次世代シークエンシング (ngs) 用試薬...次世代シークエンシング...
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次世代シークエンシング
次世代シークエンシング (NGS) 用試薬
NxSeq™ DNA サンプル調製キット
NxSeq™ DNA サンプル調製キット
NxSeq™ 40 kb Mate-PairクローニングキットNxSeq™ 40 kb Mate-Pairクローニングキット
●所要時間は他社製品の半分~ 2/3
●キメラやフォールスジャンクションが減少
●NGS のコストを削減
●40 kb の長間隔でmate-pair な NGS 用ゲノム
ライブラリーを作製
●アダプター付加不要:pNGS ベクターには
Illumina, Roche 454, Ion Torrent*用プライ
マー部位が組込み済み
●全ゲノムシークエンシングプロジェクトの
新規導入に最適
*Ion Torrent 用は 2012 年末発売予定
…しかも、データ品質はそのまま!
Lucigen A社 B社
70
110 分
40
175 分
100 75
235 分
165 70
所要時間比較~DNAの断片化からサイズ選択まで~
待ち時間および作業時間
= Terminator
cosN
ori 2
IncC
pNGSTMFOS
40 kb Insert
ori V
rep
E
par A par B
par C CmR
IlluminaIon Torrent Ion Torrent
454Illumina454
*
図 2. pNGS FOS ベクター
図 1. 他社製キットとの所要時間比較
2 時間以内にライブラリー調製!
NxSeq™ DNA サンプル調製キット次世代シークエンシング用
DNAライブラリー調製の未来型!
●ライブラリー調製が 2時間以内●キメラやフォールスジャンクションが減少●コスト削減可●100 ng DNA サンプルからスタート
…しかも、データ品質はそのまま!
次世代シークエンシング(NGS)では、末端平滑化、A- テーリング、アダプターライゲーションを効果的に行える、高性能ライブラリー
構築キットが求められます。Lucigen 社の NxSeq™ DNA サンプル調製キットは、高効率の A- テーリングとライゲーションが最適化され
ており、シークエンシング操作で最大性能を発揮します。さらに、NxSeq™ キットの操作は市販品のなかでも最も効率的なワークフロー
となっており、2時間以内にライブラリーを調製できます。
0
1500
0
1500
0
1500
1000000 2000000 3000000 4000000
B社
1000000 2000000 3000000 4000000
A社
1000000 2000000 3000000 4000000
NxSeq™
図 3. DH10B ゲノム DNAライブラリーの被覆度比較。Lucigen 社の NxSeq™ DNA Sample Prep Kit2 と、A社およびB社の次世代シークエンシング用ライブラリー調製キットを使用してDH10B E. coli ゲノム DNAから NGS ライブラリーを構築した。全サンプルをバーコード化し、Illumina GAIIx に供した。プロットは被覆範囲の深度を示す。すべてのキットで同等な性能が確認できた。
E. coli
本キットは下記の機器でご利用いただけます。●Roche 454 (NxSeq™ DNA Sample Prep Kit 1*)●Illumina (NxSeq™ DNA Sample Prep Kit 2)●Ion Torrent 近日発売!
構成内容●NxSeq Enzyme Mix●NxSeq 2X Buffer●NxGen™ High Concentration Ligase*Kit1 のみ Suspension Buffer と Sizing Solution を含む
次世代シークエンシング
商品リスト商品リスト
Lucigen
NEBA社
Illumina
B社
他社製品の1.5~2倍速い!~DNAの断片化からサイズ選択まで~
断片化DNA
0 1 Hr 2 Hrs 3 Hrs 4 Hrs
末端平滑化/A-テール調製
A-テール調製
末端平滑化調製
末端平滑化調製
ライゲーション調製
ライゲーション調製
ライゲーション調製
A-テール調製
精製インキュベーションインキュベーション
5 40 5 30 30 Minutes
Minutes105 5 530 9060 30
5 530 30 Minutes5 3030 30 15
2 hrs 55 minA社
B社
1 hr 50 minLucigen
3 hrs 55 min
操作時間待ち時間サイズ選択
インキュベーション インキュベーション
インキュベーション インキュベーション
インキュベーション
インキュベーション
図 4. NxSeq™ DNA サンプル調製キットと他社製品の作業内容と所要時間の比較
精製 精製 精製
精製 精製
Lucigen Corporation メーカー略号:LUC品名 対応プラットフォーム 品番 包装 希望販売価格
11000-1 10 RXN ¥44,00011000-2 20 RXN ¥83,00012000-1 10 RXN ¥40,00012000-2 20 RXN ¥76,00042028-1 5 RXN ¥89,00042028-2 10 RXN ¥169,00042028-3 20 RXN ¥321,000
NxSeq™ DNA サンプル調製キット1
NxSeq™ DNA サンプル調製キット2
Roche 454
Illumina
NxSeq™ 40 kb Mate-Pair クローニングキット
● 希望販売価格 ・・・ 「希望販売価格」は参考であり、販売店様からの販売価格ではございません。 記載の希望販売価格は2012年8月1日現在の希望販売価格です。 予告なしに改定される場合がありますので、ご注文の際にご確認下さい。消費税は含まれておりません。 ● 使 用 範 囲 ・・・ 記載の商品は全て、「研究用試薬」です。 人や動物の医療用・臨床診断用等としては使用しないよう、十分ご注意ください。
NxSeq™ 40 kb Mate-Pairクローニングキット次世代シークエンシングに
長間隔でmate-pair なライブラリーを!●40 kb の長間隔でmate-pair な NGS 用ゲノムライブラリーを作製●アダプター付加不要:pNGS ベクターには各社プライマー部位が組込み済み●全ゲノムシークエンシングプロジェクトの新規導入に最適
pNGS FOS ベクター(図 2)は組込み式の Roche 454 および Illumina
プライマー結合サイトを有し、アダプターのライゲーションが不要で
す。40 kb の paired- end ライブラリーを使用して、正確なゲノムアセ
ンブリーを可能にする決定的な scaffold を作製できます。転写フリー
のベクターなため非常に安定なクローンで、時間と不確実性が低下し、
これまでより低バイアスで高い配列包括度が達成できます。
本商品により、ライブラリー構築の作業がこれまでより容易になります。独自のワークフロー
ステージ リード数 %
パイプライン 8,683,854
フィルターリード 6,506,126
マップ化したリード 5,173,778 79.2
ペア配列が得られたリード 4,685,996 90.6
長間隔、mate-pair 3,018,576 64.4
ヒト由来細胞株(GM15510, Coriell)について、pNGS FOS ベクターを
用いて巨大スケールで長間隔かつmate-pairなシークエンシングを行い、
クローニングとシークエンシングの効率を調べたところ、フィルター
リードの 64%が適切にゲノムへマッピングされたことが分かりました
(表 1)。これは、既存の系に比べ何倍も高効率で、次世代シークエンシ
ング(NGS)プラットフォームを使用する際にゲノムの正確なアセンブ
リーが可能となることを示しています。
表 1. 長間隔かつmate-pair なシークエンスの割合
図 5. NxSeq™ 40 kb Mate-Pair クローニングキットのワークフロー●断片化して40 kbにサイズ分けし、pNGS FOSベクターにライゲーション、 ラムダパッケージング。●4 bp 制限酵素(Rsal, CviQl, Bfal, FsqBl)で切断。●制限酵素サイトを再構成して、mate-pair ジャンクションを形成。●Roche 454 または Illumina プライマーで増幅し、シークエンス解析。
高効率 40 kb Paired-end シークエンシング
商品リストは中面にございます Rsa FsqCvi Bfa
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