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配座探索

文責: 神田隼也

2019-10-7

・デスクトップに計算用のフォルダを作成（名前は英語にする）

・作図

計算したい分子構造を「ChemDraw」で作成しコピー

「Chem3D」にペースト

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Chem3D 上で「MM2」→「Minimize Energy」→「run」

「File」→「Save As」

名前を付け、最初に作成したフォルダに MDL ファイル (拡張子 MOL ) で保存

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・「CONFLEX」 をダブルクリック

左上の「CONFLEX」を使う

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・設定（最初の一回だけ行えばよい）

「>>」→ 「Applications」→「Scheme Editor」を選択

Scheme Editor

「conflex」を選択 → 上部の「＋」をクリック

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新しい列の Keywords に好きな名前を付ける (画像では Conformation search)

Key-Values に「search」（小文字）と入力、キーボードの Enterキーを押す

Keywordsの自分が作成した名前をクリック →「＋」をクリック

Keywords に「CONFLEX TIME=1D MMFF94s SEL＝20」→ Enter キー → 保存

（TIME: コンフォメーションサーチを行う時間

SEL: 最安定から何キロカロリー不安定な構造までひろうか）

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デフォルトで存在している「Conformation Search」を選択 → 「－」をクリック

「Delete」をクリック

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・配座探索

「File」 → 「Open」→ 最初に作成した拡張子 MOLファイルを開く

分子が表示される。デフォルトは「Ball and Stick」

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・表示形式の変更（変更しなくても良い）

「▼」→「Wire Frame」を選択

「Calculation」 → 「CONFLEX」

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CONFLEX Settings が開く

Calculation Type: 先ほど作成したコマンドを選択「画像では Conformation search」

「Submit」をクリック

Job Manager が開く

State が「Finished」に変わったら計算完了

・計算結果の削除

計算結果はアプリを閉じても残り続ける。

削除したい結果を選択して「Delete from list」で削除できる。

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・最初に作成したフォルダを開く

拡張子 ini を開く →「CONFLEX TIME=1D MMFF94s SEL＝20」を確認

内容が異なる場合、計算の設定が間違っているので設定を修正する

・拡張子 sdf ファイルを規定で開くように設定 (一回行えば良い)

拡張子 sdf ファイルを右クリック → プログラムから開く → 別のプログラムを選択

BARISTA をクリック → 「このアプリ…」の右に✓をつける → 「OK」

次からは、拡張子 sdf ファイルをダブルクリックで開ける

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・BARISTA

拡張子 sdf ファイルを開く

画面〇から安定構造の候補が確認できる

・次のいずれかの方法で安定構造を確認する

1.「＋」をクリック → 安定構造の候補が現れる

2.画面中央上の「▼」をクリック→ 安定構造の候補が現れる

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・保存

安定構造の候補から保存したい構造を選択

「File」 → 「Export」 → 「MDL-MOL File」

ファイル名は変更せず → 保存

ファイル名は 1 番目なら「xx_0001.mol」2 番目なら「xx_0002.mol」で保存される

以降保存した構造を用いて Gaussian で構造最適化を行う

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・参考

file:///C:/CONFLEX/doc/CONFLEX_Manual.pdf

file:///C:/CONFLEX/doc/CONFLEX_Tutorials.pdf