identifikasi daging babi dalam daging kebab yang...
TRANSCRIPT
1
IDENTIFIKASI DAGING BABI DALAM DAGING KEBAB YANG
BEREDAR DI PURWOKERTO MENGGUNAKAN METODE REAL-TIME
POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR)
SKRIPSI
Untuk memenuhi sebagian persyaratan
Mencapai Derajat Sarjana S-1
KHOTIMAH
0908010076
Fakultas Farmasi
Universitas Muhammadiyah Purwokerto
Purwokerto
2013
Identifikasi Daging Babi..., Khotimah, Farmasi Ump, 2013
2
IDENTIFIKASI DAGING BABI DALAM DAGING KEBAB YANG
BEREDAR DI PURWOKERTO MENGGUNAKAN METODE REAL-TIME
POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR)
SKRIPSI
Untuk memenuhi sebagian persyaratan
Mencapai Derajat Sarjana S-1
KHOTIMAH
0908010076
Fakultas Farmasi
Universitas Muhammadiyah Purwokerto
Purwokerto
2013
i
Identifikasi Daging Babi..., Khotimah, Farmasi Ump, 2013
3
HALAMAN PERSETUJUAN
IDENTIFIKASI DAGING BABI DALAM DAGING KEBAB YANG
BEREDAR DI PURWOKERTO MENGGUNAKAN METODE REAL-TIME
POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR)
KHOTIMAH
0908010076
Diperiksa dan disetujui oleh:
Pembimbing I Pembimbing II
Wiranti Sri Rahayu, M.Si., Apt. Suparman, M.Sc., Apt.
NIK. 2160348 NIK. 2160446
ii
Identifikasi Daging Babi..., Khotimah, Farmasi Ump, 2013
4
iii
Identifikasi Daging Babi..., Khotimah, Farmasi Ump, 2013
5
PERNYATAAN
Yang bertandatangan di bawah ini, saya:
Nama : Khotimah
NIM : 0908010076
Program Studi : Farmasi
Fakultas/Universitas : Farmasi / Universitas Muhammadiyah Purwokerto
Menyatakan dengan sebenar-benarnya bahwa skripsi ini adalah hasil dari
proses penelitian saya yang telah dilakukan dengan prosedur penelitian yang
benar dengan arahan dari dosen pembimbing dan bukan hasil penjiplakan dari
karya orang lain. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang
diterbitkan maupun yang tidak diterbitkan dari peneliti lain telah disebutkan
dalam teks dan dicantumkan dalam daftar pustaka di bagian akhir skripsi ini.
Demikian pernyataan ini, dan apabila kelak dikemudian hari terbukti ada
unsur penjiplakan, maka saya bersedia mempertanggungjawabkan sesuai dengan
ketentuan yang berlaku.
Purwokerto,10 September 2013
Yang menyatakan
Khotimah
iv
Identifikasi Daging Babi..., Khotimah, Farmasi Ump, 2013
6
INTISARI
KHOTIMAH. Identifikasi Daging Babi dalam Daging Kebab yang Beredar di
Purwokerto Menggunakan Metode Real-Time Polymerase Chain Reaction (RT-
PCR).
Dibawah Bimbingan WIRANTI SRI RAHAYU dan SUPARMAN
Latar Belakang : Jaminan kehalalan pangan untuk masyarakat Indonesia belum
diberikan secara optimal oleh pemerintah. Hal ini terbukti masih banyak
ditemukannya kontaminasi daging babi pada produk makanan daging olahan yang
beredar dipasaran. Kebab merupakan makanan daging olahan yang banyak
digemari. Penambahan daging babi dicurigai terdapat pada kebab sapi yang
beredar di Purwokerto. Berdasarkan landasan tersebut, maka penelitian
identifikasi daging babi dalam daging kebab yang beredar di Purwokerto
menggunakan metode real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) telah
dilakukan.
Tujuan Penelitian : Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendeteksi ada atau
tidaknya kandungan daging babi dalam daging olahan kebab sapi yang dijual di
wilayah Purwokerto dengan menggunakan metode real-time PCR.
Metode Penelitian : Penelitian dilakukan dengan menggunakan metode real-time
polymerase chain reaction (RT-PCR). Pimer yang digunakan berupa primer
spesifik babi ND5.
Hasil : Hasil kurva amplifikasi real-time PCR menggunakan primer spesifik
ND5, menunjukkan bahwa kontrol positif teramplifikasi dengan nilai Cq 17,15
sedangkan kontrol negatif dan tiga sampel kebab sapi tidak teramplifikasi dengan
nilai Cq 0.
Kesimpulan : Metode real-time PCR dapat digunakan untuk mengidentifikasi
kandungan daging babi dalam daging kebab sapi. Tiga sampel daging kebab sapi
yang diteliti terbukti tidak mengandung daging babi.
Kata Kunci : Halal, Daging babi, Kebab sapi, ND5, RT-PCR.
v
Identifikasi Daging Babi..., Khotimah, Farmasi Ump, 2013
7
ABSTRACT
KHOTIMAH. Identification of Pork in Meat Kebabs which Circulated in
Purwokerto Using Real-Time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) Metodh.
Under the guidance of WIRANTI SRI RAHAYU and SUPARMAN
Background : Guarantee of halal food for the Indonesian people have not been
given optimally by the government. This is proven that in the processed meat
which circulated in many markets still contaminated by pork. Kebabs is one of the
most favorite processed meat. The additional of pork was suspected in the kebabs
which circulated in Purwokerto. Based on that, the research of Identification of
pork in meat kebabs which circulated in Purwokerto using real-time polymerase
chain reaction (RT-PCR) have been done.
Research objectives : The goal of this research is to detect the presence of pork
in processed meat beef kebabs that are sold at of Purwokerto area using real-time
PCR method.
Research methods : Research done by using real-time PCR method. Pimer
specific primers used were ND5 pigs.
Results : Curve of real-time PCR amplification using specific primer ND5, shows
the Cq value of amplificated positive control is 17,15 whereas the Cq value of
negative control and three meat beef kebabs sampels un-amplificated is 0.
Conclusion : Real-time PCR method can be used to identify the content of pork
in beef kebab meat. Three beef kebab meat samples examined proved not contain
pork.
Key words : Halal, Pork, Beef kebabs, ND5, RT-PCR.
vi
Identifikasi Daging Babi..., Khotimah, Farmasi Ump, 2013
8
MOTTO
“…Sesungguhnya Allah tidak merubah Keadaan sesuatu kaum sehingga mereka
merubah keadaan…”
(QS. Ar Ra'd 13:11)
“ Sesuatu yang belum dikerjakan, seringkali tampak mustahil; kita baru yakin
kalau kita telah berhasil melakukannya dengan baik.”
(Evelyn Underhill)
“ Banyak kegagalan dalam hidup ini dikarenakan orang-orang tidak menyadari
betapa dekatnya mereka dengan keberhasilan saat mereka menyerah.”
(Thomas Alva Edison)
“ Jadilah kamu manusia yang pada kelahiranmu semua orang tertawa bahagia,
tetapi hanya kamu sendiri yang menangis; dan pada kematianmu semua orang
menangis sedih, tetapi hanya kamu sendiri yang tersenyum.”
(Mahatma Gandhi)
" Keep going and never quit! The champion is never quit."
vii
Identifikasi Daging Babi..., Khotimah, Farmasi Ump, 2013
9
PERSEMBAHAN
Puji syukur kepada Allah SWT, atas semua rahmat dan hidayah-NYA yang telah
dilimpahkan. Skripsi ini saya persembahkan untuk:
Azizah ibu saya dan Ali Helmi ayah saya. Terima kasih atas doa yang
senantiasa terlantun setiap waktu untuk saya, nasihat serta dukungan selama
ini agar tetap fokus menjalankan kewajiban saya sebagai mahasiswa. Semoga
Surga ada untukmu.
Kakaku Faerus soraya dan Hilda adiku. Terima kasih atas semua bantuan,
dukungan dan doanya yang diberikan kepada saya.
Agil, Balqis, Farah, Sabrina, dan semua teman yang tidak dapat saya sebutkan
satu per satu yang telah memberikan semangat dan dukungan agar skripsi
saya terselesaikan dengan hasil yang memuaskan.
viii
Identifikasi Daging Babi..., Khotimah, Farmasi Ump, 2013
10
PRAKATA
Dengan mengucap Alhamdulillahi Robil’allamin, dan segala puji syukur
senantiasa peneliti panjatkan kehadirat Allah SWT yang telah melimpahkan
rahmat, hidayah dan inayahnya, sehingga peneliti dapat menyusun dan
menyelesaikan skripsi ini. Sholawat dan salam senantiasa tercurahkan kepada
Nabi Besar Muhammad SAW berserta keluarga dan sahabatnya.
Penyelesaian skripsi ini tidak terlepas dari bantuan dan dukungan dari
berbagai pihak yang telah memberikan bantuan yang sangat berarti bagi peneliti,
baik secara moral maupun materi. Untuk itu, peneliti mengucapkan terima kasih
kepada:
1. Dr. H. Syamsuhadi Irsyad, SH, M.H Rektor Universitas Muhammadiyah
Purwokerto.
2. Dr. Nunuk Aries Nurulita, M.Si., Apt. Dekan Fakultas Farmasi Universitas
Muhammadiyah Purwokerto.
3. Wiranti Sri Rahayu, M.Si., Apt. Ketua Program Studi Farmasi Universitas
Muhammadiyah Purwokerto dan Dosen Pembimbing I yang telah
membimbing, dan mendukung terlaksananya ujian skripsi dan memberikan
kesempatan hingga peneliti selesai studi.
4. Suparman, M.Sc., Apt. Dosen Pembimbing II yang selalu sabar membimbing
dan mengarahkan dalam menyelesaikan skripsi ini.
5. Seluruh dosen dan karyawan Fakultas Farmasi Universitas Muhammadiyah
Purwokerto yang telah memberikan bekal bagi kehidupan.
6. Ali Helmi dan Azizah selaku orang tua atas bimbingan dengan penuh
kesabaran serta lasih sayang yang begitu besar, juga dukungan yang disertai
doa yang mengiringi setiap langkah perjalananku.
7. Semua teman-teman Farmasi UMP seluruh angkatan, khususnya angkatan
2009 yang memberikan senyuman, tawa, canda, persahabatan, kekeluargaan,
dukungan, bantuan, semangat, serta doa hingga akhir penulisan skripsi ini.
8. Semua pihak yang telah membantu penulis dalam menulis skripsi ini.
ix
Identifikasi Daging Babi..., Khotimah, Farmasi Ump, 2013
11
Semoga semua bimbingan, dorongan dan bantuan yang telah diberikan
kepada peneliti mendapatkan pahala dari Allah SWT. Teriring harapan semoga
skripsi ini dapat bermanfaat khususnya bagi peneliti dan pembaca. Amin.
Purwokerto, 10 September 2013
Penulis
x
Identifikasi Daging Babi..., Khotimah, Farmasi Ump, 2013
12
RIWAYAT HIDUP
Nama : Khotimah
Nim : 0908010076
Fakultas : Farmasi
Tempat dan Tanggal Lahir : Tegal, 5 Oktober 1989
Jenis Kelamin : Perempuan
Alamat : Ajibarang Wetan RT 03/02 Ajibarang,
Banyumas 53163
Riwayat Pendidikan :
a. SD : SD N 1 Ajibarang Wetan Lulus: 2003
b. SLTP : SMP Muhammadiyah Ajibarang Lulus: 2006
c. SLTA : SMA N Ajibarang Lulus: 2009
d. PT : Universitas Muhammadiyah
Purwokerto Lulus: 2013
xi
Identifikasi Daging Babi..., Khotimah, Farmasi Ump, 2013
13
DAFTAR ISI
halaman
HALAMAN JUDUL ........................................................................................ i
HALAMAN PERSETUJUAN ......................................................................... ii
HALAMAN PENGESAHAN .......................................................................... iii
HALAMAN PERNYATAAN ......................................................................... iv
INTISARI ......................................................................................................... v
ABSTRACT.............. ......................................................................................... vi
MOTTO ........................................................................................................... vii
HALAMAN PERSEMBAHAN ...................................................................... viii
PRAKATA ....................................................................................................... ix
DAFTAR RIWAYAT HIDUP ......................................................................... xi
DAFTAR ISI .................................................................................................... xii
DAFTAR TABEL ............................................................................................ xiv
DAFTAR GAMBAR ...................................................................................... xv
DAFTAR LAMPIRAN .................................................................................... xvi
BAB I PENDAHULUAN
A. Latar Belakang Masalah ......................................................... 1
B. Perumusan Masalah .............................................................. 2
C. Tujuan Penelitian .................................................................. 2
D. Manfaat Penelitian ................................................................ 3
BAB II TINJAUAN PUSTAKA
A. Definisi Kebab ....................................................................... 4
B. Definisi Babi ......................................................................... 4
C. Protein dan Asam Nukleat ................................................... 5
D. DNA ..................................................................................... 5
1. Struktur dan sifat Fisika Kimia DNA .............................. 5
2. NA Mitokondria ............................................................... 6
3. Isolasi dan Pemurnian DNA ............................................ 8
xii
Identifikasi Daging Babi..., Khotimah, Farmasi Ump, 2013
14
E. PCR ............................................................................. 9
1. Panjang Primer ................................................................ 10
2. Komposisi Primer .......................................................... 10
3. Melting temperature (Tm) ............................................... 10
4. Interaksi primer-primer ................................................. 11
F. Real Team PCR ................................................................... 11
G. Elektroforesis Gel ................................................................. 12
BAB III METODE PENELITIAN
A. Jenis dan Rancangan Penelitian ............................................. 13
B. Waktu dan Tempat Penelitian ................................................. 13
C. Alat dan Bahan ....................................................................... 13
D. Prosedur Kerja ....................................................................... 14
1. Pengumpulan Sampel ....................................................... 14
2. Isolasi DNA ....................................................................... 14
3. Pembuatan Seri Konsentrasi ............................................. 14
4. Pengecekan isolasi DNA .................................................. 15
E. Amplifikasi PCR (Real-time PCR) ........................................ 16
F. Analisis Hasil ........................................................................ 16
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
A. Isolasi DNA ............................................................................ 17
B. Pengecekan Hasil Isolasi dengan Elektroforesis Gel
Agarosa ................................................................................. 19
C. Amplifikasi DNA menggunakan Real-Time PCR ............... 22
BAB V KESIMPULAN DAN SARAN
A. Kesimpulan ............................................................................ 26
B. Saran ....................................................................................... 26
DAFTAR PUSTAKA .. ................................................................................... 27
LAMPIRAN … ................................................................................................ 30
xiii
Identifikasi Daging Babi..., Khotimah, Farmasi Ump, 2013
15
DAFTAR TABEL
halaman
Tabel 1. Susunan Basa Primer ND5 ............................................................ 21
Table 2. Seri Konsentrasi Daging Babi dalam Daging
Sapi ................................................................................................ 15
Tabel 3. Nilai Cq pada Sampel, Seri Konsentrasi, dan Kontrol
Pembanding ................................................................................... 23
xiv
Identifikasi Daging Babi..., Khotimah, Farmasi Ump, 2013
16
DAFTAR GAMBAR
halaman
Gambar 1 Struktur Basa Nitrogen Pirimidin dan Purin ................................ 6
Gambar 2. Struktur DNA Mitokondria .......................................................... 7
Gambar 3. Hasil Elektroforesis DNA Kontrol Pembanding dan Sampel ....... 20
Gambar 4. Hasil Elektroforesis DNA Seri Konsentrasi Standar .................. 21
Gambar 5. Kurva Amplifikasi DNA Kontrol Pembanding dengan Sampel ... 24
Gambar 6. Kurva Amplifikasi DNA Seri Kosentrasi Standar ....................... 24
xv
Identifikasi Daging Babi..., Khotimah, Farmasi Ump, 2013
17
DAFTAR LAMPIRAN
halaman
Lampiran 1. Alur Penelitian .......................................................................... 31
Lampiran 2. Perhitungan penentuan batas deteksi ......................................... 32
Lampiran 3. Hasil analisis DNA dengan menggunakan spektrofotometri
UV-Vis : ..................................................................................... 33
Lampiran 4. Membuat master mix untuk amplifikasi Real-Time PCR ......... 34
Lampiran 5. Alat dan bahan dalam penelitian .............................................. 35
Lampiran 6. Surat keterangan ....................................................................... 37
xvi
Identifikasi Daging Babi..., Khotimah, Farmasi Ump, 2013