Download - Pikkunisäkkään suolistoloisyhteisön seuranta
Pikkunisäkkään suolistoloisyhteisön seuranta
Tuomas Aivelo (@aivelo)Helsingin yliopisto
Suomen nisäkästieteellisen seuran kokous, 31.3.2015
Suolistoloisyhteisöt
• Isäntäeläin on dynaaminen elinympäristö• Loisyhteisöjen sukkessio • Loislajien keskinäisten vuorovaikutusten
ymmärtäminen– Virulenssi, prevalenssi– Resistenssi, toleranssi
Infrayhteisön seuraaminen
• Perinteisesti keskitytty loisten seuraamiseen isäntäpopulaation tasolla, koska helpompaa
• Infrapopulaatioita seurattu harvoin
Photo: St. Kilda Soay Sheep Project / Arpat Ozgul
• Miten loisyhteisöt kehittyvät
• Minkälainen on komponentti- ja infrayhteisöjen suhde toisiinsa?
Hiirimakit• Ruskohiirimaki
(Microcebus rufus)• Merkintä-
jälleenpyynti 3 vuoden ajan Ranomafanassa, Kaakkois-Madagaskarilla
• 634 näytettä 78 eri yksilöstä
…mutta
• N tuhatta sukkulamatolajia
• Ei aikuisia yksilöitä• Barcoding 18S-geenin
avulla pyrosekvenoinnilla
Aivelo et al., submitted
Medlar et al. 2014., BMC Evolutionary Biology
2011vs.
2012
Putative species 1
Strongyloides
Putative species 2
Rhabditidae
Putative species 3
Strongylida
Putative species 4
Chromadorea
Putative species 5
Enterobius
Putative species 6
Panagrellus
Aivelo et al. 2015. Parasitology, in press
Ensimmäiset näytteet usein loisettomia
Harvinaiset lajit esiintyvät vain lyhyen aikaa
Myös vaihtumista yleisissä lajeissa
Infracommunities
Aivelo et al. 2015. Parasitology, in press
Rafalinirina et al.,submitted
Model n r PCRT index vs lice score 120 -0.19 0.04
CRT index vs nematode abundance 119 -0.00 0.98
CRT index vs cestode abundance 120 -0.14 0.13
CRT index vs parasite richness 120 -0.19 0.03
n = sample size, r = correlation coefficient of spearman, P = probability
Pähkinänkuoressa Sekvenointi mahdollistaa tehokkaan näytteiden
analysoinnin Isäntäpopulaation tasolla loisyhteisö suht vakaa,
mutta yksittäisissä isännissä suuri vaihtelu Tartuntareittien vaikutus Horrostamisen vaikutus?
Seuraavaksi?
Mikrobiomin ja makrobiomin vertailu Hiirimakien sekvenointiprojekti