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UE9 Agents infectieux – Hôte27/03/19 : 14h00-16h00Ronéotypeur : BELKACEM YassineRonéoficheur : BENJELLOUN Kenza

ED3 : Diagnostic bactériologique des infectionsORL (streptocoques), endocardites et hémocultures

Ronéo 10 ED3 UE9 1 sur 12

SOMMAIRE

I/ Infections Oto-rhino-laryngologiques (ORL) et streptocoques

A) Composition de la flore oro-pharyngée1. Streptocoques2. Sérogroupes de Lancefield : structure des streptocoques

B) Épidémiologie des infections ORL1. Otite moyenne aiguë2. Angine

C) Famille des Streptococcaceae (Streptococcus, Enterococcus)1. Caractères microbiologiques2. Facteurs de virulence du streptocoque β-hémolytique du groupe A3. Maladies post-streptococciques

II/ Bactériémies et endocardites

A) Bactériémie et sepsis1. Définitions2. Origine des infections bactériémiques

B) Hémocultures : réalisation et interprétation1. Prélèvement2. Analyse3. Interprétation

C) Épidémiologie des endocardites

1. Endocardite bactérienne2. Physiopathologie3. Épidémiologie bactérienne des endocardites4. Diagnostic microbiologique d'une endocardite


I/ Infections Oto-rhino-laryngologiques (ORL) et streptocoques

A) Composition de la flore oro-pharyngée

Germes principaux - Streptococcus (Streptococcaceae) : Cocci Gram + en chaînette ou diplocoques- Neisseria et Moraxella : Cocci Gram – (peut être commensal Neisseiria meningitidis pourle méningocoque et Neisseiria gonorrhoea pour le gonocoque).

Autres germes - Staphylococcus (Micrococcaceae) (Cocci Gram + en amas)- Corynebacterium (retrouvé au niveau de la flore cutanée également, Bacille Gram +)- Haemophilus (Pasteurellaceae) (et autres Bacilles Gram - du groupe HACCEK)- Actinomyces (anaérobies) (retrouvé au niveau de la plaque dentaire)- Fusobactérium (anaérobies) (retrouvé au niveau de la plaque dentaire)

Espèces pathogènesoccasionnelles(portage saintransitoire)

- Pneumocoque- Méningocoque- Staphylococcus aureus- Streptocoques-β-hémolytiques

1. Streptocoques

Les Streptocoques sont des bactéries Cocci Gram + en chaînettes ou diplocoques (en grec, streptocoques signifie «collier») que l'on retrouve au niveau de la flore oropharyngée mais également digestive. Ces bactéries nepoussent bien que sur du sang (gélose enrichie au sang).

On différencie les streptocoques α-hémolytiques des streptocoques β-hémolytiques :

– α-hémolytiques : ils sont pour la plupart commensaux (S. mitis, S. oralis), le pneumocoque (S.pneumoniae) est une bactérie responsable de pneumonie, d'otite ainsi que de méningite (deuxième cause de méningite après le méningocoque), il possède une capsule et est sensible à l'Optochine (l'Optochine permet alors de différencier les pneumocoques des autres streptocoques).

– β-hémolytiques : on a une hémolyse totale des globules rouges, on les classe en différents groupe selon le sérogroupage Lancefield (de A à V en fonction de leur composante antigénique).

2. Sérogroupes de Lancefield : structure des streptocoques

Les streptocoques possèdent une capsule, des pili (protéine M), une membrane plasmique, une couche de peptidoglycane épaisse (Gram +) ainsi que des polyosides C. Ce sont des antigènes polysaccharidiques qui définissent les sérorogroupes de Lancefield (de A à V) : on parle de Streptocoque du groupe A (SGA), Streptocoque du groupe B (SGB), etc...Retenir que le SGA donne des Angines, et que le SGB donne des infections néonatales, et donc chez le Bébé, par une transmission lors de l'accouchement.


B) Épidémiologie des infections ORL

1. Otite moyenne aiguë

Cas clinique : Laslo, âgé de 2 ans, est amené chez le pédiatre et présente une fièvre et des pleurs inconsolables. Le pédiatre pratique un examen otoscopique et retrouve un tympan droit bombé avec une collection purulente rétro tympanique : il s'agit ici d'un cas d'Otite Moyenne Aiguë (OMA) purulente.

Les OMA commencent par une infection virale qui provoque une inflammation de l'oreille moyenne par une aspiration de germes de la flore oro-pharyngée vers cette dernière et donc une surinfection avec des bactéries virulentes dans 2/3 des cas.

Germes en cause Fréquence Caractéristiques

Haemophilus influenza 40,00% Bacille Gram - (ou coccobacille)10 à 30 % produisent des pénicillinases

Streptococcus pneumoniae(=pneumocoque)

30,00% Cocci Gram + (diplocoque ou courtes en chaînettes)Jamais de production de pénicillinase par les streptocoques

Moraxella (Branhamella)catarrhalis

7,00% Cocci Gram -90 % produisent des pénicillinases

Plus rarement on peut trouver en cause des Streptocoques du groupe A (SGA), le Staphylococcus aureus...

Suite cas clinique : Le pédiatre traite Laslo par l'association d'amoxicilline et d'acide clavulanique (Augmentin). Deux jours après la fin du traitement, l'enfant est toujours fébrile et est envoyé chez un médecin ORL qui pratique alors une paracentèse (il s'agit d'une incision du tympan après nettoyage du conduit auditif et prélèvement du pus, réalisée après échec de l'antibiothérapie probabiliste).

➔ Décrivez la démarche d'analyse bactériologique de ce pus.

J1 : Après avoir prélevé le pus, on ensemence la bactérie sur des milieux riches :-Gélose au sang, incubation à 35°C en anaérobiose pour la recherche de streptocoques.-Gélose au sang hémolysé («gélose chocolat») avec des vitamines et une atmosphère enrichie à 5%de CO₂ pour la recherche d'haemophilus.Ensuite, on fera un frottis avec une coloration de Gram pour faire l'examen direct au microscope.

J2 : Si la culture pousse uniquement sur gélose chocolat uniquement avec présence de Bacille Gram – (coccobacille) et exigeant de l'hémine (X) et du NAD (V) : on conclura à la présence d'Haemophilus influenzae. On fera alors un antibiogramme pour rechercher une production de penicillinase.

Si la culture pousse sur les deux milieux précédemment cités avec une présence d'hémolyse-α, Cocci Gram+ et sensibilité à l'Optochine, on conclura à la présence de Streptococcus pneumoniae et on fera un antibiogramme et +/- une mesure des CMI aux β-lactamines.


Pour le pneumocoque, on mesure la CMI (Concentration Minimale Inhibitrice) par la méthode E-test.

Concernant le traitement des otites moyennes aiguës :• Si les germes en cause sont H.influenza, M. catarrhalis et qu'ils possèdent une pénicillinase, on associera

l'amoxicilline et l'acide clavulanique ou bien on donnera une céphalosporine orale.

• Si le germe en cause est S.pneumoniae, la modification des PLP fait que l'on va devoir augmenter les doses d'amoxicilline.

• Le traitement recommandé de première intention dans les OMA en 2014 est l'amoxicilline à forte dose (car on a un faible taux d'H.inflenzae producteur de pénicillinase).

En France, on a une diminution de la sensibilité de S.pneumoniae à la pénicilline, cependant depuis la mise en place de plans antibiotiques dans les années 2000 et des vaccins anti-pneumococciques PCV7 et PCV13, on observe une inversion de la courbe : la sensibilité a tendance à augmenter.

En Europe (2000), on peut voir qu'en France et en Espagne, 60% des S.pnemoniae ont une sensibilité diminuée à la pénicilline. Cela s'explique en partie par la consommation française d'antibiotiques qui était largement supérieure aux autres pays d'Europe en 2002 (utilisation notamment d'antibiotiques pour traiter des infections virales, en effet 50% des antibiotiques étaient consommés pour des rhinopharyngites, qui sont toujours virales).

2. Angine

Cas clinique : Laslo, âgé de 6ans, est amené chez le médecin généraliste pour fièvre et dysphagie. A l'examen de la gorge, le médecin retrouve une angine érythémato-pultacée. Il se demande alors s'il faut donner un antibiotique ou non.

Etiologies des angines Caractéristiques

Angine érythémateuse (+fréquente) /Erythémato-pultacée

(aussi appelée «angine rouge»)

• Enfant : 1/3 streptocoque du groupe A (SGC, SGG possible), 2/3 virus respiratoire (Entérovirus, Rhinovirus, Adénovirus).

• Adulte : 10% streptocoque, 90% virus

Angine ulcéreuse de VincentUlcérations très douloureuses : anaérobies et spirochètesExamen (direct) au Gram retrouve une association fuso-spirillaire : Fusobacterium (anaérobie) Treponema (spirochète)

Angine à fausses membranesAutrefois, causée par la diphtérie (mais depuis on a une vaccination contre Corynebacterium diphteriae).Maintenant, causée par la mononucléose infectieuse (virus Epstein-Barr = EBV)

Angine vésiculeuse Causée par des virus : herpes ou entérovirus

Pour notre patient on va faire un test de diagnostic rapide (TDR) du streptocoque du groupe A (SGA).


On dépose sur une culture bactérienne une bandelette possédant un gradient croissant d'antibiotique. La CMI correspond à la valeur entre l'ellipse d'inhibition et la bandelette.

Pour le pneumocoque, on va rechercher les CMI de certaines β-lactamines telles que la pénicilline G, l'amoxicilline, et le céfotaxime (C3G)

Ici, la CMI de la pénicilline G est de 0,5 mg/L. Le pneumocoque est sensible si la CMI < 0,1 mg/L. La bactérie de notre patient a une sensibilité diminuée àcause d'une mutation sur la cible : protéine liant la pénicilline (PLP), on va donc augmenter les doses.

Devant une angine érythémateuse ou érythémato-pultacée, il est recommandé de pratiquer un TDR chez tous les enfants à partir de 3 ans. Les scores cliniques n'ont aucune valeur chez l'enfant.

Pour faire un TDR (Se>90%, Sp≥95%), on introduit dans un tube des réactifs qui vont permettre d'exposer le polyoside C du streptocoque du groupe A. On introduit notre écouvillon dans ce tube puis une bandelette test, on aura alors une migration des antigènes de l'échantillon. On retrouve une fenêtre de contrôle ainsi que la fenêtre du test si le test est positif, montrant ainsi que l'angine est à streptocoque du groupe A (SGA).

Suite du cas clinique : Le TDR est positif, le médecin veut alors prescrire de l'amoxicilline (traitement de première intention recommandé) mais la maman de Laslo signale que son enfant était devenu «tout rouge» la dernière fois qu'il en a reçu. Que va faire le médecin ?

On suspecte ici une allergie aux β-lactamines. Le médecin peut alors proposer un macrolide (médicament administré par voie orale). Le SGA est toujours sensible aux β-lactamines (contrairement au pneumocoque) maisil peut être résistant aux macrolides. Le médecin envoie alors un deuxième écouvillon au laboratoire pour culture et antibiogramme. Que va faire le laboratoire sur cet écouvillon ?

• Angine érythémateuse : l'examen direct sera non contributif (logique puisque le TDR est déjà positif, on sait qu'il s'agit d'un SGA). On fait une culture bactérienne sur gélose au sang à 35°C, on observe la présence de colonies β-hémolytiques, Cocci Gram +, sérogroupage de Lancefield (agglutinats avec anti-polyosides C de groupe A) et antibiogramme.

• Angine de Vincent : on fait un examen direct du frottis (coloration Gram), à la recherche d'une association fuso-spirillaire. On n'obtient pas de culture.


C) Famille des Streptococcaceae (Streptococcus, Enterococcus)

1. Caractères microbiologiques

Ce sont des Cocci Gram + en chaînettes ou diplocoques.

• Concernant les Streptococcus : - Retrouvés au niveau de la flore oropharyngée et digestive- Ne pousse bien que sur gélose au sang- Sensible à la pénicilline et aux céphalosporines- Hémolyse α :

➔ Streptocoque α-hémolytiques commensaux (S.mitis, S.oralis)➔ Pneumocoque (S.pneumoniae) : capsule, optochine sensible, donne des pneumonie,

méningite, otite...

- Hémolyse β : Sérogroupage de Lancefield (A à V)➔ SGA (S. pyogenes) : angine, scarlatine, infection cutanées, fièvre puerpérale, GNA, RAA➔ SGB (S. agalactiae) : infections néonatales, infections urinaires (flore vaginale, digestive)➔ SGC et G (S.dysgalactiae) : angine ➔ SGD (S. bovis) non-H : endocardite

• Concernant les Enterocococcus (même aspect à la coloration de Gram)- Retrouvés au niveau de la flore digestive- Pousse sur tous les milieux et donc aussi sur un milieu hyper-salé- Sensible à la pénicilline et résistant aux céphalosporines- Donne des infections urinaires, endocardite...- Sérogroupage de Lancefield : D

2. Facteurs de virulence du streptocoque β-hémolytiques du groupe A (Streptococcus pyogenes)

Cas clinique : Laslo part jardiner avec sa cousine Rose et son grand père Gaston. Sa grand-mère oublie le traitement. Deux jours plus tard, Rose présente une éruption cutanée généralisée et Gaston un placard inflammatoire du bras gauche, là où il s’était blessé avec un rosier. Il est emmené par le SAMU aux urgences car son état général se dégrade rapidement. Quelles pathologies présentent Rose et Gaston ? Quelles en sont les causes ?

Le pouvoir pathogène du SGA est dû à des :• Antigènes externes : Capsule et protéine M (jouent un rôle anti-phagocytose)• Substances élaborées :

➔ des enzymes : hyaluronidase (qui détruit le tissus conjonctif), streptokinase (qui dégrade la fibrine), streptodornase (qui est une DNase)

➔ Toxines : Streptolysine O hémolysine (β-hémolyse)


On va avoir une invasion et une nécrose des tissus mous, ainsi qu'une bactériémie à cause de ce pouvoir pathogène. Le SGA est surnommé «bactérie mangeuse de chair» et provoque une dermo-hypodermite (+/- nécrose: fasciite nécrosante).

Des exotoxines provoquent parfois l'éruption cutanée de la scarlatine (pathologie bénigne/ angine streptococcique), image à gauche de la page d'avant, et/ou choc toxinique (infection sévère).

3. Maladies post-streptococciques

Cas clinique : Trois semaines plus tard, Rose consulte en néphrologie pour une hématurie et Laslo se plaint de de douleurs articulaires des genoux et des coudes. Quelles sont les pathologies que présentent Rose et Laslo, leurs causes et le risque pour Laslo ?

La protéine M entraîne des réactions immunologiques croisées (anticorps auto-immuns) 1 à 3 semaines après l'infection à SGA : Rhumatisme Articulaire Aiguë (RAA), première cause de valvulopathie cardiaque dans les pays en voie de développement, quasi disparu en France métropolitaine, avec un risque de lésion de l'endocarde(valves cardiaques) et Glomérulonéphrite Aiguë (GNA).

On peut effectuer un diagnostic sérologique avec les anticorps antistreptokinase (ASK), antistreptodornase (ASD) et antistreptolysine O (ASLO) (c'est donc pour un diagnostic rétrospectif).

Le traitement antibiotique des angines à SGA a pour but principal la prévention du RAA. Il n'y a pas de risque de RAA avec les autres streptocoques.

II/ Bactériémies et endocardites

A) Bactériémie et sepsis

1. Définitions

Bactériémie Passage transitoire de bactéries viables dans le sang. A l'état normal, il n'y a pas de bactéries dans le sang circulant, on dit qu'il est stérile. Cependant, on observe des bactériémies physiologiques (sans conséquences cliniques) par exemple en période post-prandiale ou lors du brossage de dents.

Les états septiques(réaction de

l’organisme àl'infection)

Sepsis : Signes généraux inflammatoires (fièvre +/- frissons) liés à un foyer infectieux pouvant entraîner une bactériémie.Risque de métastases septiques (foyers infectieux secondaires).

Sepsis sévère : Sepsis + défaillance organe et/ou hypotension.

Choc septique : Hypotension sévère résistante au traitement.Rôle des endotoxines et/ou de l'endotoxine des Bacilles Gram – (lipide A du LPS).

Septicémie = Bactériémie avec signe de sepsis.

2. Origine des infections bactériémiques

• A partir d'un foyer infectieux : on recherche la porte d'entrée de la bactérie concernée :➔ Urinaire : pyélonéphrite, prostatite à E.coli➔ Cutanée : Staphylococcus aureus, SGA➔ Pulmonaire : pneumocoque➔ Digestive : entérocoques, entérobactéries➔ Matériel infecté : cathéter, sonde, prothèse

• Origine lymphatique(translocation digestive) : Salmonella (fièvre typhoïde), Brucella (fièvre de Malte), Listeria...

• Origine circulatoire : endocardite.


B) Hémocultures : réalisation et interprétation

Cas clinique : Gaston, 70 ans, est hospitalisé en réanimation. Il présente un sepsis (fièvre et frissons) avec choc (hypotension et perte de connaissance), il existe une infection purulente et nécrosante des tissus mous au niveau de sa blessure. Un prélèvement de pus est réalisé ainsi que 6 flacons d'hémoculture. Décrivez la réalisation des hémocultures.

1. Prélèvement

L'hémoculture permet la recherche de bactéries dans le sang. On va prélever deux à trois séries de 2 flacons d'hémoculture (aérobie et anaérobie) remplis de bouillon de culture directement ensemencés par l'infirmièreavec 8 à 10 mL de sang par flacon (pour les enfants on aura 2 mL par flacon).

Pour effectuer cet examen, on désinfecte au niveau du pli du coude et également le bouchon du flacon. On possède un flacon avec O₂ pour les germes aérobies et un flacon sans O₂ pour les germes anaérobies (Attention, on utilisera des flacons spéciaux pour les mycobactéries).

Il existe un risque de contamination lors du prélèvement par la flore cutanée : staphylocoques à coagulase négative, corynebactéries... Le professeur dit qu'un flacon sur deux reçus par le laboratoire est contaminé par cetteflore.

2. Analyse

L'examen direct du sang juste après le prélèvement est inutile car la plupart des bactériémies ont moins de 10 bactéries par mL de sang.

On effectue donc des cultures, les flacons sont mis en incubation à 37°C dans un automate qui détecte une multiplication bactérienne par l'augmentation de CO₂ dans le flacon.

Si le flacon est détecté positif : on effectue un examen au GRAM du bouillon, on prévient que l'examen est positif, on identifie le ou les germes et on réalisera un antibiogramme.

3. Interprétation

Suite cas clinique : Un flacon aérobie est détecté positif, la culture révèle un streptocoque du groupe A (Streptococcus pyogenes). Un flacon anaérobie est également détecté positif, la culture révèle un staphylocoque à coagulase négative (Staphylococcus epidermidis). Comment interpréter ces deux résultats ?

On peut retrouver des bactéries pathogènes, la contamination du flacon d'hémoculture est alors peu probable. On va rechercher le foyer infectieux, se poser la question de faire un geste chirurgical ou non, de prescrire des antibiotiques et à quelle posologie (par exemple, administration de doses élevées pour traiter une méningite).

Origine Bactérie Infection associée possible

Alimentaire Brucella / Salmonella Atteinte ostéo-articulaire

Oropharyngéeou Cutanée

MéningocoquePneumocoque / Haemophilus inflenzaPasteurella (sphère ORL des animaux)Staphylococcus aureus / SGA

Méningite, purpura fulminasMéningite, pneumonie, inf. ORLAbcès cutané (morsure)Inf. cutanée, ostéo-articulaire, pleuropulmonaire

Flore digestive Entérobactéries/ EntérocoquesListeria monocytogenesSGB

Inf. urinaire, voies biliaires, péritoniteMéningite selon âge/statut immunitaireMéningite néonatale, infection ostéo-articulaire


On peut retrouver également des bactéries peu pathogènes, la contamination du flacon d'hémoculture est alors plus probable.

Origine Bactéries

Flore cutanéeStaphylocoques à coagulase négative, corynebactéries, Propionibacterium qui provoque une infection des glandes sébacées chez l'adolescent : acné

Flore oro-pharyngée Streptocoques α-hémolytiques

Environnement Bacillus

On doit toujours interpréter selon le terrain et le nombre d'hémocultures positives. S'il y a un doute, on répète les hémocultures ++ :

• Patient immunocompétent, sans facteur de risque : contamination probable• Grand immunodéprimé, porteur de cathéter/sonde, grand brûlé... : vigilance ! On répétera les

hémocultures et on prélèvera les foyers potentiels (sang au cathéter en même temps que le sang périphérique, urine sur sonde, flore cutanée/digestive...).

• Lésions pré-existantes de l'endocarde (observées à l'échographie cardiaque) : possible greffe de bactéries des flores oropharyngée et cutanée pouvant avoir comme conséquence des endocardites. Il faut alors répéter les hémocultures.

C) Épidémiologie des endocardites

Cas clinique : Laslo, âgé de 30 ans, suivi pour une insuffisance mitrale liée à un RAA, est hospitalisé pour une fièvre avec majoration d'un essoufflement. L'échographie montre une végétation sur la valve mitrale. Que doit-on redouter ? Quels examens microbiologiques doit-on réaliser ? Que doit-on dire au laboratoire ?

1. Endocardite bactérienne

Il s'agit d'une infection bactérienne de l'endocarde survenant :- généralement sur des lésions valvulaires préexistantes : valvulopathies du cœur gauche (congénitale, RAA, athérome...) ;- sur prothèse valvulaire (15%) précoce (inoculation per-opératoire) ou tardive ;- sur cœur apparemment sain (30 à 40 % des cas), mode de révélation d'une valvulopathie infra-clinique.

2. Physiopathologie


On a au départ une lésion valvulaire avec un dépôt fibrinoplaquettaire. Il existe différentes portes d'entrée qui vont entraîner une bactériémie transitoire comme les soins dentaires (flore oropharyngée), les blessures et piqûres (flore cutanée) ainsi que les tumeurs et lésions entériques (flore digestive).

Cette bactériémie transitoire va alors coloniser le dépôt fibrinoplaquettaire et donner des végétations infectées.

3. Épidémiologie bactérienne des endocardites (ne pas retenir les pourcentages)

• Staphylocoques (≈50%) : on les retrouve au niveau de la flore cutanée. On distingue les Staphylococcus aureus (30-40%) des Staphylocoques à coagulase négative (10-15%).

• HACCEK (1-5%) : comprend Haemophilus, Aggregatibacter, Cardiobacterium, Capnocytophaga, Eikenella, Kingella. Ce sont des Bacilles Gram négatifs de culture lente et difficile que l'on retrouve au niveau de la flore oropharyngée. Ne pas retenir le nom des différentes bactéries à part Haemophilus.

• Streptocoques (30%)➔ Streptocoques-α-hémolytiques (15-20%) retrouvés au niveau de la flore oro-pharyngée (rarement le

pneumocoque) ;➔ Streptocoques-β-hémolytiques (5%) retrouvés au niveau de la flore oro-pharyngée ;➔ Streptococcus bovis/gallolyticus (SGD) (10-15%): flore digestive ;

• Entérocoques (10%)

• Autres (entérobactéries, levures, germes non cultivables).

4. Diagnostic microbiologique d'une endocardite

On réalise des hémocultures ++ (que l'on répète si la première série est négative). La bactérie doit être retrouvée dans plusieurs hémocultures pour éliminer une contamination. Il faut signaler au laboratoire la suspicion d'endocardite, la durée d'incubation sera alors allongée (germes à croissance lente : groupe HACCEK, Brucella, Streptocoques déficients, levures).

Pour les germes non cultivables, on effectue un sérodiagnostic (Chlamydiae, Coxiella burnetii , Bartonella qui donne la maladie des griffes du chat, Mycoplasma) si les hémocultures sont négatives.

Enfin, on peut effectuer une culture et PCR sur une valve cardiaque qui a été réséquée.

CONCLUSION :


ed3 : diagnostic bactériologique des infections orl … · 2019. 4. 6. · endocardite...

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