Lektion 7: Avlsværdivurdering

• Avlsværdivurdering

• Sikkerhed

• Formler

• Eksempler

• Genmarkører

• BLUP

Avlsværdivurdering

• Formål: Udvælge de bedste dyr

• Rangering efter genetisk overlegenhed

• Sikkerhed

Sikkerhed ved avlsværdivurderingen

• Statistisk model

• Data

Beregning af indeks (I) for avlsværdi

• I = bA/I (Pg -Ppop)

• bA/I = (na’h2)/(1+(n-1)t)

• t = ah2+c2

Sikkerhed ved avlsværdi indekset

• rIA: Sikkerhed

• rIA = (a’bA/I)½

• r2IA = a’bA/I

Eksempel på beregning af avlsværdi udfra døtregruppe

Specialtilfælde med ensartede slægtskabsforhold

Specialtilfælde med ensartede slægtskabsforhold

Halv og helsøskende til estimering af avlsværdi relevante slægtskabskoeficienter

Sikkerhed: I forhold til antal målinger og heritabilitet

Sikkerhed: I forhold til slægtskab og heritabilitet

• Genetisk slægtskab

• Connectedness (sammenflettethed)

• Registrering under kontrollerede og ensartede miljøforhold

Heritabilitet størrelse EksemplerHøj Større end 45 %, Fedtaflejring, fedtprocent i mælkLav Mindre end 10 %, Reproduktions egenskaber Middel 15-40 %, Tilvækst

Stamtavleoplysninger -de to forældres indeks

I = (Ifar+ Imor)/2

r2IA = (rIA,far

2 + rIA,mor2 )/4

• Fænotypemålinger (med alle beslægtede)• Andre målinger end Fænotypemålinger

- bl.a. genmarkører

Nye informationskilder: Genmarkører

h2: Samlet heritabiliteth1

2 : Heritabilitet af genmarkørenM: MarkøreffektP: Fænotypeværdi.

I = Ppop+ [(1-h2) / (1-h12)] [M-Ppop]

+ [(h2-h12)/(1-h1

2)] [P-Ppop]

r2AI = [(h1

2/h2)+h2-2h12]/(1-h1

2)

Formler vedr. genmarkører

Lav h2 brug af markør giver stor effekt på sikkerheden

- M +M -M +M -M +M

h2 0,05 0,05 0,25 0,25 0,5 0,5

h12 - 0,01 - 0,05 - 0,10

r2IA 0,05 0,24 0,25 0,35 0,50 0,56

Heritabilitet og brug af gen-markør

De to forældreI1 = I - Apop

r2AI,1

Egen præstation

I2 = I - Apop

r2AI,2

AfkomI3 = I - Apop

r2AI,3

Direkte opdatering af avlsværdi skøn

Direkte opdatering (DOA)

Beregning af et nyt indeks, Ic, udfra Ix og Iy

Ic = bxIx + byIy

x = 1,2,3 eller cy = 1,2,3 eller c

Vægtfaktorene (b’er)og sikkerhed

bx = 1-r2AIy/(1-r2

Ix,Iy)

by = 1-r2AIx/(1-r2

Ix,Iy)

r2IA,c = (r2

AIx+ r2AIy-2r2

Ix,Iy)/(1-r2IxIy)

r2Ix,Iy = r2

AIx r2AIy

På grundlag af fars afkom, mors og egen ydelser

Eksempel på DOA for mælkeydelse

BLUP, Animal Model

• Best: Minimere var[I- E(I)]

• Linear: Linearitet mellem modellens parametre

• Unbiased: E(I) = sande avlsværdi

• Prediction:Skøn

Standardisering af indeks

• Absolut værdi: Iabs = fra alle nævnte beregninger

• Relativ værdi: Irel = Iabs - Ppop

• Standardiseret værdi: Istand = (Iabs -Ppop)/P ~ N(0,1)