Haplotipos y GWAS

Razones para estudiar haplotipos Son biológicamente relevantes

Varias mutaciones en cis interactúan para determinar la actividad, estabilidad, estructura tridimensional, etc, de la proteína

La variación en las poblaciones está estructurada dentro de los haplotipos. En algún momento en el tiempo la mutación fue introducida a la población en un haplotipo

Razones para estudiar haplotipos

Análisis que usan haplotipos tienen más poder que los que se basan en marcadores individuales

La informatividad de haplotipos de fase conocida puede ser más alta que la de marcadores individuales. SNPs son poco informativos, al combinar varios SNPs en un haplotipo aumenta la informatividad

Cómo inferir haplotipos

En datos familiares, dependiendo del caso, puede ser posible asignar la fase basado en la segregación

En individuos no emparentados esto no es posible. Se requieren algoritmos

Para obtener información de haplotipos Dos estrategias

Enfocada en individuo y asigna pares de haplotipos o probabilidad de haplotipo a los individuos (como PHASE)

Enfocada en la población. Estima frecuencias haplotípicas de la población (como Haploview)

Para análisis posteriores Opción más sencilla:

Usar la combinación más probable para cada individuo y tomarla como si hubiera sido observada

Pero, si existen otras combinaciones posibles esto genera un sesgo

Opción más correcta: Usar las probabilidades de haplotipo a

nivel de individuo para los análisis Usar las frecuencias poblacionales

estimadas

GWAS

Microarreglos

Microarreglos

6.0 Affymetrix

- 906,600 single nucleotide polymorphisms (SNPs)

- Más de 946,000 sondas para detectar CNV

Desventajas GWAS

Figure 1 Frequency distribution of effect sizes expressed as Odds ratio for the risk allele of 92 validated associated SNPs identified from GWAS. These SNPs represent associations with one of 16 disorders (listed in <ce:cross-ref refid="app1"> Ap...

Naomi R Wray , Michael E Goddard , Peter M Visscher

Prediction of individual genetic risk of complex disease

Current Opinion in Genetics &amp; Development Volume 18, Issue 3 2008 257 - 263

Ejemplo autismo

GWAS Esquizofrenia

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