implementasi metode kernel partial least square...
TRANSCRIPT
![Page 1: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/1.jpg)
IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK
KLASIFIKASI KANKER OVARIUM(Kata kunci: Klasifikasi kanker ovarium, KPLS,
kernel, SELDI-TOF)
PRESENTASI TUGAS AKHIR – KI091391
Penyusun Tugas Akhir :
Lisa Yuli Kurniawati
(NRP : 5108.100.089)
Dosen Pembimbing :
Prof. Ir. Handayani Tjandrasa, M.Sc., Ph.D.
Isye Arieshanti, S.Kom., M.Phil.
08 Juni 2012 Tugas Akhir – KI091391
![Page 2: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/2.jpg)
Outline
2
Latar Belakang1
Tujuan2
Rumusan Masalah3
Metode4
Desain & Implementasi5
Uji Coba6
Kesimpulan7
![Page 3: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/3.jpg)
Outline
3
Latar Belakang1
Tujuan2
Rumusan Masalah3
Metode4
Desain & Implementasi5
Uji Coba6
Kesimpulan7
![Page 4: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/4.jpg)
4
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
Latar Belakang
Diagnosa dini itu penting!
![Page 5: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/5.jpg)
5
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
Latar Belakang
![Page 6: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/6.jpg)
Kernel Partial Least Square
6
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
Latar Belakang
![Page 7: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/7.jpg)
Outline
7
Latar Belakang1
Tujuan2
Rumusan Masalah3
Metode4
Desain & Implementasi5
Uji Coba6
Kesimpulan7
Tujuan2
![Page 8: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/8.jpg)
Tujuan
Implementasi perangkat lunak prediktor kanker ovarium dengan menggunakan KPLS
8
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
![Page 9: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/9.jpg)
Outline
9
Latar Belakang1
Tujuan2
Rumusan Masalah3
Metode4
Desain & Implementasi5
Uji Coba6
Kesimpulan7
Rumusan Masalah3
![Page 10: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/10.jpg)
Bagaimana mengimplementasikan perangkat lunak prediktor kanker ovarium dengan Kernel Partial Least Square?
Bagaimana mengevaluasi fungsi-fungsi pada perangkat lunak?
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
Rumusan Masalah
10
![Page 11: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/11.jpg)
Outline
11
Latar Belakang1
Tujuan2
Rumusan Masalah3
Metode4
Desain & Implementasi5
Uji Coba6
Kesimpulan7
Metode4
![Page 12: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/12.jpg)
Metode
Partial Least Square :
Variabel
respon
(output)
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
12
Variabel prediktor
(input)
Koefisien regresi
![Page 13: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/13.jpg)
Metode
KPLS PLS + trik Kernel
Permasalahan Nonlinear diselesaikan secara Linear ??
fungsiKERNEL
dilibatkan
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
13
![Page 14: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/14.jpg)
Outline
14
Latar Belakang1
Tujuan2
Rumusan Masalah3
Metode4
Desain & Implementasi5
Uji Coba6
Kesimpulan7
Desain & Implementasi5
![Page 15: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/15.jpg)
Desain & Implementasi
Data Masukan
Data Keluaran
Gambaran Proses
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
![Page 16: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/16.jpg)
Data Masukan
Data
Spektometri masa
SELDI-TOF High Resolution
Teknologi
proteomik
Data ini dibuat oleh National Cancer Institute (NCI) yang telah dipublikasikan dan dapat diunduh pada situs berikut:
http://home.ccr.cancer.gov/ncifdaproteomics/ppatterns.asp.
m/z ratio
Dimensi data>370.000
16
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
Jumlah Sampel
Normal = 95Kanker = 121
![Page 17: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/17.jpg)
Data Keluaran
Keluaran proses latih
Keluaran proses prediksi
Koefisien regresi
Hasil prediksi
KANKER+1
NORMAL-1
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
![Page 18: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/18.jpg)
Gambaran Proses
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
18
Data Latih
Model Klasifikasi(KPLS)
Ulangi untuk K-Fold Cross Validation
Proses Uji
Proses Latih
Evaluasi (akurasi, sensitivitas &
spesifisitas)
Hasil Prediksi
Data
Ovarium
SELDI-TOF
Data Uji
Tahap
Pra-proses
![Page 19: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/19.jpg)
Tahap Pra-Proses
Data OvariumSELDI-TOF jumlah fitur >370.000
Penghilangan missing value
Set A
Seleksi Fitur(Uji T-2 sampel)
Set B
jumlah fitur= 39.905
jumlah fitur= 24.544
Transformasi Data
Set C
C10 jumlah fitur= 15.964 C40 jumlah fitur= 3.992
Transformasi Data
Set D
D10, jumlah fitur= 9.820D50, jumlah fitur= 1.964
dataset 1
dataset 2
dataset 3 & 4 dataset 5&6
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
![Page 20: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/20.jpg)
Penghilangan missing value
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
20
![Page 21: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/21.jpg)
Seleksi Fitur (Uji-T 2 Sampel)
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
21
![Page 22: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/22.jpg)
Transformasi Data
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
22
Lebar window = 10
![Page 23: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/23.jpg)
Gambaran Proses
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
23
Data Latih
Model Klasifikasi(KPLS)
Ulangi untuk K-Fold Cross Validation
Proses Uji
Proses Latih
Evaluasi (akurasi, sensitivitas &
spesifisitas)
Hasil Prediksi
Data
Ovarium
SELDI-TOF
Data Uji
Tahap
Pra-proses
![Page 24: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/24.jpg)
Proses Latih
Membuat matriks kernel K dan Kt
K = matriks kernel dari X orde (nxn)Kt = matriks kernel antara X dan Xt orde (nt x n)
Fungsi kernel polinomial
Komponen matriks kernel
dot product
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
24
![Page 25: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/25.jpg)
Proses Latih
Mencari koefisien regresi
p = jumlah komponen latent vector yang diekstraksi
Algoritma NIPALS
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
Koefisien regresi:
25
K
![Page 26: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/26.jpg)
Gambaran Proses
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
Data Latih
Model Klasifikasi(KPLS)
Ulangi untuk K-Fold Cross Validation
Proses Uji
Proses Latih
Evaluasi (akurasi, sensitivitas &
spesifisitas)
Hasil Prediksi
Data
Ovarium
SELDI-TOF
Data Uji
Tahap
Pra-proses
26
![Page 27: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/27.jpg)
Proses Uji
Prediksi terhadap Yt
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
27
Koefisien regresi
![Page 28: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/28.jpg)
Proses Evaluasi
Semakin besar nilai Akurasi , Sensitivitas dan Spesifisitas menunjukkan model semakin akurat
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
28
![Page 29: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/29.jpg)
Outline
29
Latar Belakang1
Tujuan2
Rumusan Masalah3
Metode4
Desain & Implementasi5
Uji Coba6
Kesimpulan7
Uji Coba6
![Page 30: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/30.jpg)
Rata-rataSensitivitasSet A= 90%Set B = 89%
Uji Coba I
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
30
Uji coba I : variasi data (Set A, Set B) dengan atau tanpa Seleksi Fitur
Jumlah fiturSet A = 39.905Set B= 24.544
Rata-rataSpesifisitas
Set A&B= 99%
Rata-rataAkurasi
Set A= 94%Set B = 93%
![Page 31: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/31.jpg)
Uji Coba I
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
31
Uji coba I : variasi data (Set A, Set B) dengan atau tanpa Seleksi Fitur
Jumlah fiturSet A = 39.905Set B= 24.544
Rata-rataSpesifisitas
Set A&B= 99%
![Page 32: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/32.jpg)
Rata-rataSensitivitasSet A= 90%Set B = 89%
Uji Coba I
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
32
Uji coba I : variasi data (Set A, Set B) dengan atau tanpa Seleksi Fitur
Jumlah fiturSet A = 39.905Set B= 24.544
![Page 33: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/33.jpg)
Uji Coba II
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
33
Uji coba II : Transformasi data, variasi parameter lebar window [Set A]
Jumlah fiturSet C10 = 15.964Set C20 = 7.984Set C30 = 5.324Set C40 = 3.992Set C50 = 3.196
Lebar Window yang digunakan adalah 10,20,30,4,50
Rata-rataAkurasi Set C terbaik
Set C50= 76,4%
![Page 34: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/34.jpg)
Uji Coba II
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
34
Uji coba II : Transformasi data, variasi parameter lebar window [Set B]
Jumlah fiturSet D10 = 9.820Set D20 = 4.912Set D30 = 3.276Set D40 = 2.456Set D50 = 1.964
Lebar Window yang digunakan adalah 10,20,30,4,50
Rata-rataAkurasi Set D terbaik
Set D40= 74,02%
![Page 35: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/35.jpg)
Outline
35
Latar Belakang1
Tujuan2
Rumusan Masalah3
Metode4
Desain & Implementasi5
Uji Coba6
Kesimpulan7 Kesimpulan7
![Page 36: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/36.jpg)
Kesimpulan
“Perangkat lunak yang dikembangkan dengan metode KPLS ini mampu memprediksi kanker ovarium. ”
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
36
0.00
0.20
0.40
0.60
0.80
1.00
1.20
A B C10 C40 D10 D50
Pe
form
a s
iste
m (
%)
Dataset
Akurasi
Sensitivitas
Spesifisitas
![Page 37: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/37.jpg)
![Page 38: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/38.jpg)
IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK
KLASIFIKASI KANKER OVARIUM(Kata kunci: Klasifikasi kanker ovarium, KPLS,
kernel, SELDI-TOF)
PRESENTASI TUGAS AKHIR – KI091391
Penyusun Tugas Akhir :
Lisa Yuli Kurniawati
(NRP : 5108.100.089)
Dosen Pembimbing :
Prof. Ir. Handayani Tjandrasa, M.Sc., Ph.D.
Isye Arieshanti, S.Kom., M.Phil.
08 Juni 2012 Tugas Akhir – KI091391
![Page 39: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/39.jpg)
TEORI-TEORI PENTING
[PEMBAHASAN]
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
![Page 40: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/40.jpg)
Latent Vector?
Sudah diketahui nilainya
Var. baruMenemukan faktor-faktor yang
memaksimalkan common variance, karena jika common variance diperbesar maka error
akan semakin kecil.
Matriks kovarian
Common variance(berkorelasi dengan var.
lain)
Spesific variance(tidak berkorelasi dengan
var. lain)
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
![Page 41: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/41.jpg)
Matriks Kovarian
2
1 12 1
2
21 2 2
2
1 2
p
p
n n p
Matriks yang unsur-unsurnya berupa varian(ragam) dan kovarian
(peragam) dari sekumpulan variabel.
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
![Page 42: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/42.jpg)
Loading Vector?
Latent
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
![Page 43: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/43.jpg)
Uji Hipotesis rata-rata multivariat dua populasi yang saling bebas
Dua sampel acak yang saling bebas yangdibentuk dari populasi yang berdistribusi normal,dengan asumsi keduanya memiliki variansi yangsama, maka dapat digunakan statistik uji t sebagaiberikut :
Dengan derajat bebas
1 2
2 2
1 1 2 2
1 2 1 2
( 1) ( 1) 1 1
2
x xt
n s n s
n n n n
1 2 2n n
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
![Page 44: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/44.jpg)
SELDI-TOF
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
Surface-Enhanced Laser Desorption Ionization Time of Flight
Menjadi ion
A typical low resolution
SELDI-TOF proteomic
profile will leave up to
15.500 data points that
comprise the recordings of
data between 500 and
20.000 m/z, with high
resolution mass
spectometry instrument
generating as much as
400.000 data points for 500
to 12.000 m/z
![Page 45: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/45.jpg)
M/z value? Intensity?
The time of flight(TOF) of the
ion, before it is detected by an
electrode, is a measure of the
mass to charge (m/z) value
The ion spectra can be
analysed by computer-
assisted tools to classify a
subset of the spectra by teir
characteristic patterns of
relative intensity.
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
![Page 46: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/46.jpg)
Transformasi Data
Rata-Rata (Pusat Data)
Varian (Tingkat persebaran data)
Skewness (kesimetrisan)
Kurtosis (keruncingan)
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
![Page 47: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/47.jpg)
Skewness (Kesimetrisan)
Skewness <0
Skewness =0
Skewness >0
Implementasi Metode Kernel Partial Least Square Untuk Klasifikasi Kanker Ovarium
![Page 48: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/48.jpg)
Kurtosis(Keruncingan)
![Page 49: IMPLEMENTASI METODE KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE …digilib.its.ac.id/public/ITS-paper-25673-5108100089-Presentation.pdfIMPLEMENTASI METODE . KERNEL PARTIAL LEAST SQUARE UNTUK KLASIFIKASI](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040206/5d4c530388c99329268b467d/html5/thumbnails/49.jpg)
Pengaruh Jumlah Komponen
0%
20%
40%
60%
80%
100%
120%
3 5 10 50 75
Ra
ta-R
ata
Pe
rfo
rma
s S
Iste
m
Jumlah Komponen Latent Vector
Set A
Akurasi
Sensitivitas
Spesifisitas