Le microbiote dans les systémes de recyclage : peut-il influencer les performances des larves de
Crassostrea gigas ?
Katia ASMANI , Bruno PETTON, Jacqueline LE GRAND, , Bruno PETTON, Jacqueline LE GRAND, René ROBERT and JeanRené ROBERT and Jean--Louis NICOLASLouis NICOLAS
Journées des doctorants
REsearch to improve PROduction of SEED
René ROBERT and JeanRené ROBERT and Jean--Louis NICOLASLouis NICOLAS
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Ifremer Brest
� La production de naissains en écloserie est en expansion :
• Fortes irrégularités de captage
• Compensation des mortalités en milieu naturel
• Production d’huîtres triploïdes
� Croissance rapide, faible fécondité
Contexte
� Croissance rapide, faible fécondité
Mise en place de conditions d’élevage adaptées en écloserie pour la
production de naissains d’huîtres en environnement contrôlé
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� Système statique• Renouvellement séquentiel de l’eau tout les 2/3 jours
Fluctuation de la qualité de l’eau
� Système en continu (circuit ouvert)• Renouvellement continu de l’eau
Contexte: évolution des systèmes d’élevage
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• Renouvellement continu de l’eau
Consommation d’eau et d’énergie
� Système de recyclage (circuit fermé)• Réutilisation de l’eau après différents traitements : mécanique, biologique et
physico-chimique
Economie d’énergie
Prévention contre l’intrusion de pathogènes
Stabilité du milieu d’élevage
� Etude des communautés bactériennes associées aux poissons marins dans les systèmes de recyclage:
• Stabilité des communautés bactériennes
• Très peu de bactéries opportunistes et de pathogènes
• Bactéries typiques des environnements marins:
- Pseudomonas, Oceanospirillum, Marinobacter, Paracoccus, Erytrobacter,
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• Le microbiote influence le développement des poissons
AeromonasetVibrio …
� Etude des communautés bactériennes associées aux bivalves:• Les connaissances des bactéries associées aux élevagesde bivalves sont généralement
limitées aux pathogènes (Vibrio spp)
Etude de l’influence du microbiote sur les performances d’élevage des larves de Crassostrea gigas dans les systèmes de recyclage
Objectif
⇒Etude de la structure et de la composition du microbiote associé aux élevages larvaires de Crassostrea gigas en eau
recyclée
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Circuits expérimentaux étudiés
Expérience N 1 Avril 2011
1 circuit ouvert CO
4 conditions d’élevage
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1 circuit ouvert CO (100% apport d’eau neuve)
Témoin
3 circuit fermésCF
10% apport d’eau neuve par heure
Pas d’apport d’eau neuve 0%
25% apport d’eau neuve par heure
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Système de recyclage
(A): Circuit ouvert(A+B): Circuit fermé : Ecumeur UV Filtre biologique1 2 3
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BA
jour 7 jour 11 jour 16jour 2 après la fécondation = premier jour de l’expérimentation prêtes pour la métamorphose
jour 15
Analyses effectuées
Culture sur marine agar≈ 1000 isolats
Extraction directe d’ADN
Echantillons collectés (eau, larves…)
Marine agar: Comptage des bactéries cultivables
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Amplification de l’ARNr16S
Restriction fragment legngth polymorphism (RFLP)
Analyse DHPLC
et analyse MDS
Amplification de la région V6-V7-V8 de l’ARNr16S
Marine agar: Comptage des bactéries cultivablesTCBS: la charge en vibrios
Diversité bactérienne
Culture sur marine agar≈ 1000 isolats
Extraction directe d’ADN
Echantillons collectés (eau, larves…)
Marine agar: Comptage des bactéries cultivables
Analyses effectuées
Amplification de l’ARNr16S
Restriction fragment legngth polymorphism (RFLP)
Analyse DHPLC
et analyse MDS
Amplification de la région V6-V7-V8 de l’ARNr16S
Marine agar: Comptage des bactéries cultivablesTCBS: La charge en vibrios
Diversité bactérienne
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La concentration de l’ammoniaque était faible à l’exception du CF10% à J6, qui coïncide avec une grande mortalité
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CO CF 25% CF 10% CF 0%
-Faible concentration des bactéries cultivables dans toutes les conditions -Faible concentration des vibrios dans les circuits fermés
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CO CF 25% CF 0% CO CF 25% CF 0%
a
bc C
a
ab
- Faible concentration des bactéries cultivables dans les larves dans les circuits fermés à J16
- La concentration des vibrios est globalement faible dans toutes les conditions à J16
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b
CF 10%
MDS: multidimensional
scaling
Analyse MDS des profils bactériens à J 7, J10, J15des échantillons d’eau à la sortie des bacs
CF 25%
CF 0%
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Répartition graphique des isolats de bactéries dans l’eau à la sortie des bacs
CF 0% à J6 CF 0% à J12
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CO à J6 CO à J12
J2 (larve D)
CF 0% à J16
CF 25% à J16
Répartition graphique des isolats de bactéries dans les larves
CF 25% à J16
CO à J16
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Observation des biofilms sur la paroi des bacs au microscope électronique à balayage (MEB)
CO à J11CF à J11
Biofilm moins développé dans les circuits fermés que dans les circuits ouverts
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• Les systèmes de recyclage:
- Tendent à diminuer le nombre des bactéries dans les larves
- Ne permettent pas l’installation d’une population Vibrio dans les larves
Conclusions
Cette première analyse ne permet pas encore de conclure sur la réelle
influence du microbiote sur les performances des larves
- Maintiennent une microflore stable et diversifiée
- Réduisent la formation des biofilms
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Perspectives• Poursuivre l’identification des bactéries dans les larves, l’eau, le filtre
biologique, les algues et les biofilms par DHPLC/métagénomique.
• Orienter la microflore par l’ajout de probiotiques dans les élevages:
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- Les probiotiques peuvent-ils s’installer dans les élevages?
- Quels sont leurs effets sur les performances larvaires?
- Induisent-ils une meilleure résistance vis à vis des pathogènes?