![Page 1: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/1.jpg)
Marina Axelson-FiskMatematisk orientering, 30 nov 2015
Bioinformatik
![Page 2: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/2.jpg)
Bioinformatik
![Page 3: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/3.jpg)
Bioinformatik
![Page 4: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/4.jpg)
DNA analys
Medicin
• DNA-sekvensering och assemblering
• Sekvensanalys
• Proteinstruktur och funktion
• Expression- och nätverksanalys
• Sjukdomsgener
• Drug target
• Lead compound
• Kliniska försök
Var används bioinformatik?
![Page 5: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/5.jpg)
Grundläggande genetik
KärnaCell
Kromosom DNA
![Page 6: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/6.jpg)
![Page 7: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/7.jpg)
![Page 8: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/8.jpg)
Vad är en gen?
Protein
RNA
DNA
transkription
translation
CCTGAGCCAACTATTGAT
PEPTID
CCUGAGCCAACUAUUGAU
![Page 9: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/9.jpg)
Proteinfunktioner• Enzym – matsmältningssystemet
• Strukturella komponenter – senor, ligament
• Skydd – antikroppar, blodkoagulering
• Regulatoriska hormon – insulin, tillväxt-
• Rörelse – aktin, myosin
• Transport – hemoglobin, albumin
![Page 10: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/10.jpg)
1977: Phi X174 (5’400 bp)
Sekvenserings-historia
1999: kromosom 22q (33.4)
2000: Bananflugan (180)
2003: Människan (3,200)
1995: Två mikrober (1.8, 0.6)
1996: Jästsvamp (12)
1997: E. coli (4.6)
1998: C. elegans (97)
![Page 11: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/11.jpg)
2001: The human genome
![Page 12: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/12.jpg)
Och det kommer mer…
![Page 13: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/13.jpg)
Genom-analys
• Sekvensjämförelser
• Genletning
• Regulatoriska element
![Page 14: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/14.jpg)
Sekvensjämförelser
![Page 15: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/15.jpg)
Sekvensjämförelser
• Är sekvenserna evolutionärt besläktade?
• Vilka regioner är likartade?
• Hur stort är det evolutionära avståndet?
• Hur verkar den evolutionära processen?
![Page 16: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/16.jpg)
Mutationer
Normal THE BIG DOG RAN OUT.
Missense THE BIG DAG RAN OUT.
Nonsens THE BIG DOG.
Deletion THE BGD OGR ANO.
Inversion THE BIG RAN DOG OUT.
Insertion THE BIG RED DOG RAN OUT.
![Page 17: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/17.jpg)
Tree of life: mammals
Mammals
Triconodonts
Multituberculata
Monotremata
(platypus,
echidnas)
Marsupialia
(opossums,
kangaroos)
Eutheria
(placental
animals)
Edentata (anteaters,
sloths, armadillos)
Lagomorpha
(rabbits)
Rodentia (mice,
rats, squirrels)
Primates
Tree shrews
Bats
Colugos
Carnivora (dogs, cats, bears, raccoons, weasels,
mongooses, hyenas)
Artiodactyla (pigs, deer, cattle, goats, sheep,
hippopotamuses, camels, etc.)
Cetacea (whales, dolphins, porpoises)
Perissodactyla (horses, tapirs, rhinoceroses)
Proboscidea (elephants, mammoths)
New World monkeys
Old World monkeys
humans, gorilla,
chimpanzee, bonobo,
orangutan
gibbons
lemurs, galagos,
lorises
![Page 18: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/18.jpg)
Sekvens-alignment50 . : . : . : . : . :
247 GGTGAGGTCGAGGACCCTGCA CGGAGCTGTATGGAGGGCA AGAGC
|: || ||||: |||| --:|| ||| |::| |||---||||
368 GAGTCGGGGGAGGGGGCTGCTGTTGGCTCTGGACAGCTTGCATTGAGAGG
100 . : . : . : . : . :
292 TTC CTACAGAAAAGTCCCAGCAAGGAGCCACACTTCACTG
|||----------|| | |::| |: ||||::|:||:-|| ||:| |
418 TTCTGGCTACGCTCTCCCTTAGGGACTGAGCAGAGGGCT CAGGTCGCGG
150 . : . : . : . : . :
332 ATGTCGAGGGGAAGACATCATTCGGGATGTCAGTG
---------------||||||||||||||||||||||:||||||||||||
467 TGGGAGATGAGGCCAATGTCGAGGGGAAGACATCATTTGGGATGTCAGTG
200 . : . : . : . : . :
367 TTCAACCTCAGCAATGCCATCATGGGCAGCGGCATCCTGGGACTCGCCTA
|||||:||||||||:||||||||||||||:|| ||:|||||:||||||||
517 TTCAATCTCAGCAACGCCATCATGGGCAGTGGAATTCTGGGGCTCGCCTA
![Page 19: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/19.jpg)
Strängjämförelser
• Exakt strängsökning
• Exakt mängdsökning
• Sökning av delsträngar
• Längsta gemensamma delsträng
• Gemensamma delsträngar i fler än två
• Förorenat DNA
![Page 20: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/20.jpg)
Svårigheter
• Algoritmerna behöver vara:
– Snabba
– Robusta
– Minneseffektiva
• Hantera omkastningar, dupliceringar, och
repetitiva element
![Page 21: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/21.jpg)
Genletning
![Page 22: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/22.jpg)
Genstruktur
TATA
exon3promoter
introntranslation
start
translation
stop
exon4 exon5exon1 exon2
transcription
start
transcription
stop
transkription
splicing
translation
![Page 23: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/23.jpg)
Genletning
exon1 exon3promoter
introntranslation
start
translation
stop
exon4 exon5exon2
transcription
start
transcription
stop
5’UTR 3’UTR
start codon
ATG
stop codon
TAA/TAG/TGA
splice sites
TATA
![Page 24: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/24.jpg)
![Page 25: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/25.jpg)
![Page 26: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/26.jpg)
Den genetiska koden
![Page 27: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/27.jpg)
Splice site detection
Position
% -8 … -2 -1 0 1 2 … 17
A 26 … 60 9 0 1 54 … 21
C 26 … 15 5 0 1 2 … 27
G 25 … 12 78 99 0 41 … 27
T 23 … 13 8 1 98 3 … 25
donor site
![Page 28: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/28.jpg)
Dolda Markov-modeller
Hidden Markov models (HMMs)
![Page 29: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/29.jpg)
Slumpvandring
![Page 30: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/30.jpg)
Markov-kedjor
• Markov-egenskapen:
– Sannolikheten för nästa position beror bara på
den nuvarande (minneslös process)
![Page 31: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/31.jpg)
Stokastiska processer
• En stokastisk variabel är en variabel som
påverkas av slump. Den kan anta vissa
värden enligt en sannolikhetsfördelning.
• En stokastisk process är en utvecklingen av
en stokastisk variabel i tid (eller rum)
![Page 32: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/32.jpg)
Stokastiska processer
• Ankomst av kunder i ett kösystem
• Förändringar i aktiekursen
• Ledningsväxling under en rösträkning
• Växling mellan olika tillstånd
![Page 33: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/33.jpg)
En Markov-kedja
bA(i) 1 / 6
bB(i) 1/ 4
(A,B)Initial fördelning:
A
PBB
PAA
P = 1-PAB AA
P = 1-PBA BB
![Page 34: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/34.jpg)
En dold Markov-modell
A
B
1 4 3 6 6 4
Observerad sekvens:
BA A ABB
Dold sekvens:
![Page 35: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/35.jpg)
DNA-sekvenser
A C
G T
![Page 36: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/36.jpg)
Tillståndssekvenser (durations)
p
duration
Geometrisk fördelning
1-p
p
A
![Page 37: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/37.jpg)
Observerade exoner och introner
Intron Start-exon
Intern exon Slut-exon
![Page 38: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/38.jpg)
HMM i genletning
Exon1 Exon2 Exon3
A AT TG GGC C CTAAT A AT TTG G G A A ATT TG GGGC C C A AT TTG G G A AAT TGC AATG
![Page 39: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/39.jpg)
Som lattice:
![Page 40: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/40.jpg)
Två fundamentala problem
• Sannolikheten av observerade data, givet
modellen.
• Den bästa dolda sekvensen givet
observerade data.
forward-algoritmen
Viterbi-algoritmen
![Page 41: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/41.jpg)
Dynamisk programmering
• Rekurrens relation
• Tabulär beräkning
• Traceback
![Page 42: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/42.jpg)
Dynamisk programmering
f (n) =
0
1
f (n-1) + f (n-2)
om n = 0
om n = 1
om n > 1
Fibonacci-tal:
![Page 43: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/43.jpg)
Dynamisk programmering
f (5)
f (4) f (3)
f (3) f (2)
f (2)
f (2) f (1)
f (1) f (1) f (1)
f (1)
f (0) f (0)
f (0)
![Page 44: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/44.jpg)
Dynamisk programmering
• Rekurrens-relation
• Tabulär beräkning
• Traceback
f (n) =
0
1
f (n-1) + f (n-2)
om n = 0
om n = 1
om n > 1
f (0), f (1), f (2), f (3),…
![Page 45: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/45.jpg)
HMM algoritmer
t
t
1 4 3 6 6 4
BA A ABB
![Page 46: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/46.jpg)
Dynamisk programmering
Observation
Til
lstå
nd
1 T
1
N
![Page 47: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/47.jpg)
Forward-algoritmen
t(j) (
t 1(i)
i 1
N p
ij)b
j(Y
t)
(tillstånd j vid tidpunkt t)
![Page 48: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/48.jpg)
Forward-algoritmen
...
tillstånd
1
2
3
N
j
t-1 t
t 1(i) t( j)
övergångssannolikheter
fördelning för utdata
![Page 49: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/49.jpg)
Forward-algoritmen
Observation
Til
lstå
nd
1 T
1
N
![Page 50: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/50.jpg)
Forward-algoritmen
Observation
Til
lstå
nd
......
...
. . .
. . .
. . .
. . .
1 2 3 T
1
2
3
N
![Page 51: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/51.jpg)
Viterbi-algoritmen
![Page 52: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/52.jpg)
Viterbi-algoritmen
...
tillstånd
1
2
3
N
j
t-1 t
![Page 53: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/53.jpg)
Traceback
Observation
Til
lstå
nd
......
...
. . .
. . .
. . .
. . .
1 T
1
2
3
N
T-1T-2
![Page 54: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/54.jpg)
HMM i sekvens-alignment50 . : . : . : . : . :
247 GGTGAGGTCGAGGACCCTGCA CGGAGCTGTATGGAGGGCA AGAGC
|: || ||||: |||| --:|| ||| |::| |||---||||
368 GAGTCGGGGGAGGGGGCTGCTGTTGGCTCTGGACAGCTTGCATTGAGAGG
100 . : . : . : . : . :
292 TTC CTACAGAAAAGTCCCAGCAAGGAGCCACACTTCACTG
|||----------|| | |::| |: ||||::|:||:-|| ||:| |
418 TTCTGGCTACGCTCTCCCTTAGGGACTGAGCAGAGGGCT CAGGTCGCGG
150 . : . : . : . : . :
332 ATGTCGAGGGGAAGACATCATTCGGGATGTCAGTG
---------------||||||||||||||||||||||:||||||||||||
467 TGGGAGATGAGGCCAATGTCGAGGGGAAGACATCATTTGGGATGTCAGTG
200 . : . : . : . : . :
367 TTCAACCTCAGCAATGCCATCATGGGCAGCGGCATCCTGGGACTCGCCTA
|||||:||||||||:||||||||||||||:|| ||:|||||:||||||||
517 TTCAATCTCAGCAACGCCATCATGGGCAGTGGAATTCTGGGGCTCGCCTA
Human:
Mouse:
Human:
Mouse:
Human:
Mouse:
Human:
Mouse:
![Page 55: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/55.jpg)
Pair HMMs
M
X
Y
M = (mis)match
X = insert seq1
Y = insert seq2
Observerade sekvenser:
ATCGG
ACGTCA
Utdata:
ATCG--G
AC-GTCA
![Page 56: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/56.jpg)
Pair HMMs
M X YM M Y M
Dold sekvens:
A
A
T
C
C
-
G
G
-
T
-
C
G
A
Observerad sekvens:
ATCGG
ACGTCA
Utdata:
ATCG--G
AC-GTCA
![Page 57: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/57.jpg)
Komparativ genletning50 . : . : . : . : . :
247 GGTGAGGTCGAGGACCCTGCA CGGAGCTGTATGGAGGGCA AGAGC
|: || ||||: |||| --:|| ||| |::| |||---||||
368 GAGTCGGGGGAGGGGGCTGCTGTTGGCTCTGGACAGCTTGCATTGAGAGG
100 . : . : . : . : . :
292 TTC CTACAGAAAAGTCCCAGCAAGGAGCCACACTTCACTG
|||----------|| | |::| |: ||||::|:||:-|| ||:| |
418 TTCTGGCTACGCTCTCCCTTAGGGACTGAGCAGAGGGCT CAGGTCGCGG
150 . : . : . : . : . :
332 ATGTCGAGGGGAAGACATCATTCGGGATGTCAGTG
---------------||||||||||||||||||||||:||||||||||||
467 TGGGAGATGAGGCCAATGTCGAGGGGAAGACATCATTTGGGATGTCAGTG
200 . : . : . : . : . :
367 TTCAACCTCAGCAATGCCATCATGGGCAGCGGCATCCTGGGACTCGCCTA
|||||:||||||||:||||||||||||||:|| ||:|||||:||||||||
517 TTCAATCTCAGCAACGCCATCATGGGCAGTGGAATTCTGGGGCTCGCCTA
Human:
Mouse:
Human:
Mouse:
Human:
Mouse:
Human:
Mouse:
![Page 58: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/58.jpg)
Komparativ genletning
exon3promoter
introntranslation
start
translation
stop
exon4 exon5exon1 exon2
transcription
start
transcription
stopTATA
![Page 59: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/59.jpg)
Generalized Pair HMMs
A AT TG GGC C CTAAT A AT TTG G G A A ATT TG GGGC C C A AT TTG G G A AAT TGC AATG
A AT TG TGA C CCTG ATT TG GG T C GTT AGC G G ATG G G A AAT TGC T CTGC CT C G
Exon1 Exon2 Exon3
![Page 60: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/60.jpg)
Som lattice:
tillstånd
![Page 61: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/61.jpg)
Beräkningsproblem
Modell Tid Minne
HMM N2T NT
PHMM N2TU NTU
GHMM D2N
2T NT
GPHMM D4N
2TU NTU
N antal tillstånd
D max duration
T längd sekv1
U längd sekv2
![Page 62: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/62.jpg)
Approximate alignment
Reduces
TU -factor
to
hT
![Page 63: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/63.jpg)
Jämförelse: människa – mus
Feb 2001 Dec 2002
![Page 64: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/64.jpg)
Why mouse?
![Page 65: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/65.jpg)
Varför mus?
![Page 66: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/66.jpg)
Mus
Människa
![Page 67: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/67.jpg)
RNA folding
![Page 68: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/68.jpg)
Helix
Tillstånd
Single-branched loop
Multi-branched loop
Hairpin
![Page 69: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/69.jpg)
Viterbi-algoritmen
![Page 70: No Slide Title...Kromosom DNA. Vad är en gen? Protein RNA DNA transkription translation CCTGAGCCAACTATTGAT PEPTID CCUGAGCCAACUAUUGAU. Proteinfunktioner ... (platypus, echidnas) Marsupialia](https://reader030.vdocuments.site/reader030/viewer/2022040807/5e49301ed4d61d48da3ff9ab/html5/thumbnails/70.jpg)
Hur många gener har vi?
27,462