kolokium yanti ariyanti g34080045 -...
TRANSCRIPT
![Page 1: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/1.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Kolokium Yanti Ariyanti G34080045
Judul Kolokium:
Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat (Anguilla: Anguillidae) dalam KumpulanLarva ikan di Muara Sungai Kedurang Bengkulu, Menggunakan DNA Barcode.
Yanti Ariyanti, Achmad Farajallah, Dyah Perwitasari.
Departemen Biologi, Fakultas Matematika dan IPA, Institut Pertanian Bogor. 19Januari 2012.
PENDAHULUANLatar Belakang
Perairan laut Indonesia diduga merupakan tempat asal usul beragam spesies ikansidat (Anguilla spp.) yang tersebar di seluruh dunia. Diantara 18 spesies sidat yangsudah dikenal di dunia, sembilan diantaranya berada di Indonesia bahkan duadiataranya berstatus endemik, yaitu Anguilla borneensis dan Anguilla celebesensis.Ikan sidat termasuk ordo Anguiliformes dan famili Anguillidae yang terdiri darihanya satu genus yaitu Anguilla. Ciri pembeda genus Anguilla fase dewasa darigenus lain adalah letak sirip anal dan awal sirip punggung agak jauh dari kepala,sirip punggung dan anal memanjang menjadi satu dengan sirip ekor, tutup insangdekat ke bagian dada, serta pola melanofore yang spesifik (Tesch 1977).
Ikan sidat bersifat katadromous. Pemijahannya selalu dilakukan di laut dalamkemudian tumbuh dewasa di perairan tawar, mulai dari muara sampai ke hulusungai (Aoyama 2009). Dalam siklus hidupnya, tahapan perkembangan larva sidatyang disebut leptochepalus berlangsung relatif panjang di laut. Leptochepalusadalah larva sidat dengan bentuk menyerupai daun willow transparan yangmerupakan bentuk khas larva dari ikan elepomorph (Inoue et al. 2004). Setiba di
page 1 / 106
![Page 2: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/2.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
pantai, larva sidat mengalami perkembangan menjadi juvenil (glass eel) denganbentuk menyerupai pipa (anguilik) dan transparan (Tsukamoto 1994). Juvenil sidatkemudian terbawa arus pasang menuju muara sungai dan akan hidup beberapahari di muara untuk mengadaptasikan diri terhadap perubahan kadar garam. Larvaleptochepalus dan juvenil sidat di daerah tropis memiliki bentuk morfologi yang tidak dibedakan antar spesies sidat (Aoyama et.al 2003). Tingkat kesulitanmengidentifikasi spesies sidat berdasarkan morfologi fase larva dan juvenilmenyebabkan terhambatnya pengungkapan keanekaragaman hayati (Herbert2003).
Salah satu cara identifikasi fase larva adalah menggunakan DNA Barcode. TeknikDNA Barcoding tidak hanya berguna untuk mengidentifikasi spesies yang telahdikenali tetapi juga dapat menemukan spesies baru. Teknik DNA barcoding dapatmenyediakan sebuah “barkode biologi” dari urutan pendek DNA yangdistandardisasi untuk mengenali suatu spesies (Hajibabaei et al. 2005). Idemengenai penggunaan barcoding ditujukan untuk membedakan spesies danmengidentifikasi spesimen yang sulit dikenali, seperti fase larva, potongan organmaupun material yang mengalami pemrosesan, dengan menggunakan sekuens genyang cukup pendek.
Gen sitokrom oksidase subunit 1, yang dikenal sebagai CO1, merupakan salah satugen dalam genom mitokondria (mtDNA) yang sekuennya biasa digunakan sebagaibarcode. Sekuen gen CO1 mempunyai sifat-sifat yang memenuhi persyaratan untukdigunakan dalam menentukan suatu spesies pada hampir semua hewan, terutamapada bagian ujung 5’ gen dengan ukuran sekitar 700 bp (Hebert et al. 2003).
Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi komposisi jenis leptocephalus dan glass eel sidat (Anguilla sp.) dalam kumpulan larva ikan dari muara SungaiKedurang, Bengkulu menggunakan DNA Barcode.
Waktu dan Tempat
page 2 / 106
![Page 3: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/3.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Penelitian akan dilaksanakan pada bulan November 2011-Maret 2012 di bagianFungsi Hayati dan Perilaku Hewan, Departemen Biologi, Institut Pertanian Bogor.
BAHAN DAN METODE
Sampel Ikan. Kumpulan ikan yang diambil dari estuari sungai Kedurang Bengkulumerupakan koleksi Dr. Achmad Farajallah IPB. Kumpulan ikan diambil sekali padaminggu kedua bulan Juli 2011 dan dua kali pada minggu keempat Agustus 2011.Semua sampel disimpan dalam alkohol 70% yang mengandung EDTA 10 mM.
Identifikasi sampel. Larva dan juvenil sidat disortir berdasarkan jumlah myomereano-dorsal pada larva, kondisi insang, posisi dan kondisi sirip punggung dan siripdubur.
Ekstraksi dan Isolasi DNA. Sampel jaringan yang digunakan sebagai sumber DNAadalah jaringan otot dari seluruh bagian tubuh, terutama bagian tubuh ke arahposterior anaus. Ekstraksi dan isolasi DNA akan menggunakan DNA Extraction Kitfor animal tissue (Geneaid).
Amplifikasi dan Visualisasi Fragmen DNA. Amplifikasi ruas gen CO1 mtDNAakan dilakukan menggunakan primer universal gen CO1 pada ikan (http://ibol.org/resources/barcode-library/). Kondisi PCR akan dioptimasikan untukmemperoleh amplikon tunggal.. Pengujian amplikon akan dilakukan denganmetode polyacrilamiide gel electrophoresis 6% yang dilanjutkan dengan pewarnaansensitif perak (Byun et al. 2009).
page 3 / 106
![Page 4: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/4.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Perunutan Produk PCR dan Analisis DNA Sequensing. Amplikon berupa pitatunggal di atas gel poliakrilamid dan berukuran sesuai dengan desain primer akandijadikan cetakan dalam PCR for sequencing menggunakan menggunakan primeryang sama dengan amplifikasi sebelumnya. . Runutan nukleotida yang diperolehakan diedit kemudian saling disejajarkan menggunakan Clustal W 1.8 yang terdapatdalam program MEGA versi 4.00 (Tamura et al. 2007). Analisis kesamaan nukelotidadan hubungan-hubungan filogenetik antar spesies sidat yang teridentifikasi dansidat yang datanya sudah tersedia di database GenBank akan dilakukan denganmenggunakan MEGA versi 4.00 dengan berbagai opsi yang akan dieksplorasikemudian, mulai dari model substitusi, ukuran bootstrap dan pendekatanpembuatan pohon hubungan kekerabatan.
RENCANA JADWAL PENELITIAN
Kegiatan BulanFebruari
Maret April Mei Juni
Studi Literatur
****** ******
****** ******
******
Penyortiran Sampel
******Ekstraksi dan isolasiDNA
******Amplifikasi DNA
******DNA Sequencing
****** ******Analisis Filogeni
****** ******
page 4 / 106page 4 / 106
![Page 5: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/5.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
page 5 / 106
![Page 6: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/6.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
page 6 / 106
![Page 7: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/7.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
page 7 / 106
![Page 8: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/8.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
page 8 / 106
![Page 9: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/9.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
page 9 / 106
![Page 10: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/10.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
DaftarPustaka
Aoyama J,WouthuyzenS,MillerMJ,InagakiT,TsukamotoK.2003.Short-distancespawningmigration oftropicalfreshwatereels. Biol.Bull.204:104-108
page 10 / 106
![Page 11: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/11.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Aoyama J.2009.Lifehistoryandevolution ofmigration incatadromouseels(GenusAnguilla). Aqua-BioSci.Monogr.(ABSM)2: 1–42
ByunSO,FangQ,ZhouH, danHickford JGH.2009.Aneffectivemethod forsilver-stainingDNA inlargenumbers ofpolyacr
page 11 / 106
![Page 12: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/12.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
ylamide gels. AnalBiochem 385:174-175.
Hajibabaei etal. DnabarcodedistinguishspeciesoftropicalLepidoptera. PNAS103:968-971
HebertPDN,RatnasinghamS, DeWaardJR.2003.Barcodinganimallife:cytochrome coxidasesubunit
page 12 / 106
![Page 13: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/13.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
1divergencesamongcloselyrelatedspecies. Proc .R. Soc .B 270:96–99.
InoueGJ,MiyaM,TsukamotoK,NishidaM.2004.Mitogenomicevidence forelopomorphfishes(Teleostei)andtheevolutionaryoriginof theleptocephaluslarva. MolPhylogenetEvol
page 13 / 106
![Page 14: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/14.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
32:274–286
Tamura K,DudleyJ, Nei MdanKumarS.2007.MEGA4:Molecularevolutionarygeneticsanalysis(MEGA)softwareversion4.0. MolecularBiologyandEvolution 24:1596-1599.
TeschFW.1977. TheEel-BiologyandManag
page 14 / 106
![Page 15: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/15.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
ementofAnguillid Eels.Chapman andHall :London
TsukamotoK,Umezawa A(1994)Metamorphosis: akeyfactoroflarvalmigrationdetermininggeographicdistributionandspeciation ofeels.In: Proc4thIndo-Pac ConfFacFisheries,KasetartUniver
page 15 / 106
![Page 16: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/16.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
sity,Bangkok, p231–248
JudulKolokium:
IdentifikasiKomposisiJenisIkanSidat (Anguilla:Anguillidae)dalamKumpulanLarvaikan diMuaraSungaiKedurangBengkulu,
page 16 / 106
![Page 17: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/17.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
MenggunakanDNA Barcode.
YantiAriyanti,AchmadFarajallah,DyahPerwitasari.
DepartemenBiologi,FakultasMatematikadanIPA,InstitutPertanianBogor.19Januari2012.
PENDAHU
page 17 / 106
![Page 18: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/18.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
LUANLatarBelakang
Perairan lautIndonesiadidugamerupakantempatasalusulberagamspesiesikansidat (Anguilla spp.)yangtersebar diseluruhdunia.Diantara 18spesiessidatyangsudahdikenaldidunia,sembilandiantaranyaberadadiIndone
page 18 / 106
![Page 19: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/19.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
siabahkanduadiataranyaberstatusendemik, yaituAnguillaborneensisdan Anguillacelebesensis.IkansidattermasukordoAnguiliformesdanfamiliAnguillidaeyangterdiridarihanyasatugenusyaitu Anguilla. Ciripembedagenus Anguilla fasedewasa darigenus
page 19 / 106
![Page 20: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/20.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
lainadalahletaksiripanaldanawalsirippunggungagakjauhdarikepala,sirippunggungdananalmemanjangmenjadi satudengansiripekor,tutupinsangdekatkebagiandada,sertapolamelanoforeyangspesifik(Tesch1977).
Ikansidatbersifa
page 20 / 106
![Page 21: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/21.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
t katadromous.Pemijahannyaselaludilakukan dilautdalamkemudiantumbuhdewasa diperairantawar,mulaidarimuarasampaike hulusungai(Aoyama2009).Dalamsiklushidupnya,tahapanperkembanganlarvasidatyangdisebutleptochepalusberlangsungrelatif
page 21 / 106
![Page 22: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/22.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
panjang dilaut.Leptochepalusadalahlarvasidatdenganbentukmenyerupaidaunwillowtransparanyangmerupakanbentukkhaslarvadariikanelepomorph(Inoue et al.2004).Setibadipantai,larvasidatmengalamiperkembanganmenjadijuvenil(glasseel)dengan
page 22 / 106
![Page 23: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/23.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
bentukmenyerupaipipa(anguilik) dantransparan(Tsukamoto1994).Juvenilsidatkemudianterbawa aruspasangmenujumuarasungaidanakanhidupbeberapa haridimuarauntukmengadaptasikan diriterhadapperubahankadargaram.Larvaleptochepalusdanjuvenilsidat didaerahtropis
page 23 / 106
![Page 24: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/24.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
memilikibentukmorfologiyang tidakdibedakanantarspesiessidat(Aoyamaet.al2003). Tingkatkesulitanmengidentifikasispesiessidatberdasarkanmorfologifaselarvadanjuvenilmenyebabkanterhambatnyapengungkapankeanekaragamanhayati(Herbert2003).
page 24 / 106
![Page 25: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/25.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
SalahsatucaraidentifikasifaselarvaadalahmenggunakanDNA Barcode.TeknikDNA Barcoding tidakhanyabergunauntukmengidentifikasispesiesyangtelahdikenali tetapijugadapatmenemukanspesiesbaru.TeknikDNA barcodingdapatmenyediakansebuah“barkode
page 25 / 106
![Page 26: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/26.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
biologi” dariurutanpendekDNAyangdistandardisasi untukmengenalisuatuspesies(Hajibabaei etal.2005).Idemengenaipenggunaanbarcodingditujukanuntukmembedakanspesiesdanmengidentifikasispesimenyangsulitdikenali,sepertifaselarva,potonganorgan
page 26 / 106
![Page 27: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/27.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
maupunmaterial yangmengalamipemrosesan,denganmenggunakansekuens genyangcukuppendek.
Gensitokromoksidasesubunit1, yangdikenalsebagai CO1,merupakansalahsatugendalamgenommitokondria(mtDNA)yangsekuennyabiasadiguna
page 27 / 106
![Page 28: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/28.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
kansebagaibarcode.SekuengenCO1mempunyaisifat-sifatyangmemenuhipersyaratanuntukdigunakandalammenentukansuatuspesiespadahampirsemuahewan,terutamapadabagianujung5’ gendenganukuransekitar700 bp(Hebert et al. 2003).
Tujua
page 28 / 106
![Page 29: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/29.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
nPenelitian
Penelitian inibertujuanuntukmengidentifikasikomposisijenisleptocephalusdan glasseelsidat (Anguilla sp.)dalamkumpulanlarvaikandarimuaraSungaiKedurang,BengkulumenggunakanDNA Barcode.
Waktu
page 29 / 106
![Page 30: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/30.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
danTempat
PenelitianakandilaksanakanpadabulanNovember2011-Maret2012 dibagianFungsiHayatidanPerilakuHewan,DepartemenBiologi,InstitutPertanianBogor.
BAHANDANMETODE
SampelIkan. Kumpu
page 30 / 106
![Page 31: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/31.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
lanikanyangdiambildariestuarisungaiKedurangBengkulumerupakankoleksiDr.AchmadFarajallah IPB.KumpulanikandiambilsekalipadaminggukeduabulanJuli2011danduakalipadaminggukeempatAgustus 2011.Semuasampeldisimpandalam
page 31 / 106
![Page 32: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/32.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
alkohol70%yangmengandungEDTA10 mM.
Identifikasisampel. Larvadanjuvenilsidatdisortirberdasarkanjumlahmyomereano-dorsalpadalarva,kondisiinsang,posisidankondisisirippunggungdansiripdubur.
page 32 / 106
![Page 33: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/33.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
EkstraksidanIsolasiDNA. Sampeljaringan yangdigunakansebagaisumber DNAadalahjaringan ototdariseluruhbagiantubuh,terutamabagiantubuhkearahposterioranaus.Ekstraksi danisolasiDNAakanmenggunakanDNAExtraction Kitforanimaltissue(Geneaid).
page 33 / 106
![Page 34: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/34.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
AmplifikasidanVisualisasiFragmenDNA.AmplifikasiruasgenCO1mtDNAakandilakukanmenggunakanprimeruniversal genCO1padaikan (http://ibol.org/resources/barcode-library/).KondisiPCRakandioptimasikanuntukmemperoleh amplikon
page 34 / 106
![Page 35: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/35.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
tunggal..Pengujianamplikonakandilakukandenganmetode polyacrilamiide gelelectrophoresis 6%yangdilanjutkandenganpewarnaansensitifperak(Byun et al.2009).
PerunutanProduk PCRdanAnalisis DNASequensing.Amplikonberupapitatungga
page 35 / 106
![Page 36: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/36.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
l diatasgelpoliakrilamiddanberukuransesuaidengandesainprimerakandijadikancetakandalamPCR forsequencingmenggunakanmenggunakanprimeryangsamadenganamplifikasisebelumnya. .Runutannukleotidayangdiperolehakandieditkemudiansalingdisejaj
page 36 / 106
![Page 37: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/37.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
arkanmenggunakanClustalW 1.8yangterdapatdalamprogramMEGAversi4.00(Tamura et al.2007).Analisiskesamaannukelotida danhubungan-hubunganfilogenetikantarspesiessidatyangteridentifikasidansidatyangdatanyasudahtersedia didatabaseGenBa
page 37 / 106
![Page 38: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/38.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
nkakandilakukandenganmenggunakanMEGAversi4.00denganberbagai opsiyangakandieksplorasikemudian,mulaidarimodelsubstitusi,ukuranbootstrap danpendekatanpembuatanpohonhubungankekerabatan.
RENCANA JADW
page 38 / 106
![Page 39: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/39.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
ALPENELITIAN
Kegiatan BulanFebruari
Maret April Mei Juni
Studi Literatur
****** ******
****** ******
******
Penyortiran Sampel
******Ekstraksi dan isolasiDNA
******Amplifikasi DNA
******DNA Sequencing
****** ******Analisis Filogeni
****** ******
page 39 / 106
![Page 40: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/40.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
page 40 / 106
![Page 41: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/41.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Daftar
Pusta
ka
page 41 / 106
![Page 42: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/42.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Aoyam
a J,
Wouth
uyzen
S,
Miller
MJ,
Inagaki
T,
page 42 / 106
![Page 43: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/43.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Tsuka
moto
K.2003
.
Short-d
istance
spawni
ng
migrati
page 43 / 106
![Page 44: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/44.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
on of
tropical
freshw
ater
eels.
Biol.
Bull.
204:10
4-108
page 44 / 106
![Page 45: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/45.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Aoyam
a J.
2009.
Life
history
and
evoluti
on of
migrati
page 45 / 106
![Page 46: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/46.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
on in
catadr
omous
eels
(Genus
Anguill
a).
Aqua-B
ioSci.
page 46 / 106
![Page 47: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/47.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Monogr
.
(ABSM)
2: 1–42
Byun
SO,
page 47 / 106
![Page 48: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/48.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Fang
Q,
Zhou
H, dan
Hickfor
d JGH.
2009.
An
effectiv
page 48 / 106
![Page 49: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/49.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
e
metho
d for
silver-s
taining
DNA in
large
numbe
rs of
page 49 / 106
![Page 50: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/50.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
polyacr
ylamid
e gels.
Anal
Bioche
m 385:
174-17
5.
page 50 / 106
![Page 51: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/51.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Hajiba
baei et
al. Dna
barcod
e
disting
uish
species
of
page 51 / 106
![Page 52: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/52.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
tropical
Lepido
ptera.
PNAS
103:
968-97
1
page 52 / 106
![Page 53: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/53.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Hebert
PDN,
Ratnasi
ngham
S, De
Waard
JR.
2003.
Barcod
page 53 / 106
![Page 54: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/54.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
ing
animal
life:
cytochr
ome c
oxidas
e
subunit
1
page 54 / 106
![Page 55: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/55.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
diverg
ences
among
closely
related
species
. Proc .
R. Soc .
B 270:
page 55 / 106
![Page 56: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/56.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
96–99.
Inoue
GJ,
Miya
M,
Tsuka
page 56 / 106
![Page 57: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/57.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
moto
K,
Nishida
M.
2004.
Mitoge
nomic
eviden
ce for
page 57 / 106
![Page 58: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/58.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
elopom
orph
fishes
(Teleos
tei)
and
the
evoluti
onary
page 58 / 106
![Page 59: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/59.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
origin
of the
leptoce
phalus
larva.
Mol
Phylog
enet
Evol
page 59 / 106
![Page 60: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/60.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
32:274
–286
Tamur
a K,
Dudley
J, Nei M
page 60 / 106
![Page 61: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/61.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
dan
Kumar
S.
2007.
MEGA4
:
Molecu
lar
evoluti
page 61 / 106
![Page 62: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/62.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
onary
genetic
s
analysi
s
(MEGA)
softwar
e
version
page 62 / 106
![Page 63: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/63.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
4.0.
Molecu
lar
Biology
and
Evoluti
on 24:
1596-1
599.
page 63 / 106
![Page 64: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/64.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Tesch
FW.19
77. The
Eel-
Biology
and
Manag
ement
of
page 64 / 106
![Page 65: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/65.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Anguilli
d Eels.
Chapm
an and
Hall :
London
page 65 / 106
![Page 66: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/66.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Tsuka
moto
K,
Umeza
wa A
(1994)
Metam
orphosi
s: a
page 66 / 106
![Page 67: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/67.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
key
factor
of
larval
migrati
on
determ
ining
geogra
page 67 / 106
![Page 68: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/68.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
phic
distrib
ution
and
speciat
ion of
eels.
In: Proc
4th
page 68 / 106
![Page 69: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/69.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Indo-Pa
c Conf
Fac
Fisheri
es,
Kaseta
rt
Univer
sity,
page 69 / 106
![Page 70: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/70.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Bangko
k, p
231–24
8
page 70 / 106
![Page 71: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/71.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
JudulKolokium:
IdentifikasiKomposisiJenisIkanSidat (Anguilla:Anguillidae)dalamKumpulan
page 71 / 106
![Page 72: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/72.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Larvaikan diMuaraSungaiKedurangBengkulu,MenggunakanDNA Barcode.
YantiAriyanti,AchmadFarajallah,DyahPerwitasari.
DepartemenBiologi,FakultasMatematikadanIPA,InstitutPertanianBogor.19Januari2012.
page 72 / 106
![Page 73: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/73.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
PENDAHULUANLatarBelakang
Perairan lautIndonesiadidugamerupakantempatasalusulberagamspesiesikansidat (Anguilla spp.)yangtersebar diseluruhdunia.Diantara 18spesiessidatyangsudahdikenaldidunia,sembil
page 73 / 106
![Page 74: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/74.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
andiantaranyaberadadiIndonesiabahkanduadiataranyaberstatusendemik, yaituAnguillaborneensisdan Anguillacelebesensis.IkansidattermasukordoAnguiliformesdanfamiliAnguillidaeyangterdiridarihanyasatugenusyaitu Anguilla. Ciripembeda
page 74 / 106
![Page 75: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/75.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
genus Anguilla fasedewasa darigenuslainadalahletaksiripanaldanawalsirippunggungagakjauhdarikepala,sirippunggungdananalmemanjangmenjadi satudengansiripekor,tutupinsangdekatkebagiandada,sertapolamelanoforeyangspesifik(Tesch1977).
page 75 / 106
![Page 76: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/76.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Ikansidatbersifat katadromous.Pemijahannyaselaludilakukan dilautdalamkemudiantumbuhdewasa diperairantawar,mulaidarimuarasampaike hulusungai(Aoyama2009).Dalamsiklushidupnya,tahapanperkembanganlarvasidatyangdisebutleptochepalus
page 76 / 106
![Page 77: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/77.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
berlangsungrelatifpanjang dilaut.Leptochepalusadalahlarvasidatdenganbentukmenyerupaidaunwillowtransparanyangmerupakanbentukkhaslarvadariikanelepomorph(Inoue et al.2004).Setibadipantai,larvasidatmengalamiperkembanganmenjadijuvenil
page 77 / 106
![Page 78: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/78.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
(glasseel)denganbentukmenyerupaipipa(anguilik) dantransparan(Tsukamoto1994).Juvenilsidatkemudianterbawa aruspasangmenujumuarasungaidanakanhidupbeberapa haridimuarauntukmengadaptasikan diriterhadapperubahankadargaram.Larvaleptochepalusdanjuvenil
page 78 / 106
![Page 79: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/79.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
sidat didaerahtropismemilikibentukmorfologiyang tidakdibedakanantarspesiessidat(Aoyamaet.al2003). Tingkatkesulitanmengidentifikasispesiessidatberdasarkanmorfologifaselarvadanjuvenilmenyebabkanterhambatnyapengungkapankeanekaragamanhayati
page 79 / 106
![Page 80: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/80.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
(Herbert2003).
SalahsatucaraidentifikasifaselarvaadalahmenggunakanDNA Barcode.TeknikDNA Barcoding tidakhanyabergunauntukmengidentifikasispesiesyangtelahdikenali tetapijugadapatmenemukanspesiesbaru.TeknikDNA barcoding
page 80 / 106
![Page 81: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/81.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
dapatmenyediakansebuah“barkodebiologi” dariurutanpendekDNAyangdistandardisasi untukmengenalisuatuspesies(Hajibabaei etal.2005).Idemengenaipenggunaanbarcodingditujukanuntukmembedakanspesiesdanmengidentifikasispesimenyangsulitdikenali,
page 81 / 106
![Page 82: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/82.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
sepertifaselarva,potonganorganmaupunmaterial yangmengalamipemrosesan,denganmenggunakansekuens genyangcukuppendek.
Gensitokromoksidasesubunit1, yangdikenalsebagai CO1,merupakansalahsatugendalamgenommitokondria(mtDN
page 82 / 106
![Page 83: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/83.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
A)yangsekuennyabiasadigunakansebagaibarcode.SekuengenCO1mempunyaisifat-sifatyangmemenuhipersyaratanuntukdigunakandalammenentukansuatuspesiespadahampirsemuahewan,terutamapadabagianujung5’ gendenganukuransekitar700 bp(Heber
page 83 / 106
![Page 84: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/84.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
t et al. 2003).
TujuanPenelitian
Penelitian inibertujuanuntukmengidentifikasikomposisijenisleptocephalusdan glasseelsidat (Anguilla sp.)dalamkumpulanlarvaikandarimuaraSungaiKedurang,BengkulumenggunakanDNA
page 84 / 106
![Page 85: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/85.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Barcode.
WaktudanTempat
PenelitianakandilaksanakanpadabulanNovember2011-Maret2012 dibagianFungsiHayatidanPerilakuHewan,DepartemenBiologi,InstitutPertanianBogor.
BAHA
page 85 / 106
![Page 86: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/86.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
NDANMETODE
SampelIkan. KumpulanikanyangdiambildariestuarisungaiKedurangBengkulumerupakankoleksiDr.AchmadFarajallah IPB.KumpulanikandiambilsekalipadaminggukeduabulanJuli2011danduakalipada
page 86 / 106
![Page 87: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/87.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
minggukeempatAgustus 2011.Semuasampeldisimpandalamalkohol70%yangmengandungEDTA10 mM.
Identifikasisampel. Larvadanjuvenilsidatdisortirberdasarkanjumlahmyomereano-dorsalpadalarva,kondisiinsang,posisidankondisisirip
page 87 / 106
![Page 88: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/88.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
punggungdansiripdubur.
EkstraksidanIsolasiDNA. Sampeljaringan yangdigunakansebagaisumber DNAadalahjaringan ototdariseluruhbagiantubuh,terutamabagiantubuhkearahposterioranaus.Ekstraksi danisolasiDNA
page 88 / 106
![Page 89: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/89.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
akanmenggunakanDNAExtraction Kitforanimaltissue(Geneaid).
AmplifikasidanVisualisasiFragmenDNA.AmplifikasiruasgenCO1mtDNAakandilakukanmenggunakanprimeruniversal genCO1padaikan (http://ibol.org/resour
page 89 / 106
![Page 90: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/90.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
ces/barcode-library/).KondisiPCRakandioptimasikanuntukmemperoleh amplikontunggal..Pengujianamplikonakandilakukandenganmetode polyacrilamiide gelelectrophoresis 6%yangdilanjutkandenganpewarnaansensitifperak(Byun et al.2009).
page 90 / 106
![Page 91: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/91.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
PerunutanProduk PCRdanAnalisis DNASequensing.Amplikonberupapitatunggal diatasgelpoliakrilamiddanberukuransesuaidengandesainprimerakandijadikancetakandalamPCR forsequencingmenggunakanmenggunakanprimeryangsama
page 91 / 106
![Page 92: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/92.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
denganamplifikasisebelumnya. .RunutannukleotidayangdiperolehakandieditkemudiansalingdisejajarkanmenggunakanClustalW 1.8yangterdapatdalamprogramMEGAversi4.00(Tamura et al.2007).Analisiskesamaannukelotida danhubungan-hubunganfilogen
page 92 / 106
![Page 93: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/93.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
etikantarspesiessidatyangteridentifikasidansidatyangdatanyasudahtersedia didatabaseGenBankakandilakukandenganmenggunakanMEGAversi4.00denganberbagai opsiyangakandieksplorasikemudian,mulaidarimodelsubstitusi,ukuranbootstrap danpendek
page 93 / 106
![Page 94: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/94.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
atanpembuatanpohonhubungankekerabatan.
RENCANA JADWALPENELITIAN
Kegiatan BulanFebruari
Maret April Mei Juni
Studi Literatur
****** ******
****** ******
******
Penyortiran Sampel
******Ekstraksi dan isolasiDNA
******Amplifikasi DNA
******DNA Sequencing
****** ******Analisis Filogeni
****** ******
page 94 / 106
![Page 95: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/95.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
page 95 / 106
![Page 96: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/96.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
page 96 / 106
![Page 97: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/97.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
page 97 / 106
![Page 98: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/98.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
page 98 / 106
![Page 99: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/99.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
page 99 / 106
![Page 100: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/100.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
DaftarPustaka
Aoyama J,WouthuyzenS,MillerMJ,InagakiT,TsukamotoK.2003.Short-distancespawningmigration oftropicalfreshwatereels. Biol.Bull.204:104-108
page 100 / 106
![Page 101: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/101.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
Aoyama J.2009.Lifehistoryandevolution ofmigration incatadromouseels(GenusAnguilla). Aqua-BioSci.Monogr.(ABSM)2: 1–42
ByunSO,FangQ,ZhouH, danHickford JGH.2009.Aneffectivemethod forsilver-stainingDNA inlargenumbers ofpolyacr
page 101 / 106
![Page 102: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/102.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
ylamide gels. AnalBiochem 385:174-175.
Hajibabaei etal. DnabarcodedistinguishspeciesoftropicalLepidoptera. PNAS103:968-971
HebertPDN,RatnasinghamS, DeWaardJR.2003.Barcodinganimallife:cytochrome coxidasesubunit
page 102 / 106
![Page 103: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/103.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
1divergencesamongcloselyrelatedspecies. Proc .R. Soc .B 270:96–99.
InoueGJ,MiyaM,TsukamotoK,NishidaM.2004.Mitogenomicevidence forelopomorphfishes(Teleostei)andtheevolutionaryoriginof theleptocephaluslarva. MolPhylogenetEvol
page 103 / 106
![Page 104: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/104.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
32:274–286
Tamura K,DudleyJ, Nei MdanKumarS.2007.MEGA4:Molecularevolutionarygeneticsanalysis(MEGA)softwareversion4.0. MolecularBiologyandEvolution 24:1596-1599.
TeschFW.1977. TheEel-BiologyandManag
page 104 / 106
![Page 105: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/105.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
ementofAnguillid Eels.Chapman andHall :London
TsukamotoK,Umezawa A(1994)Metamorphosis: akeyfactoroflarvalmigrationdetermininggeographicdistributionandspeciation ofeels.In: Proc4thIndo-Pac ConfFacFisheries,KasetartUniver
page 105 / 106
![Page 106: Kolokium Yanti Ariyanti G34080045 - achamad.staff.ipb.ac.idachamad.staff.ipb.ac.id/wp-content/plugins/as-pdf/Achmad Farajallah...Judul Kolokium: Identifikasi Komposisi Jenis Ikan Sidat](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040108/5d55cd5188c993e70e8bb359/html5/thumbnails/106.jpg)
Achmad Farajallah | Kolokium Yanti Ariyanti G34080045Copyright Achmad Farajallah [email protected]://achamad.staff.ipb.ac.id/2011/11/22/identifikasi-komposisi-jenis-ikan-sidat-anguilla-anguillidae-dalam-kumpulan-larva-ikan-di-muara-sungai-kedurang-bengkulu-menggunakan-dna-barcode/
sity,Bangkok, p231–248