Fortgeschrittenealgorithmische Bioinformatik

SeminarSommersemester 2005

Ulf Leser, Jörg HakenbergWissensmanagement in der Bioinformatik

Agenda IAgenda IZeichenkettenalgorithmen

10.15 Shift-AND und Karp-Rabin W. Bayerbach

11.00 Konstruktion von Suffixarrays in linearer Zeit M. Karadzic

11.45 Das LCP Problem in Suffixbäumen K. Swist

12.30 Mittagspause

13.15 Enhanced Suffixarrays M. Epperlein

14.00 Konstruktion sehr großer Suffixbäume Andre, Hoehndorf

Multiples Sequenzalignment

14.45 Multiple Sequence Alignment: DIAlign G. Brauer

15.30 Kaffeepause

16.00 Multiple Sequence Alignment: T-Coffee E. May

Schnellere Approximative Stringmatchingalgorithmen

16.45 Seedwahl zum schnellen Alignment B. Hepp

Schnellere Approximative Stringmatchingalgorithmen

10.15 SST: Advanced Similarity Search F. Brosy

11.00 Whole Genome Alignm. - Suffixbäume A. E. Kutbay

11.45 - mit Frequency Vectors Hackenberg, Grossmann

12.30 Mittagspause

Hidden Markov Modelle, Probablistische Probleme

13.15 Alignments mit HMMs L. Aleksandrowicz

14.00 Profile HMMs G. Maiwald

Oligodesignprobleme

14.45 Oligoarray - Designproblem Arnold, Nielsen

15.30 Kaffeepause

16.00 Unique Probes aus EST-Datenbanken P. Hussels

Sequence Assembly

16.45 Der Celera Assembler Brandt, Fehr

Agenda IIAgenda II