28/01/2016 1
28 et 29/01/2016 2
3
Objective (1,1): to analyse the interactions between wildoysters, benthic microalgae (microphytobenthos), macro‐meïofauna, shore birds
Perennial microphytobenthos patches around oyster reefs
200 meters
NDVI
0
0.2
0.3
0.1
NDVI
0
0.2
0.3
0.1
Remove an oyster reef(5 tons) and test the hypothesis of a top‐down control
4
L’axe 1 en photosAction 1.1. Rôle des microalgues intertidales
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• Photosyntetic activity was reported for two species of coastal benthic foraminifera (Lopez 1979)
Haynesina germanica, Elphidium williamsoni
• The retention of chloroplasts is well documented (cellular organisation, ultrastructure, pigment and origins…) (Lopez, 1979, Bernhard and Bowser, 1999, Goldstein et al., 2004, Knight and Mantoura, 1985, Pillet et al., 2011)
• The kleptoplasts are from microalgal prey and conserning H. germanica (pennatediatoms) (Austin et al., 2005; Pillet et al., 2011)
Haynesina germanica vs pleurosigma sp. (Austin et al. 2005)
?
Observation de la chaine trophique « cryptophytes/cilié/Dinophysis »
Kleptoplastidie : deux niveaux successifs et spécifiques : Mesodinium rubrum ; phototrophy acquise par retentions des organelles de Teleaulax/GeminiferaContrairement aux autres ciliés mixotrophes , les besoins en carbone couverts par la phototrophieDinophysis ; rétention des plastes que le cilié a absorbés sur le cryptophyte des genres Teleaulax,
Dinophysis acuminata , Bouée 7Cellules L .35‐55µm, l.30‐40µmHypothèque forme plus convexe,Difficultés pour obtenir des volumes supérieurs à 200mL
Dinophysis sacculus , maline de la teste Cellules L 40‐60µm, l 20‐40µmHypothèque plus droiteCulture volume 1L, concentration de 240 000 cellules/ L
Kleptoplastidie : plusieurs cellules de Dinophysis entourent une cellule de ciliéLe cilié s’immobilise perd ses cilsune cellule de Dinophysis émet un pédoncule et aspire littéralement les organelles du ciliés tout en continuant de nagerCela dure entre 40‐60 minutes
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Toxin family Toxin groupNumber
Compound Molecular structure
ASP DA 10 10
DSP
OA+DTX 60 13AZAs 40 32PTXs 17 15YTXs 31 16
PSPSTXs 64 60TTXs 21 21
FAT
GYMs 7 5SPXs 11 11
PnTXs+PterTXs 12 11Imine cyclic 7 6
NSP
PLTXs 11 4MTX 1 1
PbTXs (BTX) 17 12Goniodomin A 1 1
KBTX 10 4Tamulamide 2 2Gambiertoxins 7 6
P‐CTXs 27 27C‐CTXs 2 2
CYANO
Oscillatoxin 11 11Anatoxin 12 12
Cylindrospermocin 3 3Microcystins 14 14Aplysiatoxins 6 6Curacins 4 4
Jamaicamides 3 3Antillatoxins 2 2Nodularin 7 7Kalkitoxin 1 1BMAA 1 1
Trichotoxin 1 1
OTHERS
Karlotoxins 6 3Calyculins 14 14Gliotoxins 2 2
Polycavernosides 5 5Amphidinols 12 12
Amphidinolides 39 39portimine 1 1
Nakijiquinone 4 1precursor C‐CTXs 4 /
The PCDL library currently contains information for over 500toxins with 400 structures and spectra for approximately 70compounds (including all regulated toxins in the US andEurope). The library was constructed from existing databases,literature and from spectra acquired on the 6540 and 6550Agilent Q‐ToF instruments.One of the main inconveniences of non‐targeted HRMS data isthe large size of raw‐data files and time required for datahandling and reprocessing. The MassHunter PCDL manager is amodule in the MassHunter software suite that allows both foreasy visualisation of compounds, spectra and structures in alibrary collection and for rapid interfacing with other Agilentsoftware modules, i.e. rapid data processing. For instance, adata file from 10 min All‐ion HRMS acquisition only requires afew seconds for dereplication against this library.
Sibat et al., 63rd Annual Conference of the American Society for Mass Spectrometry, May 31 – June 4, 2015. St. Louis, MO, USA
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Instrumentation
Agilent 1100 series (HPLC) coupled to API4000 (AB-Sciex) Agilent 1290 Infinity II
(UHPLC) coupled to i-funnel QToF 6550
ThermoScientific Accela(UHPLC) coupled to Exactive
12
Screening workflow using LC-(Q)TOF-MSPersonal compound database and library
Philipp Hess 16 October 2015 – Agilent User Meeting Marseille
Field trials: Ingril Lagoon• Low levels of SXP1 compared to PnTX‐G, OA/DTX1 and PTX2
• DTX1 levels > PTX2 possible presence of P. lima?
0
50
100
150
200
250
300
350
400
SPX-1 PnTX-G OA DTX-1 PTX-2
C [n
g/g
rési
ne]
Strata-X
HP20
HLB
13
Presence of 4 microalgal species:
A. ostenfeldii (SPX1)
Dinophysis spp (OA/PTX2)
P. lima (DTX1)
V. rugosum (PnTX‐G)
Zendong et al., 2014 Toxicon 91, 57‐68.
Zone élution toxines (1.8 à 7.3 min)
MOULE: 4251 composés
x107
14
Avantages SM Haute Résolution
i‐funnel QToF 6550• Analyse ciblée quantitative avec bonnes justesse, précision, LD, linéaritéet répétabilité
• Possibilité retraitement rétrospectif des données acquises pourrecherche/découverte toxines nouvelles et/ou émergentes
Zone élution toxines (1.8 à 7.3 min)
SPATT: 936 composés
x106
Echantillons de la même provenance: site et semaine
28 et 29/01/2016 15
15
65% 6%
9%
Ingril
Villefranche
Vivier
Scoré
PC1: 57%
PC2:
25%
W 33
W 32W 31
W 30
Vivier
Différentiation spatiale
Différentiation temporelle
IngrilVillefranche
Concarneau: Vivier et Scoré
ACP
ACP
• ≈ 100 injections / site
• 1 semaine de retraitement
Echantillons passifs origine France: analyse non‐ciblée (SMHR)
28 et 29/01/2016 AG 3 COSELMAR 16
Action 2.3Etude des interactions de croissance entre microorganismes
1- OBJECTIFS
Meilleure compréhension de l’écologie de la diatomée marine Haslea ostrearia
Etude des interactions bactéries-microalgues
- Environnement naturel- Laboratoire
Améliorer la croissance/biomasse d’Haslea ostrearia
Co-culture Haslea ostrearia & bactéries
PARTIE 1 PARTIE 2
Intérêt économique d’Haslea ostrearia Marennine (molécule d’intérêt). Verdissement en claires.
28 et 29/01/2016 AG 3 COSELMAR 17
Action 2.3Etude des interactions de croissance entre microorganismes
Analyses des exsudats algaux et/ou bactériens dans le milieu de culture des microalgues (HO‐Ré et HO‐BM) par métabolomique.
Condition axénique Condition non axénique
20
7
9202
7
260
Composés communs aux 2 clones d’HO
Composés spécifiques à HO‐Barre de Monts
Composés spécifiques à HO‐Ré
‐ Plus de composés en condition non axénique qu’en condition axénique.‐ Plus de composés communs en condition axénique.
Effet des bactéries sur la composition des exsudats.
28/01/2016 18
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