doç. dr. serdar ceylaner -...
TRANSCRIPT
+ Gündem
Eski yöntemlerde yeni gelişmeler (QF-PCR/FISH)
Yeni yöntemlerin eski yöntemlere katkısı (Array-CGH ve
yeni jenerasyon dizi analizi)
Maternal serum DNA analizi
Maternal serum RNA analizi
Yakın gelecek
+ Down sendromu- Çözülemeyen
derdimiz
1/800 sıklıkta
USG ile bulgu vermeme ihtimali var
İkili ve üçlü tarama %15-40 vakayı görmüyor.
USG-İkili-üçlü taramayı beraber bile yapsak % 10 kadar
vakayı kaçırırız.
+ Down sendromu- Çözülemeyen
derdimiz
Onkoloğun hastası ölürse herkes ağlar- doktor elinden geleni
yapmış olur-herkes teşekkür eder. Kanser ölümcül bir
durumdur.
Gebelik bir hastalık olmadığından ve herkesin bir sevinç
yaşamayı beklediği bir durum olduğundan annenin yada
bebeğin ölümü yada her ikisinden birinin kalıcı hastalığı
meydana geldiğinde kıyamet kopar.
+ Amniyosentez ve koryon villus
örneklemesi
Kitaplara göre 1/100-1/400 gebelik kaynı riskine yol açar.
Perinatologların yaptığı işlemlerde ise gebelik kaybı
neredeyse hiç görülmemektedir.
İnvaziv işlemden kaçınma
Maliyet?
+ Eski yöntemlerde yeni gelişmeler
Hızlı tanı yöntemleri sayesinde gebelik tahliyesi için 3 hafta bekleme ihtiyacı azalmıştır.
QF-PCR ve FISH ‘teki gelişmeler kromozom analizi kadar güvenilir sonuç elde edilmesini sağlamaktadır.
Henüz bu yöntemler sadece 5 kromozom ile sınırlıdır ama bu sık görülen hastalıklarda etkinlik yüksek.
En az iki yöntemle tanıyı koyuyorsanız tahliyeyi yapabilirsiniz.
Kromozom analizini Down sendromunun tipini ve dolayısıyla tekrarlama riskini tespit etmek için sürdürün.
+ Eski yöntemlere yeni yöntemlerin
katkısı- Array CGH
Ense kalınlığı artışı ve konjenital anomalilerde kromozomu
normal fetüslerin % 5-15’inde gözle görülemeyen kromozom
bozuklukları vardır.
+ Yakında
Tüm amniyon veya koryon materyallerinden kromozom
analizi yanında array CGH yapılacak.
PEKİ NE ZAMAN?
Fiyatı 100-200 USD’ye düştüğü zaman
Şu an 2000-2500 TL
+ Eski yöntemlere yeni yöntemlerin
katkısı- Yeni jenerasyon dizi analizi
Yeni jenerasyon dizi analizi yüzlerce genin aynı anada
analizini sağlar.
İnsandaki 21000 genin aynı anda analizini sağlar.
Bir insanın tüm DNA’sının analizini sağlar.
+ Çoklu gen çalışmaları
Uzun QT Paneli (KCNQ1, KCNH2, SCN5A, CACNA1C, ANK2, KCNE1, KCNE2, KCNJ2, CAV3, SCN4B, AKAP9, SNTA1 genleri) (12 gen) (Tüm Gen - Dizi Analizi-MISEQ)
Zellweger sendromu, Peroksizom biosentez bozukluğu Paneli (13 gen) (PEX1, PEX2, PEX3, PEX5, PEX6, PEX10, PEX12, PEX13, PEX14, PEX16, PEX19, PEX26, HSD17B4 genleri) (Tüm Gen - Dizi Analizi)
İlerleyici ailesel intrahepatik kolestaz 1, 2, 3 Paneli (PFIC1, PFIC2, PFIC3) (ATP8B1, ABCB11, ABCB4 genleri) (Tüm Gen - Dizi Analizi-MISEQ)
Hipertrofik kardiyomiyopati Paneli (6 gen) (MYH7, MYBPC3, TNNT2, TNNI3, TPM1, MYL3 genleri) (Tüm Gen - Dizi Analizi)
+ İnfantil polikistik böbrek hastalığı
21 haftalık gebe
Gebelikte USG’de infantil tip polikistik böbrek hastalığı
izleniyor.
Aile erken prenatal tanı ve PGT istediği için mutasyon analizi
planlanıyor.
PKHD1 geni 67 ekzon- Fiyat 2350 Euro
Ekzom sekanslama 2000 Euro
Ekzom kararı verildi.
+ Literatürdeki benzer vaka
ETFDH, 1-BP DEL, 36A
In an infant with the neonatal-onset form of glutaric acidemia IIC with
congenital anomalies (231680), Olsen et al. (2003) found
homozygosity for a 1-bp deletion of 36A in the ETFDH gene, causing a
frameshift beginning with ala12, introducing a stop codon at amino
acid 19. The parents were consanguineous. The child died 1 hour after
birth and showed Potter face, enlarged polycystic kidneys,
symmetrical warty dysplasia of the cerebral cortex, bile duct
hypoplasia, cholestasis, fatty degeneration of the liver, siderosis, lung
hypoplasia, and steatosis of the myocardium. A second child in the
family presented at birth with similar clinical and morphologic
findings. The patient had been previously reported by Lehnert et al.
(1982) and Bohm et al. (1982).
+
İNVAZİV OLMAYAN
PRENATAL TANI
•Maternal kanda fetal hücreler
•Maternal serum DNA
•Maternal seum RNA
+ Anne kanında fetal hücreler
Eski gebeliklerden kalan hücreler
Zenginleştirme ihtiyacı
Zenginleştirme sorunları
+ Sözlük
Maternal Serum Fetal DNA
Cell free DNA – cfDNA
Maternal Plazma Serbest Fetal DNA
Serum + fibrinojen= Plazma
+ Sözlük
Maternal Serum Fetal DNA
NIFTY - Noninvasive Fetal Trisomy Test
NIFT - Noninvasive Fetal Trisomy Test
+ Sözlük DNA’daki parmak izi-DNA fingerprinting
Her insanda diğerlerinden farklı DNA bölgeleri vardır.
SNP: Single nucleotide polymorphism
AAATAGCTC
AAACAGCTC
STR: Short Tandem Repeat
ATACATACATACATACATAC
+ Yeni nesil sekanslama-dizileme
DNA’daki bir bölgeyi yüzlerce kere okuyor.
Bu sayede düşük orandaki değişiklikleri tespit edebiliyor.
Güvenilir bir oranlama yapabiliyor.
Kapasitesi çok yüksek. Bir insanın bütün DNA’sını
okuyabiliyor. Hatta bir cihaz bir çalışmada 4 insanın bütün
DNA’sını okuyabiliyor.
+ Maternal serumdaki fetal DNA ve
özellikleri
İnsan serumundaki DNA’nın önemli bir kısmı ölen ve
apopitoza uğrayan hücrelerden serbest kalan DNA’dır.
Fetal DNA’nın önemli bir kısmı plasenta kaynaklıdır.
Küçük fragmanlar halindedir.
Serumdaki DNA’nın % 5-10’u fetal kaynaklıdır.
Yarılanma ömrü 16 dk’dır.
+ MANTIK Massively Paralel Sequencing
Deep Sequencing
A
A
T
A
G
C
A
A
A
T
A
G
C
A
A
A
T
A
G
C
A
A
A
T
A
G
C
A
A
A
T
A
G
C
A
A
A
T
G
G
C
A
A
A
T
A
G
C
A
A
A
T
A
G
C
A
A
A
T
A
G
C
A
A
A
T
A
G
C
A
+ MANTIK (oransal olarak 1,5 kat)
21. Kromozom 1. bölge 6299 tane
21. Kromozom 2. bölge 6065 tane
…..
21. Kromozom 574. bölge 5987 tane
7. Kromozom 1. bölge 3997 tane
7. Kromozom 2. bölge 4115 tane
….
7. Kromozom 421. bölge 4005 tane
+ MANTIK – İkiz Gebelik
A
A
T
A
G
C
A
A
A
T
A
G
C
A
A
A
T
A
G
C
A
A
A
T
T
G
C
A
A
A
T
A
G
C
A
A
A
T
G
G
C
A
A
A
T
A
G
C
A
A
A
T
A
G
C
A
A
A
T
A
G
C
A
A
A
T
A
G
C
A
+ Yanlış pozitif
Plasentaya sınırlı mozaisim
Yanlış pozitif sıklığı % 3
YANLIŞ NEGATİF YOK’A YAKIN
Pozitif çıkan her hastada
invaziv girişim ile teyid
gerekir.
+ NIFTY tarama testi midir?
NIFTY bir tarama testidir. Ana amaç tüm gebe toplumu
taramaktır.
NIFTY sadece bir tarama testi değildir. Tanı koyan bir tarama
testidir.
Yanlış pozitif ve yanlış negatif olasılığı bir testi tanı testi
tasnifinden çıkarmaz.
Plasenta proteinleri için yapılan indirekt testler “sadece”
taramadır. Bu doğrudan bir DNA testidir.
+ Bugün yapılan
Yarın olacak olan
Bugün parası olan- gazeteden bu konuyu okuyan hanımlar
istiyor
Amaç ikili üçlü tarama yerine bunu uygulamaya koymak
Ne zaman?
Test başına maliyet 50-100 TL’ye düştüğü zaman
3-5 yıl
+ Testi kimler nerede yapıyor?
Life Codex (Almanya)
Panorama
BGI (Çin)
ABD’de bir kaç merkez. Türkiye’den gönderen yok.
Türkiye’de henüz yapan yok
Cihazlar
Hiseq 2000
Miseq
Sequenom
+ Materyal
Özel tüplere alınmış 10-20 cc kan
Transport 1-4 gün içinde- oda ısısında
Sonuç verme yüzdesi % 98-99
Yeniden materyal gerekebilir.
10. haftadan sonra alınabilir.
Teknik olarak 6. haftadan itibaren test yapılabilir.
+ Endikasyon
Tüm isteyen aileler
Down sendromu riski olup invaziv işlem istemeyenler
Down sendromu olup olmadığını bilmek isteyen ama tahliye
istemeyenler
Trizomi 13- Trizomi 18 riski olanlar?
+ Dezavantajlar
13-18-21 nolu kromozomların sayısal bozuklukları dışındaki
diğer kromozom hastalıklarını göstermez.
Süre hala amniyosentez – koryon villus kadar uzun
Sonuç anormal gelirse girişimsel işlem gerekli
+ Strateji
Uygun endikasyonlarda ve isteyen herkese NIFT YAPMAK
NIFT sonucu anormal geldiğinde QF-PCR ya da FISH ile 1-2
günde tanının teyidini yapmak ve tahliye
Ultrason anomalilerinde
Translokasyon gibi yapısal anomali taşıyıcısı ailelerde
Tek gen hastalıklarında İNVAZİV İŞLEM YAPMAK
İnvaziv ile alınan materyalden kültür yapmayı sürdürüp
mozaik ve translokasyonlu tipleri ayırt edip tekrarlama riski
konusundaki danışmanlığı ondan sonra vermek
+ Strateji
NIFTY öncesi NT bakılmalıdır. NT yüksekse invaziv
önerilmelidir.
İleride taramalarda da NIFTY + NT + ikinci trimester USG
kombinasyonu en olası ideal kombinasyon olacaktır.
+ Strateji
Anomalilerin hepsinde invaziv işlem ile örnek almak
Tahliye bile etsek etiyolojiyi araştırmak
Etiyoloji için genetik konsültasyon, fetal muayene, fetal
örneklerden kromozom ve DNA eldesi
PRENATAL TANI KOYDUĞUMUZ HASTALARIN
ETİYOLOJİSİNİN, SONRAKİ GEBELİK İÇİN GEREKLİ
BİLGİLERİNİ, TEKRARMA RİSKİNİ, TEKRARLAMA HALİNDE
YAPILACAKLARI ORTAYA KOYMUYORSAK İŞİMİZİ YAPRIM
YAPTIK DEMEKTİR.
+ Maternal Serum DNA toplumsal
tarama ihtiyacını karşılıyor mu?
Sensitivite ve spesifite yüksek olmalı
Uygulaması kolay olmalı
İlk trimesterda uygulanabilir olmalı
Ucuz olmalı
+ MATERNAL SERUM RNA
DNA ---- RNA ---- PROTEİN
RNA çok kolay yıkılan bir moleküldür.
İlginç olarak fetal RNA çok stabildir.
Bu zaten fetal RNA’nın küçük fragmanlar halinde olmasından
ve RNAz enziminin etkisinden kaçabilmesinden
kaynaklanmaktadır
+ MATERNAL SERUM RNA
RNA DNA gibi diğer bir biyomarkerdır
Sorun her dokuda ve çeşitli durumlarda farklı genlerin
RNA’larının farklı miktarda üretilmesidir.
Lo tarafından geliştirilen alelik ayrım yöntemi ile PLAC4
geninde yapılan çalışmalarda Down sendromu tanısı başarı
ile konulabilmiştir.
+ Alelik ayrım
Sensitivite %90
Spesivite %96,5
Tek marker ile elde edilen bu başarı çoklu markerlara
taşınmaya ve çok ucuz bir tarama yöntemi daha
geliştirilmeye çalışılmaktadır.
+ Holoprozensefali
Kromozom analizi (%25-50 tanı koydurucu)
Trizomi 13- Trizomi 18- Triploidi
del13q veya dup13q, del(18p), del(7)(q36), dup(3)(p24-pter),
del(2)(p21), del(21)(q22.3)
+ Holoprozensefali
Kromozom analizi normal ise
Array CGH (CNV- Copy Number Variation)(Kopya sayısı
değişikliği) (Özetle delesyon- duplikasyon) (%10-20) (2000-
2500 TL)
+ Sendromik tek gen hastalıkları – Ekzom
sekanslama (% 18-25) (2000-4000 Euro)
Otosomal Dominant
Pallister-Hall syndrome
Rubinstein-Taybi syndrome
Kallmann syndrome
Martin syndrome (with clubfoot, spinal anomalies)
Steinfeld syndrome (with congenital heart disease, absent gallbladder, renal dysplasia, radial defects) (OMIM
184705)
Ectrodactyly and ocular hypertelorism
Otosomal Resesif
"Pseudotrisomy 13 syndrome," in which affected individuals have a normal karyotype and polydactyly. Other
commonly seen features of trisomy 13, including scalp defects, overlapping fingers, and nail hypoplasia, are
not generally observed [Cordero et al 2008].
Smith-Lemli-Opitz syndrome [Kelley et al 1996, Weaver et al 2010]
Meckel syndrome
Genoa syndrome (with craniosynostosis) (OMIM 601370)
Lambotte syndrome (with microcephaly, prenatal growth retardation, ocular hypertelorism) (OMIM 245552)
Hydrolethalus syndrome (with hydrocephalus, polydactyly, and other anomalies) (OMIM 236680)
Facial clefts and brachial amelia (OMIM 601357)
Otosomal dominant vs multifaktoriyel
Microtia-anotia (OMIM 600674) and other anomalies
HPE-agnathia spectrum disorders
Holoprozensefali
+ Non- sendromik tek gen hastalıkları – Ekzom
sekanslama (% 5-10) (2000-4000 Euro)
SHH 7q36 30%-40% <5% 600725 142945
ZIC2 13q32 5% 2% 603073 609637
SIX3 2p21 1.3% Rare 603714 157170
TGIF1 18p11.3 1.3% Rare 602630 142946
GLI2 2q14 ? ? 610829 165230
PTCH1 9q22.3 ? ? 601309 610828
DISP1 1q42 Rare Rare 607502
FGF8 10q24 Rare Rare 600483
FOXH1 8q24.3 Rare Rare 603621
NODAL 10q22.1 Rare Rare 601265
TDGF1 (CRIPTO) 3p23-p21 Rare Rare 187395
GAS1 9q21.33 are Rare 139185
DLL1 6q27 Rare Rare 606582
CDON 11q24.2 Rare Rare 608707
Holoprozensefali
+ Holoprozensefali
Çevresel etkenler
Diabet
Alkol
Retinoik asit
Hiperkolesterolemi?
Kolesterol düşürücü ajanlar (Statinler)
+ Diğer nimetler
Maternal kanda fetal DNA artışı (preeklempsi-eklempsi)
Rh grubu tayini (Kan uyuşmazlığı)
HPA1 tayini (Trombosit grup uyumsuzlukları)
Fetal cinsiyet tayini (Cinsiyet seçen hastalıklar- 21
hidroksilaz)
Babadan kalıtılan mutasyonlar
+ Yeni jenerasyon dizi analizinin
nimetleri
Muayene ile tanı konulamayan hastalarda tanı
Akraba evliliklerinde her iki eşin birden taşıdığı
mutasyonların tespiti
Çok genli yada büyük genleri olan hastalıkların araştırılması
Yanlış tanı oranında azalma
+ Çok yakında serbest fetal DNA’dan
Tüm kromozomların tüm bölgeleri analize edilebilecek
21.000 genin tamamı analiz edilebilecek
Anomaliye ve tek gen hastalıklarına bağlı sorunlar çok
azalacak
10 yıl içinde hasta bu işleri evde
yapabilecek
+ Çok yakında serbest fetal DNA
sayesinde GENETİKÇİ PERİNATOLOG
PERİNATOLOG USTA
Genetikçi Lazım Olursa Dr. Serdar Ceylaner [email protected]
05332145337