Ecologie des communautés et Génétique des populations de
rongeurs de DakarRésultats d’échantillonnage
Claire StragierVIA, Dakar
Journées rongeurs, 26 septembre 2016
Mieux connaitre les communautés et les populations de rongeurs en contexte urbain:
milieu urbain = milieu particulier qui est en plein expansionmais peu d’étude de génétique des pop. sur esp. commensales:
PratiqueConnaitre la répartition des espèces dans la ville + structure des pop.
Choix des Stratégie de contrôle des populations Implication sanitaire
Différents réservoirs = différents pathogènesDiffusion des pathogènes zoonotiques
Echelle ville
Echelle quartiers
Introduction
Théorique
1/13
La ville de Dakar, Sénégal
2/13
La ville de Dakar
XV ème siècle arrivéeDes navires Portugais
1857, fondation de la ville de Dakar Par les Français
Villages de pêcheurs
3/13
La ville de Dakar1,056 million hab. (2011 ONU)3 429 370 hab. (prévisions 2016)
Superficie 82, 38 km²
19 communes d’arrondissements
4/13
La ville de Dakar1,056 million hab. (2011 ONU)3 429 370 hab. (prévisions 2016)
Superficie 82, 38 km²
19 communes d’arrondissements
Objectifs• Description des communautés de rongeurs
• Décrire la dynamique des populations de rongeurs (génétique des populations)
• Screening parasitaire
Cricetomys gambianus Mus m. domesticus Rattus rattus Rattus norvegicus Crocidura sp.
5/13
Etapes du projet
ECHANTILLON‐NAGE
• Piégeage• Autopsies• Piégeage• Autopsies
Biologiemoléculaire
• Extraction ADN à partir des pattes• Génotypage de 16 marqueurs microsatellites• Extraction ADN à partir des pattes• Génotypage de 16 marqueurs microsatellites
Génétique des
populations
• Analyse du dynamisme des populations • Analyse du dynamisme des populations
6/13
Etapes du projet
ECHANTILLON‐NAGE
• Piégeage• Autopsies• Piégeage• Autopsies
Biologiemoléculaire
• Extraction ADN à partir des pattes• Génotypage de 16 marqueurs microsatellites• Extraction ADN à partir des pattes• Génotypage de 16 marqueurs microsatellites
Génétique des
populations
• Analyse du dynamisme des populations • Analyse du dynamisme des populations
6/13
Quartiers échantillonnés
6 quartiers échantillonnésSacré cœur 2 (2014)Parc de HannPort
Sacré cœur 2
7/13
Quartiers échantillonnés
Sacré cœur 2
8/13
Quartiers échantillonnés
Sacré cœur 2
8/13
Protocole d’échantillonnageRencontre avec le chef de quartier
9/13
Protocole d’échantillonnage1‐Rencontre avec le chef de quartier
Pose des pièges (Nuit 1)50 paires / Nuit~30 lieux~300‐400 mètres
9/13
Protocole d’échantillonnageRencontre avec le chef de quartier
Pose des pièges (Nuit 1)50 paires / Nuit~30 lieux~300‐400 mètres
9/13
Protocole d’échantillonnageRencontre avec le chef de quartier
Pose des pièges (Nuit 1)50 paires / Nuit~30 lieux~300‐400 mètres
9/13
Protocole d’échantillonnageRencontre avec le chef de quartier
Pose des pièges (Nuit 1)50 paires / Nuit~30 lieux~300‐400 mètres
9/13
Protocole d’échantillonnageRencontre avec le chef de quartier
Pose des pièges (Nuit 1)50 paires / Nuit~30 lieux~300‐400 mètres
Captures + Ré‐appâtage
9/13
Protocole d’échantillonnageRencontre avec le chef de quartier
Pose des pièges (Nuit 1)50 paires / Nuit~30 lieux~300‐400 mètres
Captures + Ré‐appâtage
Autopsie et prélèvements
9/13
Protocole d’échantillonnageRencontre avec le chef de quartier
Pose des pièges (Nuit 1)50 paires / Nuit~30 lieux~300‐400 mètres
Captures + Ré‐appâtage
Autopsie et prélèvements
2 à 3 nuits de piégeage selon les effectifs et espèces présentes9/13
Résultats d’échantillonnage
4 espèces de rongeurs identifiées + 1 musaraigne‐> Majorité d’espèces invasives
Cricetomys gambianus M. m. domesticus Rattus rattus Rattus norvegicus Crocidura sp.
442 capturesRendement de captures 14%
10/13
Ventes
1er trim.2e trim.
442 captures338 M. m. domesticu53 Rattus rattus27 Crocidura sp. 23 Cricetomys g.1 Rattus norvegicus
Sacré cœur 2
1/13
Génétique des populations
Espèce dominante M. m. domesticus
277 individus Mus mus. génotypés16 Marqueurs microsatellites
Grand Dakar / Port / Ile de Gorée12/13
Prochaines étapes du projet
• Terminer l’échantillonnage
• Analyses classiques de génétique des populations
estimation diversité + différenciation génétique, isolement par la distance…
13/13
Remerciements
Philippe GauthierAnne Loiseau
Carine BROUAT Laurent GRANJONJean‐Marc DUPLANTIERChristophe DIAGNEMbacké SEMBENE Khalilou BA
Mamoudou DIALLOMamadou KANE Aliou SOW Nathalie SARR Youssoupha NIANG Arame Ndiaye
L’ensemble des chefs de quartierLes autorités de Dakar:Responsable service d’hygièneMr NGOMMinistre de la santéAwa Marie COLL SECKDirecteur des eaux et forêtAbba SONKO
Les habitants de Dakar
Yasmin BOUAITA
Nb maisons piégées
Nb pièges posés Nb nuits Rendement
de capturesNb
Captures Mus CRO Cricéto Rattusrattus
Rattusnorvegicus
Grand Dakar 25 291 3 0,18 51 34 2 2 12 0
Hann Pêcheur 22 242 2 0,26 64 59 1 4 0 0
Ngor 31 204 2 0,19 39 31 4 3 1 0
Ouakam 33 200 2 0,26 52 46 4 2 0 0Parc Hann 7 601 5 0,05 33 21 5 8 0 0
Plateau Faidherbe 30 296 3 0,16 47 41 0 2 4 0
Plateau Rebeuss 59 386 5 0,24 92 57 6 2 27 0
Yoff 31 212 2 0,17 36 31 5 0 0 0Port Pêche 9 346 3 0,03 11 5 0 0 5 1Port Sud 6 328 3 0,05 17 13 0 0 4 0
total 253 3106 3106 0,14 442 338 27 23 53 1sacré cœur 2 (2014)
X X X X 29 28 1 0 0 0