Diagnosis nyeri perut yang banyak digunakan saat ini adalah Kriteria Rome. Kriteria Rome membagi keluhan nyeri perut non-organik menjadi 5 kategori dan patogenesisnya antara lain sebagai berikut:1. Dispepsia FungsionalDari sudut pandang patofisiologis, proses yang paling banyak dibicarakan dan potensial berhubungan dengan dispepsia fungsional adalah hipersekresi asam lambung, infeksi Helicobacter pylori, dismotilitas gastrointestinal, dan hipersensitivitas viseral.5 Ferri et al. (2012) menegaskan bahwa patofi siologi dispepsia hingga kini masih belum sepenuhnya jelas dan penelitian-penelitian masih terus dilakukan terhadap faktor-faktor yang dicurigai memiliki peranan bermakna, seperti di bawah ini:17 Abnormalitas fungsi motorik lambung, khususnya keterlambatan pengosongan lambung, hipomotilitas antrum, hubungan antara volume lambung saat puasa yang rendah dengan pengosongan lambung yang lebih cepat, serta gastric compliance yang lebih rendah. Infeksi Hellicobacter pylori Faktor-faktor psikososial, khususnya terkait dengan gangguan cemas dan depresi.Sekresi asam lambungKasus dispepsia fungsional umumnya mempunyai tingkat sekresi asam lambung, baik sekresi basal maupun dengan stimulasi pentagastrin, yang rata-rata normal. Diduga terdapat peningkatan sensitivitas mukosa lambung terhadap asam yang menimbulkan rasa tidak enak diperut3.Helicobacter pyloriPeran infeksi Helicobacter pylori pada dispepsia fungsional belum sepenuhnya dimengerti dan diterima. Kekerapan infeksi H. pylori pada dispepsia fungsional sekitar 50% dan tidak berbeda bermakna dengan angka kekerapan infeksi H. pylori pada kelompok orang sehat. Mulai ada kecenderungan untuk melakukan eradikasi H. pylori pada dispepsia fungsional dengan H. pylori positif yang gagal dengan pengobatan konservatif baku.5

DismotilitasSelama beberapa waktu, dismotilitas telah menjadi fokus perhatian dan beragam abnormalitas motorik telah dilaporkan, di antaranya keterlambatan pengosongan lambung, akomodasi fundus terganggu, distensi antrum, kontraktilitas funduspostprandial, dan dismotilitas duodenal.19Beragam studi melaporkan bahwa pada dispepsia fungsional, terjadi perlambatan pengosongan lambung dan hipomotilitas antrum (hingga 50% kasus), tetapi harus dimengerti bahwa proses motilitas gastrointestinal merupakan proses yang sangat kompleks, sehingga gangguan pengosongan lambung saja tidak dapat mutlak menjadi penyebab tunggal adanya gangguan motilitas.2

Disfungsi autonomDisfungsi persarafan vagal diduga berperan dalam hipersensitivitas gastrointestinal pada kasus dispepsia fungsional. Adanya neuropati vagal juga diduga berperan dalam kegagalan relaksasi bagian proksimal lambung sewaktu menerima makanan, sehingga menimbulkan gangguan akomodasi lambung dan rasa cepat kenyang.5

Peranan HormonalPeranan hormon masih belum jelas diketahui dalam patogenesis dispepsia fungsional. Dilaporkan adanya penurunan kadar hormon motilin yang menyebabkan gangguan motilitas antroduodenal. Dalam beberapa percobaan, progesteron, estradiol, dan prolaktin mempengaruhi kontraktilitas otot polos dan memperlambat waktu transit gastrointestinal.5

PsikologisAdanya stres akut dapat mempengaruhi fungsi gastrointestinal dan mencetuskan keluhan pada orang sehat. Dilaporkan adanya penurunan kontraktilitas lambung yang mendahului keluhan mual setelah pemberian stimulus berupa stres. Kontroversi masuh banyak ditemukan pada upaya menghubungkan faktor psikologis stres kehidupan, fungsi autonom, dan motilitas. Tidak didapatkan kepribadian yang karakteristik untuk kelompok dispepsia fungsional ini, walaupun dalam sebuah studi dipaparkan adanya kecenderungan masa kecil yang tidak bahagia, pelecehan seksual, atau gangguan jiwa pada kasus dispepsia fungsional.52. Sindrom Usus IritabelStres, diet, bakteri, kuman, jenis makanan dan reaktifitas usus yang abnormal dapat menyebabkan IBS.Stres dapat memicu gejala IBS. Ketika seseorang mendapatkan masalah yang menyita pikirannya, maka hal ini dapat mempengaruhi sel- sel saraf dan menjadikan kekejangan pada usus. Kekejangan usus ini dapat mengantarkan kita pada penyakit irritable bowel syndrome. Apalagi stress ini berkepanjangan.Diet yang tidak benar juga dapat memicu adanya IBS. Apabila pola makan seseorang itu sangat besar atau tidak teratur apalagi keadaan pencernaannya bermasalah maka dapat menyebabkan kram dan diare. Setelah itu dapat membuat seseorang itu terkena IBS.Yang ketiga adalah abnormalitas reaksi usus. Ketidaknormalan gerakan usus ini dapat disebabkan oleh berbagai banyak hal diantaranya : asupan makanan yang masuk, mikroorganisme dan stres. Ketidaknormalan gerakan usus ini apabila terlalu lambat akan menyebabkan sembelit, dan jika terlalu cepat akan menyebabkan diare.Intoleransi makanan juga dapat menyebabkan datangnya penyakit IBS ini. Jika seseorang alergi terhadap suatu makanan tertentu, maka dapat menyebabkan gangguan usus dan menjadikan irritabel bowel syndromeSelain itu bakteri juga dapat memberikan efek tertentu terhadap usus dan dapat menyebabkan IBS.

3. Nyeri Perut Fungsional dan Migren perutMekanisme timbulnya sakit perut fungsional dan migren perut, adalah: 2,5,16 Gangguan vaskuler: Emboli atau trombosis, ruptur, oklusi akibat torsi atau penekanan, misalnya jepitan usus pada invaginasi. Peradangan: Bila proses peradangan telah mengenai peritoneum parietalis. Gangguan pasase: Rasa sakit timbul akibat tekanan intralumen yang meninggi dibagian proksmal sumbatan. Penarikan, peregangan, dan pembentangan peritoneum viseralis.

4. Erofagia Erofagia terjadi karena anak menelan udara yang berlebihan sehingga perut tidak cukup kuat untuk menahan sehingga terjadilah distensi pada perut. Hal inilah yang menyebabkan anak menjadi susah untuk makan dan minum. Biasanya keluhan pada erofagia ini berangsur-angsur terjadi dan minimal 12 minggu, dan terjadi dalam kurun waktu 1 tahun. Hal yang paling sering terjadi pada erofagia adalah sendawa yang berulang dan sering flatus karena banyak udara pada lumen usus. Keluhan-keluhan yang terjadi biasanya akan menghilang pada anak saat sedang tertidur.9