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GBIF present, futur
i aplicacions
Universitat de
Barcelona,
14 de mayo
2009
Infraestructura Mundial d'Informació en Biodiversitat
Francisco PandoGBIF - España
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Guión
• Información sobre Biodiversidad y sus retos
• GBIF como respuesta• GBIF hasta ahora• Por-venir de GBIF• A modo de conclusión
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En biología es posible hacer muchas preguntas sencillas que no sabemos responder
Richard Feynman
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¿Por qué?
La Biodiversidad tiene:• complejidad intrínseca• implicaciones múltiples, más allá
de la ciencia• dispersión de la información• que solo se publican los resultados
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Biodiversity linkages. Developed by Martin Sharman, EC
Implicaciones múltiples
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Dispersión de la informaciónUn ejemplo: hongos de la Península Ibérica
46 bases de datos16 países45.000 registros con coordenadas
http://data.gbif.org
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Solo se publican los resultados
HEYWOOD, V.H. (1974). Systematics-the stone of Sysyphus. Biol. J. Linn. Soc. 6(2): 169-178.
© The Art of Steven Nelson
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• A instancias de la OCDE (1996, MegaScience Forum)• Los miembros ordinarios de GBIF son estados• Los estados miembros se comprometen a establecer un
nodo nacional de GBIF que –entre otras cosas-- será portal de esta información, además contribuyen económicamente a la iniciativa
Iniciativa GBIF
Es una iniciativa internacional, a 10 años vista, para hacer accesible por Internet toda la información disponible sobre los organismos vivos conocidos a nivel mundial (se ha hablado de GBIF como el “proyecto genoma humano” de la biodiversidad)
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• Junio de 1999: el Consejo de Ministros de la
OCDE acuerda crear GBIF
• Marzo del 2001: GBIF nace oficialmente
• 2002: La Secretaría Mundial del GBIF se
instala en Copenhague
• 2003: Primer plan de trabajo anual de GBIF
y primeras convocatorias de proyectos y
contratos
Cronología de GBIF
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• Contenido–Informatización de las colecciones de Historia Natural–Catálogo electrónico de nombres científicos–“Species bank”: bases de datos con información sobre especies (descripciones, claves, imágenes, …)–Biblioteca Virtual de la Biodiversidad
• Informática–Tecnología e interoperabilidad de bases de datos (estándares, infraestructura informática)
• Participación–Nodos nacionales–Centros y proyectos con información sobre biodiversidad–Convenios Internacionales–Formación
Programas temáticos GBIF
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El catálogo electrónico de nombres de organismos conocidos para la ciencia posibilita el enlace entre muchos tipos de bases de datos biológicas y no biológicas
Contenidos y relaciones GBIF
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• No duplicar redes, proyectos, instituciones y servicios.• Colaborar con los distintos actores para mejorar la
eficacia global de los procesos científicos y de uso de datos sobre biodiversidad.
• Complementar, mediante la aportación aquellos elementos de los que se carece, para mejorar el acceso y la calidad de los datos de biodiversidad.
• Respetar el crédito de los datos. Esto es, los administradores y autores de las fuentes de datos retienen todo el control sobre su difusión y se fomenta que su uso sea debidamente acreditado.
• Promover y practicar una política de acceso libre a los datos y de desarrollos informáticos de código abierto.
• No competir por recursos con los centros y proyectos participantes en GBIF, y en concreto no participar en proyectos presentados a convocatorias competitivas.
• Ser neutrales en cuanto a la colaboración con los distintos entes participantes en GBIF.
Los principios de GBIF
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Museo Nacional de Ciencias Naturales
Real Jardín Botánico
Resolución
del MCYT
Consejo Superior de Investigaciones Científicas
Nodo Nacional de GBIF
Unidad de Coordinación
Implementación
GBIF en España
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• Estructura en red (U. coordinación + centros y proyectos)
• Unidad de Coordinación dentro de un centro
• Sin presupuesto para financiar proyectos
implementación
ANEP
GBIF en España
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• Digitalización (s.l.) de datos
• Publicación de datos de biodiversidad en Internet
• Base de datos de centros y proyectos (http://www.gbif.es/InformeColecciones.php )
• Apoyo y seguimiento a proyectos y centros participantes
• Software de informatización y gestión de colecciones y proyectos y otras herramientas informáticas
• Portal de comunicación
• Portal de datos y servicio de alojamiento de datos
• Talleres de bioinformática
• Difusión y fomento de la participación
• Participación a nivel internacional (con TDWG, con el Secretariado de GBIF, con otros Nodos)
Actividades
GBIF en España
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El sistema de información del nodo español del GBIF está formado por una Unidad de Coordinación y por una federación de bases de datos integrada por los Centros Participantes
GBIF.ES = UC +CAR
GBIF en España
• Acceso unificado
• Información distribuída
Los proveedores de datos retienen el control sobre los mismos
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Heterogeneidad de la información vs. Acceso: estándarización
• Perfil común:
Las bases de datos de los centros – cada una con su propia estructura y sistema– se exportan a otra con el perfil de la red; una tabla con campos comunes que resultan accesibles de manera uniforme
• Estándares: www.tdwg.org
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Datos
Desde entidades españolas:
48 Instituciones
110 Bases de datos
3.887.246 Registros
De todo el mundo:
285 entidades o instituciones
3000 Bases de datos
174.082.706 Registros
50 países,
40 organizaciones internacionales
http://data.gbif.org http://www.gbif.es/datos
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Información sobre los organismo: cuando, donde y que
De toda la variedad de datos o elementos de información asociada a los ejemplares y las especies, hay tres que --por el papel que juegan para establecer o comprobar hipótesis sobre las realidades biológicas (tendencias, distribuciones, predicciones, etc.)– son relevantes:
• cuando se encontró el ejemplar (o se hizo la observación)
• donde estaba y
• que era (la especie a la se asigna).
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Cd. Obregón
Tecomán, Col.
Comarca Lagunera
Planicie Huasteca
Gossypium barbadense
Fuente: Jorge Soberón
Introducción de OGMs: Análisis de riesgos
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Portales: http://data.gbif.orghttp://www.gbif.es/datos
Acceso unificado, datos distribuidos
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Donde estamos ahora
• Consolidación• Por venir, pinceladas técnológicas:
• Incorporación otros tipos de información
• Integración con otras fuentes de datos
• Integración con otras aplicaciones informáticas
• Indexado de información
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PliC: esquema de intercambio para información de especies
www.pliniancore.org
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Incorporar otros tipos de información
http://ara.inbio.ac.cr
http://especies.gbif.es
Especies
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Integración con otras aplicaciones informáticas
http://data.gbif.org/tutorial/services
http://data.gbif.org/ws/rest/occurrence/list?scientificname=Echinostelium+apitectum&format=darwin
GBIF & web services
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Integración con otras fuentes de datos
“Widget” WCMC-GBIF:Combina
información de polígonos (áreas protegidas) con datos de puntos (GBIF)
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Indexado de información
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Por venir
Internacional• Regionalización• Puesta al día de
la arquitectura de datos y la tecnología
• Evaluación de GBIF
En España• Conectar
gestión y ciencia
• Imágenes• Herramientas
informáticas y formación
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Para concuír (y discutir)
GBIF plantea una manera nueva de hacer las cosas
• Participación plural (datos distribuidos)• Acceso unificado
Cambio de cultura científica y de gestión• Reconocimiento (publicar datos en línea como
mérito científico )• Formación (en bioinformática)• Citación (como práctica)
Producir datos y gestionar datos ¿Dónde está el equilibrio?
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50 países, 40 organizaciones internacionales171.000.00 registros, 1710 bases de datos
En España:43 Instituciones, 110 Bases de datos 3.817.963 Registros de biodiversidad
GBIF-ES es el Nodo Nacional de Información sobre Biodiversidadpatrocinado por el Ministerio de Ciencia e Innovación y gestionado
por el Consejo Superior de Investigaciones CientíficasEl Real Jardín Botánico es la sede la Unidad de Coordinación de
GBIF en España
W W W . G B I F . ES
GBIF en resumen Acceso unificado a la información en biodiversidad Participación plural Integración de los resultados de la investigación en biodiversidad en la gestión de recursos y territorio Formación en bioinformática Conexión ciencia - sociedad