used in the biotechnology domain. Optimal use of equipment is subject to a minimal understanding of the physical principles involved, of the processing of information carried by electricity most of the time, of the limits of the apparatus inherent depending of the hardware used.



159

Objectives in terms of knowledge (course content): Dans cette UE, l’étudiant apprend à analyser les structures tridimensionnelles à l’échelle atomique de protéines, à les convertir en pharmacophore, à les prédire par docking, avec pour but final d’établir des stratégies de criblage virtuel pour la conception rationnelle de molécules bioactives (= Computer-Aided Drug Design). Les chapitres suivants seront traités en cours magistral :1 -Les bases moléculaires de la reconnaissance entre une molécule « drug-like » et sa cible pro-téique.

Drug design

Comparative and medical genomics Objectives in terms of knowledge (course content): • Basic concepts and methodologies used in comparative genomics (orthology, paralogy, synteny, evolutionary rates…)• Evolution of prokaryotic and eukaryotic genomes (mechanisms and evolutionary trends)• Applied Comparative Genomics: phylogenetic footprinting, phylogenetic profiles, prediction of functional links, identification of targets by genotype/phenotype correlations…• Population genomics• Personal and medical genomics: variations and polymorphism, types of personal genomic data, detection and prioritization of variants, examples of large-scale projectsObjectives in terms of skills:• Mastery of main internet resources dedicated to comparative genomics• Ability to mobilize multidisciplinary knowledge • Ability to develop an integrative strategy to answer a complex biological problem• Ability to analyse personal NGS data to identify variants (quality, mapping, variant calling)• Ability to prioritize candidates to identify disease–causing variants• Capacity for a critical analysis of high-throughput data• Awareness of ethical issues raised by patient data

Objectives in terms of knowledge (course content): • Mendelian Transmission - Factors Affecting Gene Distribution - Non-Mendelian Characters• DNA instability• Mutations and polymorphism - Exchange between repetitive sequences - Pathogenic muta-

tions• Introduction to genetic markers• Genetic mapping• Identification of the genes responsible for diseases• Multi-factorial diseases - Genetic tests• Animal models of human pathologies• Examples of molecular pathologies• Gene Therapy and Cancer Therapy• Genetic fingerprints, molecular anthropology• Molecular embryology• Pre-implantation diagnosis, embryo cloning, Stem cells, bioethicsObjectives in terms of skills:Students must acquire a global and reasoned vision of the contributions of molecular genetics to the understanding of the pathology of patients with both hereditary and acquired genetic diseases ( and cancers). In each case, the basic concepts will be recalled and illustrated by guest speakers

Human genetics



160

2 -Modélisation de l’interaction ligand-protéineDétection et représentation des sites protéiquesFlexibilité moléculaireAlignement en 3DÉvaluation3 -Pharmacophore : méthodes, programmes, applications4 -Docking/Scoring : méthodes, programmes, applicationsDes enseignements dirigés et pratiques sont adossés aux cours magistraux. Les savoirs théoriques ainsi sont appliqués à des exemples concrets, choisis dans le domaine de la conception rationnelle de principes actifs.Les travaux dirigés sont basés sur l’analyse de documents et la résolution d’exercices de réflexion sur l’interaction ligand/protéine.

Les travaux réalisés en salle de ressources informatiques portent sur :1 - Analyse de structure 3D de protéines : Détection et caractérisation des sites de molécules « drug-like »2 - Analyse de la flexibilité d’une molécule « drug-like »3 - Drug design 1: création de pharmacophore et criblage virtuel4 - Drug design 2: re-docking, cross-docking et criblage virtuel

Objectives in terms of skills:La validation de l’UE est conditionnée par la connaissance des principes et domaines d’application des méthodes pharmacophore et docking, ainsi que la capacité d’exécuter les programmes informatiques pour la prédiction de structures de complexes ligand/protéine et pour le criblage virtuel.Ces compétences théoriques et pratiques sont directement applicables dans des projets de chimie médicinale. Dans une perspective professionnelle élargie, l’étudiant comprendra l’importance des aspects théoriques dans les phases de recherche et développement dans l’industrie pharmaceutique (lors du criblage à haut débit, et dans la sélection et l’optimisation de touches).


Project in High throughput biotechnology

Objectives in terms of knowledge (course content): Description, topology and general properties of cellular networks. Examples of cellular networks.Network motifs : autoregulation, feed-forward loop. ... Examples of networks motifs and of their cellular function. Robustness of biological circuits.Dynamics of simple regulatory networks (bistability, oscillations). Stochasticity and noise in biolo-gical networksObjectives in terms of skills:The objective of this course is make connections between high-throughput experimental analysis of biological systems, and the integration of the these data inThe course presents the basic knowledge that allows to understand the emergence of complex cellular behaviour.

Objectives in terms of knowledge (course content): Stage immersif de 5 semaines dans une équipe de recherche mettant en œuvre une stratégie ex-périmentale à haut débit. L’objectif est de compléter et approfondir les connaissances acquises lors du projet de deuxième année.Objectives in term of skills:• Techniques d’acquisition de données à haut-débit• Stratégies d’expérimentation à haut-débit• Analyse de données issues d’une expérience HD.• Elaboration d’un document synthétique (définition du contexte scientifique, des objectifs, des méthodes utilisées, analyse critique des résultats, perspectives)



161


Curriculum M2 S4


student

ECTS

/Coeff.

30 ECTS

Internship 4 - 6 months

UE IN : Interships III

M2S4 Biotechnologie et analyse haut-débit



162


163


MASTER

PARCOURS ((BIOTECHNOLOGIE PHARMACEUTIQUE

164

MASTER BIOTECHNOLOGIE PHARMACEUTIQUE

Curriculum M1 S1

COURSE TEACHERS CM (H) CI (H) TD (H) TP (H)Total hrs

student

ECTS /

Coeff.

12 ECTS

Immunology &

ImmunoTechnologyE.Weiss, 30 30 1

Génie génétique MC. Kilhoffer 20 9 29 1

Genetic animal models K. Befort 25 25 1

Statistiques expérimentales J. Godet 16 6 22 1

9 ECTS

Découverte de médicament M. Hibert 20 6 26 1

Les grandes pathologies: de

la cible au médicamentJP. Gies 25 18 6 49 1,5

Conception du médicament

par génie génétiqueMC. Kilhoffer 20 9 29 1

6 ECTS


BioEthics A. Stephan et al. 6 6 /Droit pharmaceutique

généralJ.Y. Pabst 20 20 1

3 ECTS

Biotechnologie et

bioproductionM. Zeniou 24 24 1,5

Total 276

UE : Travaux pratiques I

UE : Biotechnologie avancée

UE : Sciences pharmaceutiques I

UE : formation sciernces humaines, sociales et économiques I

M1S1 Biotechnologie pharmaceutique


Master Biotech pharmaceutique - curriculum M1 S1

165


MECC M1 S1

COURSE TEACHERS


Immunology &

ImmunoTechnol

ogy

E.Weiss, Written exam based on the

course content 2H

Oral presentation about a

particuliar aspect of immunology 10 min

Génie génétique MC. Kilhoffer MECC Faculté de Pharmacie

Genetic animal

models K. BefortMECC Sciences de la Vie

Statistiques

expérimentalesJ. Godet MECC Faculté de Pharmacie

Découverte de

médicamentM. Hibert MECC Faculté de Pharmacie

Les grandes

pathologies: de

la cible au

médicament

JP. Gies MECC Faculté de Pharmacie

Conception du

médicament par

génie génétique

MC. Kilhoffer MECC Faculté de Pharmacie



Participation to the class

discussion during the entire

course will count for the grade

given in 3rd yearDroit

pharmaceutique

général

J.Y. Pabst MECC Faculté de Pharmacie

Biotechnologie

et bioproductionM. Zeniou MECC Faculté de Pharmacie

MECC M1S1 Biotechnologie pharmaceutique

UE : Biotechnologie avancée

UE : Sciences pharmaceutiques I

UE : formation sciences humaines, sociales et économiques I

UE : Travaux pratiques I



Master Biotech pharmaceutique - MECC M1 S1

166

Objectives in terms of knowledge: • Innate and acquired immune response • Antigen properties • Humoral and cellular immune response • Immune system cells: selection, proliferation controls, functions • Biomolecules of the immune system • Diagnostic and therapy tools• Capital importance in molecular biotechnologyObjectives in terms of skills:• Acquisition of knowledge for the understanding of the immune defense. • Acquiring notions to feel comfortable in all biotechnology subjects that integrate the principles


Objectives in terms of knowledge: • Reminders on transcription and translation• History of Molecular Biology• Restriction enzymes and modifying enzymes• Cloning vectors - Phages lambda and M13 - Prokaryotic and eukaryotic plasmid vectors• Molecular hybridization• Expression librairies-subtractive librairies• PCR and qPCR• Techniques of site-specific mutagenesis.• RNA interference-DNA interference (Talens-CRISPR / Cas9)• New sequencing techniques• Recombinant cloningObjectives in terms of skills:• This course aims to present the different techniques of cloning, manipulation and analysis of nucleic acid sequences. All of these topics will be treated in an integrated manner to enable students to become familiar with many cloning strategies, and directed mutagenesis• Strategies for cloning and modifying DNA sequences - Using different cloning and sequence analysis software


Genetic engineering


M1 S1

Objectifs en termes de compétences :• Acquérir les bases du raisonnement et de la méthodologie statistique.• Être capable de lire, d’interpréter et de critiquer les résultats d’analyses statistiques usuellement

employées en recherche biologique et biomédicale.• Savoir planifier une expérience et réaliser des analyses statistiques simples.• S’initier à un logiciel de statistique.• Statistiques descriptives et paramètres d’estimation (rappels).• Principaux tests d’hypothèses (paramétriques et non-paramétriques).• Corrélation et régression linéaire.• Notions de statistiques ‘avancées’ (Analyse de variance, Analyse de survie, Régression

logistique).• Notions méthodologiques en expérimentation pré-clinique

Statistiques expérimentales


Master Biotech pharmaceutique - description cours M1 S1

167

Objectifs en termes de connaissance (contenu du cours) :• Consolider et élargir toutes les connaissances acquises en termes de conception et développement de molécules biologiquement actives et de biomarqueurs à travers l’étude de cas concrets présentés par des acteurs du domaine (chercheurs, développeurs, industriels, créateurs d’entreprises, etc.).• Perfectionnement des connaissances en drug discovery & development:• Introduction et cadrage du cours• Identification et validation de cibles• Criblage, méthodes et interprétations• Comment démarrer un projet de recherche• Recherche clinique• Biomarqueurs• Gestion du risque• Présentation de cas concrets ayant abouti au développement clinique d’un candidat médicament ou à une mise sur le marché d’une spécialité.• Peptides-médicaments. Exemple: ImmuPharma (découverte par le chercheur, Sylviane Muller, stratégie industrielle par le PDG)• Petites molécules organiques. Exemple: antibiotiques (Luc Van Hijfte J&J, NovAlix) ou antipsychotiques (Pascal George, Sanofi)• Vaccins thérapeutiques. Exemple: Transgène (pré-clinique et clinique)• Produits naturels. Exemple: Phytodia.

• Outils de ciblage. Exemple: Polyplus.Objectifs en termes de compétences :• Connaissance du secteur R&D et des expériences (notamment locales) acquises dans les secteurs privé et public, notamment dans le domaine du Biomédicament.• Savoir mettre en place des stratégies de recherche.• Avoir un regard critique sur le domaine.• Organiser une veille technologique.

Découverte de médicament

Les grandes pathologies: de la cible au médicament

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours) :• L’enseignement a pour objectif de faire connaître à l’étudiant :• les cibles actuelles et potentielles importantes pour mener à bien une thérapeutique

médicamenteuse dans une grande pathologie.• les mécanismes impliqués dans l’initiation et le développement de grandes pathologies

(maladie d’Alzheimer, hypertension artérielle, ulcères gastroduodénaux, diabète, maladies inflammatoires…).

• L’étudiant devra être capable de justifier l’utilisation de différentes molécules thérapeutiques et de discuter les mécanismes d’action moléculaires mis en jeu.

• L’enseignement sera dispensé sous 3 formes différentes et complémentaires, à savoir :• des cours magistraux de pharmacologie permettant l’acquisition de notions de pharmacologie

et de physiopathologie.• des enseignements d’ouvertures (conférences) assurés par des personnalités scientifiques. Ces

conférences sont plus particulièrement centrées sur l’identification et le développement de nouvelles cibles thérapeutiques dans une pathologie donnée.

Bibliographie:Breuscart R. Biostatistiques. Omniscience; 2009 (ISBN 978-2-916097-18-3)Bouyer J. Méthodes statistiques - Médecine - Biologie. De Boeck Secundair; 2000 (ISBN-13 9782909455747)Falissard B. Comprendre et utiliser les statistiques dans les sciences de la vie. Elsevier Masson; 2005 (ISBN: 9782294709852)



168

• des enseignements tuteurés. Chaque groupe d’étudiants traitera un sujet différent (étude d’une pathologie, les cibles thérapeutiques actuelles et potentielles et les médicaments utilisés). Le travail consiste à effectuer une recherche bibliographique complète afin de suivre l’évolution des connaissances. La restitution se fera sous forme écrite (résumé de 4 pages validé par l’enseignant responsable du groupe) et orale (exposé de 30-40 min en amphi, suivi de 15-20 minutes de questions-réponses). Un polycopié rassemblant l’ensemble des résumés est distribué et constitue le support d’étude pour l’ensemble de l’année.

Objectifs en termes de compétences :• Les étudiants auront acquis des :• compétences sur l’étiologie de grandes pathologies.• compétences permettant d’analyser les mécanismes biologiques initiés par l’interaction cible-

médicament.• compétences permettant d’analyser, de comprendre et de commenter les mécanismes

moléculaires d’action de médicaments de différentes classes pharmacologiques et familles chimiques.

• compétences permettant de justifier, dans une stratégie thérapeutique, l’usage de différentes classes pharmacologiques.

Conception du médicament par génie génétiqueObjectifs en termes de connaissances (contenu du cours) :• En continuité avec le cours de base de génie génétique, cet enseignement a pour but d’approfondir les différents aspects de la production d’un biomédicament, de présenter de nouvelles applications des biotechnologies dans le domaine du médicament et de présenter l’impact des biotechnologies dans le chemin du médicament.• • Importance des biotechnologies dans la découverte, la conception et le développement du médicament.• Les évolutions dans le domaine des biotechnologies: du génie génétique vers la biologie de synthèse.• Production de médicaments par reprogrammation métabolique• Thérapie génique : les pathologies ciblées, les vecteurs utilisés, les avancées dans le domaine.• Production de biomédicaments dans l’industrie.• Reprogrammation cellulaire, iPS (induced pluripotent stem cells) et conception de médicaments.• Techniques d’atténuation et d’interruption de l’expression génique, ou de remplacement de gènes au niveau cellulaire et de l’animal entier. Production d’animaux « KO » conditionnels.Objectifs en termes de compétences :• À la fin de l’enseignement, l’étudiant :• aura connaissance et pourra discuter de l’application des biotechnologies dans le domaine de la santé et du médicament,• aura acquis le vocabulaire associé,• pourra expliquer les différentes étapes dans la réalisation d’un produit de biotechnologie,• aura pris connaissance des problématiques liées à la production des produits issus des biotechnologies dans l’industrie.• sera capable de lire et de comprendre un article scientifique dans le domaine de la biotechnologie appliquée au médicament, d’appréhender les difficultés des techniques et d’évaluer les potentialités des méthodes dans le cadre d’applications thérapeutiques.

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours) :En master, les cours de langues obligatoires visent l’acquisition du niveau B2 - C1 du CECRL (Cadre Européen Commun de Référence pour les Langues).Le niveau B2 correspond à un niveau intermédiaire tel que démontré par un utilisateur indépen-dant de la langue en question.

English



169

Objectives in terms of knowledge: The bioethical thinking is often difficult to assert, but the idea of an ethics for engineers is even more recent. The engineering profession in biotechnology or chemistry-biotechnology mixes two levels of thinking, the professional ethics of engineers and bioethics. Based on current topics, legislative documents on biotechnology, documents on engineering ethics and topics proposed by students, the course will develop a reflection on the professional ethics of engineers, and the impact of biotechnology on society.At the end of this course, students must be able to develop a critical questioning about their own role in the technologic world and the life scientific knowledge.Objectives in terms of skills :• The objective of this course is to make students aware of the need to develop a fair and responsible reflection on the social issues related to their future professional practice.


Le niveau C1 est intitulé niveau autonome. Ce niveau reprend les capacités qui caractérisent le ni-veau B2 précédent, avec plus d’aisance et de spontanéité. L’utilisateur de niveau B2 peut :Comprendre le contenu essentiel de sujets concrets ou abstraits dans un (con)texte complexe, y compris une discussion technique dans sa spécialité.Communiquer avec un degré de spontanéité et d’aisance tel qu’une conversation avec un locuteurnatif ne comportant de tension ni pour l’un ni pour l’autreS’exprimer de façon claire et détaillée sur une grande gamme de sujets, émettre un avis sur un sujet d’actualité et exposer les avantages et les inconvénients de différentes possibilités.L’utilisateur de niveau C1 peut :Comprendre une grande gamme de textes longs et exigeants, ainsi que saisir des significations implicites.S’exprimer spontanément et couramment sans trop devoir chercher ses mots.Utiliser la langue de façon efficace et souple dans sa vie sociale, professionnelle ou académique.S’exprimer sur des sujets complexes de façon claire et bien structurée et manifester son contrôle des outils d’organisation, d’articulation et de cohésion du discours.L’accent est tout particulièrement mis sur la langue et la communication de spécialité. L’apprentissage cible la pratique de l’anglais scientifique écrit et oral et débouche sur une présen-tation devant u n public s’appuyant sur une recherche approfondie liée à une problématique du domaine de spécialité.L’objectif est d’apprendre à communiquer avec des professionnels sur l’avancée des connaissances, sur des recherches réalisées en milieu professionnel ou sur des projets à mener.Objectifs en termes de compétences :• Acquérir le lexique spécifique au domaine• Améliorer la maîtrise du système phonologique (prononciation, intonation, accentuation)• Atteindre un niveau élevé de correction grammaticale• Comprendre des articles ou des conférences scientifiques• Présenter oralement des projets de recherche avec aisance, clarté et précision Rédiger des textes clairs et structurés sur des sujets complexes du domaine de spécialité (synthèses, abstracts)

Droit pharmaceutique général

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours) :• Exposer les règles relatives aux produits de santé, de la fabrication à la distribution.• Définition du médicament et autres produits de santé. Responsabilités concernant ces produits

(effets indésirables).• Fabrication du médicament et distribution en gros : industrie pharmaceutique. Distribution au

public.• Protection de l’activité inventive ; brevet de médicament. Droit des marques.Objectifs en termes de compétences :• Maîtriser l’appréhension juridique de la filière pharmaceutique



170


CURRICULUM M1 S2


student

ECTS /

Coeff.

12 ECTS

For French master

From experimental design to



Initiation à la recherche (B. Kieffer) 105 105 1


Cellular Biology2 &

microscopy

J de Mey & D.

Dujardin8 14 4 30 1



For French - German master



Deryckere8 70 78 2


Cellular Biology2 &

microscopy

J de Mey & D.

Dujardin8 14 22 1



From Experimental design to


3 ECTS




6 ECTS

For French master



Deryckere35 35 1


TP genetic engineering AP Sibler 35 35 1


TP Plant Biology T. Laux 140 140 2


9 ECTS


biotechStrasbourg 80 80 2




UE Practicals II




171


MECC M1 S2

COURSE TEACHERS


Chimie

biologiqueT. Gruter MECC Faculté de Pharmacie 25

Examen écrit 1h 10

Examen écrit 1h

Pharmacogenetic

sM. Zeniou MECC Faculté de Pharmacie

Biotechnology

and therapeutic

innovations

M. Zeniou MECC Faculté de Pharmacie

Toxicologie F. Pons MECC Faculté de Pharmacie

English R. Piotto et al. MECC Faculté de LanguesDémarche

qualité en

pratique

C. Maechling MECC Faculté de Pharmacie

Préparation à

l'insertion

professionnelle

B. Van Overloop MECC Faculté de Pharmacie

BioEthics A. Stephan Oral presentation of the chosen

subjectRedaction of the written report

on the chosen subject

Méthodologie du

travail de

recherche

T. Chataigneau MECCFacultédePharmacie

TP Culture

cellulaire

D. Dujardin, F.


TP purification

de ProteinesA. Stephan et al. Rapport sur les travaux pratiques Devoir maison oral/écrit 1h

TP microbiologie Rapport sur les travaux pratiques Devoir maison oral/écrit 1h

O. Lecompte, E.

Kellenberger


UE Chimie biologique , bioinformatique

UE Sciences pharmaceutiques II

UE Travaux pratiques II


UE : formation sciences humaines, sociales et économiques II

Bioinformatique



172


M1 S2

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours): Cet enseignement permettra à l’étudiant de se familiariser avec une discipline nouvellement conceptualisée, pouvant être traduite en français par «Biologie Chimique». La connaissance de cette nouvelle discipline, située à l’intersection entre la chimie bioorganique, la biologie structu-rale, la biologie moléculaire et la biochimie permettra à l’étudiant d’acquérir une vision transver-sale et moléculaire des problématiques du vivant, tout en acquérant la maîtrise des outils.1 - Rappel sur les grandes familles de biomolécules (acides nucléiques, enzymes, récepteurs membranaires types RCPG, récepteurs canaux, canaux ioniques, transporteurs, etc…).2 - Apport de la biologie structurale pour la description et la compréhension des mécanismes mo-léculaires de la transduction du signal en biologie à l’échelle atomique. Structure 3D et design d’inhibiteurs (exemples sur HIV protease). Récentes structures cristallographiques de protéines membranaires (exemples sur les récepteurs RCPG, récepteurs canaux, canaux ioniques, etc…).3 - Interaction ligand/cible biologique.Rappel sur les aspects théoriques et nature chimique de l’interaction (liaisons hydrogène, interac-tions électrostatiques, cation-pi, etc…)Interaction ligand/macromolécule biologique : outils d’analyse moléculaire et physico-chimique (FRET, HTRF, électrophysiologie, etc…).Ingénierie de protéines (marquage covalent, mutagenèse dirigée, incorporation d’aminoacides non-naturels).Ciblage in vitro et in vivo de macromolécules biologiques : Stratégies et outils modernes d’inves-tigation. Techniques de marquages fluorescents par biologie moléculaire (la GFP et les protéines fluorescentes, propriétés et biosynthèse des chromophores) et par ligation chimique. Autres tech-niques de marquages spécifiques à l’aide d’étiquette peptidique ou protéiques (SNAP tag, etc…). Modifications d’acides nucléiques. Outils optogénétiquesObjectifs en termes de compétences :Dans une perspective professionnelle de conception de substance active, l’étudiant maîtrisera le double langage Chimie-Biologie. Ses compétences seront caractérisées par la possibilité de puiser dans ses connaissances mixtes et de mettre en œuvre des outils d’investigation de l’interaction ligand/macromolécule biologique et des outils de modifications de macromolécule. Outre les notions en (neuro)pharmacologie moléculaire et structurale qu’il aura acquises, l’étudiant sera familiarisé aux notions théoriques d’interaction ligand/cible biologique et d’allostérie.

Bibliographie, lectures recommandéesChemical Biology. A practical course de H. Waldmann et P. Janning. Editeur Wiley-VCH.

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours): • Cet enseignement permettra à l’étudiant de se familiariser avec une discipline nouvellement

Biological databases• Presentation of the main sequence and related databases • Pairwise sequence comparison• Similarity and homology / Scoring systems / Dotplot comparison / Optimal alignments / Similarity

searches• Multiple alignments• Main algorithms and programs / Quality assessment / Applications of multiple alignment /

Motifs and profiles• Molecular phylogeny• Basics in phylogeny/ Applications of phylogeny / Methods of tree construction/ Robustness

estimation / Tools and websites

Biologie chimique

Bioinformatique



173

Objectives in terms of knowledge (course content) : • Lectures content:• types of genetic variability• genetic variability and individual response to drugs (pharmacogenetics)• new genotyping approaches to identify genetic variation (including new generation sequencing)• Practicals:• Genomic DNA extraction from buccal cells and purification on a mini silica column• Quantitative and qualitative characterization of genomic DNA by NanoDrop absorption spectrophotometry and Qubit spectrofluorometric measurements• Genotyping reaction to search for Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) -like polymorphisms affecting drug metabolism: use of pre-developed TaqMan-based assays for SNPs in genes encoding P450 cytochromesObjectives in terms of skills :• Objectives in terms of knowledge: • Provide the student with knowledge allowing him:• to understand the importance of genetic variations in drug development and use• to apprehend current technological developments used to identify genetic variations• Objectives in terms of practical skills:• Perform genotyping of genetic variations and data analysis.

• Objectives in terms of acquired skills: • Ability to:• cite the different types of human polymorphism• explain the principles of experimental methods used for genetic variation analysis presented during the course• describe the importance of P450 cytochromes and polymorphism in their genes in differences in drug response between individuals• establish, write and follow experimental protocols• perform genotyping data analysis• keep a laboratory notebook• write a report in the form of a mini-publication (abstract, introduction, results and analysis, discussion and conclusion)• present his/her experimental work orally using a PowerPoint presentation

Objectives in terms of knowledge (course content) : Course content : • immunotherapies• stem cells and cell-based therapies• gene therapies• RNA-based therapies• microbiota and therapies• The course content is susceptible to change as a function of technological advances in biotechnology related to therapeutics.Tutorials: • Choice of scientific publications on a topic related to a therapeutic innovation• Small group work for the critical analysis of the publication• Oral presentation of publications by groups of students in English• General discussion

Pharmacogenetics

Biotechnology and therapeutic innovations

Objectifs en termes de compétences :• Ability to use basic bioinformatics web resources • Understanding of main sequence comparison algorithms • Ability to interpret a multiple alignment, a phylogenetic tree and results of a similarity search• Ability to use multidisciplinary knowledge and approaches



174

Objectives in terms of skills :Introduce students to technological innovations related to biotechnologies that are under clinical development or already used in therapeutics.Objectives of the teaching methods that will be used:Develop teamwork and skills to critically analyze a scientific publication.Ability to:discuss innovative approaches in biotechnology under clinical development or used in therapeutics• look for scientific publications and information on a proposed subject• critically analyze a scientific publication with his/her group• write a short summary of a scientific publication• present orally in English the publication he/she has worked on• answer questions related to the work he/she has done• write a report in the form of a mini-publication (abstract, introduction, results and analysis,

discussion and conclusion)

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours): Cet enseignement a pour objectif de faire connaître aux étudiants les effets exercés par les toxiques sur les principaux organes et fonctions, et les approches expérimentales permettant de mettre en évidence ces effets.Cours magistraux (16 h) Notions générales de toxicocinétiqueToxicologie d’organe : Toxicité hépatique, Néphrotoxicité, Toxicité respiratoire, Neurotoxicité, Im-munotoxicité• Toxicité sur la fonction de reproduction• Evaluation de la toxicité des substances par des approches in vivo : Espèces animales ;

Protocoles d’exposition en fonction de l’effet recherché (toxicité aiguë, subaiguë, chronique, effet cancérogène, effet reprotoxique) ; Index de toxicité (signes cliniques et biologiques, histopathologie, exploration fonctionnelle)

• Enseignements dirigés (3 h) • Analyses et interprétations de données expérimentales en toxicologie in vivo Objectifs en termers de compétences :• Connaitre les effets exercés par les toxiques sur les principaux organes et fonctions, et les

protocoles permettant de mettre en évidence ces effets chez l’animal• Acquérir le savoir et les compétences nécessaires à l‘étude et l’analyse des effets des

xénobiotiques sur l’organisme Bibliographie, lectures recommandéesToxicologie. Xavier Coumoul, Pascal Andujar, Armelle Baeza-Squiban, Robert Barouki, Laurent Bodin et al., Collection Sciences Sup Dunod, 2017

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours): En quelques heures de cours les étudiants pourront appréhender les notions à la base de tout sys-tème qualité, afin de pouvoir s’immerger en pratique dans le système qualité de la faculté lors des travaux dirigés et tutorés.Cette UE laisse une large place au travail encadré et personnel et correspond à un apprentissage de la qualité.

« Fondamentaux de la qualité »Système(s) qualité : management, assurance, contrôle, audits, HS, traçabilité, validation, qualifica-tion, formation, processus, gestion documentaire, amélioration continue….Normes Iso, …Bonnes pratiques (laboratoire, fabrication, clinique, officinale, …).Agences, Pharmacopée, ICHQ.Certifications.

Toxicologie intégrée

Démarche qualité en pratique



175

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours): Présentation de l’organisation, du financement et des carrières de la recherche publique en France.Présentation des dispositifs d’aide à la mobilité pour le doctorat et le post doctorat.Présentation de l’organisation de l’industrie pharmaceutique au niveau national et international (start-up, PMEet Big Pharma).Présentation des carrières dans l’industrie pharmaceutique (observatoire des métiers du LEEM).Formation par des DRH à la valorisation des compétences acquises.Travaux dirigés/ateliers organisés par la faculté de pharmacie et espace-avenir.Conférences-débats organisées autour des métiers dans l’industrie pharmaceutique.Simulation d’entretiens en présence de DRH.jour et amélioration de l’application informatique de gestion du système qualité Objectifs en termes de compétences :• Être capable de valoriser les acquis de la formation.• Être capable de positionner ses choix de carrière en fonction de sa personnalité et de ses

compétences.• Être capable d’identifier des offres de stages et d’emploi en adéquation avec la formation.• Être capable de rédiger une lettre de candidature, un CV détaillé, une lettre de motivation.

Travail dirigé, tutoré, et travail personnel : « Département qualité : cas pratiques ». Mise en œuvre pratique des notions vues en CM en s’appuyant sur le système qualité en place à la faculté et en participant à l’évolution et au développement de ce système. Il s’agit d’intégrer les étudiants au «département qualité» de la faculté. Les étudiants se répar-tissent en ateliers de travail. En début de semestre, tout le « département » se réunit pour faire le point sur les besoins et répartir le travail dans les différents ateliers. Après un temps réservé au travail en atelier pour lequel les étudiants s’organisent entre eux, les ateliers se réunissent en présence du (des) responsable(s) enseignant(s) pour faire un point intermédiaire, évoquer les dif-ficultés rencontrées. Après un délai supplémentaire le « service » fait une nouvelle réunion globale permettant aux informations de circuler entre ateliers, de décider des suites à donner... Suite à cette réunion chaque atelier produit un rapport écrit succinct sur l’avancée de ses travaux et des suites à donner. Et, après une dernière période de travaux, les différents ateliers pré sentent leur travail (diaporamas) de l’année lors d’une réunion bilan à laquelle sont conviés les enseignants de la faculté, et les autres personnels qui ont été sollicités par les étudiants durant leur travail ainsi que des auditeurs externes. Ce travail s’étend sur tout le semestre. Les thèmes des ateliers sont rédaction, contrôle et réévaluation des procédures dont des dossiers d’appareils, audits internes, ‘hygiène et de sécurité, communication et animation autour de la qualité, mise à jour et améliora-tion de l’application informatique de gestion du système qualité Objectifs en termes de compétences :• Connaître la structure et le contenu d’une démarche qualité globale reprenant les concepts de

contrôle qualité, maîtrise de la qualité, assurance qualité et management de la qualité.• Connaître les principes de l’amélioration continue.• Mettre en œuvre un système qualité (procédures, indicateurs, audits, formations,...).• Mettre en œuvre (définir, planifier, réaliser et analyser) des audits qualité internes.• Savoir produire des outils d’assurance qualité.• Mettre en place et suivre une démarche d’amélioration continue.• Connaitre et faire appliquer des règles d’hygiène et de sécurité.• Animation de méthodes et d’outils qualité (cercles de qualité) sensibilisation et formation des

services concernés à la qualité.

Préparation à l’insertion professionnelle



176

Méthodologie du travail de recherche - TP intégrés projet personnel

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours): Développer et caractériser un médicament à partir d’une molécule active donnée, qui pourra être synthétisée ou extraite au cours de ces TP.Rédiger un compte-rendu en respectant le format des publications scientifiques.L’étudiant proposera les protocoles à mettre en œuvre pour formuler/caractériser/évaluer une mo-lécule active donnée en respectant les pharmacopées en vigueur. Il sera en mesure de justifier ses choix. Les travaux feront intervenir diverses disciplines : synthèse, analyse du médicament, formulation galénique, pharmacologie, physiologie, pharmacognosie, toxicologie, microbiologie… L’ensemble des résultats obtenus complétés par les recherches bibliographiques réalisées sur le su-jet seront présentés sous forme de publication scientifique. Ce travail sera réalisé en petits groupes d’étudiants issus des différentes spécialités du Master Sciences du médicament.Objectifs en termes de compétences :• Rechercher les protocoles à mettre en œuvre.• Connaître la relation entre les caractéristiques d’une molécule et la forme galénique.• Mettre en œuvre des techniques de formulation, des essais analytiques et des techniques de

dosages en appliquant des protocoles définis.• Identifier les variables physico-chimiques pour orienter vers des techniques d’analyse de la

molécule, des impuretés et du produit fini.• Comprendre les mécanismes d’action des médicaments• Définir un contexte expérimental pour orienter vers une technique d’analyse, de séparation, de

dosage en fonction des caractéristiques de la formulation.• Identifier les contraintes réglementaires liées au développement pharmaceutique.• Adapter sa communication et son comportement, échanger avec des interlocuteurs ayant des

compétences différentes mais complémentaires.• Savoir analyser et interpréter les résultats.• Analyse de données bibliographiques• Savoir communiquer des connaissances scientifiques sous la forme de compte-rendus.







Objectives in terms of skills:• Acquisition of good working practices with live cells• Understand and master the techniques developed during the course• To be able to interpret experimental results



177




ganic Chemistry...• Objectives in terms of skills:• Establish and evaluate experimentally a strategic plan for protein purification.• Develop the ability to use separation tools in the field of protein engineering.• Develop methodological skills at the level of the research and development program

Microbiology practicals

Objectives in terms of knowledge (course content): • Basic methods in microbiology• Enrichment of airborne germs• Direct isolation of aerobe endospores (Bacillus megaterium), methods to determine the Gram

behavior• Enrichment and isolation of saccharolytic Chlostridia• Production and analysis of antibiotics• Microbial reduction of hydrocarbons; cleaning up of environmental oil spills• Biotransformation(biotechnologic production of aspartate)Objectives in terms of skills:w• Students will be able to identify and characterize common bacterial and yeast species.





178


CURRICULUM M2 S3

COURSE TEACHERS CM (H) CI (H) TD (H) TP (H)Total hrs

student

ECTS

/Coeff

.

9 ECTS

Bioproduction M. Donzeau 70 70 1Biomolécules: description,

bioréactivité ciblageM.V. Spanedda 20 12 32 1

Analyse des macromolécules

issues des biotech S. Ennahar20 8 28 1

6 ECTS

Génétique Humaine B. Chatton 24 24 1Comparative and medical



Découverte et développement

de médicaments: Etude de casM. Hibert/N. Frossard 20 9 29 1

Mémoire bibliographique

(pharmaciens)Thesis director / 1

Production dans l'industrie

pharmaceutique : conception

et contraintes P. Combroux

16 16 1

6 ECTS

Professional Integration:

communication strategiesB. Van Overloop 20 20 1

Dossiers d'AMM Etude de cas M. De Giorgi 8 16 24 1

9 ECTS

Projet création d'entreprise G. Orfanoudakis 75 75 3Project in biotechnological

processes (ingénieurs)C. Zell (Offenburg) 75 3

Total 375

UE Biotechnologie pharmaceutique avancée II ( choisir 2 cours)

UE Projet spécialisé (5 semaines)

UE Biotechnologie pharmaceutique avancée I

UE Formation sciences humaines sociales et économiques III




179


MECC M2 S3

COURSE TEACHERS


Bioproduction M. Donzeau Présentation orale oral 15 minBiomolécules: description,

bioréactivité ciblageM.V. Spanedda MECC Faculté de Pharmacie

Analyse des macromolécules issues

des biotechS. Ennahar

Génétique Humaine B. Chatton


d'exercice, de questions de cours

et/ou d'anlyse de publication

2H

Ecrit 1h30

Ecrit 1h30

Drug design E. KellenbergerDécouverte et développement de

médicaments: Etude de casM. Hibert/N. Frossard


(pharmaciens)Thesis director

Production dans l'industrie

pharmaceutique : conception et

contraintes

P. Combroux

Professional Integration:

communication strategiesB. Van Overloop

MECCFacultédePharmacieDossiers d'AMM Etude de cas M. De Giorgi MECCFacultédePharmacie

Project in biotechnological

processes (ingénieurs)C. Zell (Offenburg)

UE Formation sciences humaines sociales et économiques III

UE Projet spécialisé (5 semaines)

MECC Faculté de Pharmacie





UE Biotechnologie pharmaceutique avancée I

UE Biotechnologie pharmaceutique avancée II ( choisir 2 cours)

Projet création d'entreprise G. Orfanoudakis

rapport écrit sous forme de business plan

création d'un site WEB

présentation orale du projet

Session initiale Session

Comparative and medical genomics O. Lecompte



180


M2 S3

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours) :Cet enseignement permettra à l’étudiant de se familiariser avec une discipline nouvellement Gene-ral principles of production and purification of recombinant proteins in E. coli.Search for optimum expression conditions of different proteins in E. coli using different induction methodologies such as auto-induction and induction with IPTG at different temperatures (37°, 30° or 20°).Scale-up of the retained protein and purification of the protein by chromatography; Maltose Bin-ding Protein (MBP), Chelate (His-Tag) or Gluthation-S-Transferase. (GST), and characterization.Objectifs en termes de compétences :Objectives in terms of skills :• Reflection and criticism on recombinant protein production in E. coli, scale-up and adapted

methods for their purification.• Reflection on the experiments and controls to be carried out to validate the project• Ability to use different chromatography techniques depending on the components to be

purified.• Project management and critical analysis of experimental results• Team Work Management

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours) :Cette UE donne une vision moléculaire des biomolécules et des biomédicaments, de leurs propriétés physico-chimiques et de leur réactivité in vivo ainsi que des possibilités de bioconjugaison et de ciblage.• Peptides et protéines : Rappels, synthèse de peptides et peptidomimétiques d’intérêt

thérapeutique, enjeux synthétiques et économiques. Bioproduction de peptides, Lipopeptides, lipoprotéines et vaccins.

• Oligonucléotides et acides nucléiques : Rappels, synthèse d’oligonucléotides d’intérêt thérapeutique, MicroRNAs, PNAs

• Sucres et analogues : Obtention du fondaparinux, des héparines et des HBPM, héparines frelatées.

• Bioréactivité : - Propriétés physico-chimiques - Bioconjugaison : description, principe de “bioorthogonalité”, chimie biocompatible des groupements fonctionnels (amines, thiols, acides, alcools…), application aux biomolécules (lipides, sucres, peptides, acides nucléiques), chimie “Click” (cycloaddition de Huisgens, réaction de Staudinger…). Réactifs de bioconjugaison (homobifonctionnels, hétérobifonctionnels…).

• Applications en vectorisation et ciblage : Description moléculaire et supramoléculaire des vecteurs et applications : cyclodextrines, nano et microparticules, liposomes, nanotubes de carbones… Ajustement de la vectorisation : furtivité, ciblage… Fluocarbures et amphiphiles fluorés : préparation et applications. Vectorisation des peptides et protéines : problématique, cell penetrating peptides, complexes non covalents. Vectorisation des OligoNucléotides (SiRNA, micro RNAs), lipoplexes, polyplexes.

Objectifs en termes de compétences :Acquérir une vision moléculaire des biomolécules et des biomédicaments, de leurs propriétés physico-chimiques et de leur réactivité ainsi que des possibilités de bioconjugaison et de ciblage.• Savoir proposer et développer une stratégie de vectorisation pour une biomolécule.• Acquérir une connaissance de la recherche locale, correspondant à des pôles de recherche

identifiés au sein de l’Université de Strasbourg et labélisés au niveau national.• Être capable d’organiser une veille technologique.

Bioproduction

Biomolécules: description, bio-réactivité, ciblage



181

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours) :Consolider et élargir toutes les connaissances acquises en termes de conception et développement de molécules biologiquement actives et de biomarqueurs à travers l’étude de cas concrets présentés par des acteurs du domaine (chercheurs, développeurs, industriels, créateurs d’entreprises, etc.).• Perfectionnement des connaissances en drug discovery & development:• Introduction et cadrage du cours• Identification et validation de cibles• Criblage, méthodes et interprétations• Comment démarrer un projet de recherche• Recherche clinique• Biomarqueurs• Gestion du risquePrésentation de cas concrets ayant abouti au développement clinique d’un candidat médicament ou à une mise sur le marché d’une spécialité.• Peptides-médicaments. Exemple: ImmuPharma (découverte par le chercheur, Sylviane Muller,

stratégie industrielle par le PDG)• Petites molécules organiques. Exemple: antibiotiques (Luc Van Hijfte J&J, NovAlix) ou

antipsychotiques (Pascal George, Sanofi)• Vaccins thérapeutiques. Exemple: Transgène (pré-clinique et clinique)• Produits naturels. Exemple: Phytodia.• Outils de ciblage. Exemple: Polyplus.Objectifs en termes de compétences :• Connaissance du secteur R&D et des expériences (notamment locales) acquises dans les secteurs privé et public, notamment dans le domaine du Biomédicament.• Savoir mettre en place des stratégies de recherche.• Avoir un regard critique sur le domaine.• Organiser une veille technologique.• cite the different types of human polymorphism• explain the principles of experimental methods used for genetic variation analysis presented during the course• describe the importance of P450 cytochromes and polymorphism in their genes in differences in drug response between individuals• establish, write and follow experimental protocols• perform genotyping data analysis• keep a laboratory notebook• write a report in the form of a mini-publication (abstract, introduction, results and analysis, discussion and conclusion)• present his/her experimental work orally using a PowerPoint presentation

Découverte et développement de médicaments: Etude de cas


tions• Introduction to genetic markers• Genetic mapping• Identification of the genes responsible for diseases• Multi-factorial diseases - Genetic tests• Animal models of human pathologies

Bibliographie :Bioconjugate techniques, G. T. Hermanson, ElsevierBioconjugation protocols, strategies and methods, C. M. Niemeyer, Humana Press



182

Dans cette UE, l’étudiant apprend à analyser les structures tridimensionnelles à l’échelle atomique de protéines, à les convertir en pharmacophore, à les prédire par docking, avec pour but final d’établir des stratégies de criblage virtuel pour la conception rationnelle de molécules bioactives (= Computer-Aided Drug Design). Les chapitres suivants seront traités en cours magistral :1 -Les bases moléculaires de la reconnaissance entre une molécule « drug-like » et sa cible pro-téique.2 -Modélisation de l’interaction ligand-protéineDétection et représentation des sites protéiquesFlexibilité moléculaireAlignement en 3DÉvaluation3 - Pharmacophore : méthodes, programmes, applications4 - Docking/Scoring : méthodes, programmes, applicationsDes enseignements dirigés et pratiques sont adossés aux cours magistraux. Les savoirs théoriques ainsi sont appliqués à des exemples concrets, choisis dans le domaine de la conception rationnelle de principes actifs.Les travaux dirigés sont basés sur l’analyse de documents et la résolution d’exercices de réflexion sur l’interaction ligand/protéine.Les travaux réalisés en salle de ressources informatiques portent sur :1 -Analyse de structure 3D de protéines : Détection et caractérisation des sites de molécules « drug-like »2 -Analyse de la flexibilité d’une molécule « drug-like »3 -Drug design 1: création de pharmacophore et criblage virtuel4 -Drug design 2: re-docking, cross-docking et criblage virtuel

Drug design: conception de médicaments assistée par ordinateur

Comparative and medical genomics Objectives in terms of knowledge (course content): • Basic concepts and methodologies used in comparative genomics (orthology, paralogy, syn-




• Examples of molecular pathologies• Gene Therapy and Cancer Therapy• Genetic fingerprints, molecular anthropology• Molecular embryology• Pre-implantation diagnosis, embryo cloning, Stem cells, bioethicsObjectives in terms of skills:Students must acquire a global and reasoned vision of the contributions of molecular genetics to the understanding of the pathology of patients with both hereditary and acquired genetic diseases ( and cancers). In each case, the basic concepts will be recalled and illustrated by guest speakers



183

Objectifs en termes de compétences :La validation de l’UE est conditionnée par la connaissance des principes et domaines d’application des méthodes pharmacophore et docking, ainsi que la capacité d’exécuter les programmes infor-matiques pour la prédiction de structures de complexes ligand/protéine et pour le criblage virtuel.Ces compétences théoriques et pratiques sont directement applicables dans des projets de chimie médicinale. Dans une perspective professionnelle élargie, l’étudiant comprendra l’importance des aspects théoriques dans les phases de recherche et développement dans l’industrie pharmaceu-tique (lors du criblage à haut débit, et dans la sélection et l’optimisation de touches).

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours):Cet enseignement vise a développer les techniques analytiques appliquées aux macromolécules biologiques, en particulier celles obtenues par des processus biotechnologiques basés sur le développement des anticorps monoclonaux, sur les cultures microbiennes ou cellulaires et sur les recombinaisons génétiques. Il s’agit notamment des polymères biologiques, acides nucléiques, protéines et polysaccharides, mais aussi des lipides. Dans le domaine de la santé ou de l’agroalimentaire, il s’agit de nouvelles protéines ; de vaccins à partir de protéines purifiées, de peptides synthétiques ; insulines ; interférons ; hormones antihypophysaires, etc.. Le cours met l’accent sur les méthodes d’analyse les plus performantes, telles que spectrométrie de masse, et les techniques électrophorétiques et immunotechnologiques.

Cet enseignement traite des méthodes utilisées pour analyser et caractériser les macromolécules biologiques, avec un accent particulier sur les protéines : pH et tampons, méthodes de centrifugation (différentielle, gradient, équilibre), méthodes d’électrophorèse (SDS, native, focalisation isoélectrique, immuno-électrophorèse, gel 2D), techniques de quantification, technique d’estimation par l’activité (bio-essais basés sur l’activité catalytique, antimicrobienne, etc), séquençage des protéines, procédés de purification des macromolécules par différentes méthodes chromatographiques (échange d’ions, filtration sur gel, chromatographie d’affinité), techniques de fractionnement des macromolécules cellulaires ; spectroscopies UV-visible et de fluorescence, spectrométrie de masse, résonance plasmon de surface, les méthodes radiochimiques, immunologiques, introduction à la cristallographie aux rayons X et RMN dans la détermination de la structure des macromolécules. Le cours traite également de la transposition des techniques mises au point au niveau de la recherche de l’échelle analytique à l’échelle préparative puis indu strielle.Objectifs en termes de compétences :• Proposer une stratégie analytique pour des produits faisant appel à des processus biologiques

ou biotechnologiques ;• Expliquer les principes des techniques bio-analytiques et avoir connaissance des applications

de ces techniques ;• Sélectionner et utiliser les techniques pertinentes pour purifier des protéines et d’autres

macromolécules biologiques ;• Interpréter des données expérimentales obtenues en utilisant les techniques ci-dessus et

évaluer le succès des analyses ;• Proposer une application au niveau industriel en vue du contrôle des fabrications et de la

garantie de constance du produit.Bibliographie, lectures recommandées :Boyer R.F. (2011) Biochemistry Laboratory, Modern Theory and Techniques. Pearson, Benjamin/Cummings Publishing Company Inc.Karger B. L., Hancock W. S. (1996) High Resolution Separation and Analysis of Biological Macromolecules. In Methods in Enzymology (Vol. 270 & 271) Eds. John N. Abelson Melvin I. Simon. Elsevier.

Analyse des macromolécules issues des biotechnologies



184


Production dans l’industrie pharmaceutique: conception et contraintes industrielles

Communication interne: outil de management et/ou de comportement

Objectifsen termes de connaissances (contenu du cours): • L’objectif de cet enseignement est de permettre à l’étudiant de réaliser un travail personnel

bibliographique de synthèse sur un domaine couvert par la spécialité dans laquelle il est ins-crit, d’en faire une présentation orale et d’assurer une discussion avec un jury sur le travail présenté.

• Aucun enseignement spécifique n’est prévu pour cette UE. Un encadrement par un tuteur / promoteur du travail / directeur de thèse identifié sera assuré par un enseignant-chercheur ou un chercheur d’un organisme.

Objectifsen termes de compétences : • Cette UE s’adresse aux étudiants ayant déjà déposé un sujet de thèse avec un directeur

identifié.• Elle les encourage à soutenir leur thèse au cours de la 6ème année.

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours): • Qu’est que l’industrie pharmaceutique ?• Zones d’hygiène, systèmes de ventilation, méthodes de passage pour personnel et matériel

entre les différentes zones• Documentation• Généralités sur la production• Traitement et distribution d’eau pharmaceutique• Production des formes sèches• Production des formes liquides et semi-solides• Production des formes stériles• Notions de logistiqueObjectifs en termes de compétences : Notions de base permettant d’entrer dans l’industrie pharmaceutiques (production, assurance qualité)

Objectifs en termes de connaissances (contenu du cours): • Comprendre et maîtriser l’importance de la communication notamment interne en tant que

technique de comportement personnel et technique de management.• Principes de communication• Outils de communication personnel (fond et formes verbales et non verbales)• Notion de profils personnels de communication• Communication interne : quels enjeux ?• A quoi sert la communication interne ?• Qui sont les acteurs de la communication interne ?• Quels outils mobiliser ?Objectifsen termes de compétences : • Connaître son profil de communication• Savoir intégrer ce profil dans la communication interne• Maîtriser la communication interne comme un outil qui permet d’avoir une vision générale de

l’entreprise et de la comprendre comme un tout.

Objectives in terms of knowledge (course content) : Personal work on:The study of monographs of the European Pharmacopoeia: group of two-three students will study a monograph resulting from the European Pharmacopoeia that will be allotted to them. The work

CTD: case studies



185

Objectives in terms of knowledge (course content) : • Cette formation repose sur une pédagogie « active » (learning by doing)• Conception d’un projet scientifique utilisable pour le montage d’une entreprise.• Réalisation d’un business plan d’une entreprise réaliste, crédible pour le marché visé.• Clarification les différents volets de la création d’une entreprise (droit, assurances, gestion,

financement, ...)• Meilleure connaissance du monde de l’entreprise et de son fonctionnementObjectives in terms of skills : • Acquisition des outils intellectuels et conceptuels pour la création d’une entreprise en

biotechnologies• Permettre à chacun d’atteindre la capacité de traiter un projet dans le domaine des

biotechnologies, de l’idée originelle à sa concrétisation.

Projet création d’entreprise

will consist of exposing the contents of the monograph, describing the method, its usefulness, indicating its advantages and limitations. In addition, students will be asked to find alternative methods (in other references: food, environment, building, materials) whose performances they will compare with a critical eye. An assessment of the overall costs of implementing the method described in this monograph will be requested. Practical study of a Drug Marketing Authorization Application according to the CTD format. Groups of four to five students will have to write a Marketing Authorization Application for a Medicinal Product Specialty that will have been attributed to them. They will use all the lessons and knowledge learned during the two years of the Master studies. Group work will enable members to share their specific skills with others. They will have access to the latest European Pharmacopoeia, other available pharmacopoeias and all the bibliographic resources of the Common Documentation Service of the University of Strasbourg. They will benefit from the supervision of a tutor who will guide them across the work.Objectives in terms of skills : • Ability to research, use and critically interpret the information contained in the European

Pharmacopoeia• To participate in the drafting of a technical Drug Marketing Authorization Application by

implementing the knowledge acquired during theoretical courses• To be able to research, synthesize and present scientific information in technical English.

Master biotechnologie pharmaceutique

M2 S4


student

ECTS

/Coeff.

Stage 6 months 30 ECTS



Master Biotech pharmaceutique - description cours M2 S3 / curriculum M2 S4

livret pédagogique 2018 / 2019...mot du directeur ce livret, fruit du travail de l’équipe...

Documents