estudo do transcriptoma associado à produção e … · 2015. 4. 20. · 4º encontro redecor 26...
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Filomena Nóbrega Isabel Carrasquinho Rita Costa Carolina Varela
Estudo do transcriptoma associado à produção e
desenvolvimento da cortiça
4º Encontro REDECOR
26 de Novembro 2014, Oeiras - [email protected]
2009 – Consórcio de ESTs de Sobreiro
Estudar o transcriptoma do sobreiro de uma forma extensa através da produção de sequências expressas de diferentes tecidos, de diferentes estádios de desenvolvimento e de diferentes condições fisiológicas de modo a garantir a deteção da expressão dum número máximo de genes.
12 projetos financiados pela FCT - 32 Institutos de investigação
SOBREIRO/0014/2009 Consórcio de ESTs do Sobreiro - Stress Biótico: resposta radicular à infeção por Phytophthora cinnamomi. (UAlg)
SOBREIRO/0015/2009 TransCorkQ - Análise transcriptomica da qualidade da cortiça e da diferenciação cambial em Q. suber. (IBET)
SOBREIRO/0017/2009 Consórcio de ESTs do Sobreiro – Produção de cortiça (INIAV)
SOBREIRO/0029/2009 Consórcio de ESTs do sobreiro - desenvolvimento do fruto e do embrião. (IBET)
SOBREIRO/0030/2009 Consórcio dos ESTs do sobreiro - Plataforma Bioinformática. (ITQB/UNL)
SOBREIRO/0033/2009 Consórcio de ESTs de sobreiro - Stress abiótico: secura, salinidade e stress oxidativo. (UM)
SOBREIRO/0034/2009 Consórcio de ESTs de Sobreiro - Simbiose Micorrízica. (FFC/FC/UL)
SOBREIRO/0035/2009 Consórcio de ESTs do Sobreiro - Stress abiótico: calor e frio. (IBET)
SOBREIRO/0036/2009 Consórcio de ESTs do Sobreiro - Detecção e validação de polimorfismos. (FFC/FC/UL)
SOBREIRO/0038/2009 Consórcio de ESTs do Sobreiro - Qualidade da cortiça. (CEBAL)
SOBREIRO/0039/2009 Consórcio de ESTs de sobreiro - abrolhamento e desenvolvimento foliar. (INIAV)
4º Encontro REDECOR
26 de Novembro 2014, Oeiras - [email protected]
2009 – Consórcio de ESTs de Sobreiro
Maior recurso genómico disponível para o sobreiro onde se encontram disponíveis 159000 unigenes.
www.corkoakdb.org
Base de dados de ESTs de sobreiro (CorkOakDB)
1ª Publicação do consórcio
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Obtenção e sequenciação do maior número possível de sequências expressas
(ESTs – Expressed Sequence Tags) isoladas de tecidos envolvidos na formação e
desenvolvimento da cortiça.
SOBREIRO/0017/2009 - Consórcio de ESTs do Sobreiro - Produção de cortiça.
Identificação de genes candidatos diferencialmente expressos por forma a
contribuir para o aumento da produção de cortiça em qualidade e quantidade
e na perspetiva da seleção juvenil.
Material vegetal?
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A felogene forma-se ao fim de aproximadamente ao fim de 1 mês de crescimento.
Em caules jovens, nos níveis de altura intermédio (cerca de 15 cm) e inferior (cerca
de 1 cm) identificam-se já o felema e a felogene.
MATERIAL VEGETAL
A formação da cortiça é originada pela formação do felema resultante da atividade da felogene .
A atividade da felogene desenvolve-se aproximadamente de Abril a Outubro/Novembro, interrompendo-se no Inverno.
(Fonte: Moore et al., 1995)
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A formação da felogene e da cortiça em caules jovens de sobreiro
Fonte: Sofia Cardoso, 2011. Caracterização histológica e histoquímica das células suberosas em diferenciação das peridermes do sobreiro e da batata . Tese de Mestrado, ISA
MATERIAL VEGETAL
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Zona de estudo Mata Nacional do Vimeiro
Os híbridos e seus descendentes, cópias vegetativas de um mesmo indivíduo existentes na Mata Nacional do Vimeiro constituem o material vegetal de excelência para o estudo de genes envolvidos na produção de cortiça.
Árvores da 2ª geração dos hibridos naturais, com e sem produção de cortiça.
Neste campo experimental existem híbridos naturais de Quercus cerris x suber e as suas descendências, de 2ª geração com cerca de 40 anos de idade, que apresentam diferentes graus de produção de cortiça.
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Metodologia
Ramos do ano em 3 árvores com produção
de cortiça e 3 árvores sem produção de
cortiça em 2 períodos de crescimento
(Maio/Setembro).
Extração de RNA
2 Bibliotecas normalizadas
2 Bibliotecas não normalizadas
Pool 1 – RNA de árvores com produção de cortiça
em 2 períodos de crescimento
Pool 2 - RNA de árvores sem produção de cortiça
em 2 períodos de crescimento
Plataforma de sequenciação Genome Sequencer FLX (454-Roche) (BIOCANT).
RNA Integrity Number (RIN): 9)
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Resultados: sequenciação e assemblagem
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Resultados: anotação
O pool1, obtido de RNA de árvores com produção de cortiça, apresentou um elevado número de contigs e unigenes.
• Análise de expressão génica diferencial
• Identificação de genes candidatos diferencialmente expressos na produção da cortiça
• Validação por qRT-PCR
• Pesquisa de marcadores moleculares (SNPs)
Em curso
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SOBREIRO/0017/2009 - Consórcio de ESTs do Sobreiro - Produção de cortiça.
Sónia Gonçalves Tânia Almeida
Filomena Nóbrega Isabel Carrasquinho Rita Costa Carolina Varela
Ana Margarida Fortes
Rita Teixeira
4º Encontro REDECOR
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SOBREIRO/0017/2009 - Consórcio de ESTs do Sobreiro - Produção de cortiça.
OBRIGADA