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Gene Expression Omnibus
BioinformáticaProf. Paulo Fazendeiro
Trabalho realizado por:
• Ana Margarida Barata, nº 24647
• Ana Isabel Monteiro, nº 25070• Henrique Matos Cardoso, nº
25971
Universidade da Beira Interior
Ciências Biomédicas
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O projecto GEO foi iniciado em 1999 devido ao aumento do repositório público de dados gerados através de experiências com microarrays.
GEO tem um design flexível e aberto que permite submissões, armazenamento e recuperação de muitos tipos de colecções de dados obtidos através:
Taxas de expressão génica, Hibridização genómica;Experiências com anticorpos.
Surgimento da GEO (Gene Expression Omibus)
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Submissões ao GEO
A submissão de um grande volume de dados é rapidamente incorporada ao GEO através de arquivos SOFT (Simple Omnibus Format in Text).
Submissões podem ficar em sigilo por até seis meses.
O banco de dados não é curado, por enquanto, mas as submissões são verificadas para que pré-requisitos básicos sejam incorporados.
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Base de Dados de genes de alto rendimento, acoplada ao NCBI
ContémMicroarray’s compatíveis com formato MIAME
Dados Chip-chip
Padrão para relatar experiências de microarrays
Especifica toda a informação necessária para interpretar resultados e reproduzir
resultados
Combina a imunoprecipitação da cromatina (ChIP) com a tecnologia microarray (chip)
Investigação da interacção entre proteínas e DNA in vivo
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Obtenção da Amostra - Microarrays
Análise de Dados
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Obtenção da Amostra – ChIP-on-chip
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Obtenção da Amostra – ChIP-on-chip
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Expressão Génica em 4 secções
Plataform
Sample
Series
DataSets
Descreve lista de elementos no array ou lista de elementos que podem ser detectados na
experiência
Descreve condições em que mRNA foi obtido e medição de cada elemento obtido a
partir dele
Define um conjunto de amostras relacionadas e como são relacionadas
Conjunto de colecções de amostrasArquitectura
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GEO- Estatísticas
Número de: Public Unreleased Total
Platforms: 105(120Mb) 55 160
Samples: 2354(1745 Mb) 72 2426
Series: 78 7 85
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Study type Number of Series
Expression profiling by array 17 812
Expression profiling by genome tiling array 303
Expression profiling by high throughput sequencing 131
Expression profiling by SAGE 206
Expression profiling by MPSS 21
Expression profiling by RT–PCR 25
Non-coding RNA profiling by array 341
Non-coding RNA profiling by genome tiling array 81
Non-coding RNA profiling by high throughput sequencing 233
Genome binding/occupancy profiling by array 70
Genome binding/occupancy profiling by genome tiling array 835
Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing 238
Genome variation profiling by array 309
Genome variation profiling by genome tiling array 406
Genome variation profiling by SNP array 269
Methylation profiling by array 46
Methylation profiling by genome tiling array 115
Methylation profiling by high throughput sequencing 30
Protein profiling by protein array 31
SNP genotyping by SNP array 149
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Parte Prática
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
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Arquitectura
Pesquisa
Sequência
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Vários Domínios
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Séries
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Dados Sobre a série
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Dados Sobre a série
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Dados Sobre Amostra
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Dados Sobre Plataforma
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Dados Sobre Datasets
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Pesquisa Avançada
Limites