genomics tegen erfelijke gebreken - wur
TRANSCRIPT
![Page 1: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/1.jpg)
Genomics tegenerfelijke gebreken
Bart DucroAnimal Breeding and Genomics Centre
![Page 2: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/2.jpg)
![Page 3: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/3.jpg)
Overzicht
Gevolgen van Inteelt
Erfelijke gebreken
Bestrijding erfelijke gebreken
Rol genomics
![Page 4: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/4.jpg)
Effect van inteelt?
Erfelijke gebreken
Inteeltdepressielagere melkproductie in rundveelanger kalfintervalreproductie in paardenIQ bij de mens
Verlies genetisch materiaalverlies adaptatielijnenteelt naar andere omgeving
Remedie:
inteelt-beheersing
![Page 5: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/5.jpg)
Selectie tegen erfelijke gebreken
![Page 6: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/6.jpg)
Erfelijke gebreken
Methode: • Controleer aanwezigheid• Goed- of afkeuren
dus selectie mogelijk
Resultaat: • Succes beperkt!!
Hoe te selecteren tegen erfelijke afwijkingen?
![Page 7: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/7.jpg)
Erfelijke gebreken: type van vererving:
Monogeen:•Meestal recessief•Homozygoot recessieven zichtbaar•Dragers niet zichtbaar
aa → ziekAa → niet ziek
![Page 8: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/8.jpg)
Erfelijke gebreken: frequenties
foute allelen in heterozygoten zijn verborgenfractie verborgen allelen is 1 : q
q = 0.20 15% allelen in heterozygotenq = 0.01 99% allelen in de heterozygoot
lijders in volgende generatie
![Page 9: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/9.jpg)
Erfelijke gebreken: selectie
Selectie tegen recessieven op basis van uitsluiting van lijdersstokt bij lage frequenties
Oorzaak: meeste recessieve allelen in dragersMethode beperkt door beperkt fenotype
Remedie: DNA-testenOnafhankelijk van fenotypenOnderscheid dragers en lijders (naast gezonde)
DNA-test: In één selectieronde verlost van foute allelen?
![Page 10: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/10.jpg)
Selectie strategieen
scrapie bestrijding bij schapen
![Page 11: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/11.jpg)
Selectie strategieen: scrapie bestrijding bij schapen
4 varianten: VRQ > ARQ > AHQ > ARR
resistentie: -- 00 00 ++BSE??
strategie:stapsgewijs (2001-2008) :selectie tegen ongewenste varianten
versneld (2004-2006) :selectie voor gewenste variant
![Page 12: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/12.jpg)
selectiepaden:
> 100% in beide geslachten> 100% in rammen en dan 100% in beide geslachten> 50 % in beide geslachten en dan 100% in beide geslachten> 100% in rammen
scrapie bestrijding
criteria:
> max. fractie ARR en min. fractie VRQ> lage toename inteelt.> aantal selectiekandidaten
![Page 13: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/13.jpg)
scrapie-bestrijding: frequenties
Zwartbles VRQ ARR basis (2001) 0.9 17 snel(m+f) (2006) 0.4 71 snel(m) (2006) 0.3 60 norm(m+f) (2008) 0 97 Swifter basis (2001) 1.9 68 snel(m+f) (2006) 0 99.5 snel(m) (2006) 0.8 86 norm(m+f) (2008) 0 100
![Page 14: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/14.jpg)
scrapie-bestrijding: inteelt en selectiekandidaten
Zwartbles Swifter
![Page 15: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/15.jpg)
scrapie-bestrijding: Conclusies
Selectiescherpte afhankelijk van:
> populatiegrootte> #selectiekandidaten> beginfrequentie> urgentie -- tijdspad> kosten
voorkom bottlenecks
![Page 16: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/16.jpg)
Praktijkvoorbeeld rundvee
Fokbeleid BLAD en CVM
BLAD> falend infectie-weerstand> enkelvoudig recessief> CD18 gen – humane parallel> DNA-test beschikbaar
CVM > ruggegraatvergroeiing> enkelvoudig recessief> DNA-test beschikbaar
fokpopulatie:
•geen lijders
•wel dragers
fokbeleid?
![Page 17: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/17.jpg)
Praktijkvoorbeeld rundvee
BLAD:
TL=geen drager
BL=drager
CVM:
‘ ‘=geen drager
CV=drager
![Page 18: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/18.jpg)
Fokstrategie voor BLAD en CVM (rundvee)
niet rucksichtlos alle dragers weg (bottleneck)markering van dragers in de populatie (paringsstrategie)negatief kenmerk in index-selectie
Fokwaardetotaal = Fokwaardefokdoel – w * score erf. gebrek
compensatie bijstelling selectiescherpte
![Page 19: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/19.jpg)
Geen onafhankelijke uitsluiting
ziekte 1ziekte 2ziekte 3ziekte 4ziekte 5
![Page 20: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/20.jpg)
Genomics
![Page 21: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/21.jpg)
het genoom van 3.000.000.000 (3 miljard) base paren
1 pagina = 3000 letters
1 boek = 500 pagina’s 2000 boeken
Verschillen tussen individuen op DNA niveau nu zichtbaar in het laboratorium.
Genoom informatie.
![Page 22: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/22.jpg)
Genoom informatie.
Ind 1 CACCGCGCCT GGTCCC G TTT TGGCTATTCT
CACCGCGCCT GGTCCC G TTT TGGCTATTCT
Ind 2 CACCGCGCCT GGTCCC A TTT TGGCTATTCT
CACCGCGCCT GGTCCC G TTT TGGCTATTCT
Ind 3 CACCGCGCCT GGTCCC A TTT TGGCTATTCT
CACCGCGCCT GGTCCC A TTT TGGCTATTCT
Ind 4 CACCGCGCCT GGTCCC G TTT TGGCTATTCT
CACCGCGCCT GGTCCC A TTT TGGCTATTCT
SNP
![Page 23: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/23.jpg)
Genomics
Paardengenoom bekend (2007)~ 3 mrd. baseparen 1 merker/600kB4350 merkers1.5 mln. SNP’s60K chip beschikbaar
SNP associatie met kenmerk??
welke variant past op welk kenmerk?
![Page 24: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/24.jpg)
Genomics
Speciaal geschikt voor kenmerken:
Lage h2 (grote spreiding)Meetbaar later in het levenZichtbaar in één geslachtZichtbaar onder specifieke omstandigheden (challenging)
Comparative mapping
![Page 25: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/25.jpg)
Genomics tot nu toe
Monogene defectenpaard: sex reversal, intersex, SCID, HYPPpaard: 208 erfelijke ziekten bekend28 monogene kenmerkenmens en muis: 200 genen geassocieerd
comparative mapping? bv. KIT-gen
![Page 26: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/26.jpg)
Samenvatting
• Inteelt kan leiden tot meer erfelijke gebreken
• DNA-test belangrijk bij bestrijding erfelijke gebreken
• Bestrijding erfelijke gebreken moet geen bottlenecks geven
• Selectiestrategie:
populatie-omvang; beginfrequentie
tijdspad, selectiepaden
![Page 27: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/27.jpg)
Samenvatting
• Index-selectie in plaats van onafhankelijke uitsluiting• Bestrijding erfelijke gebreken kost selectieruimte
• DNA-testen via genomicsvoor monogene kenmerken op korte termijnvoor complexe kenmerken op langere termijn
![Page 28: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/28.jpg)
Maar:
Voorkom inteelt
=beperk erfelijke gebreken
Door gebalanceerde fokkerij!!= vooruitgangmet behoud van diversiteit
Voorkomen beter dan genezen!!
![Page 29: Genomics tegen erfelijke gebreken - WUR](https://reader033.vdocuments.site/reader033/viewer/2022041617/62533ba909597f3a59186683/html5/thumbnails/29.jpg)
Dank voor uw aandacht